cron でうごかしているコマンドをタイムアウトさせる coreutils の timeout(1) をつかえば OK です。 http://www.gnu.org/software/coreutils/manual/html_node/timeout-invocation.html softlimit -t 60 foobar という手もあるけど、CPU時間だから sleep してるとかだと死ねないという説もあるようです。
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