Beiträge zur Kenntniß der Geschlechtsverhältnisse und der Samenflüssigkeit wirbelloser Thiere. Berlin 1841 (zugleich Druckfassung der Phil. Diss. Zürich 1841).
Untersuchungen über die Bedeutung der Samenfaden, 1842
Entwicklungsgeschichte der Tintenfische, 1844
Handbuch der Gewebelehre. 1852
Die Eruption des Aetna von 1852. In: Verhandlungen der Physikalisch-Medizinischen Gesellschaft zu Würzburg. Band 4, 1854, S. 37–43.
Entwicklungsgeschichte des Menschen und der höheren Thiere. Akademische Vorträge von Albert Kölliker. Engelmann, Leipzig 1861 (Deutsches Textarchiv)
Über die Darwin'sche Schöpfungstheorie (Vortrag 1864 in Würzburg). In: Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie 14 (1864) S. 174–186 (auch als Sonderdruck bei Wilhelm Engelmann, Leipzig 1864, 15 Seiten)
Grundriß der Entwicklungsgeschichte des Menschen und der höheren Tiere. 1880
Die Bedeutung der Zellenkerne für die Vorgänge der Vererbung. In: Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie. Band 45, 1885, S. 1–46.
Erinnerungen aus meinem Leben. Engelmann, Leipzig 1899. Internet Archive