そ〜言えば、IE11で、UserAgentが変更になっていましたね

IE10までは存在した「MSIE」という文字列が削除されています

http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ie/hh869301%28v=vs.85%29.aspx

Mozilla/5.0 (Compatible; MSIE 10.0; Windows NT 6.1; Trident/6.0; SLCC2;
             .NET CLR 2.0.50727; .NET CLR 3.5.30729; .NET CLR 3.0.30729;
             Media Center PC 6.0; .NET4.0C)

↑IE10　、↓IE11

Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64; Trident/7.0; SLCC2; .NET CLR 2.0.50727;
             .NET CLR 3.5.30729; .NET CLR 3.0.30729; Media Center PC 6.0;
             .NET4.0C; .NET4.0E; NP06; rv:11.0) like Gecko

この為、IE11では、ダウンロード時の日本語ファイル名が、文字化けします

ただ、IE11でも「Trident」という文字列は残っているらしい。

perl cgiでダウンロードさせるファイル名を指定 - end0tknrのkipple - web写経開発
なので、↑こちらにある

if ($ENV{HTTP_USER_AGENT} =~ /MSIE (.+?);/o){

↑こちらを↓このように(とりあえず)修正しましょう

if ($ENV{HTTP_USER_AGENT} =~ /(MSIE|Trident) (.+?);/o){