De 1992 ĝis 1993 Brian Cowen estis ministro pri laboro kaj 1992 pri energio de Irlando. De 1993 ĝis 1994 li estis ministro pri transporto, energio kaj komunikado kaj de 1997 ĝis 2000 ministro pri sano kaj infanoj. De 2004 ĝis 2004 li estis ministro pri eksteraj aferoj, kaj en 2004 iĝis ministro pri financoj. En la unua duono de 2004 li krome oficis kiel Prezidanto de la Konsilio de la Eŭropa Unio.