Evaluación de Tres Protocolos de Extraccion de Dna
Evaluación de Tres Protocolos de Extraccion de Dna
Evaluación de Tres Protocolos de Extraccion de Dna
Abstract. Efficient diagnosis of Huanglongbing (HLB) of citrus using the technique of the Polymerase Chain
Reaction (PCR) depends largely on the purity of used deoxyribonucleic acid (DNA). In this work were evaluated
three DNA extraction protocols (Murray and Thompson, Almeyda et al. and Rodrguez et al.), for detection of HLB
by conventional PCR. DNA extraction was performed from Mexican lime plants collected in a commercial orchard
of Tecomn, Colima, infected with HLB. As a negative control we used a healthy Mexican lime plant protected
under greenhouse conditions. The results obtained indicate that the DNA extraction protocol more efficient for HLB
detection by conventional PCR was the protocol of Rodriguez et al.
Keywords: Extraction, Desoxyribonucleic acid, Huanglongbing, PCR.
Introduccin
Mxico ocupa el quinto lugar a nivel mundial en la produccin de ctricos, con una
superficie establecida de 526 mil hectreas, de las cuales el 68.5% corresponde a naranja, 20.5%
a limn mexicano, 5.2% a limn persa, y el resto a toronjas mandarinas y tangerinas (Trujillo et
al., 2008). Esta citricultura se ve amenazada por el Huanglongbing de los ctricos (HLB), que es
una enfermedad altamente destructiva y de rpida propagacin (Jagoueix et al., 1994), originaria
de china y considerada la ms importante de los ctricos a nivel mundial (Bov, 2006). El HLB es
causado por una bacteria del gnero Candidatus Liberibacter spp., que no ha podido ser cultivada
artificialmente y est limitada al floema de las plantas. En la actualidad se han reportado tres
variantes de esta bacteria; Ca. L. asiaticus, Ca. L. africanus y Ca. L. americanus. En el 2009, el
2 Simposio Nacional sobre investigacin para el manejo del Pslido
Asitico de los Ctricos y el Huanglongbing en Mxico 2011
22
23
por Rodrguez et al., (2010). Para cada protocolo, se utilizaron por duplicado diez muestras de
limn Mexicano provenientes de Tecomn, Colima. Nueve muestras fueron colectadas en una
huerta comercial conocida como Zona Cero infectada con HLB y una muestra sana resguarda
bajo condiciones de invernadero (Cuadro 1). Como control positivo se uso una planta de limn
Mexicano previamente diagnosticada por PCR (convencional y tiempo real) como positiva a
HLB.
Cuadro 1. Muestras de limn Mexicano utilizados para la extraccin del DNA con los tres protocolos evaluados.
NO.
MUESTRA
1
DESCRIPCIN
rbol 6 hilera 32
NO.
MUESTRA
6
rbol 7 hilera 33
rbol 5 hilera 32
rbol 8 hilera 33
rbol 7 hilera 32
rbol 32 hilera 34
rbol 2 hilera 33
rbol 3 hilera 34
rbol 6 hilera 33
1 0 1 0 1 0
DESCRIPCION
r b o l
s a n o
24
25
Figura 1. Electroforesis del DNA extrado de una misma muestra de limn Mexicano con los 3 protocolos evaluados.
Carriles 1 y 2 extraccin protocolo 1, carril 3 y 4 extraccin protocolo 2, carriles 5 y 6 extraccin protocolo 3 con 30
min de incubacin, carriles 7 y 8 extraccin protocolo 3 con 60 min de incubacin, carriles 9 y 10 extraccin
protocolo 3 con 90 min de incubacin y carriles 11 y 12 extraccin protocolo 3 con 120 min de incubacin.
Las concentraciones ms altas de DNA (g/l) se obtuvieron con los protocolos 1 (1.10
g/l) y 2 (2.01 g/l), en el protocolo 3 con incubacin de 90 y 120 min se obtuvo una
concentracin de 0.20 y 0.36 g/l respectivamente, para las incubaciones de 30 y 60 min, se
obtuvieron concentraciones de DNA inferiores a 0.2g/l.
A pesar de que con el protocolo 1 se obtuvo alta concentracin de DNA, el porcentaje de
amplificacin fue de 83.3 % para el (Cuadro 1 y Figura 2), lo anterior, pudo ser ocasionado por la
presencia de inhibidores de la DNA Taq-polimerasa utilizada en la PCR. Con el protocolo 2 y el
protocolo 3 con un periodo de incubacin de 90 y 120 min se obtuvo un 100% de amplificacin
(Cuadro 2 y Figuras 3 y 4). Sin embargo, la sensibilidad de deteccin, considerada como la
intensidad del fragmento amplificado en el gel de agarosa fue mayor con el protocolo 3 con un
periodo de incubacin de 90 y 120 min. (Figuras 4 y 5). Con el mtodo 3 a una incubacin de 30
y 60 min, el porcentaje de amplificacin fue de 33.3 y 55.5 % respectivamente (Cuadro 2).
Cuadro 2. Valores promedio de la concentracin de DNA, rango de pureza y porcentaje de amplificacin del HLB
obtenidos en cada protocolo a partir de 10 muestras.
Protocolo
Total de
muestras
Integridad*
Concentracin de
DNA
g/l []
Rango de
pureza
260/280 []
Porcentaje de
amplificacin por PCR
convencional
20
+++
1.10
1.90
83.3 %
2
3 (incubacin 30 min)
3 (incubacin 60 min)
3 (incubacin 90 min)
3 (incubacin 120 min)
20
20
20
20
20
++++
+
++
++++
++++
2.01
0.10
0.17
0.20
0.36
2.01
2.20
2.30
1.90
2.00
100.0%
33.3%
55.5%
100.0%
100.0%
*Intensidad en los geles de agarosa al 0.8%: + muy tenue, ++ tenue, +++ intenso, ++++ muy intenso
[]= Promedio de 20 muestras
26
Figura 2. Deteccin de Ca. Liberibacter asiaticus, mediante PCR convencional utilizando el DNA obtenido con el
protocolo 1. M= Marcador de peso molecular Ladder 100 (INVITROGEN). Pozos 1 al 9 muestras infectadas con
HLB y pozo 10 muestra sana de limn Mexicano.
Figura 3. Deteccin de Ca. Liberibacter asiaticus, mediante PCR convencional utilizando el DNA obtenido con el
protocolo 2. M= Marcador de peso molecular Ladder 100 (INVITROGEN). Pozos 1 al 9 muestras infectadas con
HLB y pozo 10 muestra sana de limn Mexicano.
Figura 4. Deteccin de Ca. Liberibacter asiaticus, mediante PCR convencional utilizando el DNA obtenido con el
protocolo 3 con una incubacin de 90 min. M= Marcador de peso molecular Ladder 100 (INVITROGEN). Pozos 1 al
9 muestras infectadas con HLB y pozo 10 muestra sana de limn Mexicano.
27
Figura 5. Deteccin de Ca. Liberibacter asiaticus, mediante PCR convencional utilizando el DNA obtenido con el
protocolo 3 con una incubacin de 120 min. M= Marcador de peso molecular Ladder 100 (INVITROGEN). Pozos 1
al 9 muestras infectadas con HLB y pozo 10 muestra sana de limn Mexicano.
Conclusiones
Con los tres protocolos de extraccin evaluados se obtiene buena concentracin de DNA.
Con el protocolo 2 y el 3 con periodos de incubacin a 90 y 120 min se obtiene un 100% de
amplificacin de Ca. Liberibacter asiaticus, sin embargo, el protocolo 3 con incubacin a 120
min, prob ser ms sensible en la deteccin de la bacteria causante del HLB ya que se amplifican
los fragmentos con mayor intensidad.
Agradecimientos. Se agradece al CONACYT-SAGARPA- 3067090 por el financiamiento
otorgado para la realizacin de este trabajo, el cual forma parte del proyecto nacional de
investigacin Manejo de la enfermedad Huanglongbing (HLB) mediante el control de
poblaciones del vector Diaphorina citri (Hemptera:psyllidae), el pslido asitico de los ctricos.
A la Dra. Moramay Naranjo Morera, por la capacitacin impartida sobre la extraccin de DNA
genmico de ctricos a la primera autora de este trabajo.
Literatura citada
Almeyda Len I.H., Rocha Pecha M.A., Pia Razo J. y Martnez Soriano P. 2001. The use of
polymerase chain reaction and molecular hybridization for detection of phytoplasmas in
different plant species in Mexico. Revista Mexicana de Fitopatologa 19:1-9.
Antunes Thiago. 2008. Situacin actual de HLB en Brasil y programa de erradicacin.
Presentacin en Power Point. Memoria electrnica del Taller Internacional sobre el
Huanglongbing y el Pslido asitico de los ctricos. Hermosillo, Sonora. Mayo de 2008.
Bov JM. 2006. Huanglongbing: A destructive, newly-emerging, century-old disease in citrus. J
Plant Pathol 88:7-37.
Da Graca, J.V. 2008. Biology, History and World Status of Huanglongbing. En Memoria
electrnica del Taller Internacional sobre el Huanglongbing y el Pslido asitico de los
ctricos. Hermosillo, Sonora. Mayo de 2008.
Etxeberria E., Gonzalez P., William Dawson and Timothy Spann. 2011. An Iodine-Based Starch
Test to Assist in Selecting Leaves for HLB Testing. http://edis.ifas.ufl.edu/hs375
28
Halbert, S.E., and K.L. Manjunath. 2004. Asian citrus psyllids (Sternorrhyncha: Psyllidae) and
greening disease of citrus: A literature review and assessment of risk in Florida. Florida
Entomologist 87(3):330-353.
Irey, M. S., T. Gast and J. Snively. 2008. Economic impact of managing Huanglongbing in
groves at southern gardens citrus. En Memoria electrnica del Taller Internacional sobre el
Huanglongbing y el Pslido asitico de los ctricos. Hermosillo, Sonora. Mayo de 2008.
Jagoueix, S., Bove, J. M. & Garnier, M. 1994. The phloem-limited bacterium of greening disease
of citrus is a member of the asubdivision of the Proteobacteria. Int J Syst Bacteriol 44, 379
386.
Jagoueix, S., Bov, J. M. & Garnier, M. 1996. PCR detection of the two Candidatus
liberobacter species associated with greening disease of citrus. Mol Cell Probes 10, 4350.
Lpez-Arroyo, J.I., M.A. Pea, M.A. Rocha Pea, y J. Loera. 2005. Ocurrencia en Mxico del
pslido asitico Diaphorina citri (Homoptera: Psyllidae), pp. C68. En: Memorias del VII
Congreso Internacional de Fitopatologa. Chihuahua, Chih., Mx.
Murray M.G and Thompson W.F. 1980. Rapid isolation of high molecular weight plant
DNA. Nucl. Acids Res. 8 (19): 4321-4326.
Robles Garca P. L. 2008. Manual tcnico para la deteccin y manejo del Huanglongbing de los
ctricos. Direccin General de Sanidad Vegetal. SENASICA, SAGARPA. 39 p.
Rodrguez Quibrera C.G., Alans Martnez E.I, Velzquez Monrreal J., Almeyda Len I.H., 2010.
Optimizacin de la Tcnica de Extraccin del DNA de plantas de ctricos para el diagnstico
del HLB. En Memoria electrnica del 1er Simposio Nacional sobre Investigacin sobre el
Manejo del Pslido asitico de los ctricos y el Huanglongbing en Mxico, Monterrey, Nuevo
Len. Diciembre 2010.
Salcedo, D., R. Hinojosa, G. Mora, I. Covarrubias, F. De Paolis, C. Cntora y S. Mora. 2010.
Evaluacin del impacto econmico de Huanglongbing (HLB) en la cadena citrcola
mexicana. IICA. Oficina del IICA en Mxico. Mxico, D.F.
http://portal.hlbcolima.org/descargas/item/59-cadena-citricola-mexicana.html
Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, M. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual.
2nd ed. Cold Spring Harbor.
Su, H. 2011. A Rapid, Less-Costly and Accurate Detection of Citrus Greening (HLB) Pathogen
in the Aspac Region (Year 2). http://www.agnet.org/library/ac/2008m/
Takushi T. Toyozato T., Kawano S. Ooshiro A. Numazawa M, Tokeshi. 2007. Scratch method
for simple, rapid diagnosis of citrus Huanglongbing using iodine to detect hight
accumulation of starch in the citrus leaves. Jpn. J. Phytopathol. 73:3-8.
Trujillo Arriaga, J., H.M. Snchez Anguiano, y P.L. Robles Garca. 2008. Situacin actual y
perspectivas del Huanglongbing y el Pslido asitico de los ctricos en Mxico. En Memoria
electrnica del Taller Internacional sobre el Huanglongbing y el Pslido asitico de los
ctricos. Hermosillo, Sonora. Mayo de 2008.
29