Resumen de Bioquimica Examenes Mir
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Bioqumica
1.1. Biomolculas y bioelementos
Bioelementos:
todos los seres vivos tienen en comun el estar formados por una serie de elementos quimicos. Asi pues,
defi nimos los elementos biogenicos o bioelementos como aquellos que forman parte de los seres vivos.
Dependiendo de la proporcion en la cual estan presentes, se les denomina:
Elementos primarios. Constituyen el 99,3% de la masa del cuerpo humano. Son imprescindibles para
la formacion de glucidos, lipidos, proteinas y acidos nucleicos. Estos elementos son: C, H, O y N.
Elementos secundarios. Constituyen el 0,7% de la masa del cuerpo humano. Estos son: S, P, Cl, Na,
K, Ca, Fe y Mg.
Elementos microconstituyentes u oligoelementos. Se encuentran en proporciones infimas. Presentan
variaciones entre los distintos seres vivos, pero cuando estan, su presencia es imprescindible.
Son, entre otros: I, Mn, Cu, Co, Zn, F, Se. Los elementos secundarios y los microconstituyentes son
considerados OLIGOELEMENTOS o TRAZAS, que son elementos imprescindibles, aunque en
pequeas cantidades.
Biomoleculas: los elementos biogenicos se combinan entre si mediante enlaces, formando las
biomoleculas o principios inmediatos. Los principios inmediatos se clasifican en:
Organicos: proteinas, glucidos, lipidos, acidos nucleicos y metabolitos.
Inorganicos: agua (la mas abundante), sales minerales inorganicas y gases (NO, CO2, O2).
Catabolismo. Conjunto de reacciones quimicas por las cuales las celulas degradan las macromoleculas
para transformarlas en moleculas mas sencillas. Son reacciones exergonicas en las que la energia
desprendida se acumula en forma de ATP.
Anabolismo. Comprende los procesos de sintesis a partir de los cuales las celulas elaboran compuestos
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mas complejos. Son reacciones endergonicas, consumen energia. La energia que se obtiene del
catabolismo es esencial para el mantenimiento de las funciones vitales (bombeo cardiaco,
termorregulacion, sintesis de hormonas, etc.).
Las vias anabolicas y catabolicas son independientes. Se producen en distintos compartimentos celulares
y son reguladas por enzimas diferentes.
Metabolismo de la biosfera
Los seres vivos requieren un continuo aporte de energia e intercambio de materia con el medio. A nivel
macroscopico (biosfera) hay tres grandes ciclos metabolicos que defi nen la relacion entre los seres vivos
y el entorno:
Ciclo del carbono. En funcion del modo en que los organismos consiguen el carbono, se dividen en:
- Autotrofos. A partir del CO2 atmosferico y gracias a la energa luminosa, son capaces de sintetizar
moleculas organicas carbonadas. Por ejemplo, las bacterias fotosinteticas, vegetales.
- Heterotrofos. Su fuente de carbono son las moleculas carbonadas que los autotrofos han sintetizado.
No son capaces de utilizar el CO2 atmosferico, ni la energia luminosa con este proposito. La energia la
obtienen hidrolizando los enlaces de las macromolculas que ingieren. Por ejemplo, el hombre.
Ciclo del oxigeno. En funcion de los requerimientos de oxigeno, los organismos se dividen en:
- Aerobios. Utilizan el O2 atmosferico para realizar las reacciones oxidativas (exergonicas) de las
macromoleculas. Se subdividen en:
Estrictos. En ausencia de O2 no sobreviven.
Facultativos. Pueden vivir en presencia o ausencia de O2.
- Anaerobios. No utilizan el O2 en sus reacciones de oxidacion.
Ciclo del nitrogeno. El N2 atmosferico es captado y fijado por bacterias fijadoras y convertido en
amoniaco (NH3). Sobre el amoniaco actuan las bacterias nitrificantes de la tierra y lo convierten en
nitratos.
Los nitratos son absorbidos por las plantas y convertidos en aminoacidos.
Concepto de oxidacion-reduccion
Oxidacion. Es la perdida de electrones (hidrogeno) por parte de una molecula. Se da en reacciones
exergonicas, en que una molecula rica en energia pierde hidrogenos (electrones), oxidandose y liberando
energia.
Reduccion. Es la ganancia de electrones que experimenta una molecula.
Una molecula aceptora se hace mas energetica porque capta electrones (cedidos por otra) y se reduce. Se
da en reacciones endergonicas.
Ciclos energeticos
Ciclo del ATP-ADP. La energia que se libera en las reacciones exergonicas es captada por el ADP,
que se convierte en ATP. El ATP es la moneda energetica de la economia humana. Se forma en las vias
catablicas y es consumido en las anabolicas.
Ciclo del NADPH-NADP+. En ciertas situaciones, como el ciclo de Krebs, la energia es captada por
el NADP+. En estas ocasiones, el NADP+, al captar el hidrogeno, se reduce a NADPH (que es mas
energetico).
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El NADPH entrara en la fosforilacion oxidativa para rendir energia o actuara como coenzima en alguna
reaccion metabolica.
Ciclo de la fosfocreatina. Es un fosfato de energia elevada, al igual que el ATP. Su funcion es el
almacenamiento temporal de grupos fosfato de alta energia en el musculo. Cuando el ATP se consume
(se convierte en ADP), la fosfocreatina cede su fosfato al ADP, y de esta forma se regenera el ATP. La
creatina es un producto de la fosfocreatina muscular, por lo que es un marcador del metabolismo
endgeno del musculo (Figura 1).
Figura 1. Ciclo de la fosfocreatina
2. Respiracin celular
El concepto de respiracion, hace referencia a la fase aerobica del catabolismo celular. La respiracion
celular puede dividirse en tres fases principales:
Produccion del acetil-CoA mediante la oxidacion del combustible organico (glucosa, acidos grasos y
aminoacidos).
Los grupos acetilo del acetil-CoA pasan por el ciclo del acido citrico o ciclo de Krebs, donde son
oxidados hasta la produccion de CO2, liberando energia que se conserva en los transportadores NADH
y FADH2.
Transferencia electronica, donde los electrones transportados por NADH y FADH2 llegan a la cadena
respiratoria (cadena de transportadores electronicos mitocondriales). Durante este proceso, se libera gran
cantidad de energia en forma de ATP, mediante un proceso conocido como fosforilacion oxidativa.
En los siguientes temas, se desarrollaran cada una de las tres etapas.
I. CARBOHIDRATOS
Son las molculas organicas mas abundantes en la naturaleza
II. PROTENAS
1. AMINOCIDOS
Son las unidades estructurales bsicas de las protenas.
Aminocidos proteicos: Por hidrlisis de las protenas se obtienen 20 - aminocidos ( - aa.) que se
clasifican segn las cadenas laterales a pH = 7 y en disolucin acuosa, en
1 . - aa no polares)
2. - aa polares (hidrfilos): sin carga (neutros) y con carga ( - ) o (+).
1. Aminocidos no polares: alanina ( - = metilo), valina, leucina, isoleucina (ramificados), prolina
(nico - iminocido), metionina (azufrado), fenilalanina (aromtico), triptfano - = Indol
(aromtico). Los SEALADOS EN ITLICA SON ESENCIALES.
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2. Aminocidos polares neutros: glicocola ( - = hidrgeno, nico que no tiene C*, ni actividad
ptica), serina, treonina (ambos son alcoholes), cistena ( - - sulfhidrilo, azufrado), tirosina
(alcohol aromtico), asparagina, glutamina (ambos son las amidas correspondientes de los aa.
cidos o polares con carga ( - ): c. glutmico y asprtico)
3. Aminocidos polares (+) o bsicos: histidina ( =Imidazol), lisina (= psilon - amino), arginina
( = guanidino).
Aminocidos especiales: son formas modificadas de los aminocidos proteicos que se hallan en
ciertas protenas especializada: 4 - hidroxi - prolina (colgeno), carboxiglutamato, ......
Aminocidos no proteicos: la mayora derivan de los aa. proteicos, pero nunca sern componentes
de las protenas; entre ellos: c. - aminobutrico (GABA), citrulina y ornitina (precursores de
arginina e intermediarios del ciclo de urea), tiroxina y T3 derivan de tirosina, - alanina (precursor del
c. pantotnico),
Configuracin absoluta: L, excepto en bacterias que son D
2. PPTIDOS
Los - aa. se unen por enlace peptdico para formar pptidos y protenas.
Enlace peptdico: es un enlace amido sustituido. La unidad peptdica es rgida, planar y se estabiliza
por resonancia, que le confiere un carcter parcial de doble enlace. Como consecuencia de esta
resonancia, el enlace peptdico no tiene libertad de rotacin; se gira a ambos lados del enlace peptdico.
Conformacin del enlace: Trans.
Pptidos de importancia biolgica: ciertas hormonas: (glucagn, angiotensina, ADH..), glutation (
- glutamil cisteinil - glicocola)
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III. NUCLETIDOS
IV. ENZIMAS
1. CONCEPTOS GENERALES
Definicin: biomolculas dotadas para catalizar una reaccin qumica aumentando la velocidad de la
reaccin especifica sin variar la constante de equilibrio. En un 99% son protenas; el resto, molculas Comentado [DJM2]: Esto no se puede fallar!
2. CINTICA ENZIMTICA
Determina la velocidad de una reaccin enzimtica.
Depende de: [E] y [S] especficos, r y pH (r y pH ptimos = mxima actividad), cofactores, inhibidores
y activadores. Los enzimas aumentan la velocidad de la reaccin disminuyendo la energa libre de
activacin.
Un enzima tpico tiene una dependencia cintica de Michaelis - Menten (MM), que sigue un modelo
de curva hiperblica y cuya ecuacin; Vo = Vmxima . [s] / [km] + [s] Esta ecuacin es para reacciones
enzimtica monosustrato.
La km es caracterstica para cada sustrato y en ciertas condiciones es un ndice de la afinidad del
enzima por el sustrato. Km y afinidad son inversamente proporcionales: a > km, < afinidad,... La km se Comentado [DJM5]: Inhibicin reversible:
COMPETITIVA: el IRC compite con el sustrato por el centro
define como aquella [s ] para la cual la velocidad inicial (Vo) es igual a la velocidad mxima (Vmx). activo del enzima. Inh. y sustrato suelen ser anlogos estructurales.
AUMENTA KM y Vmax permanece constante.
La ecuacin de MM puede modificarse en varias transformaciones lineales, que presenta una serie de NO COMPETITIVA: el inhibidor se une a un centro especifico
ventajas. Una de estas modificaciones es la de los "dobles recprocos" de Lineweaver - Burk, la cual distinto al centro activo para el sustrato. En su presencia la km
permanece constante y AUMENTA LA VMX
nos da un valor ms exacto de la Vmx. y nos informa sobre inhibicin enzimtica.
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3. INHIBICIN ENZIMTICA
Un inhibidor es una pequea molcula qumica que disminuye la velocidad de la reaccin catalizada
por un enzima. La inhibicin puede ser irreversible y reversible.
Inhibicin irreversible o inactivacin: El inhibidor se une al enzima de modo covalente, lesionndola
permanentemente
Inhibicin reversible:
COMPETITIVA: el IRC compite con el sustrato por el centro activo del enzima. Inh. y sustrato suelen
ser anlogos estructurales. AUMENTA KM y Vmax permanece constante.
NO COMPETITIVA: el inhibidor se une a un centro especifico distinto al centro activo para el
sustrato. En su presencia la km permanece constante y AUMENTA LA VMX.
4. ISOENZIMAS
Concepto: Son las diferentes formas de un enzima, adaptadas a las necesidades de cada tejido. Se
originan en diferentes tejidos y catalizan la misma reaccin, pero difieren en propiedades cinticas y
estructura, por lo que se pueden separar por electroforesis, cromatografa,....Son elementos muy tiles
en control metablico y enzimologa clnica.
Balance neto de energa: se consumen 2 ATP en la Fase I y se liberan 4 ATP formados por FNS.
Total 2 ATP por FNS y 2 NADH (poder reductor).
Diferencias entre hexoquinasa y hexoquinasa: son isozimas;
Hexoquinasa, es constitutiva, en todos los tejidos, baja especificidad (fosforila a ms azcares), alta
afinidad y baja Km, produce energa a partir de glucosas.
Glucoquinasa, es el nico enzima inducible de la gluclisis (los dems son constitutivos), solo en
hgado, alta especificidad (solo fosforila a la glucosa), baja afinidad y alta Km. Se induce por insulina
y alta [glucosa], no se inhibe por su producto. Funcin: favorece la glucogenognesis y adems
gluclisis a partir de glucosa.
fosforilacin oxidativa, segn se use la lanzadera del glicerol - P o la del malato - aspartato
respectivamente. En aerobiosis el piruvato obtenido en gluclisis acetil CoA por el sistema
irreversible y mitocondrial de la piruvato deshidrogenasa (S.P.Dh), que constituye un eslabn
obligatorio entre gluclisis y ciclo del citrato de Krebs para que los carbohidratos se degraden
aerobiamente (respiracin). El acetil CoA ser oxidado en Krebs y C.R hasta CO2, H 20 y ATP.
3. ANABOLISMO: GLUCONEOGNESIS
Sntesis de nueva glucosa a partir de precursores no glcidos (no carbohidratos = C.H).
En gluclisis una glucosa 2 piruvato; en gluconeognesis (GNG), 2 piruvato una glucosa. No
son procesos metablicos recprocos. Tienen siete reacciones en comn.
Enzimas determinantes en gluconeognesis: son 4 las reacciones que superan y sustituyen las tres
irreversibles de la gluclisis:
I . piruvato oxalacetato por el enzima piruvato carboxilasa mitocondrial dependiente de biotina;
consume un ATP.
2. oxalacetato PEP por el enzima PEPcarboxiquinasa del citosol; consume un GTP. 1 y 2 sustituyen
a la piruvato quinasa glucoltica.
3. fructosa - 1,6 - bisfosfato (F 1,6 BPG) fructosa 6P(F - 6P) por el enzima F 1,6 BPG fosfatasa
citoslica que sustituye a la PFK glucoltica; ni consume ni sintetiza ATP.
4 ) glucosa - 6P (G - 6P) glucosa por el enzima G - 6P - fosfatasa del r. endoplsmico heptico y
renal (ausente en msculo,..) que sustituye a la HK glucoltica. La 4 ni consumo ni sntesis de ATP.
Precursores Gluconeognicos: piruvato, L - lactato, ciertos alfa aa.: alanina (hgado), glutamina
(rin) ..., ciertos intermediarios del cat., ac. grasos de n impar a partir de propionil - CoA, glicerol
(nico precursor que NO utiliza la va mitocondrial de la piruvato carboxilasa, entra directamente
como dihidroxiacetona - P en citosol).
Regulacin: recprocas de la gluclisis.
A nivel de los enzimas:
piruvato carboxilasa activada por acetil CoA; F 1,6 BPasa inhibida por fructosa 2,6 BP y AMP
(principal control);
glucosa - 6 fosfatasa regulada por los niveles de glucosa.
Insulina: inhibe la GNG, activa gliclisis y glucogenognesis. Comentado [DJM6]: Estos 3 acontecimientos estn
encaminados a una DISMINUCIN de la glucosa circulante.
Adrenalina, glucagn, cortisol, ... son hormonas contrainsulares.
Rendimiento energtico: Requiere 4 ATP, 2 GTP, 2 NADH para formar dos piruvato de (C3) cada
uno, a partir de una glucosa (C6). Excepcin del requerimiento para el glicerol, consume 2 ATP.
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Oxidativa, donde tras una serie de reacciones la glucosa - 6P D - Ribosa 5P, con la obtencin de
2 NADPH por mol de glucosa. 6P degradado La va esta regulada a nivel de esta etapa por el enzima
glucosa - 6P deshidrogenasa, que es inhibida por el propio NADPH.
No oxidativa ,utiliza tres enzimas (2 transcetolasa y 1 transaldolasa). En esta etapa: se
interconvierten todos los monosacridos y se conecta esta va con la gluconeognesis y con gluclisis.
reductor recogido en los procesos aerobios degradativos de los nutrientes son transportados bien en
forma de NADH o FADH2.
El NADH los lleva al primer complejo y forma 3 ATP; Comentado [DJM8]: NADH Q - reductasa
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Los cidos grasos de n ("x") impar de C se degradan igual, con la diferencia en el balance final en que
se obtiene [( x - 3):2] Acetil - CoA + 1 propionil CoA. Este Propionil - CoA puede participar en
gluconeognesis. NUNCA EL ACETILCOA EN EL HOMBRE SE PUEDE TRANSFORMAR EN
GLUCOSA.
Los cido grasos INSATURADOS tambin son degradados por la - oxidacin pero necesitan
enzimas adicionales.
Ruta del nitrgeno: en la cual se libera el grupo amino de la mayora de los aa. Esta liberacin tiene
lugar:
Por un proceso reversible de transaminacin con alfa - cetoglutarto por el cual el grupo alfa - amino
del aa. se transfiere al alfa - cetoglutarato para dar glutamato y el alfa - cetocido correspondiente.
El glutamato sufre una desaminacin oxidativa por la L - glutamato Dh NAD/NADP dependiente, en
la cual se libera el grupo amino como ion amonio. Estos iones en exceso son txicos, por lo que sern
transportados hacia el hgado "va alanina o va glutamina" para convertirlos en urea que se
excretara va renal.
Ciclo de la urea o de Krebs - Henseleit: proceso MIXTO MITOCONDRIAL Y DEL CITOSOL.
Requiere un bicarbonato para el tomo de C y dos grupo amino: uno como ion amonio, que procede del
glutamato por desaminacin y el otro del aspartato. Consume 3 ATP por mol de urea sintetizada La
regulacin es nivel del enzima "carbamil fosfato sintetasa mitocondrial" activada por N - acetil
glutamato. El ciclo de la urea se conecta con el del citrato por el fumarato, obtenido en la reaccin de la
argininsuccinasa. En el ciclo interviene la ornitina. Intermediarios del ciclo: carbamilP, citrulina,
arginino - succinato, arginina (libera fumarato). Enzimas: carbamil - P sintetasa (2 ATP), ornitin
transcarbamilasa - mitocondrial, argininsuccinato sintetasa (ATP) citosol - , argininsuccinasa
citosol - , arginasa citosol - ...
Ruta del carbono: Los esqueletos carbonados de los 20 aa. bsicos se degradan hacia 7 molculas:
piruvato, intermediarios del citrato de Krebs (alfa - cetoglutarato, succinilCoA, fumarato, oxalacetato),
acetilCoA, acetoacetato).
Se agrupan segn compuesto final:
prolina, histidina, glutamina y arginina dan glutamato y ste en alfa - cetoglutarato. Comentado [DJM12]: La sntesis del acetoacetato, requiere 2
molculas de acetil CoA y tres reacciones enzimticas, en las cuales
Valina, isoleucina y metionina en succinilCoA. se obtiene el 3 hidroximetil - glutaril CoA (HMGCoA) como
Fenilalanina y tirosina en fumarato y acetoacetato.
intermediario, que es el precursor inmediato del acetoacetato. El
acetoacetato se convierte espontneamente en acetona y en D - 3 -
Aspartato y asparagina en oxalacetato. hidroxibutirato por una reaccin reversible catalizada por D 3 -
hidroxibutirato deshidrogenasa dependiente de NADH.
Glicocola, alanina, cistena, serina y treonina en piruvato.
Lisina y leucina en acetilCoA. Comentado [DJM13]: se requiere: acetilCoA, malonil CoA y
NADPH.
1. Los que se transformen en intermediarios del ciclo del citrato o en piruvato seran aa glucognicos, 1. El acetilCoA, que es intramitocondrial, se transporta al citosol
en forma de citrato. El citrato en citosol ser escindido para formar
2. los que de acetil CoA cetognicos acetilCoA (y adems oxalacetato que retoma a la mitocondria)
por accin del enzima citrato liasa.
3. y los que se transformen en ambos sern mixtos. 2. El malonil - CoA. se obtiene a partir del acetilCoA por
accin del enzima acetilCoA carboxilasa (enzima clave y
reguladora del proceso). Con esta reaccin se inicia la biosntesis
de los cidos grasos saturados de n par de carbono.
3. Fuentes de NADPH: del retorno del oxalacetato a la
Cuadro resumen personal (completar) mitocondria y de la va de pentosas - P.
Localizacin. Comentarios
Comentado [DJM14]: Para que la betaoxidacin tenga lugar,
Biosntesis de c. cetnicos. Mitocondrias de las clulas los ac. grasos han de ser transportados desde el CITOSOL al
hepticas. interior de mitocondria ( matriz). Para ello:
1 Los cidos grasos se activan (en MEMBRANA EXTERNA
Biosntesis cido grasos. Citosol. MITOCONDRIAL) con el HSCoA (del citosol) por accin de acil
CoA sintetasa. Consume 2 ATP.
Betaoxidacin de los cidos 2 Transferencia del resto acilo a la carnitina (en ZONA
Intramitocondrial (matriz) INTERIOR).
grasos. 3 Transporte del acil por la carnitina al INTERIOR DE LA
MITOCONDRIA, donde el acil se activa con el HSCoA mitocondrial
acil CoA. Este acil CoA, ya est preparado para sufrir la
betaoxidacin, que ser un proceso intramitocondrial.
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Localizacin. Comentarios
Glucolisis. Fase 1: la glucosa 2 Comentado [DJM15]: Balance neto de energa: se consumen 2
ATP en la Fase I y se liberan 4 ATP formados por FNS. Total 2 ATP
gliceraldehdo 3 - P (GAP) por FNS y 2 NADH (poder reductor).
Citosol.
. Fase ll: las dos triosas - P (GAP)
2 piruvato Comentado [DJM16]: 1.En anaerobiosis y en msculo en
ejercicio. eritrocito, etc.: el NADH se consume de piruvato L -
Ciclo de Krebs. Todos los enzimas del ciclo se lactato (fermentacin lctica) por L - lactato deshidrogenasa.
Intermediarios del ciclo: 2.En condiciones anaerobias y en levadura, el NADH se consume
localizan en la matriz de piruvato etanol (fermentacin alcohlica). En ambas
citrato, cisaconitato, isocitratro, fermentaciones: rendimiento energtico final = 2 ATP.
mitocondrial. Excepcin
- oxo o - cetoglutarato, succinil 3.En condiciones aerobias. La regeneracin es mitocondrial, por
succinato Dh., de la membrana transferencia del poder reductor del NADH al O 2 a travs de la
- CoA, succinato, fumarato, CADENA RESPIRATORIA (C.R), produciendo 2 3 ATP por
interna mitocondrial fosforilacin oxidativa, segn se use la lanzadera del glicerol - P o
oxalacetato. la del malato - aspartato respectivamente. En aerobiosis el piruvato
obtenido en gluclisis acetil CoA por el sistema irreversible y
Cadena respiratoria. membrana interna mitocondrial mitocondrial de la piruvato deshidrogenasa (S.P.Dh), que constituye
un eslabn obligatorio entre gluclisis y ciclo del citrato de Krebs
Gluconeognesis. Ocurre parte en el citoplasma y para que los carbohidratos se degraden aerobiamente (respiracin).
El acetil CoA ser oxidado en Krebs y C.R hasta CO 2, H 20 y
parte en la mitocondria. [90 % Se acompaa de gasto de energa. ATP.
heptico y 10 % renal].
Comentado [DJM17]: ENERGTICA DEL CICLO DE
Colesterol. El colesterol endgeno se KREBS: Por cada molcula de Acetil CoA que se oxide en Krebs se
sintetiza en el citoplasma, obtiene 3 NADH, 1 FADH 2, 1 GTP y 2 CO2. Por 1 NADH que se
oxide en CR se forman 3 ATP, como son 3 NADH, formaran 9 ATP.
utilizando en su mayora enzimas Por 1 FADH 2 2 ATP, por 1 GTP se forma 1 ATP no en cadena
respiratoria, sino a nivel de sustrato en el propio ciclo. Total 12 ATP:
del retculo endoplsmico. 11 por fosforilacin oxidativa en CR y 1 ATP por FNS.
Ruta del nitrgeno proceso MIXTO -
. Consume 3 ATP por mol de urea
MITOCONDRIAL Y DEL
sintetizada
CITOSOL
Ruta del carbono Los esqueletos carbonados de los
20 aa. bsicos se degradan hacia 7
molculas: piruvato,
intermediarios del citrato de
Krebs (alfa - cetoglutarato,
succinilCoA, fumarato,
oxalacetato), acetilCoA,
acetoacetato).