AMINOÁCIDOS

1. Escriba los dos pares conjugados ácido-base del aminoácido glicina. Busque en la
bibliografía los valores de pKa's así como las especies iónicas existentes en cada caso.

2. Escriba para cada uno de los aminoácidos siguientes las reacciones en el equilibrio para los
valores de pH iguales a su pKa: ala, glu, lys.

3. Dibuje las curvas de titulación de los aminoácidos Phe, Cys, Arg, así como las especies
iónicas existentes al inicio y al final de la titulación, en los pKa's y en el PI.

4. Diga a que aminoácido corresponde la siguiente curva de titulación (con línea continua). La
línea punteada corresponde, al comportamiento del mismo aminoácido en presencia de
formol; explique el porqué de ese comportamiento. Escriba las especies iónicas existentes en
cada punto indicado.

pKa2= 9.6
pKa2= 8.7
+HCHO

pI

pKa1= 2.3

Moles de NaOH

5. Defina los siguientes términos:

Regulador Enlace no polar Interacción hidrofóbica
pH fisiológico Enlace de hidrógeno Interacción de van der Waals.
Zwitterión Interacción polar
Enlace polar Interacción no polar,

6. Indique la carga neta que tendrán los aminoácidos gly, asp, lys y his a:
a) pH 1.0 c) pH 4.0
b) pH 2.1 d) pH 10.0
Asimismo indique hacia que polo migrarán en cada caso al ser sometidos a electroforesis.

1
7. Calcule el volumen de NaOH 0.1M que se requiere para titular completamente:
a) 450 ml de clorhidrato de ala 0.25M
b) 200 ml de ser isoeléctrica 0.1M
c) 400 ml de glu 0.15M, pH 11.2

8. A una resina de intercambio aniónico se le añade una mezcla de lys, his y glu. Prediga el
orden de salida cuando se utilizan secuencialmente los siguientes reguladores:
a) Regulador Tris 0.1M, pH 8.3
b) Regulador de fosfatos 0.1M, pH 7.6
c) Regulador de citratos 0.2M, pH 3.5

9. Se tiene en un medio de cultivo un microorganismo que se desarrolla produciendo Ácido

láctico (pKa= 4.5). El crecimiento de este se inhibe a pH 4.5 ¿Qué regulador utilizaría en el
medio para mantener el pH entre 6.7 - 7.4?

10. Calcule el pI de los siguientes aminoácidos:

a) gly d) trp g) his
b) glu e) asp h) asn
c) lys f) arg i) leu

11. La enzima que cataliza la descarboxilación de lisina, solo se une a esta en su forma
isoeléctrica. ¿Que cantidad de lys (en moles) se unirá a su enzima si se adiciona 1 ml de una
solución 10mM de lys en regulador de fosfatos 0.2 M, pH 7.6?.

12. Un fármaco puede absorberse por sangre después de atravesar la membrana de las células
intestinales. El paso a través de la membrana depende de su carga; los compuestos iónicos se
absorben poco o lentamente. El pH del intestino es de aproximadamente de 6.0. Explique si un
fármaco con pKa= 3.5 será absorbido hacia el torrente sanguíneo.

2
PROTEÍNAS

1. Escriba las estructuras completas de los siguientes péptidos a pH 2.0:

a) met-gln
b) gly-asp-phe
c) phe-arg-trp-ile
d) Vasopresina humana
Indique la carga neta de cada uno

2. Prediga hacia que polo migrarán los mismos péptidos del problema anterior al someterlos
a electroforesis en los siguientes valores de pH. En una mezcla de a, b y c ¿Cúal será el pH mas
efectivo para separarlos?
i. 2.0
ii. 5.0
iii. 7.1
iv. 8.3
v. 11.4

3. Si estos péptidos se someten a una hidrólisis total, y se hacen pasar por una columna de
intercambio aniónico, diga: ¿que reguladores deberán usarse para separar cada aminoácido,
para su posterior identificación? (anota el regulador y el pH).

4. Se tiene el siguiente péptido: arg-glu-ala-ile-lys-asp

Después de someterlo a una hidrólisis ácida, se hace pasar por una columna de intercambio
catiónico (Dowex-50), utilizando secuencialmente las siguientes soluciones amortiguadoras:
a) Regulador de citratos 0.25M. pH 5.0
b) Regulador de fosfatos 0.1M. pH 7.4
c) Regulador Tris 0.1M, pH 8.3
Establezca el orden de la salida de los aminoácidos.

5. Explique la serie de experimentos que deberán realizar para determinar la composición de

aminoácidos de una proteína monomérica y de una polimérica.

6. Se determina que un péptido contiene: arg, asp, leu, ser, tyr. Para determinar la secuencia
de aminoácidos, el péptido se trató tres veces por el método de Edman (tratamiento con
fenilisotiocianato), dando la siguiente composición de aminoácidos:
ciclo 1: arg, asp, leu, ser,
ciclo 2: arg, asp, ser,
ciclo 3: arg, ser,
¿Cual es la secuencia del pentapéptido?

7. Se intenta determinar la secuencia de aminoácidos de una proteína con los siguientes

datos:
a) la hidrólisis ácida total de la proteína indica lo siguiente:
2 moles de gly, 1 mol de val, 2 moles de glu,

3
 3 moles de phe, 1 mol de trp, 1 mol de asp,
1 mol de met, 1 mol de ile, 1 mol de ser,
2 moles de lys, 2 moles de arg, 1 mol de thr,
1 mol de leu, 1 mol de ala, 1 mol de pro,
1 mol de his, 1 mol de tyr, 1 mol de NH4,
b) El tratamiento con tripsina produce los siguientes peptidos:
asp-ser-phe-thr-gln-arg, gly-pro-phe,
gly-val-glu-phe-met-lys, ala-tyr-lys,
leu-his-trp-ile-arg,
c) El tratamiento con quimotripsina produjo:
thr-glu-arg-gly-pro-phe
met-lys-leu-his-trp lys-asp-ser-phe
gly-val-glu-phe ile-arg-ala-tyr
d) El tratamiento con 2,4 DNF produce 2,4 DNF-glicina
e) El tratamiento con BrCN produce un péptido con lys como aminoácido terminal y otro
con el resto de aminoácidos.
Determine la secuencia de aminoácidos de la proteína.

8. Se purifican las proteínas -amilasas de diferentes organismos para verificar cual es la más
útil en la industria. La primera -amilasa se purificó a partir de Bacillus subtilis (I), la segunda de
B. amyloliquefaciens (II) y la tercera del plátano (III). Después de un proceso de purificación para
verificar su pureza y determinar el peso molecular de cada una se sometieron a una
electroforesis en gel de poliacrilamida con SDS (PAGE-SDS), junto con un marcador de peso
molecular. El gel resultante de la electroforesis fue el siguiente:
I II III PM

100
68

43
36
29

17
12

a. ¿Cuál es el peso molecular de cada una?

b. ¿Por qué esta electroforesis determina que la electroforesis se ha purificado efectivamente?

9. Se somete a electroforesis en gel a una mezcla de cinco péptidos cuyos valores de PI son:
A) 5.5 D) 9.0
B) 10.2 E) 7.2
C) 8.2
La mezcla se aplica en el centro del gel, se emplea un regulador de fosfatos de pH 7.0 y se aplica
corriente. Marque las bandas que corresponden a cada uno en el siguiente esquema.

4
 Origen
Suponga un PM cercano a 1200 para todos

10. Se realizo la elusión de un conjunto de proteínas de peso molecular conocido en Sephadex

G-200 para elaborar una gráfica de calibración de Peso Molecular (PM) cuyos resultados fueron:
Proteína PM Volumen de elusión (mL)
-globulina 158 000 58
Transferrina 88 000 69
Seroalbúmina 67 000 72
Quimotripsinógeno 25 000 92
Mioglobina 16 900 98
Para determinar el P. M. de la albúmina de huevo se eluyó la muestra pura en la misma
columna, dando un volumen de elusión de 81 ml ¿cual es el PM de la proteína? Dibuje el perfil
de elusión de las proteínas patrón.

11. Se tiene una mezcla de proteínas y carbohidratos, estos de bajo PM. Se sabe que la
proteína es insulina y que la otra es una proteína de 64 000 d. Al parecer los carbohidratos son
glucosa, fructosa y sacarosa. En la metodología de purificación de la insulina, se utiliza
Sephadex G-75. Prediga el perfil de elusión de la mezcla.

12. Se pretende purificar una proteína a partir de un microorganismo para consumo animal. Se
sabe que la proteína en cuestión es termoresistente hasta 75°C y que su pI es de 8.1. El método
a nivel industrial debe ser económico. En base a lo anterior elabore una estrategia de
purificación.

13. Se pretende aislar una neuroproteína de suero, la cual es sensible al calor y se

desnaturaliza a pH cercanos a su pI (pI= 4.8). Para su uso comercial se requiere en estado de
alta pureza. Diseñe la estrategia de purificación.

14. Calcule la longitud axial de una -hélice que contiene 78 aminoácidos.

15. Se hidroliza una proteína y al analizar la composición de aminoácidos se encuentra lo

siguiente: 44.6% de gly, 29.4% de ala, 12% de ser, 14% de otros aminoácidos, ¿qué puede
deducirse de la estructura secundaria de la proteína? Explique.

16. En el siguiente polipéptido diga que secciones forman -helice, en que lugares aparecen
curvaturas y en donde podrían formarse puentes intracadena:

Ile-ala-his-thr-tyr-gly-pro-phe-glu-ala-ala-met-cys-lys-trp-glu-glu-glu-pro-asp-gly-met-glu-cys-
ala-phe-his-arg.

17. La proteína del problema anterior se encuentra asociada a membrana ¿es una proteína
polar o no polar?, por tanto ¿seria una proteína integral, transmembranal o de superficie?

5
ENZIMAS

1. ¿Que relación existe entre la Km y la concentración de sustrato cuando una reacción

catalizada enzimáticamente alcanza el 80% de la V max.?
2. La penicilina es hidrolizada y con ello inactivada por la penicinilasa, enzima presente en las
bacterias resistentes al antibiótico, y en un experimento se obtienen los siguientes resultados:
[penicilina] penicilina hidrolizada
-5 -
moles X l0 moles X l0 6/min
0.1 0.11
0.3 0.25
0.5 0.34
1.0 0.45
3.0 0.58
5.0 0.61
La masa de la enzima en Staphylococcus aureus es de 29.6 kd. Para el ensayo se midió la
cantidad de penicilina hidrolizada en un 1minuto en 10 ml de solución con 10 g de penicilinasa
pura, en función de la concentración de penicilina (se supone que la concentración de penicilina
no se modifica apreciablemente durante el ensayo).
a) ¿Obedece la penicilinasa a una cinética de Michaelis-Menten?
b) De ser así determine el valor de Km y de la Vmax.
c) Determine el número de recambio de la enzima bajo estas condiciones, supóngase un centro
activo por molécula de enzima.
3. El salicilato es un inhibidor de la glutámico deshidrogenasa (GDH). En un ensayo de la
actividad de la enzima se obtuvieron los siguientes datos:
[glu] mM mg de NH4/min
sin salicilato con salicilato
1.5 0.21 0.08
2.0 0.25 0.10
3.0 0.28 0.12
4.0 0.33 0.13
8.0 0.44 0.16
16.0 0.42 0.18
Realice la gráfica de concentración de sustrato contra actividad enzimática. También elabore la
gráfica con los inversos. Determine de forma analítica como gráfica el Km y Vmax para cada
caso, así como el tipo de inhibición que presenta el salicilato y su K i sabiendo que la
concentración empleada de salicilato es de 5mM.
4. En presencia de una concentración de sustrato a saturación 1.4 mg de una enzima dan una
velocidad de 6.2 mmoles de producto formado por minuto. El P. M. de la enzima es de 52 500.
¿Cuál es la actividad molecular de la enzima?
5. ¿Qué concentración de inhibidor competitivo se requiere para producir el 75% de
inhibición a una concentración de sustrato de 11.5 X 10-23 M, si el Km es de 2.9 X 10-4 M y el Ki
es de 2 X 10-5 M.

6
6. A partir de los siguientes datos, determine el tipo de inhibición que se presenta en una
reacción enzimática hipotética y la Ki del inhibidor. Elabore la gráfica.
[S] g/hora ,
mM sin I Con I
2.0 139 88
3.0 179 121
4.0 213 149
10.0 313 257
15.0 370 313
7. El microorganismo A produce una proteasa que cataliza la reacción: SP. Un hongo
microscópico B cataliza la misma reacción. Los datos cinéticos que se obtienen de ambas
isoenzimas puras son los siguientes:
[S] velocidad inicial
M moles/mg de proteína/min
A B
1.0 0.9 5.0
2.5 1.54 6.6
3.5 1.98 8.0
5.0 2.86 10.0
7.0 3.78 11.6
10.0 5.00 13.3
12.5 6.67 15.0
15.0 7.15 15.4
20.0 8.00 16.0
30.0 10.00 17.1
a) ¿Se trata de dos isoenzimas ó de la misma enzima? ,
b) ¿Cuál seleccionaría para su obtención y utilización industrial? Explique (suponga que ambos
microorganismos crecen fácilmente).

8. El sustrato de una enzima es el ión acetato (pKa=4.5). El sitio activo de la enzima contiene
un residuo de histidina (pKa= 6.5) el cuál debe encontrarse protonado para que la enzima se
encuentre activa. ¿Cuál supone que es el pH óptimo de la reacción?
9. La Vmax de una reacción enzimática a 21 y 37°C es de 140 y 400 mmol/min
respectivamente. Calcule el Q entre 21° C y 37° C.
10. Se obtienen los siguientes datos cinéticos de una reacción enzimática:
-
Sustrato (moles x 10 4) Velocidad ( moles/L/min)
6.25 1.54
12.5 5.88
25.0 20.0
50.0 50.0
100.0 80.0
200.0 94.12
400.0 98.46
800.0 99.61

7
Determine el tipo de cinética de la enzima.

11. La enzima L-aspartato transcarbamilasa (ATCasa) cataliza la reacción:

Carbamil fosfato + L-aspartato Carbamil aspartato + ℗i
en la ruta de síntesis de nucleótidos trifosfato pirimidinicos (CTP y UTP). Se midió la velocidad
de la reacción de la enzima con respecto al aspartato en presencia y ausencia de ATP, dando los
siguientes datos:
[aspartato] Velocidad ( moles/l/min)
mM con ATP sin ATP
1 02 0.29
2 0.2 0.6
5 0.28 1.42
10 0.58 3.7
20 2.4 4.8
25 4.8 5.44
30 5.3 5.9
35 6.1 6.2
40 6.3 6.3
45 6.3 6.3
a) Después de elaborar las gráficas correspondientes, determine el efecto del ATP sobre la
enzima.
b) Determine la Km con y sin ATP
c) Consultando la bibliografía explique el comportamiento de la enzima.