PRODUCTIVIDAD
PRODUCTIVIDAD
PRODUCTIVIDAD
TRABAJO DE GRADO
PRESENTADO COMO REQUISITO PARCIAL
PARA OPTAR EL TÍTULO DE:
MICROBIÓLOGA INDUSTRIAL
1
INFLUENCIA DE LA BIOMASA Y LA CONCENTRACIÓN DE METANOL EN LA
PRODUCCIÓN DE LA ENZIMA RECOMBINANTE HEXOSAMINIDASA A EN
Pichia pastoris
_______________________________
CONCEPCIÓN JUDITH PUERTA BULA Ph.D.
Decana Facultad de Ciencias
_______________________________
JANETH ARIAS M.Sc.
Directora carrera Microbiología Industrial
2
INFLUENCIA DE LA BIOMASA Y LA CONCENTRACIÓN DE METANOL EN LA
PRODUCCIÓN DE LA ENZIMA RECOMBINANTE HEXOSAMINIDASA A EN
Pichia pastoris
APROBADO
_____________________________
CARLOS JAVIER ALMÉCIGA-DÍAZ QF. Ph.D.
Director
_____________________________
ALEXANDER RODRIGUEZ LOPEZ L. Q.
Codirector
__________________________________
BALKYS ESMERALDA QUEVEDO HIDALGO I.Q. Ph.D.
Evaluador
3
NOTA DE ADVERTENCIA
“La Universidad no se hace responsable por los conceptos emitidos por sus
alumnos en sus tesis. Solo velará porque no se publique nada contrario al dogma
y la moral católica y porque la tesis no contenga ataques personales contra
persona alguna, antes bien se vea en ellas el anhelo por buscar verdad y justicia”
4
AGRADECIMIENTOS
A Dios por todas las bendiciones recibidas durante estos años de vida
A mi familia por todo el amor, fortaleza y apoyo incondicional que me han brindado
en todas las etapas de mi vida, gracias a ellos estoy cumpliendo cada una de mis
metas.
A Dennis, Joko, Laura y a todos mis compañeros del IEIM por su amabilidad,
compañerismo y colaboración.
A Camilo por todo el amor, apoyo y palabras de aliento durante este tiempo.
5
TABLA DE CONTENIDO
RESUMEN 9
JUSTIFICACION Y PLANTEAMIENTO 10
1. MARCO TEORICO 12
2. OBJETIVO GENERAL 16
3. METODOLOGIA 17
6
4.4 Evaluación de la producción de Hexosaminidasa A en Pichia pastoris 26
a escala de biorreactor de 1,65L
5. DISCUSION 37
6. CONCLUSIONES 41
REFERENCIAS 42
ANEXOS 45
7
LISTA DE TABLAS Y FIGURAS
Figura 15. Tasas de crecimiento (h-1) cada uno de los cultivos 1,65L 34
Figura 16. Tasa de producción (mg/g/h) de cada uno de los cultivos 1,65L 34
8
RESUMEN
9
Justificación y planteamiento
Los errores innatos del metabolismo se originan por el defecto en un gen, que
produce cambios en la estructura y/o función de una proteína. La severidad de la
enfermedad depende de la importancia de la proteína defectuosa en el
metabolismo. La presentación de estas enfermedades se puede dar en un amplio
rango, desde una forma leve hasta una severa. Este tipo de enfermedades son
poco frecuentes y su tratamiento, en la mayoría de los casos, implica altos costos
para los pacientes y los sistemas de salud (Barrera, 2009).
10
direccionamiento celular, etc), así como también optimizar los diferentes aspectos
que afectan el bioproceso. Con el objetivo de aumentar los niveles de producción
de la enzima Hexosaminidasa A recombinante humana producida en Pichia
pastoris, en este trabajo se evaluaron variables como la concentración de glicerol
en la fase de crecimiento y de metanol en la fase de inducción, con el fin de
identificar las mejores condiciones que permitan una mayor productividad de la
enzima. La ejecución de este proyecto permitirá obtener un proceso más eficiente
y que pueda servir de base para la producción de otras enzimas heterólogas en
este sistema de expresión.
11
1. Marco teórico
1.1 Errores innatos del metabolismo
Los errores innatos del metabolismo (IEM) fueron descritos por primera vez por Sir
Archibald Garrod 1902. Los trastornos descritos inicialmente fueron alcaptonuria,
pentosuria, albinismo y la cistinuria (Kamboj, 2008). En la mayoría de los casos los
EIM son enfermedades poco frecuentes que se originan por la mutación en un gen
produciendo el daño en la estructura o función de una proteína involucrada en el
metabolismo de carbohidratos, mucopolisacáridos, aminoácidos, lípidos o ácidos
nucleicos. La manifestación de la enfermedad puede darse en un amplio espectro
que puede ser leve o severa, mientras que otros pacientes pueden permanecer
asintomáticos (Barrera,2009). Las enfermedades de depósito lisosomal se
caracterizan por el acumulo de macromoléculas sin metabolizar en el lisosoma. Se
originan por la deficiencia de enzimas que participan en el metabolismo de
mucopolisacaridosis, gangliósidos, glucógeno, esfingolípidos, entre otros
(Barrera,2009).
12
de estas enzimas son diferentes y la deficiencia en la dos primeras está asociada
con la aparición de distintas enfermedades. La primera isoenzima (HEXA, EC.
3.2.1.52) cataliza la hidólisis del residuo de N-acetilgalactosamina (GalNac) del
gángliósido Gm2 (Mahuran, 2008; Henrissat et al.,1997) (Figura 1), con la ayuda
de la proteína activadora GM2, para así lograr la hidrólisis intralisosomal de este
compuesto (Tropak,2010).
13
P. pastoris es especialmente adecuada para la expresión de proteínas
heterólogas, por diferentes razones: puede ser fácilmente manipulada a nivel
molecular, puede expresar altos niveles de proteínas en forma intra o extracelular,
y puede realizar modificaciones postraduccionales similares a las de las proteínas
eucariotas superiores, tales como N-glicosilaciones, formación de puentes
disulfuro y el procesamiento proteolítico (Potvin,2012). Debido a estas
características algunas proteínas que no se pueden expresar de manera eficiente
en bacterias o Saccharomyces se han producido con éxito
en P. pastoris (Gao,2013). Las técnicas genéticas disponibles, junto con su
economía de uso, hacen de P. pastoris un sistema interesante para la expresión
de proteínas heterólogas. (Potvin,2012).
14
requerimientos mayores de metanol y oxigeno disuelto comparado con las cepas
Mut+ (Jiménez,1997). Adicionalmente, las cepas con fenotipo Mut S alcanzan
mayores niveles de expresión de la proteína que los observados con cepas Mut +
(Jungo,2007).
15
2. OBJETIVO GENERAL
16
3. METODOLOGÍA
A partir del banco de cepas del Instituto de Errores Innatos del Metabolismo se
tomaron viales del clon de Pichia pastoris previamente transformada con el gen
que expresa la enzima Hexo A (Espejo J, Mosquera A, Rodriguez A, Alméciga-
Diaz CJ, Barrera LA, datos sin publicar). Dos viales del clon fueron inoculados en
10 ml de caldo YPD (1% p/v extracto de levadura, 2%p/v peptona, 2% p/v
dextrosa) y se incubó por 48 horas, 28°C a 200 rpm. Pasado el tiempo de
incubación se pasó el preinóculo a 180 ml de medio MGli (1,34% p/v YNB, 1% p/v
glicerol y 4×10-5%p/v de biotina), se incubó por 24 horas a 28°C a 200 rpm. Los
200 ml se inocularon en 1450 ml de medio BSM (Glicerol; CaSO4. 2H2O 0,60 g/L;
KH2PO4 25,74 g/L; (NH4)2 SO4 3 g/L; K2SO4 8,58 g/L; MgSO4.7H2O 7,02 g/L) para
obtener un volumen final de trabajo de 1,65 L. Finalmente se adicionaron 1,7 mL
de solución de trazas minerales PTM4 (CuSO4.5H2O 2,0 g;NaI0,08 g, MnSO4.H2O
3,0 g; Na2MoO4.2H2O 0,2 g, H3BO30,02 g; CaSO4.2H2O 0,5 g; CoCl20,5 g,
ZnCl27,0 g; FeSO4.7H2O 22,0 g; Biotina 0,2 g;1,0 mL H2SO4 concentrado), 1 mL
de antiespumante de silicona y 3 mL de Biotina al 4 × 10-5% p/v . Las
concentraciones de glicerol evaluadas en el medio BSM fueron 4, 2 y 1% v/v. El
pH del cultivo se mantuvo en 5,0 ajustándose con hidróxido de amonio al 7%, la
temperatura se mantuvo constante a 28 °C y la agitación en valores entre 600-950
rpm aumentando las revoluciones a medida que el microorganismo consumía el
sustrato. La fase de crecimiento se extendió hasta observar una elevación en los
valores de oxígeno disuelto, lo cual era indicativo que el sustrato (glicerol) había
sido consumido en su totalidad. Durante esta fase se tomaron alícuotas cada 2h.
17
Una vez terminada la fase de inducción con cada una de las concentraciones de
glicerol, se continuó con la fase de inducción bajo diferentes concentraciones de
metanol para evaluar el efecto de la concentración del agente inductor sobre la
producción de la enzima recombinante. De acuerdo a resultados obtenidos en
anteriores trabajos con la cepa de estudio, la fase de inducción se realizó durante
96 h, controlando el pH a 5,0, la temperatura a 28 °C y la agitación entre 650-950
rpm de acuerdo con el comportamiento del microorganismo para mantener niveles
de oxígeno disuelto inferiores al 10% (Pimentel 2013). En total se realizaron 6
cultivos, modificando la concentración del glicerol en el medio BSM (4, 2 y 1% v/v),
cada uno inducido con 0,1 o 0,5 % de metanol. Durante la fase de inducción se
tomaron alícuotas de aproximadamente 5 mL cada 8h.
𝟏
Concentración biomasa g/L = ((0.619 ∗ 𝐷𝑂600𝑛𝑚 )/0.529) ∗ 𝒇𝒅 R2:0,99
18
La actividad Hexosaminidasa se determinó empleando el sustrato fluorogénico 4-
metilumbeliferil-6-sulfo-N-acetil-β-D-glucosamina (CALBIOCHEM). La reacción de
actividad enzimática se realizó empleando el protocolo previamente estandarizado
en el laboratorio (Anexo 2). Una unidad de actividad enzimática se define como la
cantidad de enzima que cataliza la reacción de 1 nmol de sustrato por hora. Las
unidades de actividad (U) se calcularon empleando la siguiente ecuación:
𝑨−𝑩
∗3 =U
𝑪
𝑨𝒃𝒔𝒐𝒓𝒃𝒂𝒏𝒄𝒊𝒂 𝒎𝒖𝒆𝒔𝒕𝒓𝒂
Concentración glicerol g/L= ∗ 𝑪𝒐𝒏𝒄𝒆𝒏𝒕𝒓𝒂𝒄𝒊ó𝒏 𝒑𝒂𝒕𝒓ó𝒏
𝑨𝒃𝒔𝒐𝒓𝒃𝒂𝒏𝒄𝒊𝒂 𝒑𝒂𝒕𝒓ó𝒏
19
Monod, en donde µM es la velocidad máxima de crecimiento, S concentración del
sustrato limitante y Ks es la constante de afinidad por el sustrato.
21
4. RESULTADOS
22
4.2 Comportamiento cinético del crecimiento de Pichia pastoris.
23
Figura 4. Linealización por el modelo de Langmuir de los cultivos de 2% glicerol.
24
En general, estos resultados muestran que el Ks varia entre 0,29 y 0,84 g/L
dependiendo de la concentración del glicerol e igualmente la velocidad máxima
de crecimiento oscilo entre 0,25 y 0,28 h-1. La mejor afinidad por el sustrato lo
mostró el cultivo con 2% glicerol con una velocidad máxima de crecimiento de
0,254 h-1.
25
Figura 6. Cuantificación de biomasa durante la fase de inducción bajo diferentes
concentraciones de glicerol y metanol. La inducción para los cultivos con 1, 2 y 4%
de glicerol se realizaron a las 14, 18 y 26 h de cultivo, respectivamente.
En la figura 7 se observan los resultados del cultivo con una concentración inicial
de 4% de glicerol y una concentración de metanol de 0,5% v/v, la cual se mantuvo
constante durante la fase de inducción. La concentración de proteína presentó un
aumento constante durante la fase de inducción, alcanzando un valor de 1,62
mg/mL, al final del cultivo. Con respecto a los valores de actividad enzimática, los
mayores valores de actividad específica y volumétrica fueron de 60,43 U/mg (112
h) y 120,57 U/mL (120 h), respectivamente.
26
En la figura 8 se observan los resultados del cultivo con concentración inicial de
4% de glicerol y concentración de metanol de 0,1% durante toda la fase de
inducción. La mayor concentración de proteína se alcanzó a las 112h con un valor
de 2,04 mg/mL, manteniéndose alrededor de este valor hasta el final del cultivo.
Los mayores valores de actividad específica y volumétrica fueron de 36,11 U/mg y
92,74 U/mL a la hora 112.
27
Figura 9. Seguimiento de biomasa, concentración de proteína y actividad
específica y volumétrica HexA durante la fase de inducción para el cultivo a con
2% de glicerol y 0,5% de metanol
28
Figura 10. Seguimiento de biomasa, concentración de proteína y actividad
específica y volumétrica HexA durante la fase de inducción para el cultivo a con
2% de glicerol y 0,1% de metanol
29
Figura 11. Seguimiento de biomasa, concentración de proteína y actividad
específica y volumétrica HexA durante la fase de inducción para el cultivo a con
1% de glicerol y 0,5% de metanol
30
Figura 12. Seguimiento de biomasa, concentración de proteína y actividad
específica y volumétrica HexA durante la fase de inducción para el cultivo a con
1% de glicerol y 0,1% de metanol
31
Tabla 1. Valores máximos de biomasa, concentración de proteína y actividad
enzimática para los cultivos realizados bajo diferentes concentraciones de glicerol
y metanol.
De acuerdo a las tasas de crecimiento (Figura 15) se observa que los cultivos con
valores más altos fueron los realizados con 1% glicerol obteniendo valores de 0,08
h-1 y 0,07 h-1, mientras que el cultivo de 4% glicerol – 0,1 metanol presentó la
menor tasa de crecimiento. En la figura 16 se observa los resultados de la
estimación de las tasas de producción obteniendo los mejores resultados con el
cultivo 1% glicerol - 0,1%v/v metanol con 2,72 mg de proteína/g biomasa/h.
32
Figura 13. Rendimiento biomasa/sustrato (g biomasa/g metanol) de cada uno de
los cultivos durante la fase de inducción.
33
Figura 15.Determinación de tasas de crecimiento para cada uno de los cultivos
durante la fase de inducción.
34
Figura 17. Productividad de la biomasa para cada uno de los cultivos durante la
fase de inducción
35
Figura 18. Productividad de la proteína para cada uno de los cultivos durante la
fase de inducción
36
5. DISCUSION
Para lograr una alta producción de proteína recombinante realizada por Pichia
pastoris es necesario evaluar diferentes condiciones para establecer los
parámetros que permitan la mayor producción de la proteína de interés.
37
De acuerdo a lo encontrado en literatura, las mejores condiciones de producción
de una proteína recombinante en P. pastoris, tales como el medio de cultivo, pH y
temperatura dependen de la cepa utilizada y la proteína recombinante a expresar
(Freitas et al.,2010). Trabajos previos realizados en el IEIM han mostrado que
temperatura de 28 °C y pH 5,0 permiten obtener mayores valores biomasa con P.
pastoris con el medio BSM (Pimentel,2013; Córdoba et al, 2009). Sin embargo, el
efecto de la concentración de la biomasa al momento de la inducción, así como de
la concentración del agente inductor no se había estudiado. Los resultados
mostraron que los mayores valores de biomasa durante la fase de crecimiento e
inducción se lograron con una concentración inicial de glicerol del 4%. De acuerdo
a lo reportado por García et al 2013 comparando dos fuentes de carbono (glicerol
y glucosa) se obtuvo un mayor crecimiento utilizando glicerol como fuente de
carbono lo cual se debe a que Pichia pastoris utiliza residuos de glicerol para
formación de subproductos como acetato y etanol. También se observó que
independientemente de la concentración inicial de glicerol, no se afectó la fase de
adaptación del microorganismo. Por el contrario, como era de esperar, a mayor
concentración de glicerol mayor es el tiempo necesario para su consumo y por lo
tanto mayor es el tiempo de la fase exponencial.
38
concentración de metanol adecuada para mantener la actividad de las células y
controlar la tasa de crecimiento específico para optimizar la formación de producto
(Wu et al., 2011)
Los mayores valores de actividad HexA se obtuvieron con el cultivo con mayor
concentración de glicerol y metanol utilizado en este estudio (4% glicerol 0,5%v/v
metanol). Estos resultados confirman el hecho de que el aumento en la biomasa
favorece la producción de la enzima recombinante HexA. Estos resultados
sugieren que el metanol suministrado al cultivo es utilizado por el microorganismo
tanto para la producción de la proteína como para el crecimiento del
microorganismo.
39
En resumen, estos resultados permitieron definir las concentraciones de glicerol y
metanol para la producción de la enzima recombinante humana HexA en P.
pastoris, lo cual permitirá continuar los estudios de purificación, caracterización, y
evaluación in-vitro e in-vivo de esta proteína.
40
Conclusiones
41
BIBLIOGRAFIA
Barrera, LA. 2009 Estudios bioquímicos de los errores innatos del metabolismo en
Colombia durante dos décadas. Rev Acad Colomb Cienc. 2009 33(128): 377-394
Çelik E, Çalık P, Oliver SG. 2009.A structured kinetics model for recombinant
protein production by Mut+ strain of Pichia pastoris. Chemical Enginneering
Science.12/1; 64 (23) :5028-5035.
Freitas Sanches Peres M, Silva VC, Valentini SR, de Lucca Gattas EA. 2010.
Recombinant expression of glicerol- 3-phosphate dehydrogenase using the Pichia
pastoris system. J molec Catal B 8; 65 (1-4) :128-132.
42
Henrissat B, Davies G.1997.Structural and sequence- based classification of
glycoside hydrolases. Curr Opin Struct Biol 10; 7 (5): 637-644.
Jiménez ER, Sánchez K, Roca H, Delgado JM. 1997. Different methanol feeding
strategies to recombinant Pichia pastoris cultures producing high level of
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Mahuran DJ. 2008. The GM2 activator protein, it´s roles as a co-factor in GM2
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Acta (BBA) 7/31; 1393 (1):1-18
43
Potvin G, Ahmad A, Zhang Z. 2012 Bioprocess engineering aspects of
heterologous protein production in Pichia pastoris: A review. Biochem Eng J
64(0):91-105.
44
Anexo 1
MÉTODO DE FOLLIN-LOWRY
Anexo 2
45
Anexo 3
PROTOCOLO TRIGLICERIDOS GLICEROL FOSFATO OXIDASA/PEROXIDASA
1. Atemperar el reactivo a temperatura ambiente
2. Pipetear en tubos de ensayo
3. Agitar bien e incubar los tubos durante 15 minutos a temperatura ambiente (16-
25°C) o durante 5 minutos a 37°C
4. Leer la absorbancia (A) del Patrón y de la muestra a 500 nm frente al blanco. El
color es estable durante al menos 2 horas
46
ANEXO 3
FORMULARIO
SUBTÍTULO, SI LO TIENE
AUTOR O AUTORES
FACULTAD
Ciencias
PROGRAMA ACADÉMICO
49
Nombre del programa académico
Microbiología Industrial
Microbióloga Industrial
PREMIO O DISTINCIÓN (En caso de ser LAUREADAS o tener una mención especial):
Tablas, gráficos y
Dibujos Pinturas Planos Mapas Fotografías Partituras
diagramas
MATERIAL ACOMPAÑANTE
50
FORMATO
DURACIÓN
TIPO CANTIDAD
(minutos)
CD DVD Otro ¿Cuál?
Vídeo
Audio
Multimedia
Producción
electrónica
Otro Cuál?
Son los términos que definen los temas que identifican el contenido. (En caso de duda para
designar estos descriptores, se recomienda consultar con la Sección de Desarrollo de Colecciones
de la Biblioteca Alfonso Borrero Cabal S.J en el correo biblioteca@javeriana.edu.co, donde se les
orientará).
ESPAÑOL INGLÉS
Hexosaminidasa A Hexosaminidase A
Rendiemiento Yield
51
producción de la enzima Hexosaminidasa A producida de forma recombinante en la levadura P.
pastoris, bajo diferentes concentraciones de biomasa y metanol. Con los resultados obtenidos se
construyó un modelo para observar el comportamiento cinético de Pichia pastoris con un sustrato
limitante. Los resultados mostraron que los mayores valores de actividad enzimática fueron
obtenidos con una concentración inicial de glicerol de 4% y con una concentración de metanol del
0,5% durante la fase de inducción. Los resultados obtenidos en el presente trabajo constituyen
información importante en el desarrollo de un proceso de producción eficiente de la enzima
recombinante Hexosaminidasa A para uso en terapia de reemplazo enzimático para la
enfermedad de Tay Sachs.
ABSTRACT
At present enzyme replacement therapy is a promising alternative for the treatment of some
inborn errors of metabolism. The enzymes employed for this purpose are recombinant produced
using various expression systems such as bacteria, yeast and animal or plant cells. In the matter
of yeasts one of the most use had been Pichia pastoris, this yeast had show many advantages in
comparison with others systems talking about productivity. However, factors related to culture
conditions and biomass concentration or inductor has important effects on the production of the
recombinant enzyme. In this project production levels of hexosaminidase enzyme recombinant
produced in yeast P. pastoris under different concentrations of biomass and methanol they were
characterized. With the results a model was constructed to observe the kinetic behavior of Pichia
pastoris with a limiting substrate. The results showed that higher enzyme activity values were
obtained with an initial concentration of 4% glycerol and with a methanol concentration of 0.5%
during the induction phase. The results obtained in this study are important information on the
development of an efficient production process of the recombinant enzyme hexosaminidase A for
use in enzyme replacement therapy for Tay Sachs.
52