Transduccion

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UNIVERSIDAD NACIONAL MAYOR DE SAN MARCOS

Facultad de Ciencias Biológicas


Curso de Genética Microbiana

Transducción

Dr. Pablo Ramírez Roca


Universidad Nacional Mayor de San Marcos
Facultad de Ciencias Biológicas
pramirezr@unmsm.edu.pe
Transferencia génica en bacterias

Conjugación

Transformación

Transducción
TRANSDUCCIÓN
❖ Es la transferencia de un fragmento de DNA
(~1-100 kb) de una célula bacteriana a otra
por medio de un fago. Estos son los fagos
transductantes.
❖ Es otro mecanismo de recombinación genética
en bacterias.

❖ Resistente a nucleasas ambientales.


❖ Debido al tamaño del fragmento transferido la
transducción se ha utilizado en experimentos
de clonamiento de genes:
◊ vectores de clonamiento l ~5- 20 kb
◊ vectores de clonamiento P1 ~ 100 kb
Fagos transductantes: fagos capaces de realizar
transducción.

Cepa donadora: célula bacteriana original en la que el


fago transductante se ha multiplicado.

Cepa receptora: célula bacteriana infectada por el fago


transductante.

Cepa transductante: célula bacteriana que ha recibido


DNA por transducción.
Estructura de un bacteriofago T4
(T4GT7)
Tamaño (80 X 100 nm)

Cabeza DNA (ssDNA o dsDNA)


Cápside Protéica

Cola

La cola del fago se une a E. coli


e inyecta DNA a la célula
huésped.
Discovery of transduction

Joshua Lederberg Norton Zinder


1925 – 2008 1928 – 2012

• Discovered that bacteriophage can carry genes from on bacterium


to another.
• Initial experiments were carried out in Salmonella. Lederberg and
Zinder named this process transduction.
Background: viral infection

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TIPOS DE TRANSDUCCIÓN

• Generalizada: Mecanismo en el que potencialmente


cualquier gen de una bacteria donadora puede ser
transferido. La cápside lleva un fragmento cualquiera
del genoma de la bacteria huésped.

• Especializada: Mecanismo en el que se transfiere


determinados genes de la bacteria donadora. La
cápside lleva parte del genoma vírico y parte del
genoma bacteriano.
Transducción Generalizada

• Infección del donador


• Replicación del fago y degradación del DNA del hospedero
• Ensamblaje de partículas del fago
• Liberación del fago
• Infección del receptor
• Recombinación homóloga

¡Potentialmente cualquier gen de la donadora puede ser


transferido!
Transducción Generalizada

¿Porqué algunos fagos son


transductantes?

• Algunos hacen T. generalizada


porque tienen sitios “pac” de baja
especificidad cuando el DNA es
empacado en la cabeza.

• El DNA bacteriano es empacado


erróneamente.

• Los fagos transductantes pueden


infectar células pero no pueden
replicarse porque no tienen DNA
viral.
Transducción Generalizada

▪ Si el DNA donado es parte del


cromosoma y tiene secuencias
comunes puede recombinarse
con el cromosoma de la
receptora.

▪ Si el DNA donado es un
plásmido éste puede replicarse y
mantenerse independiente.

▪ Si el DNA donado contiene un


transposón puede insertarse en
un plásmido o en el cromosoma
de la receptora.
Transducción generalizada

P1 de E. coli y
P22 de Salmonella
Transducción generalizada
Transductantes

Cotransducción:
cuando ambos genes van en el segmento de DNA que incorpora el fago.
Un fago transductante lleva aprox. un 2-2,5% del genoma de la bacteria
(ej: P1 lleva aprox. 1,5 min del cromosoma de E. coli).
El DNA bacteriano transducido puede:

1. Formar transductantes estables


10% de las transducciones de DNA cromosomal,
hacen recombinación homóloga intercambiando el
DNA.

2. Formar transductantes abortivos


DNA bacteriano es introducido en el receptor, pero no
logra intercambiarse con el cromosoma del hospedero,
como no se replica, se diluye por el crecimiento
bacteriano.
Transducción Generalizada, ejemplos

• Los fagos P1 de E. coli y P22 de S. enterica serotipo


Typhimurium son capaces de infectar células
bacterianas y de producir partículas virales que
(accidentalmente) contengan solo DNA bacteriano
en vez de DNA viral.

• Consecuentemente creciendo el fago sobre un


huésped apropiado es posible usar las partículas de
fago transductantes para introducir un gen de
interés en otra cepa huésped y luego buscar las
células que adquirieron este gen.
Transducción Generalizada, ejemplos

• Fago P1 infecta células E. coli y otras Gram- como


Myxococcus. Tiene amplio rango de huéspedes.
• 1 de cada 106 fagos P1 transducirán un
determinado marcador.
• Fago P22 de Salmonella enterica serovar
Typhimurium es un buen transductor por tener
sitios “pac” poco específicos por lo que algunas
regiones de DNA de Salmonella serán
transducidas.
• Fago T4 NO es transductor pero por mutación
inactivante de sus nucleasas se convierte en uno
muy bueno por carecer de sitios “pac”.
MAPEO POR TRANSDUCCIÓN

• Se basa en que si los marcadores pueden ser llevados o no


en la misma cabeza del fago, es decir si pueden ser
COTRANSDUCIDOS.

• La distancia entre los dos marcadores debe ser menor que


la longitud del DNA del fago.

• Frecuencia de cotransducción: es el % total de


transductantes recombinantes para ambos marcadores.
Fago P1:
Transductantes Arg+
Rifs = 33%

Son cotransducibles

La distancia entre
ambos es menor a
90,000 pb

From Snyder & Champness, Mol Gen Bacteria. ASM Press


Micro -> Macro?
With plaques.
Mapping phage chromosomes using phage
crosses
h-: can infect two different E. coli strains (strains 1 and 2)
h+: can infect only strain 1
r-: rapidly lyses cells, thereby producing large plaques
r+: slowly lyses cells, producing small plaques

Mixed infection

• Strain 1 is infected with both parental T2 phage genotypes.


• After an appropriate incubation period, the phage lysate is then analyzed by spreading it onto a bacterial lawn
composed of a mixture of E. coli strains 1 and 2.
RECOMBINACIÓN EN
FAGOS

• Cepas con diferentes


morfologías de placas se
“cruzan” por coinfección de
la bacteria:
Grande, oscura • hr+ X h+r
recombinantes
⬥ h mutante con placas más
oscura que h+
⬥ r mutante con placas más
grande que r+

• Resultados: placa parental


Pequeña, clara
(hr+ y h+r) y recombinante
(h+r + y hr) .
Pequeña, oscura
• # recombinantes/total X 100%
= frecuencia de
recombinación
parentales
Grande, clara
Mapping phage chromosomes using
phage crosses

• h clearness (here-
color) of plaque
• r size of plaque

h-r+ x h+r-

h-r+ h+r- h-r- h+r+

1. Large plaques indicate rapid lysis (r-)


2. Small plaques slow lysis (r+)
3. Phage plaques with allele (h-) will infect both hosts, forming a clear plaque
4. Phage plaques with the allele (h+) can infect only strain 1, forming a cloudy plaque
Mapping the genome of a virus

+ + - -
RF = (h r ) + (h r )
total plaques
Transducción especializada

Transducción en la cual solo ciertos genes


de la donora pueden ser transferidos.

Ciclo de vida
del fago λ
Sitios Cos

cos cos
5’aggtcgccgccc 5’tccagcgcggg

cos
From Maloy et al.
Microbial genetics
Recombinación específica de sitio del fago
Lambda

• attP en λ, attB en
cromosoma
bacteriano.

• Se requiere la Int
recombinasa.

• Corta y sella la
hebra.

From Snyder & Champness, Mol Gen Bacteria. ASM Press


From Snyder & Champness, Mol Gen Bacteria. ASM Press
• Carece de genes de la cabeza y cola,
NO pueden multiplicarse sin la ayuda
de un fago λ helper.

• λpbio: se multiplican pero no forman


lisógenos.
From Snyder & Champness, Mol Gen Bacteria. ASM Press
Transducción

Significancia:
DNA en la cabeza del fago persiste más en el ambiente.
DNA transductante puede estar en plasmido de amplio rango
de huéspedes o puede contener un transposón.
Hay fagos de amplio rango de huéspedes.
Rol en la evolución promoviendo la transferencia horizontal de
genes entre individuos de la misma especie o de especies menos
relacionadas.
Los profagos y patogénesis bacteriana: algunos ejemplos:
▪ toxina Corynebacterium diptheriae
▪ toxina de Vibrio cholerae
▪ toxina de Shiga
▪ toxinas botulínica y tetánica
TOXINAS CODIFICADOS EN
BACTERIOFAGOS
Key steps depicting the life cycle of
CTXϕ in V. cholerae.

Steps are: 1, CTXϕ recognizes type IV cell surface


receptor toxin coregulated pilus (TCP) and infects
host with the help of TolQRA proteins;
2, upon entering host cytoplasm, (+)ssDNA genome
of CTXϕ either converted to double stranded
replicative DNA, called pCTXϕ, using host machinery
or may be integrated into dif1/dif2 sites of V.
cholerae chromosomes exploiting host encoded
tyrosine recombinases XerC-XerD;
3, pCTXϕ may produce (+)ssDNA by adopting rolling
circle replication (RCR) followed by synthesis of
phage coat proteins. RCR of (+)ssDNA depends on
the phage encoded replication protein RstA and host
machinery;
4, (+)ssDNA may fold into hairpin like structure or may
be recognized by phage coat proteins followed by
virion production;
5, packing of (+)ssDNA with the help of
morphogenesis proteins and production of
filamentous virions;
6, secretion of CTXϕ from V. cholerae cells using
outer membrane pore component EpsD protein;
7; the attP1 and attP2 attachment sites present in the
(+)ssDNA form intra-strand base pairing to generate
functional phage attachment site (+)attP, which is
recognized by XerC-XerD;
8, XerC-XerD mediated irreversible integration of
(+)ssDNA CTXϕ genome into the dif sites of V.
cholerae chromosomes;
https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2019.06.034 9, SOS response master regulators LexA and RecA
may induce CTXϕ production from pCTX and
Molecular Genetics and Genomics 2012; 287(7):525-30

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