Uso de Bases de Datos

Uso de bases de datos
1. Ingreso a la base de datos NCBI para búsqueda de Artículos científicos
 Ingresar al google y escribir NCBI.

 Hacer click en la base National Center for Biotechnology Information:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
 Asegurarse que en la pestaña diga “ALL Databases” y escribir una o dos palabras claves de
un tema de interés de preferencia en ingles y luego presionar search.
 Hacer click en la opción PubMed central - Full-text journal articles.
 Seleccionar el artículo de interés y guardar en una carpeta.
2. Ingreso a la base KEGG
 Ingresar al google y escribir KEGG.

 Hacer click en la base Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes:
https://www.genome.jp/kegg/
 Seleccionar la opción KEGG pathway ingresar
 Desplazar la barra y escoger el tema de interés ejemplo Metabolic pathways
 Otra opción es realizar el análisis de rutas metabólicas de dos o más microorganismos en
este caso se deberá:
a) Ingresar al google y escribir KEGG
b) Hacer click en la base Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
c) Seleccionar la opción KEGG pathway Genomes [Pathogen | Virus | Plant] y desplazar la barra
derecha hacia abajo hasta ubicar el recuadro, Define organism group (enter organism codes or T
numbers).
d) En el recuadro escribir los códigos de dos microorganismos en minúsculas y separadas entre
ellos por un espacio ejemplo eco stc (los códigos se buscan en kegg microorganismos: complete
genomes)
e) Hacer click en GO
f) Buscar la opción Pathway map y hacer click en ella
g) Analizar los resultados
Tarea: analizar la ruta metabólica de dos microorganismos de impacto biotecnológico y dos
microorganismos causante de infección por ingesta de alimentos
Saccharomyces cerevisiae (budding yeast) y Penicillium Rubens

(Microorganismos de impacto biotecnológico)
Shigella flexneri 301 (serotype 2a) y Vibrio cholerae O1 El Tor N16961
(Microorganismos causante de enfermedades por ingesta de alimentos)
3. Ingreso a la base de datos BioCyc: HumanCyc
 Ingresar al google y escribir BioCyc: https://biocyc.org/

 Hacer click en la base BioCyc Pathway/Genome Database Collection
 En la opción sites (ventana superior izquierda) hacer click en la opción HumanCyc
 Hacer click en la base en la opción Search y luego search pathway
 Escribir en la opción Search for pathway by name: glycolysis y luego click en submit query
 Analizar los resultados desplazando la barra.
 Luego hacer click en More Detail y hacer el análisis desplazando la barra
Ruta metabólica del glucolisis humano
4. Ingreso a la base de datos BioCyc: MetaCyc
 Ingresar al google y escribir BioCyc: https://biocyc.org/

 Hacer click en la base BioCyc Pathway/Genome Database Collection
 En la opción sites (ventana superior izquierda) hacer click en la opción MetaCyc
 Hacer click en la base en la opción Search y luego search pathway
 Escribir en la opción Search for pathway by name: homolactic fermentation y en
search/filter by organism escribir Lactobacillus y luego click en submit query
 Luego hacer click en More Detail y hacer el análisis desplazando la barra
 Tarea: Analizar la ruta heterolactic fermentation
Ruta metabólica de Fermentación heteroláctica de E. coli
5. Ingreso a la base de datos Uniprot
 Ingresar al google y escribir Uniprot: https://www.uniprot.org/

 Hacer click en la base Uniprot (de universalt protein)
 Escribir en la ventana superior Insulin y luego presionar “enter”.
 Hacer click en el código P51460 que corresponde a Homo sapiens
 Hacer click en la opción sequence (margen izquierdo de la ventana) y analizar la secuencia
de aminoácidos.
 Estando en la opción sequence seleccionar la opción ProtParam (ubicar al margen derecho
de la pantalla) y luego click en GO
 Seleccionar la opción PEPTIDE 21-55 que corresponde a Insulin-like 3 B chain
 Analizar los resultados
Secuencia aminoacídica 21-55 de la Insulin-like 3 B chain
6. Expresión de proteínas empleando la base Uniprot
 En google escribir Uniprot y luego enter

 click en Uniprot (https://www.uniprot.org/ ) y escribir una proteína (Insulin)
 hacer click en el código P08069 que corresponde al recepto 1 de la insulina humana.
 Visualizar el margen izquierdo de la pantalla y hacer click en la opción Expression.
 En la opción Organism-specific databases, hacer click en el código HPA: CAB010268
 En la plataforma THE HUMAN PROTEIN ATLAS analizar la información desplazando la
barra de la izquierda. Poniendo énfasis en que órganos hay expresión de ARN y proteínas.
 Hacer click en la opción menú de la plataforma THE HUMAN PROTEIN ATLAS y luego
analizar en learn, haciendo click en Dictionary, Methods y Cell Lines. Finalmente, en esta
misma plataforma analizar cada una de las opciones THE HUMAN PROTEOME.
 Volver al punto 4 (Visualizar el margen izquierdo de la pantalla y hacer click en la opción
Expression) y en la opción de Genevisible hacer click en P08069 HS y analizar los datos en
el sistema de cajas y bigotes .
 TAREA: Analizar la proteína Globin
Expresión de ARN y proteínas Subunidad beta de hemoglobina en distintos órganos del sexo
femenino
Expresión de ARN y proteína Subunidad beta de hemoglobina en distintos órganos del sexo
masculino
Tejidos donde hay expresión de la proteína Subunidad beta de hemoglobina
7. Interacción de drogas-proteínas empleando la base HMDB (Human Metabolome

Database) - DrugBank, KEGG Drug y base Brenda
 En google escribir HMDB y luego enter

 Click en Human Metabolome Database (HMDB) (http://www.hmdb.ca/ )
 Escribir LOVASTATIN y luego enter
 Hacer click en el código HMDB0014372 de lovastatin y analizar la información
desplazando la barra de la izquierda.
 En la opción External Links hacer click en el código DB00227 del DrugBank ID
 En la base DrugBank buscar la opción External Links desplazando la barra de la izquierda y
luego hacer click en el código del KEGG Drug (D00359
 En la base KEGG Drug buscar la opción Class, target y pathway desplazando la barra de la
izquierda y analizar
 En el targe hacer click en HMGCR [HSA:3156] y analizar la enzima, luego desplazando la
barra de la izquierda ir hasta otras bases (Other DBS) y hacer click en OMIN que está
relacionado a enfermedades encontradas. Si hacemos click en la base Uniprot con código
P04035
 Una vez en la base Uniprot hacer el análisis y luego desplazar la barra de la izquierda hasta
ubicar la opción Enzime and Pathway databases y hacer click en la base Brenda y la
importancia de Brenda es que nos permite encontrar información de interacción entre la
sustancia que estamos estudiando y la enzima en particular que es el target de esta sustancia
 En el margen izquierdo de la base Brenda hacer click en la opción enzyme-ligand
interactions y como la sustancia que estamos trabajando es un inhibidor entonces hacer
click en inhibidores y verificar una lista de inhibidores ósea otras estatinas como
atorvastatin , cerivastatin y seguir desplazando la barra de la izquierda hasta encontrara la
droga que estamos trabajando lovastatin y haciendo click en el link se obtiene la
información deseada del autor y automáticamente en la parte final aparece en pubmed del
trabajo para descargar.
 TAREA: Hacer el análisis de la aspirina (aspirin)
Trabajo relacionado con la droga aspirina
Referencias Bibliográficas
1. National Center for Biotechnology Information: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes: https://www.genome.jp/kegg/
3. BioCyc: https://biocyc.org/
4. Uniprot: https://www.uniprot.org/
5. Human Metabolome Database (HMDB): http://www.hmdb.ca/

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 Ingresar al google y escribir BioCyc: https://biocyc.org/

4. Ingreso a la base de datos BioCyc: MetaCyc

 Ingresar al google y escribir BioCyc: https://biocyc.org/

5. Ingreso a la base de datos Uniprot

 Ingresar al google y escribir Uniprot: https://www.uniprot.org/

6. Expresión de proteínas empleando la base Uniprot

 En google escribir Uniprot y luego enter

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 En google escribir HMDB y luego enter

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