Taller 2

EJERCICIOS PRÁCTICOS DE BIOINFORMÁTICA (REFUERZO DE TEMAS ANTERIOMENTE

REVISADOS)

Instrucciones:

La bioinformática requiere una formación teórica importante sin embargo para entender y
aprender a manejar los programas la mejor estrategia es la práctica y la repetición

Se recomienda elaborar de forma individual un resumen sencillo de los pasos a seguir para cada
uno de los análisis (no es necesario que se envíe ninguna evidencia de esta actividad)

Si bien el trabajo es grupal (se entrega un solo documento por grupo), se recomienda que los
ejercicios prácticos los hagan de forma individual para que desarrollen destreza y habilidades en
los análisis bioinformáticos

- Trabajar en grupos de tres personas

- Utilice como base el libro adjunto: Manual de prácticas de bioinformática
- Ciertas preguntas requerirán una consulta adicional, use material bibliográfico
académico y científico actualizado (últimos 10 años)
- Se deberá colocar la bibliografía al final del documento (mínimo 3 fuentes)
- Una sola persona del grupo enviará el documento a la docente:
nubiagriva84@gmail.com
- El documento será enviado en formato PDF
- El trabajo será calificado sobre 20 puntos

Penalizaciones

o No se aceptará por ningún motivo trabajos atrasados (Fecha límite de entrega: 18 de

enero de 2021. Hora: 23:59)
o No se recibirán trabajos que no sean enviados vía correo electrónico a la docente
(nubiagriva84@gmail.com)
o Si el nombre del archivo no es el adecuado según el formato, todo el grupo será
penalizado con dos puntos menos del total
o Cada 3 faltas de ortografía en el documento serán penalizadas con un punto menos al
total
o Si en el encabezado del trabajo no se encuentran todos los nombres de los integrantes
del grupo, todo el grupo será penalizado con dos puntos menos del total.
o Los trabajos que sean copias textuales del internet serán evaluados con cero.
o Si el profesor determina que un trabajo es copia de otro, los dos trabajos serán
evaluados con cero.
o Las penalizaciones son acumulativas
Identificación de ORFs

1. ¿Qué es un ORF? ¿Cuál es la importancia de su análisis?

2. Enumere los pasos para analizar un ORF en una secuencia problema
3. Analizar la secuencia del cDNA problema mostrado a continuación e indicar en formato
FASTA cuál sería su secuencia proteica pre dicha más probable
>cDNA_problema_2
ACATACATACATACATTTGTAGAGTTGTTGTTGTTTTATGATGGAACATCAACACAACATAGAA
GATGGTGGTAAAAATAGTAACAACAGTTTCCTGTGCAGGCAAAGTAGTAGCCGTTGGACGCC
AACGAGCGATCAGATAAGAATATTGAAGGATCTCTACTACAACAATGGAGTTAGGTCTCCAAC
TGCTGAACAGATTCAGAGGATATCTGCTAAGTTGAGACAGTACGGTAAGATTGAAGGCAAAA
ATGTGTTTTATTGGTTTCAGAACCATAAAGCTCGTGAAAGACAAAAGAAGAGGCTCATTGCTG
CTGCCTCTGCCACTGATAATAATAATATCTCTTCCATGCAAATGATTCCACATCTTTGGAGATCT
CCTGATGATCACCACAAGTACAACACTACTACTACTAATCCAGGTGTTCAGTGTCCATCACCAT
CTTCACATGGGGTATTACCAGTGGTACAGACTGGAAACTATGGTTATGGAACTTTGGCTATGG
AGAAGAGCTTTAGGGAGTGTTCAATATCACCACCAGGTGGTAGTTATCATCAAAATTTGACAT
GGGTTGGTGTTGATCCTTACAACAATATGAGTACTACTTCTCCAGCAACTTACCCTTTTCTTGA
AAAAAGCAACAACAAACACTATGAAGAAACCCTAGATGAAGAGCAAGAAGAAGAAAATTACC
AAAGGGGTAACTCTGCTTTAGAAACTCTGTCACTTTTCCCCATGCATGAAGAGAACATCATCTC
AAATTTCTGCATCAAACATCATGAATCTTCTGGAGGATGGTACCATTCTGATAATAACAATTTG
GCTGCTCTTGAACTTACTCTCAACTCTTTCCCCTAAATTATGAACTAGTCTATCTTATGTTTGTA
GTAAGTAAGTACTAATCTAATTTGGTATGTGCCAAGCTATTTGGACCTTATGGTAATGTTAATT
AATCTTAATCTAAGTTGTACTAATATTATTAATTAAAGTATGGATAAGTTTATT

Mapas de restricción

4. Buscar las dianas de restricción de la secuencia nucleotídica problema que se muestra a

continuación. Buscar sólo aquellas enzimas cuyas dianas de restricción sean igual o
mayor de 8 bases. Colocar la captura de imagen a continuación
>Secuencia_problema
GAAAAGAAAAGTGAACAATACACTGTTTTTTACTAATTATTTTTTAGAAAAAGAAAAAAGGAA
TATTGTGTGTTTGCTTTTTTTTCTGACTAGTAGTATTGCTAACTATGTATTCCATTAAGGATTTG
CTGTGAAAAAGCCTGATATCAGTAAGCATAAAACTCGGGAGATCACTTACACACACACACCCT
CGTAAAAAAGAGAAGAGAGATTTACTGTTAAACAGAGGTTTTTTTCCATTTCTTTTTTTTTTCTC
AGTGTGTGTGAGAGAGAGAGATGGTTTTCATAGGCAAAAACAAATAGAAAGGAACAAAATTT
AGAGTGAAGAAGAAAGTGTGTGAGAGAATAATGGAGGGTGGTTCTAGTGGAAATACTAGTA
CATCTTGTTTAATGATGATGGGATATGGAGATCATGAGAACAACAACAACAACAATGGAAAT
GGTAATGGAAATGGAAATGGAAATGTAACAATTTGTGCTCCTCCAATGATGATGATGATGCCT
CCTCCTCCTCCTTCTTTAACTAACAATAACAATGCAGAAACAAGCAGCAACAACATCCTTTTTCT
TCCTTTCATGGACAACAACAACAATAATCCTCAAGAAGACAACAACTCTTCTTCTTCTTCCATCA
AGTCAAAGATTATGGCTCATCCTCACTACCATCGTCTCTTGACTGCTTATCTCAATTGTCAAAA
GATAGGAGCTCCGCCAGAAGTGGTGGCAAGGCTAGAGGAAATATGTGCCACGTCAGCAACA
ATGGGCCGTAGCAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGAATCATTGGAGAAGATCCTGCACTAGATCA
GTTCATGGAGGCTTATTGTGAGATGCTGACAAAATATGAACAAGAACTCTCAAAACCCTTCAA
GGAAGCCATGGTTTTTCTTTCAAGAATTGAGTGTCAGTTCAAAGCTTTAACTCTTGCACCTAAT
TCTTCTCATGAATCTGCTTTGGGCGAGGCAATGGATAGAAATGGATCATCTGATGAAGAGGTT
GACGTGAATAACAGTTTCATCGACCCCCAGGCTGAGGATAGAGAGCTCAAAGGTCAATTGTT
GCGTAAGTACAGCGGTTACTTGGGAAGCCTTAAGCAGGAGTTCATGAAGAAGAGGAAGAAA
GGCAAGCTGCCTAAGGAAGCAAGGCAACAATTGGTGGATTGGTGGCTTAGACATATTAAATG
 GCCATATCCATCGGAATCTCAGAAGCTTGCACTAGCTGAATCAACGGGATTGGACCAGAAGC
AAATAAACAACTGGTTTATCAATCAAAGAAAGAGGCATTGGAAACCATCAGAAGATATGCAG
TTTGTTGTGATGGATGCTGCTCATCCACATTACTATATGGATAATGTTCTTGCTAACCATTTCCC
AATGGATATGACACCCTCTCTCCTCTGAATTAAGATTTGTCATTATTAGTATCAAGGATGTTTA
ATTAATTTGCATATTACTTGTGTGCATGTAGTAGTACAAGGTATTGTGACACAATCAACTTTTT
ATTAGACCAAATATATAAAGTGCTTGTAATAGATCTTTCTATTATCATCTTTAATTATAGAATTA
AATAGTTTGTACTTGCTAAAAATTTTGAAAAATAA
5. ¿Qué aspectos suelen analizarse para usar una enzima de restricción en un determinado
experimento? (1 punto)
6. ¿Cuáles son las principales aplicaciones de las enzimas de restricción?

Análisis de secuencias mediante BLAST

7. Defina que es una secuencia EST y su importancia a nivel biológico (1 punto)

8. A partir de la secuencia del EST de tomate con número de identificador “BF113600.1”
- Encontrar el tejido a partir del cual se ha obtenido dicho EST.
- Realizar un análisis BLAST e identificar el resultado más probable
- ¿Qué número de identificador tiene dicha secuencia?
- ¿Qué tipo de molécula es?
- ¿Cuál es el número de identificador de la proteína que codifica dicha secuencia?
9. Analizar la secuencia proteica que se muestra a continuación indicar:
a. Familia de proteínas a la que pertenece
b. Posible función
>proteina_problema
TAYQSELGGDSSPLRKSGRGKIEIKRIENTTNRQVTFCKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIVFSSRGR
LYEYSNNSVKGTIERYKKAISDNSNTGSVAEINAQYYQQESAKLRQQIISIQNSNRQLMGETIGSMS
PKELRNLEGRLERSITRIRSKKNELLFSEIDYMQKREVDLHNDNQILRAKIAENERNNPSISLMPGGS
NYEQLMPPPQTQSQPFDSRNYFQVAALQPNNHHYSSAGRQDQTALQLV
10. Enumere las principales aplicaciones del análisis de secuencias en: medicina, industria,
ambiente

Diseño de primers (cebadores) Usar el programa Primer3

11. Buscar la secuencia nucleotídica del mensajero de tomate (identificador “AK327735.1”)

que codifica una proteína con un dominio de tipo Zinc-finger.
a. Diseñar una pareja de oligonucleótidos que permita amplificar la región que
codifica dicho dominio. Describa detalladamente el procedimiento que utiliza
b. Discutir la diferencia en los resultados que ocurre al utilizar otro programa
12. Describa qué errores y problemas pueden ocurrir por un diseño equivocado de primers.
¿Qué medidas adiciones pueden tomarse si existen errores en la amplificación?

Alineamiento de secuencias

13. A partir de las secuencias proteicas de Arabidopsis thaliana con identificador:

NP_564194.1; NP_177078.1; NP_850080.1; NP_566037.1; NP_567154.1;
NP_001078337.1
a) Identificar en qué cromosoma se localiza el gen que codifica cada una de estas proteínas.
b) Generar un fichero de texto con las secuencias en formato FASTA de las seis proteínas
problema.
 c) Realizar un alineamiento múltiple de las proteínas problema en MUSCLE y editar el
alineamiento en BioEdit, mostrando en sombreado los aminoácidos conservados.
d) Al usar el programa Clustal Omega, ¿encuentra alguna diferencia en los resultados?
e) En el caso específico de la identificación de una nueva cepa microbiana, ¿Qué utilidad
tiene el alineamiento de secuencias?

Identificación de motivos

14. Identificar motivos conservados en el siguiente conjunto de secuencias. Seguir las

indicaciones establecidas en el texto base y mostrar cómo se encuentran distribuidos
los diferentes motivos a lo largo de cada una de las secuencias