Machine Translated by Google

biomoléculas

Artículo

Análisis Comparativo de Patrones de Producción de Enzimas de

Degradación de lignocelulosa de dos hongos de pudrición blanca:
Obba rivulosa y Gelatoporia subvermispora
2
Mila Marinovic 1,†, Marcos Di Falco 2,†, María Victoria Aguilar Pontes , András Gorzsás 4 , Adrián Tsang ,
3 Ronald P. de Vries , 1 Miia R. Mäkelä 3,‡ y Kristiina Hildén 1,*

1
Departamento de Microbiología, Facultad de Agricultura y Silvicultura, Universidad de
Helsinki, 00790 Helsinki, Finlandia; mila.marinovic@helsinki.fi (MM); miia.r.makela@helsinki.fi (MRM)
2
Centro de Genómica Estructural y Funcional, Universidad de Concordia, Montreal, QC H4B 1R6, Canadá;
marcos.difalco@concordia.ca (MDF); adrian.tsang@concordia.ca (AT)
3
Fisiología fúngica, Westerdijk Fungal Biodiversity Institute & Fungal Molecular Physiology,
Universidad de Utrecht, Uppsalalaan 8, 3584 CT Utrecht, Países Bajos; b52agpom@uco.es (MVAP);
r.devries@wi.knaw.nl (RPdV)
4
Departamento de Química, Universidad de Umeå, 901 87 Umeå, Suecia; andras.gorzsas@umu.se
* Correspondencia: kristiina.s.hilden@helsinki.fi † Estos autores contribuyeron igualmente a este
trabajo. ‡ Dirección actual: Departamento de Genética, Universidad de Córdoba, Campus de
Rabanales Córdoba, C5, 14071 Villanueva del Rey, España.

Resumen: La capacidad única de los hongos basidiomicetos de pudrición blanca para degradar todos los componentes de
Cita: Marinovíc, M.; Di Falcó, M.; las paredes celulares de las plantas los convierte en organismos indispensables en el ciclo global del carbono. En este
Aguilar Pontes, MV; Gorzsás, A.; Tsang, estudio, analizamos los proteomas de dos hongos de pudrición blanca estrechamente relacionados, Obba rivulosa y
A.; de Vries, RP; Mäkelä, MR; Hildén,
Gelatoporia subvermispora, durante un cultivo de ocho semanas en madera maciza de abeto. Las enzimas activas de
K. Análisis Comparativo de los Patrones
carbohidratos degradantes de la pared celular vegetal (CAZymes) representaron aproximadamente el 5% de las proteínas
de Producción Enzimática de la
totales en ambas especies. Un conjunto central de CAZimas que degradan la pared celular vegetal ortóloga se compartió
Degradación de la Lignocelulosa de Dos
entre estas especies en abeto, lo que sugiere un enfoque de degradación de la biomasa vegetal conservada en este clado de hongos ba
Hongos de Pudrición Blanca: Obba rivulosa
Sin embargo, las diferencias en la producción dependiente del tiempo de las enzimas que degradan la pared celular de las plantas pueden deberse a las
y Gelatoporia subvermispora. Biomoléculas
diferencias entre las tasas de crecimiento iniciales de estas especies en la madera maciza de abeto. Los resultados obtenidos proporcionan información
2022, 12, 1017. https://doi.org/10.3390/
sobre enzimas específicas y conjuntos de enzimas que se producen durante la degradación de la madera maciza de abeto en estos hongos. Estos hallazgos

biom12081017 amplían el conocimiento sobre la producción de enzimas en condiciones que imitan la naturaleza y pueden contribuir a la explotación de los hongos de

pudrición blanca y sus enzimas para aplicaciones biotecnológicas.

Editores académicos: Monika Schmoll,

Daniel Kracher y Paul Daly

Recibido: 31 mayo 2022 Palabras clave: Obba rivulosa; Gelatoporia subvermispora; proteoma; CAZimas; biodegradación de lignina;
Aceptado: 20 de julio de 2022 CL-EM/EM; hongos de podredumbre blanca
Publicado: 22 julio 2022

Nota del editor: MDPI se mantiene neutral

con respecto a reclamos jurisdiccionales en

mapas publicados y afiliación institucional 1. Introducción

aciones.
La degradación de la madera por hongos es un proceso significativo en ambientes terrestres con
respecto al ciclo del carbono y otros nutrientes [1,2]. Las paredes celulares de la madera están compuestas
por los tres componentes polisacáridos principales: celulosa, hemicelulosa y pectina, así como por el polímero
aromático lignina. Si bien muchos hongos pueden degradar los polisacáridos de la pared celular de la madera,
Copyright: © 2022 por los autores.
solo los hongos de pudrición blanca basidiomicetos pueden degradar la lignina de manera eficiente [3]. Esto
Licenciatario MDPI, Basilea, Suiza.
se debe a su capacidad única para producir peroxidasas modificadoras de lignina extracelulares, que
Este artículo es un artículo de acceso abierto
distribuido bajo los términos y
catalizan reacciones oxidativas no específicas para degradar las estructuras heterogéneas de lignina.
condiciones de Creative Commons Además, los genomas de hongos de podredumbre blanca poseen varias enzimas productoras de peróxido
Licencia de atribución (CC BY) (https:// de hidrógeno necesarias para la actividad de las peroxidasas modificadoras de lignina, además de una
creativecommons.org/licenses/by/ amplia gama de enzimas activas de carbohidratos (CAZymes) dirigidas a los polisacáridos lignocelulósicos
4.0/). (www.cazy.org) que también es producido por una gama más amplia de hongos [4].

Biomoléculas 2022, 12, 1017. https://doi.org/10.3390/biom12081017 https://www.mdpi.com/journal/biomolecules

Machine Translated by Google

Biomoléculas 2022, 12, 1017 2 de 14

Se han sugerido dos tipos de patrones de descomposición de la madera entre los hongos de pudrición blanca.
En la llamada degradación simultánea, la lignina y la (hemi)celulosa se despolimerizan al mismo tiempo,
como lo demuestra la acción del hongo de la podredumbre blanca Phanerochaete chrysosporium [5]. Por
el contrario, se ha sugerido que algunas especies de pudrición blanca, como Gelatoporia (Ceriporiopsis)
subvermispora y Obba rivulosa, causan la degradación selectiva de la lignina mediante la eliminación
preferencial de la lignina antes que los polisacáridos de la madera [6–8].
La degradación selectiva de la lignina se observa normalmente en las primeras etapas del crecimiento fúngico, pero
las condiciones físicas y químicas del sustrato, como la temperatura, la humedad y el contenido de nitrógeno y
oxígeno, también afectan la selectividad de la degradación de la lignina [9,10].
Si bien los mecanismos enzimáticos definitivos detrás de la degradación selectiva siguen siendo inciertos,
se ha sugerido que el aumento de la oxidorreductasa y la disminución del potencial celulolítico diferencian
los delignificadores selectivos de las especies que degradan simultáneamente todos los polímeros de
lignocelulosa [11].
Gelatoporia subvermispora y O. rivulosa son especies estrechamente relacionadas del clado Gelato
poria, que es un grupo evolutivamente distintivo dentro del orden Polyporales, que comprende un pequeño
grupo de hongos que habitan en la madera de podredumbre blanca [12,13]. El contenido del genoma en
términos de genes que codifican la enzima degradante de la pared celular vegetal (PCWDE) sugiere que G.
subvermispora y O. rivulosa tienen un potencial similar para la descomposición de la lignocelulosa [11,14,15].
Los ortólogos son genes homólogos o proteínas que se comparten entre especies relacionadas.
Se derivan de un gen ancestral común que ha divergido después del evento de especiación pero con la retención
de una función biológica similar [16]. El análisis de ortólogos es una herramienta útil en estudios proteómicos
comparativos porque puede resaltar genes compartidos entre especies que son importantes para procesos
biológicos conservados. También puede revelar qué genes son únicos para un subconjunto particular de hongos,
como hongos con un estilo de vida específico. Como ejemplo, se ha demostrado que las especies de ascomicetos
estrechamente relacionadas del género Aspergillus con un potencial genómico muy similar difieren notablemente en
sus enfoques enzimáticos para la degradación de la biomasa vegetal mediante la producción de CAZimas no
ortólogas [17].
En este estudio, queríamos probar si esto también es cierto para los hongos de pudrición blanca que degradan
la madera y están estrechamente relacionados. Para ello, exploramos los proteomas de las cepas monocarióticas
secuenciadas del genoma de G. subvermispora RP-B y O. rivulosa 3A-2 [11,14] durante un cultivo de 8 semanas en
palos de madera maciza de abeto, imitando así las condiciones ambientales. estos hongos se encuentran en su
hábitat natural. La producción temporal de CAZymes dirigidos a la pared celular de la planta se detectó mediante
LC-MS/MS y se realizó un análisis comparativo de ortólogos de CAZyme en O. rivulosa y G. subvermispora para
evaluar cómo las maquinarias enzimáticas similares emplean estos hongos de podredumbre blanca relacionados
para la degradación de la madera de abeto.

2. Materiales y Métodos 2.1.

Cepas de hongos y condiciones de cultivo
Obba rivulosa monokaryon 3A-2 (FBCC1032), derivado de la cepa dicariótica O. rivulosa T241i (FBCC939),
se obtuvo de HAMBI Fungal Biotechnology Culture Collection, Universidad de Helsinki, Finlandia (fbcc@helsinki.fi).
Gelatoporia (Ceriporiopsis) subvermispora monokaryon FP-105752 (RP-B), derivada de la cepa dicariótica parental
105752 [18], fue un amable obsequio del Dr. Dan Cullen, Forest Products Laboratory, Madison, WI, EE. UU.

Los hongos se mantuvieron en placas de agar con extracto de malta al 2% (MEA; extracto de malta
al 2% (p/v), agar al 2% (p/v). Los precultivos contenían 100 ml de medio bajo en nitrógeno, asparagina y
succinato (LN-AS), pH 4,5 [19], suplementado con glicerol al 0,05 % en matraces Erlenmeyer de 250 ml e
inoculados con cinco tapones de agar cubiertos de micelio (Ø 7 mm) durante 7 días a 28 ÿC. Los cultivos
previos se homogeneizaron (Waring Blender, Torrington, CT, EE. UU.) [20] y los cultivos de madera maciza
de abeto contenían 2 g (peso seco) de palos de madera de albura de abeto de Noruega (Picea abies) (2 ×
0,2 × 0,3 cm) en 1 Se inoculó % (p/v) de agar agua en matraces Erlenmeyer con 4 ml de suspensión de
micelio (Figura complementaria S1). El contenido de humedad del cultivo se ajustó al 60%. Los cultivos se
realizaron por duplicado y se incubaron en la oscuridad durante 2, 4 y 8 semanas a 28 ÿC.
Machine Translated by Google

Biomoléculas 2022, 12, 1017 3 de 14

2.2. Extracción de proteínas e identificación por LC-MS/

MS Para el análisis del proteoma, se molieron cultivos duplicados de madera de abeto fúngico
incubados durante 2, 4 y 8 semanas (molino analítico básico A11, IKA, Merck, Darmstadt, Alemania)
en nitrógeno líquido. Los cultivos molidos se extrajeron con 40 mL de tampón de fosfato de potasio
25 mM , pH 7,0, en agitación (150 rpm) a 4 ÿC durante 2 h. El extracto se filtró ( filtros de fibra de
vidrio GF/C, Whatman) y las proteínas de la fracción líquida se precipitaron con ácido tricloroacético
al 20 % (Sigma-Aldrich, St. Louis, MI, EE. UU.), ditiotreitol 20 mM (DTT, Sigma Aldrich) y solución
de acetona al 80% (Sigma-Aldrich), resuspendida y reprecipitada con DTT 20 mM y solución de
acetona al 80% como se describió anteriormente [21].
Se resuspendieron diez microgramos de proteína en detergente lábil en ácido aniónico 26 I al
0,25 % (AALS I, ProgentaTM, Protea Biosciences, Inc., Morgantown, WV, EE. UU.), preparado en
tampón de bicarbonato de amonio 200 mM, pH 7,8, cargado y separado en 12 % de geles SDS-
PAGE para la posterior digestión con tripsina en gel como se describió anteriormente [22].
La separación de proteínas se detuvo tan pronto como pudo verse el marcador de 250 kDa entrando en el
gel de separación. El carril completo, delimitado por el frente de azul de bromofenol en la parte inferior y el
inicio del gel de separación en la parte superior (aproximadamente 1,5 cm), se cortó y procesó para la
digestión en el gel como un todo.
Los extractos de péptidos digeridos en gel de dos cultivos biológicos replicados se analizaron
en un espectrómetro de masas LTQ-Velos-Orbitrap (Thermo-Fisher, San José, CA, EE. UU.), y los
datos de MS/MS adquiridos se buscaron en las bases de datos de JGI Mycocosm para la O. rivulosa
(https://mycocosm.jgi.doe.gov/Obbri1/Obbri1.home.html, consultado el 10 de julio de 2015) y G.
subvermispora (https://mycocosm.jgi.doe.gov/Cersu1/Cersu1.home.html, consultado el 10 de julio
de 2015) que contiene 13 206 y 12 125 secuencias de proteínas predichas, respectivamente, para
la identificación de péptidos/proteínas como se informó anteriormente [23]. Los valores del área de
la proteína se calcularon usando los cinco péptidos identificados más abundantes para cada proteína
determinada usando el flujo de trabajo de cuantificación de iones precursores de Proteome
Discoverer 2.4 (Thermo-Fisher) y se usaron para cuantificar los niveles relativos de proteínas totales.
Los valores del área de proteína se normalizaron utilizando el valor determinado para el patrón
interno de albúmina de suero bovino digerido con tripsina enriquecida . Para cada proteína, la
abundancia media se calculó a partir de dos réplicas biológicas y se expresó como valor de perfil
iónico (IP). Las proteínas con un valor IP < 5 se filtraron del análisis. Los datos de proteómica se
depositaron en ProteomeXchange Consortium a través del repositorio de socios PRIDE con el
identificador de conjunto de datos PXD030609 y 10.6019/PDX030609. El análisis de componentes
principales (PCA) de la abundancia de proteínas en muestras duplicadas de los tres puntos
temporales en dos especies de hongos se realizó con el paquete Fac toMineR v1.7 del programa R
Commander v.2.1-7 (J. Fox, CRAN mirror en Utrecht , Países Bajos) en R lenguaje estadístico y
entorno 3.1.2 [24]. Los grupos ortólogos (OG) se identificaron utilizando el método OrthoMCL [25]
con los parámetros,establecidos de la1.5
nivel de inflación siguiente manera:
y cobertura Valor E 1 ×60%.
de secuencia 10ÿ5

2.3. Análisis FTIR de madera de abeto

Las muestras agrupadas de cultivos duplicados se analizaron mediante espectroscopia FTIR
de reflectancia difusa utilizando un instrumento Bruker IFS 66V/S (Bruker Optik GmbH, Ettlingen,
Alemania) en condiciones de vacío (4 mbar), según el protocolo de Gorzsás y Sundberg (2014)
[ 26]: las muestras secas (1–10 mg) se mezclaron con bromuro de potasio de grado de
espectroscopia infrarroja (KBr, aprox. 390 mg) y se molieron manualmente usando un mortero de
ágata para obtener una mezcla homogénea. Los espectros se registraron en el rango de 400-4000
cm-1 a una resolución espectral de 4 cm-1 con 128 escaneos coañadidos, usando KBr puro como
fondo con los mismos parámetros. Los espectros se procesaron utilizando el script basado en
Matlab, gratuito y de código abierto, disponible en el Centro central de espectroscopia vibratoria de
la Universidad de Umeå (www.umu.se/en/research/infrastructure/visp/downloads/, consultado el 11
de abril de 2019) [27], utilizando los siguientes pasos con los parámetros enumerados: (1) Corte de
la región espectral a 750–1850 cmÿ1 (región de la huella dactilar); (2) corrección de línea base
usando mínimos cuadrados asimétricos (lambda = 10,000,000, p = 0.001 (mínimo); (3) normalización del áre
Machine Translated by Google

Biomoléculas 2022, 12, 1017 4 de 14

rango espectral de corte; y (4) suavizado de Savitzky-Golay (polinomio de primer orden con un marco de
tres). No se aplicó ninguna derivatización ni ningún otro procesamiento después de estos pasos.

3. Resultados y Discusión
3.1. Perfiles de proteínas temporales de O. rivulosa y G. subvermispora durante el cultivo en
abeto Se realizó un análisis de proteómica mediante LC-MS/MS para investigar los perfiles
de proteínas lignocelulolíticas de O. rivulosa y G. subvermispora durante el crecimiento en palos
de madera de abeto para 2, 4 , y 8 semanas. El número total de proteínas detectadas de los
cultivos de O. rivulosa y G. subvermispora fue 947 y 845, respectivamente (Tabla complementaria S1c, f).
El péptido señal se predijo para el 14 % de las proteínas en ambas especies, lo que está en consonancia
con las proteínas secretadas (15 %) detectadas en la especie de pudrición blanca Phlebia radiata cultivada
en madera maciza de abeto [28]. Las abundancias de proteínas de los cultivos replicados biológicos
mostraron una alta coherencia según el análisis PCA (Figura complementaria S2). Los genomas de ambas
especies utilizados en este estudio albergan un amplio conjunto de CAZimas predichas destinadas a
degradar todos los componentes poliméricos de las paredes celulares de la madera. Su gen cuenta para
las peroxidasas modificadoras de lignina AA2 de la familia CAZy y las enzimas de la familia AA5_1
productoras de peróxido de hidrógeno son típicas para las especies de podredumbre blanca en Polyporales,
mientras que un bajo número de genes que codifican la familia de lacasa AA1 y polisacárido monooxigenasa
lítica (LPMO) AA9 se parecían a las especies de podredumbre marrón en un clado hermano Antrodia [29].
De las proteínas detectadas, 46 y 49 representaban CAZimas putativas de degradación de la pared celular
vegetal que representaban aproximadamente el 5% del proteoma total para O. rivulosa y G. subvermispora,
respectivamente (Tabla complementaria S1a, d). Se ha detectado una proporción ligeramente mayor de
CAZimas que degradan la pared celular vegetal (7 %) en el proteoma total de la especie de pudrición
blanca Phlebia radiata cultivada en madera de abeto [28]. Las CAZimas dirigidas a la pared celular vegetal
se clasificaron en categorías funcionales según los sustratos en los que (supuestamente) son activas.
Se identificaron CAZimas ortólogas que degradan la pared celular vegetal entre O. rivulosa
y G. subvermis pora y se infirió la relación de ortología por pares entre ellas. En total, se
encontraron 64 grupos ortólogos comunes, un grupo de secuencias homólogas que divergieron
del mismo evento de especiación (Tabla complementaria S1i, j). El análisis reveló la presencia
de ortólogos en ambos proteomas para la mayoría de PCWDE, lo que indica que O. rivulosa y
G. subvermispora comparten un conjunto central de PCWDE ortólogos durante la descomposición
de la madera. Por el contrario, la comparación de los transcriptomas de basidiomicetos de
pudrición blanca y marrón de varios sustratos de lignocelulosa ha demostrado que solo unos
pocos grupos de genes ortólogos de CAZyme están constantemente regulados al alza, lo que
indica diversidad en sus enfoques para degradar la biomasa vegetal [30]. En el proteoma de O.
rivulosa, el 80 % de los ortólogos que degradan la pared celular vegetal también se detectaron
en G. subvermispora, mientras que de las proteínas CAZy producidas por G. subvermispora, el
15 % eran únicas y sus ortólogos no fueron producidos por O. rivulosa ( Tabla complementaria
S1i,j). Los ortólogos altamente producidos, que no se detectaron en G. subvermispora, fueron O.
rivulosa LAC (GH35) y EGL (GH131) en todos los puntos temporales, así como GH27 (ÿ-
galactosidasa, AGL), GH51 (ÿ-arabinofuranosidasa , ABF) y GH53 (ÿ-endogalactanasa, GAL),
que se produjeron en un cultivo de 2 semanas de O. rivulosa (Tabla complementaria S1i). O.
rivulosa GH6 (CBHII) se produjo en cultivos de 2 y 4 semanas , mientras que no se detectó CBHII
en cultivos de G. subvermispora. En G. subvermispora, dos oxidasas generadoras de H2O2 en
las familias CAZy AA3_2 (aril alcohol oxidasa, AAO) y AA3_3 (alcohol oxidasa, AOX) GH131
(EGL), una GH31 que actúa como xiloglucano (ÿ-xilosidasa, AXL) y CE1 (acetil xilano esterasa,
AXE), pero no se encontraron ortólogos correspondientes en O. rivulosa (Tabla complementaria S1j).
Se detectó una disminución en el número de PCWDE, de 43 a 32, entre los cultivos de
picea de 2 y 8 semanas de O. rivulosa (Figura 1a). Se detectó una tendencia similar en el
transcriptoma de O. rivulosa cuando se cultivó en madera de abeto durante 2, 4 y 8 semanas
[31]. El mayor número de PCWDE (43) se detectó en los cultivos de 2 semanas de G.
subvermispora, con una clara tendencia decreciente después de 4 y 8 semanas a 38 y 33
CAZymes, respectivamente (Figura 1b).
Machine Translated by Google

Biomoléculas 2022, 12, 1017 5 de 14

Figura 1. Distribución funcional de las CAZimas que degradan la pared celular vegetal predichas detectadas en cultivos
de madera de abeto de (a) O. rivulosa y (b) G. subvermispora en las semanas 2, 4 y 8. Los números en el centro de los
círculos muestran la suma de CAZimas degradantes de la pared celular vegetal detectadas en el punto de tiempo específico.
Los números fuera de los círculos muestran los PCWDE detectados que actúan sobre sus sustratos (putativos) en cada
momento.

Más de la mitad del número total de CAZimas degradantes de la pared celular vegetal
detectadas, 27 y 30, se produjeron en todos los puntos de tiempo estudiados en los cultivos de O.
rivulosa y G. subvermispora, respectivamente (Figura 2, Tabla complementaria S1g,h). En ambas
especies, la mayoría de estas proteínas comunes eran celulasas y hemicelulasas de diversas familias de GH
Las enzimas relacionadas con la modificación de la lignina fueron comunes a todos los puntos temporales
compuestos por enzimas proveedoras de H2O2 AA3 en ambas especies, así como peroxidasas de
manganeso (MnP) AA2 en G. subvermispora. Después de 2 semanas de cultivo, 11 y 6 CAZimas fueron
exclusivas para cultivos de O. rivulosa y G. subvermispora, respectivamente (Figura 2). El número de
proteínas únicas disminuyó fuertemente en los puntos de tiempo posteriores de ambos hongos. No se
detectó ninguno en cultivos de 4 semanas y solo una proteína estuvo presente en cultivos de 8 semanas
de O. rivulosa. En el cultivo de G. subvermispora , se detectaron una y cuatro proteínas únicas en ciclos de 4 y 8 sem
Machine Translated by Google

Biomoléculas 2022, 12, 1017 6 de 14

cultivos, respectivamente (Figura 2b). Además, se compartió una PCWDE de O. rivulosa y G.

subvermispora entre cultivos de 4 y 8 semanas. Solo O. rivulosa tenía PCWDE que se compartieron
entre cultivos de 2 y 8 semanas (Figura 2a).

Figura 2. Diagramas de Venn que muestran las CAZimas únicas y comunes que actúan sobre la pared celular vegetal
en cultivos de madera maciza de abeto de 2, 4 y 8 semanas de (a) O. rivulosa y (b) G. subvermispora. Se representan
las abreviaturas de CAZyme (consulte la Tabla complementaria S1a, d) seguidas de los ID de proteína JGI, y su color
de fuente está de acuerdo con el sustrato sobre el que supuestamente actúan.

3.2. La producción temprana de MnP sugiere su papel importante durante el comienzo de

la descomposición de la madera El número de enzimas que actúan sobre la lignina
producidas por O. rivulosa disminuyó durante el cultivo, mientras que en G. subvermispora el
número de proteínas detectadas fue constante en todos los puntos temporales durante los 8 años.
-cultivos de una semana (Figura 1). Tres MnP (ID de proteína: 727100, 891614 y 438941) de los 11
genes que codifican MnP de O. rivulosa (https: //genome.jgi.doe.gov/pages/search-for-genes.jsf?
organism = Obbri1, consultado el 5 de abril de 2022) se produjeron en cultivos de 2 semanas (Figura
2), lo que se correlaciona bien con nuestro estudio transcriptómico anterior donde dos MnP (Prot. ID:
727100 y 891614) se encontraban entre los genes codificantes de PCWDE más expresados durante
O cultivo de rivulosa en abetos [31].
O. rivulosa MnP 891614 fue el único MnP entre los PCWDE más abundantes producidos (Tabla 2).
Su producción fue la más alta en cultivos de 2 semanas, y solo se produjeron cantidades bajas en
las últimas etapas del cultivo. En cultivos de G. subvermispora, los MnP fueron las enzimas
modificadoras de lignina más abundantes producidas con cinco isoenzimas detectadas (ID de
proteína: 105539, 94398, 50686, 49863 y 117436) de los 13 genes que codifican MnP (Tabla 1) [11].
Tres MnP altamente producidos mostraron una tendencia decreciente con el tiempo, de manera
similar con la mayoría de los diez MnP detectados en el secretoma de G. subvermispora (cepa RP-
B) cultivados en cultivos líquidos que contenían álamo molido con bolas, destacando así la
importancia de estos enzimas en las primeras etapas de la degradación de la madera [32]. El más
producido fue MnP7 (Protein ID: 105539), que se detectó durante todo el cultivo, con una abundancia
excepcionalmente alta en cultivos de 8 semanas (Tabla 1). La cantidad de MnP10 (Protein ID:
117436) aumentó ligeramente durante el cultivo. Anteriormente, se había informado que MnP10 era
el MnP regulado al alza con mayor fuerza en cultivos líquidos de G. subvermispora que contenían
álamo temblón molido durante siete días de cultivo [32]. Como se ha detectado una pérdida
significativa de lignina en la madera sólida de abeto después de tres días de cultivo de G.
subvermispora, la degradación selectiva de la lignina es pronunciada en etapas muy tempranas de la descomp
Machine Translated by Google

Biomoléculas 2022, 12, 1017 7 de 14

Tabla 1. Las 25 CAZimas degradantes de la pared celular vegetal más abundantes producidas por G. subvermispora
durante el crecimiento en madera maciza de abeto. Valores IP = valores del perfil de iones. Identificadores de proteínas asignados por

JGI MycoCosm (https://mycocosm.jgi.doe.gov/Cersu1/Cersu1.home.html, consultado el 5 de abril de 2022).

Las abreviaturas de enzimas se presentan en la Tabla complementaria S1d.

Abundancia de proteínas (valores IP)

Punto de tiempo (semanas)

Sustrato/
Protein_ID CAZy Enzima 2 4 8
Función

80773 AA3_3 AOX Suministro de 739 163 266

105539 AA2 MNP H2O2 lignina 263 242 1218
59733 CBM1-GH10 XLN xilano lignina 176 60 19
49863 AA2 MNP galacto(gluco) 133 40 12

94795 CBM1-GH5_7 HOMBRE 110 61 9

manano
46564 AA9 LPMO diverso 92 59 31
136606 GH7-CBM1 CBHI celulosa 85 68 5
115721 GH5_22 BXL xilano 77 40 36
66688 AA9-CBM1 LPMO diverso 73 72 8
50686 AA2 MNP lignina 56 146 dieciséis

80500 GH2 MND galacto(gluco) 46 21 18

manano
97858 CBM1-GH10 XLN 43 –
xilano dieciséis

84557 AA3_2 AAO H2O2 -suministro 42 38 47

84792 AA8-AA3_1 CDH de celulosa 39 26 12
162360 GH51 ABF diversa lignina 34 15 9
94398 AA2 MNP 26 4 –
116159 AA3_2 AAO 25 –
H2O2 -suministro
118322 CE15 GE xilano 24 6 18 39

147790 galacto(gluco) 23 15 14
GH5_7 HOMBRE
manano
118801 AA1_1 LCC 23 – –
lignina

85281 GH27 AGL galacto(gluco) 22 13 dieciséis

manano
117120 GH3 BGL celulosa 22 10 8
117436 AA2 MNP lignina 21 23 36
67561 CBM1-GH10 XLN 20 5 –
xilano
79557 CBM1-GH5_5 EGL celulosa 18 dieciséis 6

Esto está respaldado por los análisis de composición de la madera de abeto después del crecimiento de hongos por
FTIR (Figura 3). La relación relativa lignina/carbohidratos se determinó como las intensidades de
1510 cmÿ1/1060 cmÿ1 [34] indicó pérdida de lignina en las primeras etapas de G. subvermispora
y cultivo de O. rivulosa en abetos. G. subvermispora es más eficiente que O. rivulosa en
degradación de la lignina después de dos semanas de cultivo, pero la proporción es similar para ambas especies
después de ocho semanas. De manera similar, la degradación de lignina y hemicelulosas por G. subvermispora
ha sido detectado en madera de roble durante las primeras cinco semanas de cultivo [35].
Además de MnP, O. rivulosa y G. subvermispora codifican uno y dos lignina
enzimas de tipo peroxidasa, respectivamente [14,18]. Sin embargo, no se produjo ninguno durante
Cultivo de 8 semanas en abeto. Detección de MnPs como las únicas peroxidasas modificadoras de lignina
en cultivos de O. rivulosa y G. subvermispora destacaron su importancia en la degradación
de madera maciza de abeto. Esto es consistente con los estudios previos sobre la producción de
MnPs como las principales enzimas modificadoras de lignina de O. rivulosa cuando se cultiva en madera de abeto
fichas [36,37]. Asimismo, se ha demostrado que G. subvermispora (cepa SS-3) produce MnP como
su principal enzima modificadora de lignina en astillas de madera de pino loblolly y eucalipto [38,39].
Machine Translated by Google

Biomoléculas 2022, 12, 1017 8 de 14

Figura 3. Espectros FTIR de reflectancia difusa de muestras de madera de abeto noruego después de 2, 4 y 8
semanas de cultivo de hongos: (a) espectros FTIR después del cultivo de O. rivulosa, (b) espectros FTIR después
del cultivo de G. subvermispora y (c) relación lignina (1510 cmÿ1 )/polisacárido (1060 cmÿ1 ).

Además de las peroxidasas modificadoras de la lignina, las lacasas también están implicadas en
la degradación de la lignina . La oxidación de las estructuras de lignina de la madera ha sido detectada
por lacasas fúngicas solas o en presencia de mediadores redox de bajo peso molecular [40–42]. Ocho
lacasas están presentes en el genoma de O. rivulosa [14], mientras que G. subvermispora tiene siete
genes predichos que codifican lacasas [11]. A diferencia de las múltiples isoenzimas MnP detectadas en
los cultivos de palitos de abeto estudiados, O. rivulosa (Proteína ID: 452017) produjo solo una única
isoenzima lacasa después de 2 y 4 semanas, y el correspondiente ortólogo de lacasa de G. subvermispora
(Proteína ID: 118801) fue producido después de 2 semanas. Además, esta isoenzima lacasa fue la única
enzima modificadora de lignina producida por G. subvermispora después de un cultivo de 2 semanas (Figura 2b).
Las bajas abundancias y la secreción limitada a la etapa temprana del cultivo indican que las lacasas
pueden tener una influencia restringida en la degradación de la lignina en O. rivulosa y G. subvermispora,
pero pueden tener un papel en la colonización inicial de la madera en condiciones naturales. En
consecuencia, hemos detectado una expresión baja y temprana de genes que codifican lacasa en cultivos
de ramas de abeto de O. rivulosa [ 31].
En el proceso de degradación de la lignina por los hongos de la pudrición blanca, una serie de
enzimas redox, como las oxidorreductasas de glucosa-metanol-colina (GMC) de la familia AA3 y las
oxidasas radicales de cobre (CRO) AA5, suministra H2O2 a las peroxidasas de clase II [43] , así como a los LPMO [4
Las enzimas que suministran H2O2 representaron una pequeña proporción de las CAZimas que degradan
la pared celular de la planta en O. rivulosa (4 %), mientras que en G. subvermispora constituyeron una
fracción notablemente más alta que representa el 10 % de las PCWDE detectadas. Las enzimas AOX de la
familia AA3_3 generadoras de H2O2 fueron las PCWDE más producidas en cultivos de piceas de O. rivulosa
y G. subvermispora, lo que indica un sistema ligninolítico muy potente en ambas especies estudiadas (Tablas 1 y 2).
La altamente producida G. subvermispora AOX (Protein ID: 80773) también ha sido abundantemente
Machine Translated by Google

Biomoléculas 2022, 12, 1017 9 de 14

producido en fermentación en estado sólido (SSF) de alcachofa de Jerusalén, junto con un AA3_2
aril alcohol oxidasa (AAO) (Protein ID: 117387) [45]. Curiosamente, esta AAO ha sido la
principal enzima proveedora de H2O2 en el secretoma de G. subvermispora álamo líquido molido con bolas
cultivos [32], pero no se detectó en nuestro estudio.

Tabla 2. Las 25 CAZimas degradadoras de la pared celular vegetal más abundantes producidas por O. rivulosa durante
crecimiento en madera maciza de abeto. Valores IP = valores del perfil de iones. Identificadores de proteínas asignados
por JGI Myco Cosm (https://mycocosm.jgi.doe.gov/Obbri1/Obbri1.home.html, consultado el 5 de abril de 2022). Enzima

las abreviaturas se presentan en la Tabla complementaria S1a.

Abundancia de proteínas (valores IP)

Punto de tiempo (semanas)

Sustrato/
Identificación de proteínas
CAZy Enzima 2 4 8
Función

790443 AA3_3 AOX H2O2 -suministro 408 132 144

641261 de galacto(gluco) 214 68 70

CBM1-GH5_7 HOMBRE
manano
838746 CBM1-GH10 XLN xilano 166 26 14
724015 CE16 AEH diversa 110 50 32
731121 GH7-CBM1 CBHI celulosa 83 29 11
891614 AA2 MnP* 59 – 5
lignina
833133 AA9-CBM1 LPMO diversa 50 22 27
821398 AA9 LPMO diversa 46 15 –
812963 GH131 EGL celulosa 43 16 15
851185 CBM1-GH10 XLN 43 – –
xilano
789567 GH35 LACA diversa 37 29 52
476379 CBM1-GH6 CBHII celulosa 37 6 –

719765 galacto(gluco) 36 17 19
GH5_7 HOMBRE
manano
885712 AA3_2 GOX H2O2 -suministro 30 10 10
788967 CBM1-GH5_5 EGL de celulosa 28 13 24

849432 GH27 AGL galacto(gluco) 26 18 19

manano

753990 GH2 MND galacto(gluco) 25 18 30

manano
749512 CBM1-CE16 AEH diversos 22 – –
819531 GH5_22 BXL xilanos 21 32 48

813927 GH2 MND galacto(gluco) 21 14 29

manano
664751 AA8-AA3_1 CDH celulosa 21 6 7
816606 CE16 AEH diversa 17 – –
762191 CE15 GE xilano 16 13 12
784936 GH3 BGL celulosa 15 13 13
627233 GH3 BGL celulosa 15 10 22

*Hakala et al. (2006) [36].

3.3. O. rivulosa y G. subvermispora mostraron una producción constante de enzimas celulolíticas

Las enzimas despolimerizantes de celulosa comprendían la mayor proporción de células vegetales.
CAZimas que degradan la pared producidas por O. rivulosa (23%) (Tabla complementaria S1a). los
el número de enzimas celulolíticas se mantuvo constante tanto en O. rivulosa como en G. subvermispora
cultivos durante el cultivo de 8 semanas (Figura 1).
Un repertorio enzimático completo necesario para la hidrólisis de la celulosa fue producido por ambos
especies estudiadas. Las enzimas celulolíticas más producidas en ambas especies fueron
Celobiohidrolasa I GH7 (CBHI) dirigida a la degradación de la celulosa cristalina
(Cuadros 1 y 2). Curiosamente, O. rivulosa y G. subvermispora produjeron los niveles más altos
de CBHI y otras celulasas después de 2 semanas, similar a las enzimas modificadoras de lignina, disputando
el enfoque hipotético de degradación de lignina selectiva en estas condiciones. Previamente,
se había detectado una despolimerización menor de celulosa en G. subvermispora (cepa SS-3)
Machine Translated by Google

Biomoléculas 2022, 12, 1017 10 de 14

cultivos de astillas de madera de eucalipto ya 15 días de cultivo [46], lo que respalda nuestro hallazgo
de una capacidad celulolítica activa. Un repertorio de enzimas que hidrolizan la celulosa se complementó
con EGL y BGL, así como con LPMO oxidativos que escinden la celulosa y otros polisacáridos de la
pared celular vegetal, y una celobiosa deshidrogenasa (CDH) que sirve como donante de electrones
externo en reacciones catalizadas por LPMO [47,48]. ] (Tabla 2), que estaban presentes en ambos
proteomas fúngicos cultivados en madera de abeto. Tanto O. rivulosa como G. subvermispora con
ocho y nueve genes codificantes de AA9 LPMO putativos, respectivamente, indican capacidad oxidativa
para la degradación de polisacáridos vegetales. Dos LPMO de O. rivulosa se encontraban entre las
proteínas más abundantemente producidas en los cultivos de abeto, lo que está en consonancia con
los altos niveles de transcripción de sus genes correspondientes en cultivos similares [31]. Los tres
LPMO de G. subvermispora detectados en cultivos de abeto en este estudio también se han regulado
al alza en el nivel de transcripción en medio líquido de álamo temblón molido con bolas; pero,
sorprendentemente , ninguno de ellos se ha detectado como proteínas de cultivos de glucosa, Avicel o
álamo molido líquido [11]. Los niveles y las tendencias de producción de CDH estuvieron de acuerdo
con los de los LPMO en ambas especies estudiadas. Esto indica una cierta discrepancia entre la
expresión de LPMO y los niveles de producción. Se han informado inconsistencias entre los datos del
transcriptoma y el proteoma en cultivos fúngicos, y se ha sugerido que son el resultado de la tasa de
transcripción y traducción diferencial, el ARNm y la estabilidad de la proteína, así como las propiedades
bioquímicas de las proteínas [21,49,50].

3.4. La producción temprana de hemicelulasas coincidió con enzimas modificadoras de lignina

Las xilanasas representaron la mayoría (28 %) de los PCWDE detectados en cultivos de piceas
de G. subvermis pora (Figura 1b), mientras que se observó una porción más pequeña en cultivos de
O. rivulosa (18 %). Familia GH5_7 manano que hidroliza ÿ-1,4-endomananasa (MAN)
(Protein ID: 641261) fue la hemicelulasa más abundante en los cultivos de picea de O. rivulosa , lo
que indica que este hongo tiene una buena capacidad para convertir la picea que tiene manano como
principal polímero de hemicelulosa [51]. Anteriormente mostramos que los genes que codifican GH5_7
MAN y GH10 ÿ–1,4-endoxilanasa (XLN) se expresaron en niveles comparablemente altos en los
cultivos de picea de O. rivulosa después de dos semanas [31]. Aunque el xilano está presente en
cantidades más bajas en el abeto (12,4 mol %) en comparación con el manano (16,7 mol %) [51], los
GH10 XLN, que hidrolizan los enlaces ÿ-1,4 en el esqueleto del xilano, fueron las principales enzimas
hidrolíticas producidas por G. subvermispora con sus seis isoenzimas XLN detectadas. Los dos XLN
más producidos en madera de abeto (ID de proteína: 59733, 97858) también se detectaron en cultivos
líquidos de álamo molido con bolas de G. subvermispora [32], mientras que se identificaron dos
isoenzimas diferentes (ID de proteína: 67561, 116326). en el exo-proteoma de G. subvermispora de
cultivos SSF de alcachofa de Jerusalén [45], lo que implica la inducción de diferentes isoenzimas por
diferentes sustratos de biomasa vegetal.
En ambas especies se detectó una presencia relativamente baja de xiloglucanasas, que
representan aproximadamente el 5 % de las PCWDE detectadas. Esto refleja el bajo contenido de
xiloglucano en la madera blanda (10 % (p/p) en las paredes celulares primarias) [52]. La mayoría de
las hemicelulasas en ambas especies mostraron niveles decrecientes durante el tiempo de cultivo, de
manera similar a las enzimas modificadoras de lignina , lo que respalda un enfoque de degradación
simultánea de lignina en lugar de una eliminación selectiva de lignina prevista. Las excepciones fueron
dos GH2 MND detectados y dos GH5_22 BXL intracelulares en cultivos de O. rivulosa, y dos GH10
XLN y una CE15 glucuronoil esterasa (GE) en cultivos de G. subvermispora, todos los cuales fueron
más abundantes después de 8 semanas (Tabla complementaria S1d) .
Diversas actividades que comprenden enzimas, como GH51 ABF, CE16 hemicelulosa acetil
esterasas (HAE), GH35 ÿ-galactosidasas (LAC) y AA9 LPMO, que supuestamente actúan sobre
varios sustratos, constituyeron el 22 % de todas las CAZimas detectadas en O. rivulosa y el 18 %
en G. subvermispora (Tabla complementaria S1b,e). El número de CAZimas con actividades
diversas disminuyó en los cultivos de O. rivulosa, mientras que en G. subvermispora el número se
mantuvo constante durante todo el período de cultivo (Figura 1). Curiosamente, HAE fue una de
las enzimas más abundantemente producidas en O. rivulosa, mientras que en G. subvermispora
las LPMO fueron las actividades diversas más abundantes que comprenden enzimas.
Machine Translated by Google

Biomoléculas 2022, 12, 1017 11 de 14

Los ABF de GH51 actúan sobre cadenas laterales de diferentes polisacáridos que contienen
arabinosa, como xiloglucanos, arabinoxilanos y pectina [53]. Aunque la arabinosa es solo un
constituyente menor en la madera, representando el 2,9 % mol en la picea [51], curiosamente, se
detectó una isoenzima ABF en los cultivos de picea de ambas especies. La misma G. subvermispora
ABF (ID de proteína: 162360) se ha detectado en el cultivo SSF en alcachofa de Jerusalén que tiene
un mayor contenido de arabinosa (5 %) [45] , así como en los cultivos sumergidos de álamo temblón
molido con bolas en la etapa de cultivo inicial [ 32]. Se ha especulado que ABF contribuye indirectamente
a la degradación de la lignina; [32] aunque no hay evidencia de la existencia de arabinosa unida al
ácido ferúlico en la madera, que podría estar entrecruzada con la lignina.

4. Conclusiones

En conclusión, tanto O. rivulosa como G. subvermispora produjeron todas las enzimas

lignocelulolíticas necesarias para el tipo de pudrición blanca de la madera sólida de abeto, que
involucró una serie de celulasas, hemicelulasas, enzimas modificadoras de lignina y oxidorreductasas
auxiliares secretadas. Se compartió un conjunto central de PCWDE ortólogos que sugirieron un
enfoque similar para la degradación de la biomasa vegetal. La dinámica de los niveles de proteína
detectados durante el cultivo de 8 semanas reveló que varias peroxidasas de clase II que modifican la
lignina junto con otras oxidorreductasas se produjeron abundantemente después del cultivo de 2
semanas, lo que sugiere un ataque oxidativo sobre la lignina durante la etapa temprana de crecimiento
en la madera. Previamente se han observado tendencias similares en la abundancia de peroxidasas
de clase II para O. rivulosa [36], G. subvermispora [45] y otras especies de pudrición blanca cultivadas
en sustratos sólidos de lignocelulosa, como Phlebia radiata [28].
Aunque se ha postulado la degradación selectiva de lignina para O. rivulosa y G. subvermispora,
en las condiciones utilizadas en este estudio los resultados obtenidos no corroboraron estas cepas
monocarióticas como degradadores selectivos de lignina. Si bien los mecanismos enzimáticos detrás
de la degradación selectiva de la lignina siguen sin resolverse en gran medida, se sabe que esta
estrategia puede verse afectada por múltiples parámetros. Uno de los factores más destacados es la
dependencia temporal, que limita la eliminación de la lignina a una etapa temprana de descomposición,
mientras que la degradación de la hemicelulosa y la celulosa aparece más tarde [8,54]. Además, al
igual que se sabe que varias cepas de una especie muestran variaciones considerables en la
selectividad de la lignina, existen diferencias en el patrón de degradación entre las cepas dicarióticas y
monocarióticas de la misma especie [55-57]. Una mayor tasa de crecimiento micelial, niveles de
actividad enzimática y una inducción más amplia de genes que codifican CAZyme de cepas dicarióticas
en comparación con las cepas monocarióticas indican una mejor capacidad general para crecer y
utilizar la biomasa vegetal. Monokary otic O. rivulosa y G. subvermispora demostraron que, aunque la
mayoría de las CAZimas que produjeron durante el crecimiento en picea eran ortólogas, su diversidad
con respecto a la producción dependiente del tiempo de enzimas que degradan la pared celular vegetal
sugiere una estrategia diferente para la degradación de la picea para estas especies relacionadas taxonómicame

Materiales complementarios: la siguiente información de apoyo se puede descargar en: https: //

www.mdpi.com/article/10.3390/biom12081017/s1, Figura S1: Crecimiento de hongos en palos de
madera de abeto durante 2, 4 y 8 semanas. (a) O. rivulosa monokaryon 3A-2 y (b) G. subvermispora
monokaryon RP-B; Figura S2: Análisis de componentes principales (PCA) de los proteomas de (a) O.
rivulosa y (b) G. subvermispora. Tabla S1: CAZimas que degradan la pared celular vegetal y sus
respectivos ortólogos detectados en el proteoma de O. rivulosa y G. subvermispora.

Contribuciones de los autores: Conceptualización, KH, MRM y RPdV; metodología y validación, MM, MDF y
AG; análisis e investigación formal, MM, MDF, MVAP y AG; recursos, AT, AG y KH; curación de datos, MDF;
redacción—preparación del borrador original, MM, MDF y AG; redacción—revisión y edición, KH, MRM y RPdV;
visualización, MM y KH; supervisión, KH, MRM y RPdV; administración del proyecto y adquisición de fondos, KH
Todos los autores han leído y están de acuerdo con la versión publicada del manuscrito.

Financiamiento: MM fue apoyado por la Comisión Europea, la red Marie Curie ITN SuBiCat FP7 Acuerdo de
subvención no: 607044 y la beca de investigación de la Academia de Finlandia no: 297847. Se reconoce la
subvención de la Academia de Finlandia no: 308284 a MRM. MVAP fue apoyado por una subvención de los holandeses
Machine Translated by Google

Biomoléculas 2022, 12, 1017 12 de 14

Technology Foundation STW, división de Ciencias Aplicadas de NWO; y el Programa de Tecnología del Ministerio Holandés de Asuntos
Económicos 016.130.609 a RPdV. El análisis de espectrometría de masas se realizó en el Centro de Aplicaciones Biológicas de Espectrometría
de Masas (CBAMS) de la Universidad de Concordia, Montreal, Canadá.

Declaración de la Junta de Revisión Institucional: No corresponde.

Declaración de consentimiento informado: No aplicable.

Declaración de disponibilidad de datos: los datos de proteómica se han depositado en el Consorcio

ProteomeXchange a través del repositorio de socios PRIDE (www.ebi.ac.uk/pride/) y son accesibles con el
identificador de conjunto de datos PXD030609 y 10.6019/PDX030609.

Agradecimientos: Se agradece a Dan Cullen (Laboratorio de Productos Forestales, Madison, WI, EE. UU.) por proporcionarnos G.
subvermispora monokaryon FP-105752 (RP-B).

Conflictos de interés: Los autores declaran no tener ningún conflicto de interés.

Referencias
1. Mäkelä, MR; Hildén, KS; de Vries, RP Degradación y modificación de la biomasa vegetal por hongos. En Genómica de hongos. los
micota; Nowrousian, M., Ed.; Springer: Berlín/Heidelberg, Alemania, 2014; págs. 175–208.
2. Lundell, T.; Mäkelä, MR; de Vries, RP; Hildén, KS Genómica, estilos de vida y perspectivas futuras de Basidiomycota en descomposición de la madera y basura. En Avances en
la Investigación Botánica; Martín, F., Ed.; Elsevier: Ámsterdam, Países Bajos, 2014; Volumen 70, págs. 329–370.

3. Hatakka, A.; Hammel, KE Biodegradación fúngica de lignocelulosas. En Aplicaciones Industriales, La Mycota; Hofrichter, M., Ed.; Springer: Berlín/Heidelberg, Alemania, 2011;
págs. 319–340.
4. Lombardo, V.; Golaconda Rámulu, H.; Drula, E.; Coutinho, PM; Henrissat, B. La base de datos de enzimas activas de carbohidratos (CAZy)
en 2013. Ácidos nucleicos Res. 2014, 42, D490–D495. [Referencia cruzada] [PubMed]
5. Korripally, P.; Caza, CG; Houtman, CJ; Jones, CC; Kitin, PJ; Cullen, D.; Hammel, KE Regulación de la expresión génica durante el
inicio de la oxidación ligninolítica por Phanerochaete chrysosporium en madera de abeto. aplicación Reinar. Microbiol. 2015, 81, 7802–7812.
[Referencia cruzada] [PubMed]

6. Akhtar, M.; Blanchette, RA; Kirk, TK Deslignificación fúngica y pulpado biomecánico de la madera. En Biotecnología en la Pulpa
e Industria Papelera; Eriksson, K.-E., Ed.; Springer: Berlín/Heidelberg, Alemania, 1997; págs. 159–195.
7. Gupta, R.; Mehta, G.; Khasa, YP; Kuhad, RC La deslignificación fúngica de biomasa lignocelulósica mejora la sacarificación de
celulósicos. Biodegradación 2011, 22, 797–804. [Referencia cruzada] [PubMed]
8. Hakala, TK; Maijala, P.; Konn, J.; Hatakka, A. Evaluación de nuevos poliporos que pudren la madera y hongos corticoides para la descomposición y
biopulpado de madera de pícea de Noruega (Picea abies). Enz. Microbio. Tecnología 2004, 34, 255–263. [Referencia cruzada]
9. Adaskaveg, JE; Gilbertson, RL; Dunlap, MR Efectos del tiempo y la temperatura de incubación en la deslignificación selectiva in vitro de
Roble de hoja plateada de Ganoderma colossum. aplicación Reinar. Microbiol. 1995, 61, 138–144. [Referencia cruzada]
10. Blanchette, RA Degradación del complejo lignocelulósico en la madera. Pueden. J.Bot. 1995, 73, S999–S1010. [Referencia cruzada]
11. Fernández-Fueyo, E.; Ruiz-Dueñas, FJ; Ferreira, P.; Floudas, D.; Hibbett, DS; Canessa, P.; Larrondo, LF; James, TY; Seelenfreund, D.; Lobos, S.; et al. La genómica comparativa
de Ceriporiopsis subvermispora y Phanerochaete chrysosporium proporciona información sobre la ligninolisis selectiva. proc. nacional Academia ciencia EE . UU. 2012, 109,
5458–5463. [Referencia cruzada]
12. Carpeta, M.; Justo, A.; Riley, R.; Salamov, A.; López-Giraldez, F.; Sjokvist, E.; Copeland, A.; Fomentar, B.; Sol, H.; Larsson, E.; et al.
Resumen filogenético y filogenómico de los Polyporales. Micología 2013, 105, 1350–1373. [Referencia cruzada]
13. Justo, A.; Miettinen, O.; Floudas, D.; Ortiz-Santana, B.; Sjokvist, E.; Lindner, D.; Nakasona, K.; Niemelä, T.; Larsson, KH; Ryvarden, L.; et al. Una clasificación
revisada a nivel de familia de Polyporales (Basidiomycota). Biología fúngica. 2017, 121, 798–824.
[Referencia cruzada]

14. Miettinen, O.; Riley, R.; Barry, K.; Cullen, D.; de Vries, RP; Henao, M.; Hatakka, A.; Henrissat, B.; Hilden, K.; Kuo, R.; et al.
Proyecto de secuencia del genoma del hongo de la podredumbre blanca Obba rivulosa 3A-2. Anuncio del genoma. 2016, 4, e00976-16. [Referencia cruzada]
15. Sol, YF; Lebretón, A.; Xing, JH; Colmillo, YX; Si, J.; Morín, E.; Miyauchi, S.; Drula, E.; Ahrendt, S.; Cobaugh, K.; et al. La filogenómica y la genómica comparativa destacan las
características genéticas específicas de las especies de Ganoderma. J. Hongos 2022, 8, 311. [Referencia cruzada]
16. Altenhoff, AM; Glover, Nuevo México; Dessimoz, C. Inferir ortología y paralogía. Métodos Mol. Biol. 2019, 1910, 149–175. [Referencia cruzada]
17. Benoit, I.; Culleton, H.; Zhou, M.; DiFalco, M.; Aguilar-Osorio, G.; Battaglia, E.; Bouzid, O.; Brower, C.; El-Bushari, HBO; Coutinho, PM; et al. Los hongos estrechamente
relacionados emplean diversas estrategias enzimáticas para degradar la biomasa vegetal. Biotecnología. Biocombustibles 2015, 8, 107. [Referencia cruzada]

18. Fernández-Fueyo, E.; Ruiz-Dueñas, FJ; Miki, Y.; Martínez, MJ; Hammel, KE; Martinez, AT Peroxidasas degradantes de lignina del genoma del hongo ligninolítico selectivo
Ceriporiopsis subvermispora. J. Biol. química 2012, 287, 16903–16916. [Referencia cruzada]
19. Hatakka, AI; Uusi-Rauva, AK Degradación de lignina de madera de álamo marcada con 14C por hongos de podredumbre blanca seleccionados. EUR. Aplicación J.
Microbiol. Biotecnología. 1983, 17, 235–242. [Referencia cruzada]
Machine Translated by Google

Biomoléculas 2022, 12, 1017 13 de 14

20. Mäkelä, M.; Galkín, S.; Hatakka, A.; Lundell, T. Producción de ácidos orgánicos y oxalato descarboxilasa en blanco degradante de lignina
hongos de podredumbre. enzima Microbio. Tecnología 2002, 30, 542–549. [Referencia cruzada]
21. Rytioja, J.; Hilden, K.; Di Falcó, M.; Zhou, M.; Aguilar-Pontes, MV; Sietio, OM; Tsang, A.; de Vries, RP; Mäkelä, MR La respuesta molecular del hongo de la podredumbre blanca Dichomitus
squalens a la biomasa leñosa y no leñosa examinada mediante análisis de transcriptomas y exoproteomas. Reinar. Microbiol. 2017, 19, 1237–1250. [Referencia cruzada]

22. Mahajan, C.; Basotra, N.; Singh, S.; Di Falcó, M.; Tsang, A.; Chadha, BS Malbranchea cinnamomea: Una fuente fúngica termófila de glicosil hidrolasas lignocelulolíticas catalíticamente
eficientes y enzimas dependientes de metales. Biorrecursos. Tecnología 2016, 200, 55–63.

[Referencia cruzada]

23. Budak, SO; Zhou, M.; Brower, C.; Wiebenga, A.; Benoit, I.; Di Falcó, M.; Tsang, A.; de Vries, RP Un estudio genómico de proteasas
en Aspergilli. Genoma BMC. 2014, 15, 523. [Referencia cruzada]
24. Lê, S.; Josse, J.; Husson, F. FactoMineR: Un paquete R para análisis multivariado. Estado J. suave 2008, 25, 1–18. [Referencia cruzada]
25. Li, L.; Stoeckert, CJ, Jr.; Roos, DS OrthoMCL: Identificación de grupos ortólogos para genomas eucariotas. Genoma Res. 2003, 13,
2178–2189. [Referencia cruzada]

26. Gorzsás, A.; Sundberg, B. Huella digital química de Arabidopsis utilizando enfoques espectroscópicos infrarrojos por transformada de Fourier (FT-IR) . Métodos Mol. Biol. 2014, 1062, 317–
352. [Referencia cruzada]
27. Felten, J.; Pasillo, H.; Jaumot, J.; Tauler, R.; de Juan, A.; Gorzsás, A. Addendum: Análisis de imágenes espectroscópicas vibratorias de material biológico utilizando resolución de curva
multivariante: mínimos cuadrados alternos (MCR-ALS). Nat. Protocolo 2019, 14, 3032. [Referencia cruzada]
28. Kuuskeri, J.; Hakkinen, M.; Laine, P.; Smolander, OP; Tamene, F.; Miettinen, S.; Nousiainen, P.; Kemel, M.; Auvinen, P.; Lundell, T. Dinámica a escala temporal del proteoma y el transcriptoma

del hongo de la podredumbre blanca Phlebia radiata: Crecimiento en la madera de abeto y efecto de descomposición en la lignocelulosa. Biotecnología. Biocombustibles 2016, 9, 192.
[Referencia cruzada]
29. Hage, H.; Miyauchi, S.; Virágh, M.; Drula, E.; Mín, B.; Chaduli, D.; Navarro, D.; Favel, A.; Norest, M.; Lesage-Meessen, L.; et al.
Las expansiones de familias de genes y las firmas transcriptómicas descubren adaptaciones fúngicas a la descomposición de la madera. Reinar. Microbiol. 2021, 23, 5716–5732. [Referencia
cruzada]

30. Peng, M.; Aguilar-Pontes, MV; Henao, M.; Henrissat, B.; Hilden, K.; Mäkelä, MR; de Vries, RP El análisis comparativo de los transcriptomas de basidiomicetos revela un conjunto central de
genes expresados que codifican enzimas que degradan la biomasa vegetal. gineta fúngica.
Biol. 2018, 112, 40–46. [Referencia cruzada]

31. Marinovic, M.; Aguilar-Pontes, MV; Zhou, M.; Miettinen, O.; de Vries, RP; Mäkelä, MR; Hilden, K. El análisis del transcriptoma temporal del hongo de la podredumbre blanca Obba rivulosa
muestra la expresión de un conjunto constitutivo de genes dirigidos a la degradación de la pared celular de la planta durante el crecimiento en madera maciza de abeto. gineta fúngica.
Biol. 2018, 112, 47–54. [Referencia cruzada]
32. Hori, C.; Gaskell, J.; Igarashi, K.; Kersten, P.; Mozuch, M.; Samejima, M.; Cullen, D. Las alteraciones temporales en el secretoma del hongo ligninolítico selectivo Ceriporiopsis subvermispora
durante el crecimiento en madera de álamo temblón revelan la estrategia de este organismo para degradar la lignocelulosa. aplicación Reinar. Microbiol. 2014, 80, 2062–2070. [Referencia
cruzada]
33. Fackler, K.; Calificador, C.; Schmutzer, M.; Tavzes, C.; Burguer, I.; Schwanninger, M.; Hinterstoisser, B.; Watanabe, T.; Messner, K.
Modificación biotecnológica de la madera con hongos selectivos de pudrición blanca y sus mecanismos moleculares. Tecnología de los alimentos. Biotecnología. 2007, 45, 269–276.

34. Panzariu, AE; Malu¸tan, T.; Mangalagiu, I. La hidrólisis de materiales celulósicos en líquidos iónicos. BioResources 2014, 9, 282–292.
[Referencia cruzada]

35. Van Kuijk, SJA; Sonnenberg, ASM; Baars, JJP; Hendriks, WH; del Río, JC; Rencoret, J.; Gutiérrez, A.; de Ruijter, NCA; Cone, JW Cambios químicos y mayor degradabilidad de la paja de trigo
y astillas de madera de roble tratadas con los hongos de pudrición blanca Ceriporiopsis subvermispora y Lentinula edodes. Biomasa Bioenergía 2017, 105, 381–391. [Referencia cruzada]

36. Hakala, TK; Hilden, K.; Maijala, P.; Olsson, C.; Hatakka, A. Regulación diferencial de las peroxidasas de manganeso y caracterización de dos genes codificantes de MnP variables en el hongo
de la podredumbre blanca Physisporinus rivulosus. aplicación Microbiol. Biotecnología. 2006, 73, 839–849.
[Referencia cruzada] [PubMed]

37. Hakala, TK; Lundell, T.; Galkín, S.; Maijala, P.; Kalkkinen, N.; Hatakka, A. Peroxidasas de manganeso, lacasas y ácido oxálico del hongo selectivo de la podredumbre blanca Physisporinus
rivulosus cultivado en astillas de madera de abeto. enzima Microbio. Tecnología 2005, 36, 461–468.
[Referencia cruzada]

38. Aguiar, A.; de Souza-Cruz, PB; Ferraz, A. Ácido oxálico, actividad reductora de Fe3+ y enzimas oxidativas detectadas en extractos de cultivo recuperados de astillas de madera de Pinus taeda
biotratadas por Ceriporiopsis subvermispora. enzima Microbio. Tecnología 2006, 38, 873–878.
[Referencia cruzada]

39. Vicentim, MP; Ferraz, A. Producción de enzimas y alteraciones químicas de la madera de Eucalyptus grandis durante la biodegradación por Ceriporiopsis subvermispora en cultivos
suplementados con Mn2+, licor de maceración de maíz y glucosa. enzima Microbio. Tecnología 2007, 40, 645–652. [Referencia cruzada]

40. Kontro, J.; Maltari, R.; Mikkilä, J.; Kähkönen, M.; Mäkelä, MR; Hildén, K.; Nousiainen, P.; Sipilä, J. Aplicabilidad de las lacasas recombinantes del hongo de la podredumbre blanca Obba rivulosa
para la oxidación de lignina de biorrefinería promovida por mediadores a pH bajo. Frente. Bioing.
Biotecnología. 2020, 8, 604497. [Referencia cruzada]

41. Moilanen, U.; Kellock, M.; Varnai, A.; Andberg, M.; Viikari, L. Mecanismos de los tratamientos con mediadores de lacasa que mejoran la
hidrólisis enzimática de abeto pretratado. Biotecnología. Biocombustibles 2014, 7, 177. [Referencia cruzada]
42. Munk, L.; Sitarz, Alaska; Kalyani, DC; Mikkelsen, JD; Meyer, AS ¿Pueden las lacasas catalizar la ruptura de enlaces en la lignina? Biotecnología. Adv.
2015, 33, 13–24. [Referencia cruzada]
Machine Translated by Google

Biomoléculas 2022, 12, 1017 14 de 14

43. Mäkelä, MR; Hildén, KS; Kuuskeri, J. Fungal peroxidasas modificadoras de lignina y enzimas productoras de H2O2 . En Enciclopedia
de Micología; Zaragoza, Ó., Casadevall, A., Eds.; Elsevier: Ámsterdam, Países Bajos, 2021; págs. 247–259.
44. Bissaro, B.; Rohr, Ak; Müller, G.; Chylenski, P.; Skaugen, M.; Forsberg, Z.; Cuerno, SJ; Vaaje-Kolstad, G.; Eijsink, VGH La escisión oxidativa de polisacáridos por enzimas de
monocobre depende del H2O2 . Nat. química Biol. 2017, 13, 1123–1128. [Referencia cruzada]
45. Zhu, N.; Liu, J.; Yang, J.; Lin, Y.; Yang, Y.; Ji, L.; Li, M.; Yuan, H. El análisis comparativo de los secretomas de Schizophyllum commune y otros basidiomicetos de la descomposición
de la madera durante la fermentación en estado sólido revela su exclusivo sistema enzimático degradante de lignocelulosa. Biotecnología. Biocombustibles 2016, 9, 42.
[Referencia cruzada]
46. Ferraz, A.; Córdoba, AM; Machuca, A. Biodegradación de la madera y producción de enzimas por Ceriporiopsis subvermispora durante
fermentación en estado sólido de Eucalyptus grandis. enzima Microbio. Tecnología 2003, 32, 59–65. [Referencia cruzada]
47. Langston, JA; Shaghasi, T.; Abbate, E.; Xu, F.; Vlasenko, E.; Sweeney, MD Despolimerización de celulosa oxidorreductora por las enzimas celobiosa deshidrogenasa y glucósido
hidrolasa 61. Appl. Reinar. Microbiol. 2011, 77, 7007–7015. [Referencia cruzada]
48. Bronceado, TC; Kracher, D.; Gandini, R.; Sygmund, C.; Kittle, R.; Haltrich, D.; Hallberg, BM; Luis, R.; Divne, C. Base estructural para la acción de la celobiosa deshidrogenasa
durante la degradación oxidativa de la celulosa. Nat. común 2015, 6, 7542. [Referencia cruzada]
49. Patyshakulieva, A.; Poste, H.; Zhou, M.; Jurak, E.; Diablos, AJ; Hilden, Kansas; Kabel, MA; Mäkelä, MR; Altelaar, MA; de Vries, RP
Descubriendo las habilidades de Agaricus bisporus para degradar la biomasa vegetal a lo largo de su ciclo de vida. Reinar. Microbiol. 2015, 17, 3098–3109. [Referencia cruzada]

50. Vogel, C.; Marcotte, EM Conocimientos sobre la regulación de la abundancia de proteínas a partir de análisis proteómicos y transcriptómicos. Nat. Rvdo.
Gineta. 2012, 13, 227–232. [Referencia cruzada]
51. Daly, P.; López, SC; Peng, M.; Lancefield, CS; Purvine, SO; Kim, YM; zinc, EM; Dohnalkova, A.; Singan, VR; Lipzen, A.; et al.
Dichomitus squalens adapta parcialmente sus respuestas moleculares a la composición de la madera maciza. Reinar. Microbiol. 2018, 20, 4141– 4156. [ Referencia cruzada ]

52. Scheller, HV; Ulvskov, P. Hemicelulosas. año Rev. Plant Biol. 2010, 61, 263–289. [Referencia cruzada]
53. Rytioja, J.; Hilden, K.; Yuzón, J.; Hatakka, A.; de Vries, RP; Mäkelä, MR Enzimas degradadoras de polisacáridos vegetales de
Basidiomicetos. Microbiol. mol. Biol. Rev. 2014, 78, 614–649. [Referencia cruzada]
54. Blanchette, RA Deslignificación por hongos de descomposición de la madera. año Rev. Phytopathol. 1991, 29, 381–398. [Referencia cruzada]
55. Casado López, S.; Peng, M.; Isaac, TY; Daly, P.; de Vries, RP; Mäkelä, MR Inducción de genes que codifican enzimas activas de carbohidratos que degradan la pared celular
vegetal por monosacáridos derivados de lignocelulosa y celobiosa en el hongo de la podredumbre blanca Dichomitus squalens. aplicación Reinar. Microbiol. 2018, 84,
e00403-18. [Referencia cruzada]
56. Casado López, S.; Theelen, B.; Manserra, S.; Isaac, TY; Rytioja, J.; Mäkelä, MR; de Vries, RP Diversidad funcional en
Dichomitus squalens monokaryons. Hongo IMA 2017, 8, 17–25. [Referencia cruzada]
57. Liu, T.; Li, H.; Ding, Y.; Qi, Y.; Gao, Y.; Canción, A.; Shen, J.; Qiu, L. Patrones de expresión génica en todo el genoma en dikaryon del
hongo basidiomiceto Pleurotus ostreatus. Brasil. J. Microbiol. 2017, 48, 380–390. [Referencia cruzada]
Machine Translated by Google