El núcleo

- GENERALIDADES

* Orgánulo más grande de la célula, directamente conectado con el retículo

endoplásmico.

Dentro de él encontramos a:

- ADN e histonas (material genético y proteínas que apoyan a su

compartimentación).

- ARN nacientes (ayudan a que la información naciente llegue al citoplasma).

-Poros nucleares (orificios por los cuales pasan moléculas hacia dentro o
afuera)

-Nucleolo (tiene genes necesarios para la formación de ARN ribosómico, es

decir de los ribosomas).

-Nucleoplasma (citosol del núcleo, dispersión coloidal en forma de gel

compuesta de proteínas, nucleótidos, ARN, agua a iones) su función es ser
seno de todas las reacciones metabólicas que ocurran.

-Matriz nuclear: red de fibras protéicas que recorren el núcleo: análogo al

citoesqueleto de la célula pero el núcleo.

-Envoltura nuclear: superposición de dos bicapas lipídica.

-Maquinaria de splicing
-Maquinaria de replicación
-Maquinaria de reparación de errores
-Maquinaria de transcipción
 Funciones del núcleo
- centro administrativo y de control de la célula
-almacena material hereditario (ADN)
-medita y controla la expresión de material genético
-da instrucciones del funcionamiento celular

Envoltura nuclear: dos capas de lípidos encontrados

a)Membrana nuclear externa

-tiene anclados ribosomas, esos ribosomas generan proteínas hacia el
espacio perinuclear (espacio entre las dos membranas lipídicas).

b)Membrana nuclear interna

- contiene proteínas de anclaje para la lámina nuclear, las cuales son un tipo
de citoesqueleto que le dan forma y contención a la envoltura nuclear.

-anclan tanto al material genético como a la lámina nuclear: anclan a los

ribosomas con la lámina nuclear

La lámina nuclear y el material

genético entran en contacto con la
propia envoltura y con la membrana
nuclear interna
Las zonas oscuras son zonas de concentración de ADN.
Las manchas verdes son ADN y
Las rojas la lámina nuclear
Se dan reacciones químicas entre estas tres capas para mantener el equilibrio
dentro del núcleo:
-proteínas de la membrana nuclear interna
-las láminas
-el ADN

Poros nucleares
- varía su cantidad por cada célula y puede aumentarse o reducirse este
número dependiendo de la actividad de la célula.
-formado por 500-1000 nucleoporinas
-existen aproximadamente 30 nucleoporinas diferentes (se usan varias de las
mismas)

La estructura de un polo nuclear es una estructura octamérica: usamos 8

veces una misma estructura básica unida.

-8 columnas protéicas
-8 anillos externos
-8 anillos internos
-8 proteínas de anclaje que fijan cada columna al espacio perinuclear
-8 proteínas radiales (se proyectan desde las columnas hacia la luz del poro
con forma de diafragma)
-8 proteínas fibrilares fijas al anillo interno y al anillo externo

A lo largo de las proteínas fibrilares se encuentran nucleoporinas que ayudan

al transporte de sustancias específicamente.
 En la cara donde tenemos el anillo interno, las proteínas fibrilares forman lo que
llamamos como canasta nuclear.

Luz del poro:

Tránsito de macromoléculas a través de la envoltura nuclear

Importe:
-Proteínas necesarias para ensamblar los ribosomas, ya que su síntesis
comienza en el núcleo (sintetizadas en citoplasma)
-Factores de transcripción
-Factores de empalme para la maduración de los ribosomas
-Proteínas para la replicación.

Exporte:
-subunidades ribosomales:
-ARNm
-ARNt
-factores de transcripción dañados que tienen que salir al citoplasma para ser
reutilizados.

Proteínas transportadoras

-Importinas: receptores de importe nuclear gracias a las señales

de importación o señales de localización nuclear (NLS).
-Exportinas: receptores de exporte nuclear gracias a las señales
de exportación nuclear.
Matriz nuclear

“Citoesqueleto del núcleo”

conjunto teórico (no se sabe si es verdadero) de fibras que atraviesa el núcleo
de lado a lado, pero sí hay una estructura que arregla el materiall dentro del
núcleo.

Para organizar el material utiliza mecanismos como los loops de cromatina.

Regula transcripción
Regula procesamiento de RNA y la replicación

https://www.youtube.com/watch?v=h7c90SJwLPI
Lectura Kaarp 12.2 Estructura de la envoltura nuclear

Los organismos eucariotas tienen genomas más grandes que las procariotas,
presentes como moléculas de ADN de doble cadena dispuestas en
cromosomas lineales visibles durante la mitosis:
- separación del material genético de una célula del citoplasma circundante.

Los grandes genomas se empaquetan en complejos de DNA-proteína

llamados cromatina.
En eucariotas las proteínas de unión como RNA polimerasa, los represores y
los complejos CRP-cCAMP necesitan encontrar sus sitios de unión.

Los materiales se encierran por una envoltura nuclear:

Interfase típica:
1. Cromosomas en forma de cromatina
2. Uno o más nucleolos (estructuras electrodensas de forma irregular que
funcionan en la síntesis de RNA ribosómico y ensamblaje de ribosomas).
3. Nucleoplasma: sustancia fluida con solutos del núcleo.

Envoltura nuclear:
-Dos membranas paralelas entre sí y separadas por 10 a 50 nm.
-Se unen externa y externa en sitios con miles de poros nucleares.
-su espacio es continuo con la luz del ER.
-la superficie interna en animales está unida a una lámina nuclear (10 nm de
diámetro) compuestos de polipéptidos llamados laminillas, de la misma
familia de polipéptidos de los filamentos intermedios.

Mutaciones en LMNA: enfermedades como progeria y distrofia muscular

EDMD2. Se altera la transcripción del gen, con la transcripción de una
proteína acortada, lo que causa un fenotipo alterado.
- vías de acceso entre la barrera entre el núcleo y el citoplasma.
-la envoltura nuclear es el centro de actividad para movimiento de RNA en
ambas direcciones.
-algunos componentes como los snRNA del espliceosoma se mueven en
ambas direcciones: sintetizadas en el núcleo, se ensamblan en partículas RNP
en el citoplasma y luego se envían de regreso al núcleo a sintetizar ARNm
-se mueve desde el citoplasma hasta en núcleo en fila india.

Estructura en forma de dona: complejo de poros nucleares NPC:

abarca envoltura nuclear, proyectándose en el citoplasma y el nucleoplasma.

NPC: supramolecular, 30 veces más grande que un ribosoma, con simetría

octagonal.
-contiene sólo 30 proteínas diferentes: nucleoporinas

Su anillo de nucleoporinas puede cambiar de diámetro, relacionado a la

transcripción de la cromatina.

Dominio FG: fenilalanina-glicina repetidas

FG: estructura desordenada que las hace muy flexibles, crean un tamiz que
evitan que se salgan macromoléculas del núcleo al citoplasma.

1982 Robert Laskey:

Nucleoplasmina: abundante en ovocitos de anfibios cuenta con un tramo de
aminoácidos en su terminal C: sirve como señal de localización nuclear. NLS
(nuclear localization signal).

NLS clásicas: uno o dos tramos de cortos de aminoácidos cargados

positivamente. Todas cuentan con dirección específica.

Importinas
Exportinas
Importación:
1. Proteína de carga con NLS se une a heterodímero receptor soluble de NLS
denominado importina alfa/beta (en citoplasma)
2. Se acopla con filamentos citoplasmáticos desde anillo exterior del NPC
3. El complejo receptor-carga se mueve a través del poro nuclear donde interactúa
con Ran-GTP y se disocia
4. Subunidad Beta-importina con Ran-GTP regresa al citoplasma donde se
hidroliza Ran-GTP
5. Ran-GDP se transporta de regreso al núcleo y se convierte de nuevo en Ran-
GTP
La Ran-GTP funciona porque hay una alta concentración de ella en el núcleo y
una baja concentración de ella en el citoplasma. La RCC1 (proteína accesoria)
ayuda a que el GDP se trasforme en GTP otra vez.
El gradiente Ran-GTP difunde sólo por su receptor y no utiliza proteínas
motoras o ATPasas

Función del alto nivel de Ran-GTP en el núcleo: promueve desensamblaje de

complejos importados desde el citoplasma.

La carga importada se libera y parte del receptor NLS (la subunidad beta
importina) se libera de regreso al citoplasma junto con el Ran-GTP unido.

En el citiplasma el GTP se hidroliza, soltando GDP de la subunidad beta de la

importina.
La importina alfa se reresa al citoplasma por una exportina.

Ran-GTP promueve ensamblaje de complejos de exportación e induce el

desensamblaje de complejos de importación.
Proteínas exportadas desde el núcleo contienen: secuencias de aminoacidos
llamadas señales de exportación nuclear o NES, nuclear export signals.

Transporte de RNA:
RNP: ribonucleoproteínas: forma en la que se mueven las moléculas del núcleo
hacia el citoplasma y luego de regreso al núcleo.

sólo los mRNA maduros pueden hacer exportación nuclear, es decir, que no
tengan intrones sin empalmes.
 12.3 Empaquetado del genoma eucariota

* Los cromosomas parecen aparecer de la nada al comienzo de la mitosis.

Célula humana promedio: 6400 millones de pares de bases de DNA dividios en 46

cromosomas. (valor de un número diploide de cromosomas)

Cada cromosoma tiene sólo una molécula de DNA continua.

Longitud de pares de bases: 0.34 nm

* Cromosoma humano más grande contiene: 0.3 mil millones de pares de bases.
* 0.3 mil millones de pares de bases x 0.34 nm= más de 10 cm de longitud.

Gracias a la empaquetación, encontramos el ADN accesible para enzimas y se evita

que se enrede con otros cromosomas.
Nucleosomas: el nivel más bajo de organización cromosómica

Proteínas asociadas de los cormosomas: cromatina.

El empaquetado ordenado del DNA eucariota depende de la histonas.

Histonas: grupo de proteínas pequeñas que tienen mucha arginina y lisina.

Tipos de histonas: H1, H2A, H2B, H3, H4.

+ Las histonas H3 y H4 casi no han sufrido cambios durante largos procesos
evolutivos. Por ejemplo en vacas y guisantes sus secuencias difieren sólo en 2
residuos de aminoácidos y ambos tienen 102.

Las histonas se conservan porque: las histonas cargadas poisitivamente interactúan

con la estructura cargada negativamente de la molécula de ADN. Que es idéntica en
todos los organismos. Todos los aminoácidos de una histona interactúan con otra
molécula, por eso es que es difícil que se pueda remplazar algún aminoácido sin
afectar de manera grave a la función de la proteína.

1970: descubrimiento:
Cuando la cromatina se trataba con nucleasas inespecíficas: DNA se convertía en
fragmentos de 200 pares de bases de longitud.

DNA: al desnudo: desprovisto de proteínas produce población de tamaño aleatorio de

fragmentos (protegido de ataque enzimático)

1974: Roger Kornberg propone estructura nueva para la cromatina

* utilizó datos de la digestión con nucleasa y demostró que las histonas se organizn
en unidades repetitivas llamadas nucleosomas.

* Cada nucleosoma contiene: una partícula nuclear nucleosómica

* Cada partícula nuclear nucleosómica consta de: 146 pares de bases de DNA
superenrollado. Se envuelve casi DOS veces alrdedor de un complejo en forma de
discos de 8 moléculas de histona.

Composición del núcleo de la histona: H2A, H2B, H3, H4. = ensambladas en un

octámero.

Histona fuera del núcleo: H1 enlazador histona. Se disocian y reasocian

continuamente con la cromatina: comprobado mediante estudios de fluorescencia.

* Se une a una parte del DNA: enlazador conecta a una partícula nuclear del
nucleosoma a la siguiente:
La proteína H1 y el octámero de histona interactúan con unos 168 pares de bases
de DNA:

Forma de eliminación de la proteína H1: se eliminan selectivamente de las fibras de

cromatina sometiendo a la preparación a soluciones de baja fuerza iónica.

Perlas en un collar: cuando se observa cromatina depletada de H1 bajo el

microscopio se observa la partícula nuclear del nucleosoma y el DNA desnudo
enlazador.

Cromatina: componente
en el que las histonas, las
proteínas, reguladoras y
una variedad de enzimas
se mueven dentro y fuera
del complejo de
nucleoproteínas para
facilitar la transcripción,
compactación,
replicación,
recombinacipon y
reparación del DNA.

Nucleosoma:

Gracias a su imagen obtenida por cristalografía de rayos X.

Se organizan en 4 heterodímeros: dos dímeros H2A-H2B y dos dímelos H3-H4.

Dimerización:

Mediados por dominios C terminal: consisten en hélices A: 12-13c ---> plegadas

en una masa compacta en el núcleo del nucleosoma.

* Los segmentos N-terminal de cada histona y segmento C terminal de H2A:

toman forma de cola larga y flexible, sus segmentos N terminales son objetivos
de las enzimas clave que hacen la cromatina sea accesible para las proteínas.
Cosas que alteran el carácter de las histonas de los nucleosomaS:
* modificación de histonas
* varias versiones alternativas de la H2A y H3 también se sintetizan en la mayoría de
las células, las cuales s cree que tienen funciones especializadas.
* ejemplos de variantes: CENP-A, H2A.X (se fosforila en sitios de rotura de
cadenas de DNA y recluta enzimas que reparan el DNA), H2A.Z y H3.3 (activación
de transcripción).

Proceso de compactación:
1er paso: ensamblaje de nucleosomas.
- separación nucleótido-nucleótido de 0.34 nm
-200 pares de bases que se estirarían a 70 nm si se extendieran por completo.
-Relación de empaquetamiento del DNA de los nucleosomas es de 7:1.

Niveles más altos de la estructura de la cromatina:

-La cromatina no existe dentro de la célula en estado extendido “cuentas-en-un-
collar” .

- Cuando la cromatina se libera del núcleo y se prepara con fuerza tónica

fisiológica, se observa una fibra de aproa. 30nm de grosor.

-Se sugiere que los nucleosomas se alinean para terminar en dos pilas de
nucleosomas que forman una estructura de doble hélice.

- Los nucleosomas sucesivos se organizan en dos pilas diferentes

- Los nucleosomas alternados interactúan mediante la hélice a través de su DNA
enlazador.

Cuando se ensambla de fibra de 30nm aumenta la relación del empaquetamiento de

DNA 6 veces más o 40 veces en total.
 Para mantener las fibras de 30nm:
* dependemos de las interacciones entre moléculas de histona de los nucleosomas
vecinos.
* enlazador histona y las histonas nucleares: implicadas en el empaquetamiento de la
cromatina engorden superior

* la adición de H1 ayuda a restaurar la estructura del orden superior.

Las histonas nucleares de los cromosomas adyacentes interactúan por medio de: sus
colas largas y flexibles. Estas interacciones median el plegamiento del filamento
nucleosomal en una fibra más gruesa.

Normalmente las asas de las fibras de cromatina se extienden dentro del núcleo y no
se pueden ver, pero su presencia puede revelarse en ciertas circunstancias:

+ las asas de DNA se unen a sus bases para formar proteínas (andamio nuclear poco
definido). Cuando se aíslan con soluciones que extraen histonas, de histonas se
extiende y se ve afuera como un andamio de proteína.

Cohesina: función: proteína en forma de anillo.

* Cromosoma mitótico: representa lo último en cromatina compactada:

* contiene 1cm de ADN: representa una relación de empaque de 10,000:1.
Niveles de organización de la materia:

* Las moléculas de DNA desnudo se envuelven alrededor de las histonas para

formar: nucleosomas.

-Los nucleosomas representan el nivel más bajo de organización de la

cromatina.

* Los nucleosomas están organizados en fibras de 30 nm y están organizados en

dominios de asas. Estas asas se compactan más cuando la célula se está
preparando para la mitosis en cromosomas mitóticos.
12.4 Heterocromatina

* 10% de la cromatina permanece en forma compactada y condensada durante

toda la interfase cerca de la periferia del núcleo, cerca de la lámina nuclear :
heterocromatina.
- se cree que las regiones periféricas del núcleo contienen factores que
promueven la represión transcripcional.

* Eucromatina: vuelve a un estado activo disperso durante la interfase.

El estado de una región particular del genoma (eucromático o heterocromático) se

hereda de una generación celular a la siguiente.

Clasificación de la eucromatina

* Heterocromatina constitutiva:

* Permanece en estado compactado en todas las células en todo momento.

* Representa DNA silenciado de forma permanente.
* En mamíferos se encuentra en regiones que flanquean los telómeros y el
centrómeros de cada cromosoma o en brazo distal del cromosoma Y en
mamíferos machos.
* Consiste sobre todo en secuencias repetidas
*Efecto de posición:
- Contiene pocos genes: cuando se mueven por transposición o
translación, tienden a silenciarse transcripcionalmente.

*Elementos de límite
-La heterocromatina puede extenderse y afectar genes cercanos pero su
propagación está bloqueada por secuencias de barrera especializada
(elementos de límite) en el genoma.

-Inhibe recombinación genética entre secuencias repetitivas homólogas,

que puede provocar depuraciones y eliminaciones de DNA.

*Heterocromatina facultativa
*Cromatina que se inactiva específicamente durante ciertas etapas de la
vida de un organismo o en células diferenciadas.
-Ejemplo: Cromosomas XX y cromosomas XY. En el cromosoma XX
permanece condensado como un grupo heterocromático llamado
cuerpo de Barr (descubierto en 1949). Garantiza que ambos sexos
tengan el mismo número de cromosomas X activos. (ES UN
EVENTO ALEATORIO)
Los gatos calico no existen en macho (se da por la inactivación de un cromosoma X
durante la etapa embrionaria) por eo sólo hay gatos calico hembra).

Inactivación del cromosoma X

Mary Lyon propuso en 1961 en sus estudios sobre herencia del color del pelaje en
ratones:

1. La heterocromatización del cromosoma X en una temprana edad conduce a la

inactivación de los genes de ese cromosoma.

2. El cromosoma del padre y de la madre tienen la misma posibilidad de quedar

inactivos en cualquier célula. Este proceso queda igual para todos los herederos de
esa misma célula. Este proceso se estudia mejor in vitro por células madre
embrionarias ES.

3. El cromosoma heterocromatinizado se reactiva en células germinales femeninas

antes del inicio de la meiosis. Por eso todos los cromosomas x están activos en la
ovogénesis y todos los gametos reciben un cromosoma X eucromático.

XIST se describe como: un DNA largo no codificante. O IncRNA : inicia inactivación

pero no se hereda. La inactivación de X se mantiene mediante metilación del DNA y
las modificaciones de histonas represivas.

Código de histona y la formación de heterocromatina

Código de histonas: hipótesis de código de histonas: postula que el estado y la

actividad de una región particular de la cromatina dependen de las modificaciones
específicas o combinación de modificaciones de las colas de histonas de esa región.
Estas gobiernan las propiedades de esos nucleosomas.

- residuos modificados sirven para: sirven como sitios de ataque para reclutar una
colección específica de proteínas no histónicas.
- los residuos modificados también modifican interacciones entre nucleosomas
vecinos.

Diferencia en Lisina 9 (Lys9 o K9) de dominios heterocromáticos y eucromáticos

* Heterocromáticos: está en gran parte metilado

* Eucromático: acetilado
Uno de los pasos iniciales en la conversión de eucromatina en heterocromatina:
-eliminación de acetilo de las histonas H3 y H4 (presentan niveles de acetilación
anormal).
* Catalizado por histona metiltransferasa.
-algunas modificaciones de en residuos de histonas puede influir en otros residuos,
fenómeno que se conoce como diafonía.

Una lisina metilada en la posición número 9 transmite a la cola de la histona H3

una importante propiedad:
- cromodominio
- el genoma contiene 30 proteínas con cromodominios: la mejor estudiada es la
proteína heterocromatina 1: HP1 —> promueve formación de una red interconectada
de nucleosomas metilados lo ue nos lleva a un dominio de cromatina de orden superior
compacto.

12.5 Estructura de un cromosoma mitótico

Forma del cromosoma durante profase mitótica: forma predecible determinada por la
longitud de la molécula de DNA en ese cromosoma y la posición del centrómero.

Los cromosomas pueden ordenarse en tamaño decreciente.

Al emparejarse en pares homólogos: preparación de cariotipo.

Telómeros
Cada cromosoma eucariota tiene una sola molécula de DNA continua

Secuencia de casquetes de telómeros humanos: TTAGGG, AATCCC, repetida de 500 a

5 mil veces.

La realización inicia en el extremo 5 de cada hebra y sólo se pueden agregar nucleótidos

al extremo 3.

Elizabeth Blackburn y carol Greider de la universidad de Berkeley descubrieron a la

enzima telomerasa, que puede agregar nuevas unidades de repetición al extremo 3’ de
la cadena., es una transcriptas inversa que sintetiza ADN, utilizando una plantilla de
RNA.

Los TELÓMEROS: son importantes para la replicación completa del cromosoma, forman
casquetes que protegen a los cromosomas de las nucleasas y evitan que los extremos
se fusionen entre sí.

1961 Leonard Hayflick y Paul Moorhead del instituto Winstar de Filadelfia: las
células dejan de dividirse por completo después de de aproximadamente, 50 a 80
duplicaciones de la población. —> senescencia replicativa (pierden extremos
cromosómicos).
Gónadas: conservan su actividad telomerasa y los telómeros de los cromosomas no se
contraen.

Revestimiento de la piel, intestino, células madre hematopoyéticas.

Los que no tienen telomerasa, sufren de insuficiencia de médula ósea.

Telómero: reloj de la longevidad

90% de los tumores humanos consisten en células que contienen una enzima telomerasa
activa. A diferencia de las células normales.

Centrómeros:
Contienen una secuencia de DNA con 171 pares de base repetidos en tandem (DNA
satélite alfa). Se extiende por alrededor de 500 kilobases.

CENP-A sirven para ensamblaje del cinetocoro:

Sirve como sitio de unión para los microtúbulos que separan laos cromosomas durante la
división celular. LOS QUE NO LA TIENEN NO PUEDEN ENSAMBLAR UN CINETOCORO
Y SE PIRDEN DURANTE DIVISIÓN CELULAR.

Cromosoma marcador: formado por exceso de ADN cromosómico, es muy chiquito.

Se transfieren de forma estable a través de tres generaciones de miembros de la familia.
12.8 El núcleo como un organero organizado

Gracias a FISH y a células marcadas con GFP en vivo, se localizaron loci en genéticos
específicos dentro del núcleo en interfase.
Las fibras de cromatina no se superponen a ningún otro cromosoma.

Puede ser no del todo aleatoria:

Las secuencias de DNA que interactúan se encuentran en distintos cromosomas

Los genes se mueven físicamente a sitios dentro del núcleo que se llaman fábricas de
transcripción y los genes implicados en la misma respuesta tienden a localizarse en la
misma fábrica.

El movimiento de los loci puede verse influenciado por la actina-miosina

TAD: dominios superiores de organización del ADN (topologically associated domains).

Motas: maquinaria de procesamiento se concentra de 20 a 50 dominios irregulares. Se

ven en micrografías.

Se observan bajo microscopio: motas (sitios discretos con mRNA), nucléolos, cuerpos de
Cajal, GEMS, y cuerpos de PML. Ninguno de estos componentes está encerrado por una
membrana.