ArgusLab Manual v2

Universidad de Ingeniería y Tecnología
Departamento de Bioingeniería e Ingeniería Química

Curso de Química Orgánica Aplicada
Semestre 2019-1
Manual de Uso: ArgusLab 22/04/2019
Profesor del Curso: Juan Carlos Rodríguez
Asistente: Maite Roque Castro
ARGUSLAB
1. ¿Qué es ArgusLab?
ArgusLab es un programa de modelado molecular,
gráficos y diseño de medicamentos para sistemas
operativos Windows. Se está volviendo un poco
anticuado por ahora, pero sigue siendo
sorprendentemente popular. Hasta la fecha, hay más de
20,000 descargas.
ArgusLab es de licencia libre. No necesitas firmar

nada. Puede usar tantas copias como necesite si está
enseñando una clase en la que sus estudiantes podrían
beneficiarse del uso de ArgusLab. No está permitido
redistribuir ArgusLab desde otros sitios web o
fuentes. Sin embargo, puede enlazar a este sitio web
desde sus propios sitios web si lo desea. [1]
2. Pasos de instalación
a. Ingresar a http://www.arguslab.com/arguslab.com/ArgusLab.html
b. Hacer clic en el enlace Haga clic aquí para descargar ArgusLab
c. Automáticamente se descargará una carpeta comprimida, extraer los archivos e

iniciar la instalación.
3. Manual de Usuario
A fin de mostrar las herramientas de ArgusLab en este manual, se tomará como ejemplo
a una molécula básica tal como es el metano.
- Construcción molecular.
1. Iniciar ArgusLab.
2. Abrir nuevo proyecto
3. Para acceder al panel de herramientas de construcción de moléculas, hacer clic

en el icono que se muestra.
4. Dibujar con la herramienta lápiz el átomo de carbono dando un clic
derecho sobre el panel de trabajo.
5. Dar clic en el ícono para completar la estructura molecular con enlaces

de hidrógenos.
6. Para hacer zoom a la vista molecular, hacer clic en los íconos y

para aumentar tamaño de la molécula.
Para girar y rotar la vista molecular, hacer clic en el ícono y colocar la
molécula en la posición adecuada para su observación.
- Ploteo rápido de la superficie orbital molecular ocupada de más alta
energía.
1. Construida la molécula de interés, hacer clic en la opción Calculation ubicado

en la barra de herramientas superior, luego seleccionar Energy.
2. En la ventana emergente, hacer clic en Dipole Moments y Surface properties

ubicados en la parte inferior Calculate Properties.
3. En la segunda ventana, hacer clic en las opciones de Densidad Electrónica,

Potencial Electrostático, seleccionar los orbitales HOMO y LUMO.
Nota:
Los cálculos se realizan para abarcar la mayor aproximación molecular posible, por lo
que es recomendable plotear los orbitales HOMO (Orbital Molecular Ocupado de más
Energía) y LUMO (Orbital Molecular No Ocupado de más Baja Energía).
4. Hacer clic en ok para cerrar ambas ventanas. A continuación, hacer clic en el
ícono y guardar el proyecto para correr los cálculos.
5. Girar la molécula de manera que sean apreciables las superficies más

energéticas de los orbitales moleculares de frontera.
6. Modificar la superficie haciendo clic derecho sobre la molécula y hacer clic en

Modify Surface, aplicar mesh y luego ok.
7. Automáticamente se obtendrá la superficie:
- Ploteo rápido de la superficie OM no ocupada de más baja energía.
1. Eliminar la superficie creada anteriormente dando un clic derecho sobre la

molécula y luego seleccionando Remove Surface.
2. Hacer clic en el ícono para mostrar la superficie de los orbitales

moleculares de frontera no ocupados de menor energía.
- Cálculo de la densidad electrónica y polaridad molecular.
1. Remover superficie actual.

2. Hacer clic en el ícono para plotear el mapa superficial de densidad
electrónica.
3. Nótese que la carga eléctrica debe verse como una coloración de tendencia
rojiza, el metano, como se nota tiene cargas positivas perteneciente a los
átomos de hidrógenos localizados en la frontera.
Sin ninguna diferenciación marcada de opuestas coloraciones, se nota que la molécula
de metano es, de hecho, una molécula apolar.
Ejemplo:
Nótese la diferencia con una molécula de agua, la cual es muy polar.
- Cálculo de la energía molecular.

La energía de una molécula puede ser calculada a partir de diferentes modelos. Por
medio de ArgusLab podemos realizar el cálculo basados en el modelo mecánico
cuántico paramétrico (PM3) desarrollado por Hamilton.
1. Ir a la opción Calculation, hacer clic en Energy.
2. En el cuadro que aparece, seleccionar PM3 y Start.
En la parte inferior del panel se podrá visualizar el valor de la energía en unidades

atómicas (au).
Detalle de los métodos empleados en Argus Lab
EHT (Extended Huckel Theory): soporta toda la table periódica. Es el método más
simple para describir estructuras electrónicas.
AM1 (Austin Model 1 of MNDO) soporta los siguientes elementos: H, C, N, O, S y Cl.
No soporta cálculos con Fluor.
PM3 (Parametric method 3 of MNDO) soporta los siguientes elementos: H, Li, Be, C,
N, O, Mg, Al, Si, P, S, Cl, Zn, Ga, Ge, As, Se, Br, Cd, In, Sn, Sb, Te, I. No soporta
cálculos con Fluor.
MNDO (Modified Neglect of Diatomic Differential Overlap), soporta los siguientes
elementos: H, C, N, O, and F. Generalmente es superado por AM1 y PM3
ZINDO (Zerner’s Spectroscopic parametrization of the Intermediate Neglect of
Differential Overlap), soporta los siguientes elementos: H, Li, C, N, O, F, Mg, S, Cl, Sc,
Ti, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, and Zn.
Ideal para calcular espectros UV-VIS, incluyendo el efecto del solvente.
UFF (Universal Force Field): soporta toda la tabla periódica.

Util para obtener geometrías iniciales, pero no para cálculos de energía.

ArgusLab Manual v2

Cargado por

Copyright:

Formatos disponibles

ArgusLab Manual v2

Cargado por

Información del documento

Título original

Derechos de autor

Formatos disponibles

Compartir este documento

Compartir o incrustar documentos

Opciones para compartir

¿Le pareció útil este documento?

¿Este contenido es inapropiado?

Copyright:

Formatos disponibles

ArgusLab Manual v2

Cargado por

Copyright:

Formatos disponibles

Universidad de Ingeniería y Tecnología

Departamento de Bioingeniería e Ingeniería Química

ArgusLab es de licencia libre. No necesitas firmar

b. Hacer clic en el enlace Haga clic aquí para descargar ArgusLab

c. Automáticamente se descargará una carpeta comprimida, extraer los archivos e

2. Abrir nuevo proyecto

3. Para acceder al panel de herramientas de construcción de moléculas, hacer clic

5. Dar clic en el ícono para completar la estructura molecular con enlaces

6. Para hacer zoom a la vista molecular, hacer clic en los íconos y

1. Construida la molécula de interés, hacer clic en la opción Calculation ubicado

2. En la ventana emergente, hacer clic en Dipole Moments y Surface properties

3. En la segunda ventana, hacer clic en las opciones de Densidad Electrónica,

5. Girar la molécula de manera que sean apreciables las superficies más

6. Modificar la superficie haciendo clic derecho sobre la molécula y hacer clic en

- Ploteo rápido de la superficie OM no ocupada de más baja energía.

1. Eliminar la superficie creada anteriormente dando un clic derecho sobre la

2. Hacer clic en el ícono para mostrar la superficie de los orbitales

1. Remover superficie actual.

- Cálculo de la energía molecular.

2. En el cuadro que aparece, seleccionar PM3 y Start.

En la parte inferior del panel se podrá visualizar el valor de la energía en unidades

UFF (Universal Force Field): soporta toda la tabla periódica.

También podría gustarte