Introducción a las Biomoléculas

Desde el comienzo de la vida en la Tierra los microorganismos sencillos han obtenido energía de la
materia orgánica o de la luz solar, para sintetizar sus propias biomoléculas y durante el desarrollo de la
asignatura analizaremos algunas características de las mismas.
Organización molecular de la célula
La célula es la unidad anatómica y funcional de los seres vivos, cuyo componente principal es el agua (70
% de su peso). Además, está compuesta por iones inorgánicos, como Na+, K+, Cl-, H2PO4- (1 %) y moléculas
orgánicas pequeñas, como aminoácidos, azúcares, etc. (6 %), muchas de las cuales se unen entre si
mediante enlaces covalentes, para formar otras de mayor tamaño. Estas macromoléculas, entre las que
se encuentran las proteínas, polisacáridos y ácidos nucleicos, cumplen funciones indispensables en la
organización estructural y funcional de la célula. Estas macromoléculas (también llamadas biopolímeros)
se asocian formando estructuras supramoleculares como las paredes celulares de las células vegetales,
formadas por polisacáridos y algunas proteínas estructurales, o los cromosomas en los que el ADN se
asocia a proteínas. Otras proteínas estructurales se asocian con lípidos para constituir las membranas
biológicas.
Organización molecular de la célula

Las macromoléculas y sus subunidades monoméricas tienen tamaños muy diferentes. Una molécula de
alanina (aminoácido) mide 0,5 nm (1 nm=10-7 cm), mientras que una proteína como la hemoglobina, que
contiene cerca de 600 unidades de aminoácidos, mide 5,5 nm. Las organelas poseen tamaños superiores,
así, los ribosomas miden 20 nm y las mitocondrias 1000 nm.
En las macromoléculas, las unidades monoméricas que las constituyen se unen por medio de enlaces
covalentes, mientras que, en las estructuras supramoleculares, las macromoléculas se encuentran unidas
o asociadas entre sí por interacciones intermoleculares mucho más débiles.
En esta asignatura se estudiará la naturaleza a nivel molecular y veremos cómo las interacciones
entre diferentes tipos de moléculas son las responsables de las estructuras y de los procesos
biológicos.

Metabolismo primario y secundario

El conjunto de reacciones químicas que tienen lugar en un organismo constituye el metabolismo.

La mayor parte del carbono, del nitrógeno y de la energía es utilizada para la producción de moléculas
comunes a todas las células, necesarias para su funcionamiento y el de los organismos. Se trata de
aminoácidos, nucleótidos, azúcares y lípidos, presentes en todos los organismos vivos, en los que
desempeñan funciones similares. Estas moléculas se denominan metabolitos primarios.

Biomoléculas del metabolismo primario y en relación con el metabolismo secundario de

plantas.

A diferencia de otros organismos, las plantas destinan una cantidad significativa del carbono asimilado y
de la energía a la síntesis de una amplia variedad de moléculas orgánicas que no parecen tener una
función directa en procesos fotosintéticos, respiratorios, asimilación de nutrientes, transporte de solutos
o síntesis de proteínas, carbohidratos o lípidos. Estas sustancias reciben el nombre de metabolitos
secundarios.
Origen de algunos metabolitos secundarios (alcaloides, fenilpropanoides y terpenos)
relacionados al metabolismo primario

Los metabolitos secundarios no presentan una función definida en los procesos mencionados, ciertos
metabolitos secundarios poseen una distribución restringida a algunos géneros o especies del reino
vegetal, lo cual les confiere un importante valor quimiotaxonómico. No todos los metabolitos secundarios
se encuentran en todos los grupos de plantas.
Generalmente los metabolitos secundarios se sintetizan en pequeñas cantidades y se pueden encontrar
en la planta en forma generalizada o en algún órgano específico de la misma.
Para facilitar su estudio se los puede agrupar en cuatro clases principales:
Terpenos. Entre los que se encuentran hormonas, pigmentos o aceites esenciales.
Compuestos fenólicos. Cumarinas, flavonoides, lignina y taninos.
Glicósidos. Saponinas, glicósidos cianogénicos y glucosinolatos.
Alcaloides, compuestos nitrogenados de estructura heterocíclica que derivan de aminoácidos.

Dicho de otra manera, el desarrollo de un organismo vegetal a partir de la semilla, resulta en la creación
de biomasa acompañada por el cambio irreversible del tamaño de la planta, ocurre a través de los
procesos de división, crecimiento y diferenciación celular. El crecimiento y la reproducción exigen gran
cantidad de recursos (luz, agua y nutrientes) para la biosíntesis de metabolitos primarios (hidratos de
carbono, lípidos, proteínas y ácidos nucleicos) en base a los cuales se forman los diferentes órganos. Las
rutas metabólicas primarias son comunes a todas las plantas y también a otros organismos, como
los animales y el hombre.
Los Metabolitos Secundarios, son moléculas diversas fundamentales en la interacción planta-entorno,
particularmente en las estrategias defensivas, a pesar de encontrarse en concentraciones muy bajas.
Pueden estar presentes en todos los órganos de las plantas, o en algunos órganos en particular (hojas,
flores, frutos) y ser almacenados o transformados químicamente en compuestos con mayor o menor
toxicidad dependiendo del rol biológico que han de cumplir en el organismo que los biosintetiza. Algunos
pueden cumplir funciones como reguladores de crecimiento, señales químicas, etc. Las rutas metabólicas
secundarias varían considerablemente entre las distintas especies reflejando su historia evolutiva y
permitiendo una clasificación en base a sus características químicas (taxonomía química)

Química de Biomoléculas

A fines del siglo XVIII, se entendía por Química Orgánica a la química de los compuestos presentes en los
organismos vivos. En esos tiempos, eran pocos los conocimientos generales de química y el
comportamiento de las sustancias “orgánicas” obtenidas de plantas y animales parecía diferente de las
“inorgánicas” encontradas en minerales. Hacia mitad del siglo XIX se sabía que no existía una diferencia
fundamental entre los compuestos orgánicos e inorgánicos. Similares principios explican el
comportamiento de todas las sustancias, independientemente de su origen y de su complejidad. La única
característica distintiva de las sustancias orgánicas es que todas ellas contienen el elemento
carbono en sus estructuras.

¿Pero por qué el carbono es tan particular? ¿Por qué de los más de 37 millones de compuestos conocidos,
más del 99 % contiene carbono?

La respuesta surge de la posición del carbono en la Tabla Periódica y de su capacidad de formar 4 enlaces
covalentes fuertes. Más aún, los átomos de carbono son capaces de unirse entre sí formando largas
cadenas y anillos. Solo el carbono es capaz de formar una gran diversidad de compuestos, algunos simples
como el metano, o complejos como una molécula de ADN con millones de átomos de carbono. Por
supuesto, no todos los compuestos orgánicos derivan de organismos vivos. Algunos compuestos
orgánicos han sido desarrollados mediante síntesis química en el laboratorio que se utilizan como
medicamentos, pinturas, insecticidas, etc.

Las biomoléculas, además de carbono, contienen otros elementos químicos, siendo los más comunes el
hidrógeno (H), oxígeno (O), nitrógeno (N), fósforo (P) y azufre (S).

Las biomoléculas forman cadenas de átomos de carbono unidos entre sí y/o a átomos de hidrógeno,
oxígeno, nitrógeno, azufre, etc. por enlaces covalentes, con una geometría característica (estructura en el
espacio). Los compuestos orgánicos más sencillos son los hidrocarburos alifáticos de pocos átomos de
carbono.

El metano, de fórmula molecular CH4, es la molécula orgánica más simple. Su estructura puede
representarse de diferentes formas:

La estructura de Lewis muestra que el carbono se une a 4 átomos de hidrógeno por enlaces covalentes.
Ambos modelos tridimensionales indican que la estructura espacial es un tetraedro regular, con el
carbono en el centro y los hidrógenos en los vértices. Veamos cómo se explica esta estructura
tridimensional del carbono.

Teoría de Orbitales Moleculares Alcanos

Seguramente ya saben que un orbital atómico representa la región del espacio en la que hay alta
probabilidad de encontrar un electrón. También, que los orbitales atómicos tienen formas diferentes:
¿Cómo se explica la formación de los enlaces covalentes de los compuestos orgánicos teniendo en
cuenta la configuración electrónica del carbono?
Esto es en base a la teoría de orbitales moleculares que describe la formación de uniones covalentes
como el resultado de la combinación matemática de los orbitales atómicos. En base a su configuración
electrónica, se podría pensar que el carbono forma 2 enlaces covalentes. Sin embargo, en este caso, no
completaría su octeto.

Si uno de los electrones del orbital 2s fuese promovido al orbital 2p vacío, entonces habría 4 orbitales con
1 electrón. Sin embargo, esto no explica que todos los enlaces C-H sean idénticos. Para explicar este hecho
experimental, Linus Pauling en 1931 propuso la formación de 4 orbitales híbridos, sp3, más estables que
los orbitales p, pero menos que el orbital s, cada uno de los cuales está formado por un 25 % del orbital
2s y un 75 % del orbital 2p.

Estos 4 orbitales sp3 se ubican en el espacio tan alejados como sea posible, dando una estructura
tetraédrica. En el metano se superponen con los orbitales s del átomo de hidrógeno, dando 4 orbitales
moleculares 
En el etano la unión C-C se produce por superposición frontal de dos orbitales sp3, dando lugar a la
formación de un enlace covalente 

Todos los enlaces simples de los compuestos orgánicos son enlaces 

Los compuestos formados por cadenas hidrocarbonadas (hidrocarburos) con enlaces covalentes simples
se conocen como alcanos. En la siguiente figura se muestran algunos ejemplos y diferentes formas de
representación de estos en estructura plana.
Las estructuras que se muestran en rojo en la figura son las llamadas estructuras de esqueleto, que
resultan de gran utilidad cuando se desea representar fórmulas de moléculas que poseen muchos átomos.
Para ello, por lo general, no se muestran los átomos de carbono y se supone que hay un C en cada
intersección de dos líneas o al final de cada línea. No se muestran los hidrógenos unidos a los carbonos,
pero sí otros átomos diferentes de C y de H que pueda contener la molécula.
En la siguiente figura se representan algunos alcanos de mayor número de átomos de carbono (mayor
peso molecular). Cuando hay ramificaciones de la cadena principal, a estos grupos se los llama en forma
general grupos alquilo y se los suele representar con una R, que puede corresponder a un grupo metilo,
etilo, propilo, etc. Nótese que al nombrar estos compuestos los grupos alquilo pierden la “o” final, por
ejemplo, una cadena de 5 átomos de carbono con un grupo metilo en el carbono 2, se nombra como 2-
metilpentano.

Alquenos

Hasta ahora vimos compuestos en los que cada carbono está unido a otros 4 átomos. Si bien el carbono
siempre forma 4 enlaces, existen compuestos en los que está unido sólo a 3 átomos, el más sencillo es el
eteno o etileno (fitohormona). La fórmula desarrollada muestra que los átomos de carbono están unidos
entre sí por dos enlaces y el modelo muestra que este compuesto posee todos sus átomos en un mismo
plano y que el carbono tiene una estructura trigonal. Esta estructura se explica en base a la teoría de
orbitales moleculares considerando que cada carbono se hibridiza dando 3 orbitales sp2 (a partir de 1
orbital s y 2 p), quedando un electrón desapareado en un orbital p sin hibridizar.

Para que la superposición entre los orbitales p sea máxima, éstos se disponen en forma paralela entre sí.
Como consecuencia, los 6 átomos quedan en un mismo plano. Los electrones del orbital  se ubican
en el espacio por encima y por debajo de ese plano.
De la figura anterior, queda claro que si bien se dibuja el doble enlace C=C con dos líneas idénticas entre
ambos carbonos, éstas representan dos enlaces muy diferentes.
En este caso, 4 electrones mantienen los átomos de carbono unidos, mientras que en un enlace simple C-
C, participan sólo dos. Por ende el enlace doble C=C es más fuerte y corto que el enlace simple C-C.
Los compuestos que poseen dobles enlaces C=C se conocen como insaturados ya que poseen, para el
mismo número de átomos de carbono, menor número de hidrógenos. Por ejemplo, la fórmula molecular
del etano es C2H6, mientras que la del etileno es C2H4.

Los alquenos pueden tener estructuras muy variadas:

En este caso, los dos átomos de carbono unidos al doble enlace, así como los 4 átomos unidos a ellos (3
carbonos y 1 hidrógeno) se encuentran fijos en el mismo plano, a diferencia de las uniones simples C-C
que permiten la variación de las posiciones relativas de los átomos de un C respecto al otro.
La falta de libre rotación del doble enlace determina dos posibles compuestos que no pueden
interconvertirse uno en el otro sin que suceda una reacción química.

Son dos compuestos diferentes, que poseen propiedades físicas y químicas distintas.

Alquinos

En el etino (o acetileno) los átomos de carbono están unidos sólo a otros dos átomos. Solo un orbital s y
uno p se hibridizan, dando dos orbitales híbridos sp y quedan dos orbitales p sin hibridizar.
Los dos orbitales sp de cada carbono forman 180º entre sí, mientras que los dos orbitales p son
perpendiculares entre sí.

Como los átomos de carbono de una triple unión se mantienen unidos por medio de 6 electrones, las
uniones triples son más fuertes y más cortas que las uniones dobles y las simples.

Dienos aislados y conjugados

Los dienos son compuestos que tienen en su estructura dos dobles enlaces. Cuando éstos se encuentran
separados solamente por un enlace simple, se conocen como dienos conjugados, mientras que, si entre
los dos dobles enlaces hay más de un enlace simple, se trata de dienos aislados.
Por ejemplo, para la fórmula molecular C5H8, hay dos posibles dienos diferentes

El dieno conjugado 1,3-pentadieno, debido a la movilidad de los electrones  podría ser representado
por las siguientes estructuras de resonancia
Estas estructuras no son sustancias diferentes, sino que al 1,3-pentadieno se lo conoce como un híbrido
entre estas estructuras y tiene características de las 3. Los 4 orbitales p del 1,3-pentadieno se combinan
para dar un sistema  continuo, lo cual permite a cada uno de los electrones  interactuar con los 4
carbonos. Es decir que la conjugación confiere mayor estabilidad a la estructura.

Ejemplos de alquenos sintetizados por plantas se muestran a continuación:

No son comunes las biomoléculas con enlaces triples entre carbonos. A continuación, se muestran
algunos ejemplos de metabolitos secundarios con triples enlaces:

Benceno y otros compuestos aromáticos

El benceno (C6H6) tiene 6 átomos de hidrógeno menos que el ciclohexano (C6H12) y es un compuesto
insaturado (posee dobles enlaces). Sin embargo, se sabe desde mediados del siglo XIX que el benceno es
mucho más estable (menos reactivo) que los alquenos típicos. Otra característica particular del benceno
es que todos sus enlaces C-C tienen igual longitud y ésta distancia es intermedia entre la de un enlace
simple y un enlace doble.
Entonces, se puede considerar al benceno como un híbrido de resonancia. Otras representaciones son:

En el benceno, cada carbono se une a otros dos y a un hidrógeno por uniones sigma (sp2-sp2 y sp2-s,
respectivamente). Cada uno de los orbitales p (perpendiculares al plano) se superpone con los orbitales
p de los dos carbonos vecinos.

Los 6 electrones involucrados en los enlaces  se encuentran deslocalizados por encima y por debajo del
plano dando una nube en forma de rosca. Esta estructura tiene gran estabilidad, es decir, inercia química.
Los compuestos que tienen anillos como los del benceno, llamados en forma general grupos fenilo, se
conocen como compuestos aromáticos, debido a la fragancia de muchos de ellos.
Los compuestos aromáticos sencillos provienen de dos fuentes principales: carbón y petróleo. El carbón
es una mezcla enormemente compleja constituida principalmente por arreglos complejos de anillos
similares al benceno unidos entre sí. La ruptura térmica del carbón da lugar a la formación de alquitrán
de hulla, cuya destilación fraccionada produce benceno, tolueno, xileno, naftaleno, etc.

A diferencia del carbón, el petróleo contiene pocos compuestos aromáticos, sin embargo, éstos se forman
durante el refinado del mismo.
Los hidrocarburos aromáticos policíclicos (PAHs) se producen por combustión incompleta de
diversos materiales orgánicos a partir de eventos naturales o actividades antropogénicas.
Propiedades físicas de hidrocarburos
Los hidrocarburos son sustancias cuyos átomos C e H, casi no difieren en electronegatividad, por ende
los enlaces C-C y C-H son enlaces covalentes no polares. Esto determina que las interacciones entre
moléculas de estas sustancias sean muy débiles. Sin embargo, a medida que aumenta el peso
molecular, aumenta el punto de ebullición. Esto se explica por las atracciones que existen entre estas
moléculas. Por ejemplo, veamos qué sucede cuando dos moléculas de este tipo, A y B se acercan:

Los campos eléctricos de A y B son fluctuantes. Estas atracciones débiles entre las moléculas de
hidrocarburos se conocen como dipolos transitorios, fuerzas de dispersión o de London
Estas son fuerzas muy débiles y de corto alcance, pero a medida que aumenta el peso molecular del
hidrocarburo, aumenta la cantidad de estas fuerzas que se producen entre dos moléculas. Es decir que su
efecto es acumulativo, aumenta la atracción entre las mismas y aumenta el punto de ebullición.
La Figura muestra las fuerzas de atracción entre moléculas de pentano (C5H12).

Hay otras estructuras de alcanos a las que les corresponde la misma fórmula molecular(C5H12).
Compuestos con la misma fórmula molecular pero diferente conexión entre los átomos, se conocen como
ISÓMEROS CONSTITUCIONALES de cadena.
Se observa que a medida que aumenta la ramificación, disminuye el punto de ebullición porque se
dificulta el acercamiento entre moléculas. Las fuerzas de dispersión tienen alcance muy corto y se
requiere menos energía para separarlas. El siguiente gráfico muestra cómo aumenta el punto de
ebullición para los n-alcanos (no ramificados) y los 2-metilalcanos según aumenta su peso molecular. A
igual número de átomos de carbono, el punto de ebullición de los ramificados es siempre menor.

Petróleo
Es una mezcla compleja de hidrocarburos, debe ser fraccionada para su mejor aprovechamiento. Por
destilación (se calienta hasta 400ºC el petróleo crudo, y se separan los vapores en columnas
fraccionadoras) se obtienen distintas fracciones refinadas, en función de sus puntos de ebullición:
Enlaces Covalentes polares

Vimos que los hidrocarburos están formadas solo por carbono e hidrógeno y que sus átomos se
encuentran unidos por enlaces covalentes no polares, que comparten por igual sus electrones de enlace.
Sin embargo, la mayoría de las biomoléculas poseen átomos de diferente electronegatividad, dando lugar
a enlaces covalentes polarizados, lo que significa que los electrones de enlace son más fuertemente
atraídos por uno de los átomos, dando lugar a enlaces covalentes polares.
La polaridad de los enlaces se debe a la diferencia de electronegatividad entre los átomos, que es la
capacidad de un átomo de atraer los electrones compartidos de un enlace covalente. Las
electronegatividades están basadas en una escala arbitraria. El fluor (EN=4), que es el elemento más
electronegativo, y el cesio, el más electropositivo (EN=0,7). En la Figura, se ve que el C y el H tienen valores
de EN intermedios. Noten que la EN aumenta de izquierda a derecha y de abajo hacia arriba. Esto último
se debe a que los electrones de la capa externa están más alejados del núcleo en los elementos que están
más abajo.

La polaridad de un enlace depende de la diferencia de electronegatividad entre los átomos que lo

componen.

Como regla general, los enlaces entre átomos cuyas EN difieren en menos de 0,5, son covalentes no
polares, si difieren en un valor entre 0,5 y 2, son covalentes polares y si difieren en más de 2, son iónicos.

Las siguientes moléculas poseen enlaces covalentes polarizados. Así, uno de los átomos del enlace posee
una carga parcial positiva y el otro, carga parcial negativa.
Moléculas polares: Interacciones entre dipolos permanentes

Como los enlaces individuales son polares, también lo son frecuentemente las moléculas. La polaridad de
las moléculas (momento dipolar, =carga x distancia) resulta de la suma vectorial de los enlaces
individuales:

Las Interacciones entre moléculas dependen del tipo de fuerza a través de las que interaccionan, que
están en relación directa con las características químicas que determinan su polaridad.

Los Estados de Agregación de las moléculas (sólido, líquido, gaseoso) Depende de las interacciones
intermoleculares que pueden ser de diferentes tipos:

- Fuerzas entre dipolos transitorios o fuerzas de dispersión (London).

- Fuerzas entre dipolos permanentes o fuerzas de Van der Waals.
- Enlaces por puentes de hidrógeno o enlaces hidrógeno.
Cuando analizamos los hidrocarburos hablamos de las fuerzas de atracción entre moléculas, debido a la
formación de dipolos transitorios.

Las interacciones entre dipolos permanentes (interacciones dipolo-dipolo) son mucho más fuertes
y se da cuando en la estructura existen átomos más electronegativos que el C y el H.:

Quizás la más importante de las interacciones no covalentes entre las moléculas biológicas es el enlace
o puente de hidrógeno que es una interacción atractiva entre un átomo de hidrógeno unido a N o a O de
una molécula y el par de electrones no compartido de O o N de otra molécula. Se trata de una
interacción dipolo-dipolo fuerte que involucra los enlaces polarizados O-H y N-H.

Este tipo de interacciones se dan entre moléculas de alcoholes, aminas, ácidos carboxílicos, entre otras
sustancias. Tengan en cuenta que, si bien se nombran como “enlaces hidrógeno”, la fuerza es mucho
menor que la de un enlace covalente (3-7 kcal/mol, comparado con un enlace C-H, 100 kcal/mol).

El tipo de interacciones intermoleculares entre las moléculas de una determinada sustancia

condicionan el estado de agregación de la misma. Cuánto más fuertes sean las interacciones, mayor será
el punto de ebullición del compuesto, ya que será necesario entregarle al sistema mayor energía para
romper las interacciones entre las moléculas, permitiendo que se separen y, así puedan pasar al estado
gaseoso. Por este motivo, el agua, los alcoholes y los ácidos carboxílicos, entre otros, tienen altos puntos
de ebullición, si se comparan con otros compuestos de peso molecular similar(aldehídos, cetonas), pero
incapaces de formar enlaces hidrógeno entre si.

El siguiente gráfico muestra cómo varían los puntos de ebullición de los compuestos en función de su
estructura química.

Los grupos alquilo que se muestran en las ordenadas dan lugar a los alcanos agregando un -H, a los
cloroalcanos, agregando un -Cl y a los alcoholes, agregando un –OH, dando lugar a los siguientes
compuestos:
¿Qué es lo que se desprende de este gráfico?
Para el caso de los alcanos, para los cuales el único tipo de interacción posible es del tipo dipolo
transitorio, los puntos de ebullición son muy bajos, pero varían rápidamente con el peso molecular, ya
que aumenta el número de este tipo de interacciones que son posibles. Para los cloroalcanos que tienen
además la posibilidad de dar interacciones de tipo dipolo-dipolo transitorio, los puntos de ebullición son
mayores y no varían tan rápidamente con el peso molecular. Para los alcoholes, que tienen interacciones
de tipo enlace hidrógeno, los puntos de ebullición son aún mayores y la variación con el aumento del peso
molecular, menor.

La tabla muestra valores concretos para facilitar la comprensión.

Solubilidad de moléculas en un solvente

- Solvatación
Se debe evaluar el tipo de interacciones posibles entre dos moléculas diferentes: el soluto y el solvente:
Para que un compuesto se disuelva en un solvente determinado, la energía de disociación entre las
moléculas de solvente, por un lado y las del soluto por otro deben ser al menos similares a la energía de
interacción entre soluto y solvente.
En solventes no polares como hexano, se disolverán moléculas no polares o de baja polaridad por
formación de dipolos transitorios entre el soluto y el solvente.
En solventes polares apróticos (que no forman enlaces o puentes hidrógeno), como acetona, acetato de
etilo, cloroformo, etc. se disolverán compuestos de mayor polaridad.
Solubilidad en agua
Las moléculas se disuelven en agua cuando pueden generar con ella interacciones intermoleculares. Las
biomoléculas más solubles en agua serán aquellas que tengan la posibilidad de formar puentes de
hidrógeno. Se debe tener en cuenta además, que si estos compuestos tienen cadenas hidrocarbonadas
importantes, la solubilidad disminuye. Se dice que las moléculas están solvatadas (hidratadas), es decir
que interaccionan con el agua disolviéndose en ella.

Entre agua y moléculas hidrofóbicas no existe interacción, sólo repulsión. Las moléculas hidrofóbicas
se mantienen unidas dentro de un sistema acuoso por las llamadas interacciones hidrofóbicas (debidas a
las interacciones de dipolos transitorios).

Oxidación y Reducción de moléculas orgánicas

Las reacciones metabólicas son el conjunto de reacciones bioquímicas y procesos fisicoquímicos que
ocurren en una célula y en el organismo. El metabolismo se divide en dos procesos conjugados, el
catabolismo y el anabolismo. Las reacciones catabólicas liberan energía; un ejemplo de ello es la
glucólisis, un proceso de degradación (oxidación) de compuestos como la glucosa, cuya reacción resulta
en la liberación de la energía retenida en sus enlaces químicos. Las reacciones anabólicas, en cambio,
utilizan esa energía liberada para formar enlaces químicos y construir componentes de las células
como las proteínas y los ácidos nucleicos, involucrando reacciones de reducción.

¿Qué es una reacción de oxidación y una reacción de reducción de una molécula

orgánica?
Una oxidación orgánica resulta en una pérdida de densidad electrónica del carbono causada por
formación de un enlace C y un átomo electronegativo (O, N, halógeno) o por ruptura de un enlace C y un
átomo menos electronegativo (generalmente H). Las reducciones resultan, de forma inversa, en una
ganancia de densidad electrónica por el carbono, causada por la formación de un enlace entre el C y un
átomo menos electronegativo o por la ruptura de un enlace entre el C y un átomo más electronegativo.
En compuestos menos oxidados o mas reducidos observamos mayor contenido de H en su molécula.

Grupos funcionales
Las biomoléculas pueden contener en sus estructuras uno o más grupos funcionales. Se denomina grupo
funcional a un átomo o grupo de átomos que reacciona en forma más o menos similar
independientemente de la molécula en la que se encuentre. Ejemplos son el hidroxilo, -OH, característico
de los alcoholes, el grupo amino -NH2 presente en las aminas, o el doble enlace, los anillos aromáticos,
etc. El siguiente cuadro muestra los grupos funcionales más comunes en las biomoléculas cuyas
características desarrollaremos a continuación.

En el cuadro anterior la letra R hace referencia a grupos alquilo en general, y resulta de quitarle un
hidrógeno a una cadena hidrocarbonada. Por ejemplo, a partir del CH3-CH2-CH3 (propano) al quitar un
hidrógeno resulta el grupo propilo cuya fórmula es CH3-CH2-CH2- . R puede hacer referencia a cadenas
hidrocarbonadas lineales, ramificadas, cíclicas. Cuando se trata de anillos aromáticos recibe el nombre
de arilo en lugar de alquilo.

Alcoholes, fenoles, éteres, tioalcoholes y tioéteres

Los alcoholes y fenoles son moléculas con grupos hidroxilo (u oxhidrilo, -OH), capaces de formar
enlaces puente de hidrógeno. Se pueden pensar como derivados orgánicos del agua, que surgen de
reemplazar un hidrógeno por un grupo alquilo o arilo, respectivamente

Se encuentran ampliamente distribuidos en la naturaleza y tienen aplicaciones industriales y

farmacéuticas importantes. El metanol (CH3OH) es producto químico importante, muy tóxico para el ser
humano, causando ceguera en pequeñas dosis y la muerte en grandes. Su capacidad para formar
puentes de hidrógeno determina su punto de ebullición mayor que otros compuestos de peso molecular
similares, que no forman puentes de hidrógeno.

Sólo son solubles en agua los alcoholes con un número pequeño de átomos de carbono (hasta 4 C,
dependiendo de la estructura de la cadena). Los alcoholes de mayor número de carbonos son
generalmente insolubles en agua.

El punto de ebullición aumenta con el número de átomos de carbono.

Reacciones de alcoholes
Por oxidación de alcoholes primarios y secundarios se obtienen aldehídos (o ácidos carboxílicos)
y cetonas, respectivamente.

Ejemplos de biomoléculas con grupo alcohol en sus estructuras

Fenoles
Tienen muchas propiedades en común con los alcoholes, pero el hecho de tener el grupo hidroxilo
unido a un anillo aromático determina un leve carácter ácido, menor que los ácidos carboxílicos, y
mucho menos aún que los ácidos inorgánicos como el ácido clorhídrico y el ácido sulfúrico.

Éteres
Al igual que los alcoholes, son derivados orgánicos del agua, pero en este caso, ambos hidrógenos
están sustituidos por grupos alquilo o arilo. Por esto, no tienen oxígeno unido a hidrógeno y no
forman puentes de hidrógeno. Su fórmula general es: R-O-R´. Por ejemplo, el éter etílico es
utilizado como solvente y fue empleado como anestésico. El Anisol está presente en el anís.
Tioles y sulfuros
Los tioles (R-S-H) y los sulfuros (R-S-R‘) son análogos de azufre de los alcoholes y los éteres,
respectivamente. Aunque no están tan difundidos en la naturaleza, se encuentran en varias
biomoléculas de gran importancia biológica, entre ellas la cisteína, un aminoácido presente en gran
cantidad de proteínas, cuya estructura biológicamente activa depende de la formación de puentes
disulfuro entre dos de estas unidades:

Vale la pena remarcar que los tioles no forman puentes de hidrógeno, debido a que el enlace S-H
está menos polarizado que el enlace O-H, debido a que el S y el H poseen electronegatividades bastante
semejantes.

Grupos funcionales que incluyen el grupo carbonilo en su estructura

Los compuestos carbonílicos se encuentran muy difundidos. Gran parte de la química de los
organismos vivos es la química de los compuestos carbonílicos. Los compuestos derivados pueden
clasificarse en dos grandes grupos:

Aldehídos y cetonas
Son la clase de compuestos más ampliamente distribuidos en la naturaleza.
El grupo carbonilo puede corresponder a un carbono primario (recibe el nombre de formilo) y estar
presente en los aldehídos o bien corresponder a un carbono secundario (carbonilo) y dar lugar a las
cetonas. Presentan las siguientes fórmulas generales

Algunos ejemplos de origen natural son:

Reacciones de aldehídos y cetonas. Formación de hemiacetales y acetales.

Las cetonas reaccionan en forma similar para dar hemicetales y cetales. Esta reacción es de
interés para comprender la química de los hidratos de carbono.

Ácidos carboxílicos
No son solo valiosos por sí mismos, ya que están presentes en la mayoría de las rutas metabólicas,
sino que generan numerosos grupos funcionales compuestos, entre ellos, ésteres, amidas, etc.
Ejemplos de ácidos carboxílicos que se encuentran en la naturaleza son el ácido fórmico (ácido
metanoico) que inyectan algunas especies de hormigas al morder y abejas al picar; el ácido acético
(ácido etanoico), compuesto principal del vinagre; el ácido butanoico, responsable del olor rancio
de la manteca; el ácido hexanoico o caproico, responsable del olor característico de las cabras, etc.

Los ácidos carboxílicos se disocian ligeramente en agua, y el grado de disociación está dado por la
constante de acidez (Ka). Aunque son mucho más débiles que los ácidos minerales, los ácidos carboxílicos
son más fuertes que los fenoles, como se indicó antes.

A pH muy ácido un ácido carboxílico no se disocia, es decir que existe totalmente como RCOOH, en
cambio, a pH básico se disocia completamente y existe sólo como RCOO – (anión). En las células vivas el
pH no es ácido ni básico, sino aproximadamente neutro (pH fisiológico: 7,3 en humanos).

Ejemplos de biomoléculas con grupos carboxilo

Intermediarios metabólicos:
Fitohomonas:

Las fitohormonas intervienen en la división y expansión celular. En particular, el ácido indolacético

es una auxina (hormona vegetal) que actúa a nivel de los ápices, en los que hay tejido meristemático.
Inhibe el desarrollo de las yemas axiales. La giberelina es otra fitohormona producida en la zona
apical, frutos y semillas. Actúa en la interrupción del período de latencia de las semillas, haciéndolas
germinar, la inducción del desarrollo de yemas, frutos y la regulación del crecimiento longitudinal
del tallo como así también la elongación de órganos axiales: pecíolos, pedúnculos, etc. Su acción es
opuesta a la del ácido abscísico. El ácido abscísico (ABA) participa en procesos del desarrollo y
crecimiento, así como en la respuesta adaptativa a estrés, tanto de tipo biótico como abiótico.

Propiedades físicas de ácidos carboxílicos

Forman dímeros en solución acuosa por formación de puentes de hidrógeno. Tienen puntos de
ebullición mayor que los alcoholes de igual número de átomos de carbono

Grupos funcionales compuestos derivados de los ácidos carboxílicos

Ésteres
Un éster es un grupo funcional compuesto que resulta de la reacción de una molécula de ácido
carboxílico con una de alcohol, con pérdida de una molécula de agua.

Algunos ejemplos son

Ésteres fosfato
Se forman por reacción de ácido fosfórico con alcoholes:

Tienen gran interés biológico un ejemplo es el nucleótido adenosina monofosfato (AMP) que
analizaremos en la sección de nucleótidos y ácidos nucleicos.

Tioésteres
Se forman por reacción de un ácido carboxílico con un tiol. Un ejemplo biológico es la acetil
coenzima A (acetil-CoA), que interviene en diversas rutas metabólicas, tanto de lípidos, como de
proteínas y carbohidratos. Entre sus funciones principales destaca entregar el grupo acetilo al ciclo
de Krebs, liberando el tiol coenzima A.
Reacciones de ésteres. Hidrólisis en medio ácido y básico

Anhídridos

Son un grupo funcional compuesto que resulta de la reacción de dos moléculas de ácido con
pérdida de una molécula de agua.
Los anhídridos pueden formarse a partir:
- de dos ácidos carboxílicos:

- de dos o tres moléculas de ácido fosfórico:

de un ácido carboxílico y una molécula de ácido fosfórico:

Existen también moléculas que poseen un grupo anhídrido y un éster del ácido fosfórico, por
ejemplo, el 1,3-difosfoglicerato, que es un intermediario metabólico, tanto en la glucólisis, como en
el ciclo de Calvin (fotosíntesis)
Aminas
Hacemos un paréntesis en el estudio de los derivados de ácidos para estudiar los compuestos que
poseen en su estructura grupos amino. Las aminas derivan del amoníaco (NH3) por sustitución
de uno o más H por grupo/s alquilo o arilo. Todas ellas se caracterizan por tener un átomo de
nitrógeno con un par de electrones libre, lo que les da carácter básico. Se clasifican en aminas
primarias, secundarias o terciarias según el numero de grupos alquilo o arilo unidos al nitrógeno.

La anilina se usa para fabricar productos químicos agrícolas, pinturas sintéticas, antioxidantes, etc.
Las aminas tienen amplia distribución en la naturaleza. Trimetilamina, responsable del olor característico
del pescado. Metabolitos secundarios (alcaloides) como la nicotina de las hojas de tabaco y la cocaína.
Hordenina (en cereales) y la mescalina en el peyote.

Además, los aminoácidos, monómeros constituyentes de las proteínas tienen grupos amino en
su estructura y las bases nitrogenadas son aminas cíclicas, que forman parte de la estructura de
nucleótidos y ácidos nucleicos

Por su carácter básico las aminas reaccionan con ácidos diluidos para dar sales de amonio cuaternario:
En ellas el nitrógeno está unido a 4 sustituyentes y poseen carga positiva, independientemente del pH.
Solubilidad en agua de aminas
Las aminas de menos de 5 átomos de carbono son solubles en agua. Las aminas primarias y
secundarias forman puentes de hidrógeno consigo mismas, pero no las terciarias, debido a que no
poseen hidrógeno unido al N. Todas ellas forman puentes de hidrógeno con el agua.

Amidas
Grupo funcional compuesto derivado de un ácido carboxílico y una amina con pérdida de una
molécula de agua. Las amidas no son compuestos básicos.

Esta reacción no se produce en forma directa en el organismo sino mediada mediante enzimas.
Las uniones peptídicas que son las que se producen entre aminoácidos para dar péptidos y proteínas,
son uniones amida.

Otros componentes importantes en el metabolismo que tienen grupos amida en su estructura son: