MICROBIOLOGÍA I

CLASE 7.
UNIDAD II: PROCARIONTES
TEMA: Taxonomía bacteriana. Tipos de taxonomías. Taxonomía Polifásica.
BIBLIOGRAFÍA
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Manual de técnicas de laboratorio para la enseñanza de la
microbiología básica y aplicada. Ed. Atlante. Madrid. España.

Todo lo que el hombre tiene necesidad de estudiar, tiene que ser clasificado y
esto está desde la antigüedad, el hombre primitivo clasificaba todo lo que le
rodeaba, ej. Las sillas, las mesas, etc..., y los organismos vivos han sido
clasificados y en ellos se incluyen las bacterias y la Taxonomía aborda la
clasificación, ahora esta ciencia tiene en cuenta además dos áreas más las
cuales, es decir las tres están separadas pero interrelacionadas.

1.-Clasificación.- Ordenamiento de los organismos dentro de grupos

taxonómicos, sobre la base de sus similitudes y sus interrelaciones. A estos
grupos se les dice TAXA (plural) y TAXON (singular), esta área implica la
necesidad de comparar un organismo con otro.

2.-Nomenclatura.- Es la asignación de nombres a los grupos taxonómicos de

acuerdo a las reglas internacionales. (No es algo arbitrario).

3.-Identificación.- Es el proceso de determinar que un nuevo aislamiento

pertenece a un Taxón estable y nominado (que está clasificado) según estos
tres aspectos podemos definir la Taxonomía como la ciencia que agrupa o
clasifica a los organismos identificados, nominándolos según reglas y normas.

Esto se hace siguiendo un nivel jerárquico que implica diferentes niveles que
responden según las características y esto se llama Rango Taxonómico, es
decir son los niveles jerárquicos que existen dentro de los sistemas de
clasificación, donde van hacer ubicados los organismos objetos de estudio.

1.- Rango Taxonómico Superior.- Incluye un rango de características que dan

las diferencias entre unas y otras, el primer nivel es el grupo o parte ( en el
Bergey`s Manual hay 19, ustedes conocen que este libro es una guía para
distinguir especies bacterianas, existen distintas ediciones 1957- bacterias G - ,
1974 bacterias G + , 1984 bacterias G-, G+ y arqueas, 1994 incluye bacterias
filamentosas, los actinomiceto, todos han ido evolucionando, más ordenado
según se han incluido nuevas técnicas, es un compendio de clasificación
clásica y molecular, aunque es un tratado taxonómico más que filogenético, en
su última edición ha incorporado más información sobre la secuencia molecular
de los grupos bacterianos.Grupo que pertenece el Taxón, y tiene subunidades
que es el:
 Orden.- grupo que forma una categoría de clasificación.
 Familia.- categoría entre el orden y el género. (Agrupa diferentes grupos)
 Tribu.- categoría de clasificación entre familia y género.

2.- Rango Taxonómico Inferior.- Cada grupo tiene diferentes niveles que van
a dar el nivel base o inferior que es la especie. Este rango responde a:
 Género.- agrupa a todas las especies que le son asignadas, aunque no
siempre con cierta seguridad, esto implica que a medida que nos
alejamos del nivel básico mayores serán las diferencias.
 Especie.- puede ser observada como una colección que poseen muchos
caracteres en común y difieren considerablemente de otras cepas.
(Cuando se llega a especie es que se completa la identificación).
 Cepa.- es una subdivisión de una especie, en la que difiere de otras
bacterias de la misma especie por diferencias menores pero
identificables, de otra manera, es un aislamiento de un microorganismo
determinado que pertenece a determinada especie. Este aislamiento
bacteriano es una cepa en cultivo puro que generalmente se conforma
de una sucesión de cultivo o pases de una colonia pura.
 Subespecie.- es el nivel más bajo de la clasificación que tiene un
carácter oficial (pocas pero consistentes variaciones genotípicas)
(Hasta a.C. el nivel oficial de clasificación)
Es importante conocer los lugares de aislamiento, una cepa puede ser la
misma especie pero de lugares diferentes, todo esto es importante desde
muchos puntos de vista. Ej.- epidemiólogo y/o industrial.
Al realizar una identificación es importante incluir entre las cepas problemas la
Especie o Cepa tipo,- es una cepa de una especie dada que sirve como patrón
para las especies de un género y que por tanto van a tener muchas
características comunes, siendo su ejemplo permanente y son guardadas en
colecciones internacionales. Generalmente es una de las primeras cepas
estudiadas y está a menudo más completamente caracterizada que otras
cepas. Solo aquellas cepas muy similares a la cepa tipo son incluidas en una
especie.

Infrasubespecie.- Es un rango por debajo de subespecie, pero no es oficial,

responde a una utilidad práctica.

1.-Biovares o Biotipos.- son variaciones dentro de la infrasubespecie y

permite establecer niveles en bacterias en dependencia de propiedades
fisiológicas y bioquímicas especiales.

2.- Serovar o serotipo.- depende de las propiedades antigénicas distintivas.

Es una cepa diferenciada mediante métodos serológicos. Ej. . Cepas de
Salmonella tienen diferencias serológicas.

3.- Patovar o patotipo.- propiedades patogénicas distintivas para ciertos

hospederos. Ej. Pseudomonassp.

4.- Fagovar o fagotipo.- capacidad de ser liado por ciertos bacteriófagos,

donde cada especie es atacada por un determinado fagotipo. Ej.
Xanthomonasphaeseoli.var. fuscans.

5.- Morfovar o morfotipo.- son características morfológicas especiales .ej.

Bacilluscereusvar. mycoides.

Reglas Internacionales de Nomenclaturas.

 Los nombres se escriben en latín, ej. Bacillus de la tuberculosis, esto no
es oficial y no puede nominar al microorganismo causante de la
enfermedad así, si no Mycobacterium tuberculosis
 Se utiliza el latín siguiendo el sistema binomial descrito por Linneo.
 Primer nombre. —responde al género y siempre va con Mayúscula.
 Los nombres de los niveles taxonómicos superiores (Familia, Orden;
Tribu) siempre con mayúscula y la terminación es por ej. de Orden
(...ale) Actinomicetales y de familia (...aceae) Mycobacteriaceae.
 Segundo nombre indica la especie y siempre en minúscula. Siempre el
nombre debe ser destacado del texto (subrayar, itálicas, negritas).

Sistemas de Clasificación
Sistema Artificial.- basado en criterios arbitrarios establecidos por los
individuos según sus necesidades y gustos.
Cuando se identifica determino las características para un taxón ya clasificado,
pero puede ocurrir que se descubra una nueva característica por que puede
utilizar tecnologías más modernas y actuales, ante esto hay que tener en
cuenta ese nuevo carácter y si me permite reubicarla en el grupo conservando
el nombre o cambiando el nombre, esto implica la necesidad de enviarlo al
centro de referencia para verificar que la característica es realmente nueva.
Todo esto cae dentro de un sistema de clasificación arbitrario, desde el punto
de vista que no sigue un sistema de clasificación natural.

Sistema Natural.- basado en el sistema evolutivo de las especies, afinidades

evolutivas de las especies, se llama también Sistema filogenético.
En bacteria no hay una filogenia por la no presencia o descubrimiento de
fósiles, en aquellos momentos, pero actualmente si hay bases tecnologías para
establecer un sistema filogenético a través del RNA.

Pasos y pruebas generales en la identificación de un cultivo bacteriano

desconocido.
1.- Aislamiento y purificación de la cepa.
2.- Cultivo puro.
3.- Ubicar al grupo teniendo en cuenta morfología y tinciones.
4.- Conocer requerimiento energético.
5.- Temperatura optima, pH optimo, relación de la bacteria con el oxígeno.
6.- Analizar de que hábitat se hace el aislamiento.
7.- Determinar características morfológicas, culturales y tintoriales, así como
fisiológicas y bioquímicas:

Caracteres a distinguir entre las bacterias. Métodos para la taxonomía.

a).-Morfológicas.- incluyen la presencia o ausencia de por ej. endosporas,

flagelos, glicocalyx, etc. Consideraciones adicionales incluyen morfología de la
colonia, forma celular, tamaño, etc.

b).-Culturales.- medio completo, selectivo o diferencial, condiciones de

agitación o estático, relaciones con el oxígeno.

c)-Tintoriales.- G + y G - , si el cultivo es puro, morfología.

d).- Fisiológicas (pruebas).- permiten obtener como respuesta la actividad que

pueden manifestar las bacterias ante determinadas condiciones de crecimiento,
entre estas pruebas algunas son físicas ej. Temperatura, pH, (determinaciones
químicas) que responden a sistemas enzimáticos, efecto de la concentración
de oxígeno, es químico también, si es aerobio y le quito el oxígeno no crece,
por lo que se afecta la fisiología (no puede respirar), luz UV (efecto físico)
provoca mutaciones pueden alterar la fisiología por la no síntesis de los ácidos
nucleicos, potencial oxido-reductor (químico), sustancias químicas, ej. cianuro
de potasio que inhibe la respiración compite con el oxígeno como aceptor
(antagonista metabólico).

d), Bioquímicas (pruebas).- se basa en determinar la capacidad de utilizar

diferentes fuentes nutricionales como fuente de C, N, de energía, factores de
crecimiento, reacciones enzimáticas. Estas pruebas permiten llegar hasta
donde se quiera según lo planificado y se hacen según se obtengan respuestas
de las primeras, se va por pruebas diferenciales, primero de las familias, del
grupo, después de los géneros y después de las especies. Otros ejemplos.
Fermentación de carbohidratos (producción de ácidos y gas), licuefacción de la
gelatina (proteasas que hidrolizan la gelatina). Producción de catalasa (H2O2---
H2O +O2)

Todo esto es lo clásico, considerado como Taxonomía Clásica pero se han

desarrollado otros métodos que son realmente necesarios para la clasificación
y los veremos en la próxima clase y los podemos denominar como métodos
modernos n o Taxonomía Molecular.

Taxonomía Bacteriana. Aspectos Moleculares.

Estudios Serológicos.- proporciona información para diferenciar hasta
subespecie o serotipo o serovar y se basa en determinar la capacidad
antigénica, los tipos de antígenos, ej. capsulares, que pueden dar una
respuesta inmunológica.
Antígeno.- sustancia de carácter proteico, lipoprotéico, lipopolisacárido que
forma parte de la célula ej. Capsula, flagelo que tiene carácter antigénico
porque son producidos por la información genética heredada por la célula y es
típico de la misma especie, cuando ese antígeno se inocula en un animal se
desarrolla una respuesta inmunológica por la producción de anticuerpo, los
cuales pueden ser utilizados después en un antisuero para la clasificación ya
que se enfrenta la bacteria con el antisuero y si hay precipitación implica que
hay reacción antígeno –anticuerpo.
Estudios Inmunoquímicos.- se basa igual que la serología, pero para hacer
reacciones inmunofluorescentes, que es una reacción de marcar el anticuerpo
o el antígeno con una sustancia fluorescente ej. elTioseanato de fluoresceína,
si hay compatibilidad entre el Ac y Ang. Se unen y se emite la fluorescencia, se
requiere de un microscopio de UV.
Fago taxonomía.- se basa en el empleo de los fagos, hay sitios específicos en
la pared para que se inserte el fago, esto lisa la célula y se observa en medio
sólido una placa lítica.
Quimiotaxonomía.- consiste en el empleo del estudio de la química de las
bacterias, en cuanto a presencia, composición y proporción de diferentes
sustancias en las células.
Estudios electroforéticos.- el tamaño y otras diferencias entre proteínas
pertenecientes a diferentes organismos pueden ser determinadas muy
fácilmente mediante esta técnica. Las moléculas cargadas migran en un campo
eléctrico y el rango de migración está determinado por el tamaño de la
molécula y su carga eléctrica (moléculas más pequeñas migran más
rápidamente).

Estudios genéticos.- (ácidos nucleicos).

El desarrollo de las técnicas moleculares, basadas en la biología molecular y
genética ha permitido reconocer las relaciones filogenéticos entre los
organismos, lo cual ha sido posible por los cronómetros evolutivos, que son
moléculas celulares que permiten medir los cambios reales evolutivos, son
moléculas portadoras de la información. Debido a la antigüedad del proceso de
síntesis de proteínas, el ARN ribosómico se ha convertido en una molécula
excelente para discernir las relaciones filogenéticos entre los seres vivos, son
moléculas antiguas, funcionalmente constantes, distribuidas universalmente y
bien conservadas, el parecido entre dos secuencias indica la existencia de
algún tipo de relación filogenético. En los ribosomas hay tres moléculas de
ARN que en Procariontes tienen las medidas de 5S, 16Sy 27 S, ahora 5S es
muy pequeña y limita la información y 16 S es más manejable que el 23 S por
lo que en procariontes se escogió 16 S, estos ARN están en la subunidad 30S
en Eucariontes es 18 S semejante al 16 S de procariontes.
ADN
1. Extracción y purificación del ácido nucleico.
2. Detección de la presencia del ADN (método absorción en radiación
ultravioleta, el ADN abs. UV a una landa de 260 nm por la purina y el
pirimidinas.
3. Detección del ADN por fluorescencia. El ADN es tratado con colorantes
fluorescentes que se combinan con la molécula.
4. Análisis de la composición del ADN.
Sus bases son adenina, timina, guanina y citosina y las mismas se aparean
A=T y G=C
En el ADN o ARN es muy importante en la taxonomía tanto para identificar el
género o más a especie ya que cada especie tiene un valor determinado, ahora
si dos organismos tienen igual valor de G=C, no necesariamente tienen similar
secuencia de ADN pero organismos los cuales muestran diferencias
significativas de G=CV raramente tienen secuencias comunes de ADN. Así el
rango de G=C es útil para determinar la poca relación entre organismos pero
no puede ser usada para soportar que dos organismos estén relacionados. (se
hace por hidrólisis acida y después cromatografía en papel cuantitativo).
5.-Centrifugación por gradiente de densidad. Molécula de ADN con G=C en
mayor cantidad son moléculas más densas que las que contienen menor
cantidad de G=C, esta técnica emplea cloruro de cesio.
6.-Efecto de la temperatura sobre los ácidos nucleicos.Se somete el ADN a
un calentamiento, en presencia de un espectrofotómetro de luz UV, para medir
absorbancia. Cuando se alcanza el 40% implica que se han separado las
hélices
Es linealmente proporcional al mol % de G+C. La mayor temperatura
alcanzada me indica el mayor % G+C ya que G=C tiene tres enlaces de
hidrogeno y resiste más que A=T que tiene dos enlaces solo.
7. Hibridización de ácidos nucleicos.- formación de una molécula de ácido
nucleico doble con bandas derivadas de fuentes diferentes por apareamiento
de bases complementarias, esto puede ser tanto de ADN, ARN o ADN-ARN.
Estas técnicas proporcionan una poderosa herramienta para estudiar las
relaciones genéticas entre ácidos nucleicos y dar definición de especie. Se
marca radioactivamente todo el ADN de un aislado y se utiliza como sonda o se
enfrenta al ADN total de otros aislados: Se obtiene una homología global entre
aislados que es de gran utilidad para la definición de especie. Niveles de
homología mayor del 70% implica agrupación de una misma especie.

Determinación de la secuencia de ADN.

Existen equipos automatizados disponibles para determinar las secuencias de
moléculas de ADN. Apropiados tratamientos son usados para generar
fragmentos de ADN que terminan en los 4 pares de bases que son
radioactivos. Los fragmentos son sujetos a electrofóresis así que moléculas con
una diferencia de nucleótidos en longitud (tamaño) son separados en el gel.
En la clase anterior hablamos de los Sistemas de Clasificación. El Artificial y el
Natural, pero además existe otro sistema o teoría de clasificación que requiere
del empleo de todas estas técnicas y es conocido como Taxonomía Numérica
Taxonomía Numérica como Teoría de Clasificación
Surge como una teoría de clasificación en los años 50 y se establece como un
método valido para clasificar a los seres vivos por las características macro
morfológicas, posteriormente se desarrollómás con el avance de las técnicas.
La taxonomía numérica ha sido definida como la evaluación numérica de la
afinidad o similitud entre unidades taxonómicas y el agrupamiento de estas
unidades en taxones, basándose en el estado de sus caracteres.

Factores que promovieron el desarrollo de la Taxonomía Numérica.

1.- Deseo o necesidad de los sistemáticos de cambiar el sistema descriptivo
que hasta los años 50 imperaba, empleo de nuevas técnicas era necesario.
2.- se dieron cuenta que existían bases filosóficas para los cambios a análisis
de los fundamentos de la Taxonomía.
3.- Aumento y desarrollo de la computación.

Ahora veremos otras definiciones o tendencias que existen en la clasificación:

 Grupo monotélico.- es un grupo de individuos que ha sido constituido por
rígidas y sucesivas divisiones lógicas y en el cual todos sus miembros
comparten un conjunto de atributos que son condición necesaria y
suficiente para convertirse en integrantes de ese grupo.
 Grupo polilítico.- es un grupo en el cual sus miembros comparten un
gran número de atributos pero ninguno de esos atributos es compartido
por todos los miembros, con la excepción del atributo de pertenecer a
ese grupo.

Fundamentos de la clasificación biológica.

Estos son objetos de los más intensas controversias en biología ya que hay
varias corrientes de pensamiento o filosóficas.
Esencialismo.- sostiene que es tares de la ciencia descubrir la verdadera
naturaleza de los objetos (plantea que el objeto de las ciencias es determinar
los caracteres inmutables (esenciales) de los objetos que se tienden a
clasificar, se basa en claves ej. B. Manual, pero como todo evoluciona según
las nuevas técnicas no puede existir la determinación de un carácter esencial
ya que existen cambios, mutaciones, variaciones.
Ahora los Esencialistas se basan en la taxonomía Numérica para fundamentar
los resultados, ser esencialista implica ser idealista y como pensamos de forma
materialista por eso en ocasiones podemos tener dudas de una clasificación.
Cladismo.- Significa árbol genealógico, se basa en la relación filogenético que
presentan las células y se basaron que todas las células tuvieron un antecesor
común y así se puede hacer un árbol pero esto conlleva a especulaciones
porque no queda claro muchas evidencias desde el punto de vista filosófico y
por eso no puede llevarse a cabo la clasificación filogenético ya que no hay
suficientes evidencias de fósiles por lo que es especulativa.
Evolucionismo.- hay que tomar en cuenta las divergencias evolutivas que
pueden tener, es similar al Cladismo.
Feniticismo.- corriente filosófica que sustenta a la Taxonomía Numérica (cada
carácter tiene igual valor) y se basa en:
1.- La clasificación debe efectuarse con un gran número de caracteres, que
deben ser tomados de todas las partes del cuerpo de los organismos y de todo
su ciclo vital. Ej. planta, raíz, semilla, hojas, etc.
2.- Todos los caracteres utilizados tienen la misma significación e importancia
en la formación de los grupos. El B. Manual dice que si tengo dos células
iguales y si una tiene espora ya se ubica en Bacillus, pero ahí incluyo un solo
carácter y este libro no toma en cuenta que con el tiempo por un problema de
mutación o nutricional pierde la capacidad de formar espora, entonces es un
problema siendo la misma cepa y no poder ubicarla y esto se resuelve con la
taxonomía numérica.
3.- los grupos de Taxones a formar se reconocen por una correlación de
carácter diferente:
Ej. Se tienen 3 cepas
Gram catalasa
A + +
B + +
C - +
Catalasa no me sirve ya que no hay diferenciación ya que la Taxonomía
Numérica es en base a los resultados que tengan poder discriminatorio.
4.- la clasificación debe basarse en la similitud fonética y se entiende por
fonético cualquier tipo de carácter (fisiológico, serológico, morfológico,
bioquímica, etc.) que tenga validez diagnóstico.
5.- no cuestiona ninguna de las teorías anteriores (Cladismoo, Evolucionismo)
ya que a priori ningún carácter es más importante que otro, pero si admite la
posibilidad de un carácter a posteriori, si rechaza el esencialismo, pero hay que
seguir utilizando el Bergey`s Manual y lo que se hace es un apoyo entre estas
corriente para acercarnos más a la realidad.

Pasos elementales de las técnicas numéricas.

1.- Elección de las unidades.- se eligen los organismos a estudiar
(Unidades taxonómicas Operativas OTU)
2.- Elección de los caracteres.- se eligen los caracteres que describan a las
OTU, es decir son las pruebas que se van a realizar, no hay una regla para
esto pero para un trabajo que se respete no deben ser menos de 50, estas
pueden ser las que aparecen en el B. Manual y otras que puedo adicionar
según las condiciones de trabajo y las posibilidades. Importante escoger bien
las pruebas por Ej., la prueba de ácido a partir de la glucosa y sacarosa
implican igual resultado y tengo resultados repetidos, ya que la mayoría de los
microorganismos lo hacen.
3.-Construcción de una matriz básica de datos.
La taxonomía numérica exige que todos los datos sean expresados en forma
cuantitativa de modo que sean computables, es decir que con ellos pueda
realizar operaciones de cálculos mediante números.
OTU
Pruebas A B C D

Catalasa + (1) -(0) + (1) -(0)

Hid. almidón+ (1) -(0) -(0) + (1)
Hid. Gelatina -(0) + (1) + (1) + (1)

En la computadora no puedo poner (+) o (-) lo tengo que poner número y una
prueba no hecha o dudosa es >ND (no dato) le doy valor 2 pero esto no puede
pasar del 10%
Los caracteres pueden ser:
1. Bivariados.- solo con dos valores (presencia o ausencia)
2. Multivariados.- color, diámetro, largo, forma, susceptibilidad a
antibióticos,ej. El color.- blanco, rojo, amarillo, gris, crema, etc... Como
llevar esto a valor numérico, ej. Tengo 100 OTU y 50 son amarillos y los
demás son de color diferente, entonces si la muestra es de suelo esto
me implica que en ese nicho ecológico los predominantes son los
amarillos, tomo este 50% y le doy valor (1) otro color tiene valor
(0).Sensibilidad a antibióticos.- Ej. Halo de inhibición con un diámetro
menor de 3.0 mm es (0) y halo de inhibición mayor de 3.2 es valor (1).

4.- Obtención de un coeficiente de similitud para cada OTU.

Existen diferentes matemáticos que plantean que el coeficiente de similitud de
ellos es mayor que el de otros pero generalmente se utiliza el de Jackas que
dice
a
S=---------
a+b+c

Esto significa, tomando los valores de la matriz básica de datos (tabla)

a.- son los caracteres que se comparan entre A y A que son + en ambos (1) (1)
b.- la cantidad de veces donde el carácter es + en A y – en B (1) (0)
c.- donde A es – y b es + (0) (1)
d.- negativos ambos (0) (0)

y así todos son comparados

por ej. a= 1 1
b=1 S= -------- * 100 = 33 %
c=1 3

5.- Construcción de una matriz de similitud

6.- Gráfico donde aparecen los grupos de cepas que se llaman dendograma.

IDENTIFICACIÓN DE BACTERIAS
1. Identificacion de Bacterias.
Especie bacteriana:
a. Individuos similares:
i. Una especia bacteriana es " una población de células con
características similares"
--Note que esta definición es muy diferente de la empleada
para definir comúnmente las especias animales y vegetales,
que generalmente involucran el sexo.
b. Se asemejan a especies fósiles:
. Las especies Bacterianas se asemejan a la forma en que
las especies fósiles son distinguidas(o sea el concepto
filogenético de especie).
i. Normalmente las especies de plantas y animales son
definidas como: ―poblaciones de individuos intercruzanteso
 potencialmente intercruzantes, que no cruzan con
individuos de otras poblaciones definidas como especie‖.
ii. Por otro lado, con los fósiles no se puede determinar quien
se entrecruzó o podría haberlo hecho con quien. Por
consiguiente, las especies fósiles son definidas solo en
términos de caracteres parecidos, lo mismo que ocurre con
las bacterias.
iii. Manual de Bergey.
c. El Manual de Bergey es una guía para distinguir "especies
bacterianas", basado en diferencias fenotípicas entre "aislados"
(ver definición 6).
2. Cepa.
a. Una cepa es una subdivisión de una "especie bacteriana", la cual
difiere de otras bacterias de la misma especie por diferencias
menores pero identificables.
b. Una cepa es una "población de organismos que provienen de un
mismo organismo o aislado de un cultivo puro. Las cepas dentro
de una misma especie pueden diferir ligeramente de una a otra
de muchas formas" (p. 392, Prescott et al., 1996).
c. Las cepas son creadas a menudo en los laboratorios
mutagenizando cepas pre-existentes o salvajes de "especies
bacterianas".
d. El término cepa es también aplicable a microorganismos
eucarióticos, así como también a virus.
e. Cepa tipo.
i. "Una cepa de una especie es designada como la cepa tipo. Esta es
generalmente una de las primeras cepas estudiadas y es, a menudo,
caracterizada más completamente que otras cepas. Sin embargo,
ella no tiene porqué ser el miembro más representativo. Solo
aquellas cepas muy similares a la cepa tipo son incluidas en una
especie." (p. 392, Prescott et al., 1996)
3. Serovar [serotipo]
a. Un serovar es una "cepa" diferenciada de otras mediante
métodos serológicos.
b. Cepas individuales de Salmonellasp. son a menudo distinguidas y
distinguibles solo mediante métodos serológicos.
4. Biovar [biotipo]
a. Los Biovares son "cepas" que son diferenciadas entre sí por
métodos bioquímicos o "no-serológicos".
5. Morfovar [morfotipo]
a. Un morfovar es una cepa que es diferenciada de otras de la
misma especie sobre la base de caracteres morfológicos.
6. Aislado.
a. Un aislado es un cultivo puro derivado de una población
heterogénea o salvaje de microorganismos.
b. El término aislado es también aplicable a microorganismos
eucariontes así como también a virus.
7. Clasificación.
a. La colocación de un organismo dentro de un esquema que
relaciona diferentes tipos de organismos, tal como el presentado
 por Woese en su "árbol universal", es conocido como
clasificación.
b. Los organismos son clasificados por propósitos científicos.

8. Identificación
a. La Identificación es la determinación de donde puede ser
colocado un organismos (o "aislado" en el caso de los
microorganismos) dentro de un grupo de organismos que se
ajustan a algún esquema de "clasificación" .
b. Los organismos son identificados por propósitos prácticos, tales
como el diagnóstico de una enfermedad.
c. Técnicas de identificación:
. Muchos criterios diferentes pueden ser empleados para la
identificación, aunque es deseable a menudo emplear las
técnicas más sencillas posibles.
i. Qué técnicas y pruebas pueden ser necesarios, sin
embargo, dependen en cual organismo y cuanto detalle
dentro de la identificación del organismo se requiere.
ii. Estas Tècnicas incluyen:
0. "identificación morfológica"
1. tinción diferencial.
2. Uso de medios diferenciales
3. métodos serológicos
4. "citometría de flujo"
5. "fagotipaje"
6. "analisisprotéico"
7. "comparación de secuencias de nucleótidos".
8. ―comparación de fragmentos de restricción de DNA‖
9. Identificación Morfológica. Cierto número de caracteres morfológicos
son útiles en la "identificación" de una bacteria. Ellos incluyen la
presencia o ausencia de:
i. endosporas
ii. flagelos
iii. glicocalyx
iv. otros
a. Consideraciones adicionales incluyen:
. Morfología colonial
i. Forma celular
ii. Tamaño celular
iii. Agrupación celular

10. Métodos serológicos [prueba de aglutinación, ELISA, Western blot]

a. Anticuerpos:
. Los métodos serológicos emplean anticuerpos e incluyen:
0. Pruebas de aglutinación
1. ELISAs
2. Western blots
i. En última instancia es el enlace a anticuerpos lo que
detectan todas las pruebas serológicas.
 b. La premisa básica en todas estas pruebas es que los anticuerpos
son altamente selectivos en términos de la proteína (u otra
estructura celular) a la cual ellos se unen, al punto de que ellos
son capaces de distinguir las proteínas que provienen de una
"cepa" entre muchas "especies" o aún de una "cepa" entre
muchas "cepas"
c. Citometría de Flujo.
d. La citometría de flujo es una técnica que puede emplear "métodos
serológicos" (pero no necesariamente) y que analiza células
suspendidas en un líquido mediante luz, conductividad eléctrica o
fluorescencia según las células pasan individualmente por un
pequeño orificio.
e. Fagotipaje.
f. Bacteriófagos (o fagos ) son virus que infectan a las bacterias.
Los fagos suelen ser muy específicos en que bacteria infectan y el patrón de
infección por muchos fagos puede ser empleado para el fagotipaje, empleado
para distinguir "especies bacterianas".
11. Análisis de Proteínas [electroforesis en geles, SDS-PAGE,
establecimiento de la clonalidad]
a. El tamaño y otras diferencias entre las proteínas de organismos diferentes
pueden ser determinados empleando métodos de separación de la proteína
mediante electroforesis en gel.
b. SDS-PAGE:
i. Una técnica popular es el SDS-PAGE que significa electroforesis en gel de
poliacrilamida con SDS.
ii.El otro nombre para el SDS es el lauril-sulfato de sodio, un detergente que
usted encontrará en muchos champús.
c. Tales métodos son muy buenos en descubrir pequeñas diferencias entre
aislados y es especialmente bueno para establecer la clonalidad.
12. La comparación de secuencias nucleotidicas [Southernblot,
hibridación de ácidos nucleicos, RFLP, ADN "fingerprinting"]
a. La secuencia real de bases (nucleótidos) en el genoma de organismos
puede inferirse o ser realmente determinado (secuenciación de
nucleótidos) por una variedad de métodos.
b. Varios métodos de inferencia incluyen:
i. Southernblot
ii. Hibridación de ácidos nucleicos
iii. La comparación de RFLP (polimorfismo de los fragmentos de
restricción fragmento o ADN "fingerprinting)
b. Otra técnica que merece la pena es ël PCR, o amplificación
(multiplicación) de fragmentos de ADN específicos mediante la
reacción de la polimerasa.

Características utilizadas en taxonomía microbiana

1. Características morfológicas
i. forma
ii. tamaño
iii. motilidad (mótil, no-mótil); flagelo (posición, número, etc); 'gladding'
iv. inclusiones celulares
v. color
vi. morfología de la colonia
vii. características ultraestructurales
viii. tinciones

2. Características fisiológicas y metabólicas

i. composición de la membrana
ii. composición y estructura de la pared celular
(LPS)
iii. metabolismo energético básico
iv. caracteres nutricionales y metabólicos
v. requisitos nutricionales especiales
vi. susceptibilidad a bacteriófagos

3. Características ecológicas
4. Análisis genéticos
5. Características moleculares
i. comparación de proteínas, enzimas, polyaminas
ii. composición de ácidos nucleícos (%G+C)
iii. hibridización de ácidos nucleícos
iv. secuencia de ácidos nucleícos.

Jerarquía taxonómica de la bacteria

 Dominio
 Phylum
 Clase
 Orden
 Familia
 Género
 Especie

Ejemplo: Allochromatiumwarmingii
Bacteria
Proteobacteria
Gamma Proteobacteria
ZymobacteriaBacterias Gram negativas
ChromatialesBacterias fotótrofas púrpuras
ChromatiaceaeBacterias púrpuras del azufre
AllochromatiumSecuencia del gen 16S rRNA
Allochromatiumwarmingii

OTROS TIPOS DE TAXONOMÍAS

1. Taxonomía molecular: Basada en el estudio de moléculas
 Caracteres Genotípicos
 Hibridación ADN-ADN
 Molecular fingerprinting (huella molecular)
 Caracteres Fenotípicos
 Quimiotaxonomía. Biomarcadores: lipídicos (FAME), otros.

2. Taxonomía Polifásica: Es la tendencia moderna. Consenso en la

integración de distintos tipos de caracteres:
 Fenotípicos:
 Clásicos (morfología, nutrición, etc)
 Moleculares (marcadores quimiotaxonómicos)
 Perfil de proteínas totales y enzimas.
 Genotípicos:
 Clásicos: % G+C
 Moleculares: hibridación DNA-DNA, fingerprinting. (ej. Perfiles
moleculares por restricción o amplificación de ADN)
 Filogenéticos: basados en el gen del ARNr 16S.
Caracteres fenotípicos con valor filogenético diferenciales entre Bacteria,
Archaea y Eukarya
Caracteres que confirman el árbol universal construido a partir del ARNr
16S
 Principales diferencias entre dominios Bacteria, Archaea y Eukarya
 Procariotas actuales más cercanos al ancestro relacionadas con las
condiciones fisicoquímicas en el origen de la vida: Aquifex y
Methanopyrus (termofilia, anaerobiosis)
 Características de los Eukarya más cercanos a los procariotas: Giardia y
Microsporidia
 Secuencias de otras moléculas, especialmente las ligadas a la
replicación, transcripción y traducción.

Árbol del Dominio Bacteria

DOMINIO BACTERIA
 Actualmente con más de 50 divisiones (phylum), algunas sin organismos
cultivados (secuencias ambientales)
 Más de 400 géneros
 Phylum mejores caracterizados:
 Proteobacteria (α,β,γ,δ,ε) con 270 géneros
 Gram positivos (LowGC y HighGC) con 170 géneros.

DOMINIO ARCHAEA
 40 géneros
 3 linajes separados:
 Euryarchaeota (halófilos y metanogénicos)
 Crenarchaeota (termófilos)
 Korarchaeota (solo secuencias ambientales)
Árbol del Dominio Archaea

¿Cómo surge una nueva especie bacteriana?