Biodiversidad y Ecologa I

Procariontes
Poca diversidad estructural. Gran diversidad fisiolgica. Las clasificaciones naturales no reflejan los grupos funcionales. Los grupos artificiales se basan en caractersticas comunes de estructura, bioqumica y ecologa.

Procariontes
Las agrupaciones funcionales NO implican relaciones genticas cercanas por lo que algunos organismos pueden encontrarse en ms de un grupo y algunos grupos pueden tener organismos tanto de Archaea como de Bacteria.

ARCHAEA

Tipos de metabolismo (generacin de energa)

METABOLISMOS COMPARTIDOS POR PROCARIONTES y EUCARIONTES Fermentacin alcohlica (bacterias y eucariontes) Fermentacin lctica (bacterias y eucariontes) Respiracin aerobia (bacterias, archaeas y eucariontes) Fotosntesis oxignica (bacterias y eucariontes) SLO PROCARIONTES

Fermentaciones nicas (A partir del patrn de Embden-Meyerhof ) Otros tipos de fermentacin (Entner-Doudoroff ) Respiracin Anaerobia (se usa un aceptor de electrones que no es 02) Litotrofa (uso de substancias inorgnicas como fuentes de energa (S, Hierro) Fotosntesis anoxignica (fotofosforilacin en ausencia de O2) Metanognesis (metabolismo antiguo en archaeas que usa H2 como fuente de energa y se produce metano). Fotofosforilacin no fotosinttica dependiente de luz (conversin de energa luminosa en energa qumica en archaeas)

Litotrofa

Respiracin aerobia Fotofosforilacin no fotosinttica dependiente de luz

Metanognesis

Litotrofa
Uso de un compuesto inorgnico como fuente de energa. La mayora de las bacterias littrofas son respiradoras aerobias:
Remueven electrones de un substrato y los ponen en un sistema de transporte de electrones que producir ATP.

physiological group

energy source

oxidized end product

organism

hydrogen bacteria

H2

H2O

Alcaligenes, Pseudomonas

methanogens

H2

H2O

Methanobacterium

carboxydobacteria

CO

CO2

Rhodospirillum, Azotobacter

nitrifying bacteria*

NH3

NO2

Nitrosomonas

nitrifying bacteria*

NO2

NO3

Nitrobacter

sulfur oxidizers

H2S or S

SO4

Thiobacillus, Sulfolobus

iron bacteria

Fe ++

Fe+++

Gallionella, Thiobacillus

Grupos fisiolgicos de littrofos

LITOTROFA
Oxidacin de compuestos inorgnicos como fuente de energa, en este sentido los metangenos tambin son littrofos. Los littrofos oxidadores de sulfuro son uno de los varios grupos de littrofos. Existren littrofos oxidadores de sulfuros en Bacteria (e.g. Thiobacillus) y Archaea (e.g. Sulfolobus) Oxidan H2S o S como fuente de energa. La autotrofa es variable entre los representantes de este grupo. Se encuentran en medios ricos en H2S como manatiales volcnicos y fumarolas y en ventilas hidrotermales profundas. Algunos son simbiontes o endosimbiontes de otros organismos. Debido a que pueden ser auttrofos pueden jugar un papel importante en la produccin primaria de ambientes carentes de luz. Como resultado de las oxidaciones litotrficas estos organismos producen cido sulfrico y acidifican su ambiente por lo que son tambin acidfilos (crecen apH de 1). Algunos son tambin hipertermfilos y crecen a temperaturas de 115C.

METANOGNESIS
Los metangenos oxidan H2 como nica fuente de energa y transfieren los electrones a CO2 y lo reducen a metano. H2 + CO2 CH4 El metabolismo metanognico es nico y representa al grupo ms diverso y prevalente de Archaea

Los metangenos usan CO2 para producir material celular y en este sentido son AUTTROFOS.
Se da en condiciones de anaerobiosis (NO OXGENO)

Tipos de metabolismo (generacin de energa)

METABOLISMOS COMPARTIDOS POR PROCARIONTES y EUCARIONTES Fermentacin alcohlica (bacterias y eucariontes) Fermentacin lctica (bacterias y eucariontes) Respiracin aerobia (bacterias, archaeas y eucariontes) Fotosntesis oxignica (bacterias y eucariontes) SLO PROCARIONTES

Fermentaciones nicas (A partir del patrn de Embden-Meyerhof ) Otros tipos de fermentacin (Entner-Doudoroff ) Respiracin Anaerobia (se usa un aceptor de electrones que no es 02) Litotrofa (uso de substancias inorgnicas como fuentes de energa (S, Hierro) Fotosntesis anoxignica (fotofosforilacin en ausencia de O2) Metanognesis (metabolismo antiguo en archaeas que usa H2 como fuente de energa y se produce metano). Fotofosforilacin no fotosinttica dependiente de luz (conversin de energa luminosa en energa qumica en archaeas)

Fijacin autotrfica de CO2

El uso de la Ribulosa Bifosfato Carboxilasa (RUBISCO) y el ciclo de Calvin es el mecanismo ms comn de fijacin de CO2 entre los auttrofos. RUBISCO parece ser la enzima ms abundante del planeta seguida por la nitrogenasa.

Este es el nico mecanismo de fijacin de CO2 en eucariontes, cianobacterias y bacterias moradas.

Las bacterias y archaeas litoautotrficas tambin usan este patrn bioqumico. Pero los metangenos y las bacterias verdes tienen alternativas para la fijacin de CO2 y no poseen RUBISCO.

El utiliza Fosfoglicerato y CO2 para generar intermediarios de la gluclisis que pueden ser usados para biosntesis celular.

ciclo de Calvin

Rutas alternativas al ciclo de Calvin para la fijacin autotrfica de CO2

Los metangenos fijan CO2 por medio de la enzima CODH (Deshidrogenasa del Monxido de carbono). La ruta de la metanognesis reduce CO2 a metil (CH3) mediante la coenzima metanopterina (MP). MP-CH3 puede reducirse a metano o puede ser que MP sea reemplazada por una vitamina parecida a B12 para entrar a la ruta metablica de fijacin de CO2. El complejo B12-CH3 es el substrato para la fijacin de CO mediada por CODH. CODH reduce CO2 a CO y aade CO a B12 -CH3 para formar acetil-CODH, la CoenzimaA (CoA)reemplaza a CODH, y resulta la formacin de AcetilCoA que es el corazn del metabolismo biosinttico (molcula que puede entrar a otras rutas biosintticas, por ejemplo el ciclo de Krebs).

CH4

Respiracin
Catabolismo === generacin de energa Oxidacin del substrato gracias a un aceptor de electrones en el exterior

Partiendo de un compuesto orgnico que puede ser resultado de gliclisis, la respiracin requiere 4 elementos. 1.- Ciclo de Kebs o Ciclo del cido tricarboxlico: El producto final es CO2 y energa. 2.- Una membrana y un sistema de transporte de electrones asociado a ella que permite la sntesis de ATP.

3.- Un aceptor externo de electrones (externo significa que no pertenezca a la cadena bioqumica) Respiracin aerobia = O2 Respiracin anaerobia = SO4, S, NO3, NO2, incluso compuestos orgnicos como fumarato.
4.- Una enzima ATPasa transmembranal que use la fuerza generada por el gradiente de protones para sintetizar ATP en el proceso de fosforilacin por transporte de electones. Los compuestos resultantes de la gluclisis se usan en la construccin celular
electron acceptor O2 NO3 SO4 fumarate CO2 reduced end product H2O NO2, NH3 or N2 S or H2S succinate CH4 name of process aerobic respiration denitrification sulfate reduction anaerobic respiration methanognesis organism Escherichia, Streptomyces Bacillus, Pseudomonas Desulfovibrio Escherichia Methanococcus

Hemos revisado
Los tres tipos de metabolismo que se encuentran en el dominio Archaea.
Metanognesis Respiracin aerobia Litotrofa (oxidacin de sulfuros)

Archaea
Los tres tipos de metabolismo estn distribuidos en diferentes grupos filogenticos. No slo el metabolismo es importante para la caracterizacin, tambin la ecologa

Archaea
Basados en su fisiologa y ecologa, las Archaea pueden organizarse en :
Metangenos Halfilos Hipertermfilos

Euryarchaeota
Halfilos extremos Metangenos Hipertermfilos

Crenarchaeota
Hipertermfilos dependientes de sulfuro

Korarchaeota
Secuencias obtenidas de ambientes hipertrmicos.

Metangenos
Presentes en el reino Euryarchaeota Anaerobios obligados Metabolismo primitivo Gran variedad de formas:
Bacilos cortos Bacilos largos Cocos Cocos irregulares Cocos irregulares agregados Bacilos en filamentos

Methanococcus

Methanosarcina

Methanosarcina

Methanospirillum

Metangenos
Habitats:
Sedimentos anxicos Tractos digestivos de animales
Rumen de ganado Intestino grueso de animales monogstricos como humano, cerdo y perro. Intestino de insectos (ej. Termitas)

Fuentes geotrmicas de H2 y CO2 Instalaciones de biorremediacin de aguas Endosimbiontes de varios protozoarios anaerobios

Importancia
Formacin de depsitos de gas fsil, til como combustible (gas natural). Produccin de metano en las vacas lo que contribuye al efecto invernadero. Necesarios para la digestin, disminuyen la acidez del tracto.

Methanococcus jannaschii
was originally isolated from a sample taken from a "white smoker" chimney at an oceanic depth of 2,600 meters on the East Pacific Rise. It can be grown in a mineral medium containing only H2 and CO2 as sources of energy and carbon for growth within a temperature range of 50 to 86 degrees. Cells are irregular cocci that are motile due to two bundles of polar flagella inserted near the same cellular pole.

Flagelos

Genoma completo 1700 genes 50% de los genes tienen homlogos en Bacteria o Eucarya 50% de los genes no tienen homlogos

Halobacterium

Haloarcula

Halfilos extremos
Aerobios con metabolismo respiratorio (ac. Orgnicos y a.a.). Algunas cepas pueden crecer anaerbicamente por fermentacin o respiracin anaerobia. Adaptaciones especiales: Balance hdrico
Bomba K+ (introduce K+ hasta compensar la concentracin externa de Na+) Na+ necesario para la integridad celular (pared de glicoprotenas rica en a.a. negativos) Protenas citoplasmticas requieren K+

Condiciones de baja aereacin

Bacteriorodopsina (ATP, meta H y saca Na+ , mete nutrientes)

Figure 3. Halobacterium salinarium is an extreme halophile that grows at 4 to 5 M NaCl and does not grow below 3 M NaCl. This freeze etched preparation shows the surface structure of the cell membrane and reveals smooth patches of "purple membrane" (bacteriorhodopsin) embedded in the plasma membrane.

Hipertermfilos
Hay representantes en los tres grupos de Archaea. Requieren altas temperaturas para vivir (desde 85C en adelante, se han reportado temperaturas de hasta 120C). Sus membranas y enzimas son termoestables. Muchas requieren S para su metabolismo (oxidadoras de sulfuros y reductoras de sulfatos = littrofas con respiracin anaerobia)

Hipertermfilos Euryarchaeota

Hipertermfilos Euryarchaeota
Thermococcales
70-100C Respiracin anaerobia con S como aceptor terminal

Archaeoglobales
83C ptima Respiracin anaerobia Reductor de sulfatos SO22- ---- H2S

Acidifican el medio por lo que tambin son acidfilos, viven a pH menor a 2

Hipertermfilos Crenarchaeota

Hipertermfilos Crenarchaeota
Hay representantes que viven a temperaturas muy bajas pero su fisiologa es un misterio El resto viven a temperaturas mayores a 80C y muchos son acidfilos. Existen aerobios, anaerobios y aerobios facultativos Quimiolittrofos anaerobios, quimioorgantrofos o ambos Thermoproteales
S + Compuestos orgnicos ---- H2S + CO2 quimioorgantrofos

Sulfolobales
SO42- + Compuestos orgnicos ---- H2S + CO2 quimioorgantrofos 2S + 3O2 + 2H2O ---- 2H2SO4 Quimiolittrofos 2FeS2 + 7O2 + 2H2O ---- 2FeSO4 + 2H2SO4 Quimiolittrofos

Desulfurococcales
Anaerobios, algunos aerobios Compuesto orgnico ----- CO2 + H2 + Acidos grasos --- H2S quimioorgantrofos

Hipertermfilos
Sulfolobus Thermoproteus

Ejemplos interesantes
Thermus aquaticus (Taq polimerasa)
Thermococcus

Pyrodictium

Importancia de hipertermfilos quimiolitoauttrofos

Viven en ventilas hidrotermales y representan la base de la cadena trfica del ecosistema asociado.

Hipertermfilos

Metangenos Termfilos Halfilos

Soluciones a las altas temperaturas

Protenas---Chaperoninas Lpidos----Uniones covalentes DNA---histonas

Todas las archaea son extremas?

No.pero es un descubrimiento reciente

Biodiversidad Bacteria
14 linajes principales (REINOS), de acuerdo con 16S rDNA. Diversidad metablica:

Tipos de metabolismo (generacin de energa)

METABOLISMOS COMPARTIDOS POR PROCARIONTES y EUCARIONTES Fermentacin alcohlica (bacterias y eucariontes) Fermentacin lctica (bacterias y eucariontes) Respiracin aerobia (bacterias, archaeas y eucariontes) Fotosntesis oxignica (bacterias y eucariontes) SLO PROCARIONTES

Fermentaciones nicas (A partir del patrn de Embden-Meyerhof ) Otros tipos de fermentacin (Entner-Doudoroff ) Respiracin Anaerobia (se usa un aceptor de electrones que no es 02) Litotrofa (uso de substancias inorgnicas como fuentes de energa (S, Hierro) Fotoheterotrofa (uso de compuestos inorgnicos como fuente de carbono en la fotosntesis) Fotosntesis anoxignica (fotofosforilacin en ausencia de O2) Metanognesis (metabolismo antiguo en archaeas que usa H2 como fuente de energa y se produce metano). Fotofosforilacin no fotosinttica dependiente de luz (conversin de energa luminosa en energa qumica en archaeas)

En cuanto a la fuente de C
Auttrofos:
Fotoauttrofos Quimiolitoauttrofos .Littrofos

Hetertrofos
Quimioorgantrofos

Hetertrofos
Fermentacin alcohlica Fermentacin lctica Fermentaciones nicas (A partir del patrn de Embden-Meyerhof ) Otros tipos de fermentacin (Entner-Doudoroff ) Respiracin aerobia Respiracin Anaerobia

Algunos ejemplos de respiracin en procariontes

Electron aceptor O2 NO3 SO4 reduced end product H2O NO2, NH3 or N2 S or H2S

name of process aerobic respiration

denitrification sulfate reduction

organism Escherichia, Streptomyces

Bacillus, Pseudomonas Desulfovibrio

Denitrificacin
Los nitratos (NO3) son aprovechados para la construccin de material celular por las plantas. El uso de nitratos como aceptores de electrones en la cadena respiratoria es normalmente una alternativa al uso de O2. Si bacterias del suelo como Pseudomonas o Bacillus usan O2 como aceptor de electrones dejan disponible los nitratos del suelo y los cultivos pueden aprovecharlos. Por ello es necesario mantener bien aireados los cultivos.

Nitrificacin NO2
grupos para2 protenas

N2
Asimilacin

Littrofos NO3
Asimilacin Respiracin anaerobia

NH

Amonificacin

NH3

aerobio

NO2

NH2 grupos para

protenas

anaerobio
N2

N2O NO Denitrificacin

Reduccin de sulfatos
No es alternativo al uso de O2 es un proceso obligado de condiciones anaerobias. SO4 ----- S o H2S Los metangenos y reductores de sulfato pueden compartir el hbitat.

Ciclo del azufre

Desulfovibrio

Thiobacillus

Base de la cadena trfica

Importancia de respiracin anaerobia

Metangenos y Bacterias de respiracin anaerobia juegan papeles importantes en los ciclos del carbono, nitrgeno y azufre. Convierten las formas oxidadas de los elementos a un estado ms reducido. Los littrofos anaerobios metabolizan las formas reducidas de nitrgeno (NO2, NH3, N2) a sus estados oxidados (NO3) para producir energa, contribuyendo as al reciclaje de nutrientes.

Litotrofa
Grupo fisiolgico energy hydrogen bacteria nitrifying bacteria* nitrifying bacteria* sulfur oxidizers iron bacteria fuente producto final organismo energtica oxidado H2 NH3 NO2 H2S or S Fe ++ H2O NO2 NO3 SO4 Fe+++ Alcaligenes, Pseudomonas Nitrosomonas Nitrobacter Thiobacillus, Sulfolobus Gallionella, Thiobacillus

The overall process of nitrification, conversion of NH3 to NO3, requires a consortium of microorganisms.

Ciclo del azufre

Respiracin aerobia, fermentacin

Desulfovibrio Respiracin
anaerobia

Thiobacillus

Litotrofa

Litotrofa

Base de la cadena trfica

Ciclo del Nitrgeno

Fijacin de nitrgeno

Pseudomonas Bacillus

Respiracin anaerobia

Respiracin aerobia, fermentacin

Descomponedores

Nitrobacter

Nitrosomonas

Litotrofa

Ciclo del carbono

Fotoauttrofos Respiracin aerobia

Hetertrofos
Respiracin aerobia, Fermentacin

Grupos de bacterias
De acuerdo con el 16S rRNA:

Aquifex

Todos hipertermfilos y quimiolittrofos de H2 Hipertermfilos Resistentes a radiacin

Proteobacteria

Gemadoras, sin peptidoglicano en la pared.

Espiroquetas
Gram Mviles Ambientes acuticos y animales Algunos patgenos (Treponema pallidum, sfilis, Borrelia burgdorferi lyme disease). Tienen de 1 a varios endoflagelos

Undulipodia endosimbitico?

Espiroquetas: A. Cross section of a spirochete showing the location of endoflagella between the inner membrane and outer sheath; B. Borrelia burgdorferi, the agent of Lyme disease; C. Treponema pallidum, the spirochete that causes syphilis.

PROTEOBACTERIAS
Grupo gentica y fisiolgicamente diverso (a,b,g,d,e de acuerdo con16S). Algunos grupos fisiolgica y ecolgicamente distintos:
Spirilla Myxobacteria Littrofos Pseudomonas y parientes Entricas Vibrios Rickettsias y Chalmydias

Spirilla
Gram - (representantes en todos los grupos de proteobacterias). Aerobias, hetertrofas (respiracin) Forma helicoidal o espiral Movilidad por flagelos polares normales Habitantes de ambientes microaereoflicos acuticos. Spirillum y Aquaspirillum: algunos tienen grnulos de polifosfato. Magnetospirillum (magnetita) Bdellovibrio: parsito de otras gram - (teora endosimbitica). 2 patgenos humanos: Campylobacter jejuni = diarrea, comida contaminada. Helicobacter pylori = lceras gstricas

Magnetospirillum

Bdellovibrio

Helicobacter pylori

Endoscopy demonstrating two large ulcers in the duodenal bulb, with surrounding duodenitis.

Campylobacter

Myxobacteria
Gram Bacterias deslizantes (d proteobacteria) DIFERENCIACIN CELULAR Respiracin aerobia organtrofa Agregacin celular para formar cuerpos fructfero multicelular en condiciones de bajos nutrientes. Cuerpo fructfero (myxosporas, resistentes a radiacin, desecacin y calor pero menos que endosporas) Se ven sin microscopio Suelo

Myxobacteria

Figure 11. Stigmatella aurantiaca, a fruiting myxobacterium: L. Life Cycle R. Fruiting Body.

Figu

Littrofos
Bacterias nitrificantes
capaces de crecimiento auttrofo (CO2 como fuente de C). Nitrosomonas (NH3 a NO2 ) Nitrobacter (NO2 a NO3)

Bacterias oxidadoras de sulfuro

Oxidan
H2S + O2 ----- SO42- + 2H+ S + H2O + 11/2O2 ---- SO42- + 2H+ S2O32- + H2O +2O2 ---- 2SO42- + 2H+
donadores de e cido sulfrico (por lo que muchas son acidfilas)

Ciclo del Nitrgeno

Pseudomonas Bacillus

Descomponedores

Nitrobacter

Nitrosomonas

Littrofos
La mayora son auttrofos Los eucariontes nunca son littrofos por lo que los organismos involucrados en la base del reciclaje de nutrientes son los littrofos. Ejemplo: Thiobacillus (oxidador de sulfuro)

Lithotrophs

Figure 12. Lithotroph Habitats. A. Stream in Northern Wisconsin near Hayward is a good source of iron bacteria. B. Bacteriologist J.C. Ensign of the University of Wisconsin observing growth of iron bacteria in a run-off channel from the Chocolate Pots along the Gibbon River, in Yellowstone National Park. C. An acid hot spring at the Norris Geyser Basin in Yellowstone is rich in iron and sulfur. D. A black smoker chimney in the deep sea emits iron sulfides at very high temperatures (270 to 380 degrees C).

Bacterias oxidadoras de Fe y sulfuros ===En Bacteria tambin hay extremfilas

Pseudomonas y sus parientes

Bacilos gram Grupo muy diverso Metabolismo respiratorio estricto (tpicamente aerobio) NO FERMENTAN Flagelos polares Agua, suelo, generalmente vida libre, algunos parsitos. Importante en biodegradacin y ciclos de C y N. Degradan hidrocarburos, plsticos, insecticidas,pesticidas, herbicidas.

Ciclo del Nitrgeno

Pseudomonas Bacillus

Descomponedores

Nitrobacter

Nitrosomonas

Ciclo del carbono

Hetertrofos

Pseudomonas y sus parientes

Patgenos humanos:
Pseudomonas aeruginosa Neisseria gonorrhoeae Neiseria meningiditis

Pseudomonads and their relatives

Pseudomonas aeruginosa cells

Figure 13. Profile of a Pseudomonad: Gram-negative rods motile by polar flagella. A. Electron micrograph, negative stain. B. Scanning electron micrograph. C. Gram stain.

Pseudomonas aeruginosa colonies on agar

Pseudomonas y sus parientes

Rhizobium y Bradyrhizobium
Simbiontes de leguminosas, fijan nitrgeno atmosfrico (N2) y lo convierten en amonio (NH3) el cual puede integrarse al material celular de la planta.

Existen otros organismos no relacionados con Pseudomonas que tambin fijan N2, incluso algunos son de vida libre.

Ciclo del Nitrgeno

Pseudomonas Bacillus

Descomponedores

Nitrobacter

Nitrosomonas

Entricas
Bacilos gram Metabolismo aerobio facultativo (pueden fermentar azcares). Relacionados fenotpicamente con Pseudomonas pero fisiolgicamente NO. Escherichia coli Salmonella typhi (fiebre tifoidea) Salmonella typhimurium (gastroenteritis) Proteus (saprfito) Yersinia pestis (peste) Shigella dysenteriae (disentera)

BACTERIA COMMONLY FOUND ON THE SURFACES OF THE HUMAN BODY

BACTERIUM Skin Conjunctiva Nose Pharynx Mouth Lower Intestine ++ + + Anterior urethra + ++ +

Staphylococcus epidermidis (1) ++ Staphylococcus aureus* (2) + Streptococcus mitis Streptococcus salivarius Streptococcus mutans* (3) Enterococcus faecalis* (4) Streptococcus pneumoniae* (5) +/Streptococcus pyogenes* (6) +/Neisseria sp. (7) + Neisseria meningitidis* (8) Veillonellae sp. Enterobacteriaceae* (Escherichia coli) (9) +/Proteus sp. +/Pseudomonas aeruginosa* (10) Haemophilus influenzae* (11) +/Bacteroides sp.* Bifidobacterium bifidum (12) Lactobacillus sp. (13) Clostridium sp.* (14) Clostridium tetani (15) Corynebacteria (16) ++ Mycobacteria + +/Actinomycetes Spirochetes Mycoplasmas -----------------------------------------------------------------------++ = nearly 100 percent + = common +/- = rare

+ +/+ ++ + +/+/+ +

++ + ++ ++ ++ +/+ + ++ ++

++ + +/-

Vagina ++ +/-

+ + + + + + + + +/+

++ +/+/+ + +/++ + + ++ ++ ++ ++ +

+ +/+

+/+

+/+ +/+

+ + +/+ ++

+ +

+/-

+ +/-

++ + + + +

++ +/+/+ + + ++ +

++ +

+/-

* = potential pathogen

E. coli. Scanning E.M. Shirley Owens. Center for Electron Optics. Michigan State University.

Vibrios
Bacilo curvo (forma de coma) Gram Respiracin aerobia Caractersticas estructurales y metablicas que sobrelapan con entricas y pseudomonas. Flagelo polar Habitat acutico (salado a diferencia de pseudomonas y entricas) 5 especies bioluminiscentes (luz-verde, simbiontes). La enzima bioluciferasa desva electrones de la cadena respiratoria y causa la formacin de un perxido excitado que lleva a la emisin de luz Un patgeno humano: Vibrio cholerae

Vibrio cholerae

Rickettsias y Chlamydias
Dos grupos de Bacteria NO relacionados Parsitos intracelulares obligados de eucariontes. Rickettsias: tienen membranas con fugas y no pueden obtener nutrientes en un ambiente extracelular. (tifo) Chlamydiae: No pueden producir ATP en cantidades suficientes. (tricomasis)

Rickettsia

GRAM +
Bacterias del cido lctico Bacterias formadoras de endosporas Actinomycetes y bacterias relacionadas Mycoplasmas

Bacterias del cido lctico

No forman esporas Bacilos y cocos Fermentacin alcohlica (industria de queso, yogurt, crema) Streptococcus y Lactobacillus Algunas especies son parte de la flora normal de humanos.

BACTERIA COMMONLY FOUND ON THE SURFACES OF THE HUMAN BODY

BACTERIUM Skin Conjunctiva Nose Pharynx Mouth Lower Intestine ++ + + Anterior urethra + ++ +

Staphylococcus epidermidis (1) ++ Staphylococcus aureus* (2) + Streptococcus mitis Streptococcus salivarius Streptococcus mutans* (3) Enterococcus faecalis* (4) Streptococcus pneumoniae* (5) +/Streptococcus pyogenes* (6) +/Neisseria sp. (7) + Neisseria meningitidis* (8) Veillonellae sp. Enterobacteriaceae* (Escherichia coli) (9) +/Proteus sp. +/Pseudomonas aeruginosa* (10) Haemophilus influenzae* (11) +/Bacteroides sp.* Bifidobacterium bifidum (12) Lactobacillus sp. (13) Clostridium sp.* (14) Clostridium tetani (15) Corynebacteria (16) ++ Mycobacteria + +/Actinomycetes Spirochetes Mycoplasmas -----------------------------------------------------------------------++ = nearly 100 percent + = common +/- = rare

+ +/+ ++ + +/+/+ +

++ + ++ ++ ++ +/+ + ++ ++

++ + +/-

Vagina ++ +/-

+ + + + + + + + +/+

++ +/+/+ + +/++ + + ++ ++ ++ ++ +

+ +/+

+/+

+/+ +/+

+ + +/+ ++

+ +

+/-

+ +/-

++ + + + +

++ +/+/+ + + ++ +

++ +

+/-

* = potential pathogen

Bacterias del cido lctico

Algunos Streptococos son parsitos humanos:
Steptococcus pneumoniae Streptococcus pyogenes (beta hemoltico): fiebre reumtica

Streptococcus pneumoniae. Direct fluorescent antibody stain. CDC.

Streptococcus pyogenes refers to the Group A, Beta-hemolytic streptococci.

Lactobacillus species and a vaginal squaemous epithelial cell. CDC

Bacterias formadoras de endosporas

Usualmente bacilos Bacillus: aerobios en el suelo Clostridium: anaerobios en suelo, sedimento y tractos intestinales. Patgenos.
Bacillus anthracis Clostridium botulinum Clostridium tetani

Clostridium tetani. Gram stain.

Robert Koch's original micrographs of the anthrax bacillus

Bacillus anthracis.

Endospore-forming bacteria

Figure 16. Endospore-forming bacilli (phase contrast illumination). Endospores are dehydrated, refractile cells appearing as points of bright light under phase microcsopy. Endospore-forming bacteria are characterized by the location (position) of the endospore in the mother cell (sporangium) before its release. The spore may be central, terminal or subterminal, and the sporangium may or may not be swollen to accomodate the spore.

Actinomycetes y bacterias relacionadas

Forman filamentos Forman esporas, NO endosporas Aerobios descomponedores en el suelo Importantes en la biodegradacin y ciclo de C. Ejemplo: Streptomyces Vida libre de distribucin general en el suelo Principales productores de antibiticos industriales (tetraciclinas, eritromicina, estreptomicina, gentamicina) 2 patgenos humanos: Mycobacterium tuberculosis Corynebacterium diphteriae

Corynebacterium diphtheriae. Methylene blue stain.

Mycoplasmas
Carecen de pared celular. 0.3-0.2 micras de dimetro El genoma ms pequeo (1/5 de E.coli) Cmo sobrevivir sin pared celular?:
Puede sobrevivir sin pared porque su membrana tiene esteroles (como eucariontes). Adems suelen habitar ambientes de alta osmolaridad para reducir las posibilidades de choque osmtico.

Corynebacterium cells

En trminos de la fuente de energa y de Carbono para la formacin de componentes celulares los organismos se clasifican en : Todos los organismos

Quimitrofos
Compuestos qumicos como fuente de energa

Fottrofos
Luz como fuente de energa

Hetertrofos

Quimiolittrofos
Qumicos inorgnicos

Quimioorgantrofos
Qumicos orgnicos

Quimiolitoauttrofos
C= CO2 Reductores y oxidadores de azufre Oxidadores de Hidrgeno Oxidadores de Hierro Nitrificantes Metangenos

Mixtrofos
C= orgnico

Fotoauttrofos C=
CO2

Fotohetertrofos
C= orgnico

Metantrofas Algunos oxidadores De sulfuros

Bacterias verdes sulfurosas Bacterias rojas sulfurosas Cianobacterias

Bacterias verdes y rojas no sulfurosas Archaea

Tipos de metabolismo
Quimitrofos:
Littrofos (Archaea y Bacterias, nitrificantes, fijadoras de N, reductoras de sulfatos, metangenas, oxidadoras de sulfuros, de hierro y de hidrgeno) Organtrofos (Archaea y Bacteria, Respiracin y Fermentacin)

Fottrofos
Fotoauttrofos (Bacteria: fotosntesis oxignica y anoxignica) Fotohetertrofos (Bacteria: Verdes no sulfurosas; Archaea: fotofosforilacin)

Todos hipertermfilos y quimiolittrofos de H2 Hipertermfilos Resistentes a radiacin

Proteobacteria

Gemadoras, sin peptidoglicano en la pared.

GRUPOS FISIOLGICOS DE LITTROFOS

physiological group energy oxidized source end product organism hydrogen bacteria H2 H2O Alcaligenes, Pseudomonas methanogens H2 H2O Methanobacterium nitrifying bacteria* NH3 NO2 Nitrosomonas nitrifying bacteria* NO2 NO3 Nitrobacter sulfur oxidizers H2S or S SO4 Thiobacillus, Sulfolobus iron bacteria Fe ++ Fe+++ Gallionella, Thiobacillus The overall process of nitrification, conversion of NH3 to NO3, requires a consortium of microorganisms.

Bacterias oxidadoras de Hidrgeno (quimiolitoauttrofas o quimioorgantrofas)

Ralstonia, Alcaligenes. Pueden ser auttrofos, pero no siempre. Alcaligenes Gram + y Gram Capaces de reducir O2 a partir de H2 con enzimas hidrogenasas: 2H2 + O2 ---- 2H2O Usan el hidrgeno para formar ATP o como poder reductor para fijar C autotrficamente. Casi todos son quimiolittrofos facultativos = pueden crecer quimioorgantrofamente. La mayora crecen en condiciones de bajo oxgeno Algunos tambin fijan N2.

Proteobacteria Littrofas
Oxidadoras de Hidrgeno Reductoras de Sulfatos Oxidadoras de Sulfuros Nitrificantes Fijadoras de Nitrgeno

Ciclo del azufre

Respiracin aerobia, fermentacin

Desulfovibrio Respiracin
anaerobia

Thiobacillus

Litotrofa

Litotrofa

Base de la cadena trfica

Ciclo del Nitrgeno

Fijacin de nitrgeno

Pseudomonas Bacillus

Respiracin anaerobia

Respiracin aerobia, fermentacin

Descomponedores

Nitrobacter

Nitrosomonas

Litotrofa

Litotrofa
Grupo fisiolgico energy hydrogen bacteria nitrifying bacteria* nitrifying bacteria* sulfur oxidizers iron bacteria fuente producto final organismo energtica oxidado H2 NH3 NO2 H2S or S Fe ++ H2O NO2 NO3 SO4 Fe+++ Alcaligenes, Pseudomonas Nitrosomonas Nitrobacter Thiobacillus, Sulfolobus Gallionella, Thiobacillus

The overall process of nitrification, conversion of NH3 to NO3, requires a consortium of microorganisms.

Nitrobacter

Littrofos
Bacterias nitrificantes
capaces de crecimiento auttrofo (CO2 como fuente de C). Nitrosomonas (NH3 a NO2 ) Nitrobacter (NO2 a NO3)

Ciclo del Nitrgeno

Pseudomonas Bacillus

Descomponedores

Nitrobacter

Nitrosomonas

Littrofos
La mayora son auttrofos Los eucariontes nunca son littrofos por lo que los organismos involucrados en la base del reciclaje de nutrientes son los littrofos. Ejemplo: Thiobacillus (oxidador de sulfuro)

Littrofos
Bacterias oxidadoras de sulfuro
Oxidan
H2S + O2 ----- SO42- + 2H+ S + H2O + 11/2O2 ---- SO42- + 2H+ S2O32- + H2O +2O2 ---- 2SO42- + 2H+
donadores de e cido sulfrico (por lo que muchas son acidfilas)

Lithotrophs

Figure 12. Lithotroph Habitats. A. Stream in Northern Wisconsin near Hayward is a good source of iron bacteria. B. Bacteriologist J.C. Ensign of the University of Wisconsin observing growth of iron bacteria in a run-off channel from the Chocolate Pots along the Gibbon River, in Yellowstone National Park. C. An acid hot spring at the Norris Geyser Basin in Yellowstone is rich in iron and sulfur. D. A black smoker chimney in the deep sea emits iron sulfides at very high temperatures (270 to 380 degrees C).

Desulfovibrio

Reduccin y Oxidacin de sulfatos

Beggiatoa

Reduccin No es alternativo al uso de O2 es un proceso obligado de condiciones anaerobias. SO4 ----- S o H2S Los metangenos y reductores de sulfato pueden compartir el hbitat. Desulfovibrio

Oxidacin Puede darse con oxgeno. Viven en aguas contaminadas con metales. Algunas tambin puede oxidar Fe. Son Mixtrofas (usan compuesto inorgnico para obtener energa pero su fuente de C es orgnica) Thiobacillus Beggiatoa
Thiobacillus

Ciclo del azufre

Desulfovibrio

Thiobacillus

Importancia de Littrofos
En general reincorporan los elementos a los ciclos biolgicos.

Ciclo del Nitrgeno

Pseudomonas Bacillus

Descomponedores

Nitrobacter

Nitrosomonas

Ciclo del azufre

Desulfovibrio

Thiobacillus

Descanso 10 min

el futuro
Examen 1revisar Calendario Revisar avances de grupo

Fotosntesis

Ciclo del carbono

Hetertrofos

Grupos de fottrofos (todos gram -)

Fottrofos oxignicos:
Cianobacterias Prochloron

Fottrofos anoxignicos:
Verdes del azufre Rojas del Azufre Verdes no sulfurosas Rojas no sulfurosas

Fottrofos anoxignicos
Rojas (proteobacterias)
Bacterioclorofila a y carotenoides (de ah sus colores). Sintetizan sistemas de membranas fotosintticas intracitoplsmicas que se forman de invaginaciones de la membrana citoplasmtica.

Fottrofos anoxignicos
Rojas sulfurosas
Usan H2S como donador de electrones. Al oxidar H2S se deposita S en el periplasma que luego puede ser oxidado a sulfatos. Fotoauttrofas, Ciclo de CAlvin Son g proteobacteria. Se encuentran en manantiales sulfurosos y lagos salados. Se asocian con bacterias verdes sulfurosas. Ej: Ectothiorhodospira, Halorhodospira

Fottrofos anoxignicos
Rojas no sulfurosas
Fotohetertrofos (benzoato, alcoholes) y Fotoauttrofos (Ciclo de Calvin) Son menos tolerantes a la presencia de H2Sen ciertas condiciones pueden usarlo para reducir CO2.(Auttrofas) Pueden crecer anaerbicamente fermentando o respirando usando compuestos orgnicos como donadores de electrones. Viven en lodo, en condiciones anaerobias de lagos y drenajes.

Fottrofos anoxignicos
Verdes sulfurosas (grupo aparte de rojas y verdes no sulfurosas)

Chorobium Verde sulfurosa

Varios morfos H2S como donador de electrones La mayora pueden ser FOTOHETERTROFOS. Cuando fijan CO2 lo hacen por la va del TCA inverso. Bacterioclorofilas a, c,d, o e. Slo la a forma el centro de reaccin. Ambientes anxicos Poseen clorosomas (ricos en bacterioclorofila). Requieren poca luz gracias a la recoleccin de energa de sus diferentes pigmentos por lo que se pueden encontrar a profundidades mayores que las rojas en lagos

Fottrofos anoxignicos
Verdes no sulfurosas (grupo aparte derojas y verdes sulfurosas)

Chloroflexus Verde no sulfurosa

Filamentosas Forman tapetes en manantiales alcalinos calientes. Tambin en aguas marinas no termales. Tienen carctersticas hbridas entre rojas y verdes sulfurosas:
Bacterioclorofila a y c Clorosomas

Fotohetertrofos preferentemente. Si fija CO2 lo hace por la va del Hidroxipropionato.

Fottrofos oxignicos
Cianobacterias:
Fotosistemas I y II, pueden realizar fotosntesis anoxignica (slo Fotosistema I). Responsables de la conversin de la atmsfera terrestre de anxica a oxignica. Gran diversidad morfolgica.
Unicelular Filamentosa Filamentosa con diferenciacin celular

Fottrofos oxignicos
Cianobacterias:
Clorofila a + ficocianinas (verde-azules) Clorofila a + ficoeritrina (roja-caf) Eucariontes clorofila b (endosimbiosis?). Lamelas (invaginaciones) Vesculas de gas Heterocistos Acinetos Simbiontes (Anabaenafijacin N2 en Azolla, Lquenes) De vida libre (Oscillatoria) Habitats terrestres, de agua dulce y marina. Ms resistentes a los extremos que las algas.

Imgenes de cianobacterias

Lquenes

Fottrofos oxignicos
Prochlorophytas:
Relacionadas con cianobacteria Clorofila a y b (relacin con cianobacterias y cloroplastos). Carotenos. No ficocianinas. Prochloron.
Simbionte de invertebrados marinos. Primer gnero descrito. Unicelular. Membranas tilacoidales extensivas.

Existen otros ejemplos de morfologa distinta en el mar. Prochlorophyta y Cyanobacteria estn genticamente relacionados con un ancestro en comn (ancestro tambin de cloroplastos = la Teora Endosimbitica se salva)

Prochloron

Impacto de fotosntesis oxignica en la atmsfera terrestre

CH4 cre efecto invernadero en un rpincipio === bien, el sol era ms fro. Cuando aparecen las cyanobacterias
el O2 oxidaba el metano la atmsfera cambi de composicin, la Tierra se enfri. Se forma la capa de oxono (menos radiacin, menos mutacin). Gran extincin, dominan estromatolitos (pre-Cmbrico) y despus llegan metazoarios (Cmbrico). Anaerobios quedan relegados a hbitats recnditos.