De acuerdo con la investigación arqueológica, en la Alta Edad Media hubo actividades de construcción en los siguientes sitios: En la isla de San Aquilo en el pequeño lago Prespa (hoy en Grecia).
La mayor isla en el lago Prespa Grande, en el lado de la República de Macedonia, se llama Golem Grad ("Gran Ciudad"), y la isla de la Serpiente (Zmiski Ostrov).
Sin embargo, Macedonia en su sentido más común se refiere a un área comprendida entre: el río Nestos y las montañas Ródope, al este; las montañas de Osgorske, de la Crna Gora y de la Stara Planina, al norte; los montes albaneses de Jablanica y los lagos de Ohrid y de Prespa, al oeste; y las montañas de Grammos y el monte Olimpo, al sur.
El lago más pequeño sólo está compartido entre Grecia (43,5 km²; griego: Μικρή Πρέσπα, Limni Mikrá Prespa) y Albania (3,9 km²; Prespa e Vogël).
En el siglo X, el zar Samuel de Bulgaria construyó la fortaleza y la iglesia de san Aquilio en una isla llamada Agios Achillios en el lago Prespa pequeño, en el lado griego de la frontera.
Ella ha sido buscada en el valle del lago Prespa, rodeada por los montes Baba, Petrino, Galichica, Zvezda y Kobrets. Está situada en los territorios de tres países modernos: Albania, la República de Macedonia y Grecia.
Durante muchos años, la parte griega de la región de los lagos Prespa estaba despoblada, siendo un área de interés militar que requería un permiso especial para que los extranjeros la visitaran.
Prinzing G., Prespa в Lexikon des Mittelalters En el actual pueblo de San Germano al este del pequeño lago Prespa en Grecia. En las islas de Golem Grad (en la República de Macedonia) y Maligrad (en Albania) en el lago Prespa.
En las cercanías de la moderna aldea Carev Dvor en el norte del lago. En la cumbre de Galichica, la cadena montañosa entre Prespa y el lago Ohrid (la fortaleza Vasiliada).
La ciudad obtuvo un gran significado político después de 971 cuando la capital de Bulgaria Preslav fue tomada por los bizantinos. Prespa fue uno de los centros de la sublevación de los hermanos Cometopulos que mantuvieron las tierras búlgaras occidentales fuera de la ocupación bizantina.
En la orilla oriental del lago, cerca del pueblo de Germano, Samuel realizó una inscripción dedicada a sus padres, Nicolás y Ripsimia de Armenia, y su hermano mayor David.Cuando en 997 Samuel fue proclamado emperador la sede del Patriarcado de Bulgaria estaba en Prespa pero fue trasladada posteriormente a Ohrid.
El Parque nacional de Prespa en Albania (en albanés, Parku Kombëtar i Prespës) tiene una superficie de 27.750 hectáreas y abarca las fronteras de tres países: Albania, Grecia y República de Macedonia.