El municipio limita al norte con el estrecho de Florida, al este con el municipio de Martí, al sur con los municipios de Jovellanos y Limonar y al oeste con el municipio de Matanzas. Su bahía fue reconocida en 1516 durante el primer bojeo a la isla de Cuba.
Frecuentemente se piensa que fue bautizada en honor a Juana I de Castilla, lo que es un error, pues ésta sólo fue posteriormente la heredera del trono tras las muertes del príncipe Juan (4 de octubre de 1497) y de su hermana mayor Isabel de Aragón (23 de agosto de 1498). Su insularidad fue probada luego de un bojeo llevado a cabo entre 1509 y 1510 por Sebastián de Ocampo.
Tenían treinta varas de espesor; circundaban la ciudad, formando una zona de veintidós leguas de bojeo, y se elevaban, por la parte más baja, ciento veinte varas sobre la tierra: tanto como los campanarios de las catedrales de ahora.
Cristóbal Colón, en su segundo viaje, en 1494, observó la costa sureña de Matanzas, sin embargo el verdadero contacto inicial de los españoles tiene lugar en 1508, cuando Sebastián de Ocampo realiza el bojeo de la Isla.