Kivinen nimitettiin Helsingin yliopiston maanviljelyskemian ja -fysiikan professoriksi 1942. Vuosina 1943–1945 hän johti Suomen viljelykelpoisen maan inventointia. Yliopiston hallintotehtävissä Kivinen toimi maatalous-metsätieteellisen tiedekunnan dekaanina 1945–1954, yliopiston vararehtorina 1954–1962 ja rehtorina 1962–1971. Yliopisto asetti hänet ensimmäiselle ehdokassijalle yliopiston kansleriksi 1968, mutta presidenttiKekkonen jätti hänet nimittämättä. HelsinginViikissä on Kivisen mukaan nimetty Erkki Kivisen kuja.