Liaison Peptidique + Evolution 3d

LES PEPTIDES
LIAISON PEPTIDIQUE
Cest lunion de deux acides amins par liaison covalente entre le
groupe carboxylique dun acide amin et amin de lautre acide
amin pour former une amide secondaire.
H
O
+H N-C-C
H HH
O
3
O
+H N-C-C-N-C-C
R
3
O+
R O R
H2O
H
O
+H
3N-C-C
liaison peptidique
O-
Lopration peut se repeter un grand nombre de fois, ainsi nat une chaine
polypeptidique
La liaison peptidique est trs stable (> ester).

Lhydrolyse ncessite des conditions drastiques : HCl 6N, 110C, 24h.
Lenchainnement des acides amins dcrit un peptide.

Onb distingue:
DIPEPTIDE: deux acides amins.

TRIPEPTIDE: trois acides amins.
OLIGOPEPTIDE: plus de quatre acides amins.EX:
SOMATOSTATINE(14AcA).
POLYPEPTIDE: quelque dizaine dAcides amins.EX:ACTH(39
AcA).
PROTEINES: Macromolcules contenant plus de 50 rsidus
dAcA faites dune ou plusieurs chaines.Ex HEMOGLOBINE(4).
Quelques exemples de peptides dintrt
Vasopressine
Hormone peptidique post-hypophysaire
N-term.
S-S
Cys
Tyr
Cys-Pro-Arg-Gly-cooH
C-term.
Asn
Phe-Gln
Agit sur le rein en provoquant la rtention deau (vasoconstricteur).
Ocytocine
N-term.
S-S
Cys
Tyr
Cys-Pro-Leu-Gly-cooH
C-term.
Asn
Ile-Gln
Agit sur la contraction des muscles lisses en particulier lutrus lors de
laccouchement.
NOMENCLATURE
Un acide amin engag dans une chaine peptidique sappelle
rsidu,porte le nom de lacide amin dont il drive additionn du
suffixe -yl-.
La formule dun peptide sscrit en commencant partir de la
gauche par le rsidu ayant son groupement amin (N-terminal)
libre et se termine par le dernier rsidu droite, celui dont le
groupement carboxylique (C-terminal) est libre, et porte le nom
de lacide amin sans modification.
EX : Leucyl-glycyl-alanine.
SENS DE LA CHAINE POLYPEPTIDIQUE
La squence est oriente en partant de l'acide amin

Nterminal (extrmit NH2) vers le Cterminal (extrmit
COOH) qui correspond au sens de la synthse des protines.
CARACTERISTIQUES DE LA LIAISON
PEPTIDIQUE
Dans des tudes par des rayonsX de peptides cristalliss, PAULING et
COREY ont trouver que:
La liaison du carbone carbonyle avec l'azote dans la liaison peptidique (1,32 , )
est plus courte que la liaison simple C -N (1,49 ) mais plus longue qu'une liaison double C=N
classique(1,27 ).
Cela sexplique par le faite que cette liaison peut se trouver sous deux formes de rsonances.
70% sous forme simple et 30% sous forme double. Ce caractre de double liaison entrane
une certaine rigidit et empche la libre rotation.
unit
peptidique
1,24
ai
ai+1
hydrogne
carbone
oxygne
azote
Langle de rotation omga de la liaison CO-NH de 180 donne la configuration trans,

la plus stable car minimisation de lencombrement strique des rsidus.
En consquence, la liaison peptidique prsentera des caractres spcifiques des doubles

liaisons.
Le caractre partiellement double de la liaison peptidique empche la rotation autour de la

liaison C-N.(entre latome de carbone du carbonyle et latome dazote de lunit peptidique. En
consquence, le groupe peptidique est confin dans un plan. les atomes N, H, O, C sont
coplanaires
Proprit trs importante dans ltablissement de la conformation tridimensionnelle de la
chaine polypeptidique dune protine.
Il existe cependant une libert de rotation autour des liaisons Ca-C et
N-Ca.
La liaison peptidique est plane cest--dire que les 6 atomes

attachs au groupement C-N sont localiss dans un mme plan
(coplanaires).
les 2 carbones C se placent de part et d'autre du pont C-N dans

la configuration trans(C..d sur des cotes opposs de la liaison
peptidique).
de part et d'autre de cette structure rigide, les rotations des
groupes des liaisons C-N etC-C sont libres et seulement
limites par l'encombrement strique.
FORMATION DUN COMPLEXE COLORE AVEC LE CUIVRE
Les liaisons peptidiques sont capables de former un complexe

color avec le cuivre en milieu alcalin (raction du Biuret).
Ce complexe prsente un maximum dabsorbance de la lumire
650 nm.
Cette coloration est exploite en spectrophotomtrie pour le
dosage des protines.
PRINCIPE DE LA REACTION DU BIURET

Complexe color entre Cu2+ et les groupements carbonyles
ainsi que les lments azote de 2 liaisons peptidiques
successives par le biais de liaisons lectrostatiques.
- Polarit ngative du site molculaire
EVOLUTION TRIDIMENTIONNELLE DES

PROTEINES
STRUCTURE PRIMAIRE
Correspond l'ordre d'enchanement des acides amins. La

squence est donne en partant de l'acide amin N-terminal
(extrmit NH2) vers le Cterminal (extrmit COOH) qui
correspond au sens de la synthse des protines.
ALA-CYS-ASP-GLY-SER
Mais sous linfluence des forces attractives ou rpulsives qui

se manifestent tout au long de la chaine linaire
daminoacides, la protine ne conserve pas cette structure
initiale et subit trs vite une volution tridimentionnelle en
structure secondaire, tertiaire et quaternaire.
Cette volution tridimentionnelle conduira finalement une

conformation spatiale bien dfinie: la protine native.
STRUCTURE SECONDAIRE
Correspond un arrangement rgulier des acides amins
selon un axe. Il existe deux types principaux de structure
secondaire:
* HELICE .
* FEUILLET B.
HELICE
elle est caractrise par l'enroulement des liaisons peptidiques
autour d'un axe (arrangement hlicodal).
Cet enroulement se fait vers la droite qui est privilgi par la
configuration L des aminoacides(hlice droite) et comporte 3,6
rsidus par tour(chaque rsidu est dispos parraport au suivant
selon une translation de 1,5 le long de laxe de lhlice et une
rotation de 100).
Les rsidus se retrouvent la priphrie ce qui minimise les
encombrement striques. Cette structure est stabilise par des
liaisons hydrognes ( la liaison hydrogne est de 2,8 de
long)entre les groupements CO et NH de 2 liaisons peptidiques
superposes(le groupe CO de chaque acide amin est li par
liaison hydrogne au groupe NH de lacide amin qui est situ
quatre rsidus plus loin dans la squence linaire).
- Le pas de lhlice est de 5,4 pour les

protines globulaires et de 5,1 pour les
protines fibreuses.
- Tous les groupes CO sont orients
presque paralllement vers lavant de
la squence et tous les groupes NH
vers lamont.
3,6
rsidus
FEUILLET B (PLISSE)
Cest une structure plat, tire et etale.
les 2 chanes sont disposes paralllement l'une l'autre et
orientes soit en sens inverse (Nt->Ct/Ct->Nt) (antiparallle
)soit dans le meme sens (parallles).
Les Chanes sont relies entre elles par des liaisons
hydrognes (intra ou interchaines) entre les CO et les NH de
deux liaisons peptidiques superposes.
STRUCTURE TERTIAIRE
Cest le rsultat de lassemblage des formes lmentaires de
type ou B selon les trois direction de lespace et par le pliage
des chaines. le tout tant stabilis par des interactions de type
non covalents(liaisons ioniques, liaisons hydrognes, liaisons
de vanderwaals) et des ponts disulfures.
On a quatres types de motifs: le tout , le tout B,l/B
et l+B .
La structure tertiaire dune protine globulaire se prsente
comme une succession de rgions ordonnes,soit en hlice ,
soit en feuillet B, runis par des zones non ordonnes
appeles coudes.
COUDE
Cest un court gment peptidique de 2 4 rsidus.
Une ou deux liaisons hydrognes se forment entre le premier et

le dernier rsidu du coude.
La configuration de la proline est telle quelle provoque un
changement de direction et peut donc tre presque elle seule
un coude.
Pont disulfure
Interactions
hydrophobes
N-terminal
Liaison hydrogne entre

chaines latrales
C-terminal
Pont salin
Attraction
lectrostatique
Les liaisons ou interactions entre chaines latrales des rsidus
impliques dans la structure tertiaire des protines
/
Tout
De plus pour ce type de structure (structure globulaire), les

rsidus d'acides amins apolaires qui se trouvaient trs
loigns les uns des autres dans la squence vont se trouver
trs proches en raison des repliement et se trouver ainsi
prfrentiellement au centre de la structure o ils peuvent
s'associer par liaisons hydrophobes de
Kauzmann(ala,val,Ile,Leu,Phe,Trp)et crer ainsi une rgion
indispensables au fonctionnement de la protine(site actif des
enzymes Zone hydrophobe interne qui assure en grande
partie la stabilit gnrale de la molcule ). Tandis que les
rsidus polaires ou ioniques se situent la priphrie o ils
peuvent s'associer entre eux par liaison hydrogne ou
ionique,ou encore avec l'eau par liaison hydrogne et divers
composs protiniques ou non grace leurs chaines latrales
polaires:
* Les metaux : -le fer dans la catalase et peroxdase.

-le zinc dans la glutamate dshydrognase du foie et
la phosphatase alcaline.
* Coenzyme: dans le cas des enzymes qui fon ctionnent avec un
coenzyme spcifique.
Lensemble forme ce quon appele un PELETON.
Une structure tertiaire nest pas une structure fige : elle peut se modifier
se tordre, se dformer sous leffet de la fixation dune molcule (ligand)
ou sous leffet de la variation dun paramtre physico-chimique (pH, temprature).
EX: structure de la myoglobine
DNA polymrase
Immunoglobiline
Bactriorhodopsine
STRUCTURE QUATERNAIRE
Cest lassociation de plusieurs chaines peptidiques identiques
ou non pour donner un complexe stable et actif.
Les chaines qui contituent ce complexe sont des protomres
ou sous units.chacune ayant une structure tertiaire dfinie.
Lassociation des diffrentes chaines se fait via des liaisons
faibles et parfois aussi via des ponts dissulfures.
ATTENTION
Toutes les protines n'ont pas

ncessairement de structure IVaire.
La structure quaternaire nest pas une organisation

immuable:cest un tat dquilibre entre lassociation et la
dissociation partielle des protomres, cet tat dquilibre est
sousmis laction des facteurs extrieurs la molcule
appels facteurs allostriques.
On parle de transitions allostriques entre la forme
relache ou forme R inactive et la forme tendue ou
forme T active
modification de la conformation.
La structure primaire de la protine :

Squence de la chane dacides amins
acides
amins
La structure secondaire de la protine :
Liaisons hydrogne entre les acides amins
feuillet
plisss b
hlice a
hlice a
feuillet
plisss b
La structure tertiaire de la protine :

Liaisons entre les structures secondaires
La structure quaternaire de la protine :

Association de plusieurs chanes
polypeptidiques
HEMOGLOBINE
Lhmoglobine est le pigment respiratoire responsable chez
lhomme, les animaux superieurs, et divers invertbrs du
trasport de loxygne depuis le milieu exterieur jusquau
niveau cellulaire.ce role est du sa capacit de former avec
loxygne une combinaison chimique facilement dissociable.
Lhmoglobine rsulte de lunion dune fraction non
protinique appele Hme avec une fraction protinique dite
Globine.
LA GLOBINE
Est lassociation de quatre chaines polypeptidiques.
Il existe diffrents types de chaines polypeptidiques rencontres dans

lhmoglobine humainequi diffrent par le nombre des acides amins et
la nature des acides amins N-terminaux: chaines , , y,s et les
chaines (embrionnaires).
HEMOGLOBINE A1: pricipale hmoglobine de ladulte: 2chaines+ 2chaines
HEMOGLOBINE A2: 2% hmoglobine de ladulte: 2 chaines + 2chaines
HEMOGLOBINE F : 2 chaines + 2chaines y
HEME
Cest une porphyrine, structure ttrapyrolique centre sur un
atome de fer.
Chaque chaine est unie une molcule dhme par
lintermediaire de son atome de fer, et don c il existe 04 sites de
liaison loxygne dans une molcule.
Le fer a six liaisons de coordinance:
quatres liaisons avec 4 atomes dazote du noyau ttrapyrolique de
la porphyrine.
La cinquime liaison avec latome dazote du rsidu histidyl
proximal (en 63) de chaine polypeptidique.
La sixime liaison reste disponible pour sunir soit
loxygne(oxyhmoglobine), leau ou loxyde de carbone(CO)
dont laffinit pourlhme est 150 fois plus importante que celle
de loxygne.
Au total deux chaines , deux chaines et

quatre noyaux porphyriniques avec quatre
atomes de fer sassocient en structure
tridimentionnelle.
Hmoglobine humaine (a2b2)
a1
porphyrine
b2
porphyrine
porphyrine
b1
porphyrine
a2

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La liaison peptidique est trs stable (> ester).

Lenchainnement des acides amins dcrit un peptide.

DIPEPTIDE: deux acides amins.

Quelques exemples de peptides dintrt

SENS DE LA CHAINE POLYPEPTIDIQUE

La squence est oriente en partant de l'acide amin

Langle de rotation omga de la liaison CO-NH de 180 donne la configuration trans,

En consquence, la liaison peptidique prsentera des caractres spcifiques des doubles

Le caractre partiellement double de la liaison peptidique empche la rotation autour de la

La liaison peptidique est plane cest--dire que les 6 atomes

les 2 carbones C se placent de part et d'autre du pont C-N dans

FORMATION DUN COMPLEXE COLORE AVEC LE CUIVRE

Les liaisons peptidiques sont capables de former un complexe

PRINCIPE DE LA REACTION DU BIURET

EVOLUTION TRIDIMENTIONNELLE DES

Correspond l'ordre d'enchanement des acides amins. La

Mais sous linfluence des forces attractives ou rpulsives qui

Cette volution tridimentionnelle conduira finalement une

- Le pas de lhlice est de 5,4 pour les

Une ou deux liaisons hydrognes se forment entre le premier et

Liaison hydrogne entre

De plus pour ce type de structure (structure globulaire), les

* Les metaux : -le fer dans la catalase et peroxdase.

EX: structure de la myoglobine

Toutes les protines n'ont pas

La structure quaternaire nest pas une organisation

La structure primaire de la protine :

La structure tertiaire de la protine :

La structure quaternaire de la protine :

Il existe diffrents types de chaines polypeptidiques rencontres dans

HEMOGLOBINE A2: 2% hmoglobine de ladulte: 2 chaines + 2chaines

HEMOGLOBINE F : 2 chaines + 2chaines y

Au total deux chaines , deux chaines et

Hmoglobine humaine (a2b2)

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