Liaisons peptidiques et peptides

I. Liaison peptidique
A. Structure

Elle va permettre de former un polymère protéique à partir des acides aminés,

c’est-à-dire une liaison covalente qui va s’établir entre 2 AA. Cette liaison
s’établit entre les deux fonctions spécifiques portées par le carbone α, l’acide
carboxylique en alpha et l’amine en alpha de l’AA suivant. Lors de cette réaction
il va y avoir élimination d’eau.
C’est une réaction de condensation produisant une liaison de type amide.
Elle a lieu lors de la traduction (chez le mammifère). Cette traduction est entre
l’ARNm qui est un polynucléotides (l’acide ribonucléique) former à partir de l’ADN et entre la proline qui est
un acide aminé.
Cette réaction permet la formation d’un dipeptide (= 2 résidus d’AA)
La réaction de traduction est assez complexe alors que la réaction chimique en elle-même est
extrêmement simple, elle ne se fait pas spontanément car elle nécessite de l’énergie : activation de
l’acide aminé par l’ATP
On a un acide aminé 1 à gauche et un acide aminé 2 à droite, on a en couleur la fonction COOH ionisée
COO- (car on est dans un pH intracellulaire environ 7) et amine qui est protoné donc de forme NH3+ : on
obtient alors un dipeptide.
Lors de la réaction on enlève un oxygène et 2 hydrogènes avec la fabrication d’une molécule d’eau, qui se
dégage facilement. Ceci va conduire à la formation d’une liaison entre le carbonyle et un NH. On substitue
le deuxième H par le radical de l’AA.
1. Première étape
On va avoir une première étape d’activation de l'AA par de l’ATP.
On va rajouter de l’ATP qui va créer une liaison entre l’acide
phosphorique et l’acide carboxylique, formant ainsi la liaison
anhydride d’acide, qui est riche en énergie.
On a donc fabriqué un nucléotide qui porte un AA (intermédiaire métabolique de la synthèse des
protéines), c’est un amino- acide adénylate AA-AMP.
La liaison va se faire grâce à l’enzyme aminoacyl-ARNt synthétase qui utilise l’énergie de l’hydrolyse du
pyrophosphate.
2. Deuxième étape
Il va y avoir une libération de pyrophosphate avec comme substrat l’ARNt (ARN de
transfert), il va remplacer l’AMP et grâce à la rupture de la liaison anhydride d’acide
on va avoir assez d’énergie pour fixer l’AA sur l’extrémité de l’ARNt qui va transférer
l’AA sur l’appareillage de synthèse de la protéine.
 Chaque ARNt est spécifique pour chaque AA. Enzymes extrêmement
conservées.
Dans le ribosome on va avoir deux sites qui ont permettre de fixer les ARNt :
- Site A : il va amener le nouvel AA (qui
vient d’être fabriqué) qui remplace la liaison
ester de l’AA précédent. On a donc allonger la
chaine protéique du côté C-term en ajoutant le
NH3 de l’AA suivant, ce qui aboutit à la
formation de la liaison peptidique.
- Site P : début de la chaîne peptidique

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 3. Troisième étape
Troisième étape on libère l’ARNt du site P, et on va avoir une translocation entre le site A et le site P
(l’endroit où se fixe l’ARNt est le codon).
Notre aminoacyl-ARNt synthétase va coupler le bon AA au bon ARNt c’est ce qui fait la spécificité de la
liaison. On a au moins 21ARNt, chaque ARNt est reconnu par l’enzyme et chaque AA est reconnu par
l’enzyme.
B. Particularités de la liaison peptidique

Le dessin de la liaison simple n’est pas facile à faire car on a une délocalisation des électrons qui se fait
principalement sur les 3 atomes autour du peptidique qui sont l’azote, le carbone et l’oxygène ce qui
entraîne une polarisation de la liaison.
Cette liaison est réversible par une hydrolyse, c’est-à-dire possible à rompre en présence d’eau.
1. La délocalisation des électrons
Cette délocalisation va aplanir l’ensemble des atomes qui seront
autour de cette liaison peptidique.
Si on dit que la liaison peptidique est ce qui s’établit entre le C et le
N, on peut avoir une paire d’électron libre sur l’azote, qui peut avoir 3
ou 4 covalences, on a donc une négativité sur l’azote.
On va avoir une charge partielle négative sur l’oxygène et une
charge partielle positive sur l’azote. Le mouvement des paires
d’électrons est la mésomérie, ainsi on va avoir une polarisation
importante de la liaison, par un delta - et un delta +.
 Moyenne des polarités oscillantes qui rigidifie la liaison C-N
Les atomes sont tous dans le même plan du fait de cette délocalisation des électrons. En effet les
électrons vont se promener entre les deux liaisons, soit entre la C-O soit entre la C-N modifier les charges
et mettre en valeur un doublet électronique qui va former une charge neutre.
 Mésomérie (mouvement de paires d’électrons et d’atomes sans qu’il n’y ait de changements)
2. Conséquences
En réalité, on aura une distance C-N qui sera plus petite qu’une liaison simple, mais plus grande qu’une
vraie liaison double => intermédiaire. Polarisation (O  N)
Ce caractère de double liaison va entraîner une fixation autour de la liaison peptidique, c’est un angle,
l’angle oméga. On a deux isomères CIS et TRANS car on est sur un plan
On définit l'angle ω comme étant l'angle de rotation le carbone de la fonction α-acide de l'acide aminé
n et l'azote de la fonction α-amine de l'acide aminé n+1. Dans la mesure où les quatre atomes doivent
rester coplanaires ω ne peut prendre que deux valeurs 0° ou 180° :
 ω = 0°
La liaison est en position cis : les chaînes latérales des deux acides aminés reliés par cette
liaison sont du même côté de la liaison.
 ω = 180°
La liaison est en position trans : les chaînes latérales des deux acides aminés sont de part et
d'autre de la liaison.

Si la chaîne latérale est peu encombrante, les deux positions pourront être adoptées sans qu'aucune ne
soit préférentielle. En revanche, si les acides aminés ont des chaînes latérales encombrantes,
l'encombrement stérique favorisera plutôt un angle ω de 180° en configuration trans. En effet, c'est
dans cette position que les deux chaînes latérales seront les plus éloignées l'une de l'autre. Cette position
trans est d'ailleurs la plus fréquente au sein des protéines.

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 3. Hydrolyse
On va pouvoir avoir une hydrolyse de la liaison peptique, l’activation peut se faire de façon :
- Chimique : avec de l’acide fort et des températures élevées et il faut
attendre 24h, la liaison peptique est très résistante (HCL 6N, 110°C, 24h), ou
bromure de cyanogène (coupe du côté COO des méthionines des chaines
peptidique)
- Enzymatique : peptidases ou protéases selon la taille de polymères qu’ils
vont hydrolyser. Agissent à température physio, avec des pH normaux ou
acides.
C. Géométrie de la liaison peptidique

ll existe deux autres angles φ et ψ qui correspondent aux angles de rotation des deux plans de l'amide
autour du carbone α.
- Angle φ : entre N et C alpha, rotation du plan de l’amide du côté N-term
- Angle ψ : entre C alpha et C acide, rotation du plan de l’amide du côté C-term
Certaines valeurs d'angles sont sous ou sur-représentées
dans les peptides. Ces angles sont inventoriés dans le
diagramme de Ramachandran, qui détermine les angles
les plus probables au sein des protéines. En effet,
certains angles comme φ = 90° et ψ = -90° sont très
défavorisés du fait d’encombrements stériques
importants. Il permet également de prévoir la structure
secondaire des protéines (=conformation 3D). Les
structures tridimensionnelles sont étudiées après une
cristallisation.
 Plan de l’amide
La liaison peptidique a une structure particulière puisque ses 6 atomes sont contenus dans un seul et
unique plan qu’on nomme le plan de l’amide :
- Les deux carbones α qui encadrent la liaison (ceux des 2
acides aminés reliés).
- Le carbone de la fonction α-acide de l’acide aminé n,
impliqué dans la liaison amide.
- L’azote de la fonction α-amide de l’acide aminé n+1,
impliqué dans la liaison amide
 Les autres atomes ne sont pas dans le même plan.
II. Les peptides
A. Structure
Ce sont des polymères linéaires d’acide aminés qui sont reliés par des liaisons peptidiques. Selon la
taille de l’enchainement on parlera de :
- Peptides : de 2 à 10-20 AA
- Polypeptides : 10- 20 à 100 AA
- Protéine : plus de 100 AA
On retrouve dans une protéine 300 à 400 AA liés par des liaisons peptidiques, on parlera alors de résidus
et non plus d’acides aminés.
 Orientation 
On a deux pôles : le N terminal et le C terminal, la séquence est toujours décrite de Nterm 5’ en Cterm 3’.

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Structure primaire :
Il s’agit de l’enchaînement des acides aminés avec leur orientation Nterm- PEPTIDE – Cterm qui est
différent de Nterm – EDITPEP – Cterm, par conséquent le sens de lecture des protéines est très
important.
Hydrolyse complète puis chromatographie des acides aminés :
- Composition relatives en AA, mais certains acides aminés sont dégradés (Trp, Cys par ex)
- Ne donne pas la séquence car on n’a pas l’ordre juste la composition
Cependant ces techniques permettent de vérifier que l’on a bien la bonne protéine.
a. Méthode chimique 
 Méthode de sanger (1953) elle consiste à marquer à chaque fois l’AA en N terminal puis à le cliver
et ainsi de suite.
Dans cette méthode on utilise du DNF (dinitrofluorobenzène) qui réalise
une attaque nucléophile en N-term du peptide. ll vient se greffer sur le
premier acide aminé en N-term (extrémité aminoterminale) et libère un
acide fluorique (HF). On réalise ensuite une hydrolyse acide partielle puis
une chromatographie et on sait que l'acide aminé qui se situait en N-term
est celui qui porte le groupement (No2)2(Phe).

b. Méthode enzymatiques 
Il en existe deux types :
 Exopeptidases : hydrolyse/attaquent la chaîne par leurs extrémités. Elles ne sont pas spécifiques
et clivent tous les peptides situés à l’extrémité :
o C-term : les carboxypeptidases (NH3+)
o N-term : les aminopeptidases (COO-)

 Endopeptidases : elles clivent le peptide en son sein et elles clivent TOUJOURS du côté C-term
des acides aminés qu’elles ciblent. Elles sont spécifiques d’un ou plusieurs acides aminés.
o La trypsine : elle coupe après les résidus basiques (Lysine et Arginine)
o La chymotrypsine : elle coupe après les résidus aromatiques (Tryptophane, Tyrosine et
phénylalanine)
o Protéase staphylococcique : elle cible les résidus acides (glutamate et aspartate)

 Détermination : combinaison des méthodes

1- Composition : hydrolyse complète : (Ala 2 , Arg 1, Glu 1, Gly 1, Lys 1, Met 1, Phe 1)

2- Identification de l’AA en Nterm : Sanger ou aminopeptidase  On retrouve l’acide aminé Ala qui
est celui en Nterm

3- Identification en Cterm : carboxypeptidase

On retrouve l’acide aminé Gly qui est celui en C term
 On peut déjà en déduire la structure suivante : Ala – (Ala, Arg, Glu, Lys, Met, Phe)- Gly

4- Coupure à la trypsine :
On obtient 3 peptides : (Ala, lys, met) (Ala, Arg), (Glu, Gly, Phe)
Le tripeptide avec Gly est en Cterm d’où on a soit :
- Ala- Arg- Ala- Met- Lys – (Glu, Phe) - Gly
- Ala- Arg- (Ala, Met) - Lys - (Glu, Phe) - Gly

5- Coupure à la chymotrypsine :
On obtient : (Ala2– arg- Met-Lys-Phe) et (Glu-Gly)
On a soit :
- Ala- Arg- (Ala, Met) – Lys - Phe, Glu, Gly
- Ala- Met- Lys- Ala- Arg - Phe, Glu, Gly

Cette coupure nous permet d’identifier la séquence finale : Phe, Glu, Gly
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 6- Coupure au bromure de cyanogène
On obtient :
- Ala- Met
- Ala-Arg-Glu-Gly-Lys, Phe

D’où on en déduit la séquence : Ala- Met- Lys- (Ala- Arg )- Phe, Glu, Gly

D’où la séquence complète est :

 Nterm-Ala-Met-Lys-Ala-Arg-Phe-Glu-Gly- Cterm

c. Spectrométrie de masse

La méthode la plus utilisée et la plus récente est la spectrométrie de masse, on a une mesure des
rapports de la masse par rapport à la charge m/z. On général on va faire en sorte que les molécules ne
soit chargée que d’une seule charge.

On va avoir deux lamelles métalliques qui forme les pôles, des

ions qui sont dans le vide qui vont être accélérés, puis passer
dans un collimateur pour former un faisceau puis ils vont passer
dans un champs qui va les faire osciller. La fréquence
d’oscillation va dépendre de m/z, ainsi si on fixe une certaine
fréquence où la molécule va soit passer au bout si elle est en
accord avec la fréquence soit elle va partir si elle n’est pas en
accord, ainsi la fréquence permet de sélectionner les molécules.

On va faire des collisions du peptide avec un gaz dans des

condition maîtriser les collision vont être peu agressive et vont
seulement permettre au hasard de rompre les liaisons
peptidiques. Le but va être de trouver les conditions suffisantes
pour rompre uniquement les liaisons une par une et donc
permettre d’identifier chaque peptides grâce aux pics.

On prend la différence entre deux pics qui va donner le poids de

l’acide aminés manquant entre les deux peptides. Cela repose sur
le fait que chaque AA a une masse différente.

Ce système est extrêmement puissant et permet d’utiliser des mélanges. C’est la technique qui est
actuellement utilisée notamment après une électrophorèse ou on aura purifier les peptides, il suffit de
les extraire puis de les séquencer.

d. Méthode indirecte
C’est possiblement la plus utilisées actuellement. Il s’agit de passer par la séquence ADN du gène, de
l’écrire grâce au séquençage (très facile à faire), et ainsi traduire informatiquement la séquence pour
écrire successivement tous les acides aminés. C’est la méthode la plus rapide et la moins coûteuse.

B. Méthode de séparation des peptides 

a. Électrophorèse
C‘est une technique qui est très utilisée notamment en biologie médicale pour analyser les protéines du
sang ou d’autres milieux.
Elle se fait sur un gel de polyacrylamide en présence de SDS : on va avoir une dénaturation des
protéines. Cela consiste à modifier leur structure et à dérouler la chaine peptidique en détruisant les
structures secondaires et tertiaires.

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SDS (Sodium Dodécyl Sulfate), c’est un détergent ionique. Cette méthode permet de séparer les peptides
en fonction de leur taille et non en fonction de leur charge. Il apport des charges négatives en nombre
proportionnel à la taille de la protéine
On utilise un appareil à deux électrodes : une pour le solvant et un collecteur. Les deux sont séparés par
un gel de polyacrylamide ou d’agarose que doivent traverser les peptides pour arriver dans la cuve
collectrice.

Ce gel est dit réticulé, c'est-à-dire qu'il présente des mailles d'une certaine taille, à la manière d'un filet. On
applique une différence de potentiel dans le gel de telle sorte que le haut du gel soit chargé négativement
et le bas positivement.

Le SDS interagit avec les acides aminés par des interactions

hydrophobes, à raison d'une molécule de SDS par acide aminé c’est à
dire proportionnellement. Le SDS charge les peptides négativement.
Ainsi, les peptides vont migrer vers le bas du gel qui est chargé
positivement. La migration se fait d'autant plus lentement que le peptide
est de grande taille. En effet, un grand peptide va être freiné par les
mailles du gel alors qu'un petit peptide pourra se faufiler.
Par conséquent, les petits peptides (de faible poids moléculaire) migrent plus loin que les grands (de
haut poids moléculaire).
Une fois la migration terminée il faut révéler les différents peptides du gel (car les peptides et les
protéines n'ont pas de coloration naturelle, ils sont transparents comme le gel).

On pourra déterminer la masse apparente du peptide en kDa, c’est-à-dire que c’est la

masse que l’on observe car certaines protéines ont des comportements différents et
fixerons plus ou mins de SDS. Ce n’est pas une méthode précise elle permet seulement
de comparer selon la taille entre plusieurs protéines différentes. On passe ensuite la
bande au spectromètre de masse, si on veut observer la séquence en acides aminés.

Pour colorer les peptides on peut utiliser des colorants qui seront afin pour les peptides :

o Méthodes non spécifiques

- Du colorant bleu de Coomassie
- Du nitrate d’argent : c’est très sensible

o Méthode spécifique
- Des anticorps marqués, réaction Ag/Ac, que l’on va coupler à des enzymes ou une molécule
fluorescente, c’est le principe du western blot.

b. Isoélectrophorèse ou isoélectrofocalisation 
On ne dénature pas les protéines, ainsi à un certain pH elles auront une
charge particulière qu’on appelle le pHi. On a une migration du (pH 9)
vers le + (pH 3) dans le gradient de pH.
A un certain moment la protéine va s’arrêter de migrer à son pHi qui est
différents pour toutes les protéines, c’est le pH pour lequel la protéine
n’aura plus de charge.
Cette méthode est complémentaire à la précédente, puisque que dans cette méthode on peut récupérer la
protéine native (qui n’as pas été dénaturée).
 Point isoélectrique des peptides
Méthode générale :
- Écrire tous les pKa des acides aminés constitutifs
- Enlever ceux des fonctions impliquer dans les liaisons
peptidiques
- Calculer les charges totales de pH de 1 à 14
- Faire la moyenne des pKa qui entourent la charge 0
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 C. La chromatographie 
C’est la séparation d’un mélange de molécule selon leurs propriétés physicochimique. On aura deux
phases :
- Une phase mobile avec les molécules à séparer
- Une phase fixe qui va interagir avec la phase mobile
On a trois étapes :
- Dépôt de l’échantillon à analyser
- Lavage des molécules non fixées
- Élution des molécules fixées
Différentes techniques peuvent être utilisées :
- Échanges d’ion (pl)
- Taille des molécule exclusion
- Affinité à un ligand fixe (interactions faibles)
1. Chromatographie par échanges d’ions
On sépare les peptides en fonction de leur pI. La phase stationnaire est constituée de bille chargée soit
négativement (anionique) soit chargée positivement (cationique).

a. Chromatographie échangeuse d'anions

Dans cette chromatographie, on utilise une résine cationique. Les peptides sont
déposés sur cette résine dans un solvant de pH très basique. Ainsi, le pH est
supérieur au pl des différents peptides, ils sont donc chargés négativement et vont
pouvoir se fixer aux billes de résine chargées positivement.
On diminue ensuite progressivement le pH qui finit par égaler la valeur du pl d'un
des peptides. Celui-ci devient alors / neutre (forme Zwitterion) et se décroche de la
résine pour tomber dans le collecteur situé en-dessous. On continue de diminuer le
pH, faisant ainsi tomber les peptides les uns après les autres.
On élue les peptides par valeur de pl décroissante, en commençant par celui
avec le pl le plus élevé.
 Sépare les molécules qui ont le même pHi
b. Chromatographie d’exclusion (filtration sur gel) : taille – masse
On sépare les peptides en fonction de Ieur taille. La phase
stationnaire est un gel contenant des billes poreuses. Cette
phase stationnaire est chimiquement inerte vis-à-vis des
peptides. Les peptides sont déposés en haut de la colonne et
sont entraînés vers le bas par un solvant.
Les peptides les plus denses et les plus gros ne peuvent pas
pénétrer dans les pores des billes du gel, ils ont un trajet
relativement direct vers le bas de la colonne et descendent
rapidement. Les petits peptides de faible densité peuvent
pénétrer dans les pores des billes. lls ont donc un trajet très
tortueux car ils passent dans tous les trous où ils peuvent. Ils
descendent donc très lentement.
 Les peptides sont donc élués d’autant plus vite qu’ils sont de grande taille.

c. Chromatographie d’affinité : site de liaison spécifique

Elle repose sur le principe de la réaction antigène-anticorps.
La phase stationnaire contient une plaque à la surface
de laquelle se trouve des anticorps spécifiques de
certains peptides. On les dépose au sommet de la
colonne avec un solvant qui les entraîne vers le bas.
Sur leur passage, certains peptides seront retenus et
bloqués alors que d’autres passeront. Pour éluer les
peptides retenus par les anticorps, on peut moduler la

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force ionique du milieu ou utiliser des antigènes plus affins pour les anticorps que ne le sont les peptides
(mécanisme de compétition).
Cette méthode peut aussi se faire avec des métaux qui sont affins pour les peptides.
Elle est spécifique d’une interaction entre deux molécules selon leur structure. Elle permet la
purification du peptide bien qu’elle demande une connaissance préalable du ligand spécifique du
peptide.

III. Exemple de peptides à activités biologique

A. LH – RH

Hormones hypothalamiques comme par exemple la LH-RH (Luteinizing Hormone Releasing Hormone).
Cette hormone stimule la sécrétion de LH (hormone lutéinisante) par l’hypophyse.
C’est une hormone de libération des gonadotrophines, c’est un décapeptide (10 AA) :
pyroGlu-His-Trp-Ser-Tyr-Leu-Arg-Pro-GlyCONH2 → pas à connaître
Elle va stimuler la production des hormones sexuelles (œstrogènes et testostérones) qui est elle-même
commandé par ce décapeptide. Elle est fabriquée dans l’hypothalamus à la base du cerveau, passe dans
le sang pour agir principalement sur l’ovaire.

Elle est souvent modifiée en C et Nterm :

- Nterm : pyroglutamate, c’est une cyclisation sur le glutamate du CO avec le NH (comme dans la
proline) pour protéger le coté Nterm des exopeptidases.
- Cterm : on a un NH2 en plus qui prend la place de l’alcool du COOH en Cterm

 Ces deux mécanismes permettent la protection des extrémité des exopeptidases. On a des
peptides actifs qui auront différents mécanismes de de protections aux deux extrémités.
On a une très grande quantité d’hormones qui sont sécrétés par les cellules, neurones…

B. BNP (Brain natriuretic peptide)

Leurs deux cystéines permettent de former une boucle qui forme
leur structure commune. Le BNP est sécrété par le cœur. Il est très
important car c’est un marqueur de l’insuffisance cardiaque car il
augmentera anormalement dans ce cas. Il a un effet natriurique
(augmente l’élimination de sodium dans les urines) et vasodilatateur
(dilate les vaisseaux sanguins et diminue la pression artérielle →
réguler la pression cardiaque), il agit donc sur les vaisseaux et les
reins.

/!\ B a un rôle très important dans le cerveau

C. Hepcidine
Ce peptide possède 25 acides aminés, il vient de foie ou il y détruit des bactéries, c’est le
peptides anti bactérien hépatique mais on s’est rendu compte que s’il n’était
plus présent chez la souris ou avais une maladie proche de l’hémochromatose
humaine qui se développais chez la souris ainsi on a compris que l’hepcidine
servait à réguler le fer. On y retrouve 4 liaisons disulfure entre les cystéines.
Ces liaisons permettent un repliement du peptide.
Son rôle est la régulation du métabolisme du fer, elle est produite par le foie
par rapport à la quantité de fer dans l’organisme. Elle va se fixer sur le mb basal
de la cellule digestive et entraîne la destruction de la ferroportine, la
cellule épithéliale va donc avoir du fer qui ne pourra plus ressortir.
Ces cellules ont une vie courte, quand elles meurent elles vont détruire
avec elle leur stock de fer.
L'hepcidine limite l'absorption du fer par les intestins en inhibant
le passage du fer des entérocytes (cellules intestinales captant le fer)
vers le sang. Ainsi, un défaut en hepcidine provoque une plus grande
absorption du fer, causant une hémochromatose (excès de fer dans
l'organisme, ce qui est toxique) qui est une maladie génétique
récessive, c’est une des plus répandue. À l'inverse, un excès
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d'hepcidine diminue la quantité de fer dans l'organisme, ce qui cause une anémie ferrique, on l'observe
lors de syndromes inflammatoires chroniques.
D. Neurotransmetteurs : Enképhaline
Il s’agit d’un groupe de peptides qui se lient aux récepteurs des opioïdes, ils sont
stimulés par les opioïdes comme la morphine. Ces peptides sont très étudiés pour
leurs effets.
La met- enképhaline (Tyr-Gly-Phe-Met) se finit par une méthionine d’où son nom.
Son rôle est de réguler la douleur (agit sur le récepteur de la morphine), ainsi elle
augmente en cas de stress. Le but est de fabriquer des analogues qui n’aurais pas
les effets indésirables liés aux opioïdes, avec seulement l’effet antidouleur.