TD3.Diagnostic Des Infections 2017 PDF

TD de Microbiologie
2ème Année Médecine

Université Mohammed VI des Sciences de
la santé
Diagnostic bactériologique d’une
infection bactérienne
Flore commensale et bactéries pathogènes
Orientation vers diagnostic bactériologique
Examen direct interprété: (site de prélèvement)
Faire la distinction entre flore normale, de colonisation …et l’infection
Flores commensales
Cutanée :
Staphylocoques coag neg, Enterococcus ssp
corynébactéries, Acinetobacter ssp,
propionibacterium ssp
Oro-pharyngée:
Streptococcus ssp, anaérobies,
Neisseria ssp, corynébactéries
Digestive :
Anaérobies, Escherichia coli, Entérobactéries
Vaginale :
Lactobacilles
Diagnostic conventionnel
Diagnostic direct: examen direct
Examen Direct
Les techniques d’observation : MICROSCOPIE
Deux principes
Non fixé, état frais Fixé, marqué ou coloré
Présence de bactéries Présence de bactéries

Agencement bactérien Forme bactérienne
Mobilité bactérienne Affinité colorant
Présence de réaction cellulaire
Colorations classiques Colorations spécifiques

Bleu de Méthylène Ziehl Neelsen (résistance acido-alcoolique, BAAR)
GRAM +++ Colorations des germes intracellulaires
Marquage Ag de paroi spécifique avec Ac fluorescent
Principe de la coloration de Gram
Coloration Gram
Classification morphologique
Diagnostic direct: culture
Cultures
Solides Liquides
Automate de détection
En boîtes, en tubes
Types de milieux Standard ou minimun (tryptica-soja)

Enrichis (sang, charbon, sang cuit)
Sélectif (détergent, cristaux, Antibiotique)
Synthétique (une seule source de carbone et énergie)
Conditions de culture Standard

Orientation particulière
Culture
Objectifs de la culture
Identification bactérienne
Identification
Identification Phénotypique
Techniques d’identification
Diagnostic d’orientation
Aspect des colonies en culture
Profil de sélectivité des cultures
Tests rapides Microscopie
Mobilité
Forme
Catalase Oxydase Spores
Confirmation
Profil biochimique
Profil chromatographique de la paroi (spécialisé)
Séro-groupage (kits commerciaux limités mais standard)
Recherche de marqueurs de virulence spécifiques (toxines ++)
Sensibilité à des réactifs particuliers (composé O129, optochine)
Identification Génotypique
Techniques d’identification
Principe
Extraction du matériel génétique À partir de cultures bactériennes
À partir de prélèvement (indication limitée)
Etude du matériel nucléique obtenu Matériel ADN +++

Matériel ARN parfois
Analyse d’homologie de séquence

Indirecte (restriction) Electrophorèse en Champ pulsé
Directe (amplification) Hybridation sur membrane

Séquençage
Biopuce
Recherche d’un gène particulier et spécifique
Gène ARN16S
Gène de virulence
Applications
Intérêt à discuter +++ Diagnostic bactériologique difficile ou impossible

Diagnostic bactériologique long
Identification (suite)
Extraction ADN
Amplification PCR
Restriction Amplification
Séparation Hybridation
1 2 3 4 5 6 7
Analyse de séquence comparative
Gène à étudier
référence
Signaux positifs
Analyse comparative
des signaux
Infection Exemples
Liquide Céphalo-rachidien Articulaire
Prélèvements pour ECBU
Prélèvement de Selles
Colonisation anormale
Modification flore
Diagnostic direct: recherche d’Antigènes
test rapide
Diagnostic moléculaire: principes de la PCR
Délais de réponse diagnostic direct
• Examen direct: Gram: 1h

Cytologie:
• Ag solubles: 2h
• PCR: 3 – 5 h
• Culture: 24 – 48h (BK: 1-2 mois)
• Identification: 24h
• Antibiogramme: 24h
Diagnostic indirect
Diagnostic indirect: sérologie
Diagnostic indirect:
Recherche de l’immunité cellulaire
• Recherche d’une HSR:

• Intra-dermo-réaction: IDR à la tuberculine
=Test de Mantoux
Conclusion
• Le diagnostic bactériologique d’une infection
bactérienne:
• Très important pour la prise en charge du patient
• Demande précautions de prélèvement,
connaissance d’interprétation
• Subdivisé en: Diagnostic direct et indirect
• Diagnostic moléculaire rapide de plus en plus
utilisé, mais la culture reste le «Gold standard»

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Présence de bactéries Présence de bactéries

Présence de réaction cellulaire

Colorations classiques Colorations spécifiques

Types de milieux Standard ou minimun (tryptica-soja)

Conditions de culture Standard

Tests rapides Microscopie

Etude du matériel nucléique obtenu Matériel ADN +++

Analyse d’homologie de séquence

Directe (amplification) Hybridation sur membrane

Intérêt à discuter +++ Diagnostic bactériologique difficile ou impossible

Analyse de séquence comparative

Prélèvements pour ECBU

• Examen direct: Gram: 1h

• Recherche d’une HSR:

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