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Spectrométrie de masse MALDI-TOF en bactériologie clinique ou comment

identifier une bactérie en une minute

Article  in  Revue médicale de Liège · January 2010

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6 authors, including:

Julie Descy Pierrette Melin

Centre Hospitalier Universitaire de Liège Centre Hospitalier Universitaire de Liège
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Marie-Pierre Hayette Huynen Pascale

Centre Hospitalier Universitaire de Liège Centre Hospitalier Universitaire de Liège
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 Spectrométrie de masse MALDI-TOF en
bactériologie clinique ou comment
identifier une bactérie en une minute

J. Descy (1), C. Meex (2), P. Melin (3), M.P. Hayette (4), P. Huynen (5), P. De Mol (6)

RÉSUMÉ : La principale application de la spectrométrie de MALDI-TOF mass spectrometry in clinical bacteriology or

masse MALDI-TOF en microbiologie clinique est l’identifica- how to identify a bacteria within one minute
tion des microorganismes par analyse de leurs protéines totales SUMMARY : The major application of MALDI-TOF mass
(protéines ribosomales et protéines associées aux membranes). spectrometry in clinical microbiology is the bacterial identi-
Cette technique permet d’identifier la plupart des bactéries en fication based on the analysis of all their proteins (ribosomal
quelques minutes seulement. La méthode est rapide, précise, and membrane-associated proteins). This technology allows
fiable et coût-efficace par comparaison aux méthodes phéno- the identification of most of bacteria within a few minutes. The
typiques conventionnelles. D’autres applications de la spectro- method is fast, accurate, reliable and cost-effective by compari-
métrie de masse MALDI-TOF sont en cours de développement, son to conventional phenotypic techniques. Other applications
telles que la mise en évidence de toxines bactériennes ou de of MALDI-TOF mass spectrometry are still under develop-
mécanismes de résistance aux antibiotiques. ment, as the detection of bacterial toxins or resistance mecha-
M ots - clés : Spectrométrie de masse - MALDI-TOF - nisms to antimicrobial agents.
Identification bactérienne - Echantillons cliniques Keywords : Mass spectrometry - MALDI-TOF - Bacterial
identification - Clinical samples
I n t ro d u c t i o n
La prise en charge d’un patient suspect d’in- clinique. Dans la plupart des cas, l’identification
fection bactérienne repose classiquement sur bactérienne a lieu 48 heures après la réception
l’identification de l’agent pathogène au site du prélèvement; ce délai peut encore s’allonger
d’infection et sur le choix du meilleur traitement dans le cas de bactéries ou champignons à crois-
antibiotique, basé sur l’antibiogramme. L’identi- sance lente et/ou difficile.
fication d’un agent pathogène est donc cruciale, Depuis quelques années, les tests de biolo-
à la fois pour diagnostiquer une infection bacté- gie moléculaire permettent une identification
rienne mais aussi pour guider l’antibiothérapie. bactérienne rapide, applicable à tous les micro-
Les laboratoires développent et utilisent des organismes, y compris les agents infectieux
méthodes fiables, toujours plus rapides pour non cultivables. Les tests de biologie molécu-
l’identification bactérienne. La stratégie habi- laires utilisant des techniques PCR (Polymerase
tuelle pour ces identifications est constituée de Chain Reaction) ne permettent malheureuse-
plusieurs étapes : après des tests rapides d’orien- ment d’identifier que l’agent infectieux que l’on
tation simples tels que la coloration de Gram suspecte et pour lequel on dispose d’une tech-
ou les tests de catalase et d’oxydase, des tests nique. De plus, ces tests ne permettent pas tou-
phénotypiques, basés sur les caractéristiques jours d’obtenir une identification discriminante
biochimiques des bactéries, complètent l’iden- jusqu’à l’espèce. Par ailleurs, le coût élevé et le
tification. Depuis des décennies, cette straté- haut niveau d’expertise technique requise font
gie était la seule applicable dans un laboratoire de la biologie moléculaire une technique actuel-
de routine bactériologique. L’unique évolution lement inappropriée à l’identification de routine.
notable de ces techniques au fil des années a été Seuls quelques tests sont commercialisés pour
leur miniaturisation et leur automatisation. Ces l’identification rapide de pathogènes spécifi-
techniques sont coûteuses et nécessitent toujours ques, isolément ou en panel et d’autres appli-
plusieurs heures d’incubation avant l’obtention cations utilisant la technologie des microarrays
d’une identification d’espèce. Les méthodes ont amélioré les stratégies d’identification en
utilisées dans les laboratoires de routine ne biologie moléculaire. Mais, le coût de ces tests
garantissent une identification fiable que pour et, parfois, la charge de travail restent élevés et
les espèces les plus fréquemment rencontrées en représentent des facteurs limitants pour leur uti-
lisation dans les laboratoires de microbiologie
clinique.
Une technique innovante est récemment appa-
(1) Assistante en Biologie clinique, (2) Chef de Labora-
toire adjoint, (3) Chef de Laboratoire, Chargé de cours rue sur le marché de la bactériologie, permet-
adjoint, (4), (5) Chef de Laboratoire, (6) Chef de Ser- tant à un laboratoire de routine, non seulement
vice, Professeur, Service de Microbiologie Médicale, d’identifier un grand nombre de bactéries et de
CHU de Liège.

Rev Med Liège 2010; 65 : Synthèse 2010 : 29-34 29

 J. Descy et coll.

accélérés dans un champ électrique qui les dirige

dans un tube de vol vers l’analyseur. Ce dernier
permet de séparer et de classer les ions accélérés
selon leur temps de vol (TOF : Time-Of-Flight)
et de produire un spectre de masse. Le spec-
tre de masse obtenu est une sorte d’empreinte
digitale spécifique et unique de la composition
en protéines du microorganisme analysé, qui
peut être comparé à une banque de données de
spectres. Notons que ce n’est que récemment
que la spectrométrie de masse MALDI-TOF a
été adaptée comme technique rapide, précise et
peu coûteuse pour la routine des laboratoires de
microbiologie.
A l’heure actuelle, deux constructeurs propo-
sent des systèmes permettant l’identification des
microorganismes par spectrométrie de masse
MALDI-TOF, avec un mode de fonctionnement
et une qualité assez comparables : le Biotyper
MALDI-TOF MS de Bruker (Fig. 1) et le sys-
tème AXIMA de Shimadzu utilisant la base de
données SARAMIS d’Anagnostec.
Figure 1. Microflex MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics).

I m p o rta n c e d e l a ba s e d e d o n n é e s

L’identification par MALDI-TOF est basée

sur les découvertes suivantes : (i) l’empreinte
champignons, plus ou moins fréquemment ren- spectrale varie entre les microorganismes, (ii)
contrés en clinique, mais aussi de réaliser cette parmi les composés détectés dans le spectre de
identification de manière rapide, fiable et peu masse, certains pics sont spécifiques du genre,
coûteuse : la spectrométrie de masse ! de l’espèce et même dans certains cas de la sous-
espèce, (iii) les spectres obtenus sont reproduc-
S p e c t ro m é t r i e d e ma s s e : MALDI-TOF tibles pour autant que la croissance des bactéries
se fasse dans les mêmes conditions. Cepen-
La spectrométrie de masse est une techni-
dant, même si les conditions de culture varient,
que physique d’analyse extrêmement sensible,
de nombreux pics sont conservés (1) : ce sont
existant depuis près d’un siècle, permettant
ceux-ci qui sont potentiellement les plus aptes
de détecter et d’identifier des molécules d’in-
à être utilisés comme biomarqueurs spécifiques,
térêt. On peut schématiser un spectromètre de
permettant l’identification bactérienne.
masse en 4 parties : le système d’introduction
de l’échantillon, la chambre d’ionisation, pro- Cette identification est basée sur la comparai-
duisant des ions en phase gazeuse, l’analyseur, son de la position des pics du spectre de masse
séparant les ions en fonction de leur rapport inconnu avec tous les spectres typiques enre-
masse sur charge (m/z) et le détecteur, transfor- gistrés dans la banque de données de spectres.
mant le courant ionique en courant électrique. Un score d’appariement classe les spectres et
L’ionisation est l’étape la plus importante pour précise la ou les identifications bactériennes les
l’identification des molécules. La spectrométrie plus plausibles, dans l’ordre de probabilité. Les
de masse MALDI-TOF repose sur une technique librairies de spectres sont fournies, validées et
d’ionisation, mise au point dans les années 80, mises à jour par les firmes commercialisant les
et conduisant à l’identification de biomarqueurs systèmes MALDI-TOF. Actuellement, la banque
de poids moléculaires élevés : il s’agit d’une de spectres de la firme Bruker permet l’identi-
désorption-ionisation laser assistée par matrice fication de 3.476 organismes cellulaires: 3.216
(ou MALDI: Matrix-Assisted Laser Desorption bactéries (entérobactéries, bacilles Gram négatif
Ionization). L’échantillon à analyser est déposé non fermentants, staphylocoques, streptocoques,
sur une cible et est traité par une matrice appro- mycobactéries, bactéries anaérobies, …) et 260
priée. Après introduction de la cible dans le sys- champignons (Candida, champignons filamen-
tème, elle est bombardée par un laser. Les ions teux, …). Cette banque de données, permettant
ainsi générés dans la chambre d’ionisation sont l’identification de pathogènes d’intérêt clinique

30 Rev Med Liège 2010; 65 : Synthèse 2010 : 29-34

Spectrométrie de masse MALDI-TOF

et de microorganismes de l’environnement, peut souches soit 2,8%) ou une identification erronée

être enrichie par l’utilisateur : il est possible d’y (28 souches, soit 2,8%) sont dues à une utilisa-
introduire de nouveaux spectres qui s’ajouteront tion incorrecte de la base de données. De plus,
à ceux déjà configurés par le constructeur. Il est les auteurs n’ont pas noté de discordance entre
important de savoir que les espèces bactériennes la coloration de Gram et le MALDI-TOF, sug-
dont le profil protéique est comparable, voire gérant que ce dernier pourrait être utilisé en pre-
identique, ne pourront être discriminées par la mière ligne, avant même la coloration de Gram.
technique MALDI-TOF. Ainsi, la technique est L’ensemble des publications confirme le rôle des
peu performante pour l’identification correcte systèmes MALDI-TOF MS comme outil d’iden-
des streptocoques viridans et pour leur discri- tification de première ligne dans un laboratoire
mination vis-à-vis de Streptococcus pneumo- de routine, mais insiste également sur l’impor-
niae par exemple. L’identification de certaines tance des mises à jour de la base de données.
espèces comme les streptocoques, les bactéries
anaérobies ou les champignons pourrait être Analyse de microorganismes après extraction
améliorée par une mise à jour et un enrichisse-
Pour l’identification de certains microorganis-
ment de la base de données les concernant. Il
mes (levures, champignons filamenteux, myco-
n’y a théoriquement aucune limite à la capa-
bactéries), une extraction préalable des protéines
cité d’identification par spectrométrie de masse
est recommandée afin de produire un spectre de
MALDI-TOF pour autant que la base de données
masse exploitable. Il en est de même pour les
contienne suffisamment de spectres de référence
échantillons primaires tels que les hémocultures
adéquats.
positives et les urines. Cette étape d’extraction
allonge le temps de manipulation de 10 à 15
I d e n t ifi c at i o n pa r MALDI-TOF MS minutes par extrait, par rapport à la technique
da n s u n l a b o r ato i r e d e ro u t i n e d e de dépôt direct.
mi c ro b i o l o g i e m é d i c a l e
Dans les laboratoires de microbiologie clini-
Les types d’échantillons pouvant être analysés que, les hémocultures représentent toujours le
par un système MALDI-TOF MS peuvent être prélèvement le plus significatif pour le diagnostic
classés en 2 catégories : les cultures bactériennes des infections bactériennes aiguës sévères. Des
sur gélose, qui se déposent directement sur la automates, tels que le BactAlert® (bioMérieux),
cible, et les cultures de levures, de champignons ou le Bactec® (Becton Dickinson), réalisent un
filamenteux, de mycobactéries, les hémocultu- monitoring en continu de la croissance bacté-
res positives et les prélèvements urinaires, qui rienne afin de détecter celle-ci précocement.
nécessitent une extraction préalable. Une fois l’hémoculture positivée, une identifi-
cation présomptive rapide basée sur l’examen
Analyse de culture bactérienne sur gélose direct après coloration de Gram permet déjà
d’adapter approximativement l’antibiothérapie.
La colonie bactérienne est directement dépo-
A ce stade, une identification complète, en rou-
sée sous forme d’un fin frottis à la surface d’une
tine, se réalise généralement en 1 à 2 jours mais
plaque métallique, la cible, puis recouverte par
peut être plus longue pour les microorganismes
une matrice appropriée. Jusqu’à 96 souches par
fastidieux ou atypiques.
série peuvent être étudiées pour le système Bru-
ker et 384 pour le système Shimadzu. La cible est Les techniques de biologie moléculaire (PCR
ensuite introduite dans le système MALDI-TOF en temps réel, microarrays, FISH) sont en cours
et, en moins de 2 minutes, le premier spectre de d’évaluation pour la détection rapide des bacté-
masse est produit et analysé. Par comparaison ries et de leur mécanisme de résistance direc-
avec la base de données, le logiciel informati- tement dans les hémocultures positives (5).
que propose l’identification la plus probable. Actuellement, ces systèmes fermés ne permet-
Plusieurs études ont été publiées sur les perfor- tent la détection que d’un nombre restreint de
mances des systèmes MALDI-TOF MS pour pathogènes, ils coûtent cher et requièrent sou-
l’identification des microorganismes dans les vent des compétences techniques particulières.
laboratoires de routine de microbiologie clinique La spectrométrie de masse MALDI-TOF per-
(2, 3, 4). Seng et al. (2) ont notamment montré met l’identification des microorganismes pré-
que, parmi les 1.660 isolats bactériens étudiés, sents dans des hémocultures, en routine, le jour
représentant 109 espèces différentes, 84,1% ont même de leur positivité, soit un à deux jours plus
été correctement identifiés jusqu’au niveau de tôt que par une technique phénotypique conven-
l’espèce et 11,3% jusqu’au niveau du genre. tionnelle. Une étape importante d’extraction est
Selon les auteurs, l’absence d’identification (46 nécessaire : elle consiste à séparer les bactéries

Rev Med Liège 2010; 65 : Synthèse 2010 : 29-34 31

 J. Descy et coll.

des autres composants cellulaires de l’échan- Détection de marqueurs de mécanismes de

tillon. Plusieurs procédés d’extraction existent résistance aux antibiotiques
comme par exemple la centrifugation différen- Parallèlement à son utilisation en routine pour
tielle ou la lyse des membranes cellulaires par l’identification des microorganismes, la détec-
un détergent. D’après La Scola et Raoult (6), tion de mécanismes de résistance aux antibioti-
il y a cependant quelques limites : (i) pour les ques représente un intérêt particulier. Quelques
hémocultures polymicrobiennes (qui sont peu études (10, 11) ont montré la capacité de la spec-
fréquentes), une seule des espèces présentes, trométrie de masse MALDI-TOF à distinguer les
dans le meilleur des cas, peut être identifiée, et Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline
(ii) le problème dû au manque de discrimination (MRSA) qui arborent le gène mecA codant pour
une protéine spécifique, la PBP2a, des souches
entre certaines espèces bactériennes.
méthicilline-sensibles (MSSA). La détection de
Parallèlement, en utilisant une étape de mécanisme de résistance impliquant des protéi-
concentration, l’identification directe dans les nes caractéristiques (bêta-lactamase, méthylase,
urines est réalisable (7), sans toutefois permet- système d’efflux par exemple) est, dès lors, pos-
tre une quantification des bactéries. Une iden- sible et en cours d’investigation.
tification fiable par MALDI-TOF MS dépendra
du nombre de microorganismes présent dans Détection de marqueurs de virulence

l’échantillon urinaire (>105 CFU/ml au mini- La recherche et la détection de souches patho-

mum) mais aussi de l’espèce bactérienne. Par gènes produisant des facteurs de virulence parti-
ailleurs, cette technique ne semble pas être pra- culiers associés à des protéines spécifiques, telles
tique dans un laboratoire de routine étant donné des toxines par exemple, pourraient également
le nombre important d’échantillons urinaires aider le clinicien dans la gestion des infections.
et l’existence de techniques d’orientation dia- Bittar et al. (12) ont trouvé un pic, marqueur
de la présence de la leucocidine de Panton et
gnostique telles que la coloration de Gram ou la
Valentine (toxine PVL), qui différencie les sou-
cytométrie en flux pour l’analyse des éléments
ches de S. aureus productrices de PVL de celles
figurés urinaires. qui n’en produisent pas. Cette approche semble
prometteuse mais, comme pour la détection de
Autres a p p l i c at i o n s e t d é v e l o p p e m e n t s résistance aux antibiotiques, elle nécessite des
développements pour permettre son application
clinique.
Etudes épidémiologiques

La technologie MALDI-TOF MS, par sa I n t ro d u c t i o n d ’ u n s y s t è m e MALDI-

production de spectres spécifiques à chaque TOF MS au l a b o r ato i r e d e
bactérie, permet également d’envisager l’étude mi c ro b i o l o g i e m é d i c a l e d u CHU
épidémiologique des microorganismes. Loin de Liège

d’égaler les performances des techniques de En mai 2009, le spectromètre de masse

typage génotypique, il est cependant possible, MALDI-TOF Biotyper de Bruker a été mis en
avec un système MALDI-TOF MS, de compa- service au laboratoire de microbiologie médicale.
rer les profils protéiques de différentes souches Depuis juillet 2009 le système MALDI-TOF est
bactériennes et ainsi déjà tirer quelques conclu- utilisé comme le système d’identification de
sions quant à leur éventuelle homologie (8, 9). première ligne. Après 6 mois d’utilisation en
Il est imaginable, par exemple, de comparer des routine, une évaluation des performances du
Acinetobacter baumanii multi-résistants isolés MALDI par rapport aux méthodes classiques,
réalisée sur 1.013 isolats, démontrait un taux
dans différentes unités hospitalières et, si leurs
d’identifications équivalentes de 96,7% (Tableau
spectres présentent exactement les mêmes pics,
I). Le MALDI-TOF MS montre même des per-
de suspecter leur appartenance au même clone formances supérieures pour l’identification de
épidémique. Par ailleurs, à partir des scores de certaines espèces bactériennes d’intérêt clinique
similarité des spectres, un dendrogramme peut (Aerococcus urinae par exemple), mais surtout
être établi permettant de relier les espèces rap- pour les microorganismes isolés de l’environne-
prochées au sein d’un genre bactérien déterminé, ment.
ou de visualiser parmi une même espèce les sou- Les développements actuels se focalisent sur
ches les plus comparables. l’identification des bactéries anaérobies, des

32 Rev Med Liège 2010; 65 : Synthèse 2010 : 29-34

Spectrométrie de masse MALDI-TOF

Tableau I. Pourcentage d’identifications équivalentes entre les par isolat, avec un coût d’utilisation nettement
techniques d’identification conventionnelles et le MALDI-TOF
MS (Brucker) pour 1.013 isolats (CHU de Liège- Février 2010)
moindre que les méthodes conventionnelles, tout
en montrant des performances égales, voire supé-
rieures à celles-ci (Tableau II). La spectrométrie
Groupe bactérien Nombre de souches Identifications de masse MALDI-TOF change l’approche des
testées équivalentes (%)
laboratoires de routine pour l’identification des
Entérobactéries 541 98,7 microorganismes et se positionne comme le test
Bacilles Gram négatif de première ligne, pour tous les isolats, réservant
non fermentants 207 95,6 aux techniques phénotypiques conventionnelles
Staphylocoques 83 97,5 l’identification des espèces non caractérisées
par la spectrométrie.
Streptocoques 110 89
Grâce au système MALDI-TOF MS, le délai
Haemophilus /Moraxella 42 97,6
d’identification a ainsi été réduit d’une journée
Neisseria sp. 4 100 (18-24h après l’ensemencement du prélèvement,
Campylobacter sp. 5 100 au lieu de 36-48h précédemment). La connais-

Bactéries anaérobies 21 95,2 sance de l’espèce bactérienne, même si son anti-
biogramme n’est pas encore disponible, permet
TOTAL 1.013 96,7 au clinicien de sélectionner l’antibiotique le plus
adéquat en se basant sur les données épidémio-
logiques locales et de l’hôpital. Au CHU, ces
champignons et des mycobactéries, et priori- données sont publiées et régulièrement mises à
tairement sur l’identification directe des bacté- jour sur l’Intranet du CHU par l’équipe d’Hy-
ries présentes dans les hémocultures positives. giène hospitalière; elles reprennent les profils
Une technique d’extraction sensible, efficace et de sensibilité aux antibiotiques de la plupart
facile à mettre en place en routine est en cours des bactéries isolées ces dernières années. Leur
de mise au point. Comme le rapportent d’autres examen permet la mise en route d’un traitement
utilisateurs (6, 13, 14), la technique permet plus antibiotique présomptif ajusté. Cet avantage sera
facilement l’identification des bactéries à Gram encore renforcé lorsque l’identification directe à
négatif par rapport aux Gram positifs. partir des flacons d’hémocultures sera instaurée
en routine.
Le coût de l’appareil constitue un investisse-
Discussion
ment, comparable à celui d’autres équipements
La technique MALDI-TOF MS est capable d’un laboratoire de bactériologie, et celui-ci
d’identifier jusqu’à l’espèce plus de 80% des est rapidement rentabilisé par le faible coût des
isolats (bactéries, champignons) d’un laboratoire consommables (matrice, tips, solvant et eau pour
de bactériologie clinique en moins de 5 minutes spectrométrie de masse : 0,1 €/échantillon),

Tableau II. Tableau comparatif spectrométrie de masse MALDI-TOF vs autres méthodes d’identification.
* éch = échantillon; ** à condition de savoir ce que l’on cherche et de disposer des amorces adéquates
(disponibilité d’un nombre très limité d’applications cliniques)

MALDI-TOF MS Identifications phénotypiques Biologie moléculaire

par caractères biochimiques

Dépôt direct Extraction
Durée de préparation 5 minutes 20 minutes 1 à 20 minutes 60 minutes

Durée d’identification 2 minutes 2 minutes 5 à 48 heures 45 minutes à 48 heures
Coût (consommables) 0,1 € /éch.* 0,5 €/éch. 5 €/ éch. 30-50 €/éch.
Identifications possibles
Bactéries aérobies/ anaérobies
Levures Espèces les plus Toutes théoriquement**
Mycobactéries fréquentes
Champignons d’intérêt clinique
filamenteux
Compétence requise Basique Modérée Elevée

Rev Med Liège 2010; 65 : Synthèse 2010 : 29-34 33

 J. Descy et coll.

notamment par rapport à un système de type Vitek Bibliographie

2® (carte Vitek® : 4-5 €/échantillon). De plus, le 1. Valentine N, Wunschel S, Wunschel D, et al.— Effect of
MALDI-TOF nécessite très peu de maintenance culture conditions on microorganism identification by
et peu d’écolage pour son utilisation. L’appareil matrix-assisted laser desorption ionization mass spectro-
metry. Appl Environ Microbiol, 2005, 71, 58-64.
peut s’intégrer dans un système automatisé global
2. Seng P, Drancourt M, Gouriet F, et al.— Ongoing revol-
de bactériologie (connexion avec le système infor- ution in bacterioloy: routine identification of bacteria by
matique du laboratoire et possibilité de connexion matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight
mass spectrometry. Clin Infect Dis, 2009, 49, 543-551.
avec les systèmes d’antibiogrammes automatisés)
mais une réorganisation des flux de travail dans le 3. van Veen SQ, Claas EC, Kuijper EJ.— High-throughput
identification of bacteria and yeast by matrix-assisted
laboratoire est nécessaire. laser desorption ionization-time of flight mass spectro-
metry in conventional medical microbiology laboratories.
Il est important de rappeler que tous les isolats ne J Clin Microbiol, 2010, 48, 900-907.
peuvent être différenciés par un système MALDI- 4. Blondiaux N, Gaillot O, Courcol RJ. MALDI-TOF mass
TOF MS et notamment les microorganismes dont spectrometry to identify clinical bacterial isolates : eva-
luation in a teaching hospital in Lille. Pathol Biol, 2010,
le profil protéique est semblable : S. pneumoniae 58, 55-57.
vs S. mitis/oralis, E. coli vs Shigella sp., N. menin-
5. Westh H, Lisby G, Breysse F, et al.— Multiplex real-time
gitidis vs N. flava/perflava, pour lesquels des tests PCR and blood culture for identification of bloodstream
complémentaires ou méthodes alternatives doi- pathogens in patients with suspected sepsis. Clin Micro-
biol Infect, 2009, 15, 544-551.
vent être appliqués. Une optimalisation des bases
6. La Scola B, Raoult D.— Direct identification of bacteria
de données pourrait éventuellement résoudre ces in positive blood culture bottles by matrix-assisted laser
problèmes. A l’exception des hémocultures et des desorption ionisation time-of-flight mass spectrometry.
PLoS One, 2009, 4, e8041.
échantillons urinaires, l’identification par MALDI-
TOF MS requiert une étape de croissance bacté- 7. Ferreira L, Sánchez-Juanes F, González-Avila M, et al.—
Direct identification of urinary tract pathogens from urine
rienne sur milieu solide afin d’obtenir des colonies samples by matrix-assisted laser desorption ionization-
susceptibles de générer des spectres et n’est pas time of flight mass spectrometry. J Clin Microbiol, 2010,
48, 2110-2115.
fiable si un mélange d’espèces microbiennes est
8. Barbuddhe SB, Maier T, Schwarz G, et al.— Rapid iden-
présent dans l’échantillon. tification and typing of Listeria species by matrix-assisted
A côté du processus d’identification, d’autres laser desorption ionization-time-of-flight mass spectro-
metry. Apll Environ Microbiol, 2008, 74, 5402-5407.
aspects de l’analyse des microorganismes sont en
9. Fujinami Y, Kikkawa HS, Kurosaki Y, et al.— Rapid
cours de développement tels que le typage des sou- discrimination of Legionella by matrix-assisted laser
ches, la recherche de facteurs de virulence ou de desorption ionization time-of-flight mass spectrometry.
Microbiol Res, 2010, Mar 25. [Epub ahead of print].
mécanismes de résistance aux antibiotiques; ces
développements sont étroitement liés à la construc- 10. Edwards-Jones V, Claydon MA, Evason DJ, et al.— Rapid
discrimation between methicillin-sensitive and methicil-
tion de bases de données adéquates. Cette recher- lin-resistant Staphylococcus aureus by intact cell mass
che de mécanismes de résistance aux antibiotiques spectrometry. J Med Microbiol, 2000, 49, 295-300.

est très importante car, à l’heure actuelle, l’étude de 11. Bernardo K, Pakulat N, Macht M, et al.— Identification
and discrimination of Staphylococcus aureus strains using
sensibilité aux antibiotiques requiert toujours une matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight
étape de croissance bactérienne et donc un délai de mass spectrometry. Proteomics, 2002, 2, 747-753.
réalisation (minimum 48h après la réception d’un 12. Bittar F, Ouchenane Z, Smati F, et al.— MALDI-TOF-MS
échantillon). for rapid detection of staphylococcal Panton-Valentine
leukocidin. Int J Antimicrob Agents, 2010, 36, 193-194
Enfin, le MALDI-TOF serait relativement peu
13. Szabados F, Michels M, Kaase M, et al.— The sensitivity
intéressant sans une base de données précise, adap- of direct identification from positive BacT/ALERT (bio-
tée, et pouvant être régulièrement mise à jour. L’af- Mérieux) blood culture bottles by matrix-assisted laser
desorption ionization time-of-flight mass spectrometry is
finement et l’enrichissement des bases de données low. Clin Microbiol Infect, 2010, Mar 29. [Epub ahead of
sont des éléments essentiels pour développer l’ef- print].

ficacité et la précision de la technique. 14. Drancourt M.— Detection of microorganisms in blood

specimens using MALDI-TOF mass spectrometry : a
review. Clin Microbiol Infect, 2010, Jun 8. [Epub ahead
of print].
Conclusion
Encore méconnue il y a peu de temps, la spec-
trométrie de masse MALDI-TOF est en train de
se faire une place de choix au sein des labora- Les demandes de tirés à part sont à adresser au
toires de bactériologie clinique pour l’identifica- Pr de Mol, Service de Microbiologie médicale, CHU de
Liège, 4000 Liège, Belgique.
tion des microorganismes en routine.

34 Rev Med Liège 2010; 65 : Synthèse 2010 : 29-34

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