Salmonella
Salmonella
Salmonella
Cours de bactériologie
2ème doctorat
Option Rente
Les salmonelloses
E. Intestins
Entérites aigües et entérotoxémies
¾ colibacilloses
¾ salmonelloses - diarrhée: tous
(jeunes et adultes)
- septicémie: tous
(nouveau-nés, jeunes et adultes)
- avortement: tous
(femelles pleines)
¾ clostridioses
¾ autres bactéries
1
Les maladies du tube digestif
SALMONELLOSES
Incidence:
Î tous les âges sont réceptifs
Î pic chez les jeunes
) bovins: fréquentes, surtout en groupe
) petits ruminants: fréquentes, surtout en groupe
) porcs: très fréquentes (surtout en post-sevrage)
) chiens/chats: fréquentes (cas individuels)
) chevaux: fréquentes (cas individuel, post-hospitalisation)
) lapins: fréquentes (élevages)
) autres mammifères: variables (cas individuel)
) volaille: fréquentes (+ portage)
) autres oiseaux: variables
) reptiles: moins fréquentes (autres sérotypes)
2
Les maladies du tube digestif
SALMONELLOSES
Diagnostic
) Circonstances
Î âge, stress
) clinique
Î trilogie: diarrhée (dysenterie), septicémie, avortement
) nécropsique
Î lésions intestinales (grêle): congestion, hémorragies, nécrose
Î lésions généralisées: pétéchies, hémorragies, foyers de nécrose
) Etiologique
Î culture après enrichissement
Î sérotypage et lysotypage
) Sérologique
Î sur sérums couplés
Cours de bactériologie
2ème doctorat
Option Rente
Les salmonelloses:
- Le typage des salmonelles animales: comment ? pourquoi ?
(Dr Vét Hein Imberechts, CERVA-CODA)
3
Salmonella dans la
production primaire
Dr H. Imberechts
Contenu
• Salmonella et salmonellose
• Programmes officiels de l’AFSCA en
production primaire
• Le sérotypage
• La résistance aux antibiotiques
• Evolution de Salmonella en Belgique
4
Salmonella
• Isolement (ISO 6579:2002 Annexe D)
– Pré-enrichissement : BPW
– Enrichissement sélectif :
RVS, MKTTn (MSRV)
– Sur milieu sélectif : BGA, XLD (XLT4)
• Identification biochimique
• Typage
– Phénotypique: LPS et flagelles
– Génétique (PFGE)
Infections à Salmonella
• La volaille et le porc
– Souvent absence de signes cliniques
– Excrétion par matières fécales et oeufs
• Contamination de la chaîne alimentaire
• Chez l’homme:
typhoïde < non-typhoïde
(voir par après)
10
5
Programmes officiels de
l’AFSCA
• Chez les volailles reproductrices
• Chez toutes les volailles avant l’abattoir
(OUT; Qualification sanitaire)
• Chez les porcs à l’engrais
– Principalement sérologie
• Chez les poules pondeuses:
prévue en 2007
11
Programmes officiels de
l’AFSCA
• Volailles reproductrices
– Echantillons officiels: 22 sem, +6 sem
– Laboratoire ARSIA
• Poules pondeuses & poulets de chair
– Echantillonage par le détenteur: OUT
– Laboratoires ARSIA et privés (agréés)
• Poules pondeuses en 2007
– Echantillons obligatoires: 16, 22, 46 sem
– Laboratoire ARSIA
12
6
AFSCA: Mesures
• Volailles reproductrices
– Destruction des oeufs, ou pasteurisation
– Abattage (logistique)
– Nettoyage et désinfection
• Poules pondeuses & poulets de chair
– Pasteurisation des oeufs
– Abattage logistique
– Nettoyage et désinfection
13
7
La sérotypie
• Technique: agglutination
• Sérotype = formule
– Antigène O: LPS, sucres
– Antigène H: flagelles, protéines
• Deux phases: H1 et H2
• Exemples: O H1 H2
– Enteritidis 9 g,m -
– Typhimurium 4[5] i 1,2
– Virchow 6,7 r 1,2
15
Exemples
– S Typimurium
• Paratyphi B 1,4,[5],12 b 1,2
• Typhimurium 1,4,[5],12 i 1,2
• Lagos 1,4,[5],12 i 1,5
• Agama 4,12 i 1,6
• Gloucester 1,4,12,27 i l, w
– S Enteritidis
• Enteritidis 1,9,12 g,m –
• Blegdam 9,12 g,m,q –
• II salamae 1,9,12 g,m,[s],t [1,5,7],[z42]
• II salamae 1,9,12 g,m,s,t e,n,x
16
8
La sérotypie, difficultés
• Long trajet
• Récolte, transport, enregistrement, tests
biochimiques, sérotypie, réponse
• Accord entre partenaires est nécessaire
• Difficultés techniques
– H1 et H2 (Sven Gard, deuxième phase)
– Faible expression / antisérum incertain
– Tests biochimiques nécessaires
• S. Enteritidis et vaccin vivant
• S. Gallinarum subsp Gallinarum / Pullorum
• S. Paratyphus B var Java (tartrate pos) 17
9
Résistance aux antibiotiques
All Salmonella Cattle
100
Toutes les 100
Salmonelles
90 salmonelles 90 bovines
80 80
70 70
60 60
50 50
40 40
30 30
20 20
10 10
- -
Ap Cef St Ne Gm Tc Su Tsu Nal Enr Cm Ff Ap Cef St Ne Gm Tc Su Tsu Nal Enr Cm Ff
Poultry
Pigs
70
70
60 60
50 50
40 40
30 30
20 20
10 10
-
Ap Cef St Ne Gm Tc Su Tsu Nal Enr Cm Ff
-
Ap Cef St Ne Gm Tc Su Tsu Nal Enr
19 Cm Ff
Evolution Volaille
Poultry
80 1600
70 1400
60 1200
50 1000
Number of isolates
Percentage
Total isolates
Enteritidis
40 800
Typhimurium
Virchow
30 600
20 400
10 200
- 0
1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005
20
10
Evolution porcs
Pigs
80 800
70 700
60 600
50 500
Number of iolates
Percentage
Total isolates
40 400 Derby
Typhimurium
30 300
20 200
10 100
- -
1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005
21
Evolution bovins
Cattle
80 160
70 140
60 120
50 100
Number of isolates
Percentage
Total isolates
40 80 Dublin
Typhimurium
30 60
20 40
10 20
- 0
1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005
22
11
Importance des Salmonella
dans la filière « viande »
en Belgique
Georges Daube
Université de Liège
Faculté de Médecine Vétérinaire
Microbiologie des Denrées Alimentaires
Sart-Tilman, bât. B43bis
4000 Liège
tél. 04-366.40.15 fax 04-366.40.16
23
Plan
12
Cycle de transmission
– Multiplicité des réservoirs et des sources de
contamination
25
Cycle de transmission
– Importance des denrées alimentaires d’origine
animale
ABATTOIR
S
PRODUITS
CONSOMM
ES PAR
L’HOMME
BETAIL HOMME
26
13
Sources de contamination dans la filière
« viande »
– Infection, colonisation, maladie, portage,
excrétion
– Contamination « directe » ou « indirecte » par
les matières fécales des animaux
• Bactériémie
• Étourdissement
• Saignée
• Échaudage
• Épilation, plumaison, habillage
• Éviscération
• Contaminations croisées
27
Sources de contamination
dans la filière « viande de porc» (1)
Elevage Découpe de
la carcasse
Transport des animaux
Préparation
Abattage pour la vente
au détail
14
Sources de contamination
dans la filière « viande de porc» (2)
– Animaux sales
– Stress du transport
– Saignée inadéquate
– Échaudage insuffisant
– Épilation à basse température
– Flambage insuffisant ou recontamination par
flagelleuse
– Découpe de l’anus
– Retrait des abats blancs
– Contaminations croisées
• Porcs, carcasses et viandes
– Températures de conservation trop élevées
29
30
15
Contrôle de la contamination dans la filière
« viande »
– Analyses SP-VG-M002
EPT dilution 1 : 10
Microbiologiques
18-20h-37 °C
(Méthode belge
SP-VG-M002 0,1 ml sur Diasalm
remplacée 24h-42 °C
ISO6579 24h-37 °C
24h-37 °C
Confirmation
biochimique (API20E)
et sérologique
31
16
Les obligations légales pour les denrées
alimentaires (Règlement CE N°2073/2005)
– Critères de sécurité des denrées alimentaires
– Notification, retrait du marché et rappel, destruction ou
retraitement des produits
– Prises de mesures correctives prévues dans les plans HACCP
– Recherche des causes et éventuellement modification des plans
HACCP
– Denrées concernées (n=5, c=0)
– Viandes hachées, préparations de viandes, produits à base de
viande, viande séparée mécaniquement (« absence dans 25 g »
sauf si à consommer cuit « absence dans 10 g »)
– Gélatine et collagène, fromage, crème, beurre, poudre de lait et
de lactosérum, crèmes glacées, ovoproduits (« absence dans 25
g »)
– Crustacés ou mollusques cuits, mollusques bivalves vivants et
échinodermes, tuniciers et gastéropodes vivants (« absence
dans 25 g »)
– Graines germées, fruits et légumes prédécoupés, jus de légumes
et de fruits non pasteurisés (« absence dans 25 g ») 33
Situation en Belgique
– Filière « viande de boeuf »
10%
2000
9% 2001
8% 2002
% échantillons +
7% 2003
6% 2004
5% 2005
4%
3%
2%
1%
0%
Carcasses boeuf Découpe de boeuf Haché de boeuf
(1600 cm2) (25g) (25g) 34
17
Situation en Belgique
– Filière « viande de volailles » (1)
100
)g (1998 25
90 )g (1998 1
80 )0,1g (1999-2001
% échantillons +
70
60
50
40
30
20
10
0
Carcasses Foies Filets Carcasses Carcasses
poulet poulet poulet poule dinde 35
Situation en Belgique
– Filière « viande de volailles » (2)
30%
2000
2001
25%
2002
2003
2004
20%
% échantillons +
2005
15%
10%
5%
0%
Carcasses Découpe de Préparations Préparations Carcasses de Carcasses de
poulet (1g) poulet (25g) de volaille de volaille (1g) poule (0,1g) poule (1g)
(25g)
36
18
Situation en Belgique
– Filière « viande de volailles » (3)
Prˇvalence des principaux serovarsSalmonella
de sur les carcasses d
poulet (1g)
40%
Bredeney
Hadar
35%
Paratyph
B
30% Virchow
25%
20%
15%
10%
5%
0%
2000(n=19) 2002 (n=32) 2002(n=18) 2003(n=24)
37
Situation en Belgique
– Filière « viande de volailles » (4)
Prˇvalence des principaux sˇrovars Salmonella
de sur les filets de poulet (25
40%
35%
Virchow
ParatyphiB
30% Bredeney
Hadar
25%
20%
15%
10%
5%
0%
2000 (n=35) 2001(n=27) 2002(n=29) 2003(n=19)
38
19
Situation en Belgique
– Filière « viande de porc » (1)
50 47,3
45
40
% d'échantillons positifs
35
30
25
20
15
11,2
10 8,1
5,6
5 2,9
1,6 1,9 1,9
0
0
gestation maternité et post sevrage engrais 2m et CGI (186) carcasses découpe (53) hachage (35) distribution
(135) cochettes (125) 4 m (320) (152) (105)
(378) Korsak, 2005
étape (nb)
39
Situation en Belgique
– Filière « viande de porc » (2)
70%
70%
60%
50%
40%
40%
30%
30%
20%
10%
10% 5%
0%
Korsak, 2005
Carc. Iléon Amygd. Ggl mésent. Porcs avec un +
40
20
Situation en Belgique
– Filière « viande de porc » (3)
100
90
)g ou 600 cm2 (1998 25
80
% échantillons +
70 )g ou 24 cm2 (1998 1
60
50
40
30
20
10
0
Carcasses Foies Découpe Viande
41
hachée
Situation en Belgique
– Filière « viande de porc » (4)
40%
2000
2001
35%
2002
2003
30% 2004
2005
% échantillons +
25%
20%
15%
10%
5%
0%
Carcasses porcs (600 cm2) Découpe de porc (25g) Haché de porc (25g)
42
21
Situation en Belgique
– Etude des sérotypes
120
S. Enteritidis
100
% de chaque sérotype
S. Typhimurium
S. Infantis
80 S. Virchow
S. Derby
60 S. Brandenburg
S. Hadar
40
Autres
20
0
Homme Bovins Porcs viande Volailles Viande Viande
(2004) (2005) (2005) de porc (2005) de de poule
(2003) poulet (2003)
(2003)
43
Conclusions
– Les sources de contamination par Salmonella
dans les viandes sont multiples et résultent de
la conjonction de 3 facteurs:
• Infection des animaux
• Contaminations lors de l’abattage
• Contaminations croisées aux différents stades
– Les taux de contamination varient selon les
filières
• Faible taux dans les viandes de boeuf
• Forte amélioration dans les viandes de porc
• Taux élevés et stables dans la filière des viandes
de volailles
• Diminution des Salmonella Enteritidis à vérifier en
44
2005-2006
22
Salmonella enterica
chez l’homme
C. Duchesnes
45
Salmonelloses
Points communs
Tropisme entérique: symptomatologie digestive
Transmission par voie féco-orale
Contagiosité : germe dans les selles
Saison chaude
Déclaration obligatoire
46
23
Salmonelles « majeures » Salmonelles « mineures »
S. Enteritidis
S. Typhi
S. Choleraesuis
S. Paratyphi
Points distincts S. Typhimurium
…
Réservoir
Homme Homme et animal
Incubation
~ 2 semaines ~ 1 jour
Incidence en Belgique
~ 10 cas / an dont ~ 10 000 cas / an
la moitié sont importés
Tableau clinique et évolution sans traitement
Invasive En général, peu inquiétant
20 % mortalité <1% mortalité 47
48
24
Fièvres typhoïde et paratyphoïde
Physiopathologie Tableau clinique -
Bactéries invasives Complications
Î lésions intestinales Diarrhée ou constipation
Hémorragies digestives
Péritonite
Cholécystite
Î bactériémie Fièvre
Î libération de l’endotoxine Troubles neuro-végétatifs
Atteinte du myocarde
Atteinte de l’os
49
Prévention
Distribution d’eau de qualité
Traitement des eaux usées
Contrôle des zones de récolte de coquillages
Pasteurisation des aliments
50
25
Salmonelloses « mineures »
Réservoir: Tube digestif de l’homme et de l’animal
Incubation: 1 jour
Evolution
Spontanément favorable en 3 à 5 joursÎ pas d’antibiotiques
51
Salmonelloses « mineures »
Personnes à risque
Enfants < 3 mois et personnes âgées
Femmes enceintes
Personnes immuno-déprimées
Traitement
Antibiothérapie
52
26
Salmonelloses « mineures »
9Cas isolé
9TIAC Toxi-infections alimentaires collectives (≥ 2 cas groupés)
9Epidémie: plusieurs foyers
Prévention
Contrôle sanitaire des animaux
Ecartement des lieux communautaires (crèche)
Ecartement des travailleurs du domaine agro-alimentaire
Sensibilisation aux mesures d’hygiène entérique
(port de gants, de tablier) 53
Escherichia coli
entéro-hémorragique
chez l’homme
C. Duchesnes
54
27
Escherichia coli
Pathotype: EHEC
Sérotypes
O157:H7; le plus fréquent
O26, O103, O111, 0145, …
Réservoir
Tube digestif de l’homme et de l’animal (ruminants)
Contamination
Ingestion: aliments contaminés par MF, crus ou peu
cuits (hamburger, produits à base de lait cru,
légumes, …) 55
EHEC
Tableau clinique
Diarrhée aqueuse à tendance hémorragique
Fièvre peu importante
Douleurs abdominales
Traitement
Réhydratation
Antibiotiques à éviter
Complications
Syndrome Hémolyse-Urémie (SHU)
Purpura thrombotique thrombocytopénique (PTT) 56
28
SHU PTT
Enfant <15 ans Adulte
* anémie hémolytique
Î Hb basse, réticulocytes et schizocytes
*
Î Pâleur, (sub)ictère
Î MICROTHROMBI
Pétéchies Î Thrombopénie par consommation Purpura
Î INSUFFISANCE RENALE AIGUË
58
29
Contenu
• Definitions et situation belge
• Une TIAC simple
• Une épidémie en Belgique
• Une épidémie internationale
59
Définition TIAC
• Toxi-infection alimentaire collective(TIAC)
:apparition d’au moins deux cas
groupés similaires d’une symptomatologie
, en général, gastro-intestinale, dont on
peut rapporter la cause à une même
origine alimentaire.
60
30
6 – 24 – 48 u
Repas Symptômes Hôpital
AFSCA
(Fédéral)
Formulaire d’enquête
Inspection de santé Souche
Procedure (SOP) (Communautés)
Données
Denrées suspectes
ISP
Centre de référence Epidémiologie
61
Salmonella
62
31
L’enquête lors d’une Toxi-infection
alimentaire
But:
Détecter l’agent étiologique(ex. Salmonella),
63
Contenu
• Definitions et situation belge
• Une TIAC simple
• Une épidémie en Belgique
• Une épidémie internationale
64
32
Etude de cas : Une toxi-infection
collective générale par Salmonella
Enteritidis dans un hôtel à Bruxelles
65
Case-study :
• Enquête épidémiologique :
Retrospective cohort study
Enquête écrite (anonyme)
• Analyses de laboratoire
Analyse des restes de repas
Coproculture du personnel
Souches isolées: typage moléculaire
66
33
Description du cas
• Jeudi 13 et vendredi 14/4/01: Session de formation
d’une grande entreprise pour son personnel (180p)
dans un hôtel à Bruxelles
• Lundi 17/4:
– 50 personnes absentes au travail, 2 hospitalisés
– L’hôtel fait analyser 18 échantillons
– L’inspection de Santé de Bruxelles est avertie: Début
d’une enquête scientifique avec l’ISP
• Mardi 18/4: L’AFSCA est avertie.
67
68
34
Menu
• Sandwiches au saumon mariné, mousse
de foie gras, crevettes grises, jambon de
Parme, salade de thon, salade de saumon,
brie, fromage, filet Américain, rôti de veau
• Quiche au saumon fumé
• Salades et sauces
• Pâtisserie
• Bière, vin, eau, jus de fruits, café, thé
69
Qui, où et quand?
• Le personel de cuisine de l’hôtel, le
jour même
• 25L mayonnaise préparé avec 75
oeufs et divisé en 4 pour les sauces
• Crème épaisse, saumon mariné
(congelé), mousse de foie gras et rôti
de veau(cuisson sous vide) ont été
achetés
70
35
Enquête épidémiologique
Rèsultats:
• 78% ont rempli le questionnaire
• AR: 66.1%
• Consultation médecin: 50%
• Coproculture : 7+ /9 invités
• Coproculture personnel: négatif
• Denrées ad risk (95% intervalle de confiance)
Américain: RR 9.1(3.1-26)
Salade de saumon: RR 29.1 (3.6-238)
Brie: RR 2.3(0.9-6.2)
71
• Mayonnaise:Salmonella Enteritidis
• Saumon fumé: Salmonella Enteritidis
• Brie:Salmonella Enteritidis
• Salade de thon: Salmonella Enteritidis
72
36
Dice (Opt:0.98%) (Tol 0.4%-0.4%) (H>0.0% S>0.0%) [0.0%-100.0%]
PFGE-SpeI PFGE-SpeI
100
40
50
60
70
80
90
73
Contenu
• Definitions et situation belge
• Une TIAC simple
• Une épidémie en Belgique
• Une épidémie internationale
74
37
Etude de cas : Une épidémie à
Salmonella Ohio en Belgique
75
40
35
30
Nb de cas
25
20
15
10
5
0
Jan Fév Mar Avr Mai Jui Jul Aou Sep Oct Nov Dec
2004 2005
76
38
Répartition géographique
Brussels
77
Observations
• Augmentation de S.Ohio isolées chez
des patients
• S.Ohio isolée durant monitoring
zoonose de l’AFSCA?
• Oui, alors comparaison des profils
moléculaires
• Si profils identiques: retracer l’origine
78
39
Observations
• Profil identique: souches humaines
et une souche isolée d’un haché,
prélevé dans une boucherie dans la
province du Luxembourg
• Le grossiste est retracé,puis l’atelier
de découpe et de là l’abattoir.
79
Contrôle de l’abattoir
• 100% des carcasses: présence de S. Ohio
• 100% des écouvillons de l’environnement
:présence de S. Ohio
• 100% des mains du personnel:présence
de S. Ohio
80
40
mesures
• Fermeture de l’abattoir pour
nettoyage et désinfection
• Plusieurs contrôles nécessaires
• Salmonella Ohio persistait dans
l’huile de la machine à découper
81
Contenu
• Definitions et situation belge
• Une TIAC simple
• Une épidémie en Belgique
• Une épidémie internationale
82
41
Etude de cas :
Une épidémie internationale de
Salmonella Cerro
S. Cerro : human cases in Belgium (2002)
14
12
10
Number
8
Cerro cases
6
4
2
0
Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct
Month
83
Age distrubution
0
0-5 5-19 20-39 40-59 60-74 75-79 >80 Unknown
84
42
Distribution des cas humains
en Belgique
85
Pays européens
Centres nationaux
de référence Agences alimentaires
pour Salmonella
86
43
Isolats alimentaires de S.Cerro
AFSSA
• 3 isolats de pâtisserie à la crème pâtissière(mars et juin 2002)
• Pas d’isolats de pâtisserie avant mars 2002
87
Enquête épidemiologique
Salmonella Cerro en Belgique et en
France
• Contacter les malades : questions sur la
consommation alimentaire
• Identification de l’origine dans la pâtisserie :
poudre à crème identique
88
44
Cas humains d’infections à Salmonella Cerro
France
• 10 cas :
– 3 (30%) hospitalisés
– 4 (40%) déjà malades d’avant
– 9 ont consommé patisserie à la crème
pâtissière dans les 3 jours précédant la
maladie
Belgique
• 20 cas :
– 5 (25%) hospitalisés
– Poudre à crème positive dans 2/4 hôpitaux
89
90
45
Mesures de contrôle
91
92
46
Conclusions
• Une toxi-infection alimentaire collective à
Salmonella peut être très complexe
• Une anamnèse détaillée est nécessaire
(Informations détaillées nécessaires sur
l’alimentation au moins des 48h avant les
symptômes)
• Une bonne collaboration entre l’AFSCA,
l’inspection de santé et les laboratoires de
référence est très importante
• Des techniques spécialisées et une recherche
approfondie sont nécessaires pour retrouver
l’aliment responsable.
• Si possible comparer les profils moléculaires des
souches humaines et alimentaires
93
47