MEMOIRE Finale - Copie

REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE
Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique
Université Mouloud Mammeri FACULTE DE MEDECINE
ⵜⴰⵙⴻⴷⴷⴰⵡⵉⵜⵎⵓⵍⵓⴷⴰⵜⵎⵄⴻⵎⵎⴻⵕ
Département de Pharmacie
MEMOIRE DE FIN D’ETUDE

Présenté et soutenu publiquement le : 13 Octobre 2020
en vue d’obtention du diplôme de doctorat
En Pharmacie
Thème
Antibiorésistance des souches d’Escherichia coli chez les patients hospitalisés

au niveau du service de réanimation polyvalente du CHU Nedir Mohamed
Tizi-Ouzou –Unité Balloua-
Présenté par :
Melle BEDRANE Rofeida Melle LABACI Asma

Mme DELLECI Hanane Mr KEHLOUL Khalil
Promoteur : Pr BENHOCINE Y
Membres de Jury
 Présidente de jury : Dr. KESSAL F MAHU Faculté de médecine UMMTO

 Examinatrice : Dr. CHERIFI L AHU Faculté de médecine UMMTO
Année universitaire :2019 /2020

Je dédie cette mémoire
A mes chers parents LABACI Amar et KERDOUCHI Djamila
Rien n’égale votre patience, vos encouragement et votre
prières pour moi tout au long de mon parcours , m’ont
toujours donné de la force pour persévérer et pour prospérer
dans la vie et si je suis arrivée là, c’est bien grâce à vous.
Que dieu vous donne longue vie et vous protège pour moi.
A mes très chers adorables frères : Zakaria et sa femme
Hayet, Hamza, Choaib et Ayoub
Avec mon grand amour et toute ma tendresse, je vous
souhaite un avenir pleine de joie, de réussite et surtout de
santé.
A mes grands-parents maternels que Dieu les protèges pour
moi
A mes grands-parents paternels que Dieu pitié d’eux
A mes cousin(e)s , mes tantes, mes oncles et à toutes ma
grandes famille
A mes meilleures ami(e)s et toutes les personnes qui m’ont aidée
de . près ou de loin à la réalisation de ce travail et qui ont partagé
avec moi tous les moments d’émotion
L .Asma
Je dédie cette mémoire
A ma mère Naima, ma douce et tendre maman. Quoique je
fasse, je ne pourrais te rendre ce que tu as fait pour moi. Si je
suis arrivée là, c’est bien grâce à toi. Que dieu te donne longue
vie et te protège pour moi.
A mon cher père Boualem, qui a été et sera toujours un
exemple pour moi . par ses qualités humaines, son honnêteté et sa
responsabilité. Mon héros ; . même si je ne le dis pas toujours,
saches que mon cœur est rempli . . d’amour pour toi.
A mon très cher frère : Ghanou
Je te souhaite une longue vie pleine de succès, de santé et de joie.
A mon très cher fiancé Farid,
Ton confiance et ton encouragement m'ont toujours donné de la
force pour persévérer et continuer toujours vers l’avant.
A mes très chères sœurs : Radia, Khadidja et sa petite
adorable famille, Nonor, le prince Akram et la petite Ranim.
A mes meilleures ami(e)s Loubna,Houda,Sabrina et toutes
les personnes qui m’ont aidée de . près ou de loin à la
réalisation de ce travail .
D.HANANE
Avec un énorme plaisir et un cœur ouvert je dédie
ce travail Spécialement à
A mes très chers parents, en hommage à tous les sacrifices

que vous avez consenti pour moi durant mes longues années
d'études. Je vous remercie d'avoir fait de moi ce que je suis
maintenant .
A ma chère Youcha, pour tout ton amour,ton encouragement,
ton soutien et ta stimulante fierté
A la mémoire de mon grand père Elhadj Mohammed , que
dieu l’accueille dans son vaste paradis.
A mes très chers frères et adorables sœurs, je vous souhaite
un avenir pleine de joie, de réussite et surtout de santé.
A mes amis ainsi qu’a toute personne ayant m’encouragé ou aidé

au long de mes études.
K. Khalil
Je dédie ce modeste travail
A mon père, l’épaule solide et l’œil attentif
A ma mère, source de vie , d’amour et d’affection
A mes chères sœurs ,source de joie et de bonheur
A la mémoire de mes grandes mères
A toute ma famille, source d’espoir et de motivation
A mes amis
Merci
B. Rofeida
Remerciements
El hamdoulillah
Nous remercierons Dieu, le tout puissant de nous avoir donné le courage, la
volonté et la patience de mener à terme ce travail.
Nous tenons à exprimer nos vifs remerciements à notre Promoteur Pr
Y,Benhocine médecin chef de service de Réanimation polyvalente au CHU
Tizi-Ouzou -unité- Balloua, pour avoir accepté de diriger ce travail. Son
soutien, ses conseils, son encouragement, sa patience et ses compétences
malgré toutes ses occupations Merci énormément .
Nous remercierons Pr Taleb médecin chef de service de réanimation
médicale CHU Tizi-Ouzou, pour son humilité et son accueil.
Nous remercierons Dr Didi résident en microbiologie laboratoire de
microbiologie CHU Tizi -Ouzou pour ses conseils, son accompagnements
et nous vous souhaitons une vie pleine de succès et de réussite.
Nous remercierons tous le personnels de service de réanimation
polyvalente chacun a son propre non sans exception , et toute l’équipe
de laboratoire d’analyse microbiologique, Médecin chef ;maitre
assistants ; assistants ; biologistes et techniciens sans oublier nos
collègues les internes .
Un grand merci aux membres de Jury d’avoir accepté d’ examiner
notre travail :
- Docteur Kessal .F comme présidente de jury
-Docteur Cherifi .L examinatrice
Merci
Table de matières
Dédicaces
Remerciements...................................................................................................... i
Abréviation.......................................................................................................... iii
Liste des tableaux .............................................................................................. vii
Liste des figures .................................................................................................. ix
Introduction ......................................................................................................... 1
Les objectifs de l’étude ........................................................................................ 2
Partie théorique
Chapitre I : Généralités sur Escherichia coli.................................................... 3
1.Historique découvert et taxonomie ................................................................................ 3
2.Habitat ........................................................................................................................... 3
3.Caractères bactériologiques. .......................................................................................... 4
3.1.Caractères morphologiques ........................................................................................... 4
3.2.Caractères culturaux...................................................................................................... 4
3.3.Caractères biochimiques ............................................................................................... 6
3.4.Caractères biologiques .................................................................................................. 6
4.Facteurs et mécanismes de virulence............................................................................ 6
5.Support génétique de la virulence. ............................................................................... 7
chapitre II :Epidémiologie ................................................................................ 10
1-Europe. ........................................................................................................................ 10
2-France .......................................................................................................................... 11
3-Maroc .......................................................................................................................... 12
4-Tunisie ......................................................................................................................... 13
5.L’algerie : .................................................................................................................... 14
Chapitre III :Résistance d’E.coli aux antibiotiques....................................... 20
1.Généralités sur les antibiotiques .................................................................................. 20
1.1. Définition ................................................................................................................... 20
1.2.Classification des antibiotiques................................................................................... 21
2. La résistance bactérienne aux antibiotiques ............................................................... 21
2.1 Définition .................................................................................................................... 21
2.2.Phénotypes de résistance : .......................................................................................... 22
2.3.Mécanismes de résistance aux antibiotiques............................................................... 22
i
Table de matières
3. Mécanisme de résistance d’E.coli aux déférentes familles d’antibiotiques ............... 29

3.1.Les Bétalactamines ..................................................................................................... 29
3.2.Les Quinolones ........................................................................................................... 32
3.3.Les aminosides : .......................................................................................................... 33
3.4. La fosfomycine .......................................................................................................... 35
3.5.Rifamycine : ................................................................................................................ 36
3.6.Les sulfamides et trimethoprime :............................................................................... 37
3.7. les tétracyclines .......................................................................................................... 39
4.Récapitulatif des mécanismes biochimiques de résistance aux principaux antibiotiques
: ........................................................................................................................................ 40
Chapitre IV: Formes cliniques, traitement et prévention ............................. 42
1.Formes cliniques .......................................................................................................... 42
2.Traitements .................................................................................................................. 43
3. Prévention ................................................................................................................... 44
Partie pratique
I-Matériels et méthodes .................................................................................... 46
I-1-Type et période d’étude ............................................................................................ 46
I-2-Lieu d’étude .............................................................................................................. 46
I-3-Population ciblée ...................................................................................................... 46
I-4-Caractéristique d’étude ............................................................................................. 46
I-6- Recueil des informations et remplissage de fiche de renseignement ...................... 47
I-7-Analyse des prélèvements ........................................................................................ 47
I-8 Identification d’E. coli .............................................................................................. 50
II- Résultats ........................................................................................................ 60
II-1 L’épidémiologie des infections à Escherichia coli.................................................. 60
II-2 Les facteurs de risque d’acquisition des infections à E. coli chez les patients
hospitalisés................................................................................................................ 63
III- Discussion .................................................................................................... 71
Conclusion .......................................................................................................... 76
Recommandations ............................................................................................. 78
Les annexes ........................................................................................................ 88
Résumé ............................................................................................................... 96
ii
Abréviations
Abréviation
° : Degré
µg :Microgramme
AAC : aminoside acétyl-transférase
ABC : ATP Binding Cassette
ADH : Arginine dihydrolase
ADN :Acide désoxyribonucléique
AM :ampicilline
AMC : amoxicilline-acide clavulanique
AMPc :adénosine monophosphate cyclique
AMX :amoxicilline
AN : Amikacine
ANT: aminoside nucléotidyl-transférase
APH: aminoside phospho transférase
ARN :Acide ribonucléique
ATB : antibiotique
ATM :Aztéonam
ATS: American Thoracic Society
B .fragilis :Bacteroide fragilis
BGT : Bouillon glucosé tamponné
BLSE :betalactamases à spectre élargi
C : Chloramphenicole
C+G : cytosine+guanine
C2G :Céphalosporine de deuxieme géneration
C3G : Céphalosporine de troisième génération
CASE : Cephalosporinase
CASFM : comité de l’antibiogramme de la société française de micrbiologie
CAZ : ceftazidime
CC : Citrate de Christensen
CHU : Centre hospitalo-universitaire
CIP : ciprofloxacine
CLIN : Le comité de lutte contre les infections nosocomiales
CMI : concentration minimale inhibitrice
iii
Abréviations
CRO : ceftriaxone
CRP : protéine C réactive
CS : Citrate de Simmons
CTX :céfotaxime
CTX-M :Cefotaximase Munich
CXM :céfixime
CZ : Cefazoline
DHFR :Dihydrofolate réductase
DHPS :Dihydroptéroate synthétase
E. coli : Escherichia coli
ECBU : Etude cytobactériologique des urines
EMB : bleu de méthylène éosine
ERT :ertapénème
FOS :fosfomycine
FOX : Cefoxitine
FU : nitrofuranes
G-6-P : glucose 6 phosphate
GB : globule blanc
Gel : Gélatinase
GEN : Gentamycine
GLU : Glucose
Gram- : gram négatif
GSC :Gélose sang cuit
H2S : Hydrogène sulfuré
I : intermédiaire
IDSA : Infectious Diseases Society of America
IM : Internal Membrane
IND : Indole
IPM :imipénème
LAC : Lactose
LDC : Lysine décarboxylase
MAL : Malonate
MATE : Multi AnTimicrobial Extrusion
MEC : mécillinam
iv
Abréviations
MFS ; Major Facilitator Superfamily

MLSB-c : résistance aux Macrolides, Lincosamides et aux composés B des synergistines
consécutives.
MLSB-i : résistance aux Macrolides, Lincosamides et aux composés B des synergistines
inductives.
NA : acide nalidixique
NIT : Nitrate réductase
NOR : norfloxacine
ODC : Ornithine décarboxylase
OFL : ofloxacine
OM : Outer Membrane
ONERBA : Observatoire national de l’épidémiologie de la résistance bactérienne aux
antibiotiques
ONPG : Ortho-Nitrophényl-β-Galactosidase
PABA : l'acide para-aminobenzoïque
PBP : Penicillinbendingprotein
PDA : Phényle alanine désaminase
PLP : protéines de liaison à la pénicilline.
Qnr :Quinolone resistance
QRDR :Quinolone Resistance Determining Region.
R : résistante
RM : Rouge de Méthyle
RND ;Resistance Nodulation and cell Division
S : sensible
S.aureus : Staphylococcus aureus
SARM , MRSA : Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline
SHV :Sulfhydryl reagent variable
SMR : Small Multidrug Resistance
SXT : cotrimoxazole
TDA : Tryptophane désaminase
TEM : Temoniera : nom du malade chez qui la première souche a été isolée
TRI : Temoniera resistant inhibiteur
UFC : unités formant des colonies
URE : Uréase
v
Abréviations
VP : Réaction de Voges Proskauer

β-Gal : Bêta-galacto-D pyranosid
vi
Liste des tableaux
Liste des tableaux

Tableau 1: Classification phylogénique d'E.coli……………………………………………......3
Tableau 2 : Caractères biochimiques d’ E.coli………………………………………....…..6
Tableau 3 : Distribution des souches d’E. coli selon le type de prélèvement …………. ..12
Tableau 4 : Fréquences de résistance aux antibiotiques d’ E. coli……………………..…..….13
Tableau 5: Fréquences d’isolement d’E. coli……………………………………………………14
Tableau 6: Répartition des souches d’E. coli selon les services………………………........15
Tableau 7 : Répartition des souches d’E. coli selon le type de prélèvement ………………16
Tableau 8 : Taux de résistance aux antibiotiques des souches d’E. coli…..…………………..17
Tableau 9 : Classification des antibiotiques selon leur site d’action………………….……20
Tableau 10 : Récapitulatif des mécanismes biochimiques de résistance aux principaux

antibiotiques………………………….……………………………………..………………...39
Tableau 11 : Traitements des infections causées par E.coli…………………………………......43
Tableau 12 : Test de mannitol mobilisé……………………………………………………..53
Tableau 13 : Test citrate de Simmons……………………………………………………….53
Tableau 14 : Test TSI (milieu triple sucre)………………………………………………………….54
Tableau 15 : Test d’urée indole……………………………………………………………..54
Tableau 16: Test ONPG………………………………………………………………………………55
Tableau 17 : Recherche de décarboxylase…………………………………………………...55
Tableau 18 :Taux des souches d’E. coli isolées au seins des germes isolés ...……….……..60
Tableau 19 :Le taux d’isolement d’ E. coli par rapport aux souche hospitalières du 2017
jusqu’au 2020………………………………………………………………………….….….61
Tableau 20 : Répartition des souches d’E. coli selon le type de prélèvement …………….62
Tableau 21 : Répartition des souches d’E. coli Selon le sexe………………………....….63
Tableau 22: Répartition des souches d’E. coli isolées selon la tranche d’âge……...…..…...64
Tableau 23: La répartition des patients selon les antécédents médicaux……………….....65
vii
Liste des tableaux
Tableau 24: Répartition des patients selon les gestes invasifs pratiqués…………..…........66
Tableau 25: L’antibiothérapie prophylactique reçue par les patients………………….......67
Tableau 26: Répartition des patients selon la durée d’hospitalisation…………….…........68
Tableau 27 : taux de résistance d’E. coli aux antibiotiques…………….…………………69
Tableau 28 :comparaison de la répartition d’E. coli selon la nature de prélèvements….....71
Tableau 29 : Taux de résistance d’E. coli aux antibiotiques dans quelque pays…..…….74
viii
Liste des figures
Liste des figures
Figure 1 : E. coli après coloration de Gram(b) et sous microscope électronique(a)………..…4
Figure 2 : Aspect d’E.coli sur gélose nutritive……..………………………………………….4
Figure 3 : Aspect d'E.coli sur milieu EMB……...……………………………………….……5
Figure 4 : Aspect d’E.coli sur milieu Hektoen………………………………………………...5
Figure 5 : Aspect d’E’coli sur gélose au sang…………………………………………………5
Figure 6:Aspext d'E. coli sur milieu Marc Conkey…………………………………………………6
Figure 7: Prévalence croissante de la multi résistance en Europe de 2002 à 2009 chez
Escherichia coli…………………….………………………………………………………...10
Figure 8 : Taux de sensibilité aux différents antibiotiques sur l’ensemble de la population………...11
Figure 9 : Fréquence d’isolement d’E. coli en fonction des hôpitaux et de la période
d’étude ……………………………………………………………………………………….14
Figure 10: Ordre chronologique de l’apparition des différentes classes d’antibiotiques en usage
clinique. Adaptée de Walsh (2003)………………………………………………………….19
Figure 11: Les différents mécanismes de la résistance d’une bactérie aux antibiotiques……23
Figure 12 : Représentation schématique du système d’efflux……………………………….27
Figure 13: Mécanisme d'hydrolyse d'une β-lactamine par une βlactamase………………………..30
Figure 14: Action des antibiotiques sur une partie du cycle des folates……………………..37
Figure 15: Exemple de lame en verre avec son quadrillage……………………….….……..48
Figure 16 : Schéma d'une portion de lamelle………………………………………......……48
Figure 17 :E .coli observée sur Hektoen…………………………………………………….49
Figure 18: Observation microscopique des cellules d’E. coli après coloration de Gram
(grossissement X 100)………………………………………………………………………...51
Figure 19 : Galerie biochimique Api 20E d’E. coli…………………………………………52
Figure 20 : Antibiogramme d’E.coli…………………………………………………………57
ix
Liste des figures
Figure 21 : Taux des souches d’E. coli isolées au seins des autres germes isolés…….……..61
Figure 22 : Le taux d’isolement d’E.coli par rapport aux souches hospitalières du 2017 jusqu’au
2020………………………………………………………………………………………...…62
Figure 23 : Répartition des souches d’E. coli selon le type de prélèvements…………..….….63
Figure 24 : Répartition des souches d’E. coli Selon le sexe……………….……………......64
Figure 25 : Répartition des souches d’E. coli isolées selon la tranche d’âge……………...…65
Figure 26 : La répartition des patients selon les antécédents médicaux………………….66
Figure 27:Répartition des patients selon les gestes invasifs pratiqués…………..………….67
Figure 28 : L’antibiothérapie prophylactique reçue par les patients……...………….………68
Figure 29 : Répartition des patients selon la durée d’hospitalisation…………………...……69
Figure 30 : Taux de résistance d’E.coli aux antibiotiques……………………..…………….70
x
Introduction
Introduction
Depuis longtemps, les infections microbiennes occupent la première place dans les
pathologies humaines, ils sont dus à l’action des agents pathogènes qui se développent au sein
d’un tissu ou d’un organe. L’examen microbiologique est la meilleure solution pour les
identifiés.
Les infections en milieu hospitalier sont fréquentes, particulièrement en réanimation en

raison de la fragilité des patients et de la multiplication des procédures invasives (sondes
urinaires, intubations trachéales et ventilation assistée, intervention chirurgicale, cathéters).
Escherichia coli est la bactérie la mieux étudiée et le microorganisme expérimentales de

choix pour beaucoup de microbiologistes. Cette bactérie majeure du colon humain et des
animaux à sang chaud est très utile pour l’analyse de la contamination fécale .Par ailleurs, c’est
la bactérie la plus fréquemment impliquée dans les infections urinaires. Elle peut aussi
provoquer des diarrhées par des mécanismes très divers, ainsi que diverses infections
communautaires ou nosocomiales.
Il est devenu nécessaire de connaitre la bactérie, de bien maîtriser ses mécanismes de
résistance, ainsi que de tester son comportement vis-à-vis des antibiotiques afin d’apporter une
solution thérapeutique et une fin à ce fléau.
Par ailleurs, l’augmentation de la résistance bactérienne aux antibiotiques est devenue un

problème majeur de santé publique. Depuis la découverte des antibiotiques, la résistance n’a
pas cessé d’augmenter .Escherichia coli est parmi les bactéries dont la multi résistance est très
inquiétante surtout en milieu hospitalier.
Devant ce constat, il est important de sensibiliser les praticiens de santé sur la gravité du
problème et leur faire comprendre les mécanismes mis en jeu dans la résistance bactérienne afin
de lutter contre ce phénomène.
1
Les objectifs de l’étude
Les objectifs de l’étude
 Objectif principal
- évaluer la répartition et le profil de résistance des souches d’E.coli isolées des différents
prélèvements
- Etudier la fréquence de survenue de cet opportuniste parmi les germes isolés au sein du même
service.
- Déterminer son profil de résistance aux antibiotiques.
 Objectifs secondaire
Identifier les facteurs de risque d’acquisition.
2
Partie théorique
Chapitre I : Généralités sur Escherichia coli

1.Historique découvert et taxonomie[1]
E. coli est une bactérie appartenant à la classe des γ-protéobactéries et à la famille des
Enterobacteriaceae. Elle fut décrite pour la première fois en 1885 par le pédiatre allemand
Théodore Escherich (1857-1911) dans les entérites des nourrissons. Dénommée «Bacterium
coli commune », « Bacillus coli » ou encore « Bacterium coli », Castellani et Chalmers
proposèrent en 1919 de renommer cette bactérie Escherichia coli en hommage aux travaux
d’Escherich. Cette dénomination fut officiellement adoptée en 1958.
E. coli est l’espèce type du genre Escherichia. Les études d'hybridation ADN/ADN ont
conduit à individualiser cinq autres espèces au sein de ce genre : E. hermannii, E. vulneris, E.
fergusonii, E. Alberti et, décrite très récemment, E. marmotae (130–134). Ces espèces sont
isolées de manière anecdotique en pathologie humaine et possèdent des caractères biochimiques
propres permettant de les différencier les unes des autres.
Selon le Bergey’s Manuel 2007 Escherichia coli appartient au (Tableau 1)
Tableau 1:Classification phylogénique d'E. coli
Règne Bacteria
Embranchement Proteobacteria
Classe Gamma Proteobacteria
Ordre Enterobacteriales
Famille Enterobacteriaceae
Genre Escherichia
Espèce Escherichia coli
2.Habitat
C’est l’espèce dominante de la microflore aérobie du tube digestif. E. coli ou colibacille est
habituellement une bactérie commensale [2], elle colonise de manière asymptomatique le
tractus digestif de l’Homme dans les premières heures qui suivent la naissance et constitue dès
lors l’espèce bactérienne dominante de la flore anaérobie facultative du colon humain. Sa niche
écologique se trouve dans la couche de mucus secrétée par l’épithélium du côlon où elle assure,
avec les autres composants de la microflore, une barrière de protection de la muqueuse. La
concentration en E. coli par grammes de selles varie d’un individu à un autre de 107 à 109 unités
formant des colonies (UFC). Elle est plus faible chez les autres mammifères [1]. Elle peut
devenir pathogène si les défenses de l’hôte se trouvent affaiblies ou si elle acquiert des facteurs
de virulence particuliers.
3
3.Caractères bactériologiques.
3.1.Caractères morphologiques
E. coli est un bacille à Gram négatif (figure 1 a, b), de forme bâtonnet droit et à extrémités
arrondies, mesurant de 2 à 4 µm de longueur sur 0,4 à 0,6 µm de largeur, mobile grâce à une
ciliature péritriche, non sporulée mais parfois capsulée.[3]
(a) (b)
Figure 1 : E. coli sous microscope électronique(a) et après coloration de Gram(b)
3.2.Caractères culturaux
E. coli est une aéroanaérobie facultative, elle se cultive facilement sur les milieux ordinaires
à 37 °C et à pH 7,5. [3]
-Sur gélose nutritive : apparue sous forme de colonies arrondies, humides, brillantes et de
couleur blanchâtre ou légèrement jaunâtre lisse (S) ou rugueuse (R) ou parfois muqueuses. [4]
(Figure 2)
Figure 2 : Aspect d’E.coli sur gélose nutritive(Moodle.umontpellier.fr)
-Sur milieu EMB (bleu de méthylène éosine) elle donne des colonies d’un violet foncé
avec éclat métallique verdâtre.(Figure 3)
4
Figure 3 : Aspect d'E.coli sur milieu EMB(ResearchGate)
-Sur milieu Hektoen des colonies saumon. [4](Figure 4)
Figure 4 : Aspect d’E.coli sur milieu Hektoen
-Sur gélose au sang : colonies rondes, translucides parfois hémolytiques. [4] (Figure 5)
Figure 5 : Aspect d’E’coli sur gélose au sang
-Sur Mac Conkey, colonies rouges entourées d’un halo opaque de la même
couleur .(Figure 6)
5
Figure 6:Aspect d'E. coli sur milieu Marc Conkey(shutterstock.com)
3.3.Caractères biochimiques
E. coli réduit les nitrates en nitrites, fermente avec production de gaz le glucose, le lactose,
et le mannitol, ne liquéfie pas la gélatine, ni les protéines coagulées, acidifie et coagule le lait,
produit l’indole, mais ne produit pas de H2S ni d’acétoine (VP), possède une β-galactosidase,
une Lysine décarboxylase mais pas d’uréase, possède une catalase mais est dépourvu
d’oxydase.(Tableau 2) [5]
Tableau 2 :Caractères biochimiques MAL -

d'E.coli NIT +
LDC +/-
Test Résultat ODC +/-
GLU + ADH +/-
LAC + URE -
H2S - TDA -
GAZ + IND +
CS - RM +
ONPG + VP -
GEL -_
3.4.Caractères biologiques
Grande vitalité aussi bien dans le milieu extérieur qu’en culture, sensible à l’action de la
chaleur, et du chlore, résiste à l’acide phénique en solution 1%, et sécrète des endotoxines.
4.Facteurs et mécanismes de virulence.

Un facteur de virulence est une molécule produite par un agent infectieux (bactéries, virus,
mycètes, protozoaires) qui contribue au caractère pathogène — la virulence — de ces
organismes en leur permettant :
6
-d'occuper une niche chez l'hôte (colonisation), ce qui passe par l'attachement à ses
cellules ;
-d'échapper au système immunitaire de l'hôte (immunoévasion)

-d'inhiber le système immunitaire de l'hôte (immunosuppression) ;
-d'entrer et de sortir des cellules de l'hôte dans le cas des infections intracellulaires
(typiquement pour les virus) ;
-d'absorber les nutriments de l'hôte.
Les agents infectieux possèdent une grande variété de facteurs de virulence. Certains font
partie de leur patrimoine génétique et sont propres aux bactéries, comme les endotoxines, tandis
que d'autres proviennent d'éléments génétiques mobiles tels que les plasmides et les
bactériophages, comme les exotoxines. Les facteurs de virulence codés sur des éléments
génétiques mobiles se propagent par transfert horizontal de gènes et peuvent faire d'une bactérie
inoffensive un agent infectieux.
Une bactérie comme Escherichia coli a ainsi acquis l'essentiel de sa virulence à partir
d'éléments génétiques mobiles.
5.Support génétique de la virulence.

Si l’univers des souches pathogènes d’E. coli apparaît aussi complexe aujourd’hui, c’est la
conséquence de l’évolution très rapide du monde bactérien, à la plasticité du génome des
bactéries, en particulier E. coli, permettant des échanges permanents de matériel génétique, et
aussi à la présence de nombreux gènes qui codent pour ces propriétés de virulence sur des
structures génétiques mobiles, comme des plasmides, des transposons, des phages ou des îlots
de pathogénicité. Les souches pathogènes d’E. coli possèdent jusqu’à 20 % d’information
génétique supplémentaire, acquise vraisemblablement au cours de transferts horizontaux
d’ADN.
L’origine étrangère de ces fragments d’ADN est encore décelable grâce à un G+C % et à un
usage préférentiel des codons différents. De nombreux gènes nouvellement acquis sont
localisés sur le chromosome, mais beaucoup d’autres le sont sur des réplicons extra-
chromosomiques, les plasmides.
Au cours de l’évolution, ces gènes peuvent s’intégrer dans des structures relativement
indépendantes, comme les transposons ou les phages, ou se regrouper pour former des îlots de
pathogénicité.
7
Les plasmides sont des molécules d’ADN double brin, presque tous circulaires, et autonomes
du chromosome bactérien pour le contrôle de leur réplication. Leur taille varie entre quelques
kbases et plusieurs centaines de kbases et ils sont présents en un nombre défini de copies par
cellule bactérienne. Certains peuvent se transférer horizontalement, dans d’autres souches d’E.
coli voire d’autres espèces bactériennes, par conjugaison ou mobilisation, entraînant tous les
gènes présents, y compris ceux situés sur des transposons, phages ou îlots de pathogénicité.
La présence de gènes qui codent pour des facteurs de virulence d’E. coli sur des plasmides
favorisent donc leur mobilité à l’intérieur, ainsi qu’en dehors de cette espèce bactérienne.
Les transposons sont des fragments linéaires d’ADN qui sont capables de se transférer, avec
ou sans duplication ,depuis le chromosome bactérien jusqu’à un plasmide ou entre deux
plasmides. Ils ne sont pas autonomes des réplicons qui les véhiculent.
Les phages sont les virus des bactéries. Ils peuvent suivre un cycle lytique ou un cycle non
lytique (= phages tempérés), qui les voit s’incorporer dans le chromosome bactérien ou exister
sous la forme d’un plasmide (= prophages). Les prophages peuvent se réveiller sous l’influence
de conditions extérieures (rayons ultra-violets par exemple) et entamer leur cycle lytique
Les îlots de pathogénicité sont des fragments linéaires d’ADN intégrés sur le chromosome
bactérien, parfois sur un plasmide, qui se comportent comme des blocs indissociables et
répondent aux définitions suivantes [6] [7]
-ils comprennent divers gènes codant pour des facteurs prouvés ou potentiels de virulence ;
-ils sont présents dans certaines souches pathogènes, mais pas dans les souches non
pathogènes de la même espèce bactérienne ;
-leur taille varie entre 10 et 200 kbases ;
-leur contenu en G+C % est différent de celui de la bactérie hôte, attestant d’une origine
étrangère
-ils sont souvent encadrés par de courtes séquences répétées directes ;
-ils sont associés à des gènes codant pour des ARN de transfert (site d’intégration)
-ils contiennent aussi des gènes, cryptiques ou exprimés, codant pour des fonctions
d’intégrasses, ou de transposon , et des séquences d’insertion entières ou partielles
8
-ils sont souvent instables et s’excisent en bloc à des fréquences variables selon l’îlot de
pathogénicité. Lorsqu’ils s’excisent, toutes les fonctions pour lesquelles ils codent sont
perdues. [7]
9
chapitre II :Epidémiologie
Le profil épidémiologique d’Escherichia coli varie d’un pays à un autre et d’une région à
l’autre. De ce fait, la connaissance de l’épidémiologie ainsi que son évolution reste
indispensable pour le choix d’une antibiothérapie de première intention efficace et adaptée pour
chaque région.
1-Europe. [20]
Dans son premier rapport annuel, le Réseau européen de surveillance de la résistance aux
antimicrobiens (EARSNet) devenu Système européen de surveillance de la résistance aux
antimicrobiens (EARSS) au Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC)
le 1er janvier 2010 ; suite à la série de rapports annuels publiés par le réseau depuis 2001 ; a
souligné que la résistance aux antimicrobiens a progressivement pris une place de plus en plus
importante dans le programme de santé publique en Europe. Cette surveillance a joué un rôle
important pour documenter l'apparition et la propagation de la résistance aux antimicrobiens
et sensibiliser les responsables de la santé publique au problème au niveau politique et dans la
communauté scientifique.
Sur la base des données de 28 pays, la situation de résistance en Europe varie fortement selon
le type de pathogène, la substance antimicrobienne et la région géographique. Les résultats de
résistance les plus préoccupants provenaient de la diminution rapide de la sensibilité d’E. coli
invasive et de la forte prévalence de Klebsiella pneumoniae aux céphalosporines de troisième
génération, fluoroquinolones et les aminoglycosides (supérieure à 10%) ; et quelques pays
rapportent des pourcentage élevés de résistance aux carbapénèmes. Ces antibiotiques ont été
largement utilisés dans de nombreux pays en raison du taux croissant d'Enterobacteriaceae
productrices de bêtalactamases à spectre étendu (BLSE) avec un impact conséquent sur
l'émergence de la production de carbapénémases.(Figure 7)
10
Figure 7: Prévalence croissante de la multi résistance en Europe de 2002 à 2009 chez

Escherichia coli.
2-France [19]
Le réseau AFORCOPI-BIO (Association de formation continue en pathologie infectieuse
des biologistes) est un réseau de laboratoires de ville, fédérés au sein de l’ONERBA
(Observatoire national de l’épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques).Il
regroupe 121 sites de prélèvements et 7 importants plateaux techniques drainant ainsi les
régions autour des villes de Saintes, Toulouse, Nîmes, Marseille et Lyon. L’étude est
rétrospective multicentrique et porte sur l’année 2015. Chaque laboratoire fournit les données
exhaustives d’antibiogrammes de tous les Escherichia coli isolés dans les urines. Les données
sont adressées au laboratoire de biologie de l’Hôpital d’instruction des armées Laveran à
Marseille. L’analyse des taux de résistance est effectuée sur les résultats interprétés : sensible,
intermédiaire et résistant. Les antibiotiques étudiés sont : ampicilline (AM) ou amoxicilline
(AMX), amoxicilline-acide clavulanique (AMC), céfixime (CXM), céfotaxime (CTX),
ceftriaxone (CRO), ceftazidime (CAZ), ertapénème (ERT), imipénème (IPM), mécillinam
(MEC), acide nalidixique (NA), ofloxacine (OFL), norfloxacine (NOR), ciprofloxacine (CIP),
gentamicine (G), cotrimoxazole (SXT), nitrofuranes (FU) et fosfomycine (FOS). La plupart des
antibiotiques sont testés par l’ensemble des laboratoires suivant les recommandations du
CASFM. Le phénotype β-lactamase à spectre étendu (BLSE) a été défini dès qu’une BLSE est
présente quel que soit le degré de production d’une éventuelle céphalosporinase ; le phénotype
CASE si une céphalosporinase est hyperproduite avec atteinte d’au moins une céphalosporine
de 3e génération et en l’absence de BLSE. Les analyses statistiques utilisées reposent sur la
méthode du Chi2 de Pearson. Au total, les données de 43 245 antibiogrammes d’Escherichia
coli ont été analysées. Depuis 2015, les résultats pour les aminopénicillines ( figure 8) peuvent
être rendus avec l’ampicilline ou l’amoxicilline. Le taux de sensibilité à cette classe
11
d’antibiotique est faible (sensibilité globale des aminopénicillines de 51 %). L’adjonction de

l’acide clavulanique ne permet de restaurer la sensibilité que sur 18,3 % des souches (sensibilité
pour l’AMC : 69,3 %). Les céphalosporines de 3e génération parentérales gardent une bonne
activité avec des sensibilités de 93 % pour le céfotaxime à 91,5 % pour la ceftriaxone. Les
souches restent très sensibles à l’ertapénème et à l’imipénème. La résistance de bas niveau aux
quinolones concerne presque 20 % des souches. La sensibilité aux fluoroquinolones va de 81,5
% pour l’ofloxacine à 87,8 % pour la ciprofloxacine. Les antibiotiques à spécificité urinaire
restent parmi les plus efficaces, notamment la fosfomycine et les nitrofuranes (sensibilité pour
les deux molécules de 98,7 %), à un moindre degré pour le mécillinam, cependant moins testé
par les laboratoires. L’analyse des taux de sensibilité aux antibiotiques dans les 3 catégories de
population de l’étude (homme, femme, enfant) montre des résultats moins favorables dans la
population des hommes notamment pour des antibiotiques comme les fluoroquinolones
(sensibilité pour la ciprofloxacine : 88,9 %, 81,8 % et 95,2 % respectivement chez les femmes,
hommes et enfants) ou encore mais à un moindre degré les céphalosporines .
Figure 8. Taux de sensibilité aux différents antibiotiques sur l’ensemble de la

population. [19]
3-Maroc
En milieu hospitalier : des études réalisées dans différents hôpitaux du royaume sur le
traitement des infections urinaires à E. Coli par l’amoxicilline soit seule soit en association
avec l’acide clavulanique, ont montré que le taux de résistance de ce germe est entre 50 et 70%.
Ainsi, en 2005, à l’hôpital militaire d’instruction Mohamed V de Rabat, le pourcentage de
résistance d’E.coli à l’amoxicilline + acide clavulanique était de 50% [72] par contre il était
de 60% à l’hôpital universitaire Cheikh Zayd de Rabat entre 2005 - 2007 [73]. Une autre étude
12
réalisée à l’hôpital militaire de Marrakech entre 2009 et 2010 a révélé que, chez les nourrissons,
le taux de résistance de ce germe était de 69% à l’amoxicilline seule et de 55% pour cet
antibiotique en association avec l’acide clavulanique [74]. Ce pourcentage était de 67% au
CHU de Fès pour l’association amoxicilline / acide clavulanique [75] - En ville : La croissance
de l’antibiorésistance d’E.Coli lors des infections communautaires est un phénomène
inquiétant. Les résultats de l’étude faite à El Jadida par Nadmia et al, montre que le
pourcentage de résistance de ce germe à l’amoxicilline est de 61% [19].A Meknès, Lahlou-
[76] ont étudié la résistance aux antibiotiques dans les infections urinaires à l’Hôpital Militaire
Moulay Ismail. Sur 6000 échantillons urinaires, 730 répondaient aux critères d’infection
urinaire (12,2 %). Parmi les infections, 30 % provenaient de patients hospitalisés et 70 % de
patients consultant en ambulatoire. Escherichia coli domine le profil épidémiologique aussi
bien pour les entérobactéries hospitalières que communautaires avec respectivement 65 et 80
% des isolats.
4-Tunisie [77]
L’étude suivante est faite par LART (L’Antibio-Résistance en Tunisie) qui a comme
objectif principal la mesure de la sensibilité aux antibiotiques des principales espèces
bactériennes isolées dans certains hôpitaux tunisiens afin de suivre l’évolution des résistances
bactériennes et de détecter l’émergence de nouveaux phénotypes de résistance.
Les résultats montrent que E. coli reste l’espèce bactérienne la plus fréquemment isolée.
Essentiellement responsable d’infections urinaires (84,6%), elle est également incriminée dans
des infections graves telles que les bactériémies et les suppurations intra-abdominales (Tableau
3).
Tableau 3 : Distribution des souches d’E. coli selon les prélèvements.
13
Le taux de résistance aux aminopénicillines de l’ordre de 65% est comparable aux années
précédentes. Par ailleurs, la résistance aux C3G est en augmentation progressive. Elle est passée
de 6,5% en 2007 à 8% en 2008 -2009 pour atteindre 9,2% en 2010. De plus, l’année 2010 a été
marquée par l’émergence de rares souches résistantes aux carbapénèmes. Les aminosides
gardent une bonne activité sur nos souches, notamment l’amikacine (<5% de souches
résistantes) (Tableau 4).
Tableau 4. Fréquences de résistance aux antibiotiques d’ E. coli
5.L’algerie : [78]
Deux cent quarante souches d’Escherichia coli ont été isolées au niveau des trois centres
hospitalo-universitaires (CHU) du Nord-Ouest algérien, ce qui correspond à une fréquence
d’isolement de 20% (240/1200). 87 souches ont été isolées au CHU de Tlemcen (87/520), soit
16.7%, 78 au CHU d’Oran (78/292), soit 26.7% et 75 au CHU de Sidi Bel Abbes (75/388), soit
19.3%. La fréquence d’isolement d’E. coli était différente en fonction des hôpitaux et des
années (Tableau 5 ,Figure 9). En effet, durant toute la période d’étude les souches d’E. coli
ont été fréquemment isolées au niveau du CHU d’Oran. De plus, la fréquence d’isolement de
cette espèce a atteint sa valeur maximale durant l’année 2010 avec 33.3% de prélèvements
positifs.
14
E. coli représente 18.4% des bacilles à Gram négatif (BGN) isolés durant l’étude. Elle occupe
la deuxième place après Acinetobacter baumannii qui prédomine parmi les 1302 BGN
identifiés. Le classement d’E. coli diffère au niveau des CHUs
Tableau 5 : Fréquences d’isolement d’E. coli
Tlemcen Sidi Bel Oran Total

CHU Abbes
Nombre de souches / Nombre de prélèvements (Fréquence d’isolement
Année %)
2008/200 45/264 9/72 (12.5) 00/00 (00) 54/336 (16.1)

9 (17)
2010 13/37 44/171 29/50 (58) 86/258 (33.3)

(35.1) (25.7)
2011 21/157 15/100 (15) 38/188 74/445 (16.6)

(13.4) (20.2)
2012 8/62 (13) 7/45 (15.5) 11/54 26/161 (16.1)

(20.4)
Total 87/520 75/388 78/292 240/1200 (20)

(16.7) (19.3) (26.7)
Figure 9 : Fréquence d’isolement d’E. coli en fonction des hôpitaux et de la période d’étude
15
Les souches d’E. coli ont été essentiellement isolées des services de réanimation avec 112
souches soit 46.7% (112/240) (Tableau 6). Les autres souches ont été collectées à partir des
services de chirurgie (20.4%), de neurochirurgie (15.8%), d’urgence (8.3%), de médecine
interne (5.4%), d’ORL (1.7%), d’endocrinologie (1,3%) et d’urologie (0.4%).
La répartition des souches étudiées dans les services était différente en fonction des
hôpitaux (Tableau 6). En effet, pour les CHUs de Tlemcen et d’Oran les services de
réanimation représentaient la source principale des souches d’E. coli avec des taux d’isolement
de 70.1% (61/87) et 42.3% (33/78) respectivement. Cependant, au niveau du CHU de Sidi Bel
Abbes les souches d’E. coli provenaient essentiellement des services d’urgence médicale et
chirurgicale (26,7%), de réanimation (24%) et de chirurgie (22.7%).
Tableau 6 :Répartition des souches d’E. coli selon les services
CHU Tlemcen Sidi Bel Abbes Oran (%) Total (%)

Service (%) (%)
Réanimation 61 (70.1) 18 (24) 33 (42.3) 112 (46.7)
Chirurgie 10 (11.5) 17 (22.7) 22 (28.2) 49 (20.4)
Neurochirurgie 10 (11.5) 5 (6.6) 23 (29.5) 38 (15.8)
UMC / 20 (26.7) / 20 (8.3)
Médecine 5 (5.7) 8 (10.7) / 13 (5.4)

Interne
ORL 1 (1.2) 3 (4) / 4 (1.7)
Endocrinologie / 3 (4) / 3 (1.3)
Urologie / 1 (1.3) / 1 (0.4)
Total 87 (100) 75 (100) 78 (100) 240 (100)

UMC : Urgence Médicale et Chirurgicale ; ORL
16
Parmi les souches étudiées, 232 soit 96.7% (232/240) ont été isolées à partir de différents
sites sur patients hospitalisés, comprenant les plaies (37.5%), les sondes urinaires (21.3%), les
aspirations trachéales (17.9%), les prélèvements rectaux (15.8%), les sondes gastriques (3.8%)
et les cathéters (0.4%), et 8 soit 3.3% (8/240) ont été isolées à partir de l’environnement
(Tableau 7).
La répartition des souches d’E. coli selon les sites de prélèvement était différente en fonction
des hôpitaux.
Tableau 7 : Répartition des souches d’E. coli selon les sites de prélèvement
CHU Tlemcen Sidi Bel Abbes Oran (%) Total (%)

Site de prélèvement (%) (%)
Plaie 24 (27.6) 43 (57.3) 23 (29.5) 90 (37.5)
Sondes urinaire 12 (13.8) 16 (21.3) 23 (29.5) 51 (21.3)
Sonde gastrique 0 (0) 6 (8) 3 (3.8) 9 (3.8)
Prélèvement rectal 29 (33.3) 0 (0) 9 (11.5) 38 (15.8)
Aspiration trachéale 20 (23) 4 (5.4) 19 (24.4) 43 (17.9)
Cathéter 1 (1.2) 0 (0) 0 (0) 1 (0.4)
Environnement* 1 (1.1) 6 (8) 1 (1.3) 8 (3.3)
Total 87 (100) 75 (100) 78 (100) 240 (100)

*Environnement : poignée de porte, bord de lits, lave mains, chariot, table de bloc chirurgical, mur.
Résistance aux antibiotiques
Sur l’ensemble des souches étudiées, les résultats de l’antibiogramme et des CMI ,ont révélé
une bonne activité des carbapénèmes (ertapénème et imipénème), de la colistine, de
l’amikacine, de pipéracilline/tazobactam et de céfoxitine avec respectivement 100%, 97.5%,
92.9%, 87.9% et 87.1% de bactéries sensibles. Pour les autres antibiotiques, des différents taux
de résistance ont été observés, ils varient de 20.4% à 70.8%.
La résistance d’E. coli aux antibiotiques varie en fonction des hôpitaux (Tableau 8).
17
Il est nécessaire de préciser que les 6 souches résistantes à la colistine (CMI ˃ 2µg/ml) ont été
isolées au CHU de Sidi Bel Abbes.
Tableau 8 :Taux de résistance aux antibiotiques des souches d’E. coli
n = nombre total de souches.
Antibiotiques Taux de résistance (%)
Tlemcen Sidi Bel Oran Total

n=87 Abbes n=78 n=240
n=75
Amoxicilline 73 (83.9) 45 (60) 52 (66.7) 170 (70.8)
Amoxicilline + 60 (69) 35 (46.7) 19 (24.4) 114 (47.5)

acide
clavulanique
Ticarcilline 73 (83.9) 45 (60) 52 (66.7) 170 (70.8)
Ticarcilline + 58 (66.7) 36 (48) 28 (35.9) 122 (50.8)

acide
clavulanique
Pipéracilline 70 (80.5) 42 (56) 52 (66.7) 164 (68.3)
Pipéracilline + 21 (24.1) 5 (6.7) 3 (3.8) 29 (12.1)

tazobactam
Ertapénème 0 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0)
Imipénème 0 (0) 0 (0) 0 (0) 0 (0)
Céfoxitine 18 (20.7) 6 (8) 7 (9) 31 (12.9)
Céfotaxime 60 (69) 16 (21.3) 22 (28.2) 98 (40.8)
Ceftazidime 56 (64.4) 16 (21.3) 20 (25.6) 92 (38.3)
Céfépime 51 (58.6) 13 (17.3) 20 (25.6) 84 (35)
Aztréonam 57 (65.5) 15 (20) 23 (29.5) 95 (39.6)
Gentamicine 51 (58.6) 13 (17.3) 17 (21.8) 81 (33.8)
Tobramycine 50 (57.5) 15 (20) 17 (21.8) 82 (34.2)
Nétilmicine 29 (33.3) 8 (10.7) 12 (15.4) 49 (20.4)
Amikacine 12 (13.8) 1 (1.3) 4 (5.1) 17 (7.1)
Acide nalidixique 51 (58.6) 25 (33.3) 25 (32) 101 (42.1)
Ofloxacine 49 (56.3) 23 (30.7) 25 (32) 97 (40.4)
18
Ciprofloxacine 49 (56.3) 19 (25.3) 24 (30.8) 92 (38.3)
Triméthoprime- 55 (63.2) 36 (48) 18 (23.1) 109 (45.4)

Sulfaméthoxazole
Colistine 0 (0) 6 (8) 0 (0) 6 (2.5)
19
Chapitre III :Résistance d’E.coli aux antibiotiques

1.Généralités sur les antibiotiques
1.1. Définition
Les antibiotiques se définissent comme des molécules capables d'inhiber la croissance ou
même de tuer des bactéries, sans affecter l'hôte (cellules humaines dans notre propos). Ils
permettent aux défenses naturelles du corps tel que le système immunitaire, de les éliminer. Ils
agissent souvent en inhibant la synthèse d'une cellule bactérienne, la synthèse de protéines,
l'ADN, l'ARN, par un agent désorganisant la membrane, ou d'autres actions spécifiques [8]. Les
sources principales d'antibiotiques sont les champignons, mais parfois aussi les bactéries.
Au départ de molécules naturelles, cependant, des modifications chimiques sont souvent

apportées (semi-synthèse) pour améliorer l'activité et/ou modifier des paramètres
pharmacocinétiques essentiels. Aujourd'hui, la plupart des antibiotiques en usage clinique sont
donc obtenus par semi-synthèse [9][10].
De 1940 à 2005, on a assisté à la découverte et à la mise sur le marché de nouveaux

antibiotiques dont la chronologie est présentée dans la (Figure 10)
Figure 10 : Ordre chronologique de l’apparition des différentes classes d’antibiotiques en

usage clinique. Adaptée de Walsh (2003) [11]
20
1.2.Classification des antibiotiques

Il existe plusieurs modalités de classification des antibiotiques d’utilité variable
-La structure chimique de base : bêtalactamines, aminoglycosides, quinolones, cyclines, …
-La cible au niveau des bactéries : ribosomes, paroi, …
-Le mécanisme d’action : inhibition de la synthèse protéique, inhibition de la synthèse du

peptidoglycane, …(Tableau 9)
-Le spectre d’activité : groupes bactériens ou espèces sensibles. [12]
Tableau 9 : Classification des antibiotiques selon leur site d’action
mode d’action Antibiotiques
Inhibition de la synthèse de la paroi cellulaire -β-lactamines

-Glycopeptides
Modification de la perméabilité de la membrane Polymyxines

cytoplasmique
Inhibition de la synthèse protéique -Aminosides

-Macrolides
-Tétracyclines
-chloramphénicol
Inhibition de la synthèse des acides nucléiques -Rifampicine

-Quinolones
Inhibition des voies métaboliques de l'acide folique -Sulfamides

Triméthoprime
2. La résistance bactérienne aux antibiotiques
2.1 Définition
La résistance bactérienne est retenue lorsqu'un antibiotique perd sa capacité à inhiber
efficacement la croissance bactérienne. Autrement dit, les bactéries continuent de se multiplier
en présence de concentrations thérapeutiques d’antibiotiques. [13] A ce moment où les
microbes deviennent moins sensibles ou résistants, il faut une concentration supérieure à la
21
concentration normale du même médicament pour avoir un effet, condition pas toujours
possible in vivo.
La résistance aux antibiotiques peut se produire comme un processus de sélection naturelle

où la nature permet à toutes les bactéries d'avoir un certain degré de résistance à faible niveau
[13]
L'émergence de la résistance aux antimicrobiens a été observée peu de temps après

l'introduction de tout antibiotique nouveau [14]
2.2.Phénotypes de résistance :
Quand on étudie la sensibilité d'une souche à plusieurs antibiotiques, on détermine son
phénotype de résistance aux antibiotiques. Si la souche n'exprime que des résistances naturelles,
on dit qu'elle appartient au phénotype "sauvage" ou sensible.
 Résistance naturelle
Cette résistance peut être due à l'inaccessibilité de la cible pour l'antibiotique, à une faible
affinité de la cible pour l'antibiotique ou encore à l'absence de la cible. La résistance bactérienne
naturelle est permanente et d'origine chromosomique.
 Résistance acquise
La résistance acquise, souvent médiée par un support génétique faisant partie d'élément
mobile (plasmides, transposons), a la faculté d'être transmissible horizontalement parfois entre
espèces différentes et elle peut aussi résulter de la modification du patrimoine génétique après
mutation, on dit qu'elle est extra-chromosomique. [15]
2.3.Mécanismes de résistance aux antibiotiques

La résistance bactérienne aux antibiotiques possède des supports génétiques et des
mécanismes biochimiques.
2.3.1 Support génétique [16]
Le potentiel génétique d’une bactérie est constitué du chromosome et d’un ou de plusieurs

génophores facultatifs et extra-chromosomiques, les plasmides. Des gènes sont également
portés par des éléments génétiques transposables et par des intégrons. Une bactérie peut ainsi
acquérir une résistance aux antibiotiques par deux grands mécanismes génétiques. L’un a pour
support le chromosome et définit une résistance chromosomique, l’autre a pour support les
22
plasmides ou les éléments transposables ou les intégrons et ils définissent une résistance extra
chromosomique [17].
La résistance chromosomique [18]
Elle résulte d’une mutation. C’est un phénomène rare, dû au hasard d’une fréquence de
l’ordre de10-5., Il n’est pas provoqué par la présence de l’antibiotique ; mais l’antibiotique révèle
la mutation de résistance en sélectionnant les bactéries mutantes résistantes (ou plus
exactement, en détruisant les autres bactéries de l’espèce, celles restées sensibles à l’action de
l’antibiotique). C’est un phénomène indépendant : l’apparition d’une mutation ne favorise pas
l’apparition d’autres mutations de résistance à d’autres antibiotiques. La probabilité de deux
mutations simultanées est donc très faible (de l’ordre de 10-10). Cette indépendance des
mutations constitue un des meilleurs arguments pour justifier l’association des antibiotiques.
Elle est transmissible ; et a donc un caractère héréditaire (transmission sur un mode vertical de
bactérie-mère à bactéries-filles). Toutes les mutations ont pour conséquence la perte ou la
modification d’une protéine structurale ou enzymatique.
La résistance extra chromosomique
La résistance plasmidique est liée à la synthèse de protéines additionnelles et non à une

modification des constituants normaux de la bactérie. Les bactéries porteuses de plasmides sont
normales alors que les bactéries résistantes par mutation sont souvent fragilisées. De nombreux
plasmides de résistance sont conjugatifs ou mobilisables ce qui permet un transfert horizontal.
Ces transferts sont à l’origine d’une dissémination très importante de la résistance au sein des
populations bactériennes ce qui fait qualifier la résistance plasmique de « contagieuse ou
épidémique ». Les plasmides de résistance sont susceptibles d’évoluer par acquisition ou pertes
successives de déterminants de résistance portés par des éléments génétiques transposables. Les
éléments génétiques transposables permettent la dissémination de gènes entre des bactéries
phylogéniquement éloignées en permettant l’implantation d’un gène là où celle d’un plasmide
échoue. Il est important de noter que la résistance extra-chromosomique étant souvent une
multi résistance, l’utilisation d’un seul antibiotique va sélectionner des bactéries multi
résistantes qui ne sont pas contre-sélectionnées en l’absence d’antibiotique. [19]
2.3.2. mécanismes biochimiques de résistance aux antibiotiques [20][21]
23
Les mécanismes biochimiques de la résistance aux antibiotiques peuvent être classés en 4

groupes :
a-Inactivation enzymatique de l'antibiotique :
Ce mode de résistance implique l'inactivation de l'antibiotique (perte d’activité) par une

enzyme bactérienne.
Les betalactamases :
Les β-lactamases catalysent l'hydrolyse du cycle β-lactame. Le résultat est une destruction
du site actif de la molécule antibiotique [22] [23].
• Classe A: enzymes caractérisés par la présence d'une sérine dans leur site actif, elles dégradent
préférentiellement les pénicillines. Elles sont inhibées par l’acide clavulanique.
• Classe B: métallo-enzymes qui ne sont actives qu'en présence de Zn2+.elles sont donc
inhibées par des agents chélateurs de cations bivalents. Ces enzymes ont généralement un large
spectre d’activité, elles sont impliquées dans la résistance aux carbapenemes .
• Classe C: enzymes présentant surtout une activité sur les céphalosporines.
Ils ne sont pas inhibés par l’acide clavulanique. C’est la cloxacilline qui permet in vitro
d’inhiber leur production par la bactérie, permettant ainsi de les caractériser.
• Classe D: ces enzymes agissent principalement sur les pénicillines. Ils sont variablement
inhibés par l’acide clavulanique. Leur mise en évidence in vitro est difficile par les tests
phénotypiques.
Figure 11 : « Les différents mécanismes de la résistance d’une bactérie aux antibiotiques ».

24
Cas particulier de BLSE :
Définition des BLSE :
Les β-lactamases à spectre étendu (BLSE) sont des enzymes produites par certaines bactéries
les rendant résistantes à de nombreux antibiotiques incluant les C3G Etaztréonam. Le gène
codant est présent au niveau du chromosome de bactéries particulières et transféré à d’autres
populations bactériennes par l’intermédiaire de plasmides. Nombreuses Entérobactéries
productrices de BLSE (EB-BLSE) sont connues aujourd’hui, dont Escherichia coli. [19][24].
Les enzymes modifiant les aminoglycosides :
Elles se répartissent en 3 classes :
Les N-acétyltransférases (AAC : aminoside acétyl-transférase), les O-nucléotidases (ANT:

aminoside nucléotidyl-transférase), les O-phosphorylases (APH: aminoside phospho
transférase). Plusieurs enzymes distinctes peuvent inactiver une même position sur la molécule
d'aminoglycoside, et une même bactérie peut posséder les gènes codant pour plusieurs enzymes.
Ces gènes sont parfois localisés sur le chromosome (éventuellement, sur des transposons)
mais sont le plus souvent portés par des plasmides transférables. On les trouve fréquemment
chez Pseudomonas aeruginosa, les entérobactéries et les coques à Gram (+). Leur impact
clinique est exacerbé par la co-transmission fréquente de ß-lactamases. [19].
La chloramphénicol-acétylase
Elle confère la résistance des bactéries Gram (+) et (-) au chloramphénicol.
L'usage de cet antibiotique étant très limité en raison de sa toxicité hématologique.
L'impact de ce type de résistance est faible. Ce gène est, en revanche, utilisé comme outil en
biologie moléculaire car il peut être inséré dans un plasmide à transfecter dans une cellule
eucaryote et permet de vérifier le niveau d'expression des promoteurs en mesurant l'acétylation
du chloramphénicol dans le milieu de culture [26].
L'érythromycine estérase
Elle inactive le cycle lactone de l'érythromycine. Ce mode de résistance plasmidique est

toutefois assez rare et n'a été décrit que pour des E. coli ; bactérie n’entrant pas dans le spectre
des macrolides. [27]
Une fluoroquinoloneacétylase
25
Elle est active sur les molécules présentant une substituant pipérazine a été récemment
décrite [28].
b-Altération de la cible bactérienne :
Altération de la cible ribosomiale :
Les antibiotiques qui agissent sur la synthèse protéique peuvent voir leur activité annihilée
par une mutation de leur site de fixation sur le ribosome bactérien.
Au niveau de la sous-unité 50S des ribosomes, une méthylation confère la résistance croisée
aux macrolides, lincosamides et streptogramines chez S. aureus, S. sanguis, B. fragilis, ou C.
perfringens. Elle peut être constitutive (MLSb-c) ou inductible (MLSb-i), plasmidique ou
chromosomique. De même, une altération de la liaison des tétracyclines d'origine encore
inconnue rend résistants les bactéries Gram (+), Neisseria et Campylobacter. [29]
Au niveau de la sous-unité 30S, une mutation confère la résistance à la streptomycine

[29].
Altérations des précurseurs de la paroi :
Les glycopeptides doivent leur action antibiotique à leur liaison aux extrémités D-Ala-D-
Ala des chaînes pentapeptidiques des précurseurs de peptidoglycane. Des souches
d'entérocoques ont acquis un ensemble de gènes conduisant à la production d'une série
d'enzymes permettant la synthèse de peptidoglycane au départ d'un précurseur caractérisé par
une extrémité D-Ala-D-Lac à laquelle les glycopeptides ne se lient plus. [30] Suivant le
phénotype de la souche, on distingue la résistance induite par l'exposition à la vancomycine ou
à la téicoplanine (VanA) ou à la vancomycine seule (VanB et VanC). Le gène VanA confère la
résistance à la vancomycine et à la téicoplanine alors que le gène VanB confère la résistance à
la vancomycine mais en principe pas à la téicoplanine puisque celle-ci n’est pas inductrice. Le
gène VanC ne confère la résistance qu'à la vancomycine. [31]
Altérations d'enzymes-cibles :
Les antibiotiques inhibiteurs d'enzyme sont rendus inactifs lorsqu'une mutation de l'enzyme-
cible y empêche leur liaison.
- La résistance aux β-lactamines peut être due à une diminution de l'affinité de leur liaison aux
PBP suite à une mutation de celles-ci, ou à une diminution de leur nombre. Ces deux
26
mécanismes peuvent se rencontrer chez les Gram (+) alors que seule la réduction d'affinité est
documentée chez les Gram (-). L'exemple le plus connu de ce type de résistance est constitué
par les MRSA (MethicillinResistantS. aureus) appelés aussi SARM. [32]
- La résistance aux sulfamides et au triméthoprime est le plus souvent due à la production de

dihydroptéorate synthase (plasmidique) ou de dihydrofolateréductase (chromosomique ou
plasmidique) modifiées et ne liant plus l'antibiotique [33].
- La résistance aux fluoroquinolones peut être due à la mutation de l'ADN gyrase, qui empêche
la formation du complexe ternaire fluoroquinolone - gyrase -ADN. Ce mode de résistance est
décrit pour P. aeruginosa, les entérobactéries, E. coli et les Gram (+) [34].
c-Altération de la concentration de l'antibiotique dans la bactérie :
Altération des membranes bactériennes :
La membrane externe des bactéries Gram (-) peut constituer une barrière à la
pénétration
des antibiotiques. En effet, le passage de petites molécules hydrophiles n'est possible que
grâce à la présence des porines qui forment des canaux hydrophiles à travers cette membrane.
En revanche, des molécules trop volumineuses ou insuffisamment hydrophiles ne pourront

emprunter cette voie d'accès et ne pénétreront que modestement dans les bactéries.
Toute mutation affectant une porine va perturber la pénétration de l'antibiotique dont elle
permet l'entrée. Il existe ainsi des défauts de pénétration des β-lactamines principalement, mais
aussi des aminoglycosides, du chloramphénicol ou des quinolones [19][35].
La membrane interne porte elle aussi des transporteurs susceptibles de favoriser la

pénétration des antibiotiques. Ainsi, les aminoglycosides polycationiques et donc très
hydrophiles nécessitent l'intervention d'un transporteur anionique actif pour rejoindre leur cible
intracellulaire. Un traitement au long cours par un aminoglycoside peut induire une résistance
réversible par altération du système de transport [19].
Efflux de l'antibiotique :
Une réduction de l'accumulation intra-bactérienne suite à l'expression d'un transporteur actif

qui expulse l'antibiotique hors de la cellule bactérienne, a été décrit pour la première fois vis-à-
vis des tétracyclines. Aujourd'hui, il apparaît qu'il s'agit d'un mécanisme de résistance
27
extrêmement répandu et capable de réduire l'activité de la quasi-totalité des classes

d'antibiotiques (par exemple, macrolides, fluoroquinolones, sulfamides, aminoglycosides...)
[36]
Le système d’efflux est un système général de détoxification des cellules eucaryotes et les
bactéries. Il est destiné à évacuer les substances « jugées toxiques » par la cellule : les
cytostatiques anticancéreux, les antibiotiques, … [19].
De façon inquiétante, on décrit à présent des pompes capables de reconnaître plusieurs

classes d'antibiotiques et donc responsables d'une résistance croisée. Ces pompes sont
particulièrement présentes chez les bactéries à Gram-négatif, comme Pseudomonas aeruginosa.
Ainsi, sont substrats de la seule pompe MexABOprM: Les β-lactames, l’acide fusidique, les
tétracyclines, les macrolides, les lincosamides, le chloramphénicol, la rifampicine, les
fluoroquinolones et les sulfamidés. Par ailleurs, une bactérie peut aussi exprimer plusieurs
pompes et donc résister de la même façon à davantage de classes d'antibiotiques, y compris la
colistine chez les bactéries Gram (-) [19] (Figure 12).
Figure 12 : Représentation schématique du système d’efflux
ABC = ATP Binding Cassette; RND = Resistance Nodulation and cell Division; MFS =
Major Facilitator Superfamily; MATE = Multi AnTimicrobial Extrusion; SMR = Small
MultidrugResistance; IM = Internal Membrane; OM = Outer Membrane.
28
3. Mécanisme de résistance d’E.coli aux déférentes familles d’antibiotiques

E.coli est comme toutes les entérobactéries présente une résistance naturelle à la famille des
glycopeptides et à la pénicilline G. Elle appartient au groupe 1 des entérobactéries qui sont
naturellement sensibles aux bétalactamines . [36]
3.1.Les Bétalactamines
3.1.1.Généralité :
Les β-lactamines ont été les premiers antibiotiques découverts. Par conséquent, ils ont été
utilisés pour contrer toutes les maladies infectieuses à partir des années 40 et leur efficacité a
été largement prouvée durant la seconde guerre mondiale. Elles ont été isolées à partir d’un
Penicillium. Les β- lactamines regroupent plusieurs familles d’antibiotiques car leurs structures
moléculaires sont proches : les pénicillines, les céphalosporines, les carbapénèmes ainsi que les
monobactames.
3.1.2.Les déférentes familles de β-lactamines et leurs mécanismes d’action
-Pénicillines
Il s'agit d'un groupe de molécules, ayant en commun le noyau péname, qui est caractérisé
par un pentacycle saturé (cycle thiazolidine) associé au noyau β-lactame. Selon la nature de la
chaine latérale, on a défini plusieurs sous-classes, dont les plus utilisées sont les
aminopénicillines (ampicilline, amoxicilline), les carboxypénicillines (ticarcilline) les
uréidopénicillines (pipéracilline) et les amidinopénicillines (pivmecillinam) [37]
 Céphalosporines
Leur noyau de base associe un cycle β-lactame à un cycle dihydrothiazine pour former le
noyau céphème. La particularité du noyau céphème et les nombreux radicaux de substitution
proposés expliquent les propriétés antibactériennes différentes des céphalosporines, justifiant
leur distinction fonctionnelle en plusieurs générations, de spectre et d’intérêt clinique variables
[37]. On distingue ainsi:
-Les céphalosporines de première génération (C1G) : elles sont plutôt actives sur les
bactéries à Gram positif. Exemples : céfalotine, céfazoline et céfalexine ;
-Les céphalosporines de deuxième génération (C2G) : elles ont un spectre étendu vers les
bactéries à Gram négatif. Exemples : céfamandole, céfuroxime, céfoxitine et céfotétan ;
29
-Les céphalosporines de troisième génération (C3G) : elles ont un spectre étendu à la plupart
des entérobactéries. Exemples : céfotaxime, ceftazidime, ceftriaxone et céfopérazone ;
-Les céphalosporines de quatrième génération (C4G) : elles sont relativement stables à

l’hydrolyse des céphalosporinases. Elles restent actives sur les entérobactéries ayant acquis une
résistance aux C3G par hyperproduction d'une céphalosporinase. Exemples : céfépime et
cefpirome [37]
 Les pénemes
Les pénèmes se caractérisent par la présence d’un cycle penta-atomique insaturé collé au
cycle β-lactame. En fonction de l’hétéroatome fixé en position 1, on distingue trois groupes :
les sulfopénèmes, les carbapénèmes et oxapénèmes. Les carbapénèmes possèdent un très large
spectre antibactérien associé à une grande stabilité envers la quasi-totalité des β-lactamases.
Elles sont considérées comme traitement de choix des infections sévères à bactéries à Gram
négatif. Quatre molecules commercialisées : l’imipénème, le méropénème, l’ertapénème et le
doripénème.
 Monobactames
Se caractérisent par la présence du noyau monocyclique, azétidine, limité au cycle β-lactame.

L’aztréonam est le seul monobactame commercialisé [37] . Il montre une très bonne activité
contre les bactéries à Gram négatif aérobies et plus particulièrement contre les entérobactéries,
pour lesquelles il possède une activité comparable à celle des céphalosporines de troisième
génération en raison de sa bonne stabilité vis-à-vis des β-lactamases .
Les β-lactamines agissent sur la paroi bactérienne, plus précisément sur les protéines liant la
pénicilline (PLP). Les PLP sont des protéines à activité enzymatique (essentiellement des trans-
peptidases) impliquées dans la synthèse de la paroi [18]. Elles sont situées sur la face externe
de la membrane cytoplasmique. Cette fixation covalente entre les PLP et les β-lactamines induit
un blocage des réactions de Trans glycosylation et trans-peptidation consécutive à l’acylation
des PLP par les β-lactamines , ainsi qu’une stimulation de l’activité des autolyses (enzymes
impliquées dans les renouvellements de la paroi) [38].
3.1.3.Mécanisme de résistance aux bétalactamines
Dans le cas d’E. coli, certains enzymes sont souvent associées à la résistance aux β-
lactamines.
30
-Les pénicillinases : qui sont plasmidiques et elles peuvent être de bas niveau et donc
responsables d’une résistance aux aminopénicillines, aux carboxypénicillines et aux
uréidopénicillines, ou de haut niveau et donc responsables d’une résistance non seulement aux
trois antibiotiques cités mais aussi aux moélcules possédant des inhibiteurs de βlactamases ainsi
qu’au céphalosporines de première et deuxième génération [39] .
-Une enzyme dite TRI (pour TEM résitant inhibiteur) qui hydrolyse non seulement le cycle
β- lactame (Figure 13), mais aussi l’inhibiteur des β- lacatmases et qui sera donc responsable
d’une résistance aux aminopénicillines, aux uréidopénicillines, aux carboxypénicillines et aux
inhibiteurs de β- lactamases [39].
Figure 13: Mécanisme d'hydrolyse d'une β-lactamine par une β-lactamase. [40]
-Céphalosporinases : Escherichia coli possède une céphalosporinase chromosomique qui

contrairement aux Enterobacter est rarement déréprimée. Toutefois comme toutes les
entérobactéries E.coli peut acquérir une céphalosporinase plasmidique appelée β les
(βetalactamase à spectre étendu) qui est responsable d’une résistance à toutes les β lactamines
à l’exception de l’imipenème. Toutefois concernant le céfepim et la cefpirome, une activité de
ces deux antibiotiques reste possible mais le microbiologiste dans son interprétation rendra ces
deux molécules comme inactives. [41]
Les BLSE : sont des β-lactamases capables de conférer une résistance aux pénicillines, les
céphalosporines de première, deuxième (excepté les céphamycines) et troisième génération,
elles sont inhibées par les inhibiteurs de β-lactamases tel que l’acide clavulanique. Plusieurs β-
lactamases de type OXA sont également considérées des BLSE à cause de l’extension de leur
spectre d’hydrolyse vers les céphalosporines à spectre élargi malgré qu’elles sont mal inhibées
par le clavulanate [42]. Les BLSE les plus identifiées au passé sont les BLSE de type TEM et
SHV qui dérivent, par mutation, des β-lactamases à spectre étroit [43]. Les BLSE de type SHV
31
sont considérées, jusqu’à présent, les BLSE les plus répandues quoi que les TEM soient
également largement identifiées [44] [45]. La nature des mutations détermine le spectre
d’hydrolyse de l’enzyme et permet de les classer en ceftazidimases qui confèrent un taux de
résistance plus élevé à la CAZ qu’au CTX telles que TEM-5 et 24 et SHV-4 et 5 et en
céfotaximases qui hydrolysent mieux le CTX que la CAZ telles que TEM-3 et SHV- 2 [43]. De
nouvelles BLSE, non TEM et non SHV, ont apparu en cliniques [46]. Ces enzymes confèrent
une résistance à toutes les β-lactamines hormis les céphamycines et les carbapénèmes. La
plupart des CTX-M confère une résistance de haut niveau au céfotaxime et ceftriaxone mais le
niveau de résistance au céfépime et cefpirome est variable [47]
Le type de BLSE que l'on trouve généralement est Temoneira (TEM). Environ 90% des
E.coli, qui sont résistants à l'ampicilline, sont survenus en raison de la production de TEM-1.
Ce type a la capacité d'hydrolyser la pénicilline et de céphalosporine première génération. Bien
qu'il se trouve habituellement dans E. coli .
-Carbapénèmases
Les carbapénèmases représentent la famille la plus versatile des β-lactamases, avec un
spectre large supérieur à celui des autres enzymes hydrolysant les β-lactamines [48].
Actuellement, ces enzymes sont rares mais sont une source de préoccupation considérable, car
elles sont actives non seulement sur les oxymino céphalosporines et les céphamycines mais
aussi sur les carbapénèmes. Elles appartiennent à deux familles moléculaires qui se distinguent
par leur mécanisme d’hydrolyse et leur site actif : les carbapénèmases à serine et les
carbapénèmases à zinc [48]
3.2.Les Quinolones
3.2.1.Définition
Les fluoroquinolones sont des quinolones de deuxième génération couramment utilisés pour
traiter les infections urinaires et pulmonaires .Ces antibiotiques comprennent : Ciprofloxacine,
Gemfloxacine, Norfloxacine.
3.2.2.Mécanisme d’action
Dans le cas des infections dues à E. coli, les fluoroquinolones sont utilisés à titre curatif. Les
quinolones exercent leur effet antibactérien en empêchant l'ADN bactérien de se dérouler et de
se dupliquer. Plus précisément, ils inhibent l'activité ligase des topoisomérases de type II, de la
32
topoisomérase IV et de la gyrase, avec leur activité ligase interrompue, libèrent de l'ADN avec
des cassures simple et double brin qui conduisent à la mort cellulaire.
3.2.3.Mécanisme de résistance
Deux principaux mécanismes de résistance aux quinolones chez E.coli s’exercent

séparément ou en combinaison et confèrent des niveaux de résistance variables.
• La résistance par mutation chromosomique qui est due, soit à la diminution d'affinité des
cibles intracellulaires qui sont les complexes ADN-ADN gyrase et ADN-ADN topoisomérase
IV, soit à la diminution d'accumulation intracellulaire de l'antibiotique, par défaut de
pénétration passive et/ou excrétion active [49]. La perte d’affinité pour la cible provient de
modification structurale dans une région appelée la QRDR (Quinolone Resistance Determining
Region), où sont trouvées la majorité des mutations responsables de la résistance aux
fluoroquinolones.
• la résistance plasmidique est due à la protection de l'ADN gyrase de la fixation des

quinolones. Cette résistance est décrite pour la première fois en 1998 aux USA chez une souche
de K. pneumoniae hébergeant un plasmide portant le gène qnrA qui code pour une protéine Qnr
A [50]. Depuis la résistance plasmidique aux quinolones a été rapportée, les gènes qnr ont été
identifiés chez différentes espèces d’entérobactéries dans le monde entier et sont souvent
associés à la production de β-lactamases à spectre élargi. Six déterminants qnrA, qnrB, qnrS,
qnrC, qnrD et qnrVC ainsi que différents variants des protéines QnrA, QnrB, QnrS , QnrD et
QnrVC ont été identifiés. Chez E. coli, les variants QnrA, QnrB, QnrS et QnrD ont été décrit à
travers le monde [51].Un autre mécanisme de résistance plasmidique aux quinolones a été décrit
chez des souches d’E.coli isolées en Chine. Il s’agit de l’inactivation des quinolones par
l'acetyltransférase[52], ce variant confère la résistance simultanée aux fluoroquinolones et aux
aminosides.
3.3.Les aminosides :
3.3.1.Définition
Ce sont des antibiotiques bactéricides d’origine naturelle (extraits d’actinomycètes) :

Streptomycines, Gentamicine ou hémisynthétiques : Amikacine, Netilmicine et Isapémicine.
Ce sont des antibiotiques précieux en raison de leur spectre d’action et de leur efficacité.
Néanmoins, leur coefficient thérapeutique n’est pas excellent et exige un strict respect des
indications ainsi qu’à une surveillance attentive. De plus, leur utilisation est freinée par leur
33
absence d’activité par voie orale ce qui explique pourquoi les prescripteurs préfèrent des
antibiotiques plus maniables. [11]
3.3.2.Mécanisme d’action
Les aminosides exercent leur action par l’inhibition de la synthèse protéique bactérienne en
se fixant sur la sous-unité 30s du ribosome bactérien.
En pratique hospitalière, les aminosides sont les antibiotiques de premier choix dans le
traitement des infections nosocomiales graves seuls (infection urinaire haute chez un sujet jeune
où les béta-lactamines sont contre indiqués) ou en association avec un autre antibiotique, le
plus souvent un béta-lactamine dont l’intérêt est de traiter des septicémies et endocardites à
streptocoques ,entérocoques où à bacilles gram négatifs. [20]
Les bactéries strictement anaérobies sont résistantes naturellement aux aminosides, pour la
résistance acquise elle est en nette augmentation.
3.3.3.Mécanisme de résistance
Les mécanismes de résistance aux aminosides sont :
• Altération de la cible : le mode d'action des aminosides laisse présager la mutation de
l'ARN 16S comme moyen de résistance. Trois activités de méthylation de l'ARN 16S modifient
le site A aux positions G1405 (N7), A1408 et C1407 (N5) [53] .
• Modification enzymatique de l'antibiotique : lorsqu'un aminoside est modifié par des enzymes
bactériennes, sa fixation sur 1’ ARN 16S peut être affectée et se traduit par la perte de son
activité. Les enzymes modificatrices des aminosides sont le mécanisme de résistance le plus
courant chez les bactéries Gram négatif et positif. Elles ont été regroupées en fonction de la
réaction qu'elles catalysent [54]
o Acétylation d'un groupement aminé [N- acétyltransférase (AAC)].
o Phosphorylation d'un groupement hydroxyle [O- phosphotransférase (APH)].
o Nucléotidylation d'un groupement hydroxyle [O-nucléotidyltransférase (ANT)].
• Piégeage de l'antibiotique
Une enzyme modificatrice peut parfois neutraliser l'action d'un aminoside par une liaison
affine sans pour autant modifier sa structure. Le piégeage de l'antibiotique a été proposé comme
mécanisme responsable du phénotype de résistance à la kanamycine et à la Tobramycine alors
34
que la Gentamicine et la Nétilmycine restent actives. Lorsque la bactérie produit une grande
quantité de la phosphotransférase qui reconnaît la Tobramycine sans la modifier celle-ci peut
être piégée dans un complexe enzyme-substrat fonctionnellement inactif [55] .
• Imperméabilité ou exportation de l'antibiotique
L'accès de l’aminoside à sa cible met en jeu différentes étapes. Compte tenu de leur caractère
hydrophile, les aminosides pénètrent la membrane externe d’E.coli par les porines [56]. Le
passage par la voie lipophile est associé à leur caractéristique polycationique par substitution
avec le calcium ou le magnésium de la membrane externe. La deuxième étape consiste à
traverser de la membrane cytoplasmique hydrophobe et requérir l'énergie de la force proton
motrice produite par la chaîne respiratoire [57].
3.4. La fosfomycine
3.4.1.Définition
La fosfomycine (encore appelée fosfonomycine, phosphomycine ou MK-955) est un
antibiotique bactéricide appartient à la famille des acides phosphoniques. Produit par
différentes espèces de bactéries du genre Streptomyces mais aussi par Pseudomonas syringae.
La fosfomycine est indiquée dans le traitement des infections des voies urinaires, notamment
dues à E. coli, où elle est habituellement administrée en dose unique. [58]
3.4.2.Mode d'action
La fosfomycine agit par inhibition de la synthèse de la paroi bactérienne. En effet, la
fosfomycine se comporte comme un analogue du phospho-énolpyruvate et inhibe l'enzyme
pyruvyl-transférase (ou pyruvate-UDP-N-acétyl6glucosamine-transférase), ce qui a pour
conséquence de bloquer la formation d'acide N-acétyl6muraminique, l'un des constituant
essentiels du peptidoglycane de la paroi bactérienne. [58]
Le mode d'action de la fosfomycine nécessite sa pénétration intra6cytoplasmique qui se fait

par un transport actif (système de transport de l'α-glycérophosphate et des hexoses
monophosphates). L'absence ou l'inactivation (par mutation chromosomique) de ce système de
transport actif provoque une résistance à la fosfomycine. [58]
3.4.3.Mécanisme de résistance :
35
La résistance est consécutive à la production d’une protéine FosB qui hydrolyse la

fosfomycine en ouvrant le noyau époxyde. La résistance est apportée par des plasmides ayant
le gène de FosB.
En monothérapie, la sélection de mutants résistants est rapide. Ces antibiotiques doivent

donc être utilisés en association, sauf exception (dose unique dans le traitement des infections
urinaires basses).
La résistance à la fosfomycine apparaît chez E. coli à des fréquences élevées in vitro, en

raison de la perte des systèmes de transport nécessaires à l'absorption. Chez E. coli, l'absorption
de la fosfomycine peut être médiée par le système de perméabilité GlpT, dont le substrat
principal est l'α-glycérophosphate, et également, lorsqu'elle est induite par le G-6-P, par le
système UhpT. Ces deux systèmes sont régulés positivement par l'AMPc, et les niveaux
d'AMPc peuvent être abaissés par des mutations dans les gènes ptsI ou cyaA (qui affecteront
également le catabolisme d'une variété de glucides) [58]
3.5.Rifamycine :
3.5.1.Définition
Une rifamycine est un antibiotique de la famille des ansamycines. Ces molécules sont
produites naturellement par Amycolatopsis mediterranei, la bactérie à partir de laquelle elles
ont été isolées, ou produites artificiellement. Elles sont particulièrement efficaces contre
les mycobactéries et ont de ce fait été utilisées dans des traitements contre la tuberculose,
la lèpre et les infections au complexe Mycobacterium avium . Le groupe des rifamycines
comprend les médicaments classiques à rifamycine ainsi que les dérivés de
rifamycine : rifampicine (ou rifampine), la rifabutine, la rifapentine et le rifalazil.
La Rifampicine est un antibiotique d'hémisynthèse, Elle possède un large spectre

antibactérien qui comprend les staphylocoques, les streptocoques et les mycobactéries [59]
3.5.2.Mode d’action :
Ces molécules se lient à la sous unité β de l’ARN polymérase-ADN dépendante et bloquent
l’initiation de la transcription de l’ADN bactérien en ARN messager.
36
Des mutations sur le gène rpoB qui code la sous-unité β de l’ARN polymérase-ADN
dépendante entraînent le mécanisme de résistance. Ces mutations altèrent la structure de l’ARN
polymérase sur laquelle l’antibiotique ne pourra plus agir.
3.6.Les sulfamides et trimethoprime :

3.6.1.Définition
Les sulfamides sont les premiers agents antimicrobiens de synthèse à avoir été découverts
en 1935. La structure moléculaire de ces antimicrobiens est identique à celle de l'acide para-
aminobenzoïque (PABA), substrat naturel utilisé par la bactérie pour produire la vitamine B9
(acide folique). Ces produits constituant une famille d'antibiotiques ont eu dans le passé des
applications pharmaceutiques de premier ordre, notamment en chimiothérapie antimicrobienne.
Ils présentent cependant un risque d'allergie.
Les sulfamides et le triméthoprime bloquent à des étapes successives la synthèse des folates
et inhibent ainsi les voies métaboliques qui en dépendent. In fine, c'est la production d'ADN,
d'ARN et de protéines qui va ainsi être touchée.
Les sulfamides inhibent la dihydroptéroate synthétase (DHPS), précurseur de l'acide

dihydrofolique et par ailleurs jouent sur cette même étape le rôle de faux substrat en se
substituant à l'acide para-amino-benzoïque, de structure chimique proche.
*Triméthoprime : pas un sulfamide, mais un antibiotique bloquant la synthèse de l’acide

folique par inhibition d’une autre enzyme : la dihydrofolate réductase : synergie avec sulfamide
qui entraîne une action bactéricide.(Figure 14)
37
Figure 14: Action des antibiotiques sur une partie du cycle des folates [60]
3.6.3.Mecanisme de résistance :
La résistance aux sulfamides et au triméthoprime a été associée à cinq mécanismes

principaux :
- une barrière de perméabilité,
- un DHFR intrinsèque naturellement insensible,
- des mutations chromosomiques spontanées dans les gènes intrinsèques DHPS (folP) et
DHFR (folA) impliqués dans les voies de l'acide folique,
- augmentation de la production de l'enzyme cible sensible par régulation positive de

l'expression des gènes ou duplication des gènes,
- acquisition de gènes alternatifs DHPS (sul) et DHFR (dfr) avec des intégrons, des
plasmides et des transposons [61] [62].
38
3.7. les tétracyclines

3.7.1.Généralité
Les tétracyclines sont des antibiotiques à large spectre, connues depuis les années 1960 pour
provoquer des colorations dentaires lors de l’odontogenèse. Depuis les années 1990, les
traitements contre l’acné inflammatoire modérée à sévère font systématiquement appel aux
tétracyclines et ses dérivés semi-synthétiques. [63]
La tétracycline est un antibiotique bactériostatique produit par une bactérie du genre

Streptomyces.
Les tétracyclines sont actives sur :
- Les germes aérobies à Gram+ : entérocoques, staphylocoque Méti-S, streptocoques A et B
- les germes aérobies à Gram-, branhamella catharralis, brucella, Escherichia coli,

Hémophilus influenzae, [63]
- Les germes anaérobies : proprioni bactérium acnés
- et autres germes comme les : chlamydiae, mycoplasma pneumoniae, rickettsie
Résistance naturelle aux tétracyclines des : Serratia, Enterobacter, Proteus, Pseudomonas,

Mycobacterium
Résistance fréquente aux tétracyclines des anaérobies, entérocoques, streptocoques,

staphylocoques, pneumocoques, Hemophilus influenzae.
Les tétracyclines traversent la paroi bactérienne soit en empruntant la voie des porines (pour
les molécules hydrophiles) ou par diffusion à travers la couche de phospholipides (pour les
molécules lipophiles). Le passage de la membrane cytoplasmique nécessite un transport actif.
[63]
Les tétracyclines sont des inhibiteurs de la traduction. Elles se fixent sur la sous-unité 30S
des ribosomes, s’opposant à la fixation de l’amino-acyl-ARNt sur le site constitué par le
complexe ARNm-ribosome, ce qui stoppe la phase d’élongation de la synthèse protéique.
39
Il existe deux types de résistance aux tétracyclines. La première est liée à un plasmide (le
plus connu est pT181), elle entraîne un efflux actif des tétracyclines grâce à des protéines Tet
situées dans la membrane interne. La seconde résistance entraine une protection des sites actifs
du ribosome par d’autres protéines Tet. La protéine Tet(K) est une des protéines qui entraine
l’expulsion des tétracyclines et les protéines Tet(O) ou Tet(M) vont elles, protéger les sites
actifs ribosomaux [63].
4.Récapitulatif des mécanismes biochimiques de résistance aux principaux antibiotiques

: (Tableau 10)
Tableau 10 : Récapitulatif des mécanismes biochimiques de résistance aux principaux
antibiotiques
Mécanism Inactivation Modificatio Efflux Imperméabilité

e enzymatiqu n de la cible
e
Les La production Une altération Un efflux actif se rencontre
β lactamines des des PBP peut à l'aide de chez les Gram (-
β -lactamases. réduire leur transporteurs )
affinité pour les β peut conférer et confère une
lactames. un niveau résistance aux β
modéré de lactames trop
résistance hydrophiles
à la plupart pour diffuser
des β à travers la
lactames. Il se membrane
rencontre externe
surtout chez (céphalosporine
P.aeruginosa s
; pénicillines à
Large spectre).
Les macrolides Décrit plus préoccupant La résistance
uniquement dans les souches par efflux est
chez de le
Escherichia Staphylocoques mécanisme le
coli et et de plus fréquent
Pseudomonas Streptocoques. de
aeruginosa), résistance
implique la chez
production Streptococcu
d'enzymes s pyogenes,
(érythromycine mais il est
estérases) également
présent chez
S.pneumonia
e
40
Les C’est le Une diminution Une

aminosides mécanisme de de l'affinité de imperméabilité
résistance le l'aminoglycoside de la bactérie est
plus courant. pour sa cible responsable
ribosomiale est d'une
liée à la résistance
production d’une croisée à tous les
méthylase. aminoglycosides
On les retrouve . Elle se
Actuellement rencontre chez
essentiellement certaines
chez les bacilles souches de
Gram(-) non Staphylococcus
fermentant et
les
entérobactéries.
Les Ce mécanisme L'acquisition Une
quinolones dépend de la ou la imperméabilité
production surexpression de la bactérie
d’une protéine d'une pompe à par réduction de
qui lie les efflux l'expression du
fluoroquinolone fonctionnant gène codant
s et elle est par échange pour les porines.
capable de les contre les
déplacer de leur protons réduit
liaison à l’ADN la
gyrase ou à la concentration
topoisomérase des fluor-
IV. quinolones
Ce mécanisme dans la
se répond bactérie.
chez les Gram(-).
41
Chapitre IV: Formes cliniques, traitement et prévention

1. Formes cliniques
Les symptômes provoqués par une infection à Escherichia coli dépendent de la souche
responsable. Néanmoins, l'E. coli entraîne généralement des infections intestinales ou
urinaires (elle est aussi responsable de méningites ou de septicémies quoique plus rarement)
[64] :
 Infections intestinales
-l'E. coli entéro-toxique responsable de la turista :elle donne ,chez la majorité des patients,
une diarrhée liquide sans fièvre et sans sang, qui dure environ trois à quatre jours et
s’accompagne d’un ou de plusieurs autres symptômes : Crampes abdominales ; nausées et
vomissements ; fièvre. [65]
-l'E. coli entéro-invasive (ECEI) : elle cause la dysenterie bacillaire, une infection aigue
ulcéreuse du gros intestin. Les bactéries envahissent les cellules du colon et provoquent une
diarrhée aqueuse (qui peut être sanglante), de la fièvre et des crampes abdominales. Dans les
cas graves, la bactérie peut s’attaquer à la muqueuse colique, envahir les cellules épithéliales,
se multiplier et provoquer une ulcération de l’intestin. [66]
-l'E. coli entéro-agrégative(ECEAgg) :Ces types de souches présentent un mode d’action

différent des autres : elles s’accrochent à la paroi intestinale en formant des « amas de brique »,
elle provoque des diarrhées persistantes et un retard de croissance [67]
-l'E. coli entéro-hémorragique(ECEH) : Les symptômes provoqués par cette bactérie

apparaissent entre trois et huit jours après l’infection. Il s’agit de douleurs abdominales et de
diarrhées, lesquelles peuvent évoluer vers des formes sanglantes ( colites hémorragiques).Des
vomissements et de la fièvre peuvent aussi survenir. [67]
-l'E. coli entéro-pathogène(ECEP): cause une diarrhée liquide aigue abondante, qui est
rarement persistante. Les selles ne sont généralement ni sanglantes ni mucoides ni
dysentériques. Une faible fièvre, des nausées et des vomissements sont possibles. Elle est
responsable de gastro –entérites chez les nourrissons parfois sur un mode épidémique. [66]
42
 Infections extra-intestinales
Les E. coli pathogènes extra-intestinaux (ExPEC), ne sont pas associés aux infections quand
ces souches se trouvent dans le tractus intestinal. Cependant lorsqu’elles colonisent des tissus
hors de l’intestin, elles peuvent causer des infections importantes [68].
Les ExPECs peuvent être regroupées en quatre catégories :
-E. coli uropathogènes (UPEC) : Ils sont responsables de la majorité (90%) des infections
survenant sur un arbre urinaire normal : cystites, pyélonéphrites. facteurs comme l’hémolysine
alpha et les sidérophores [69].
-Les E. coli associées à la méningite néonatale (NMEC) provoquent des méningites chez les
nouveau-nés, 15 à 40 % des nouveau-nés atteints décèdent. Un nombre important des survivants
souffrent de défauts neurologiques graves. Les bactéries sont transportées par voies
hématogènes (voies sanguines) [70] .
- E. coli associées à la septicémie (SEPEC) :Certains sérotypes d’Escherichia coli (K1 en

particulier) sont capables d’induire des infections néonatales graves. Ce sont des septicémies
éventuellement compliquées de méningites [71] .
2.Traitements
2.1.Traitement symptomatique :
Le traitement contre l’E. coli est principalement symptomatique. Il a pour but

de réduire la déshydratation causée par les diarrhées. La prise d’antibiotiques est en
revanche fortement déconseillée. En effet, en détruisant les bactéri es, les antibiotiques
libèrent des toxines dangereuses pour l’organisme Le traitement doit être souvent adapté
selon l’antibiogramme. Le tableau 11 représente les antibiotiques qui peuvent être administrés.
2.2.Traitements médicamenteux
Le traitement doit être souvent adapté selon l’antibiogramme . Le tableau II représente les
antibiotiques qui peuvent être administrés.
43
Tableau 11:Traitements des infections causées par E.coli
Infection Antibiotique Posologie Durée du traitement

Triméthoprime Enfant : 6 mg à
sulfaméthoxazole 30mg/kg/jour 7jours pour une cystite
Adulte : 480-2400mg/jour
Infections Dérivés des quinolones : 15 à 21 jours(pour
urinaires -Acide Nalidixique Adulte: 60-100mg/kg/jour une pyélonéphrite)
-β-lactamines Enfant : 100mg/kg/jour
-Ampicilline Adulte : 2g/jour
(02) ATB bactéricides et

synergiques tel que
l’association :
Aminoside 3-5 mg/kg/jour
En intramusculaire 2 à 3 semaines
 Gentamycine avec
Septicémies Pénicilline
 Ampicilline
100-150mg/kg/jour
En intraveineuse directe
Triméthoprime 480-960mg/Jour 3 à 10 jours

Sulfaméthoxazole
Diarrhées
Ampicilline 100-150mg/Kg/Jour
3. Prévention
Pour limiter au mieux une infection à E. coli et sa transmission, il est nécessaire de
respecter quelques règles d'hygiène plutôt simples :
 respectez la date limite de consommation des aliments ;

 réglez votre réfrigérateur à une température basse (au maximum 4 °C) ;
 nettoyez régulièrement le réfrigérateur à l'eau de javel ;
44
 cuisez bien les viandes, et surtout la viande hachée de bœuf, « à cœur » (la couleur rosée doit
disparaître) en particulier si elles sont destinées aux enfants (la cuisson à 65 °C détruit
la bactérie E. coli) ;
 lavez soigneusement les légumes, les fruits et les herbes aromatiques, en particulier ceux qui
vont être consommés crus ;
 dans le réfrigérateur, conservez séparément les aliments crus des aliments cuits ou prêts à
être consommés ;
 réchauffez et consommez rapidement les restes alimentaires et les plats ;
 lavez soigneusement les ustensiles de cuisine (surtout lorsqu'ils ont été en contact
préalablement avec de la viande ou des légumes crus) ainsi que le plan de travail ;
 laver les mains systématiquement avant de préparer des repas, avant de passer à table, et en
sortant des toilettes. Utilisez du savon ou désinfectez-vous les mains avec une solution hydro
alcoolique.
De plus, si vous avez des enfants :
 Les enfants ne doivent pas boire d'eau non traitée (comme l'eau de puits par exemple), et
éviter d'en avaler lors de baignades dans de l'eau qui pourrait être contaminée (par exemple
les lacs)
 Evitez le contact des très jeunes enfants (moins de 5 ans) avec les animaux de ferme et leur
environnement (comme leurs excréments...) ;
 Ne donnez pas de lait ou de produits laitiers non pasteurisés à vos enfants.
 Les règles d'hygiène pour les personnes infectées
Si vous êtes infecté :
En cas de gastro-entérite, évitez de vous baigner dans des lieux de baignades publiques et de
préparer des repas ;
Les personnes souffrant d'une infection à E.coli (ou d'une gastro-entérite) doivent éviter les
contacts rapprochés avec les personnes à risques et sensibles (notamment les enfants et les
personnes âgées), se laver régulièrement les mains et éviter de préparer des repas communs .
45
I-Matériels et méthodes
I- Matériels et méthodes
I-1-Type et période d’étude

Il s’agit d’une étude épidémiologique descriptive rétrospective allant du Octobre 2017
jusqu’au septembre 2020.
I-2-Lieu d’étude
L’étude a été menée au service de réanimation polyvalente de CHU Nedir Mohammed
Tizi Ouzou – unité Belloua. Ce service a était inauguré le 30 Janvier 2017 par le ministre de la
santé pour assurer la réanimation médicale et chirurgicale.
Les prélèvements sont traités au niveau du laboratoire d’analyse microbiologique de l’unité

Belloua
I-3-Population ciblée
Cette étude inclus tous les malades hospitalisés au niveau de la réanimation polyvalente
de l’unité Belloua Tizi-Ouzou.
I-4-Caractéristique d’étude
-Critères d’inclusion
L’étude a porté sur toutes les souches d’E.coli isolées des prélèvements à visée diagnostique,
provenant de patients hospitalisés au niveau du service de réanimation polyvalente de l’unité
Belloua CHU Nedir Mohammed Tizi-Ouzou. Quel que soit leur âge, leur sexe, leur motif
d’admission ou leur durée d’hospitalisation.
-Critères de non inclusion
Les souches isolées d’un même malade et dont le profil de sensibilité aux antibiotiques est
identique ont été considérées comme doublon.
-Les critères d’exclusion

Les patients dont les données cliniques sont indisponibles.
-Ethique médical
Notre étude s’est déroulée dans le respect de la confidentialité et l’anonymat des patients.
I-5-Nature des prélèvements

Les souches d’E.coli et les autres germes ont été isolées à partir des différents prélèvements
tel que : les liquides d’aspiration bronchique, les pus, les urines, les liquides de ponction, les
sondes urinaires, les hémocultures, les prélèvements vaginaux.
46
I-6- Recueil des informations et remplissage de fiche de renseignement

Les informations de chaque patient ont été collectées à partir de son dossier médical qui
regroupe tout ce qui concerne son motif d’admission, son traitement en cours, et les bilans qui
lui ont été effectués.
Cette fiche comporte :(Annexe I)
-Identification de patient, son âge et son sexe.
-Les signes cliniques : le motif d’admission, consultation, ou autre.
- Les facteurs de risque : état physiologique débilitant et gestes invasifs
-l’antibiothérapie précédente et le traitement en cours
-les prélèvements microbiologiques et les germes isolés
-les examens complémentaires biologiques
I-7-Analyse des prélèvements
Etude cytobactériologique des urines (ECBU)

L'examen cytobactériologique des urines permet d'affirmer le diagnostic de l'infection
urinaire que signifie la présence de germes dans les urines, normalement stérile.
a-Examen macroscopique: Cet examen consiste à visualiser l'aspect de l'échantillon par

l'œil nu: couleur, troubles ou clair.
b-Examen microscopique: il comprend un examen cytologique et un examen

bactériologique.
a-1 Examen cytologique
Au cours de l'examen, on dénombre les différents éléments contenus dans un volume donné
de l'échantillon étudiée dans une cellule à numération. Une cellule de numération est une lame
porte objet dans laquelle est creusée une chambre de comptage de volume connu. C’est une
lame épaisse en verre, comportant des rigoles et un quadrillage. La cellule de Malassez
(Figure 15) possède un quadrillage spécifique comportant 100 rectangles Le nombre de
chacun d'entre eux est rapporté au ml. A l'état normal les échantillons sont très pauvres en
éléments cellulaires: (Les hématies, les leucocytes, les cristaux, les cellules épithéliales et aussi
les levures).
47
_ Après agitation, mettre une goutte de suspension de cellules sur la lame de Malassez et
recouvrir d'une lamelle.(Figure 16)
_ Sur la lame se trouvent 20 carrés de 0, 5.103 µL de volume, formant des rectangles au

croisement des quadrillages.
Figure 15: Exemple de lame en verre avec son quadrillage
Figure 16: Schéma d'une portion de lamelle.
-Au microscope, compter les cellules présentes dans plusieurs cases.
-Calculer le nombre moyen de cellules par case.
-Ramener ce résultat au nombre de levures par µL ou ml en tenant compte du volume

d'une case de la cellule utilisée.
b-2 Examen bactériologique
L’examen bactériologique permet de confirmer ou non le diagnostic d’infection urinaire et

de mettre en évidence l’éventuelle souche bactérienne qui en est responsable.
Ensemencement sur la Gélose nutritive et sur gélose Hektoen.
48
Il permet l'isolement des bactéries et leur numération. il doit être quantitative par
ensemencement d'une quantité connue d'urine étalée au râteau sur une gélose nutritive, soit par
dilution dans un BGT (bouillon glucosé tamponné) soit avec une anse calibrée (1 microlitre par
exemple), et ensemencement de 10ml d'urine par stries sur gélose Hektoen.
Après incubation à 37°C pendant 24 heures, la flore bactérienne totale a été lue sur la gélose
nutritive en observant la charge de chaque trait, ainsi, la présence d’E.coli a été observée sur
gélose Hektoen.(Figure 17)
Figure 17: E.coli observée sur gélose Hektoen
Examen cytobactériologique de pus
Les prélèvements sont d'origines très diverses. La mise en évidence des bactéries pathogènes
dépend de la localisation de la suppuration, du mode du prélèvement (seringue, biopsie) et du
mode de transport.
a-Examens bactériologiques
a-1 L'examen direct après coloration de Gram
Permet d'apprécier l'importance des polynucléaires, l'aspect mono microbien ou poly

microbien de la suppuration.
a-2 La mise en culture: nécessite l'utilisation de milieux spécifiques (GSC, HECKTOEN

et Chapman.
L’incubation à 37 C° pendant 24h est réalisée dans différentes atmosphères (aérobies,

anaérobies).
Hémoculture
1-Intérêt
L’hémoculture est un examen bactériologique qui consiste à rechercher la présence de germes
(microbes) dans le sang.
49
2-Prélèvement
Le prélèvement s'effectue lorsqu'une suspicion d'une bactériémie, et il est conseillé de faire

le prélèvement au moment des pics de fièvre (>38,5°C) ou d'hypothermie reflétant un état
infectieux grave (<36°C), ou en présence de frissons (signe de « décharge bactérienne » dans
le sang). Le prélèvement doit être répété trois fois en 24 heures, à des intervalles d’au moins
une heure, car de nombreuses bactériémies sont « intermittentes ».
a-Examen macroscopique: les signes macroscopiques de positivité d'une hémoculture

sont:
-Milieu trouble.
-Présence de bulles de gaz à la surface.
-Sang hémolysé ou noir ou coagulé.
-Présence d'une coloration violette mauve au fond du flacon.
b-Examen microscopique: En présence de l’un des signes de l’examen macroscopique,

faire:
b-1 Un examen microscopique à l’état frais: afin d'observer la morphologie et la mobilité

des bactéries.
b-2 Coloration de Gram: pour déterminer la morphologie des bactéries Cocci/ bacilles, et
le Gram positif ou négatif
b-3 Repiquage et isolement (identification)
La réalisation des repiquages se fait en ensemençant en stries le contenu d’une goutte de

bouillon prélevée à la seringue, sur milieu gélose sang cuit.
L'identification du germe se fera selon l'aspect des colonies sur les milieux de repiquage.
I-8 Identification d’E. coli
L’examen macroscopique des cultures
E. coli se développe en 24 heures à 37 ºC sur les milieux géloses en donnant des

colonies rondes, lisses, à bord régulier, de 2 à 3 mm de diamètre, non pigmentées.
L’examen microscopique d’E .coli.
b-1 La coloration de Gram
C'est la coloration de référence en bactériologie. Elle est réalisée comme suit
50
Sur frottis fixé à la chaleur :
- recouvrir la lame de violet de gentiane pendant 1 minute
-rejeter le violet de gentiane et rincer par l’eau
-recouvrir de lugol 1 minute puis le rejeter sans rinçage.
-décolorer à l'alcool, la durée de décoloration à l'alcool est environ 15 secondes selon

l'épaisseur du frottis.
-stopper la décoloration par un nouveau lavage à l'eau
-recouvrir la lame de fuchsine diluée, 30 secondes à 1 minute puis lavé à l'eau.
-sécher entre deux feuilles de papier filtre, puis à la chaleur ;
-examiné à l'immersion sous microscope optique grossissement 10×100
Les bactéries à Gram positif doivent apparaître colorées en violet et les bactéries à Gram
négatif en rose. E. coli apparait sous forme de bacille rose.( Figure 18)
Figure 18 : Observation microscopique des cellules d’E. coli après coloration

de Gram (grossissement X 100).
b-2 Identification biochimique :
-Test d’oxydase
C’est un test fondamental d’orientation de l’identification des bacilles gram négatif BGN, le
réactif utilisé est le chlorhydrate ou le N-diméthyle paraphénylene diamine PDA en solution
(mais il existe aussi imprégné en disque) , la technique est simple :
• Sur une lame en verre ou un autre support en plastique, mais jamais en métal car il peut donner
des fausses positives, on dépose un papier filtre imbibé de réactif ;
51
• Une colonie bactérienne, prélevée avec une pipette pasteur stérile, est déposée sous forme
d’un trait sur ce front de diffusion.
• En quelque seconde, si une coloration bleu-mauve apparait, le test est positif.
dans le cas d’E. coli aucune coloration et le test d’oxydase est négatif.
-La mini-galerie biochimique
La galerie API ou également appelée galerie des tests biochimiques miniaturisés se

présentent sous la forme d’une série des petits tubes ,nommés tubules , correspond chacun à un
test biochimique spécifique. Cette galerie est adaptée à une lecture rapide. (Figure 19)
Figure 19 : Galerie biochimique Api 20E d’E. coli
-Technique : Annexe IV
La galerie biochimique classique
52
Tableau 12 :Test de mannitol mobilisé
Principe Aspect du milieu Mode Lecture

après d’ensemencement
L’ensemencement
C’est une gélose molle Ensemencement Fermentation de Mannitol

conditionnée en tube et par piqure centrale positive: virage au jaune du
qui permet jusqu’au fond du tube
simultanément la tube à l’aide d’une Présence d’une Mobilité :
fermentation du pipette pasteur, diffusion de part et d’autre
mannitol et la mobilité. incubation à 37°c de la piqûre centrale.
pendant 18 à 24 h.
Tableau 13 :Test citrate de Simmons
Principe Aspect du milieu Mode La lecture

avant d’ensemencement
L’ensemencement
L’ensemencement 1 .Virage de l’indicateur de

Cette recherché se fait à l’aide pH du vert au bleu : il y
est pour identifier d’une anse de a eu alcalinisation
du
des entérobactéries pipette par une milieu et le teste : Citrate
par l’utilisation ou piqûre centrale. de Simonne +
Non L’incubation est 2. Pas de virage de
du citrate comme effectuée à 37°C l’indicateur de pH : il n’y
seule source de pendant 24h pas eu alcalinisation et le
carbone. milieu ne présente pas de
culture : la souche est
Citrate-
53
Tableau 14 : Test TSI (milieu triple sucre)
Principe Aspect du milieu Mode Lecture

avant d’ensemencement
L’ensemencement
. Ce milieu permet La pente est Fermentation positive de

d'étudier la ensemencée par des lactose : virage au jaune de
fermentation de trois stries serrées et le la pente
sucres (glucose, culot par piqûre Fermentation positive de
lactose, saccharose), centrale à l’aide d’une Saccharose : virage au
d'apprécier la pipette pasteur, jaune de la région médiane.
production ou non de incubation à 37°C Fermentation positive de
l’H2S et de noter la pendant 18 à 24h. Il glucose : virage au jaune
production ou non de est fond du tube
gaz à partir du important de ne pas Production de gaz :
glucose. oublier de présence
dévisser partiellement de bulle d’air Production
le bouchon afin de d’H2S : noircissement du tu
permettre les échanges
gazeux.
Tableau 15 : Test d’urée indole
Principe Aspect du Mode Lecture

milieu avant d’ensemencemen
L’ensemenceme t
nt
Le milieu urée–indole ou urée- L’ensemencement Production

tryptophane est un milieu se fait par l’ajout d’une Uréase
synthétique complexe fournissant de quelques gouttes : coloration
un ensemble de résultats utiles à de la suspension rose violette.
l’identification des entérobactéries. bactérienne à l’urée Production
Ce milieu contient de l’urée après une d’indole
comme seule source de carbone. incubation à 37°C :apparition
Elle permet la recherche de deux pendant 24h on d’un anneau
activités enzymatiques : ajoute quelques rouge à la
L’uréase, et la production d’indole gouttes de réactif surface.
grâce à une tryptophanase. de kovacs après on
fait la lecture des
résultats
54
Tableau 16 : Test ONPG
Principe Caractères recherchés Lecture

Aspect du milieu avant
L’ensemencement
L’otonitrophénylgalacto- galactosidase qui Milieu sans

pyranoside (ONPG) est catalyse l’hydrolyse couleur :
utilisée ; du lactose en glucose ONPG –
- Une suspension de et galactose. Milieu jaune :
bactéries est réalisée en ONPG +
eau distillée.
- Un disque d’ONPG est
déposé dans cette
suspension.
Tableau 17: Recherche de décarboxylase
Principe Aspect du milieu Mode d’ensemencement Lecture

avant
L’ensemencement
Troix décarboxylases On ensemence le Un milieu violet

sont fréquement milieu Moeller trouble correspond à
recherchées : LDC, ADH, ODC,LDC. une réaction positive
ODC, ADC Le milieu Avec une goutte de Virage de couleur en
contient l’acide amine suspension . On crée jaune reaction
étudié (soit la l’anaérobiose par Negative
lysine,soit l’addition
l’ornitine,soit de l’huile de
l’arginine), du glucose vaseline, puis on
et un indicateure incube à 37 0C
coloré,le bromocrésol pendant 24h.
pourpre . La reaction
55
s’effectue en deux
temp .Lorsque le
glucose est fermenté,il
ya virage au
jaune ,lorsque acide
aminé est décarboxylé,
le milieu vire au violet .
b-3 Test de sensibilité aux antibiotiques
L’antibiogramme est une technique de laboratoire visant à tester la sensibilité d’une souche
bactérienne vis-à-vis d’un ou plusieurs antibiotiques supposés ou connus. L’antibiogramme est
effectué selon la méthode classique de diffusion de l’antibiotique sur gélose à partir de disques
d’antibiotiques selon les recommandations du National Committee for Clinical Laboratory
Standard (NCCLS, 2007). Il existe trois types d’interprétation selon le diamètre du cercle qui
entoure le disque d’antibiotique : souche ou bactérie sensible, intermédiaire ou résistante.
-La technique
Un inoculum est préparé à partir d’une culture pure de 18 heures sur milieu d’isolement
(gélose nutritive, Hektoen). Quelques colonies bien isolées et parfaitement identiques sont
raclées à l’aide d’une pipette Pasteur, déchargées dans 5 ml d’eau physiologique stérile à 0,9%.
- La suspension bactérienne est bien homogénéisée et ajustée jusqu’à atteindre une opacité
équivalente à une suspension de référence de 107 UFC.
56
-Le milieu Mueller Hinton (MH), coulé en boîtes de Pétri de 90 mm de diamètre sur une
épaisseur de 4 mm est utilisé, l’ensemencement doit se faire dans les 15mn qui suivent la
préparation de l’inoculum.
- Un écouvillon stérile est trempé dans la suspension bactérienne, essoré en le pressant

fermement sur la paroi interne du tube afin de le décharger au maximum, puis frotté sur la
totalité de la surface gélosée sèche, de haut en bas, en stries serrées.
- L’opération est répétée trois fois en tournant la boîte de 60° à chaque fois, sans oublier de
faire pivoter l’écouvillon sur lui-même. L’ensemencement est fini en passant l’écouvillon sur
la périphérie de la gélose. L’écouvillon est rechargé à chaque fois qu’une boîte de Pétri est
ensemencée.
-Trois à quatre disques d’antibiotiques différents sont appliqués par boîte, ils sont espacés de
24 mm, centre à centre. Chaque disque d’antibiotique est appliqué à l’aide d’une pince stérile,
le disque ne doit pas être déplacé. Les boîtes sont, ensuite, incubées immédiatement pendant 24
heures à 37°C.
-Lecture des résultats :
L’inhibition de croissance conduit à la formation d’une zone claire (zone d’inhibition)

autours des disques d’antibiotiques. La lecture de l’antibiogramme se fait en mesurant à l’aide
d’une règle graduée les diamètres d’inhibition autour des disques en mm, et par la suite on va
classer la bactérie dans l’une des catégories : sensible, intermédiaire, résistante.
Figure 20 : Antibiogramme d’E.coli
-Les antibiotiques testés :
La sensibilité des différentes souches d’E. coli vis-à-vis de 18 molécules d’antibiotiques

connues pour être actifs sur cette bactérie, appartenant à différentes familles (Annexe)
57
b-4 Tests complémentaires de sensibilité aux antibiotiques
La production d’une β-lactamase à spectre étendu :
-Procédure
La recherche des BLSE se fait en déposant un disque de Ticarcilline – Acide clavulanique

(TIM) 25 mm centre à centre d’un disque de céphalosporine de 3ème génération :Céftazidime
30µg, Aztéoname 30µg, et l’Imipénème 10µg.
-Lecture
Le teste de synergie est positif s’il y’a apparition d’une image synergie entre les disques
TIM et CAZ
TIM et ATM
TIM et IMP
S’il y a absence de synergie, on peut rechercher la BLSE par :
-le rapprochement des disques TIM et CAZ 10 mm au lieu de 25mm ;
-La neutralisation de la Case : si la souche est productrice d’une Case hyper produite, faire le
teste de synergie sur MH (Muller- Hinton) additionné de Cloxacilline
Identification des mécanismes de résistance aux carbapénèmes :
 Recherche des carbapénémases de Classe A :

-Principe
Ces enzymes sont inhibées par l’acide clavulanique et par l’acide boronique, elles ne sont pas
inhibées par l’EDTA ou l’acide dipicolinique.
-Procédure
On peut les détecter par une synergie entre TCC et IMP .
Cependant les souches productrices de ce type d’enzymes sont souvent multirésistantes avec la
participation de plusieurs mécanismes de résistance enzymatique ou non.
 Recherche des carbapénémases de Classe B (metalloenzymes) :
-Principe
Il s’agit d’enzymes dépendant du Zn2+ et inhibées par l’EDTA.
-Procédure
58
Consiste à déposer 750 µg d’EDTA (soit 4 µl d’une solution d’EDTA 0,5 M PH =8 sur un
disque d’imipénème).
-Lecture
Se fait en comparant le diamètre obtenu avec celui d’un disque d’imipenème seul.
La recherche des oxacillines n’a pas été effectuée en raison du manque de moyens (Temocilline,
association Pipéracilline-Tazobactam).
59
II- Résultats
II- Résultats
II-1 L’épidémiologie des infections à Escherichia coli
Durant la période d’étude , 148 prélèvements ont été effectués pour les patients hospitalisés
au niveau de service de réanimation , 20 prélèvements sont positifs à E. coli, soit 13,51% des
prélèvements.
II-1-1 Le taux d’E. coli au sein des germes isolés
Tableau 18 :Taux des souches d’E. coli au sein des germes isolés.
Germe isolé Effectif Fréquence %

Escherichia coli 20 17,1
Acinetobacter 22 18,8
baumannii
Staphylococcus spp 19 16,2
Proteus spp 2 1,7
Candida spp 10 8,5
Pseudomonas 7 6,0
aeruginosa
Klebsiella spp 7 6,0
Enerococcus spp 5 4,3
Streptococcus spp 8 6,8

Corynebacterium spp 4 3,4
Enterobacter cloacae 5 4, 3
Autres 8 6,8
Total 117 100
60
II- Résultats
Figure 21 : Taux des souches d’E. coli au sein des autres germes isolés
L’interprétation des résultats

Durant la période d’étude E. coli représente 17.1 % de l’ensemble de germes isolés( 117
germes isolés),donc elle occupe la deuxième place après Acinetobacter baumannii qu’elle
représente 18,8% des germes isolés.
II-1-2 Le taux d’isolement d’ E. coli par rapport aux souches hospitalières du 2017
jusqu’au 2020
Tableau 19 :Le taux d’isolement d’ E. coli par rapport aux souche hospitalières du 2017
jusqu’au 2020
L’année 2017 2018 2019 2020

Le nombre total des 8 48 54 5
souches isolées
Le nombre d’E. coli 1 7 8 1
isolé
Le pourcentage 12 ,5% 14,58% 14,81% 20,00%
correspondant
61
II- Résultats
25,00%
% 20,00%
20,00%
14,58% 14,81%
15,00%
12,50%
10,00%
5,00%
0,00%
2017 2018 2019 2020
Années
Figure 22 : Le taux d’isolement d’E.coli par rapport aux souches hospitalières du 2017
jusqu’au 2020
Interprétation des résultats
Durant l’année 2017 le taux d’ E. coli isolée par rapport aux autres souches hospitalières
était de 12 ,5 %, ce taux continu à augmenter pour atteindre 14,58 % en 2018 et 14,81% en
2019. En 2020 le taux d’ E. coli isolée atteint son maximum soit 20,00%.
II-1-3 Répartition des isolats d’E. coli selon la nature de prélèvement
Tableau 20 : Répartition des souches d’E. coli selon le type de prélèvement
Type de prélèvement Nombre de souche d’E. Pourcentage %

coli isolée
ECBU 13 65
ECB de PUS 4 20
Hémoculture 2 10
PV 1 5
Total 20 100
62
II- Résultats
ECBU ECB de pus Hémoculture PV
5%
10%
20%
65%
Figure 23 : Répartition des souches d’E. coli selon le type de prélèvement
La répartition des isolats d’ E. coli selon la nature de prélèvement a révélé la prédominance

des souches au niveau des urines (65% n= 13) suivi par le pus (20% n=4), hémoculture (10%
n=2) et en dernier le prélèvement vaginal (5% n=1).
II-2 Les facteurs de risque d’acquisition des infections à E. coli chez les patients
hospitalisés
II-2-1 Les facteurs liés aux patients :
II-2-1-1 : Le sexe
Tableau 21 : Répartition des souches d’E. coli Selon le sexe
Sexe Nombre des souches Pourcentage %

d’E.coli isolées
Hommes 12 60
Femmes 8 40
Total 20 100
63
II- Résultats
40%
60%
Hommes Femmes
Figure 24 : Répartition des souches d’E. coli Selon le sexe

La répartition des souches d’E. coli Selon le sexe a montré une prédominance masculine
avec 12 des souches isolées soit 60% , le sexe ratio H/F est de 1,5 .
II-2-1-2 l’âge
Tableau 22: Répartition des souches d’E. coli isolées selon la tranche d’âge
Tranche d’âge L’effectif Pourcentage %
[0-30[ 0 0
[30-60[ 4 20
≥60 16 80
Total 20 100
64
II- Résultats
%
80
60
80
40
20
20
0
0
[0-30[ [30-60[ ≥60
Tranche d’âge
Figure 25 : Répartition des souches d’E. coli isolées selon la tranche d’âge.
La majorité des souches d’ E. coli ont été isolées chez des sujets adultes dont l’âge est
supérieur à 60 ans , ce qui représente 80% des cas ( n=16) suivi par la tranche d’âge entre 30 et
60 ans qui représente 20% ( n=4) ,aucun des isolats E. coli provenaient de prélèvements réalisés
chez des jeunes de moins de 30ans. L’âge moyen de l’infection à E. coli dans notre étude est
66 ans avec des extrêmes allant de 40 ans jusqu’à 84 ans.
II-2-1-3 Les antécédents médicaux
Tableau 23: La répartition des patients selon les antécédents médicaux
Antécédents médicaux L’effectif Pourcentage %

Atteintes cardiovasculaires 13 65
Pathologies métaboliques 8 40
Atteintes neurologiques 6 30
Pathologies respiratoires 5 25
Atteintes rénales 3 15
Pathologies immunitaires 3 15
Pathologies cutanées 3 15
65
II- Résultats
70
%
60
50
40
30
20
10
0
Pathologie
Figure 26 : La répartition des patients selon les antécédents médicaux
Chez les patients dont les données cliniques sont disponibles (n=20), on constate que les
maladies cardiovasculaires sont les pathologies les plus fréquentes, elles représentent 65% de
l’ensemble des patients (n=13), suivies par les pathologies métaboliques qui représentent 40%
soit (n= 8).
II-2-2 Les facteurs liés au service
II-2-2-1 Les gestes invasifs
Tableau 24 : Répartition des patients selon les gestes invasifs pratiqués
Geste invasif Nombre Pourcentage %

Cathéter 19 95
Sondage urinaire 16 80
Ventilation assistée 14 70
Intubation 9 45
Intervention chirurgicale 7 35
Trachéotomie 1 5
66
II- Résultats
%
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
Geste invasif
Figure 27 :Répartition des patients selon les gestes invasifs pratiqués.

La majorité des patients ont subi un cathéter soit 95%, tandis que 80% des patients ont subi
un sondage urinaire, le pourcentage des patients ayant subi une ventilation assistée est de 70%.
II-2-2-2 L’antibiothérapie antérieurs
Tableau 25: L’antibiothérapie prophylactique reçue par les patients
L’antibiotique Effectif Pourcentage %

Ciprofloxacine 9 45
Amikacine 7 35
Imipinem 7 35
Cifotaxime 6 30
Metronidazole 5 25
Vancomycine 4 20
Cefazoline 3 15
Gentamycine 2 10
Colistine 1 5
67
II- Résultats
Amoxicilline+Acide clavulanique 1 5
%
50
45
40
35
30
25
20
15
10
5
0
Les antibiotiques
Figure 28 : L’antibiothérapie prophylactique reçue par les patients
Tous les patients étudiés n=20 ont eu une antibioprophylaxie. En effet tous ces patients ont
reçu des antibiotiques durant la période qui précède l’infection par E. coli, il s’agit
principalement de la Ciprofloxacine avec 45%, suivi par Amikacine et Imipenem avec 35%
pour chacun, en troisième ordre de fréquence viennent la Cefotaxime soit 30%, en quatrième
position vient la Métronidazole avec 25%, suivi par la Vancomycine20 % ,Céfazoline
15% ,Gentamycine 10% ,et en dernière position viennent la Colistine et l’Amoxicilline +acide
clavulanique avec un pourcentage de 5% pour chacun.
II-2-2-3 La durée d’hospitalisation
Tableau 26: Répartition des patients selon la durée d’hospitalisation
La durée d’hospitalisation L’effectif Pourcentage

en jours
<15 4 20
[15-30[ 6 30
≥30 10 50
Total 20 100
68
II- Résultats
% 60
50
40
30
20
10
0
%
La durée D'hospitalisation par jour
<15 [15-30[ ≥30
Figure 29 : Répartition des patients selon la durée d’hospitalisation
La fréquence des patients ayant une durée d’hospitalisation ≥ 30 jours est la plus élevée,
la durée moyenne d’hospitalisation est de 25 jours avec des extrêmes allant de 2 jours
jusqu'à 180 jours.
II-3- taux de résistance d’E. coli aux antibiotiques
Tableau 27 : taux de résistance d’E. coli aux antibiotiques
Antibiotiques Nombre des Pourcentage Famille

souches des souches %
Amoxicilline+ A- R S R S
clavulanique AMC 17 3 85 15 Aminopénicilline
Amoxicilline AMX 18 2 90 10 Béta-lactamine
Céfazoline CZ 7 13 35 65 Céphalosporine de
1èregénération
Céfotaxime CTX 4 16 20 80 Céphalosporine 3ème
génération
Cefoxitine FOX 2 18 10 90 Céphalosporine 2ème

génération
Imipineme IPM 0 20 00 100 Carbapinemes
69
II- Résultats
Gentamycine GEN 1 19 5 85
Aminoside
Amikacine AN 1 19 5 85
Trimethoprime+ 11 9 55 45 Sulfamides
sulfamethoxazole
SXT
Chloramphenicole C 3 13 15 85 Phenicoles
Ciprofloxacine CIP 5 15 25 75 Quinolones

A-nalidixique NA 8 12 40 60
120
%
100
80
60
40
20
0
AMX AMC SXT NA CZ CIP CTX C FOX AN GEN IPM
Les antibiotiques
R S
Figure 30 : Taux de résistance d’E.coli aux antibiotiques
Interprétation
Les pourcentages de résistances sont très élevés pour Amoxicilline(90%), Amoxicilline+
Acide clavulanique(85%), Trimethoprime+ sulfamethoxazo(55%).
En revanche, les souches restent très sensibles à l’imipenème avec un taux de 100% , suivi
par la Gentamycine et l’Amikacine avec un taux de 95% pour chacun , puis la Cefoxitine à
90% , Cefotaxime à 80% , Ciprofoxacine à 75% et enfin Cefazoline avec un taux de 65%.
70
III-Discussion
III- Discussion
III-1-Epidemiologie
Notre recherche a mis en évidence un taux de positivité des prélèvements pour E. coli égale
à 13,5%, ce qui est comparable au résultats trouvé dans d’autres études faites en Europe, on cite
la France comme exemple où ils ont trouvé un taux de 23,2% des prélèvements positifs pour E.
coli, et ça revient de faite que les patients de réanimation sont les plus exposé aux germes
hospitaliers.
III-1-1 La répartition d’E. coli au sein des germes isolés
Dans notre étude, E.coli vient en deuxième position parmi les germes les plus isolé avec un
pourcentage de 17.1% après l’ Acinetobacter baumannii (18.7%).
Une étude réalisée au service de réanimation à l’hôpital de Fes,Maroc, en 2013,présente des

résultats similaires à notre étude avec une prédominance d’A.baumannii (25.6%) suivi
d’E. coli (21.1%).
III-1-2 Répartition des isolats d’E. coli selon la nature des prélèvements
Dans notre étude le pourcentage d’isolement le plus élevé de ce germe est observé dans les
prélèvements urinaires 65%, provenant de service de réanimation polyvalent, les infections
suppurées sont également des sites de prédilection des infections à E. coli. dans notre étude elle
est de 20%, cela confirme que fait qu’E. coli est surtout une bactérie responsable d’infections
urinaires avec bactériémies et / ou septicémies. (Tableau 29)
Tableau 28 :comparaison de la répartition d’E. coli selon la nature de prélèvements
Les France Tunisie Algérie(CHU Notre

prélèvements Bejaia) étude
Urines 80.64% 84.6% 71.11% 65%
Pus 8.88% 5% 28.88% 20%
Hémoculture 7.28% 3.3% 0% 10%
Les chiffres que nous observons sont intriquement liés à la spécificité de service de
réanimation polyvalente de l’hôpital Balloua.
71
III-Discussion
III-2 Les facteurs de risque d’acquisition des infections à E. coli chez les patients hospitalisés :
III-2-1 Les facteurs liés aux patients :
III-2-1-1 Le sexe
Dans notre étude, une prédominance masculine a été apportée, par contre la plus part des
études révèlent un pourcentage d’E. coli plus élevé chez la population féminine et cela justifié
de faite que la population générale de notre étude est dès le début à prédominance masculine
(la plupart des malades hospitalisés aux service de réanimation polyvalente sont des hommes)
III-2-1-2 l’âge
Dans notre étude, nous avons constaté que la fréquence d’isolement la plus élevée est
observée chez les patients de la tranche d’âge ≥ 60ans , ce qui reflète que l’âge avancé est un
facteur de risque à ne pas écarter dans l’acquisition des infections nosocomiales, ceci pourrait
être expliqué par la vulnérabilité des personnes âgées, en effet ce sont des sujets qui présentent
un terrain d’immunodépression non négligeable , qui peut être aggravé en cas de pathologies
associées telles que : le diabète, les atteintes multi viscérales, constituant ainsi une porte
d’entrée facile du germe. Ceci rejoint les résultats de l’étude faite à Meknès. [79]
III-2-1-3 Les antécédents médicaux
Certaines affections prédisposent au développement des infections nosocomiales, en

particulier à bactéries multi résistantes, et ce à cause de la détérioration des défenses de l’hôte
et sont considérés comme des facteurs de risque indépendants. [80]
Dans notre étude, on cite les atteintes cardiovasculaires, pathologies métaboliques, atteintes
neurologiques, pathologies respiratoires, atteintes rénales et pathologies immunitaires, ceci
peut être expliquer par la fragilité de l’état clinique des patients ayant des antécédents morbides
graves et leur vulnérabilité quant à la colonisation puis aux infections par les germes résistants.
III-2-2 Les facteurs liés au service
III-2-2-1 Les gestes invasifs
Les gestes invasifs représentent un majeur facteur de risque d’acquisition des germes car ils
détruisent les barrières immunitaires. Dans notre étude, la population ciblée présente
généralement un état physique débilitant ce qu’il nécessite l’usage des déférents gestes invasifs,
nos résultats montrent que le cathéter occupe la première position parmi les gestes les plus
utilisés (95%) chez les patients ayant une positivité à E. coli. Tandis que le sondage vient en
72
III-Discussion
deuxième position (80%),Autres études ont montré que le sondage urinaire et le cathéter sont
les facteurs de risque de la survenue de l’infection nosocomiale et essentiellement à E.coli,
notamment dans une étude réalisé à l’hôpital Edouard –Herriot de Lyon au service de
réanimation qui rapporte que 44% des patients avaient une sonde urinaire [81], cela peut être
expliqué d’un côté, par le faite que notre étude est réalisée sur des malades souvent inconscients,
ce qu’il demande le sondage. Et d’autre coté , E.coli est le chef de fil des bactéries responsables
d’infections urinaires.
III-2-2-2 L’antibiothérapie antérieurs
L’utilisation des antibiotiques est le facteur de risque le plus important dans le

développement de résistances bactériennes [82] [83]. De nombreuses études montrent le rôle
prépondérant des antibiotiques dans l'émergence des germes [82] [84], soit en transformant la
flore habituelle des patients, soit par pression de sélection .
L’exposition à un traitement antibiotique dans les trois mois précédents l’admission est
corrélée de manière significative avec la colonisation par une souche multirésistante.
Nos résultats montrent que 100% des patients de notre étude ont eu une antibiothérapie
prophylactique durant la période qui précède l’infection par E. coli .
Plusieurs études ont montré que l’utilisation et la durée du traitement par les fluoroquinolones
semblent être les facteurs de risque les plus importants d’émergence de résistance aux
fluoroquinolones et de résistance croisée [85] [86]. De même l’utilisation des céphalosporines
de 3ème génération est considérée comme le facteur de risque le plus important de l’émergence
des entérobactéries productrices de β-lactamase à spectre étendu [85].
Une étude cas témoin américaine, réalisé a trouvé que l’exposition préalable à
l’ampicilline(OR=3,04) et à l’ampicilline- sulbactam (OR=1,72) étaient les 2 seuls facteurs de
risque significativement associées à l’isolement d’une souche d’Escherichia coli résistant à
l’ampicilline- sulbactam [80]
III-2-2-3 La durée d’hospitalisation
Une durée d’hospitalisation élevée est un facteur d’acquisition des infections nosocomiale
Aux Etats Unis selon l’ATS et L’IDSA les facteurs de risques d’acquisition des germes multi
–résistants étaient notamment :l’antibiothérapie et en deuxième lieu l’hospitalisation durant
73
III-Discussion
plus de cinq jours, et aussi un antécédent d’hospitalisation dans un hôpital ou dans une unité de
soin.
III-3 taux de résistance et de sensibilité d’E. coli aux antibiotiques
E. coli a marqué une évolution importante de la résistance aux antibiotiques en raison de sa

capacité à prospérer dans les milieux hospitaliers et à acquérir rapidement des mécanismes de
résistance à de nombreuses classes d'antibiotiques notamment : les bêta-lactamines à large
spectre, les Aminosides et les Fluoroquinolones.
Les résultats pour les aminopénicillines peuvent être rendus avec l’ampicilline ou
l’amoxicilline.
Dans notre étude Le taux de sensibilité à cette classe d’antibiotique est faible (sensibilité
globale des amoxicilline de 10 %). L’adjonction de l’acide clavulanique ne permet de restaurer
la sensibilité que sur 5 % des souches (sensibilité pour l’AMC : 15 %),ce taux reste relativement
très bas par rapport à celui rapporté dans d’ autres études (Tableau 30), donc le taux élevé de
résistance au AMC due à la prescription continue de cet antibiotique(augmentinR) .
Les céphalosporines de 3eme et 2eme génération parentérales gardent une bonne activité avec
des sensibilités de 80 % pour le céfotaxime et 75 % pour la cefoxitine, ce taux est comparable
par rapport à celui rapporté dans d’autres études.
Les souches restent très sensibles à l’imipénème (100%),ces résultats sont similaires avec
les autres études.
En réanimation, la résistance d’E.coli à la majorité d’antibiotiques survient plus

fréquemment vu le nombre d’antibiotiques prescrits et l’utilisation des procédures invasives.
Tableau 29 : Taux de résistance d’E. coli aux antibiotiques dans quelque pays.
Pays Tunisie Maroc France Nos résultats

ATB [77] [87] [19]
AMX 68% 69% 48.8% 90%
AMC 12% 55% 31.7% 85%
SXT 47% 45% 22.5 55%
74
III-Discussion
NA 18.5 17.9% 19.4 40%
CZ 30% 42% 23.6% 35%

CIP 16.4% 22% 12.2% 25%
CTX 8.2% 23% 17% 20%
C 13.2% 17% 12.7% 15%
FOX 0.6% 11% 3.7% 10%
AN 0.8% 8% 4.3% 5%
GEN 9.4% 14% 4.8 5%
IPM 0.02% 00% 0.1% 00%
 Contraintes au cours de la réalisation de ce travail
- Manque de données dans la littérature concernant ce sujet parce que la plus part des études
s’intéressent aux Infections plutôt qu’aux colonisations.
- Variabilité de certains paramètres par exemple l’incidence de colonisation est variable d’une
étude a une autre ce qui rend la comparaison entre les études difficile.
- Manque de données de certains paramètres.
- Peu d’études publiées ayant évalué l’antibiorésitance d’Escherichia coli en réanimation.
- La difficulté du télétravail suite au confinement établi face à la pandémie (Covid-19).
- Le service de réanimation polyvalente de Belloua est dédié à la prise en charge des cas atteints
de la Covid-19 (Zone d’alerte ) ce qui rend le travail difficile dans ce service.
75
Conclusion
Conclusion
E.coli est une bactérie qui est naturellement sensible à de nombreux antibiotiques et peut
aussi acquérir de nombreux mécanismes de résistance causant de réelles difficultés
thérapeutiques. C’est dans ce contexte qu’on a réalisé cette étude ; qui est à visée diagnostique,
et dans le but :
-d’évaluer la répartition et le profil de résistance des souches d’E.coli isolées des différents
prélèvements ;
-d’étudier la fréquence de survenue de cet opportuniste parmi les germes isolés au sein du
même service ;
-d’identifier les facteurs de risque d’acquisition.
Notre étude sur l’antibiorésistance d’E.coli au niveau de service de réanimation du CHU Tizi
Ouzou unité Belloua a permet d’apprécier l’efficacité des antibiotiques utilisés. Au cours de
cette étude , nous avons obtenu :
-un taux de positivité des prélèvements à E.coli égal à 13.51% ;

-un taux de résistance très élevé d’E.coli aux aminopénicillines soit 90% .Tandis que , les
céphalosporines de deuxième et de troisième génération gardent une bonne activité avec un
taux de sensibilité de 80% pour le céfotaxime et 75% pour le céfoxitine.
-Toutefois, aucune résistance à l’imipenème n’a été observée dont la sensibilité est de 100%.
Par ailleurs, l’augmentation de l’usage de cette molécule pour le traitement des infections aux
souches multirésistantes d’E.coli pourrait favoriser l’apparition des mutants résistants.
-Les personnes âgées ayant des antécédents morbides sont vulnérables à l’acquisition
d’E.coli multirésistante
-En plus de l’antibiothérapie, les procédures invasives (sondage urinaire, cathéter,

intubation, intervention chirurgicale) sont des éléments importants à considérer.
-La pression de sélection exercée par l’usage abusif des antibiotiques à large spectre, à
longue durée et l’association non contrôlée des antibiotiques sont à l’origine de l’émergence
préoccupante des souches d’E.coli multirésistantes.
76
Conclusion
Actuellement, le respect des conditions d’hygiènes et la surveillance de la propagation des

souches mutirésistantes surtout dans les services à forte prévalence ainsi que le contrôle régulier
et la révision de toutes les prescriptions d’antibiotiques «tout en réduisant celles à large
spectre», sont utiles et constituent un des facteurs qui va contribuer à l’amélioration de la qualité
de la prise en charge des patients.
Enfin ce travail reste préliminaire et l’étude des mécanismes de résistance nécessite le

recours à des techniques avancées de biologie moléculaire ; il est à noter que ces techniques
d’isolement, d’identification et de la détermination des sensibilités aux antibiotiques semblent
être nécessaires pour mieux guider l’antibiothérapie et préserver l’efficacité des antibiotiques.
En perspective pour compléter notre étude il faut :
-Prendre en compte un nombre plus élevé de prélèvements afin d’isoler un plus grand
nombre de souches.
-Etablir une étude statistique afin de déterminer certains facteurs de risque dans l’acquisition
de souches résistantes.
-Elargir la gamme d’antibiotique à tester.
-Surveiller les différentes pathologies survenues surtout chez les patients à risque dans les
services à haute prévalence par une étude épidémiologique ; notamment dans les services de
réanimation.
-Effectuer le génotypage des souches à résistance acquise pour avoir une image plus exacte
de la situation épidémiologique .
-Mettre en place un réseau de surveillance des bactéries antibiorésistantes.
77
Recommandations
Recommandations
La maîtrise de la dissémination des souches multi-résistantes à l’hôpital et aux unités de soins
intensifs surtout, est très importante, vu leur impact en terme de risque accru d'échec
thérapeutique, d’augmentation de la durée d'hospitalisation et des coûts liés aux soins.
Afin de contrôler les épidémies produites par E coli , il faut d’abord réaliser les analyses
moléculaires pour investiguer le caractère clonal de l'épidémie, déterminer le risque de
transmission et instaurer les mesures d'isolement de contact.
Prévention
1-Respect des protocoles de soins
L'incidence élevée des infections nosocomiales reflète le niveau de qualité des soins, il est,
de ce fait, indispensable d’insister sur le respect des procédures lors des différents soins
administrés aux patients.
2-Le lavage des mains
Constitue la procédure principale pour la prévention des infections nosocomiales .Il est
estimé que l’alcool éthylique à 70% et la polyvidone iodée à 10% sont efficaces dans
l'élimination des germes au niveau des mains contaminées.
3-Désinfection du matériel médical
Outre les règles habituelles de désinfection ou de stérilisation du matériel imposées par son
site d’utilisation, l’isolement contact requiert une stricte individualisation du matériel de soin
courant qui est fréquemment contaminé par les micro-organismes (gants d’examen, garrot,
brassard à tension…), si cela est impossible ou si le matériel ne se prêt pas à une utilisation
individuelle, tous doit être nettoyé et désinfecté avec des désinfectants suffisamment actifs.
4- Lutte contre la colonisation cutanée et muqueuse
Les patients qui présentent les facteurs de risques tels que: une durée de ventilation
mécanique supérieure à 20 jours et une durée de sondage urinaire et cathétérisme veineux
centrale supérieure à 20 jours doivent subir une surveillance de la colonisation par E coli. Cette
surveillance consiste en des prélèvements urinaires ,sanguines à la fréquence d'une fois par
semaine. D'autres sites peuvent faire l'objet de prélèvement, il s'agit du pus, Prélèvement
rectal et bronchique.
78
Recommandations
5- La limitation de l’antibiothérapie antérieure à large spectre
Le début d'une antibiothérapie ne doit se faire que devant une infection documentée
(isolement du germe et antibiogramme). Cependant, l'administration d'antibiotique à large
spectre avant l'obtention des résultats de l'analyse bactériologique se fait chez les patients ayant
un haut risque d'acquisition d'infection aux germes multirésistants et chez lesquels le pronostic
vital est engagé, ou bien lors de l’existence de signes évidents de choc septique chez les patients.
Une antibiothérapie empirique inadaptée constitue un facteur de risque majeur, il est

responsable d'une pression de sélection à l'origine de l'émergence des souches d’E coli multi
résistantes, d’où la nécessité d'attendre des résultats de l'antibiogramme avant d’entamer toute
antibiothérapie.
6- Détection de l’origine de l’infection :Elle peut être endogène ou exogène
Origine exogène :
Il s'agit de mettre en évidence une éventuelle contamination croisée. Il faut donc procéder à
des prélèvements environnementaux (poignées de portes, matelas, draps, oreillers, dossiers,
lavabos, sol, robinets, air), chez le personnel soignant (main, blouses, stylos), et sur le matériel
médical.
Origine endogène :
C’est lorsque le patient s’infecte par sa propre flore.
7-La prise en charge de la source de contamination
Il s’agit de l’isolement des patients contaminés ou infectés, la décontamination du matériel

mis en cause.
En situation épidémique, il faut réaliser un écouvillonnage rectal et nasal de façon

systématique dès les premières 24 heures d'admission chez tout nouveau patient.
Le typage moléculaire doit être réalisé ultérieurement afin de lier l'émergence des infections
à une ou plusieurs souches, qu'elles soient humaine ou environnementale et de connaitre
l'écologie bactérienne des services.
8-Politique de la prescription des antibiotiques :
Il s’agit de la restriction de prescription des antibiotiques à large spectre, le remplacement

des C3G par une association de pénicilline avec un inhibiteur des pénicillinases.
79
Recommandations
Malheureusement dans la majorité des cas documentés dans le monde entiers seul l’imipenème
qui s'est montré efficace pour le traitement des infections à E coli, le principal inconvénient de
cette mesure est l’émergence et la propagation de résistance à l’imipenème due à la prescription
continue de cet antibiotique.
9-La surveillance
La surveillance constitue un élément primordial dans la lutte contre les infections

nosocomiales. Elle est pilotée par des structures spécifiques
 Le comité de lutte contre les infections nosocomiales CLIN

Le CLIN est une instance obligatoire depuis 1989, chargée de la lutte contre les infections
nosocomiales dans les Etablissements de soins. Il travaille en collaboration étroite avec l'Equipe
Opérationnelle d'Hygiène (EOHH). Le CLIN est composé de plusieurs catégories de
professionnels :
-Des représentants des professions médicales (médecin et pharmacien)
-Des représentants des professions paramédicales (soin ou médico-techniques)
-Des représentants des professions administratives, logistiques et techniques,
-L’EOHH,
-Des représentants des usagers (à titre consultatif).
Le rôle du CLIN :
Définir la politique de lutte contre les infections nosocomiales mise en application par
l’EOHH et l’ensemble des professionnels.
 L’Equipe opérationnelles d’hygiène (EOH)
Pour la réalisation de ces missions, le CLIN doit être assisté par une équipe opérationnelle
d’hygiène qui est composée de personnels médicaux et paramédicaux spécialisés en hygiène
hospitalière : elle associe un médecin ou un pharmacien, ainsi qu’un personnel infirmier. Cette
équipe peut être complétée par d’autres professionnels (techniciens bio-hygiénistes, techniciens
d’études cliniques).
 Le laboratoire de microbiologie :
La détection des épidémies
80
Recommandations
La surveillance des bactéries endémiques multi résistantes aux antibiotiques.
Suivi de l’écologie bactérienne et de l’évolution de la résistance aux antibiotiques
81
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Annexes
Les annexes
Annexe I: La fiche de renseignement
1- Identifications du patient :
Nom de patient :
Numéro du patient :
Age : ……………………………… Sexe : F: H:
Date d’admission au service :………./…./………
Motif d’admission :………………………………………………………………………………………………….
Avant l’admission au service de réanimation

A- Facteurs de risque
Etat physiologique débilitant : Oui non
□Age □ Pathologie métabolique
□ Atteinte cardiovasculaire □ Atteinte neurologique
□grossesse □ Pathologie respiratoire
□Pathologie immunitaire □ Atteinte rénale
□Dénutrition □ Pathologie cutanée
□Toxicomanie
Autres :
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
B- Gestes invasifs : Oui Non
Endoscopie
Cathéter
Intervention chirurgicale
Sondage urinaire
Intubation
Ventilation assistée
Trachéotomie
Autres :……………………………………………………………………………………………………………………………………………………
C -Antibiothérapie dans les 3 mois précédents le prélèvement : Oui Non
Antibiotiques Durés Cause
88
Annexes
Après l’admission au service de réanimation

A- Prélèvement
Type de prélèvements Date Bactéries isolées
B- Les signes cliniques liés aux Escherichia coli multi-résistante

……………………………………………………………………………………………………………………………………………
C- Présence d’E. coli : Oui Non
D- Les traitements en cours:

La Famille La voie d’admission Le dosage La durée
Les
antibiotiques
Autres
E- Examens complémentaires biologiques
GB
CRP:
89
Annexes
Annexe II:
90
Annexes
91
Annexes
Annexe III: Phénotype de résistance « sauvage » des entérobactéries aux β-lactamines.
Annexes IV: la galerie biochimique
Préparation de la galerie :
-Réunir le fond et le couvercle d’une boite d’incubation et répartir de l’eau distillée dans
toutes les alvéoles afin de créer une atmosphère humide ;
- Inscrire la référence de la souche sur la languette latérale de la boite ;
- Déposer la galerie sur le fond de la boîte.
Préparation de l’inoculum :
-A partir d’une culture pure, prélever 1 à 4 colonies bien isolées, N'utiliser que des
cultures jeunes (18-24 heures) ;
-Réaliser une suspension bactérienne dans un tube de 5 ml d’eau distillée stérile.
Inoculation de la galerie :
-Remplir chaque test avec la suspension en respectant les consignes suivantes :
92
Annexes
- Poser la pointe de la pipette Pasteur à l’intérieur et sur le côté pour éviter la formation
de bulles ;
- Pour les tests soulignés remplir la cupule et ajouter de l'huile de vaseline (ADH, LDC,
ODC, H2S, URE) ;
- Pour les tests encadrés remplir le tube et la cupule (CIT, VP, GEL) ;
- Pour les tests ni encadrés ni soulignés remplir juste la cupule ;
- Fermer la boite et incuber la galerie à 37° pendant 18 à 24h.
Lecture des résultats :
-Pour la recherche de l'indole rajouter quelques gouttes de réactif Kovacs dans la cupule
IND, une couleur rose indique une réaction positive.
-Pour la recherche de la TDA rajouter quelques gouttes de chlorure de fer III dans la
cupule TDA.
-Pour le test VP : ajouter 1 goutte des réactifs VP 1 et VP 2 dans la cupule VP. Attendre
5-10 minutes. Une couleur rouge indique une réaction positive
Identification :
- Reporter le profil numérique sur la fiche des résultats. - Se référer au logiciel

d’identification pour identifier la souche.
93
Annexes
Annexe V: Tableau de lecture de la galerie miniaturisée API 20E
94
Annexes
Annexe VI : Table de lecteur : Valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition et
des CMI chez entérobactéries
95
Résumé
Résumé
Introduction : L’augmentation de la résistance bactérienne aux antibiotiques est devenue un
problème majeur de santé publique. Escherichia coli est parmi les bactéries dont la multi-
résistance est très inquiétante surtout en milieu hospitalier.
Matériel et méthodes : C’est une étude descriptive rétrospective s’étalant respectivement du

mois d’Octobre 2017 jusqu’au mois de Septembre 2020 qui a eu lieu au service de réanimation
polyvalente CHU Nedir Mohammed unité Belloua .
Résultats : les résultats de cette étude révèlent un taux de résistance élevée aux aminopénicillines
soit 90% Tandis que , les céphalosporines de deuxième et de troisième génération gardent une
bonne activité avec un taux de sensibilité de 80% pour le céfotaxime et 75% pour le céfoxitine.
Toutefois, aucune résistance à l’imipenème n’a été observée dont la sensibilité est de 100%. Une
fréquence élevée a été enregistrée dans la tranche d’âge des personnes âgées plus de soixante ans
présentant des terrains débilitants d’immunodépression ou porteur de matériels invasifs .
Conclusion : de nos jours E.coli est devenu un germe opportuniste de plus en plus émergent
posant ainsi un sérieux problème pour le clinicien que pour le microbiologiste, ce qui nous
interpelle à redoubler de vigilance et tirer la sonnette d’alarme concernant l’application de bonnes
pratiques d’hygiène hospitalière et l’usage rationnelle des antibiotiques.
Mots clé : Escherichia coli, réanimation, opportuniste, résistance, antibiotique
Summary
Introduction: The increase in bacterial resistance to antibiotics has become a major public health
problem. Escherichia coli is among the bacteria whose multidrug resistance is very worrying,
especially in hospitals.
Material and methods: This is a retrospective descriptive study spanning from October 2017 to
September 2020, respectively, which took place in the multi-purpose intensive care unit CHU
Nedir Mohammed Belloua unit.
Results: the results of this study reveal a high rate of resistance to aminopenicillins, i.e. 90%
Tendis that, second and third generation cephalosporins retain good activity with a sensitivity rate
of 80% for cefotaxime and 75% for cefoxitin . However, no resistance to imipenem has been
observed with a sensitivity of 100%. A high frequency has been recorded in the age group of
people over the age of sixty with debilitating areas of immunosuppression or carrying invasive
materials.
Conclusion: nowadays E.coli has become an increasingly emerging opportunistic germ posing a
serious problem for the clinician as for the microbiologist, which calls on us to be extra vigilant
and sound the alarm bells concerning the application. good hospital hygiene practices and the
rational use of antibiotics.
Key words: Escherichia coli, intensive care, opportunistic, resistance, antibiotic

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REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE

Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique

Université Mouloud Mammeri FACULTE DE MEDECINE

MEMOIRE DE FIN D’ETUDE

en vue d’obtention du diplôme de doctorat

Antibiorésistance des souches d’Escherichia coli chez les patients hospitalisés

Melle BEDRANE Rofeida Melle LABACI Asma

 Présidente de jury : Dr. KESSAL F MAHU Faculté de médecine UMMTO

Année universitaire :2019 /2020

A mes très chers parents, en hommage à tous les sacrifices

A mes amis ainsi qu’a toute personne ayant m’encouragé ou aidé

3. Mécanisme de résistance d’E.coli aux déférentes familles d’antibiotiques ............... 29

MFS ; Major Facilitator Superfamily

VP : Réaction de Voges Proskauer

Liste des tableaux

Tableau 2 : Caractères biochimiques d’ E.coli………………………………………....…..6

Tableau 5: Fréquences d’isolement d’E. coli……………………………………………………14

Tableau 6: Répartition des souches d’E. coli selon les services………………………........15

Tableau 8 : Taux de résistance aux antibiotiques des souches d’E. coli…..…………………..17

Tableau 9 : Classification des antibiotiques selon leur site d’action………………….……20

Tableau 10 : Récapitulatif des mécanismes biochimiques de résistance aux principaux

Tableau 11 : Traitements des infections causées par E.coli…………………………………......43

Tableau 12 : Test de mannitol mobilisé……………………………………………………..53

Tableau 13 : Test citrate de Simmons……………………………………………………….53

Tableau 14 : Test TSI (milieu triple sucre)………………………………………………………….54

Tableau 15 : Test d’urée indole……………………………………………………………..54

Tableau 16: Test ONPG………………………………………………………………………………55

Tableau 17 : Recherche de décarboxylase…………………………………………………...55

Tableau 21 : Répartition des souches d’E. coli Selon le sexe………………………....….63

Tableau 23: La répartition des patients selon les antécédents médicaux……………….....65

Tableau 25: L’antibiothérapie prophylactique reçue par les patients………………….......67

Tableau 26: Répartition des patients selon la durée d’hospitalisation…………….…........68

Tableau 27 : taux de résistance d’E. coli aux antibiotiques…………….…………………69

Tableau 28 :comparaison de la répartition d’E. coli selon la nature de prélèvements….....71

Liste des figures

Figure 1 : E. coli après coloration de Gram(b) et sous microscope électronique(a)………..…4

Figure 2 : Aspect d’E.coli sur gélose nutritive……..………………………………………….4

Figure 3 : Aspect d'E.coli sur milieu EMB……...……………………………………….……5

Figure 4 : Aspect d’E.coli sur milieu Hektoen………………………………………………...5

Figure 5 : Aspect d’E’coli sur gélose au sang…………………………………………………5

Figure 6:Aspext d'E. coli sur milieu Marc Conkey…………………………………………………6

Figure 7: Prévalence croissante de la multi résistance en Europe de 2002 à 2009 chez

Figure 8 : Taux de sensibilité aux différents antibiotiques sur l’ensemble de la population………...11

Figure 9 : Fréquence d’isolement d’E. coli en fonction des hôpitaux et de la période

clinique. Adaptée de Walsh (2003)………………………………………………………….19

Figure 12 : Représentation schématique du système d’efflux……………………………….27

Figure 13: Mécanisme d'hydrolyse d'une β-lactamine par une βlactamase………………………..30

Figure 15: Exemple de lame en verre avec son quadrillage……………………….….……..48

Figure 16 : Schéma d'une portion de lamelle………………………………………......……48

Figure 17 :E .coli observée sur Hektoen…………………………………………………….49

Figure 19 : Galerie biochimique Api 20E d’E. coli…………………………………………52

Figure 20 : Antibiogramme d’E.coli…………………………………………………………57

Figure 23 : Répartition des souches d’E. coli selon le type de prélèvements…………..….….63

Figure 24 : Répartition des souches d’E. coli Selon le sexe……………….……………......64

Figure 26 : La répartition des patients selon les antécédents médicaux………………….66

Figure 27:Répartition des patients selon les gestes invasifs pratiqués…………..………….67

Figure 28 : L’antibiothérapie prophylactique reçue par les patients……...………….………68

Figure 29 : Répartition des patients selon la durée d’hospitalisation…………………...……69