MICROBIOLOGIE APPLIQUEE module : Microbiologie médicale

LES BACTERIES PATHOGENES D’ORIGINE HYDRIQUE

I. Introduction
L’eau est indissociable de la vie et en particulier de celles des populations humaines dont
elle a influencé l’histoire et conditionné le développement. Elle est aussi un des principaux
vecteurs de la transmission de nombreuses maladies qui sont à l’origines d’importantes
épidémies humaines ou animales. De nombreux germes infectieux sont ainsi transmis et
entrainent une mortalité humaine élevée.
Il s’agit de microorganismes pouvant exister à l’état naturel ou être le résultat d’une
contamination par des matières fécales d’origine humaine ou animale. Les sources d’eau de
surface, comme les lacs, les rivières et les réservoirs sont plus susceptibles d’en contenir que
les sources d’eaux souterraines, à moins que ces dernières ne le soient sous l’influence directe
des eaux de surface.
Cependant les microorganismes pathogènes les plus impliqués dans la transmission de
maladies liées à l’eau sont bien connus et ne se résument pas uniquement aux bactéries
entériques
A/ LES BACTERIES INDICATRICES DE CONTAMINATION FECALE :
Ce sont les indicateurs microbiens de pollution fécale appelés aussi germes test ou
germes témoins de contamination fécale
A.1. Coliformes totaux (CT)
Les coliformes totaux correspondent à des bacilles Gram négatif, non sporulés, oxydase
négatifs, aérobies ou anaérobies facultatifs. Capables de fermenter le lactose avec production
d’acide et de gaz en 48heures à une Ils se repartissent en deux catégories :
o Les germes d’origine fécale stricte : Escherichia coli, Citrobacter, Levinea, Klebsiella
pneumoniae, Enterobacter cloacae
o Les germes provenant d’autres sources environnementales (aquatique ou terrigène) :
Enterobacter intermedium et amnigenus, Klebsiella terrigena, Buttiauxella agresti
température de 35-37°C
 A.2. Coliformes fécaux (CF) ou coliformes thermotolérants (CTT)
Ce sont des bacilles gram négatifs, aérobie, anaérobie facultatifs, Oxydase (-), Lactose
(+) Les coliformes fécaux sont un sous-groupe des coliformes totaux et comptent parmi leurs
membres des espèces de bactéries comme Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae.
B/ PRINCIPALES BACTERIES PATHOGENES D’ORIGINE HYDRIQUE
L’eau peut être un véhicule de nombreux germes pathogènes entraînant des maladies à
transmission hydrique.
Dans le groupe des bactéries à transmission hydrique, on distingue principalement deux
types : les bactéries indicatrices de pollution fécale d’une part et les bactéries pathogènes et
toxiques d’autre part.
1. Escherichia coli O157:H7 et les Escherichia producteurs de Shigatoxines (STEC)

E. coli entérohémorragique (EHEC) est un pathogène préférentiel du côlon. L’infection à

EHEC survient généralement après ingestion d’aliments ou d’eau contaminés ou après un
contact avec des personnes ou des animaux porteurs de la bactérie.
EHEC est capable d’induire, après une étape de diarrhée sécrétoire, une diarrhée
sanglante, et éventuellement une hémolyse et une insuffisance rénale. Cette dernière propriété
semble liée à la synthèse de toxine du type Shigella.

a. POUVOIR PATHOGENE
 b. Virulence des EHEC
 Facteurs de virulence
1- Adhésion à la muqueuse digestive Adhésion aux entérocytes grâce à des pili
spécifiques (CFAs, Css. . .)
2- Production de verotoxine ou shigatoxine thermostables (ST) et/ou thermolabiles (LT)

3- Autres facteurs de pathogénicité

1- Lésions d’attachement et d’effacement

Au niveau du colon et du caecum

Ces souches adhèrent aux cellules épithéliales par des fimbriae dont les gènes sont
plasmidiques, elles vont ensuite renforcer leur adhésion et provoquer un effacement
caractéristique des microvillosités de la cellule intestinale, grâce à différents gènes
chromosomiques, regroupés dans un îlot de pathogénicité appelé LEE (locus d’effacement de
l’entérocyte). Le renforcement de l’adhésion est dû à une interaction entre l’intimine exprimée
sur la membrane externe de la bactérie et son récepteur situé sur la membrane de l’entérocyte.
Le récepteur de l’intimine est en fait une protéine excrétée par la bactérie. La bactérie excrète
en effet différentes protéines par un système de sécrétion du type III. Ces protéines vont agir
sur la cellule cible. L’effacement des villosités s’accompagne de remaniements du
cytosquelette et de perturbations fonctionnelles (fuite d’électrolytes).
-

Figure 1 : Lésions d’attachement et d’effacement

2- Verotoxines ou Shiga like toxines

 Ce sont des Exotoxines protéiques dont la synthèse est codée par des phages tempérés

(Transfert horizontal du gène stx de Shigella dysenteriae type 1 vers E. coli par des
bactériophages… passage vers d’autres coliformes), qui se fixent sur des récepteurs Gb3 (à la
surface des entérocytes, capillaires du TD, sur les cellules endothéliales du rein humain, dans
les glomérules des enfants < 2 ans, sur les cellules endothéliales du pancréas et du système
nerveux central) ce qui provoque la mort par arrêt de la synthèse protéique
 Figure 2 : Mécanisme d’action de la Shigatoxines

3- Autres facteurs de pathogénicité

 Hémolysine gène ehxA (plasmides)
 Système de transport du fer : gène chuA (chromosome)
 Résistance à l'acidité gastrique : gène rpoS codant pour un facteur permettant la survie
du Serine protéase (EspP) plasmidique : clivage du facteur V
  germe à un pH <2,5
 Enterotoxine thermostable EAST1 : diarrhée aqueuse
 Catalase (KatP) plasmidique : burst oxydatif des PNN et des macrophages
 Toxine Clostridium difficile like

c. Clinique

 SHU POST-DIARRHEE (D+)

SHU défini par la triade 1- anémie hémolytique 2- thrombopénie (< 150 000/mm3) 3-
insuffisance rénale aiguë.
 SHU D+ 90-95 % des SHU du à une infection à E.coli producteurs de shiga toxine (Stx)

d- Diagnostic bactériologique des infections à STEC

Recueil des selles STEC : portage bref 4 à 7 jours maximum après le début des symptômes

d. 1. Mise en évidence des Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC)

Le diagnostic des infections à EHEC est difficile, ces bactéries étant rapidement
éliminées du tube digestif. De plus, la quantité présente dans les selles reste très faible, surtout
au moment de l'apparition du SHU . Le recueil des selles doit s'effectuer au maximum 4 à 6
jours après le début des prodromes digestifs. Le diagnostic (fig. 17.6) repose d'une part sur la
mise en évidence des EHEC dans les selles par des méthodes phénotypiques et biochimiques,
et d'autre part sur la détection des gènes de virulence ( stx et eae ) par des méthodes
moléculaires. Il est indispensable de réaliser un enrichissement des selles en eau peptonée
pendant 4 à 6 heures à 37 °C. Il existe également un diagnostic sérologique reposant sur
l'augmentation du titre sérique des anticorps spécifiques antilipopolysaccharides (LPS).
d. 2. Méthodes biochimiques de détection et d'isolement des EHEC
Les EHEC n'ont pas de propriété biochimique commune permettant leur isolement sur un
milieu particulier, sauf le sérotype O157 : H7. En effet, contrairement aux autres E. coli E.
coli O157 : H7 ne fermente pas le sorbitol et ne possède pas de β -glucuronidase. Ainsi,
l'absence de fermentation de sorbitol a justifié l'utilisation de la gélose MacConkey au sorbitol
(SMAC). Le milieu SMAC a été rendu plus sélectif par l'adjonction de tellurite et de céfixime
dont les CMI sont plus élevées pour les E. coli O157 : H7 que pour les autres E. coli. La
présence de colonies suspectes (sorbitol négatives) d' E. coli O157 : H7 sur SMAC doit être
confirmée par :
• un test d'agglutination latex réalisé directement sur la colonie suspecte pour vérifier la
présence de l'antigène somatique O157 ;
• l'identification biochimique de l'espèce.

Figure 3 : Aspect des colonies d’Escherichia coli O157 : H7 Colonies sorbitol – sur milieu
SMAC – céfixime-tellurite ; à gauche, d’Escherichia coli sorbitol positif à droite.

Figure 4 : Principe de mise en évidence des EHEC dans les selles.

 METHODES DE DETECTION DES STEC non O157

Isolement : milieu Drigalski, Hektoen ou la Gélose au sang - enterohemolysin agar

- Agglutination des sérotypes « EPEC » classiques

- Mise en évidence des gènes de virulence

- PCR positive rond l’Isolement de la bactérie indispensable

- Etudes épidémiologiques moléculaires (Ribotypie, pulsotypie).

Sérum précoce et sérum tardif

- Mise en évidence des anticorps anti LPS de 25 serogroupes d'E.coli dont O157 : H7

- Ac de classe IgA, IgM, et IgG par techniques ELISA, immunoblotting,

hémagglutination

Indispensable pour les études épidémiologiques lorsque la mise en évidence des STEC
dans les selles est négative ou impossible et l’identification des autres sérogroupes STEC