Les Entérobactéries ***

Dr Adam Ben Nasr

Professeur agrégée en microbiologie
Laboratoire de biologie médicale – Centre de maternité et de néonatologie de Monastir
Faculté de Pharmacie de Monastir
 OBJECTIFS
• Déterminer les caractères communs et la structure
antigénique des entérobactéries
• Préciser les caractères bactériologiques
(biochimiques, culturaux …) ainsi que les facteurs de
virulence des différentes bactéries étudiées
• Expliquer la physiopathologie et le pouvoir pathogène
notamment des E. coli, Salmonella et Shigella et
Préciser le diagnostic bactériologique correspondant
• Donner la prise en charge adéquate lors des infections
dues aux entérobactéries
 Introduction

• La famille des Enterobacteriaceae ou

entérobactéries:
• Elles sont présentes dans de nombreux écosystèmes,
en particulier l'intestin qui leur a donné son nom
mais aussi dans l'environnement (eau, sol)
• Elles peuvent être saprophytes, commensales ou
pathogènes
 Taxonomie
• Règne : Bacteria,
• Embranchement : Proteobacteria,
• Classe : Gamma-proteobacteria,
• Ordre : Enterobacteriale,
• Famille : Enterobacteriaceae,
 Définition: Caractères communs

• Bacilles à Gram négatif

• Se développent sur gélose nutritive ordinaire
• Aéro- anaérobies facultatifs (AAF)
• Fermentent le glucose
• Réduisent les nitrates en nitrites
• Dépourvues d'oxydase
Genres de la famille ENTEROBACTERIACEAE
• Certains sont anciennement décrits et sont souvent
rencontrés en pathologie humaine :
– Escherichia, Shigella
– Salmonella, Citrobacter
– Proteus, Providencia, Morganella
– Klebsiella, Enterobacter, Serratia, Hafnia
– Yersinia, Edwarsiella

• D’autres plus récemment décrits et peuvent être

rencontrés dans l’environnement mais sont rarement
isolés chez l’homme : ex Kluyvera, Rhanella
Genres de la famille ENTEROBACTERIACEAE
 Classification
• Les entérobactéries ont un % GCcompris entre 38 et 60

• La distinction entre les genres se fait par l'étude des

caractères biochimiques dont les plus importants sont :
– fermentation du lactose,
– production d'indole,
– production d'uréase,
– production d'acétoïne (réaction dite VP+),
– utilisation du citrate,
– désamination du tryptophane
Identification biochimique
des Entérobactéries
 Caractères culturaux
• Les entérobactéries se développent bien dans un bouillon ou
sur gélose ordinaire incubée 18-24 h à 35-37°C, Exception
Yersinia (30-37°C) et Pantoea et Erwinia (27-30°C)
• Plusieurs formes peuvent être observées :
– Les formes S : « Smooth » colonies lisses, bombées, brillantes et
humides, 2 à 4 mm de Ø. Le bouillon est trouble de façon homogène
– Les formes R : « Rough » s’observent surtout avec les souches ayant
subi plusieurs repiquages ; les souches sont rugueuses, de contour
irrégulier. En bouillon les formes R donnent un aspect granuleux
– Les colonies muqueuses : bactéries capsulées sont habituelles avec les
Klebsiella
– Les colonies naines: s’observent avec des souches déficientes dans
certaines de leurs chaines métaboliques ; peuvent être observées chez
E.coli isolées d’infections urinaires
 Structure antigénique
• Différents types d’antigènes sont retrouvés
chez les entérobactéries
Structure antigénique
Les antigènes somatiques O

• La paroi des Entérobactéries est recouverte d'une membrane

externe dont le feuillet externe contient du LPS en grande quantité
• Endotoxines des bactéries à Gram négatif (LPS) complexes
• Thermostables, résistent à l’alcool ou à l’acide
• Très toxiques
• Antigéniques, entraînent la formation d'anticorps spécifiques anti-
O
• Identifiés par des sérums spécifiques :
– Agglutination lente,
– Agglutinats granulaires difficilement dissociables par agitation
 Structure antigénique
Les antigènes flagellaires H

• De nature protéique
• N’existent que chez les bactéries flagellées
• Non toxiques
• Thermolabiles et inactivés par l’alcool
• Au cours des infections systémiques à entérobactéries, il y
a formation d'anticorps anti H
• Les réactions d’agglutination se produisent:
– Rapidement
– Agglutinats floconneux, facilement dissociables par agitation
 Structure antigénique
Les antigènes capsulaires K ou Vi
• De nature polysaccharidique
• Quand ils sont présents, ils entourent le corps bactérien
• Ils empêchent les anticorps d’accéder aux antigènes O
et rendent les bactéries O-inagglutinables ;
• Ils sont détruits par une ébullition de deux heures
• Exemple:
– Antigène K des Klebsiella et E.coli
– Antigène Vi de certaines Salmonella ou Citrobacter
 Structure antigénique
L’antigène de Kunin (Enterobacteriaceae common antigen; ECA)

• Commun aux Enterobacteriaceae,

• N’est pratiquement retrouvé que dans cette
famille
• A un intérêt taxonomique
 Structure antigénique
Double intérêt :

• Intérêt épidémiologique
– Classer en sérotypes les souches appartenant à une même espèce ou à un

même genre
– Grand intérêt épidémiologique pour certaines entérobactéries pathogènes

: Salmonella, Shigella, Escherichia coli

• Intérêt diagnostique
– Ac anti-O et anti H peuvent être dosés dans certains cas et fournir un

moyen indirect de faire le diagnostic de la maladie,

– Exemple: le sérodiagnostic de Widal et Felix dans le cas des fièvres
Sensibilité aux antibiotiques
Résistances naturelles aux antibiotiques
Sensibilité aux antibiotiques
Résistances naturelles aux antibiotiques

Groupe des Entérobactéries

 Résistances acquises aux antibiotiques
• Plusieurs mécanismes de résistance acquise vis-à-vis de plusieurs
antibiotiques appartenant à différentes familles se sont
développés chez les entérobactéries

• De nombreuses enzymes d’inactivation des βLs ont été décrites:

– Les β-lactamases à spectre étendu (BLSE) d’origine plasmidique
hydrolysent notamment les C3G
– Les céphalosporinases plasmidiques
– Les carbapénémases hydrolysent les carbapénèmes
– L’association de plusieurs mécanismes (enzymatiques et
autres) est à l’origine de la multirésistance des entérobactéries en
milieu hospitalier
« Tribu des Escherichiae »
Entérobactéries VP − , TDA − et Uréase −

Escherichia, Salmonella, Shigella, Citrobacter

Edwardsiella, Kluyevera, Leclercia, Leminorella, Moellerella (rarement isolés)
Escherichia coli
 1. Habitat
• Commensale de tube digestif de l’homme et des animaux

• Dans l’intestin, espèce aérobie quantitativement la plus

importante: 10 7 à 10 9 bactéries/g de selles

• La recherche des E.coli dans l’eau d’alimentation: colimétrie

• Présence d’ E.coli dans l’eau de boisson, de baignade et

dans les aliments: témoin d’une contamination fécale
récente et les rend impropres à la consommation
 2. Caractères bactériologiques
2.1. Culture

• E.coli se développe en 18-24 heures à 37°C sur

milieux gélosés: temps de division de 20 à 40 min

• Colonies rondes, lisses, à bords réguliers de 2 à 3mm

de Ø, non pigmentées

• Sur gélose au sang, elles peuvent être hémolytiques

2.2. Caractères biochimiques et métaboliques

• A coté des caractères qui définissent la famille, d’autres caractères

permettent d’identifier l’espèce E.coli

• Caractères souvent positifs : Mannitol, Indole, ONPG (Ortho-Nitro-

phenyl β Galactosidase)

• Caractères positifs de façon moins constante : mobilité, lysine

décarboxylase, ornithine décarboxylase, sorbitol et production de
gaz lors de fermentation du glucose

• Caractères toujours négatifs : Uréase, Tryptophane désaminase

(TDA), citrate de Simmons, production d’acétoïne (VP) et production
de gélatinase
 2.3. Structure antigénique
• Les antigènes somatiques ou antigènes O : lipopolysaccharidique
(endotoxine) ; environ 160 antigènes O différents
• L’utilisation d’immuns sérums spécifiques de ces antigènes permet
de classer sérologiquement les E.coli ;
• Certains sérotypes sont corrélés au pouvoir pathogène exemple:
– E.coli O157 est entérohémorragique
– E.coli O111 est enthéropathogène

• Antigène K ou capsulaire : polysaccharidiques, environ 70 Ags

différents sont reconnus; méningites néonatales : antigène K1
• Antigène H ou flagellaire : de nature protéique, ne sont présents
que chez les souches flagellées, 52 types
 3. Pouvoir pathogène et physiopathologie
Responsable d’infections diverses
3.1. Les infections extra-intestinales
3.1.1. Les infections urinaires
• E. coli est responsable de la majorité des infections urinaires
de la femme jeune (bactérie uropthogène)
• Certaines souches de la flore fécale sont dotées à leur surface
d’adhésines (pili ou fimbriae) qui leur permettent d’adhérer
spécifiquement aux épithéliums urinaires
• Ces souches gagnent la vessie par voie ascendante ;
• Ils sont responsables de cystites et /ou de pyélonéphrites
 3.1. Les infections extra-intestinales

3.1.2. Les infections abdominales

• Cholécystites, péritonites ou salpingites

3.1.3. Les méningites néonatales

• Souvent graves ;
• la contamination se fait au moment de passage dans la filière génitale de
la femme au moment de l’accouchement
• 80% des souches possèdent l’antigène polysaccharidique K1

3.1.4. Les bactériémies

• Consécutive à une infection localisée peuvent évoluer vers un choc
septique gravissime du à l’action du lipopolysaccharide (LPS) ou
endotoxine
 3.2 Les infections intestinales
• Les diarrhées infectieuses peuvent revêtir des formes
différentes en fonction de facteurs de virulence codés par les
gènes hébergés par ces souches ;
→ les mécanismes physiopathologiques varient selon les
pathovars

E. coli entéropathogènes : EPEC

• Ces souches sont dites E. coli des gastroentérites infantiles
(enfants de moins de deux ans)
• Responsables de diarrhées infantiles graves ou toxicoses
survenant par épidémies dans des crèches ou des maternités
• Les sérotypes les plus fréquents : O111, O25, O 86
 E. coli entéropathogènes : EPEC
• Ces bactéries colonisent la muqueuse intestinale et adhèrent
fortement aux entérocytes
• Mécanisme cytotoxique ; elles produisent des lésions
d’attachement- effacement caractérisées par la destruction
localisée des microvillosités et induisent des altérations des
cytosquelettes des cellules épithéliales: 13 sérotypes principaux
• Le gène eae codant pour une protéine de 14 Kd « intimine » est
nécessaire à cette action
E. Coli entéropathogène; mécanisme cytotoxique
→ Syndrome cholériforme
 E. coli entéroinvasives : EIEC

• Les ECEI ont beaucoup de caractères communs avec les Shigella

: absence de fermentation de lactose, immobile et présence de
plasmide de virulence

• Sont responsables des syndromes dysentériformes Dose

infectantes de 108 bactéries

• Elles ne produisent pas de toxines mais ont la capacité

d’envahir les cellules de la muqueuse intestinale où elles
induisent une réaction inflammatoire intense et provoquent
des ulcérations et des micro-abcès (même mécanisme
physiopathologique pour Shigella)
 E. coli entérotoxinogènes : ETEC

• Responsables de Diarrhées très liquidiennes

survenant chez les enfants dans les pays en
développement oùs elles sont souvent épidémiques

• Diarrhées de sujets étrangers voyageant dans ces

pays : diarrhée de voyageurs ou « tourista »

• La diarrhée dure 3 à 4 jours et elle est bénigne

 E. coli entérotoxinogènes : ETEC

• ECET peuvent produire différents facteurs de virulence

1. Facteurs d’adhésion:
– Pili ou fimbriae :d’origine plasmidique permettent à la
bactérie d’adhérer à la muqueuse de la partie haute de
l’intestin
– Facteurs de colonisation CFA (Clonization factor antigen)
de nature protéique, antigénique et d’origine plasmidique

• Ces adhésines permettant aux souches d’E. coli de coloniser

et d’adhérer à la muqueuse de la partie haute de l’intestin
grêle
 E. coli entérotoxinogènes : ETEC

2. Exotoxine d’origine plasmidique

• Entérotoxine LT: protéine thermolabile

– Immunologiquement et physiopathologiquement apparenté à la
toxine cholérique
– Active l’adenyl cyclase et entraine une importante augmentation
de la production d’AMP cyclique et une fuite d’eau et d’électrolyte

• Entérotoxine ST : protéine thermostable

– Elle stimule l’activité guanylate cyclase des entérocytes
provoquant une sécrétion accrue des ions chlorures, une
inhibition de l’absorption des ions sodium et une importante fuite
hydrique
 E. coli entérotoxinogènes: ETEC
• En fonction de la nature du plasmide qu’elle
héberge, une souche d’ETEC peut produire l’une,
l’autre ou le deux entérotoxines ;

• Dans tous les cas la diarrhée est :

– Aqueuse
– Sans fièvre
– Ni leucocytes dans les selles

• Elle est plus intense avec les souches LT+ et ST+

qu’avec celles qui produisent ST uniquement
Pathogenèse d’ETEC
 E.coli entérohémorragiques: ECEH
• ECEH: ou productrices de vérotoxines

• Appartiennent à des sérotypes particuliers :

O157:H7 / H11 (steacks hachés)
et O104:H4 (graines germées)

• Essentiellement les enfants de moins de 2 ans

• En plus de phénomène d’attachement effacement, elles

produisent de grandes quantités de Vérotoxine ou toxines Shiga
like toxin ; passant dans la circulation, ces toxines provoquent
une thrombose de la microcirculation intestinale et rénale
 E.coli entérohémorragiques: ECEH

• Syndrome dysentérique
• Contamination par nourriture contaminée: Maladie des
hamburgers
• Après ingestion de la viande de bœuf contaminée par E. coli
sérotype O157 H11 et insuffisamment cuite ou des produits
laitiers non pasteurisés (O111): cas sporadiques ou
épidémiques de colite hémorragiques peuvent être observés
• Elles peuvent se compliquer surtout chez l’enfant, d’un
syndrome hémolytique et urémique (SHU) avec une anémie
hémolytique avec thrombopénie, insuffisance rénale et des
signes nerveux centraux
 E.coli entéroagrégatifs: EAgEC

• Responsables de diarrhées persistantes (durent jusqu’a

14 jours)
• Adhèrent aux cellules en formant des agrégats
• Adhésion est à l’origine des nécroses des villosités avec
survenue d’œdèmes et d’ hémorragies de la sous
muqueuse
• Produisent une entérotoxine thermostable et une
hémolysine thermolabile
Les différents pathovars d’E. coli intestinaux
 4. Diagnostic bactériologique
Infections intestinales :
• Isolement d’ E. coli et mise en évidence des facteurs de
virulence
• Isolement d’ E. coli :
– Coproculture sur milieu gélosé non inhibiteur d’ E. coli :
Drigalski, Mac Conkey avec ou sans sorbitol, éosine- bleu
de méthylène
– Identification d’E. coli sur la base des caractères
biochimiques et métaboliques
– Identification sérologique éventuelle par agglutination :
recherche des sérotypes entéropathogènes ou
entérohémorragiques
 4. Diagnostic biologique
Infections intestinales :

• Mise en évidence des facteurs de virulence (laboratoires

spécialisées)

– Méthodes immunologiques par agglutination,

immunoprécipitation en gel à l’aide des antisérums : CFA, toxines
– Mise en évidence des gènes codant pour les différentes toxines ou
adhésines par biologie moléculaire
– Mise en évidence de l’effet cytotoxique de certaines toxines sur
cellules en culture ou pouvoir pathogène expérimental sur des
animaux de laboratoire
 4. Diagnostic bactériologique
Infections urinaires
• la numération se fait sur urines de matin ou ayant
séjournées plus de 4 heures dans la vessie
• des urines prélevées en milieu de jet chez l’adulte
autonome ou à l’aide de collecteurs chez le
nourrisson dans des conditions rigoureuses
d’asepsie,
• ensemencées immédiatement ou conservées à +4°C
 4. Diagnostic bactériologique
Infections urinaires (suite)
• Le milieu utilisé est une gélose ordinaire, un milieu
sélectif pour entérobactéries ou le mieux un milieu
chromogène

• La culture est significative quand le nombre de bactérie

est ≥ 103 UFC/ml

Autres infections
• isolement à partir de différents produits pathologiques :
pus divers, hémocultures, biomatériaux, LCR
 5. Sensibilité aux antibiotiques
• Les souches communautaires sont restées généralement
sensibles

• Cependant la résistance aux amino et carboxypénicillines

par production d’une pénicillinase concerne plus que 40%
des souches ; une partie de ces souches résistent à
l’association amoxicilline - acide clavulanique

• Pour les autres antibiotiques les fréquences de résistance sont

faibles à l’exception des sulfamides, tétracyclines et
chloramphénicol
 5. Sensibilité aux antibiotiques
• Les souches nosocomiales sont par contre de plus en
plus résistantes car elles ont acquis plusieurs
mécanismes de résistance
– Enzymatiques (céphalosporinases hyperproduites, BLSE,
carbapénémase)
– Imperméabilité
– Efflux
• L’antibiogramme est donc impératif pour un traitement
optimal des infections à E. coli
Salmonella
 1. Taxonomie et nomenclature
• Le genre Salmonella comprend 2 espèces : S.enterica
et S.bangori
• S.enterica est la plus fréquente ; elle est subdivisée
en 6 sous espèces sur la base des caractères
biochimiques :
– Sous espèce I : Salmonella enterica subspecies
enterica : la plus fréquente renferme plus de 99% des
souches isolées chez l’homme et d’animaux à sang
chaud
 1. Taxonomie et nomenclature
• Salmonella enterica subspecies enterica (suite)
– Divisée en sérotypes ou sérovars (> 2000 sérovars) ;
chaque sérotype est caractérisé par ses antigènes O et
ses antigènes H
– Quelques sérotypes (S. Typhi, Para typhi C et S. Dublin)
possèdent de plus un antigène Vi d’enveloppe

→ Pour indiquer qu’il s’agit bien de sérotypes et non pas

d’espèces, les noms de Salmonella ne sont pas écrits en
italique mais en romain et la première lettre est une
majuscule, exemple : S. Typhimirium
 1. Taxonomie et nomenclature
– Sous espèce II : Salmonella enterica subspecies salamae
– Sous espèce III : Salmonella enterica subspecies arizonae
– Sous espèce IV : Salmonella enterica subspecies diarizonae
– Sous espèce V: Salmonella enterica subspecies houtenae
– Sous espèce VI : Salmonella enterica subspecies indica

Les sous espèces de II à VI sont isolés d’animaux à sang froid

et de l’environnement. Ils n’ont pas d’intérêt médical
 2. Habitat et transmission
• Il est classique de distinguer:
– S.Tyhi et S.Paratyphi A, B et C responsables de fièvres
typhoïdes et paratyphoïdes qui sont strictement adaptées
à l’homme
– Autres sérotypes dites Salmonella mineurs ou ubiquistes
ou non typhoïdiques: Parasites de tube digestif de
l’homme et des animaux
• Après la maladie certains sujets restent porteurs sains et
éliminent pendant plusieurs mois des Salmonella dans leurs
selles
• Les salmonelles sont retrouvées dans les eaux d’égout en
particulier
 2. Habitat et transmission
• La contamination de l’homme : voie orale, favorisée
par les repas pris en collectivités où les aliments sont
préparés bien avant d’être consommés

• Origine de la contamination: viandes de volailles,

charcuteries coquillage et produits à base d’œufs non
cuits (mayonnaise)
 3. Caractères bactériologiques
• Caractères morphologiques, culturaux et métaboliques communs
aux entérobactéries

• Sous espèce I de Salmonella enterica subspecies enterica :

– Bacilles mobiles sauf (S.Gallinarum)

– Gaz en glucose + (sauf S.Typhi)
– Lactose et ONPG négatifs
– Possèdent une LDC (sauf S.Paratyphi A) et une ODC
– Utilisant le citrate de Simmons comme seule source de carbone (sauf
S.Typhi et S.Paratyphi A)
– Ne possèdent ni TDA ni uréase ni gélatinase
– Ne fermentent pas le saccharose, le raffinose et la salicine
– La réaction de Voges Proskauer (VP) est négative
 4. Structure antigénique
et classification de Kaufman White
Les antigènes O
• La structure des chaines polysaccharidiques du
lipopolysaccharide des Salmonella permet d’identifier
environ 67 spécificités antigèniques O différentes:
– Les antigènes O majeurs qui définissent des groupes
sérologiques : exemples O2/groupe A ; O4/groupe B. O
6,7/groupe C ; O9 groupe D etc
– Les antigènes O accessoires : peuvent exister chez des
souches des groupes différents : exemple O12 existe chez
des souches de groupe A, B et D.
 4. Structure antigénique
et classification de Kaufman White

• Les antigènes O sont détruits par le formol

• Les formes R ne possèdent pas d’antigène ; elles sont non

sérotypables mais autoagglutinables dans l’eau physiologique

• La structure antigénique O peut être modifiée par des

bactériophages dits convertisseurs

• Les antigènes O suscitent la production des anticorps dosables

qui apparaissent 7 à 8 jours après le début de l’infection et
persistent jusqu’à 2 à 3 mois
 4. Structure antigénique
et classification de Kaufman White
Les antigènes H

• Les flagelles sont constitués d’une protéine flagelline dont la

composition en acides aminés détermine le type antigénique
H

• La plupart des salmonelles possèdent deux gènes qui codent

pour deux flagellines différentes et qui s’expriment
alternativement : H1 pour la phase 1 et H2 pour la phase 2 ;

• Certaines souches sont monophasiques; ne peuvent

synthétiser qu’une seule spécificité de flagelline
 4. Structure antigénique
et classification de Kaufman White
• Les antigènes de la phase 1 sont désignés par des lettres a, b c….z, z1,
z2, z3 ……… ; les antigènes de la phase 2 sont désignés par des chiffres
• Les antigènes H sont immunogènes et induisent la synthèse en 10 -
12 jours d’anticorps spécifiques protecteurs qui persistent durant
plusieurs années

Les antigènes Vi
• Ne sont trouvés que de façon inconstante chez 3 sérotypes: S.Typhi,
S.Paratyhi C et S.Dublin
• Les souches Vi + qui possèdent une quantité importante d’antigène Vi
sont O inagglutinables, elles deviennent O agglutinables après un
chauffage à 100°C.
 Classification de Kaufman White
• Indique pour chaque sérotype les Ag O, Vi et H dont la
détermination est utile pour le typage sérologique. A
chaque sérovars correspond une formule antigénique

• Exemple S. Typhimirium : O1,4, (5),12 : i : 1,2

– possède: l’antigène O4 qui définit le groupe B (tous les
sérovars qui possèdent cet antigène appartiennent à ce
groupe)
– les antigènes O : 1, 5 et 12 accessoires et peuvent être
retrouvés dans des sérovars d’autres groupes
– Les phases flagellaires Hi et H1,2
 Classification de Kaufman White
• Le milieu Sven Gard est utilisé, dans la procédure de sérotypage
des Salmonella (Classification de Kaufman White) , pour la mise
en évidence de la phase inapparente des Salmonella diphasiques
(Méthode de Sven Gard)

• Les antigènes H des Salmonella sont soit monophasiques soit

biphasiques (les bactéries peuvent exprimer alternativement 2
spécificités différentes avec une fréquence de l’ordre de 10-5),
dans ce cas, on ne peut identifier qu'une des 2 phases de
l'antigène H

• Il faut alors déterminer la spécificité de la seconde phase en

utilisant la gélose Sven Gard pour inversion de phase additionnée
d'une goutte d'antisérum SG contenant l'agglutinine de la phase
 Méthode de Sven Gard:
inversion de phase de l'antigène H des salmonella
Classification de Kaufman White
 5.Physiopathologie
5.1. Fièvre typhoïde
 5.Physiopathologie
• Après l’ingestion, les bacilles typhiques adhérent sur les entérocytes et les
follicules lymphoïdes (cellules M des plaques de Peyer), sont internalisés par
le système actine-dépendant, accèdent à la lamina propria, sont phagocytés
par les macrophages dans lesquels ils se multiplient et rejoignent les
ganglions mésentériques

• Quelques bacilles gagnent le courant sanguin, la plupart sont détruits dans les
ganglions lymphatiques. Leur lyse libère l’endotoxine qui va imprégner les
terminaisons nerveuses du système neurovégétatif abdominal, créent des
lésions intestinales qui sont envahies ensuite par les salmonelles éliminées
dans la bile

• L’endotoxine diffuse dans tout l’organisme et se fixe sur les centres nerveux
diencéphaliques et sur d'autres organes, dont le myocarde

• De l’importance de l’inoculum, des possibilités de défense de l’hôte

dépendent la gravité des symptômes
 5.Physiopathologie
5.2. Les salmonelloses non typhiques

• Les germes sont invasifs, se multiplient dans la lamina propria

et entraînent une diarrhée par production d’une entérotoxine

• Ils ne donnent pas habituellement de bactériémie prolongée,

car ils sont rapidement captés par les phagocytes et tués, sauf
pour S. typhimurium et S. enteritidis qui donnent des
infections systémiques chez les sujets à risques (NNés, enfants
drépanocytaires, immunodéprimés)
 6.Pouvoir pathogène
6.1. Les sérotypes Typhi, Paratyhi A, B, et C: fièvres
typhoïdes et paratyphoïdes
Bactériémies à point de départ lymphatique
Histoire naturelle et présentation clinique de la fièvre typhoïde

Rev Med Suisse 2004

Fièvres typhoïdes et paratyphoïdes :
Epidémiologie

Cas sporadique

fortement
endémiqque
Endemique

OMS ~ 15 millions de cas/an dans le monde,

responsables ~ 150 000 décès
6.2. Les sérotypes ubiquistes, mineurs ou non typhoïdes

Toxi-infections alimentaires:
– Purement digestives
– Incubation: 8 à 10 heures
– Gastroentérite se manifeste par des diarrhées, des
vomissements et de la fièvre.
– L’évolution est en générale favorable en deux à trois jours
– La mortalité est faible
– Certains sujet guéris restent longtemps porteurs sains et
éliminent des salmonelles dans leurs selles
 6.Pouvoir pathogène
Formes extradigestives
• Plus rares : cholécystite, méningite, ostéomyélite, atteintes
pulmonaires
• Ces formes surviennent plus volontiers chez les immunodéprimés
et les personnes atteintes de drépanocytoses et autres anomalies
de globules rouges

Septicémies
• Chez les nouveau- né et le jeune enfant certains sérotypes (S .
Wien, S. Panama) peuvent être responsables de septicémies qui
mettent en jeu le pronostic vital
 7.Diagnostic bactériologique
• Le diagnostic de la fièvre typhoïde repose sur les
cultures bactériennes, la sérologie et la PCR

• Le diagnostic des salmonelloses non typhiques

repose sur les coprocultures qui identifient la souche.
Il faut pratiquer des hémocultures, témoins des
formes invasives
 7.Diagnostic bactériologique
Diagnostic direct:
• Le diagnostic de certitude de la fièvre typhoïde
repose sur l’isolement des Salmonella à partir de
différents prélèvements : hémoculture,
coprocultures et autres
 7.Diagnostic bactériologique
Hémoculture

• Surtout utile lors des fièvres typhoïdes et para typhoïdes. Vu la rareté

des bactéries, un volume de 10 ml est souvent nécessaire.

• La subculture se fait sur des milieux usuels

• Pendant la première semaine, l’hémoculture est positive dans 90%

des cas ; ce taux diminue à 75% à la deuxième semaine et seulement
40% à la troisième semaine. Il faut demander trois hémocultures à un
ou deux jours d’intervalle

• L’hémoculture peut être positive lors des entérites du jeune enfant

 7.Diagnostic bactériologique
Coproculture

• Au cours des salmonelloses l’excrétion des Salmonella dans les selles est faible
comparée à la flore associée qui est variée et abondante: il faut des milieux
d’enrichissement et des milieux d’isolement

• Milieux d’enrichissement : Bouillon Müller Kaufman au tetrathionate ou milieu

au sélénite. Ces milieux favorisent la croissance des Salmonella au dépend des
autres entérobactéries dont la croissance est ralentie

• Milieux d’isolements : milieu Hecktoen ou milieu Salmonella Shigella (SS) qui

inhibent la croissance de certaines entérobactéries mais surtout permettent de
repérer les colonies des Salmonella : colonies lactose - ; H2S+.

• La coproculture est positive en cas de toxi- infections alimentaires, elle reste plus
longtemps positive que l’hémoculture.
 Salmonella sur
gélose SS

Salmonella sur
gélose Hecktoen
 7.Diagnostic bactériologique
• Au cours des fièvres typhoïdes la coproculture est négative
au début de la première semaine mais elle se positive à partir
de 10eme jour de la maladie dans 30 à 80%

• Elle peut rester longtemps positive (sujets convalescents ou

porteurs sains)

• En effet, elle doit être répétée au moins 2 fois à une semaine

d’intervalle car l’émission de Salmonella est intermittente

• C’est un bon moyen de s'assurer, à la fin du traitement, que

le malade n'est pas devenu porteur chronique de Salmonella
 7.Diagnostic bactériologique
• L’isolement des salmonelles est possible aussi à partir d’urine et
de la moelle osseuse

• L’identification d’espèce se fait sur la base des caractères

morphologiques culturaux et métaboliques

• Identification antigénique ou détermination de sérotype :

agglutination

• Eventuellement Sven Gard ou inversion de phase

 7.Diagnostic bactériologique
PCR
• Elle est utilisée pour le diagnostic précoce tout en
recommandant l'usage du test de Widal et Félix quand il existe
une suspicion diagnostique et l'éliminant comme test de
dépistage en screening

• Le test d’amplification par PCR des cultures des prélèvements

sanguins est plus performant que les hémocultures en routine
pour diagnostiquer une fièvre typhoïde persistante
Diagnostic Indirect: sérodiagnostic de Widal et Felix

• Utile pour le diagnostic tardif des fièvres typhoïdes et para

typhoïdes quand le malade est vu tardivement ou qu’il a déjà
reçu une antibiothérapie à l’aveugle qui fait que l’isolement
n’est souvent plus possible

• Le sérodiagnostic permet de rechercher des anti O et des anti

H dans le sérum, d’où le recours à des suspensions
antigéniques TO, TH, AO, AH, BO, BH, CO et CH

• Chaque suspension est mise en présence des dilutions

croissantes du sérum de malade, pour déterminer le titre des
agglutinines. La présence d’agglutinine O témoigne d’une
infection récente
Diagnostic Indirect: sérodiagnostic de Widal et Felix

• Classiquement, les Ac anti-O apparaissent vers le 7e ou 8e

jour. Ils atteignent un taux moyen de 1/400 au 14e jour
• Ce taux reste en plateau jusqu'à la 4e semaine, puis diminue
et disparait en 2 à 3 mois

• Les Ac anti-H se positivent vers le 10e à 12e jour, atteignent

un taux moyen de 1/800 à 1/1600 au 14e jour
• Ce taux reste en plateau jusqu'à la 4e semaine, et baisse
ensuite dans les semaines qui suivent la guérison clinique
pour persister pendant des années aux environs de 1/100 à
1/200
sérodiagnostic de Widal et Felix
 Diagnostic Indirect: sérodiagnostic de Widal et Felix

• A la période d’état, Il y’a simultanément des Ac anti O ou

agglutinines O et des Ac anti H ou agglutinines H

• Infection très ancienne ou sujet vacciné : seules les

agglutinines H sont présentes

• La technique de référence est l'agglutination en tube et non

sur plaque, comme il est pratiqué en routine.

• Réactions faussement positives:

– Salmonelles mineures ayant des antigènes O communs
avec des sérotypes typhoïdes : S. Enteritidis /S.Typhi ;
S.Typhimirium/ S.Paratyphi B
– Infection à Y. pseudotuberculosis
Diagnostic de la fièvre typhoïde:
Examens paracliniques
 8. Traitement
8.1. Fièvre typhoïde et paratyphoïdes
• Il repose sur les antibiotiques à forte pénétration intracellulaire,
surtout intra macrophagique

• Chloramphénicol, ampicilline, cotrimoxazole étaient les antibiotiques

de 1ère intention. Le développement de la pharmaco-résistance a
entraîné la généralisation de l'usage des fluoroquinolones, y compris
en pédiatrie

– Fluoroquinolones : ciprofloxacine, ofloxacine : 15 mg/kg pdt 5 à 7

jrs (adulte ++)
– Azithromycine : 8 à 10 mg/kg pdt 7 jrs
– Céphalosporines à spectre étendu : céfixime oral 15 à 20 mg/kg
pdt 5 à 7 jrs, ceftriaxone parentérale 75 mg/kg pdt 10 à 14 jrs
(enfant++)
 8. Traitement
8.2. Salmonelloses non typhiques
• Un traitement antibiotique ne doit pas être prescrit dans les gastro-
entérites, sauf s’il existe des facteurs de risque de maladie invasive

• Une diarrhée glairo-sanglante avec fièvre élevée et risque de

bactériémie est une bonne indication de l'antibiothérapie, ainsi que
les salmonelloses extra intestinales de l’enfant : méningites, y
compris celles du jeune enfant, et infections osseuses chez les
Drépanocytaires

• Comme pour le traitement de la fièvre typhoïde, les antibiotiques

utilisés doivent avoir une bonne pénétration intracellulaire :
azithromycine, FQ et C3G
 8. Traitement
• Porteurs sains : les convalescents éliminent des salmonelles
pendant des semaines. Les coprocultures deviennent
négatives souvent spontanément

• Les porteurs chroniques éliminent des salmonelles pendant

une durée supérieure à un an. En cas de portage chronique
jouant un rôle majeur dans la transmission : FQ
(ciprofloxacine, 1 g/j pendant 4 semaines chez l’adulte) et
cholécystectomie chez les sujets porteurs de lithiase biliaire
en cas d’échec de l’antibiothérapie

• Un portage digestif doit faire penser à une pathologie des

voies biliaire alors qu’un portage urinaire est souvent associé
à une lithiase ou une bilharziose
 9. La prévention
• La prévention de la typhoïde s’impose surtout pour les
voyageurs dans les zones fortement contaminées et pour le
personnel de santé. Elle repose sur la vaccination et sur
l’accès à l’eau salubre
– Le vaccin historique TAB était constitué de corps
bactériens entiers tués par la chaleur. Le vaccin actuel «
Typhim » est constitué de l’antigène Vi de S.Tyhi
polysaccharidique purement purifié et injecté par voie SC
• La prévention de salmonelloses mineures repose sur les
mesures d’hygiène : contrôle des eaux, des aliments (bonne
cuisson des viandes à au moins 65°C pdt 5 à 6 min), du
personnel de cuisine ; lutte contre le péril fécal et les
infections nosocomiales
Shigella
 Généralités
• Entérobactéries responsables de la dysenterie bacillaire

• Problème majeur de santé publique dans les pays en

voie de développement.

• Toujours immobiles

• Faible activité métabolique

• Parenté antigénique avec les Escherichia coli (GC% sont

très voisins)
1. Caractères bactériologiques communs
• Immobiles

• Pas de croissance sur milieu au citrate de Simmons

• Absence de lysine décarboxylase (LDC) et de

Tryptophane désaminase (TDA)

• Fermentation de glucose sans gaz (rares exceptions)

• Jamais de production de H2S

 2. Caractères de l’espèce
• D’après la spécificité de leur antigène O et certains caractères
biochimiques, les Shigella sont divisées en quatre sous- groupes

• Sous groupe A ou Shigella dysenteriae qui comporte 10

sérotypes. Le sérotype 1 est le bacille de Shiga :

- Agent des grandes épidémies historiques survenues

dans
les armées en campagne ou dans les camps de réfugiés.
- Mannitol -, Indole -, catalase - (caractère très rare
chez les entérobactéries)
- Possède une β galactosidase très active
• Sous groupe B ou Shigella flexneri qui comporte 6 sérotypes

• Sous groupe C ou Shigella boydii qui comporte 15 sérotypes

• Sous groupe D ou Shigella sonnei qui comporte un seul sérotype

 3. Habitat et épidémiologie
• Le seul réservoir est le tube digestif de l’homme malade ou
convalescent

• Elles ne font pas partie de la flore normale du tube digestif

• La shigellose est la plus transmissible parmi les maladies

bactériennes intestinales : 10 bactéries vivantes peuvent
provoquer la maladie chez un adulte sain

• Dissémination de la maladie se fait habituellement par des

aliments ou de l’eau de boisson contaminés par des matières
fécales, particulièrement dans les pays ou l’hygiène est
défectueuse, chez les populations déplacées ou dans les camps
de réfugiés.

• Les shigelloses sont plus fréquentes chez les nourrissons et les

 4. Les substances élaborées
Shiga toxine

• Protéique, d’origine chromosomique, péri plasmique, libérée lors

de la lyse bactérienne
• Production: Shigella dysenteriae type 1 +++; autres sérotypes: +

• Provoque l’arrêt de la synthèse protéique de la cellule en inactivant

la sous unité 60 S du ribosome
• Plusieurs effets biologiques :
o Un effet entérotoxique, provoquant une fuite d’eau et
d’électrolytes des entérocytes
o Un effet cytotoxique sur certaines cellules en culture (Hela, KB,
rein de singe) endommageant les vaisseaux capillaires de
l’intestin et du rein
o
 4. Les substances élaborées

Vérotoxine

– caractérisé par son pouvoir cytotoxique pour les cellules véro

– elle est très voisine de la Shiga toxine (Shiga like toxin)

– elle a été trouvée chez d’autres espèces en particulier chez les E.coli

entérohémorragique et entéropathogène, S. Typhimirium …

 5. Physiopathologie
• Absorbés par voie orale les Shigella ne colonisent pas
l’intestin grêle. Le pouvoir entéroinvasif s’exerce au niveau du
colon

• Le pouvoir d’envahir l’épithélium colique et rectal repose sur

la présence d’un plasmide de virulence

• Les bactéries pénètrent dans les entérocytes et les cellules M

des plaques de Peyer,

• Puis envahissent les cellules adjacentes de la muqueuse où

elles se multiplient intensément envahissant ainsi les cellules
voisines et entrainant la mort des macrophages ;
 5. Physiopathologie
• Il se produit une réaction inflammatoire qui entraîne des
micro-abcès et des ulcérations de la muqueuse qui se traduit
par des fausses membranes et l’apparition du sang et de
mucus dans les selles

• Généralement les bactéries ne gagnent pas la circulation

générale donc : pas de bactériémie

• Le rôle des toxines dans la dysenterie n’est pas bien établi

1) multiplication intracellulaires de Shigella,
2) translocation de cellule à cellule,
3) destruction de la cellule épithéliale hôte ulcération, hémorragie,
4) réaction inflammatoire
 6. Pouvoir pathogène

Dysentérie bacillaire

• La shigellose commence habituellement par une diarrhée

aqueuse suivie en 18 à 24 heures par le syndrome
dysentérique plus ou moins intense avec l’apparition du sang
et du mucus dans les selles ; il y a de la fièvre , des douleurs
abdominales très intenses et du ténesme.
• Avec Shigella dysenteriae la mortalité peut dépasser les 10%,
malgré un traitement adapté. Elle est due à des
complications de type : perforation intestinale
 6. Pouvoir pathogène

Les localisations extradigestives: peu fréquentes

• parfois infections urinaires

• exceptionnellement des arthrites, méningites ou des
bactériémies particuliers
 7. Diagnostic bactériologique
Diagnostic direct :

Coproculture : méthode de choix

• Le prélèvement est fait de selles fraichement émises, en

particulier les glaires muqueuses si elles en contiennent

• L’examen microscopique met en évidence les polynucléaires

témoins d’un processus invasif avec souvent une
prédominance de coccobacilles à Gram négatif intracellulaire

• L’isolement de la bactérie se fait sur milieu sélectif : Hektoen,

Drigalski, Mac Conkey ; le milieu SS est déconseillé car il ne
permet pas la croissance de certaines souches de Shigella
 7. Diagnostic bactériologique
• L’identification du genre se fait sur la base de caractères
biochimique ; la confusion est possible avec les E.coli
→ immobiles, ne produisent pas de gaz « Alkaliscens- dispar » et
sont LDC et citrate toujours négatifs

• Sérotypage : réalisé une fois que le diagnostic du genre Shigella est

établi avec certitude ; il est réalisé par agglutination sur lame avec
des sérums agglutinants.
 7. Diagnostic bactériologique
• Très rarement les Shigella sont recherchés dans les urines et
par hémocultures

Le diagnostic indirect ou sérodiagnostic est possible mais il a

peu d’intérêt car il donne des résultats trop tardifs ; de plus
sa spécificité est variable selon les groupes
 8. Sensibilité aux antibiotiques
• Les Shigella sont généralement sensibles aux antibiotiques.
L’amoxicilline, les tetracyclines, le cotrimoxazole et les
fluoroquinolones sont efficaces
• Cependant c’est au cours d’une épidémie de shigellose que
les plasmides de résistance multiples transférables ont été
découverts
• Le traitement doit être guidé par un antibiogramme
 9. Prévention

• La prévention repose sur les mesures d’hygiène générale et la

mise d’eau potable à la disposition des populations

• Les vaccins pour shigellose sont en train d’être développer

LES ENTÉROBACTÉRIES
OPPORTUNISTES
• Peu virulentes par elles-mêmes, elles se rencontrent peu en
pratique extrahospitalière

• Opportunistes, elles sont responsables d’infections

hospitalières nosocomiales chez des malades débilités, à
l’occasion de l’affaiblissement des défenses immunitaires ou
de techniques de soins, de réanimation particulièrement,
peuvent coloniser différents sites anatomiques et y
développer une infection
« Tribu des Klebsiellae »

Groupe KES
Klebsiella, Enterobacter, Serratia
Raoultella, Hafnia, Pantoea, Cedecea
 Caractères des principaux genres de la
« tribu des Klebsiellea»

• La réaction de Voges Proskauer est généralement positive: VP +

114
 Caractères des principaux genres de la
« tribu des Klebsiellea»

Caractères différentiels des genres du groupe KES

Caractère Klebsiella Enterobacter Serratia
Mobilité − + +

Sensibilité à la colistine + + −

Pigment rouge − − +

Uréase V V −

ADH − V −

ODC − + V

V: variable

• Ces espèces sont souvent multirésistantes aux antibiotiques

115
Klebsiella

116
 1. Taxonomie

• Les espèces et sous-espèces qui ont un pouvoir pathogène

pour l’homme: K. pneumoniae avec les spp pneumoniae ,
ozaenae et rhinoscleromatis et K. oytoca

• K. pneumoniae (indole -) et K. oxytoca (indole +) sont les

espèces le plus souvent rencontrées

• D’autres espèces sont retrouvées dans l’environnement et

sont rarement pathogènes, ce sont K. terrigena, K. panticola
et K. ornithinolytica
 2. Habitat et transmission
• Elles sont fréquemment isolées des eaux du sol et des
végétaux

• Elles sont présentes dans la flore fécale de l’homme et

sont souvent commensales de la peau, des muqueuses et
des voies respiratoires

• Les patients s’infectent soit avec leurs propres souches

soit avec des souches responsables de petites épidémies
hospitalières (manuportées de malade à malade)
 3. Caractères morphologiques
et biochimiques
• Bactéries immobiles, capsulées (généralement), non sporulées,
fermentant le glucose avec production de gaz
• Caractères négatifs: ODC, ADH, TDA
• Caractères positifs: tests ONPG, LDC, citrate et uréase (variable)
 4. Caractères culturaux
• Sur les milieux usuels, les Klebsiella donnent après une
incubation de 24h à 37°C des colonies rondes, de 3 à 4 mm
de diamètre, bombées, et ayant une tendance à la confluence

• Cet aspect muqueux est en relation avec la présence d’une

capsule plus ou moins volumineuse
5. Facteurs de pathogénicité
 5. Facteurs de pathogénicité
- Capsule: protège les bactéries de la phagocytose
et du pouvoir bactéricide du sérum
- LPS: protègent les bactéries de l'activation du
complément et des Ac spécifiques
- Adhésines :
• fimbriae de type 1: semblent impliquées dans
l'attachement aux cellules ciliées de l'appareil
respiratoire
• fimbriae de type 3: pourraient permettre un
attachement sur des surfaces inertes comme du
matériel médical
- Sidérophores: les bactéries utilisent la transferrine
comme source de fer
- Lipide A (endotoxine) : propriétés toxiques

→ jouent chacun un rôle particulier dans la pathogenèse associée à ces espèces

 5. Facteurs de pathogénicité
• Les Klebsielles expriment des antigènes K capsulaires
(77 antigènes) utilisables comme marqueurs
épidémiologiques

• Le typage capsulaire:
– C’est la méthode la plus discriminante
– La détermination des antigènes K se fait essentiellement
par la réaction de gonflement de la capsule ou réaction de
Neufeld, en présence de l’immum-sérum correspondant
 5. Pouvoir pathogène
• K. pneumoniae et secondairement K.oytoca sont
souvent isolées de:
– broncho-pneumopathie aiguës ou chroniques
– infections urinaires
– Infections hépatobiliaires
– pus divers
– Septicémies sur terrains fragiles sont de pronostic très
sévères ….

• K. ozaenae n’est pratiquement isolée que des infections

respiratoires chroniques
 6. Sensibilité aux antibiotiques
• Naturellement sensibles: à la colistine, aux quinolones, aux
aminosides, aux furanes et au cotrimoxazole

• Résistance naturelle:
– Aminopénicillines (Amoxicilline) et Carboxypénicillines
(Ticarcilline) du fait de la synthèse d'une pénicillinase
chromosomique, inhibée par l'acide clavulanique

• Résistance acquise:
– Plusieurs mécanismes de résistance acquise sont actuellement
décrits chez K.pneumonie et sont responsables de la
dissémination des souches multirésistantes redoutables en
milieu hospitalier
– Résistance à toutes les béta lactamines: BLSE, carbapénémases
Image de SYNERGIE en Bouchon de champagne

126
Enterobacter

127
 1. Taxonomie
• Les espèces le plus rencontrées en pathologie médicale sont :
E.cloacae et E. aerogenes (65-75 % et 15-25 %)

• Après séquençage six espèces ont été regroupées en

Enterobacter cloacae complex (ECC) : E. asburiae, E. kobei, E.
cloacae, E. ludwigii, E. nimupressuralis et E. hormaechei
(homologie génétique 61-67 %)
 2. Habitat et transmission
• Présent dans l’environnement, l’Enterobacter peut être
retrouvé au niveau du sol, de l’eau, des plantes et des animaux
• Il est également retrouvé au niveau de la flore normale du
tractus gastro-intestinal de l’homme
• Présent à l’état commensal, il est capable de passer à l’état
pathogène opportuniste essentiellement chez les patients dont
les défenses immunitaires sont diminuées
• Ce sont des bactéries de l’hospitalisme (7%)

• Transmission: contact direct ou indirect des surfaces

muqueuses avec l'agent infectieux ou dans le cas de la flore
endogène, par le transfert à des régions du corps adjacentes,
voie fécale-orale (interhumaine possible)
 3. Caractères biochimiques
• Entérobactéries VP+, mobiles (flagelle péritriche),
encapsulées dans 80%

• Elles sont TDA, indole, H2S et Dnase négatives

Enterbacter cloacae

Enterbacter aerogenes
 4. Pouvoir pathogène
Enterobacter spp peut causer de nombreux types d'infections:

• Des abcès cérébraux, pneumonie, méningite, septicémie et

infection de plaies, infection des voies urinaires et des
infections de la cavité abdominale ou des intestins
• Certaines espèces ont été observées dans des infections liées
à des appareils intravasculaires et des infections au point de
chirurgie
• De nombreuses espèces peuvent causer des infections extra-
intestinales; par exemple, E. sakazakii a été associée à des
abcès cérébraux chez les nourrissons et à des cas de
méningite (mortalité 40-80 %)
 5. Diagnostic bactériologique
Identification:
• Techniques conventionnelles:
détermination des caractères biochimiques

et la fermentation des sucres Gélose MacConkey

132
 5. Diagnostic bactériologique
Identification:
• Techniques de PCR-séquençage : méthodes de référence

• La spectrométrie de masse de type MALDI-TOF (Matrix-

Assisted Laser Desorption/Ionization Time-Of-Flight) :
alternative actuelle (identification précise des 6 espèces
appartenant à l’ECC). Le principe de cette mesure est basé sur
la capacité d'un champ électrique et / ou magnétique à dévier
un flux d'ions, chacun avec une masse et une charge
proportionnelles à leurs trajectoires

133
Principe de fonctionnement de MALDI-TOF MS et étape de préparation des
échantillons pour identification

134
 6. Sensibilité aux antibiotiques
• Ces espèces sont naturellement résistantes à :
– Amoxicilliine
– Amoxicilline – acide clavulanique
– Céphalosporines de 1ère génération
→ production de céphalosporinase chromosomique
inductible
Serratia

136
 1. Taxonomie
• Plusieurs espèces sont actuellement reconnues dont les
plus fréquemment rencontrées sont : S.marcescens et
S.liquefaciens.

• Autres espèces:
S. fonticola, S. odorifera, S. entomophila, S. ficaria, S.
glossinae, S. grimesii, S. plymuthica, S. proteamaculans …
 2. Habitat et Transmission
Habitat:
• Ce sont des bactéries de l’environnement, omniprésentes sur
le sol et sur les plantes.
• Les Serratia sont très résistantes aux agents physiques et
chimiques et peuvent survivre dans l’eau distillée et se
multiplier dans les solutions d’antiseptiques
• Elle se multiplie bien à +4°C

Transmission :
• Ingestion d’aliments contaminés et contact direct
• Une transmission nosocomiale peut survenir par contact
manuporté entre le personnel hospitalier et d’autres patients
• Les vecteurs passifs peuvent également propager Serratia
3. Caractères morphologiques
et biochimiques
• Généralement mobiles
• Elles sont VP+, ONPG+ et produisent de nombreuses enzymes
extra- cellulaires : DNases, gélatinase
• Elles ne possèdent ni uréase, ni ADH, ni TDA et ne produisent
pas de H2S
• De nombreuses espèces produisent un pigment un pigment
rouge à rose, appelé prodigiosine, qui est plus facile à
observer dans un milieu dépourvu de phosphate incubé
à 30 °C plutôt qu’à 37 °C
140
 4. Pouvoir pathogène
• Les espèces de Serratia sont des agents pathogènes
opportunistes
• Infections associées aux soins qui sont favorisées par l’usage
des antiseptiques contaminés
• Elles sont à l’origine d’une multitude d’infections:
– la bactériémie
– la pneumonie
– les infections liées aux cathéters intraveineux
– l’ostéomyélite
– l’endocardite et
– rarement, l’endophtalmie endogène et exogène
 4. Pouvoir pathogène
• Les infections à Serratia chez le nouveau‑né sont fréquentes
(dans l’unité de soins intensifs néonatals) et variées, esst:
– Infection sanguine
– Conjonctivite
– Pneumonie
– Infection urinaire
– Méningite
– Infections des plaies opératoires
• Le taux de mortalité chez les nouveau‑nés est de 44 %
 5. Sensibilité aux antibiotiques:
résistance naturelle
→ production de céphalosporinase chromosomique inductible
(Idem Enterobacter), à l’état sauvage
+ résistance naturelle aux polymyxines (image en cocarde sur
antibiogramme)

143
« Tribu des Proteeae »

Tryptophane désaminase : TDA +

Proteus, Providencia et Morganella
 Taxonomie

• Proteus : P. mirabilis, P. vulgaris, P. penneri

• Providencia : P. alcaligenes, P.rettgeri, P. stuartii
• Morganella : M. morganii
Caractères biochimique communs
• Groupe TDA +

• C’est un groupe très hétérogène qui comprend

des bactéries en général mobiles

• Ils donnent des colonies lactose négatifs : ONPG

négatifs

• L’ uréase généralement positive

 Différenciation entre les genres
Proteus, Providencia et Morganella

Test biochimique Proteus Providencia Morganella

ou propriété
Utilisation du citrate v + −
Fermentation du Mannose − + +
Fermentation de l’Inositol − v −
Uréase + v +
Gélatinase + − −
Lipase + − −
ODC v − (+)
Production H2S + − v
« Swarming » + − −
Essaimage

147
 Différenciation entre les genres
Proteus, Providencia et Morganella

148
Proteus

149
 1. Habitat
• Extrêmement répandus dans l’environnement ; on les
retrouve partout : sur les sols, dans les eaux de surface, dans
les eaux d’égout

• Ce sont des hôtes habituels de tube digestif de l’homme et

des animaux

• Les Proteus sont des hôtes normaux des téguments et des

orifices notamment du conduit auditif et de l’oropharynx
 2. Caractères bactériologiques
• Bacilles très polymorphes
• P.mirabilis et P.vulgaris peuvent envahir la surface des
milieux gélosés ; en formant des ondes concentriques ;
cet essaimage ou « swarming » est due à la grande
mobilité de ces espèces
• Sur milieu liquide sont abondantes avec souvent un voile
en surface et un dépôt, dégagent une odeur fétide
particulière
 3. Facteurs de virulence
• Mobilité : la grande mobilité des Proteus favorise leur
diffusion dans l’appareil urinaire

• Uréase : transforme l’urée en ammoniaque, il s’en suit

une élévation du pH de l’urine, ce qui altère les cellules
rénales et favorise la formation de calculs

• Pili : P. mirabilis possède des pili qui en augmentant leur

adhérence aux cellules épithéliales favorisent la
survenue d’une pyélonéphrite ascendante
 4. Pouvoir pathogène
• Infections urinaires favorisées par une anomalie de l’appareil
urinaire ou le diabète. P.mirabilis est de loin l’espèce la plus
fréquente

• Les bactéries TDA + sont aussi des germes de l’hospitalisme

qui se substituant au germe initial après un traitement
antibiotique

• Elles sont isolées des produits pathologiques divers : sécrétions

broncho- bronchiques, brulures, Pus divers
 5. Sensibilité aux antibiotiques des TDA +

• Les entérobactéries TDA + ont une résistance naturelle à

la colistine et à la tétracycline ;

• Les Proteus indole (-) [mirabilis] sont généralement plus

sensibles aux β lactamines que les Proteus indole +
[vulgaris]

• Les Proteus indole + et les Providencia sont parmi les

germes le plus résistants aux antibiotiques. Le traitement
doit être guidé par l’antibiogramme
YERSINIA

155
 Taxonomie
Le genre Yersinia est composé de 18 espèces,

• Trois sont pathogènes pour l’homme:

– Y. pestis, Y. pseudotuberculosis et Y. enterocolitica.
La dernière espèce décrite Y. wautersii est
considérée comme probablement pathogène

• Les autres espèces (Y. frederiksenii, Y. kristensenii,

Y. intermedia…..) sont avirulentes chez
l’homme
156
 Caractères bactériologiques
• Bacille à Gram négatif à coloration bipolaire, forme
coccoïde, asporulée

• Mobilite à 28°C mais, pas à 37°C pour Y.enterocolitica

et Y. pseudotuberculosis. Y. pestis est immobile quelle
que soit la température d’incubation

• Croissance aéro-anaérobie sur des milieux usuels à

37°C mais, température optimale de croissance à
28-30°C
 Caractères bactériologiques
• A 24h, les colonies sont punctiformes, l’incubation doit être
prolongée à 48h
• Produisant une uréase très active (Yersinia entéropathogènes),
L’absence d’uréase est caractéristique de Y. pestis
• Elles sont TDA−, à la différence des Proteus qui sont aussi
uréase + rapide
 Caractères bactériologiques
• Il existe 6 biotypes (1A, 1B, 2, 3, 4 et 5 selon la
séquence génomique) qui englobent 50 sérogroupes
différents de Yersinia enterocolitica; seulement
certains sérogroupes sont cependant pathogènes
pour les humains

• Ces sérogroupes possèdent les mêmes antigènes de

surface et sont classés selon l’antigène O qu’ils
expriment
Yersinia pestis

160
 1. Habitat et transmission
• Yersinia pestis est un parasite des animaux et de l'homme, agent
de la peste animale et humaine

• Le réservoir est constitué par les rongeurs sauvages (peste

sauvage endémique)

• Chez les rats domestiques, la maladie occasionne des épizooties

massives qui sont à l'origine des épidémies humaines

• L'agent vecteur est la puce du rat qui contamine animaux et

hommes par piqûre

• Il peut exister une transmission interhumaine par la puce de

l'homme ou par voie aérienne en cas de forme pulmonaire
 2. Physiopathologie
• Le bacille se multiplie au point d'inoculation (vésico-
pustule),se propage par voie lymphatique et se multiplie dans
le ganglion lymphatique satellite (adénopathie suppurée : le
bubon)

• L'évolution peut se faire vers la septicémie

• La forme septicémique peut être à l'origine d'une localisation

pulmonaire secondaire qui à son tour, par transmission
aérienne, peut être à l'origine de cas de peste pulmonaire
primitive. Le bacille se multiplie dans les macrophages
 3. Pouvoir pathogène: LA PESTE
• Maladie vectorielle à déclaration obligatoire
• La peste est une maladie qui sévit toujours de nos jours en
Afrique, Asie et Amérique et fait partie des maladies ré-
émergentes dans le monde

• Chez l’homme, la peste revêt trois formes principales :

bubonique (la plus fréquente), septicémique et pulmonaire
 3. Pouvoir pathogène: LA PESTE
 La peste bubonique , est contractée par piqûre de puce. Elle se
présente comme l'association d’un:
• syndrome infectieux sévère,
• syndrome toxique (endotoxine)
• bubon douloureux, dur, de la taille d'une noisette

 La peste pulmonaire (transmission interhumaine du bacille est

alors possible par inhalation d’aérosols infectés ) se présente
comme l'association d’un :
• syndrome infectieux sévère
• signes respiratoires très intenses (dyspnée, cyanose)
est rapidement mortelle
La peste bubonique
 4. Diagnostic
• En cas d'épidémie, le diagnostic est essentiellement clinique

• En période d'endémie, le diagnostic repose sur la mise en

évidence du bacille par culture du produit de ponction du
bubon, prélèvements respiratoires et par hémoculture.

• Test immunochromatographique de detection rapide (15

min) de l’antigene F1 (antigene capsulaire) directement dans
les prelevements en cas de suspicion de peste.

• Identification par PCR des gènes de virulence.

• Attention extrême précaution à la manipulation des souches

de Y. pestis: uniquement dans un laboratoire spécialisé
 5. Traitement
Préventif
• Lutte contre les rats, sulfamido-prophylaxie collective en cas
de risque épidémique
• Chimioprophylaxie en cas d’exposition à Y. pestis :
fluoroquinolone ou doxycycline
• Vaccins : Un vaccin vivant attenue (abandonné), des vaccins
acellulaires comprenant des antigènes purifies sont en cours
d’évaluation

Curatif
• Antibiothérapie par tétracycline, streptomycine,
fluoroquinolones, triméthoprime-sulfaméthoxazole
Yersinia enterocolitica et
Y.pseudotuberculosis
LES YERSINIOSES ENTÉRIQUES

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 1. Habitat et transmission
• Yersinia enterocolitica et Y.pseudotuberculosis, sont
présentes dans le monde entier, mais elles
prédominent dans les pays tempérés et froids

• Elles sont trouvées chez l'animal (maladie des

rongeurs) et dans l'environnement (sol, eaux),
surtout les agents d'infections animales et rarement
d'infections humaines

• Leur transmission se fait principalement par voie oro-

fécale, après ingestion d'aliments contaminés
 2. Physiopathologie
• Anthropozoonose

• Le bacille pénètre par voie digestive et se multiplie

dans les ganglions mésentériques

• Chez le sujet fragilisé, l'évolution peut se faire vers la

septicémie
 3. Pouvoir pathogène
• L'entérocolite à Y.enterocolitica est plus particulière : elle
est à début brutal et associe diarrhée intense,
vomissements, douleurs abdominales et fièvre touchant
toutes les classes d'âges, maisavec une prédominance
chez l'enfant de moins de 10 ans. L'infection est le plus
souvent modérée et spontanément résolutive

• La forme la plus habituelle est l'adénite mésentérique à

Y.pseudotuberculosis du sujet jeune à symptomatologie
pseudo-appendiculaire. Elle touche surtout les sujets de
plus de 60 ans
 4. Diagnostic bactériologique
Dtic Direct:
• Repose sur la mise en évidence du bacille dans les ganglions
mésentériques ou les selles en cas de diarrhée
• Les Yersinia entéropathogènes peuvent se multiplier à 4°C.
• L’utilisation de milieux sélectifs contenant des antibiotiques
(milieu CIN, Cefsulodine, Irgasan, Novobiocine) ou
chromogènes pour l’isolement de Yersinia dans les selles est
indispensable car l’isolement de Y. enterocolitica et Y.
Pseudotuberculosis reste difficile dans un prélèvement
plurimicrobien
• La présence de Y. pseudotuberculosis dans les selles est
éphémère, uniquement pendant la diarrhée
 4. Diagnostic bactériologique
Dtic Indirect:

Il existe un sérodiagnostic:

• Recherche d’anticorps diriges contre l’antigene O du LPS de

Y. pseudotuberculosis et de Y. enterocolitica uniquement dans
le cadre des arthrites réactionnelles (réactions croisées avec
le LPS de Brucella et de Salmonella enterica +++)
• Recherche d’anticorps diriges contre les Yops (Yersinia outer
proteins ) est plus spécifique et sensible
 5. Sensibilité aux antibiotiques
• Y. enterocolitica produit naturellement une
céphalosporinase et une pénicillinase

• Yersinia enterocolitica est sensible au chloramphénicol,

aux fluoroquinolones, à la gentamicine, à la
tétracycline et au triméthoprime‑sulfaméthoxazole

• Y. pseudotuberculosis (comme Y. pestis ) est

naturellement sensibles aux β-lactamines.
POUVOIR PATHOGÈNE DES ENTÉROBACTÉRIES
 GASTRO-ENTERITE BACTÉRIENNE: POINTS ESSENTIELS
• Syndrome cholériforme
– Mécanisme entérotoxinogène et entéropathogène
– Diarrhée liquide, pas ou peu de fièvre
– Pas de leucocytes dans les selles
– Toxine bactérienne, E. coli
• Syndrome dysentérique
– Diarrhée avec pus, mucus, sang
– Fièvre
– Leucocytes dans les selles
– Shigella, Salmonella, Yersinia, E. coli
• Coproculture (bactérie, toxine) +/- hémoculture
• Réhydratation +++
• ATB non systématiques sauf Shigella ou forme sévère
• FQ, C3G, azithromycine

DECLARATION OBLIGATOIRE SI
• TIAC (Toxi-infection alimentaire collective)
• Fièvre typhoïde / paratyphoïde
• Peste
Merci pour votre attention

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