Virus Animaux Et Végétaux - 015404

Université de Lomé
Ecole Supérieure des Techniques
Biologiques et Alimentaires (ESTBA)
B.P. 1515 Lomé Togo.
COURS DE VIROLOGIE GENERALE
Par: Dr Djodji Kossikouma ADJATA (Mc)
Université de Lomé Ecole Supérieure d’Agronomie
Laboratoire de Virologie et de Biotechnologie

Végétales (LVBV)
B.P.1515 Lomé Togo
Fax (228) 22 21 85 95
E-mail : dadjata@yahoo.fr
COURS DE VIROLOGIE GENERALE ESTBA UNIVERSITE DE LOME (UL) LOME TOGO Djodji K. ADJATA Page 1
PLAN GENERAL DU COURS
PREMIERE PARTIE : LES VIRUS ET VIROIDES

PHYTOPATHOGENES.
PREMIERE SECTION : LES PHYTOVIRUS.
CHAPITRE I. GENERALITES ET CARACTERISTIQUES.
CHAPITRE II. EXTRACTION, PURIFICATION,

CARACTERISTIQUES SEROLOGIQUES ET MOLECULAIRES
DES VIRUS VEGETAUX.
CHAPITRE III. METHODES D’IDENTIFICATION DES

VIRUS VEGETAUX.
CHAPITRE IV. TAXONOMIE ET CLASSIFICATION.
CHAPITRE V. METHODES DE LUTTE.
CHAPITRE VI. QUELQUES EXEMPLES DE MALADIES

VIRALES DES CULTURES TROPICALES.
DEUXIEME SECTION LES VIROIDES.
CHAPITRE VII. GENERALITES.
CHAPITRE VIII.CARACTERISTIQUES ET
CLASSIFICATION.
CHAPITRE IX. METHODES D’IDENTIFICATION.
CHAPITRE X. METHODES DE LUTTE.
CHAPITRE XI. QUELQUES EXEMPLES DE MALADIES A

VIROIDES.
TROISIEME SECTION : TRAVAUX PRATIQUES (TP) ET
TRAVAUX DIRIGES.
DEUXIEME PARTIE : LES VIRUS DES ANIMAUX, DES

BACTERIES ET AUTRES ORGANISMES.
CHAPITRE XII.GENERALITES, STRUCTURE ET

PROPRIETES PHYSICO-CHIMIQUES.
CHAPITRE XIII. REPLICATION DES VIRUS.
CHAPITRE XIV. CULTURE ET IDENTIFICATION DES VIRUS

DES VERTEBRES.
CHAPITRE XV. PRINCIPAUX GROUPES DE VIRUS

D’INTERÊT MEDICAL ET VETERINAIRE.
CHAPITRE XVI. LES VIRUS DES BACTERIES, DES

INVERTEBRES ET AUTRES ORGANISMES.
PREMIERE PARTIE : LES VIRUS ET LES VIROIDES
PHYTOPATHOGENES
PREMIERE SECTION : LES PHYTOVIRUS
CHAPITRE I. GENERALITES ET CARACTERISTIQUES DES

PHYTOVIRUS
1.1 Introduction générale
1.1.1 Introduction, objectifs et contenu du cours
1.1.1.1 Introduction
Les maladies à virus ou viroses prennent une importance

considérable, en raison de la multitude des espèces sensibles
pouvant être infectées par ces agents pathogènes. Elles
déterminent une diminution de la vigueur des espèces affectées
et entraîne une baisse de productivité et une chute drastique
des rendements lorsqu’il s’agit de plantes par exemple. Le
cours comporte une vue d’ensemble du monde viral. Il est
centré sur les propriétés comparées des virus et leur rôle en
pathologie végétale ou animale. Il met un accent particulier sur
les méthodes d’identification des virus et des viroïdes
phytopathogènes et des virus pathogènes pour les animaux.
Des séances de travaux pratiques et dirigés sont prévues pour
quelques méthodes d’identification des virus végétaux
(symptomatologie, inoculation mécanique et par pucerons,
méthodes sérologiques d’identification des virus: test
d’immunodiffusion dans un gel d’agarose et test ELISA).
1.1.1.2 Objectifs du cours
- Permettre aux étudiants d’acquérir une vue d’ensemble du

monde viral
- Connaître la structure et les propriétés physico-chimiques des

virus, notamment ceux pathogènes pour les animaux et les
plantes
- Connaître les principales maladies virales des animaux et des

plantes tropicales
- Acquérir et maîtriser les principales méthodes d’identification

des virus
- Connaître les implications du choix de ces méthodes

d’identification (sensibilité, reproductibilité et coût) des virus
pour les échanges commerciaux de divers produits et pour la
santé humaine ou la santé animale.
1.1.1.3 Contenu et déroulement du cours (pour le

contenu, voir le plan du cours)
- Modalités : 20 heures de cours magistraux, deux (2) séances

de travaux pratiques de deux heures. Evaluation : un examen
écrit sur plusieurs questions à développement.
1.2 Définitions
Les virus sont des nucléoprotéines infectieuses cristallisables

(constituées soit d’ADN soit d’ARN) et qui se multiplient
obligatoirement à l'intérieur de la cellule vivante (cellule
animale ou végétale) qu'elles parasitent en utilisant à leur profit
la machinerie cellulaire pour produire leurs propres
constituants.
Les phytovirus sont des nucléoprotéines infectieuses qui ne

peuvent se multiplier que dans des cellules végétales vivantes,
où ils sont introduits par l’intermédiaire de blessures
cicatrisantes ( mécaniques ou d'origine entomologique ), et en
utilisant à leur profit la machinerie cellulaire pour produire leurs
propres constituants.
1.3 Historique
La véritable nature des virus est restée inconnue jusqu'au
début du 20eme siècle.
a) 1576 Charles de l'Ecluse panachure des fleurs de la
tulipe.
De nombreuses maladies des plantes connues depuis très
longtemps sont provoquées par des virus ; mais ce n'est que
depuis la fin du XIXème siècle que l'on en a recherché l'agent
causal. L'une des plus anciennes maladies à virus connue est
sans contexte la mosaïque de la tulipe, ou " panachure ". Elle
provoque sur les fleurs des variations de couleur qui furent très
recherchées au XVIème et XVIIème siècles par les sélectionneurs
de nouvelles variétés. Bien qu'à l'époque la cause de cette "
panachure " restait inconnue, on savait néanmoins transmettre
par greffage cette variation de pigmentation. Il fallut attendre
1928 pour rattacher ce symptôme floral à la présence d'un
virus transmissible par pucerons.
b) En 1886, Mayer (Pays-Bas) montra que la maladie appelée
'' mosaïque du tabac '' pouvait être transmise d'une plante
mosaïquée à une plante saine par frottis de sève.
1885 Adolf Mayer (Wageningen, Pays-Bas) découvrent que
l’agent de la « mosaïque du tabac » est transmissible de plante
malade à plante saine, mais n’observe pas de bactéries dans
les plantes malades.
c) En 1892, Dimitri Ivanowski (Saint-Petersbourg,
Russie) démontra que l'agent causal de cette maladie passe
au travers des filtres bactériens (bougie de porcelaine). Il
démontre ainsi que l’agent de la « mosaïque du tabac » passe
au travers d’un filtre de porcelaine retenant les bactéries.
d) En 1898, Béijerinck (Delft, Pays-Bas) confirma cette

découverte et suggéra que l'agent en cause est d'un type
nouveau, totalement différent des bactéries, et auquel il donna
le nom de '' contagium vivum fluidum ''.Il créa le mot virus (=
poison)
e) En 1935, l'Américain Stanley obtient par cristallisation à

partir de jus de tabacs atteints de mosaïque des cristaux
spéciaux appelés paracristaux (cristallisés dans deux plans
seulement). Ces cristaux une fois re-dissouts, possédaient
toutes les propriétés de l'agent causal de la maladie. Cette
découverte fut le point de départ de nombreux travaux sur les
propriétés physico-chimiques et biochimiques des phytovirus.
Remarque : un bulbe de tulipe très cher ?
En Hollande, en 1625, des bulbes de tulipes atteintes de
panachure (‘’tulip breaking '', maladie d'origine virale) se
vendaient à des prix très élevés. A cause de la maladie, les
fleurs prenaient des coloris et des formes bizarres fortement
recherchées. Par exemple, en 1625, un seul bulbe de '' Viceroy
'' s'est vendu pour l'équivalent de :
1) 4 tonnes de blé 6) 1000 livres de fromage
2) 8 tonnes de seigle 7) 1 lit avec accessoires
3) 8 porcs '' gras '' 8) 1 complet vestimentaire
4) 4 barils de bière 9) 1 contenant en argent
5) 12 moutons '' gras '' 10) 4 bœufs '' gras ''
11) 2 têtes de porc, etc…
C’était le temps de la '' tulipomanie '' qui a eu son apogée
entre 1624 et 1637. Plusieurs personnages se sont enrichis par
le commerce de tulipes virosées et le gouvernement a dû
même intervenir pour stopper le marché incontrôlé de ces
bulbes virosés de tulipes.
f) 1936 Bawden et Pirie (Grande Bretagne) étude de la
protéine virale de TMV. Ils trouvèrent l'association d'une
protéine et d'un acide nucléique et décomposèrent en sous-
unités identiques la partie protéinique de la particule. A la suite
de ces travaux et avec l'apparition du microscope électronique
des recherches furent entreprises en ce qui concerne la
morphologie, la structure et la composition chimique des
protéines.
g) 1944 Oswald AVERY et ses collaborateurs (voir Encart
historique) montrent que le support de l’information
génétique est l’ADN. Cette découverte suscite beaucoup de
scepticisme et met longtemps à s’imposer, l’ADN étant
considéré comme une molécule trop simple pour véhiculer des
informations complexes.
h) 1895 Fukushi et Hashimoto (Japonais)
Ils montrèrent les rapports entre une grave maladie du riz, le
nanisme et la présence de cicadelle : Nephottetrix apialisvar.
cincticops. On a établi par la suite que cet insecte n'était pas
l'agent responsable de la maladie, mais qu'il se comportait
comme un vecteur. De cette époque jusqu'à 1935, la virologie
fit son entrée dans les sciences, et de nombreux travaux furent
réalisés concernant la nature des maladies virales, leur mode
d'infection, la présence de souches différentes d'un même
virus, leur gamme d'hôtes.
i) 1927 DVORAK démontre pour la première fois, les
propriétés antigéniques d'un virus en produisant un antisérum
spécifique à partir de jus obtenus par broyage des pommes de
terre atteintes de mosaïque.
k) 1929 Holmes montre que certaines espèces de Nicotiana
réagissaient au virus de la mosaïque du tabac en produisant
des lésions nécrotiques (lésions localisées) et que le nombre de
ces lésions locales pourrait être utilisé pour le dosage du virus.
l) 1956 Gierer et Schramm (Allemands) et Fraenkel
Contrat (Américain) simultanément démontrèrent que le
pouvoir infectieux des particules virales est porté par l'acide
nucléique seul et que la protéine pouvait être ôtée sans que l'on
supprime l'infection virale. De cette époque, datent les
nouvelles conceptions sur l'infection virale.
Les progrès récents en biochimie et en biologie
macromoléculaire ont alors permis d'élucider une partie des
mécanismes de la synthèse des protéines cellulaires,
contribuant ainsi aux recherches fondamentales de virologie, et
amenant l'idée qu'un virus est une information génétique
nouvelle apportée à la cellule et capable de l'emporter sur les
autres informations génétiques présentes dans la cellule.
ENCART 1.3 : A LA DECOUVERTE DE LA NATURE

CHIMIQUE DU MATÉRIEL GÉNÉTIQUE
1866 : MENDEL, G. publie ses expériences sur la transmission
des caractères héréditaires et détermine les lois de leur
ségrégation indépendante ; l’ensemble conduira à la notion de
gène.
1869 : Miescher isole pour la première fois l’ADN, qu’il
nomme nucléine, à partir de noyaux des cellules constituant le
pus ; il donne sa composition chimique globale et identifie en
particulier le phosphore, qui distingue radicalement cette
molécule des protéines.
1900-1920 : Etablissement de la théorie chromosomique de
l’hérédité.
1910-1930 : La composition en base des acides nucléiques est
établie et la structure des nucléotides déterminée (LEVENE) ;
les acides thymonucléiques (ADN) et zymonucléiques (ARN)
sont distingués.
1928 : GRIFFITH réalise sa célèbre expérience sur la
transformation in vitro de Pneumocoques non virulents grâce à
leur co-injection avec des Pneumocoques virulents morts
(ALLOW AY).
1943 : SCHRODINGER postule que le matériel héréditaire est
un message chimique codé.
1944 : Le « principe transformant » de GRIFFITH est identifié à
l’ADN, grâce une approche enzymatique, par AVERY, MAC LEOD
et MAC CARTY.
1948 : BOIVIN et VENDRELY affirment sur la base de
dosages chimiques précis, que l’ADN contenu dans les noyaux
des cellules eucaryotiques est le support des caractères
héréditaires.
1952 : La nature chimique du matériel génétique d’un
bactériophage (Virus de Bactérie) est identifiée à l’ADN
(HERSHEY et CHASE).
1953 : La structure moléculaire en double hélice de l’ADN est
établie par WATSON et CRICK. Sur la base de cette découverte,
GAMOW explicite la notion de code génétique et pose les
problèmes de son décryptage et du fonctionnement des gènes.
L’ère de la biologie moderne ou moléculaire commence.
1956 : Le matériel génétique du Virus de la mosaïque du tabac
(TMV) est identifié à l’ARN (FRAENKEL-CONRAT).
1961-1966 : Le code génétique universel est complètement
déchiffré et les principaux mécanismes de l’expression de
l’information génétique sont élucidés chez les Bactéries.
1975 : Naissance de l’ingénierie génétique ou génie génétique.
1.4 Importance de la virologie végétale
Les virus sont responsables de nombreuses maladies qui
compromettent les rendements des productions végétales et
animales en agriculture (réduction de l’ordre de 20 à 80% pour
certaines cultures).
Plusieurs virus ont été utilisés lors de travaux de recherche en
biologie fondamentale et en biologie moléculaire (meilleure
connaissance de l’information génétique, connaissance du code
génétique).
Ex. Travaux de Fraenkel-Conrat, Gierer et Schramm, Nirenberg
et d’autres.
Démonstration que l’acide nucléique seul est responsable des
propriétés infectieuses de la particule virale, et la protéine ne
joue aucun rôle actif. Cette découverte fondamentale est à la
base du développement moderne de la virologie et a constitué
une véritable révolution dans ce domaine.
Ex. Le virus de la mosaïque du tabac (TMV) : Ce virus a une
place particulière dans l’histoire de la virologie, il a été le
premier virus à être décrit, purifié, cristallisé, obtenu sous
forme d’acide nucléique infectieux. Ce fut le premier messager
introduit dans le système de synthèse protéique in vitro mis au
point par Nirenberg et Mathaaei (1961).
1. Contributions majeures à la Phytoprotection.
Exemples :
(1) Elimination de virus par des programmes de certification.
De tels programmes sont de francs succès avec les petits
fruits (surtout le fraisier), les plantes ornementales (exemple
du chrysanthème)
(2) Production de plantes résistantes à certains virus
Exemples : TMV et tomate
CMV et concombre
TMV Tobacco mosaic virus, virus de la mosaïque du tabac
CMV : cucumber mosaic virus, virus de la mosaïque du
concombre.
2. Contributions majeures à la Biologie et surtout à la
Biologie moléculaire
Exemples : des premières ont été réalisées avec des virus
végétaux :
1898 : Beijerinck, père de la Virologie, explicite une première
notion de ‘’virus’’
1935 Premier Virus isolé (TMV)
1956 Première détermination du caractère infectieux d’un RNA
viral (TMV)
1970 Première séquence complète d’une protéine de la capside
les 158 acides aminés de la souche commune de TMV) et
vérification du code génétique.
1977 Première séquence de l’acide nucléique d’un pathogène
d’eucaryote (PSTV, viroïde de la filosité du tubercule de la
pomme de terre).
1.5 Présence de particules virales chez d’autres
organismes et microorganismes.
On a rapporté la présence de particules virales chez d’autres
êtres vivants (Algues, Arthropodes,Bactéries, Plantes et
Vertébrés (voir Tableau 1.6).
Tableau 1.5: Distribution des virus chez les êtres
vivants.
MAMIFERES (SINGES, HOMME, ETC.)
VERTEBRES OISEAUX
REPTILES
POISSONS
INSECTES ARTHROPODES
ARAIGNEES
CRUSTACES
INVERTEBRES MOLUSQUES (HUITRES, OCTOPU)
VERS : ANNELIDES, HELMINTHES

TUNICATES
EPONGES
ANGIOSPERMES
PLANTES MONOCOTYLEDONES
DICOTYLEDONES
GYMNOSPERMES
PHYCOMYCETES
CHAMPIGNONS
ASCOMYCETES
BASIDIOMYCETES
IMPARFAITS
LEVURE
ALGUES CHLOROPHYTA
PHAEOPHYT
RHODOPHYTA
FLAGELLE
PROTOZOAIRES SARCODINES
SPOROZOAIRES
CILIES
BACTERIES VRAIES
ALGUES BLEUES
1.6 Quelques caractéristiques comparatives des grands
groupes de virus dans les règnes animal et végétal
Tableau 1.6 Quelques caractéristiques comparatives de
4 groupes de virus (Règnes : Animal, Végétal,
Champignons, Bactéries).
Groupes de virus Animal Végétal Champignon Bactérie

Caractéristiques
1. Nombre de 10 -100105 à -(Non 1 - 10
virions Requis pour 106 (Dans déterminé
initier l’infection certains cas parce qu’on
(Les chiffres on a réussi ne peut pas
représentent un à inoculer inoculer de
ordre de grandeur) avec 10- façon
100 contrôlée)
particules)
2. Persistance des Formation Les virus Les virus Persista
réactions de l’hôte d’immuno persistent. persistent nce
globulines variable
.
Les virus
ne
Groupes de virus Animal Végétal Champignon Bactérie
Caractéristiques
persistent
générale
ment pas.
3. Type d’acide Les deux La plupart La plupart La
nucléique types sont des sont des plupart
infectieux (RNA ou (soit ADN virus à ARN virus à ARN sont des
DNA) soit ARN) simple brin double brin virus à
positif à à génome ADN
génome divisé.
unique ou
divisé
4. Présence de Très rare Très - Absent
vecteurs de fréquent : (Encore
vecteurs pour la -Insectes inconnu)
transmission en -Acariens
nature des virus. -
Nématodes
Champigno
ns du sol
-etc
-
1.7 Nature, morphologie et constitution des virus
▪ Nature
Les virus se différencient des microorganismes tels que

Bactéries, Rickettsies et Mycoplasmes par trois caractères
essentiels :
a) Ils contiennent soit du DNA, soit du RNA, jamais les deux

à la fois
b) Les protéines du virus sont synthétisées sur les
ribosomes de l'hôte
c) les virus se multiplient par synthèse indépendante de
leurs constituants, acide nucléique et protéines, puis
ensuite, leur liaison, plutôt que par croissance et division.
Ils se présentent sous forme de particules sphériques ( 15 à
40 mm ) de filaments ou de bâtonnets ( jusqu'à 700 mm de
long ) et son constitués d'acide nucléique ( ARN en général
pour les phytovirus, quelquefois ADN ) enfermé dans une
enveloppe protectrice de nature protéique ( = capside est
constituée de sous-unités protéiques toutes semblables pour
un virus donné, liées entre elles et forment une architecture
caractéristique ( ex. symétrie hélicoïdale pour le virus de la
mosaïque du tabac TMV).
Morphologie
La morphologie des particules virales a été principalement

étudiée au microscope électronique. (Rappelons que les
particules virales ne sont visibles qu'au microscope
électronique et non au microscope photonique). Elles se
présentent sous forme de particules allongées ou de
particules subsphériques. Les particules allongées sont des
bâtonnets rigides ou flexueux à structure interne hélicoïdale,
et dont les dimensions sont variables. Les particules
subsphériques ont également des diamètres variables.
1.8 Propriétés des phytovirus
1.8.1Propriétés physico-chimiques
a) Action de divers agents chimiques sur les
particules virales
Ex. Acides, bases, enzymes, agents dénaturants des
protéines.
b) Durée de conservation in vitro
Elle exprime la durée au-delà de laquelle un extrait de plante
virosée perd son pouvoir infectieux. Cette durée varie avec le
type de virus et la température (de quelques minutes à des
années). Certains virus sont très stables et peuvent conserver
leur pouvoir infectieux dans des feuilles séchées dans le sol
pendant une longue période.
c) Point limite de dilution
C’est la dilution au-delà de laquelle l’extrait ne provoque plus
d’infection lorsqu’il est inoculé à une plante saine. Ce point
limite reflète la concentration du virus dans l’extrait et varie
considérablement pour un même virus avec l’espèce végétale
et les conditions écologiques de la multiplication.
d) Température d’inactivation
C’est la température au delà de laquelle tout extrait virosé
perd son pouvoir infectieux.
1.8.2 Propriétés immunologiques
Dans beaucoup de cas, lorsqu’un phytovirus est injecté dans le

système circulatoire d’un animal à sang chaud sa protéine se
comporte comme un antigène et induit la formation d'anticorps
spécifique à l'égard de la protéine injectée. Le sérum obtenu
est dit homologue du virus utilisé, tandis qu'il est hétérologue à
l'égard des autres virus.
La réaction antigène anticorps peut être mise en évidence in

vitro et permet de la sorte, l'identification d'un virus inconnu en
recherchant ses réactions éventuelles avec une série
d'anticorps obtenus à partir de virus connus. Deux virus
identiques ou apparentés réagissent avec leurs anticorps
respectifs tandis que des virus différents ne présentent pas
cette réaction sérologique croisée.
1.8.3 Caractéristiques biochimiques.
Les virus présentent une certaine communauté dans leur

constitution chimique. Ils sont toujours constitués d’un acide
nucléique et un seul, soit l’ADN (acide désoxyribonuclèique),
soit l’ARN (acide ribonucléique) et de protéines.
La nature de l’acide nucléique permet de classer les virus en

deux catégories (à ADN ou ARN). Du point de vue biochimique,
on note chez certains virus l’existence de constituants
chimiques autres que l’acide nucléique et les protéines : lipides
et polysaccharides. La molécule d’ADN est un polymère d’unités
appelées nucléotides. Chaque nucléotide est composé d’un
sucre à 5 carbones (pentose), le désoxyribose, d’un groupe
phosphate et d’une base azotée. Le phosphate est attaché au
carbone 5’ du désoxyribose et la base au carbone 1’. Il existe
quatre types de nucléotides distinguables par la nature de la
base azotée. Celle-ci peut être une purine : adénine (A) ou
guanine (G), ou une pyrimidine : thymine (T) ou cytosine (C).
La molécule composée du sucre et d’une de ces bases est

appelée nucléoside.
Les nucléotides sont attachés les uns aux autres par des
liaisons covalentes ester-phosphate qui relient le 5’ phosphate
d’un nucléotide au 3’OH du suivant. La chaîne polypeptidique
est formée d’un squelette correspondant à une suite monotone
sucre-phosphate avec une succession de bases azotées
branchées latéralement. Comme il existe 4 nucléotides
différents, il y a un très grand nombre de séquences possibles
de nucléotides. Ainsi, on peut théoriquement constituer 420
séquences différentes, soit mille milliards environ, avec 20
nucléotides.
On a montré chez les virus à ARN que le matériel génétique

correspondait également à l’acide nucléique. Ces expériences
ont porté sur le TMV (virus de la mosaïque du tabac). Ce virus
pénètre dans les cellules des feuilles du tabac et perturbe leur
métabolisme. Les cellules infectées perdent leur chlorophylle.
Les zones contaminées se présentent comme des taches
jaunâtres. La capside protéique des bâtonnets de TMV est
constituée par plus de 2000 molécules protéiques identiques
qui présentent un arrangement hélicoïdal autour de la
molécule d’ARN centrale. Il est possible in vitro de dissocier les
protéines de la capside et séparer ainsi l’ARN des protéines.
Dans les conditions propices, lorsqu’on remet en présence l’ARN
et les protéines, celles-ci vont spontanément s’assembler
autour de la molécule d’acide nucléique de manière à
reconstituer un virion complet. Ces propriétés ont permis :
- D’éprouver le pouvoir infectieux de chacun des

constituants isolément ;
- De fabriquer in vitro des virions mixtes constitués d’un

ARN et de protéines issus de lignées différentes de TMV.
Démonstration du pouvoir infectieux de l’ARN isolé :
L’ARN pur est capable d’infecter les plants de tabac (avec un

rendement faible), alors que les protéines pures en sont
incapables. A partir des taches apparues sur les feuilles de
tabac infectées par l’ARN pur, on retrouve des virions complets.
L’ARN du TMV contient l’information nécessaire au processus
d’infection et à la synthèse des protéines du virion.
Propriétés des virus mixtes :
La possibilité de reconstituer in vitro des virions complets à

partir des deux constituants moléculaires du TMV a suggéré
une expérience très élégante qui confirme le matériel génétique
des virus est constitué par l’acide nucléique, elle montre que si
deux virus diffèrent pour un caractère particulier héréditaire, ce
caractère est transmis par l’ARN. Il existe chez le TMV des
mutants qui produisent des taches dont la taille, la forme ou
l’intensité de coloration est différente. A partir de deux lots de
virus qui fournissent des taches d’aspect différent, on constitue
des virus mixtes : l’ARN de chaque lot est réassocié avec les
protéines de l’autre lot. Lorsqu’on infecte des plants de tabac
avec chacun de ces deux types de virus mixtes, on constate
que les taches correspondent toujours à celles qui auraient été
obtenues en infectant par le virus qui a fourni l’ARN.
Ainsi chez les virus le matériel génétique correspond toujours à

l’acide nucléique quel que soit le type d’acide nucléique (ADN
ou ARN). Les protéines virales ont donc essentiellement un rôle
de protection de l’acide nucléique durant son séjour hors de la
cellule hôte. Elles peuvent aussi faciliter éventuellement la
pénétration de cet acide nucléique (comme cela est démontré
pour les le phage T2).
ENCART SUR LA STRUCTURE DES PROTEINES
Une protéine est une séquence linéaire d’acides aminés reliés

par des liaisons peptidiques. Une liaison peptidique est une
liaison covalente unissant un radical alpha-amine d’un acide
aminé. La liaison peptidique a un caractère partiel de double
liaison et elle se rencontre presque toujours en configurations
trans
Deux acides aminés liés par une liaison peptidique constituent

un dipeptide. L’adition d’autres acides aminés aboutit à de
longues chaînes appelées oligopeptides et polypeptides.
La séquence linéaire d’acides aminés unis par des liaisons

peptidiques constitue la structure primaire de la protéine. La
position des liaisons disulfure covalentes entre des résidus de
cystéine est également intégrée dans la structure primaire. La
structure secondaire d’une protéine fait référence à des régions
de repliement régulier de la chaîne polypeptidique. Les deux
types de structure secondaire les plus communs sont l’hélice
alpha (α) et le feuillet bêta plissé (β) L’hélice α a un
arrangement hélicoïdal des acides aminés dans la chaîne
polypeptidique maintenue par des liaisons hydrogène parallèle
à l’axe de l’hélice. Dans un feuillet β, les liaisons hydrogène se
forment entre des régions adjacentes du polypeptide qui soit
ont la même orientation (feuillet β parallèle) soit sont orientés
dans des directions opposées (feuillet β antiparallèle). Les
coudes β inversent la direction de la chaîne polypeptidique et
on les retrouve souvent liant les extrémités de feuillets β
antiparallèles. Dans une protéine, la structure tertiaire décrit
l’arrangement tridimensionnel de tous les acides aminés situés
dans la chaîne polypeptidique. Cette conformation native,
biologiquement active, est maintenue par de multiples liaisons
non covalentes. Si une protéine est constituée de plus d’une
chaîne polypeptidique, elle est considérée comme ayant une
structure quaternaire. Ceci se réfère à l’arrangement spatial
des sous-unités du polypeptide et à la nature des interactions
existant entre elles.
1.9 Modalités de transmission des phytovirus
Les virus (qui sont tous non mobiles) sont transportés

passivement d'une plante à l'autre. Ils ne peuvent pénétrer par
leurs propres moyens ; ils ont besoin d'un vecteur qui les
introduise dans les tissus de l'hôte. L'homme est le principal
responsable de la dissémination des virus par l'introduction et
les échanges de matériel infecté ; il favorise également leur
dissémination par les blessures accidentelles, les plaies de
taille, etc… La transmission des phytovirus peut se faire selon
les modalités ci-après
a)Transmission mécanique
Elle est rare dans les conditions naturelles et se réalise dans la

nature par l'intermédiaire des blessures d’origine accidentelle
ou par frottement d’organes foliaires très proches.
b) Par frottis de jus infectieux
Beaucoup de virus peuvent être transmis en frottant du jus de

la plante infectée sur une feuille saine en présence d'un abrasif
qui favorise la création de blessures cicatrisantes. Cette
technique est d'utilisation courante pour l'identification des
virus. Elle se réalise dans les conditions naturelles du champ
lorsque les feuilles d'une plante saine et d'une plante virosée
entrent en contact (= frottement d'organes végétaux les uns
contre les autres, on parlera de transmission par contact).
c) Par les instruments aratoires (greffe, taille, greffoir, canif de

taille etc..).
d) Par la multiplication végétative
Tubercules →bulbes infectés

transmission du
rhizome virus d’un stolon
génération à l'autre
boutures →
etc …
Remarque : les méristèmes apicaux de plantes virosées sont

généralement dépourvus de virus et les plantes obtenues par
culture de ces méristèmes sont généralement saines.
e) Par le greffe
La transmission par greffe est particulièrement importante pour

les plantes ligneuses, notamment les arbres fruitiers. Presque
tous les virus peuvent être transmis de cette façon.
f) Par la graine (ou par voie générative)
La transmission des phytovirus par ce procédé est rare, mais il

y a des exceptions. En effet, certains virus (tel le virus de la
mosaïque du tabac par exemple) peuvent souiller l'extérieur
des graines et infecter les jeunes plantules au moment de la
germination.
g) Par des organismes vecteurs
Les insectes constituent le groupe le plus important de vecteurs

de phytovirus, et parmi eux spécialement les pucerons. En
effet, sur 250 virus examinés au cours d'une étude de
transmission par vecteurs, ceux-ci se répartissent de la manière
suivante :
* insectes : pucerons 60 %
- cicadelles 12 %
- aleurodes 10 %
- cochenilles 1%
* acariens ……………………… 5%
* nematodes …………………… 5%
* champignons ………………… 3%
Il existe trois modes essentiels de transmission des virus par

les insectes : le mode non persistant, le mode semi-persistant
et le mode persistant. Dans le mode non persistant (virus de
stylet), les virus sont présents dans les cellules épidermiques
des végétaux attaqués. A l'occasion d'un repas, l'insecte
vecteur prélève des particules virales au niveau du stylet et
peut immédiatement les transmettre s'il poursuit son repas sur
une plante saine. Il n'y a pas de période de latence et l'insecte
n'est pollué que pendant une courte période.
Dans le mode persistant (virus circulant), les virus sont

présents dans le phloème des plantes. L'insecte absorbe le
virus lors d'un repas, le virus est transporté dans l'appareil
digestif, parfois se multiplie et finit par atteindre les glandes
salivaires. L'insecte est alors infectant car lorsqu'il va se nourrir
sur une plante saine, il injecte au moment de la piqûre un peu
de salive qui contient des particules virales. Il a une période de
latence entre l'acquisition du virus par le vecteur et l'instant où
celui-ci devient infectieux ; mais l'acquisition est définitive
(héréditaire) dans le cas de certaines cicadelles.
Tableau 1.9 Principales caractéristiques des différents modes de

transmission des phytovirus par les pucerons.
Virus non circulants Virus circulants

Virus non Virus Virus non Virus
persistants semi- Multipliants multipliants
Virus de persistants
stylets
Temps Très bref Bref Long Long
D’acquisition (secondes) (minutes) (heures) (heures)
Plusieurs
piqûres
d’essai
Temps de Non Non Oui Oui
latence
Temps de Courte Assez long Long Long (toute
rétention (quelques (plusieurs (plusieurs la vie)
heures) heures à jours à
Virus non circulants Virus circulants
quelques toute la
jours) vie)
Conservation NON Non Oui Oui
après la mue
Transmission Non Non Non Non/oui
à la
descendance
Spécificité Faible Etroite Etroite Etroite
de
transmission
MULTIPLICATION DANS LA PLANTE

Une fois dans la cellule, le virus dévie le métabolisme de cette
dernière à son profit pour pouvoir se multiplier, le virus est
alors décapsidé (= séparation de l'acide nucléique et de la
capside) et l'information génétique portée par son acide
nucléique peut s'exprimer.
Chez les phytovirus à ARN, les plus courants, l'acide nucléique

viral est traduit, par la cellule, comme un ARN messager. Des
protéines spécifiques du virus sont ainsi synthétisées : sous-
unité protéique et sous-unité replicase (fonction messagère de
l’ARN). La sous-unité réplicase vraisemblablement associée à
d'autres unités d'origine cellulaire forme une réplicase
fonctionnelle qui transcrit l'ARN pour en donner une réplique
qui est à son tour transcrite en de nombreux ARN viraux
identiques à celui du virus.
D'autres virus apportent une enzyme, mais ils ont toujours

besoin de la machinerie de la cellule hôte pour se multiplier.
Il y a assemblage des sous-unités protéiques constituant la
capside autour de l'acide nucléique et formation de particules
virales identiques à celles qui ont été introduites.
Chaque cellule infectée peut renfermer un million de particules,

celles-ci diffusent vers les cellules voisines par l'intermédiaire
des plasmodesmes (connexion entre le cytoplasme de cellules
adjacentes). Les virus gagnent les tissus conducteurs et sont
transportés très rapidement et simultanément vers les
extrémités des tiges et des racines. Ils envahissent l'ensemble
des tissus de la plante.
Les virus provoquent des maladies généralisées ; leur

dépendance à l'égard des mécanismes de synthèse vitaux de la
cellule explique qu'il soit, dans la pratique, impossible de les
détruire dans les plantes sans altérer celles-ci gravement.
1.10 Symptômes des maladies virales.
Les symptômes des maladies virales observés le plus

fréquemment sont les suivants : lésions nécrotiques locales –
diminutions faibles ou importantes du taux de croissance et /
ou du rendement – mosaïques, éclaircissement des nervures,
jaunissement et décoloration – variations de couleur et de
forme des fleurs et des fruits – variation (en plus ou en moins
de la longueur des entre-nœuds avec parfois formation de
balais de sorcière). Les plantes atteintes peuvent cependant ne
montrer aucun symptôme évident tout en restant porteuses
d'un virus en plein développement (infection latente).
L'identification des maladies à virus peut être basée sur ces
symptômes mais des symptômes semblables peuvent être
provoqués par des virus différents ou même par des carences
ou des désordres génétiques. Les symptômes induits par un
virus chez une plante varient avec l'espèce végétale en cause
et avec les conditions écologiques ambiantes.
Remarques
Conservation de l’inoculum d’une saison de culture à

l’autre
La conservation des virus est assurée par différents moyens :
-Semences infectées (généralement non certifiées)
-Rôle des plantes adventices comme réservoir de virus).
-Virus susceptible d'infecter différentes espèces cultivées dont

les périodes de culture se chevauchent, ou diverses espèces
spontanées. Les graines de plantes spontanées infectées
peuvent jouer un rôle important dans la conservation de
l’inoculum viral.
Forme de résistance de nématodes ou de champignons

vecteurs de virus, œufs de cicadelles.
Matériels de culture pollués.
CHAPITRE II. EXTRACTION, PURIFICATION,
CARACTERISTIQUES SEROLOGIQUES ET MOLECULAIRES
DES VIRUS VEGETAUX.
2.0 Introduction
Beijerinck (1898) fut le premier à tenter de purifier le virus

de la mosaïque du tabac (TMV) par précipitation à l'alcool.
Stanley (1935), un spécialiste de la chimie des protéines,

réussit cette purification en insolubilisant le virus par l'acétate
de Pb.
Nombre de précautions doivent être prises pour purifier

quantitativement les particules virales. Les principes de bases à
respecter pour obtenir une suspension virale dispersée et stable
sont les suivants :
Partir d'une plante maintenue dans de bonnes conditions,

inoculée à un stade adéquat de son développement et récoltée
lorsque la teneur en virus est optimale.
Eviter la dégradation des particules virales (oxydases,

protéases, rupture de liaison protéine – protéine ou protéine-
RNA),
Eviter l'agrégation des particules virales pour les virus en

bâtonnets s'associant par leurs extrémités (dimères) ou côte à
côte (polymères),
Eviter l'insolubilisation du virus par des constituants cellulaires

(notamment les tannins qui s'associent aux protéines), ou par
un pH inadéquat,
Eviter l'association du virus avec des structures subcellulaires
grossières qui seraient éliminées lors des fractionnements
successifs, ou avec des produits d'oxydation des phénols par les
oxydases, qui contaminent de façon irréversible les particules
virales.
2.1 Extraction et purification des particules virales
Extraction
Le choix de la plante-hôte visera à obtenir en quantités

importantes du virus pouvant être séparé aisément du matériel
végétal, ce qui requiert généralement l'emploi de plantes
jeunes, en croissance active et non nécrosées, présentant des
symptômes nets d'infection systémique. Dans certains cas
cependant, le virus peut être aisément purifié à partir des
plantes herbacées ne réagissant que par lésions locales sur les
feuilles inoculées.
Le matériel recueilli est éventuellement congelé, pour autant

que le virus tolère ce traitement, ce qui facilite l'extraction
subséquente. Le tissu infecté (généralement des feuilles) est
alors broyé, le plus souvent à 4°C, à l'aide d'un mortier, d'un
broyeur à viande ou d'un mixeur, en présence d'un tampon
approprié. On filtre ensuite sur mousseline ou sur voile de
Nylon pour éliminer le matériel grossier et on procède au
fractionnement.
Les tampons utilisés ont souvent un pH, suffisamment éloigné

du point isoélectrique du virus (généralement proche de 4). Il y
a des exceptions à cet égard : le virus de la mosaïque du
brome possède un point isoélectrique de l'ordre de 7 et est dès
lors extrait à pH5. D'autres virus par ailleurs, ne sont
purifiables qu'en présence de tampons fortement basiques. Les
ribosomes et protéines des plantes sont stables à pH7 et
précipitent de façon irréversible à pH4, 5 ; pour les virus qui
supportent ce pH, on peut de la sorte assurer une première
clarification de l'extrait par élimination de matériel cellulaire à
pH bas.
Il y a intérêt, pour les virus qui le supportent, à utiliser une

molarité suffisamment élevée en sel (> 0, 1M), sous
forme de phosphate, de citrate, et de borate. Le citrate
chélate le magnésium, ce qui déstabilise les ribosomes. Pour
nombre de virus, le tampon d'extraction peut contenir de
l'EDTA qui chélate le calcium et le magnésium. Mais certains
virus ne supportent pas un tel traitement, étant eux-mêmes
stabilisés par des ponts de Mg (virus de la mosaïque de la
luzerne). Différents détergents peuvent également être ajoutés
pour favoriser la séparation des particules virales, à condition
de ne pas déstabiliser les virions.
Pour empêcher l'action des oxydases, qui pourraient

provoquer une réaction d'association entre les produits
d'oxydation et le virus, on peut ajouter du sulfite de Na ou de
l'acide ascorbique, du mercaptoethanol, de l'acide
thioglycolique, etc. On peut également chélater le Cu
nécessaire aux enzymes d'oxydation, en ajoutant du
diethylthiocarbomate de Na (DIECA). Les tannins peuvent être
neutralisés par broyage à pH 8, en présence de 2% de nicotine,
ou par addition de caséine ou de poudre de peau qui entrent en
compétition avec le virus pour la fixation par le tannin.
Fractionnement
Après broyage et préalablement au fractionnement proprement

dit, il y a parfois intérêt, pour les virus qui supportent ce
traitement, à chauffer (5 – 10mn à 60°C) ou à congeler et
dégeler l'extrait foliaire, afin d'accentuer la dénaturation et
l'insolubilisation des protéines de l'hôte. Le fractionnement
débutera généralement par une centrifugation de 10mn à
3.000g qui élimine les matériaux grossiers, l'amidon, les
noyaux et une partie des chloroplastes. Si les traitements
préalables ont été bien menés, le virus se retrouvera dans le
surnageant. Il s'agira dès lors de l'insolubiliser ou de le faire
sédimenter par ultracentrifugation. Certains virus supportent
un traitement par émulsion avec des solvants organiques
tels le butanol, l'éther, le tétrachlorure de carbone, le
fluorocarbone, ou le chloroforme, qui dénaturent le
matériel cellulaire. Après émulsion, l'extrait est
centrifugé pendant 10mn à 5.000g, afin de séparer la
phase organique de la phase aqueuse qui contient le
virus.
La précipitation du virus peut s'effectuer à son point

isoélectrique, ce qui est obtenu en général en saturant les
charges avec du sulfate ammonique à 1/ 3 de saturation ou en
ajustant le pH. L’addition de polyéthylène glycol (PEG) précipite
certains virus qui peuvent ensuite être remis en suspension. Le
matériel cellulaire est également insolubilisé dans ces
différentes conditions, mais est dénaturé et ne se remet plus en
suspension. Les protéines cellulaires peuvent être absorbées
sur charbon de bois ou sur DEAE cellulose, matériaux qui sont
ensuite éliminés par filtration. Le plus souvent, le virus se
trouvant en suspension dans un extrait aqueux clarifié est
purifié et concentré par ultracentrifugation (centrifugation
de 2 à 3 h à 80.000g ou plus). Le virus et les ribosomes
résiduels se retrouvent dans le culot, qui est remis en
suspension dans un tampon approprié. On clarifie
ensuite par centrifugation pendant 10mn à 5.000g,
après quoi la suspension virale est généralement soumise à
un nouveau cycle de centrifugations. Un certain fractionnement
peut également être opéré par filtration au travers de gels
constitués de billes poreuses de dextrane, d’agarose,
d’acrylamide, jouant le rôle de tamis moléculaire. Le virus, qui
n’est pas retenu par les gels, passe immédiatement après le
volume vide, tandis que les molécules de plus petite taille sont
freinées. On obtient de la sorte du matériel très homogène. La
purification ultérieure du virus peut s’effectuer de différentes
manières : centrifugation différentielle en gradients de
saccharose, électrophorèse en gels ou en phase liquide,
fractionnement par densité (centrifugation d'équilibre en
présence de solutions de tartrate de K, ou de chlorure ou
sulfate de césium, pour les virus qui résistent à ces sels
lourds).
Pour les virus à haute teneur en RNA (20 – 33%), les

nucléoprotéines purifiées ont un spectre qui présente un
maximum d'absorption vers 260mn et un rapport E 260 / E
280 compris entre 1,5 et 2. Les virus qui, comme le TMV,
contiennent peu de RNA (6%) ne présentent pas de maximum
nettement marqué à 260mn et ont un rapport E 260 / E 280
proche de 1.
La conservation des préparations virales se fait sous

congélation ou à 4°C en présence de désinfectant (azoture de
Na, chloroforme, thymol). L'addition de protéines ou de
polysaccharides peut favoriser la stabilité des virions.
2.2 Extraction et purification de l’acide nucléique

Purification des acides nucléiques viraux’
Les acides nucléiques viraux s'obtiennent par déprotéinisation

non dégradante des particules virales. On peut également
déprotéiniser directement les extraits de plantes virosées et
obtenir, dans ce cas, des mélanges de RNAs cellulaires et
viraux. La technique de déprotéinisation la plus courante
consiste à traiter les suspensions virales par émulsion dans un
volume de phénol, lequel dissocie les protéines et en dénature
une partie que l'on retrouve à l'interface. Le phénol a
l'avantage d'inactiver les RNases, mais des traces de celles-ci
peuvent demeurer dans la phase aqueuse et être co-purifiées
avec le RNA viral, ce qui risquerait de l'altérer. C'est pourquoi
on ajoute souvent de la bentonite qui absorbe les
ribonucléases, ou du sulfate de polyvinyle qui les inhibe. Pour
les virus à DNA, il convient d'inactiver les DNases, soit par la
chaleur, soit en chélatant le Mg qui constitue un cofacteur
indispensable à l'activité de ces enzymes. On peut également
déprotéiniser les virions avec des détergents (dodécyle sulfate
de Na), par la chaleur (vers 98°C pour le TMV), ainsi qu'à pH
élevé, ce qui risque toutefois de dénaturer le RNA (mais non le
DNA ).
Pour concentrer le RNA, l'on le précipite par addition de 2

volumes d'éthanol ; après centrifugation, on re-suspend le
précipité ainsi obtenu dans un milieu approprié. Le phénol
résiduel peut être éliminé par plusieurs précipitations
successives du RNA à l'éthanol, ou par traitement à l'éther,
lequel est ensuite éliminé par barbotage d'azote. Il y a intérêt à
conserver les RNA sous congélation à -20°C, en évitant de
dégeler et regeler une même préparation.
Les RNAs / DNAs viraux peuvent être purifiés davantage par

centrifugation en gradients de saccharose, électrophorèse, ou
filtration sur gels. Un RNA purifié possède un spectre
d'absorption en UV qui présente un maximum à 260 nm et un
rapport E 260 / E 280 proche de 2 (alors que les protéines
présentent souvent un maximum d'absorption à 280 nm). Il
faut faire attention à cet égard aux traces de phénol ou de
chloroforme, ces molécules absorbant également dans l'UV.
En général, le pouvoir infectieux spécifique des RNAs viraux est

inférieur à celui du virus d'origine, pour une même quantité de
RNA ; cette différence est de 100 à 1000 x pour le TMV sur
tabac. Toutefois, l'écart se réduit si on inocule en présence de
bentonite ou à pH élevé, c'est-à-dire dans des conditions
défavorables à l'activité de la RNase ; ceci suggère que le RNA
de l'inoculum est dégradé par la RNase des feuilles de tabac
inoculées. La différence entre le nombre de lésions induites
respectivement par le TMV et le TMV-RNA est beaucoup
moindre sur haricot et sur Chenopodium amaranticolor que sur
tabac.
2.3 Extraction et purification de la protéine virale.
La séparation de la protéine de la capside de l’acide nucléique

(ARN) peut être obtenue par dégradation à l’acide acétique. On
peut obtenir ainsi des sous-unités protéiques à l’état dispersé et
détruire l’ARN. Puis en rehaussant le pH de la solution, la
protéine se reconstitue selon le modèle initial, mais dépourvue
d’ARN. La particule néoformée n’a plus de pouvoir infectieux. Il
est possible aussi de détruire la protéine sans endommager
l’acide nucléique, ceci à l’aide de phénol saturé d’eau ou de
dodécylsulfate de sodium (SDS) à 1%. La solution d’ARN pur
obtenue est infectieuse (Travaux de Fraeckel-Conrat aux Etats
Unis et Gierer et Schramm en Allemagne en 1956).
2.4 Structure des virus
L’analyse des éléments constituant un virus a montré une

structure de base très simple : un acide nucléique (ADN ou
ARN) entouré d’une coque protéique (la capside) à laquelle
s’ajoute parfois une enveloppe de nature lipoprotéique. La
quantité d’information génétique portée par les virus, estimée
par le nombre de gènes, est très inférieure à celle de la plus
petite des cellules. Les virus des plantes codent pour 4 à 12
protéines, les virus des animaux les plus complexes jusqu’à 250
protéines. Pour exprimer ses protéines, le virus dépend donc
totalement du système de synthèse protéique de son hôte.
Investir ce système et le mettre à son service est son premier
besoin. La particule virale, appelée aussi virion, est composée
d’un acide nucléique (ADN ou ARN) et d’une coque protéique
nommée capside ; elle peut aussi comporter, suivant les virus,
une enveloppe externe dérivée des membranes de l’hôte, des
enzymes, des ions zinc ou calcium en faible quantité. La
capside entoure l’acide nucléique ; elle est formée de sous-
unités. Chaque sous-unité est une chaîne polypeptidique
d’environ 150 à 400 acides aminés, codée par l’acide nucléique
viral ; c’est une des protéines virales dont la séquence est la
plus variable entre espèces, souches, isolats. A l’extérieur, ils
comportent le plus souvent une capside protéique, qui est un
assemblage d’éléments organisés selon des formes
géométriques régulières (hélice ou icosaèdre), puis parfois une
membrane lipidique ou lipoprotéique.
ENCART SUR LA STRUCTURE DES VIRUS
Les virus, sont généralement constitués d’acide nucléique et

d’une capside protéique. Cette dernière est faite de sous-unités
chimiques soit des polypeptides ou monomères, comprenant
120 à 150 acides aminés et parfois plus. Les monomères
(unités protéiques de base) entourent l’acide nucléique ou sont
étroitement fixés à lui. Le nombre de monomères est spécifié
par le génome viral. Il peut y avoir plusieurs catégories de
monomères, mais la plus grande partie d’entre eux est
identique. Cela signifie une économie de génome. Les
monomères quasi équivalents peuvent s’assembler tout seuls,
on parle alors d’auto-assemblage. Leurs liaisons sont de type
salin, hydrophobes, protoniques, van der Waals, liaison
hydrogène (SH). L’acide nucléique et la protéine virale peuvent
être entourés d’une enveloppe lipoprotéique. De plus, il peut y
avoir des structures spéciales comme la queue des phages
caudés, des spicules, etc.
Remarque : Terminologie (cf virus des animaux, 2ème

partie du cours)
1. Virion : particule infectieuse complète
2. Monomère : unité protéique de base
3. Capsomère : assemblage de plusieurs monomères
4. Capside : coque protéique
5. Nucléocapside : capside en contact intime avec l’acide

nucléique ou acide nucléique + capside
6. Enveloppe : membrane périphérique lipoprotéique
7. Peplomère: unité protéique de l’enveloppe
2.5 Propriétés biologiques des constituants d’un virus
Connaissant la composition exacte de la particule virale, il faut

essayer de comprendre le mécanisme biologique du virus,
c’est-à-dire le rôle respectif de l’acide nucléique et de son
enveloppe protéique.
2.5.1 Rôle de l’acide nucléique et de la protéine virale
Utilisant le TMV (Tobacco Mosaic Virus) comme modèle, les

chercheurs, Fraenkel- Conrat, aux Etats-Unis et Gierer et
Schramm en Allemagne (et ceci de façon indépendante) ont pu
séparer en 1957 l’acide nucléique de la protéique de la capside.
Ils ont pu démontrer ainsi que d’autres chercheurs aussi, que
l’acide nucléique seul est responsable des propriétés
infectieuses de la particule virale, et la protéine ne joue aucun
rôle actif. Cette découverte fondamentale est à la base du
développement moderne de la virologie et a constitué une
véritable révolution dans ce domaine.
2.5.2 Stratégies de réplication des virus des végétaux
2.5.2.1 Introduction
On entend généralement par réplication le processus cellulaire

qui permet l’amplification de l’acide nucléique viral génomique,
le terme de transcription désigne la synthèse des messagers,
par exemple les ARN subgénomiques. De nombreuses études
ont été consacrées à la réplication depuis les années 60 ; elles
ont permis de décrire avec une certaine précision les principaux
aspects du processus. Cependant de nombreux points restent
encore dans l’ombre, et les résultats obtenus avec un virus sont
à extrapoler avec prudence aux virus ayant la même
organisation génomique. Le but est de définir les protéines
virales et cellulaires engagées dans le processus ainsi que les
structures polynucléotidiques sur lesquelles elles agissent pour
les différents types de génomes viraux. Les recherches sur le
rôle biologique de l’ARN viral ont permis de faire de sérieux
progrès dans l’étude des mécanismes de réplication d’un virus.
Dans un plant de tabac infecté par le TMV, 80% des protéines
de la plante sont des protéines virales. Il y a par cellule malade
6 à Millions de particules virales infectieuses, et il a été montré
que 100 minutes à peine suffisent pour obtenir la totalité du
matériel viral de cette cellule. Il y a donc une rapide et
gigantesque accumulation de virus.
2.5.2.2 La réplication des virus à ARN monocaténaire de

type messager : ARN (+)
L’introduction d’un ARN viral monocaténaire de type messager

ARN (+) dans la cellule aboutit à la synthèse d’une
descendance de nombreuses molécules d’ARN viral et à la
synthèse d’une descendance de nombreuses molécules d’ARN
viral et à la synthèse de protéines virales dont les protéines
capsidiales.
Outre sa fonction de modèle de transcription (synthèse de

nouvelles molécules d’acide nucléique génomiques), l’ARN viral
possède une fonction méssagère impliquée dans la traduction,
produisant différentes protéines virales. La synthèse de novo
d’une ARN polymérase virale représente la première étape de la
réplication des virus à ARN. L’ARN polymérase transcript l’ARN+
en synthétisant l’ARN antimessager (ARN-), puis utilise ce
dernier comme modèle et produit les ARN+. A ce stade des
systèmes de régulation amplifient la synthèse des capsomères
qui vont progressivement encapsider les ARN+
2.5.2.3 Stratégie de réplication des virus à ARN
monocaténaire messager
Les gènes viraux s’expriment différemment selon les stades de

l’infection grâce à différentes stratégies de régulation. Ces
stratégies comportent la répartition des gènes sur plusieurs
fragments d’ARN génomique (virus à génome multipartite), le
clivage d’une polyprotéine (la traduction de l’ARN+ aboutit à la
synthèse d’une polyprotéine de grande taille qui est ensuite
clivée en protéines fonctionnelles), des mécanismes de
translecture (conduisant un codon de fin de lecture à ne pas
mettre fin à la synthèse de de la protéine et exprimant de la
sorte deux cadres de lecture ) ou encore le décalage du cadre
de lecture (glissement du ribosome avant le codon de
terminaison) aboutissant à la synthèse d’une protéine
fusionnant deux ORF.
2.5.2.4 Autres ARN présents dans les nucléoprotéines

virales
Outre les ARN génomiques et subgénomiques, d’autres ARN

peuvent être présents dans les particules de certains virus à
génome d’ARN messager. Il s’agit d’ARN défectifs (ARN
génomiques délétés d’une partie de leurs séquences) ou encore
de petits ARN sans homologie de séquence avec les ARN
génomiques (ARN satellites). Les satellites sont dépendants de
l’ARN polymérase des virus assistants dont ils dépendent pour
leur réplication. Certains de ces ARN codent pour leur propre
protéine de capside on parle alors de virus satellites.
2.5.2.5 Virus à ARN bicaténaire
Dans ce groupe, les particules virales contiennent un ou

plusieurs ds ARN associés à une polymérase ARN-dépendante
qui permet la transcription des dsARN sous forme d’ARNs
monocaténaires messagers. La traduction des ARN messagers
permet ensuite la synthèse de protéines virales, assurant la
transcription en dsARN et l’encapsidation en particules virales.
2.5.2.6 Virus à génome d’ARN antimessager
Dans ce cas, comme pour les virus à génome d’ARN

bicaténaire, le génome ne peut s’exprimer que grâce à
l’activité d’une ARN polymérase ARN dépendante présente dans
la particule virale et synthétisant les ARN+
2.5.2.7 Virus à génome d’ADN monocaténaire.
Une fois transporté dans le noyau, l’ADN viral y est converti en

un ADN bicaténaire qui servira de modèle pour la réplication et
la transcription en ARNm. Les protéines virales sont
synthétisées dans le cytoplasme à partir de cet ARNm,
permettant l’encapsidation de l’ADN dans le noyau.
2.5.2.8 Virus à génome d’ADN bicaténaire
Les virus de cette famille répliquent leur génome via un ARN

monocaténaire, grâce à une transcriptase inverse virale, d’où
leur désignation de pararétrovirus. Après son entrée dans le
noyau de la cellule végétale, le génome viral est transcrit par
une polymérase cellulaire en un ARN qui possède une fonction
messagère et sert de modèle par rétrotranscription à la
synthèse de l’ADN viral qui sera encapsidé.
N.B. Mutations et variabilité des virus
L’analyse des populations de virus à ARN montre une grande

variabilité qui résulte soit du réassortiment de fragments
génomiques (virus à génome fractionné), soit de
recombinaisons, mutations ponctuelles, délétions ou insertions.
Les transcriptases inverses (RT) et les ARN polymérases ARN
dépendantes sont responsables des trois derniers évènements,
en raison de leur faible niveau intrinsèque de fidélité.
2.6 Caractéristiques sérologiques (Détermination

d’épitopes ou sites antigéniques, conformation des sites
antigéniques)
Un antigène est une molécule susceptible de déclencher une

réponse immunitaire chez l’animal. Les protéines virales
possèdent plusieurs déterminants antigéniques (épitopes)
variant dans leur propriété d’induire la production d’anticorps
(immunogénicité). Longtemps, ce sont les particules virales
elles-mêmes qui ont été utilisées comme antigènes, en raison
de la relative facilité d’obtenir des préparations virales purifiées
exemptes de contaminants d’origine cellulaire. D’autres
protéines virales peuvent aussi servir d’antigènes, en particulier
les protéines d’inclusions : inclusions cylindriques, amorphes,
amorphes ou nucléaires des Potyvirus. Depuis que les
séquences des virus sont connues, il est maintenant possible de
produire en quantités une protéine virale non contaminée par
d’autres protéines végétales. Il suffit de cloner le gène viral
correspondant dans un plasmide permettant la production de la
protéine dans la bactérie Escherichia coli. Cette démarche
permet d’obtenir des anticorps contre chacune des protéines
codées par le génome viral.
ENCART 2.6a Les anticorps polyclonaux
Définition d’un anticorps
Les anticorps sont des protéines du groupe des

immunoglobulines (Ig) qui se trouvent dans les sérums
sanguins. La structure de base des 5 classes
d’immunoglobulines est la même (Figure 2.6a ou Fig. 9.8 cf
Astier et al. 2001 p. 228). Les plus utilisées sont les IgG (qui
représentent environ les trois quarts des immunoglobulines
produites)
Structure d’un anticorps
La molécule d’immunoglobuline G (IgG) comprend deux chaînes

lourdes (H) et deux chaînes légères (L) associées par des ponts
di-sulfure S-S. Les régions NH2-terminales des chaînes lourdes
et légères (en rouge) sont très variables et constituent les
régions de reconnaissance spécifique des épitopes. Chaque IgG
comporte deux sites identiques de reconnaissance d’un
épitope : elle est bivalente. Elle peut être scindée par la
papaïne en deux Fab (fragment antibody) monovalents et un
fragment cristalisable dit Fc, ou par la pepsine en F(ab’)2
bivalent et Fc.
Production d’anticorps polyclonaux
Les protocoles d’immunisation sont très variés. Les plus

communément appliqués comprennent une injection
intramusculaire de virus ou de protéines virales purifiées (0,1 à
1mg) ; cette sensibilisation est suivie, un mois après, de
plusieurs injections intramusculaires successives de rappel
espacées de 1 à 2 semaines. Des prises de sang sont réalisées
régulièrement pour évaluer le niveau des anticorps spécifiques
et l’absence d’anticorps spécifiques et l’absence d’anticorps
réagissant avec les protéines normales de l’hôte. Les anticorps
ainsi obtenus sont dit polyclonaux car dans le sérum considéré
existe une grande diversité d’anticorps, chacun d’entre eux
étant dirigé contre un des déterminants antigéniques présents
sur les particules ou les protéines virales.
La production des anticorps polyclonaux est généralement

réalisée chez le lapin (Fig.2.6a1 ou 9.9 p. 229). L’injection d’une
préparation purifiée de virus ou de protéines virales induit la
production par les lymphocytes B activés d’un mélange
complexe d’anticorps que l’on recueille dans le sérum.
L’évolution de ce mélange a été étudiée lors d’une
immunisation par le JGMV (Johnsongrass Mosaic Virus,
Potyvirus).
Un exemple : L’identification des épitopes de la protéine

capsidiale de JGMV
La particule virale du JGMV (Potyvirus) est constituée d’un

assemblage de d’environ 2000 sous-unités capsidiales ; les
extrémités N- et C- terminales de chaque protéine capsidiale
sont exposées à la surface de la particule virale (et peuvent
être hydrolysées in vivo ou in vitro par des protéases sans que
la forme de la particule ne soit modifiée). Les différentes
préparations de sérum sont confrontées à un ensemble de 295
octapeptides chevauchants, homologues de la séquence de la
protéine capsidiale et la couvrant entièrement. La liaison d’un
anticorps sur un octapeptide est appréciée à 405 nm après un
test ELISA.
La figure 9.10 ou 2.6a2 p.230 représente la liaison des

anticorps obtenus (1) après deux injections, (2) après cinq
injections, (3) après de multiples rappels. Lorsque des
particules virales intactes sont utilisées comme immunogène,
les anticorps produits après deux ou cinq injections (fig. 9.10, 1
et 2) sont presque exclusivement dirigés contre la partie N-
terminale (67 acides aminés) de la protéine de la capside : la
région N-terminale est immunodominante. Les anticorps
dirigés la partie centrale (218 acides aminés) et la partie C-
terminale (18 acides aminés) de la protéine de la capside (fig.
9.10, (3)) n’apparaissent qu’après de nombreuses injections
de rappel.
Inconvénients des anticorps polyclonaux
La spécificité de la réaction antigène-anticorps fait des

méthodes sérologiques de très bons outils pour l’identification
des virus. Toutefois, les anticorps polyclonaux sont des réactifs
produits en volume limité : leurs performances varient, d’une
prise de sang à une autre et d’un lapin à l’autre. Pour pallier cet
inconvénient, on peut désormais produire des anticorps
monoclonaux (Mabs, pour monoclonal antibodies)
ENCART 2.6b Les anticorps monoclonaux
Au niveau des anticorps monoclonaux, chaque réactif ne

contient qu’un seul type d’anticorps, il ne réagit qu’avec un seul
épitope d’une protéine virale. Si cet épitope correspond à une
partie variable de la séquence de cette protéine, cette méthode
permet de distinguer une souche de virus chez laquelle cet
épitope est réactif. Si, au contraire, cet épitope correspond à
une partie conservée de la séquence, l’anticorps monoclonal
permettra une détection très large ; il a ainsi été possible de
produire un anticorps monoclonal qui réagit avec pratiquement
toutes les espèces de Potyvirus.
Un autre avantage majeur de cette technique réside dans le

fait que les hybridomes ainsi obtenus sont théoriquement des
lignées cellulaires éternelles qui permettent de produire de
façon permanente le même anticorps en volume adaptable à la
demande.. Ces anticorps monoclonaux, isolés ou en mélange
défini, sont des réactifs de choix pour une standardisation
internationales de protocoles sérologiques.
La production des anticorps monoclonaux
La production des anticorps monoclonaux est réalisée chez la

souris ou chez le rat, espèces pour lesquelles on possède des
lignées de cellules cancéreuses (myélome) éternelles (Fig. 9.11
ou 2.6b). Les hybridomes obtenus après fusion entre les
cellules de rate de l’animal immunisé (plasmocytes) sont clonés
et les cellules de myélome sont multipliées in vitro sur un
milieu sélectif. Les surnageants de culture contenant les
anticorps sécrétés par les hybridomes sont testés. Ce criblage
qui s’effectue généralement par test ELISA (voir Astier et al.
P236) vis-à-vis de l’antigène que l’on désire détecter, permet
de choisir les hybridomes présentant la meilleure réactivité. Les
hybridomes sélectionnés sont ensuite clonés, par dilution limite,
afin d’obtenir des lignées cellulaires qui sécrètent un seul type
d’anticorps possédant la spécificité recherchée. Ces lignées
cellulaires peuvent être conservées dans l’azote liquide.
ENCART 2.6.c Les épitopes viraux
L’identification des épitopes d’un virus par interaction des

anticorps avec une série d’octapeptides représentant la chaîne
polypeptidique entière de la protéine de la capside (le cas du
JGMV) ne met en évidence que des épitopes continus qui
correspondent en général à des séquences de 5 à 15 acides
aminés
Il existe aussi des épitopes discontinus formés par exemple

par deux repliements d’une chaîne d’acides aminés (Fig. 9.12
ou Fig. 2.6c). Ces épitopes discontinus ont été identifiés à la
surface des particules de TMV en préparant des anticorps
monoclonaux contre les virions et en les confrontant à des
mutants du TMV.
Ex. le Mab 20 reconnaît une substitution en position 66 ou en

position 140 de la séquence de la protéine capsidiale mais ne
reconnaît pas une substitution en position 65 ; ce Mab interagit
spécifiquement avec un épitope discontinu comprenant les
résidus 66, 67 et 140-143. Par ailleurs, 80% des Mabs préparés
contre le virion ne reconnaissent pas une série de peptides
couvrant la séquence complète de la protéine capsidiale. Ces
résultats suggèrent que les Mabs obtenus contre une protéine
native reconnaissent alors essentiellement des épitopes qui
dépendent fortement de la conformation de cette protéine.
L’existence de néotopes, c’est-à-dire d’épitopes

spécifiques de la structure quaternaire du virion, a été
observée dans tous les genres viraux. Une démonstration
consiste à « épuiser » les sérums conte les sous-unités
capsidiales dissociées : ils ne reconnaissent alors plus la
protéine capsidiale mais interagissent avec les particules
virales.
Cette approche a été confirmée dans le cas le cas du TMV : sur

un ensemble de de 18 Mabs préparés contre le virus, 8 n’ont
pas réagi avec les sous-unités capsidiales.
La conformation des néotopes est fortement modifiée quand la

particule virale est directement adsorbée à une surface en
plastique (microplaque ELISA) ; le virus devient alors
équivalent du point de vue antigénique à des sous-unités
capsidiales dissociées.
Enfin, certains épitopes de la protéine capsidiale ne sont pas

exposés à la surface des particules virales, ce sont les
cryptotopes
Sur un ensemble de 30 Mabs préparés contre la protéine
capsidiale du TMV, 5 Mabs n’ont pas réagi avec les particules
virales et sont donc des spécifiques des cryptotopes.
La détermination des épitopes de conformation est facilitée par

l’utilisation de « biosenseurs » qui analysent les interactions
moléculaires spécifiques au moment où elles se produisent.
L’un des réactifs (l’anticorps) est immobilisé sur une surface et
l’autre (l’antigène) est introduit dans une solution qui coule sur
cette surface. Le principe de la détection repose sur un
changement d’indice de réfraction à proximité de la surface.
L’augmentation d’indice de réfraction pour les protéines est
proportionnelle à la masse présente dans le volume détecté ;
les changements d’indice de réfraction sont suivis de façon
continue et enregistrés. Cette technologie a été utilisée pour
l’étude de la protéine capsidiale du TMV et l’étude de la
protéine CI du PVY.
L’affinité d’un anticorps pour un épitope
Les forces attractives intermoléculaires impliquées dans la

liaison entre un antigène et un anticorps sont des liaisons
hydrogène, des électrostatiques dues à l’attraction de groupes
ioniques de charge opposée, des forces de van der Waals crées
par l’interaction entre différents nuages électroniques et des
liaisons hydrophobes produites par l’association de
groupements non polaires et hydrophobes d’où les molécules
d’eau sont exclues (les liaisons hydrophobes peuvent
contribuer pour moitié à la force de liaison antigène -
anticorps) (Fig. 9.13 ou 2.6.c1). Ces forces requièrent un
contact étroit entre les différents groupes réactifs. Leur
intensité globale mesure l’affinité d’un anticorps pour un
épitope.
Dans un antisérum, les affinités des différents anticorps sont

très variées. La valeur moyenne, mesurable, constitue l’avidité
de ce sérum.
2.7 Caractéristiques moléculaires des acides nucléiques

viraux (Détermination des caractéristiques des acides
nucléiques viraux, génome et les gènes impliqués dans la
pathogenèse)
-Support de l’information génétique chez les virus (ADN,

ARN, bicaténaire, monocaténaire)
Chez les virus, le support de l’information génétique est soit de

l’ADN, soit de l’ARN. L’ADN bicaténaire est le support de
l’information génétique dans la cellule. Très stable sous la
forme bicaténaire, il est complété, pour le transfert
d’information vers les protéines, par des ARN messagers, de
transfert et ribosomaux. Les génomes viraux se présentent
sous des formes plus variées, ils sont constitués soit d’ADN,
soit d’ARN, et chacun de ces supports peut être monocaténaire
ou bicaténaire.
Chez les plantes, seuls les Caulimoviridae, les Geminiviridae et

les Nanovirus ont des génomes à ADN. Les autres virus ont un
génome à ARN, monocaténaire pour la majorité d’entre eux.
L’ARN simple brin peut être « positif » (ARN (+), c’est-à-dire
directement messager, ou « négatif » (ARN (-) dont la copie
complémentaire est messagère ; l’ARN viral peut être aussi
bicaténaire.. Le fait que l’ARN viral soit le support unique de
l’information génétique, contrairement à la situation dans la
cellule, où le support premier de l’information génétique
estl’ADN, est une découverte importante (cf travaux de
Fraenkel-Conrat 1956, Gierer et Scramm, 1956). Du point de
vue de l’évolution, le succès des génomes ARN indique qu’il est
avantageux pour un virus d’utiliser ce support. Sa fragilité
chimique sous forme monocaténaire, et notamment sa
sensibilité aux ribonucléases, est vraisemblablement
contrebalancée par la formation de structures secondaires
bicaténaires et l’association étroite avec les protéines. Tous les
virus ont besoin d’un ARN messager pour exprimer leurs gènes.
Ceux dont le génome n’est pas directement messager utilisent
différents dispositifs pour transcrire leur génome en ARNm
(Figure 2.7 a, b)
- Extrémités de l’ARN messager cellulaire et des

transcrits viraux
En raison du processus de synthèse, la chaîne de nucléotides

qui constitue l’ARN est orientée. Le premier nucléoside
triphosphate positionné porte trois résidus phosphate sur le
carbone 5’ du ribose, et cette extrémité est dénommé 5’. La
chaîne s’accroît par formation de liaisons phospho-diester entre
le carbone 3’ et le carbone 5’ du nucléoside triphosphate
suivant. Le dernier nucléoside a un ribose portant un OH sur le
carbone 3’ : c’est l’extrémité 3’. Ces extrémités portent des
structures qui protègent l’ARN de l’action des exonucléases et
interviennent directement dans l’initiation de la synthèse des
protéines. L’extrémité 5’ des ARN messagers cellulaires porte
une coiffe (cap) constituée par une guanosine méthylée en
position 7 (m7G) et inversée, formant une liaison triphosphate
avec le premier nucléotide de la chaîne : m7G5‘ppp5’XpYp (cf
Fig. 1.15B Astier et al 2004 p.30) : les deux premières bases Y
et Y sont également méthylées. L’extrémité 3’ porte un poly A
de longueur variable (20 à 400 A). Les transcrits viraux ont les
mêmes structures terminales que les messagers cellulaires.
L’ARNm cellulaire commence et se termine par des régions non

codantes de longueur variable qui encadrent la région codante
dans laquelle s’ouvre un ORF (cadre ouvert de lecture)
commençant en règle générale par le codon d’initiation AUG
dans un contexte favorable, et se terminant par un codon de
terminaison (UAA, UAG, UGA).
Les extrémités des ARN viraux génomiques simple chaîne de

polarité positive (dont l’ARN est messager) portent des
structures diversifiées.
A l’extrémité 5’, on trouve une coiffe (mais ici X et Y ne sont

pas méthylées), ou une protéine virale liée à l’ARN par une
liaison covalente (nommééVPg), ou encore aucune structure
particulière (pppX-). La protéine VPg (VPg (Viral Protein
genome linked) est codée par le génome viral, elle n’est pas
nécessaire à la traduction de l’ARN. Elle est clivée à partir
D’une polyprotéine dans laquelle elle fait partie du module de

réplication. En raison de son rôle d’amorce dans la réplication
elle est liée à l’extrémité 5’ de l’ARN par une liaison covalente
avec une tyrosine (chez les Potyvirus et le Poliovirus) ou une
sérine (chez les Comovirus). Sa taille varie de 3,5 à 24 kDa
suivant les virus.
A l’extrémité 3’, un poly A, ou une structure ressemblant à un

ARN de transfert, ou aucune structure particulière (-pY). La
région 3’ de l’ARN viral est le lieu où les enzymes de réplication
le reconnaissent spécifiquement pour en effectuer la copie.
On rencontre 6 combinaisons entre les différentes structures

des extrémités 3’ et 5’ :
◼ 5’ coiffe…..3’ poly A (cas des Potexvirus, Trichovirus,

Benyvirus
◼ 5’ coiffe…….3’ ARNt (cas des Bromovirus, Cucumovirus,

Furovirus, Hordeivirus, Tobamovirus, Tobravirus,
Tymovirus
◼ 5’ coiffe….3’ Y (cas de Alfamovirus, Cucumovirus,

Closterovirus, Machlomovirus
◼ 5’VPg…3’ poly A (cas des Comoviridae,(Comovirus et

Nepovirus)) Potyviridae (Bymovirus et Potyvirus)
◼ 5’ VPg……..3’ Y (cas des Sobemovirus, Polerovirus,

Enamovirus
◼ 5’ X…..3’ Y cas des Luteovirus et des Necrovirus
(où X et Y représentent des structures non encore précisées).
Les génomes des virus des plantes codent pour 4 à 12

protéines et beaucoup de dispositifs sont utilisés par les virus
pour exprimer un grand nombre d’informations dans un
minimum de séquences. Leurs gènes sont toujours très proches
les uns des autres, il n’est pas rare qu’ils soient chevauchants,
ou parfois sur imprimés dans des phases de lecture différentes,
et certaines stratégies de traduction permettent
d’accroître<encore le nombre de protéines synthétisées.
L’information génétique est portée par une seule molécule
d’ARN (génome non divisé ou monopartite) ou plusieurs (deux
ou trois molécules, génome divisé ou multipartite. Dans ce
dernier cas, les structures terminales des différents ARN sont
le plus souvent identiques ou très proches.
- Structures secondaires et tertiaires
Certains éléments de structure des ARN peuvent être prédits

par l’observation des séquences, complétées par des
expériences de mutations et des analyses phylogénétiques. Des
programmes informatiques permettent de visualiser les
repliements et de suggérer des structures optimales ou sub-
optimales.
Les structures secondaires en épingle à cheveux ou tige-boucle

se constituent quand une simple chaîne présente des séquences
inversées complémentaires, qui en s’appariant vont former une
tige en double hélice, séparées par quelques nucléotides
formant une boucle. Ce sont des sites d’interactions avec des
protéines cellulaires ou virales, et avec d’autres séquences
nucléotidiques. Un pseudo-nœud se forme lorsque la boucle
d’une épingle à cheveux s’apparie avec une séquence
nucléotidique voisine ou plus lointaine, formant une structure
tertiaire. Les structures en pseudo-ARNt qui ressemblent aux
ARN de transfert portées par certains ARN viraux à l’extrémité
3’ sont formées à la fois d’épingles à cheveux et de pseudo-
nœuds, ces derniers étant absents des ARNt cellulaires.
Les épingles à cheveux et les pseudo-nœuds sont présents en

différentes localisations sur l’ARN, en relation avec la
traduction, la réplication, l’encapsidation. La structure finale en
trois dimensions de l’ARN viral est donc déterminée par sa
séquence, puis par les structures secondaires et enfin par les
relations des structures secondaires entre elles et avec
l’environnement proche ou lointain (acide nucléique, protéines,
ions métalliques …).
- Particularités structurales des ADN viraux
Les Caulimoviridae ont un génome sous forme d’ADN double

brin circulaire. Chacun des brins présente des discontinuités
avec un segment redondant : lors de l’infection, les
discontinuités sont réparées et l’ADN se présente sous la forme
d’un minichromosome.
Les Geminiviridae ont un génome formé d’un ADN simple brin

circulaire qui possède une structure en épingle à cheveux
spécifique, origine de transcription bidirectionnelle.
- L’information virale : un message protégé.
Sa sécurité est assurée dans deux types de milieux :
❖ A l’extérieur de la cellule et jusqu’à l’entrée dans la cellule, la

capside protège le message ;
❖ Dans la cellule, des protéines cellulaires et virales, ainsi que
les structures secondaires, le protègent au cours des phases
de son cycle : la traduction, la réplication, la translocation.
Puis à nouveau en fin de cycle, les sous-unités capsidiales
entourent les acides nucléiques néosynthétisés pour former
de nouvelles particules virales.
CHAPITRE III. METHODES DE DETECTION ET

D’IDENTIFICATION DES VIRUS VEGETAUX.
3.1 Introduction
Savoir établir un diagnostic, c’est-à-dire savoir reconnaître une

maladie et détecter avec précision le ou les virus qui en sont la
cause, est un préalable indispensable à la plupart des études de
virologie végétale. Ainsi pour caractériser l’étiologie d’une
maladie virale nouvelle, il faut identifier le virus, révéler sa
présence dans une plante infectée, et vérifier qu’il est bien
l’agent responsable des symptômes observés en respectant les
règles du postulat de Koch. Des techniques de diagnostic
performantes, rapides et économiques sont également
nécessaires pour étudier l’épidémiologie d’une virose, pour
évaluer l’efficacité de méthodes de lutte ou pour garantir l’état
sanitaire de plants ou de semences.
ENCART 3.1 : Le diagnostic : Détection et identification

des agents phytopathogènes
Les problèmes du diagnostic des maladies des plantes en

général (et des maladies virales en particulier) recouvrent deux
facettes complémentaires qui diffèrent par les exigences
techniques et organisationnelles qu’elles impliquent: (1) la
détection d’un agent pathogène y compris chez les plantes ne
présentant pas de symptômes (infections latentes) et (2)
l’identification d’un agent pathogène responsables des
symptômes observés sur une plante.
La détection d’un agent pathogène (par exemple dans le

cadre d’une procédure de certification ou d’une station de
quarantaine, exige prioritairement que la sensibilité de la
technique adoptée permette la mise en évidence d’une infection
latente chez les plantes ne présentant pas de symptômes.
L’identification d’un agent pathogène responsable des

symptômes observés sur une plante requière la mise en œuvre
de techniques qui présentent des niveaux de spécificité
suffisant pour caractériser l’agent causal avec une précision
adaptée au taxon considéré (espèce, forme spécialisée,
biotype..) et la méthode de lutte envisagée.
On peut illustrer ces deux composantes complémentaires du

diagnostic (détection et identification) en posant les deux
questions suivantes (lorsqu’on observe un plant de niébé
malade par exemple) :
1)Quel est le (ou quels sont les) virus qui infecte (nt)
ces plantes ?
Réponse : les techniques à mettre en œuvre devront aboutir à

l’identification et éventuellement à la caractérisation du ou des
virus responsable(s) de la maladie parmi la vingtaine de virus
connus chez le niébé.
2) Ce lot de graines de niébé est-il contaminé par le
CYMV (Cowpea Yellow Mosaic Virus) ?
Ici on s’interroge sur l’état sanitaire d’un lot de graines. Ce lot

de graines est-il contaminé par le CYMV et à quel taux ? Il
s’agit ici de dépister un seul virus et de donner une réponse
quantitative.
La démarche à accomplir pour aboutir à un diagnostic dépend

donc du problème posé et relève d’un choix judicieux
d’examens visuels et ou de laboratoire.
En effet, il n’existe ni clé de détermination qui permettrait

d’identifier un virus, par simple choix dichotomique, comme on
peut le faire pour un champignon phytopathogène, ni réactif
universel, qui identifierait en une seule épreuve tous les virus.
Le praticien dispose de tout un arsenal de méthodes : le choix
de la plus appropriée.et son adaptation se font au cas par cas,
en fonction de la précision attendue (spécificité, sensibilité),
des équipements disponibles au laboratoire et bien sûr du coût
de l’analyse
Les critères utilisés pour poser un diagnostic phytopathologique

sont de deux types. La première étape concerne l’analyse des
symptômes et des connaissances entourant l’apparition et le
développement de la maladie (étape de saisie des données) ;
elle permet de formuler de formuler des hypothèses sur l’agent
causal. La seconde étape doit valider les hypothèses formulées
en s’appuyant sur des techniques de laboratoires
- Etapes de saisie des données : symptomatologie
Une observation précise des symptômes et de leur évolution

dans le temps et l’espace constitue la première étape du
diagnostic. Les situations rencontrées sont cependant
complexes et différents agents peuvent induire des symptômes
similaires tandis qu’inversement, un même agent peut produire
des symptômes variables selon les circonstances.
L’identification devra donc s’aider des informations sur des les
circonsta&nces qui entourent l’apparition des symptômes :
espèce et variété cultivée, époque de leur apparition, stade de
la plante au moment de l’infection, répartition des plantes
malades dans le champ.. A ce stade de la démarche, il importe
de relever tous les indices permettant de choisir entre maladie
abiotique ou biotique.
Il faut signaler que l’observation des symptômes est

généralement insuffisante pour établir un diagnostic fiable et
précis des viroses des plantes, mais elle se révèle parfois très
utile pour l’orienter. Pour préciser la détermination, on aura le
plus souvent recours à diverses méthodes fondées sur les
propriétés biologiques, morphologiques, biochimiques ou
immunologiques des virus. Les moyens de détection sont
généralement d’autant plus variés et performants qu’un virus
est mieux caractérisé, particulièrement au plan moléculaire.
Certaines de ces épreuves, comme les tests sérologiques, sont
utilisées depuis très longtemps et font l’objet d’innovations
technologiques constantes. D’autres développées plus
récemment, comme les tests moléculaires, font appel à de
nouvelles connaissances acquises sur le génome des virus.
- Techniques de diagnostic de laboratoire
Les techniques de laboratoire se répartissent en 3 catégories

selon leur objectif 1) la détection d’entités infectieuses de
l’agent pathogène (méthodes biologiques), (2) la mise en
évidence de molécules immunogènes synthétisées par l’agent
pathogène (méthodes immunologiques) et, (3) la détection de
séquences d’acides nucléiques spécifiques au génome de
l’agent pathogène (méthodes moléculaires)
Il est nécessaire de savoir détecter les viroses et, souvent, de

pouvoir les identifier de façon précise pour la mise en œuvre de
techniques de lutte efficaces. Nous pouvons regrouper les
principales méthodes d'identification des phytovirus en deux
grandes catégories :
-les méthodes directes et ;
-les méthodes indirectes
1)La première s'adresse directement à la particule

infectieuse proprement dite. On sera donc amené à
étudier :
Au Microscopie électronique Cet outil permettant de

détecter la présence de particules virales chez les plantes
malades et pouvant aider à l'identification du virus en
précisant la forme et la dimension des particules.
Utilisation des propriétés immunologiques des particules
virales en faisant appel à la réaction antigène – anticorps.
Une préparation de virus purifié (antigène) injectée à un lapin,
provoque chez ce dernier la formation d'anticorps. On recueille
le sang de l'animal ainsi immunisé et l'on extrait le sérum. En
mélangeant celui-ci avec un jus de plante malade, on obtient
un précipité, si le virus est présent. La méthode est très
spécifique mais d'un emploi délicat.
*les constantes biologiques de la particule virale
*les propriétés physico-chimiques
*les propriétés biochimiques
2)La seconde qui est indirecte vise l'hôte contaminé

chez lequel des modifications d'ordre pathologique sont
apparues au cours de l'infection. C'est l'interprétation de
ces différentes informations qui permet la détermination
du virus en cause. Nous allons passer en revue ces
différentes méthodes.
Les méthodes indirectes
Elles concernent :
Etude des symptômes ; malheureusement, les symptômes ne

sont pas toujours spécifiques ou suffisamment marqués.
Etude des propriétés infectieuses par transmission à des

plantes indicatrices (indexage) qui réagissent de façon
spécifique.
a) La recherche des modalités de transmission du virus
b) L'étude de la réaction du végétal sous l'action du virus

(symptomatologie). Il faut étudier ici les symptômes
externes et internes déclenchés par le virus chez des plantes
hôtes ou chez des plantes tests.
Rappelons que le symptôme est la réaction visible de la plante

à l'égard d'une infection (ici une infection virale). Une plante
hôte est une plante qui peut héberger un virus. (on dit aussi
plante indicatrice).
c) L'étude du comportement du virus dans le végétal.
Sa propagation
Sa localisation
L'étude du comportement biologique des virus des plantes à

l'égard d'agents physico-chimiques et biologiques a fourni
également des données de grande valeur diagnostique (étude
des constantes biologiques, des propriétés physico-chimiques
des inclusions généralement dans le cytoplasme en masses
amorphes ou paracristallines. Certains virus se retrouvent dans
les noyaux ou dans des structures liées aux chloroplastes
(polyplastes des Tymovirus), tandis que d'autres sont
synthétisées au sein de structures particulières (viroplasmes
des virus à RNAS bicaténaires). Il existe aussi des inclusions
spécifiques de nature généralement protéique ("roues à aubes "
des potyvirus). Certains virus sont localisés exclusivement dans
des tissus particuliers (virus de la jaunisse nanisante de l'orge
dans le phloème).
3.2 Présentation générale des techniques de diagnostic
des virus
3.3 Techniques de diagnostic de laboratoire
3.3.1 Méthodes biologiques (symptomatologie,

inoculation mécanique et par vecteurs, plantes
indicatrices et plantes tests).
Chaque virus est caractérisé par une gamme d’hôtes, c’est-à-

dire par un ensemble d’espèces végétales qu’il est susceptible
d’infecter, dans les conditions naturelles ou expérimentales. Les
plantes indicatrices ou hôtes différentielles peuvent être des
espèces cultivées ou sauvages. Certaines de ces espèces
développent des réactions particulières (lésions locales,
symptômes généralisés) qui peuvent être caractéristiques d’un
virus donné. La transmission expérimentale d’un virus à des
plantes-tests ou indexage biologique est donc basée sur les
seules propriétés infectieuses du virus. Cette approche reste
souvent indispensable pour déceler la présence d’un virus dans
une plante infectée, surtout lorsqu’il s’agit d’un virus inconnu
pour lequel on ne dispose pas d’autre méthode de diagnostic :
3.3.1. Inoculation mécanique
L’inoculation mécanique à des plantes hôtes herbacées est la

méthode la plus souvent utilisée. Les espèces herbacées
souvent utilisées sont : Chenopodium quinoa, C.
amaranticolor ; Nicotiana benthmiana, N. clevelandii ; N.
tabacum. Ces espèces végétales sont sensibles à plus d’une
centaine de virus différents et sont des plantes tests presque
universelles.
inoculation par des vecteurs
-le greffage éventuel
-principaux types de réactions différentielles
3.3.2 Observations en microscopie photonique et en

microscopie électronique
Il faut signaler que les virus sont si petits qu’on ne peut pas les
voir ni à l’œil nu ni au microscope optique ou photonique. Seul
le microscope électronique à transmission permet de voir les
particules virales (forme et taille). La taille et la forme des
différents types de virus varient considérablement. Toutefois,
chaque virus particulier présente des particules dont les
caractéristiques sont constantes, de sorte que la classification
et la taxonomie des virus sont notamment basées sur les
dimensions et la morphologie des virions observés en
microscopie électronique. Les particules virales présentent des
formes isométriques ou globuleuses (avec des diamètres de
particules variant de 25 à 70 nm selon les virus), des formes en
bâtonnets rigides ou des formes filamenteuses, plus ou moins
flexueuses (avec des longueurs généralement comprises entre
50 et 2000 nm selon les types de virus) ainsi que les autres
types de virus. Les virus sont invisibles au microscope optique.
Les plus petits virus retrouvés chez les végétaux les Nanovirus
et ceux retrouvés chez les animaux les Circovirus, sont
constitués de particules icosaédriques de 17 à 22 nm de
diamètre renfermant un ADN de 1000 bases (1Kb).
La figure 3.3.2 présente schématiquement les différents types

de virus (familles, genres, groupes) susceptibles d’infecter les
plantes.
Les virus des plantes s’accumulent généralement dans le

cytoplasme en masses amorphes ou paracristallines
(inclusions). Certains virus se retrouvent dans les noyaux,
d’autres dans des structures liées aux chloroplastes
(polyplastes des Tymovirus). Certains virus sont localisés
exclusivement dans des tissus particuliers, essentiellement
dans le phloème (cas des Luteovirus comme le virus de la
jaunisse nanisante de l’orge). Certains agents viraux sont
identifiés par la mise en évidence de modifications des cellules-
hôtes ou la présence d’inclusions virales. C’est le cas de la
présence dans des cellules du phloème de dépôt anormal de
callose induit par le virus de l’enroulement de la pomme de
terre (test d’Ingel-Lange). Le test repose sur l’examen au
microscope optique de coupes colorées par le bleu de
résorcine.
On peut également observer des fluorecences anormales des

tissus conducteurs. Des prélèvements de lambeaux d’épiderme
permettent, après une coloration simple, d’observer facilement
des inclusions virales parfois spécifiques d’un genre donné. La
microscopie électronique à transmission est de pratique
courante pour le diagnostic des maladies virales. La plupart
des phytovirus peuvent être visualisés dans des extraits de
feuilles, sauf s’ils sont en concentrations extrêmement faibles,
s’ils sont particulièrement labiles ou si leur petite taille ne
permet pas de les distinguer sûrement des ribosomes.
S’il est proprement calibré, le microscope électronique à

transmission permettra de déterminer non seulement la forme,
mais aussi la taille des particules virales. Les virus à particules
allongées se distinguent aisément des composantes cellulaires,
grâce à leur forme et à leurs dimensions spécifiques. Les petits
virus parasphériques peuvent parfois être confondus avec des
composants de la cellule de l’hôte et requièrent une purification
préalable.
L’observation de coupes ultrafines effectuées dans les cellules

des plantes infectées, s’avère généralement très fructueuses
pour révéler la présence de particules virales ou les
modifications des structures cellulaires liées à l’infection.
L’examen microscopique des inclusions aide à l’identification
rapide et à la caractérisation de certains groupes de virus des
végétaux (structures en forme de roues à, aubes pour les
Potyvirus).
3.3.3 Les méthodes sérologiques (ou méthodes

immunologiques ou diagnostic sérologique).
Les techniques sérologiques mettent en œuvre l’interaction

spécifique de deux types de protéines : l’antigène, protéine
d’origine virale, et les anticorps, protéines spécifiques de cet
antigène élaborées par un animal (en général le lapin) en
réponse à l’injection de l’antigène. La réaction antigène-
anticorps est la base du diagnostic sérologique.
3.3.3.1 Les tests d’immunoprécipitation et

d’immunodiffusion dans un gel d’agar ou d’agarose
Ils ont été les premiers tests sérologiques utilisés en virologie

végétale. La bivalence des anticorps et la présence de
nombreuses protéines capsidiales identiques dans une particule
virale sont à l’origine de la formation, lorsqu’on mélange un
extrait de feuille infectée à un antisérum spécifique, d’énormes
agrégats virus-anticorps insolubles. Cette réaction
d’immunoprécipitation, ne se produit que lorsque les
concentrations relatives du virus et des anticorps sont
comprises dans une gamme dite d’équivalence.
La réaction de précipitation peut être conduite en milieu liquide

sur lame de verre, en tubes (ringtest) ou en boîte de Pétri sous
film d’huile : on dépose quelques gouttes d’antisérum dilué, on
ajoute quelques gouttes d’extrait de plante clarifié par une
légère centrifugation, et le précipité se forme en quelques
minutes. La visualisation du précipité antigène-anticorps se fait
à l’œil nu ou au microscope optique à fond noir à faible
grossissement (x10-100). Cette méthode rapide mais peu
sensible a été largement utilisée pour la détection de certains
virus de la pomme de terre et des plantes à bulbes. Elle n’a
guère aujourd’hui qu’un intérêt historique. L’utilisation
d’anticorps adsorbé sur des particules de latex a permis de
mieux visualiser les précipités et de porter la sensibilité à
environ 10-100 ng/ml.
Dans les techniques d’immunodiffusion, la réaction est menée
dans un milieu gélosé où les réactifs diffusent à partir de puits
dans lesquels ils ont été déposés. Le sérum spécifique
(anticorps) est déposé dans le puits central, les différents
antigènes à la périphérie. Lorsqu’il y a équivalence entre les
antigènes et les anticorps, il se forme une ligne blanche de
précipitation. Le test de double immunodiffusion est le plus
utilisé ; le nombre, la forme et le type de raccordement des
lignes de précipitation permettent une étude analytique des
relations sérologiques entre souches de virus (cf Fig. 9.15 ou
Fig. 3.3.3.1a et b).
L’éperon montre une identité partielle entre les antigènes A et

les antigènes B. L’arc continu montre une identité complète
entre A et C. L’absence de réaction avec D et E indique qu’il n’y
a pas de réaction sérologique. L’addition dans la gélose d’un
détergent anionique tel que le dodecyl sulfate de sodium (SDS),
à des concentrations compatibles avec la réaction sérologique,
désorganise la structure des virus filamenteux comme les
Potyvirus qui ne migreraient pas dans la gélose en raison de
leur taille, ce qui permet de les détecter efficacement.
La sensibilité des tests d’immunodiffusion peut varier de 1 à

20ug/ml de virus selon la qualité de l’antisérum et le type de
milieu, ce qui est généralement très suffisant pour la détection
de nombreux virus (Potyvirus, Cucumovirus, Comovirus,..). Par
contre, cette technique ne permet pas la détection des virus
peu concentés dans les extraits de plantes (comme les
Luteovirus). D’autre part, les tests d’immunodiffusion
nécessitent des quantités assez importantes de sérum brut, ce
qui les rend assez coûteux.
3.3.3.2 Les méthodes immunoenzymatiques
Le marquage des anticorps par une enzyme augmente la

sensibilité de détection des tests sérologiques.
La technique ELISA (Enzyme-linked immuno-sorbent assay) a

véritablement révolutionné le domaine du diagnostic. Le
principe de cette technique consiste non plus à observer
directement le précipité antigène-anticorps mais à révéler cette
interaction grâce au marquage des immunoglobulines à l’aide
d’enzymes gouvernant une réaction colorée. Le marquage par
la phosphatase alcaline, souvent adopté dans le cas de la
détection des phytovirus, est effectué avec la glutaraldéhyde.
Un test ELISA comporte plusieurs étapes successives cf

Fig.3.3.3.2a, ex. DAS-ELISA)
L’antigène se trouve placé entre deux couches d’anticorps

spécifiques. L’affinité entre les IgG adsorbées aux parois de la
cupule et le virus est grande ce qui permet une concentration
du virus sur le tapis d’anticorps. Pour révéler la présence de
virus retenu on utilise les mêmes IgG mais conjuguées à un
enzyme : la phosphatase alcaline par exemple. Après plusieurs
lavages pour éliminer tous les anticorps non liés aux antigènes,
l’activité de la phosphatase alcaline est révélée par la
transformation d’un substrat soluble, le p-nitrophényl
phosphate incolore, en p-nitrophenol jaune. L’intensité de la
coloration est mesurée au spectrophotomètre à une longueur
d’onde de 405 nm ; la densité optique peut, dans une certaine
gamme de concentrations, être proportionnelle au logarithme
de la concentration.
a) Le test ELISA (DAS-ELISA, ACP-ELISA, TAS-ELISA et

autres variantes)
Il existe plusieurs protocoles ELISA qui utilisent comme support

des plaques de microtitration, mais le plus utilisé est celui
connu sous le nom de Double Antibody Sandwich ou DAS-
ELISA. La sensibilité du test DAS-ELISA se situe entre 1 et 10
ng/ml, selon le virus considéré ; elle est près de 1000 fois
supérieure à celle d’un test d’immunodifusion
b) L’amplification de la détection en ELISA de l’antigène

par le système avidine-biotine
Pour améliorer encore cette sensibilité et élargir le spectre de

souches détectées on évite le couplage de l’enzyme avec la
glutaraldéhyde qui altère une proportion significative
d’anticorps et ne conserve dans le réactif que les anticorps les
plus représentés. Les anticorps de détection sont marqués sans
préjudice avec la biotine (anticorps biotinylés) ou utilisés sans
être marqués ; dans ce dernier cas, il faut modifier les
anticorps de piégeage du virus (cf Fig. 9.17 ou 3.3.2b) ou
choisir des anticorps provenant d’une espèce animale
différente. Des systèmes indirects de révélation comportant
trois couches d’anticorps (Triple Antibody Sandwich, TAS-
ELISA) permettent généralement d’atteindre une sensibilité
inférieure au ng/ml, atteignant parfois 10pg/ml et permettent
de détecter un plus grand nombre de souches du virus
considéré.
Dans la pratique, deux facteurs ont une importance

prépondérante pour une utilisation réussie de la technique
ELISA : la qualité du sérum et le choix judicieux du seuil de
positivité.
La qualité du sérum a une influence décisive sur la

sensibilité et la spécificité du test
L’utilisation d’un sérum d’activité élevée favorise la sensibilité

du test, l’absence d’anticorps contre des protéines de la plante
est critique pour la spécificité de la réponse. Le choix qualitatif
des anticorps polyclonaux peut être décisif pour atteindre
certains objectifs.
ENCART 3.3.3.2 Influence de la qualité du sérum a une

influence sur les résultats obtenus.
Le choix qualitatif des anticorps polyclonaux peut être décisif

pour atteindre certains objectifs. Par exemple un Potyvirus
transmis par la graine de pois, le PSbMV, a sa protéine
capsidiale intacte dans l’embryon et tronquée de ses parties N-
et C-terminales dans les téguments. Si l’objectif du test est de
déterminer le nombre de graines issues de plantes infectées ‘le
nombre de téguments infectés) on choisira un sérum obtenu
après de multiples rappels. Si, dans les mêmes extraits de
graines, l’objectif est de détecter sélectivement le virus des
embryons (celui qui est transmis à la future plantule), on
choisira un sérum ne reconnaissant que la partie N-terminale
de la protéine capsidiale. Les anticorps monoclonaux sont
particulièrement utiles pour augmenter la spécificité du test
ELISA. Toutefois, cette extrême spécificité peut présenter des
inconvénients lorsqu’un anticorps monoclonal est utilisé pour
des tests de routine ; le risque existe que certaines souchees
du virus portant des mutations dans la région codant pour
l’épitope correspondant n’échappent à la détection. Ce risque
est alors fortement réduit par l’utilisation d’un mélange défini
d’anticorps monoclonaux.
Le choix du seuil de positivité, un compromis entre

sensibilité et spécificité
La sensibilité et la spécificité de détection d’un virus par ELISA

dépendent aussi du choix du seuil de positivité.
Si des extraits de plantes saines sont déposés dans tous les

puits d’une microplaque, le test ELISA donne généralement un
« bruit de fond » et les nombres de puits par valeur de densité
optique (405nm) se répartissent selon une loi normale. Si à
chacun des extraits de plante saine on ajoute du virus à la
concentration finale d’environ 1µg/ml, tous les échantillons
contenant du virus réagissent avec des densités optiques
nettement supérieures à celles des extraits sains, la courbe
précédente est déplacée vers des densiés optiques (405)
élevées. Mais si le virus est rajouté dans les extraits sains à la
concentration finale de 10ng/ml, la courbe est faiblement
déplacée vers les densités optiques plus élevées ; elle présente
une intersection avec la courbe des extraits sains. Il n’y a donc
pas de seuil qui sépare un échantillon sain et un échantillon
contenant 10ng/ml de virus avec une probabilité de 1.
Si tous les échantillons à identifier comme infectés contiennent

une concentration élevée en virus, le choix d’un seuil de
positivité ne présente aucune difficulté par exemple trois fois la
moyenne des densités optiques des échantillons sains de
référence : la spécificité du test est excellente, la sensibilité est
faible). Mais lorsqu’on veut utiliser le test ELISA pour détecter
de faibles concentrations en virus, il faut augmenter la
sensibilité de détection au détriment de la spécificité
Le seuil de positivité choisi devient un compromis entre

sensibilité de détection et spécificité. Il peut être défini comme
une probabilité pour un échantillon sain de dépasser le seuil de
positivité, sur la base des densités optiques obtenues sur la
plaque pour les échantillons sains.
Par exemple si l’on choisit un seuil tel qu’un échantillon sain ait
une probabilité de 0,005 de l’excéder, et si l’on dépose 10
échantillons sains par microplaque, le seuil est calculé comme
la valeur de x+3,25s
X étant la moyenne des 10 densités optiques « sain »
S est l’écart type et 3,25 un coefficient donné par la table de

Student Fischer pour (10-1) =9 degrés de liberté. Le bien fondé
du choix est confirmé ou non par l’utilisation en parallèle d’un
autre type de test, par exemple un test biologique.
Différentes façons de déterminer le seuil de positivité ont été

comparées par Sutula et al. 1986
3.3.3.3 DIBA et TBIA, deux variantes d’ELISA sur
membrane
Certaines variantes du test ELISA n’utilisent pas l’avantage du

résultat sous forme numérique (mesure d’une densité optique)
mais proposent une visualisation de la réaction colorée. La
réaction adopte alors comme support une membrane de nylon
ou de nitrocellulose.
Le principe du test appelé dot-blot ou dot immuno binding

assay (DIBA) (cf planche en couleur VII.2b Astier et al. 2001
p.251) consiste à déposer l’extrait de plante à indexer (dépôts
de 2 à 5µl) et à pratiquer une révélation indirecte ; le choix
d’un substrat donnant après action de l’enzyme un produit
coloré insoluble permet de visualiser sur la membrane la
réaction colorée. Ce test simple, rapide (moins de trois heures),
peu onéreux et facile d’exécution peut être utilisé en routine.
La technique dite d’immuno-empreinte ou tissue-blot immuno

assay (TBIA) permet en appliquant directement sur la
membrane des sections fraîches de tissus infectés (tige, feuille
ou écaille de bulbes…), de visualiser la répartition in situ dans
les tissus de nombreux virus (Potyvirus, Cucumovirus,
Luteovirus, Closterovirus..) avec une très bonne sensibilité.
En conclusion, la technique ELISA et ses différentes variantes

ont, par le gain important de sensibilité qu’elles ont apporté,
révolutionné le paysage du diagnostic en virologie végétale.
La commercialisation de réactifs de qualité a, de plus, permis

d’étendre leur utilisation non seulement aux laboratoires de
recherche, mais aussi à de très nombreux établissements
publics ou privés.
3.3.3.4 Association de la sérologie et de la microscopie

électronique (technique d’immuno-électronmicroscopie,
IEM ou ISEM, Immunosorbent-Electron Microscopy).
La combinaison des techniques sérologiques et de la

microscopie électronique s‘est avérée particulièrement efficace
pour la détection des viroses. Le piégeage des particules virales
sur une grille préalablement recouverte à l’aide d’un antisérum
augmente considérablement la sensibilité de la détection par
microscopie électronique tandis que la « décoration » des
particules virales par addition d’un antisérum spécifique, après
leur fixation sur la grille support, augmente la spécificité du
diagnostic microscopique et permet l’étude comparative entre
virus différentes ou entre souches différentes d’un même virus.
Les techniques d’immuno-électromicroscopie (IEM) combinent

l’observation des particules et la visualisation de la réaction
antigène-anticorps. Elles constituent l’un des moyens les plus
précis permettant l’identification d’un virus. La technique la plus
simple et la plus rapide consiste en l’examen d’un mélange
d’extraits bruts de plantes et d’anticorps spécifiques. Les
anticorps fixés sur les motifs antigéniques de la capside
réalisent ainsi une sorte de décoration ou de manchon autour
de la particule virale qui s’observe très facilement.
Dans la technique de double décoration ou méthode de Derrick

(Derrick 1973), la grille est sensibilisée avec les anticorps, ce
qui permet l’adsorption d’un plus grand nombre de particules
virales. Les particules virales sont ensuite décorées. Cette
technique permet non seulement un gain de sensibilité (elle
est de 100 à 1000 fois supérieure à une observation directe),
appréciable pour les virus peu concentrés dans les extraits de
plantes, mais améliore aussi la qualité de l’observation, puisque
le virus est sélectivement piégé et que nombre de débris
cellulaires peuvent être éliminés par des rinçages. D’autres
améliorations peuvent être apportées en utilisant pour la
décoration des anticorps couplés à des particules d’or colloïdal.
Les techniques d’IEM ne peuvent être mises en œuvre que dans
des laboratoires disposant d’un microscope électronique ; elles
sont peu aptes à traiter des échantillons en série, mais
présentent par contre un grand intérêt pour la détection des
virus faiblement concentrés et pour l’identification dans un
même échantillon de virus différents.
3.3.4 Les méthodes moléculaires
Le diagnostic des maladies causées par des viroïdes ne peut

être assuré par les méthodes sérologiques. On utilise dans ce
cas des techniques de diagnostic, basées sur l’analyse des
acides nucléiques de plantes infectées par électrophorèse en gel
de polyacrylamide, ou sur la caractérisation d’acides nucléiques
par hybridation moléculaire. Le recours à l’amplification
moléculaire, via la réaction de polymérase en chaîne (PCR), a
permis de reculer les limites de sensibilité des techniques de
diagnostic basées sur la détection de séquences spécifiques
d’acides nucléiques. Les différentes étapes à considérer dans la
mise au point du test de détection par PCR sont :
(1) la préparation des échantillons, (2) l’optimisation de la

réaction PCR ainsi que le choix des amorces et (3) la détection
des produits d’amplification.
Détection des acides nucléiques viraux
La connaissance des séquences de l’ARN ou de l’ADN des virus

de plantes ouvre la voie au développement de nouvelles
techniques d’un grand intérêt pour le diagnostic. En contraste
avec les techniques sérologiques qui détectent en général une
protéine virale, la protéine capsidiale, les techniques basées sur
la séquence des acides nucléiques permettent en théorie de
détecter n’importe quelle région du génome viral. Deux
techniques ouvrent aujourd’hui de nouvelles perspectives pour
le diagnostic :
- l’hybridation moléculaire et
-l’amplification des séquences (polymérase chain reaction ou

PCR).
3.3.4.1 Les tests d’hybridation moléculaire
Le principe des tests d’hybridation est basé sur la formation

d’une molécule d’acide nucléique double brin (duplex ou
hybride) obtenue par hybridation entre une molécule cible
représentée par un fragment de la séquence du génome viral
et la sonde constituée par un acide nucléique complémentaire
(indifféremment ADNc ou ARNc) de cette séquence. La
révélation de l’hybridation est assurée grâce au marquage de
la sonde soit par un isotope
Radioactif (32P) soit par un marquage froid comme la biotine,

acétyl-aminofluorène (AAF), la cytosine fluorée ou la
digoxigénine. Le test est lui-même rapide et d’exécution
relativement facile. Les échantillons à tester (4-50ul
seulement) sont déposés sur une membrane de nitrocellulose
ou de nylon (test de type dot-blot). Après cuisson à 80°C ou
fixation aux rayons ultraviolets, les membranes peuvent être
conservées plusieurs semaines à 4°C ou même à la
température ambiante avant d’être analysées, ce qui est très
intéressant pour des études de terrain. L’hybridation a lieu en
présence de la sonde marquée, et après lavage et séchage, la
révélation des membranes s’opère par autoradiographie
(sondes chaudes) ou par réaction immuno-enzymatique ou
encore par chimioluminescence (sondes froides).
La sensibilité théorique d’un test avec sonde P est de 1pg

32
d’ARN viral pour les sondes à ADNc et 0,1 pg pour les sondes à
ARNc, ce qui correspond en pratique, à 10 et 0,5 ng/ml de
virus. Elle est bien supérieure à celle d’un test DAS-ELISA.
Toutefois, le marquage radioactif exige des précautions
particulières et limite l’utilisation de ces sondes qui ne doivent
être manipulées que dans des laboratoires agrémentés.. Malgré
leur sensibilité souvent inférieure et des risques de toxicité lors
de la préparation des sondes, les tests avec sondes froides
sont donc préférables.
3.3.4.2 L’amplification de séquences d’acides nucléiques (PCR
et variantes, PCR-ELOSA)
CHAPITRE IV. TAXONOMIE ET CLASSIFICATION DES

PHYTOVIRUS
4.1 Introduction
4.2 Principes de nomenclature des virus
4.3 Les grands groupes de virus (voir schémas)
4.4 Difficultés rencontrés dans la nomenclature des virus.
CHAPITRE V. METHODES DE LUTTE
5.1 Introduction
La lutte contre les maladies à virus est difficile ; seules des

mesures prophylactiques (prévention) sévères sont
envisageables. On ne connaît pas actuellement de substances
chimiques permettant de guérir au champ des plantes virosées.
Il existe plusieurs méthodes pour combattre les maladies

virales :
5.2 Prévention des contaminations :
Il faut adopter chaque fois que c’est possible, des variétés

résistantes.
Pour les virus transmis mécaniquement au cours des opérations

culturales, on peut limiter les contaminations en désinfectant
les outils et la poterie : stérilisation par passage à
l'autoclave pendant 15mn à 90°C, phosphate trisodique
à 10%, solution détergente de chlorure de l'ancyl –
dimethylbenzyl ammonium à 0,5%.
Les plantes infectées seront taillées et palissées à part.

L'opérateur se lavera les mains avec soin au '' savon de
Marseille '' ou dans les solutions détergentes indiquées pour les
outils. Veiller à rincer soigneusement à l'eau courante les outils
et mains désinfectés avec des substances détergentes : risque
de phytoxicité et de brûlure (attention aux muqueuses). Pour
les plantes multipliées de façon végétative, utiliser dans la
mesure du possible des plants, bulbes, etc.… sains ou
certifiés par un service officiel. Pour les virus transmis par
la graine, exiger des semences contrôlées et (ou) traitées par
thermothérapie
a) On peut par exemple éliminer les sources d'infection,

cela consistera à l'arrachage des plantes virosées.
b) Combattre les vecteurs de virus
c) Utilisation de variétés de plantes résistantes à l'égard

des virus.
d) Mise en œuvre de méthodes spéciales de lutte en vue

d'obtenir des plants sains (thermothérapie, culture de
méristèmes, prémunition, etc…)
e) désinfection des semences.
5.3 Lutte contre les vecteurs de virus
La destruction des vecteurs par des traitements insecticides
peut limiter les risques de dissémination lorsqu'on a affaire à
des virus transmis sur le mode persistant.
Dans le cas des virus de stylet, les traitements aphicides sont

généralement inutiles ; ils augmentent même parfois les taux
de contamination car les pucerons dérangés par le produit au
début de l'intoxication se déplacent et visitent un plus grand
nombre de plantes. Des méthodes de piégeage ou de répulsion
des pucerons vecteurs sont en cours d'expérimentation et
semblent être efficaces.
Des pulvérisations huileuses peuvent entraver l'inoculation des

virus de stylet et limiter ainsi les risques de contamination.
Cette méthode est déjà utilisée en production de plants de
pomme de terre, mais l'application à d'autre espèces est limitée
par l'effet phytotoxique des produits et leurs résidus sur les
plantes.
5.4 Epuration et destruction des sources de virus
L'élimination des premières plantes présentant des symptômes,

si elle est très précoce, peut limiter le développement
épidémique de la maladie. Cela est appliqué en sélection
sanitaire.
L'isolement des jeunes plantations est une mesure simple et

souvent efficace, on évite la contagion à partir des plantes en
place depuis longtemps.
La destruction des restes de cultures après récolte et celle des

repousses est une indispensable.
Le désherbage soigneux des cultures et de leurs abords
immédiats permet d'éliminer les sources de virus insidieuses
que constituent les plantes spontanées souvent porteuses de
virus sans symptômes.
5.5 Régénération des clones infectés de façon chronique
Deux méthodes sont utilisées :
5.5.1 La thermothérapie ou traitement par la chaleur
La thermothérapie ou traitement par la chaleur.
En arboriculture fruitière, elle a permis de guérir un certain

nombre de variétés d'arbres fruitiers. Les sujets mis en
chambre chaude à 35°C pendant une durée plus ou moins
longue continuent de croître, les conditions de milieu étant
telles que la multiplication du virus est stoppée. Des boutures
ou des greffons sont alors prélevés sur les parties du végétal
qui se sont ainsi développées durant cette période. Si les testes
de contrôle sont négatifs, la variété est considérée comme
guérie et à nouveau multipliée en évitant toute contamination.
La thermothérapie est également appliquée pour le fraisier, la
pomme de terre et de nombreuses espèces ornementales.
Le traitement à la chaleur des graines permet d'inactiver

complètement ou de réduire fortement le taux de
contamination. Cette méthode n'est malheureusement pas
toujours applicable. Elle est couramment utilisée pour les
graines de tomate (24h à 80°C) ou de concombre (72h à
70°C).
5.5.2 La culture de méristème
Les maladies à virus sont généralisées ; cependant, les tissus

méristématiques peuvent être épargnés. L'isolement de ces
massifs cellulaires par microdissection, et culture in vitro sur
milieu nutritif approprié permet d'obtenir des plantules
indemnes de virus, soit que le méristème ait été indemne, soit
que le virus qui s'y trouvait ait été dénaturé au cours de
l'activité métabolique intense qui précède et accompagne
l'organogenèse.
Chaque espèce, et, pour chacune d'elle, chaque phase :

formation de la cal, différenciation d'une tige, rhizogenèse,
nécessite la mise au point de milieux particuliers (éléments
minéraux, sucre, substances de croissance …)
La régénération par culture de méristèmes peut être combinée

à la thermothérapie.
5.6 Sélection sanitaire
Les variétés régénérées doivent être multipliées à l'abri des

contaminations par l'utilisation des techniques de
micropropagation in vitro, puis cultivées sous abri protégé des
insectes vecteurs, puis mises en culture dans des parcelles ou
des régions à l'abri des contaminations.
Des contrôles d'état sanitaire rigoureux doivent être exercés à

tous les stades de la multiplication : contrôles visuels des
symptômes, test sérologique, observation au microscope
électronique, indexage sur hôtes sensibles.
L'épuration des cultures doit être précoce et sévère. Lorsque
toutes ces opérations sont réalisées avec soin, et sous contrôle,
par un organisme indépendant, les semences produites peuvent
recevoir un certificat garantissant le sérieux de la sélection. Il
est prudent de préférer les semences certifiées à autre
semence.
5.7 Création de variétés résistantes
La résistance de la plante vis-à-vis du virus peut être due soit

l'inaptitude de la cellule hôte à multiplier le virus (immunité
naturelle), soit à des réactions d'hypersensibilité, à une
tolérance, ou à une combinaison de ces mécanismes. C'est
donc essentiellement un travail de généticien.
6.1.9. EXEMPLES DE MALADIES VIRALES
6.1 La rosette de l'arachide
6.1.1 Distribution géographique
C’est une maladie d'origine strictement africaine et répandue

uniquement en Afrique.
6.1.2 Hôtes
L’arachide cultivée est le seul hôte naturel connu
6.1.3 Symptômes
(a) La rosette chlorotique prédomine en Afrique centrale et

orientale.
Les premiers symptômes sont de légères marbrures mal

définies sur les jeunes feuilles, suivies par une coloration jaune
pâle des feuilles suivantes, les nervures demeurant quelquefois
vertes. Les pousses qui apparaissent ensuite donte mais, à part
des taches isolées, la feuille reste verte.
6.1.4 L’agent pathogène : morphologie, structure et

caractéristiques
Il s’agit de petites particules sphériques d'un diamètre de 25 –

28 nm.
6.1.5 Spécialisation physiologique
La rosette est provoquée par un ensemble de deux virus :
➢ l'un, transmissible manuellement uniquement est à

l'origine des symptômes : virus de la rosette de
l'arachide (GRV).
➢ l'autre, transmis par les pucerons, ne provoque aucun

symptôme sur l'arachide : virus assistant du virus de la
rosette (GRV).
La rosette chlorotique et la rosette verte sont apparentées, les

différences de symptômes étant dues à des différences dans la
transmission manuelle du virus.
6.1.6 Epidémiologie : conservation de l’inoculum,

modalités de transmission et infection
(a) conservation
Possibilité d'existence d'hôtes alternatifs comprenant des

Stylosantes
Persistance dans les rejets d'arachides pendant la saison sèche.
b) transmission
Aphis craccivora est le seul vecteur important sur le terrain ; le

virus est transmis sur le mode persistant. Le virus n'est pas
transmis par les graines.
(c) infection → temps optimum d'acquisition du virus est

de 96 heures.
6.1.7 Méthodes de lutte
(a) assainissement : destruction des rejets d'arachide

b) méthodes de culture : Une plantation précoce et dense est
défavorable à la maladie
c) utilisation des variétés résistantes : la résistance est
gouvernée par deux gènes récessifs indépendants.
(d) lutte chimique contre l'insecte vecteur.
6.2 Le swollen-shoot du cacaoyer
6.2.1 Distribution géographique et importance

économique
Afrique occidentale (Ghana, Côte d'Ivoire, Togo et Sierra
Léone) Asie : Sri Lanka
6.2.2 Plantes hôtes
Le virus du swollen-shoot est habituellement considéré

comme endémique dans les arbres forestiers (Tiliales). En plus
du cacaoyer, on a montré la présence d'une infection naturelle
dans Ceiba pentadra ; Cola chlamydatha, C. gigantes var.
GLABRESCENS, Adansonia digitata et Sterculia tragacantha ,
Les symptômes observés sur les arbres de forêts infectés sont
souvent indistincts ou localisés.
6.2.3 Symptômes
(1) Gonflement des nœuds ou des entrenœuds résultant

d'un développement anormal du xylème et du phloème, non
accompagné de nécrose. Le gonflement apparaît également sur
les racines, surtout les racines supérieures, et une attaque très
sévère du virus peut provoquer une nécrose des radicale.
Quelques souches du virus ne provoquer pas de gonflement
mais la plupart donne des symptômes sur les feuilles.
(2) Symptômes foliaires : bande rouge le long des

nervures puis mouchetures ou bandes chlorotiques sur
les nervures, plus nombreuses quand la souche est plus
virulente. Par la suite, la décoloration rouge des feuilles
devient plus diffuse et est remplacée par des bandes vert
sombre sur les nervures, délimitées par une zone de tissus
chlorotiques.
(3) Les cabosses des arbres infectés sont arrondies et

peuvent être marquées des taches vert clair et vert foncé.
6.2.4 L’agent pathogène : morphologie, structure et

caractéristiques
Les particules virales ont la forme de bâtonnets de 121-130 x

28 nm et appartiennent au groupe des Badnavirus
6.2.5 Spécialisation physiologique
On connaît de nombreuses souches, répertoriées suivant leur
lieu d'origine, qui peuvent être classées suivant leur virulence
leurs hôtes, la spécificité des vecteurs et la symptomatologie.
6.2.6 Epidémiologie : conservation de l’inoculum,

modalités de transmission et infection
Le virus est transmis par des cochenilles de la famille des

Pseudococcidées ; il n'est jamais transmis mécaniquement ni
par les graines. On connaît au moins quatorze espèces de
vecteurs ; parmi les plus importantes citons : Planococcoïdes
njalensis, Planococcus kenyae et P. citri et Ferrisia virgata. Les
larves des premiers aux troisièmes stades et les femelles
adultes sont des vecteurs possibles.
Le temps minimun pour l'acquisition est de 20 mn et l'optimun

de 2 à 4 jours ; les insectes peuvent transmettre le virus après
environs 15 mn avec un maximum de transmission entre 2 et
10 heures. Le virus peut être transmis pendant une période
allant jusqu'à 72 heures. Il n'y a pas de transmission par les
œufs. Les cochenilles se déplacent surtout en marchant, bien
que les larves soient souvent transportées par le vent. Ces
mouvements sont à l'origine d'un élargissement périphérique
des foyers d'infection accompagné d’apparition soudaine de
nouveaux foyers suite au transport des vecteurs par le vent.
Dans le cas du cacaoyer Amelonado adulte infecté, les périodes

latentes peuvent durer de 6 à 24 mois si le virus est virulent,
plus encore si le virus est avirulent. Au Ghana, on a constaté
une infection latente de 5 à 17% des arbres, dont 62% sont à
moins de 12 m des cacaoyers infectés. Au Nigéria, l'infection
latente est normalement moins importante.
G) Méthodes de lutte
La lutte contre le swollen-shoot en Afrique Occidentale se fait

surtout par l'élimination des arbres atteints au fur et à mesure
de leur découverte. Ceci exige une inspection fréquente des
plantations, le traitement des zones attaquées et un
renouvellement régulier et fréquent de ce traitement.
Les essais de lutte contre les vecteurs par des moyens

chimiques ou biologiques sont restés sans succès. Les seuls
produits chimiques ayant une action sont en effet trop chers et
très toxiques pour l'homme.
Des hybrides tolérants sont utilisés au Nigéria dans les zones

attaquées ; ils ne sont pas assez tolérants au Ghana où les
virus sont plus virulents. Au Ghana, des variétés résistantes ont
été observées à partir de souches de Haute Amazone. Les
recherches en cours visent à développer des variétés
acceptables par le producteur et par le consommateur.
Symptômes :
Les symptômes induits par un virus chez une plante varient

avec l'espèce végétale en cause et avec les conditions
écologiques ambiantes. Les principales manifestations externes
des infections virales sont :
a) Modification de coloration
Mosaïque (panachure, marbrure) éclaircissement des

nervures (ou ''vein-clearing). Les nervures apparaissent
plus claires que le reste du limbe par transparence).
Coloration des nervures (''vein-banding'' ou liseré des

nervures) : les nervures apparaissent comme bordées de part
et d'autre par une bande vert foncé tandis que le limbe est
légèrement décoloré.les chloroses : consistent en un
éclaircissement et un jaunissement des tissus foliaires pouvant
se manifester sur toute la feuille.
Anthocyanose : elle consiste en l'apparition sur le feuillage

ou dans des tubercules, d'une coloration anormale rougeâtre
ou blanchâtre.
La virescence (verdissement des parties colorées des fleurs).
b) Nanisme
Il peut y avoir réduction notable de la croissance,

raccourcissement des entre-nœuds, rabougrissement des
feuilles et des fruits.
c) Distorsion : Elle consiste souvent en des déformations,

malformation systémiques. Elles se présentent sur les feuilles
au niveau du limbe et des nervures ; elles peuvent également
endommager les pétioles, les tiges, les tubercules et les fruits.
Sur les feuilles, ces nécroses prennent parfois la forme de
taches plus ou moins circulaires, d'anneaux simples ou
concentriques ou bien encore de lignes sinueuses.
Symptômes internes : Outre les symptômes macroscopiques
externes, on peut observer des inclusions cellulaires
diverses, des gommoses et des nécroses du phloème.
6.2.7 Méthodes de lutte
Mesures prophylactiques ou préventives
Lutte contre les insectes vecteurs
Recherche et création de variétés résistantes
DEUXIEME SECTION : LES VIROIDES
CHAPITRE VII. GENERALITES SUR LES VIROIDES
7.1 Introduction
7.2 Définition
Un viroïde est un ARN pathogénique nu d'environ 115 à 130

000 daltons nécessitant toute une gamme de constituants
cellulaires pour sa réplication et n'exprimant pas, semble-t-il,
l'information génétique renfermée dans ses quelques centaines
de ribonucléotides.
7.3 Historique
Les principales étapes dans la découverte des viroïdes :
➢ Diener et Raymer 1967. PSTV (potato spindle tuber)

filosité du tubercule de la pomme de terre)
➢ Semancik et Weathers 1972. CEV (Citrus exocortis)

(exocortis des citrus)
➢ .Diener et Lawson. 1973. CSV (Chrysanthemum stunt)
(nanisme du chrysanthème)
➢ Van Dorst et Peters. 1974. CPFV (Cucumber pâle fruit)

(fruit pâle du concombre)
➢ Romaine et HORST. 1975. CCMV (Chryssanthemum

chlorotic mottle (marbrure chlorotique du chrysanthème)
➢ Randles. 1975. CCCV (Coconut cadang-cadang) (cadang-

cadang du cocotier)
➢ .Sanaki et Shikata. 1977. HSV (Hop Stunt) (nanisme du

houblon)
➢ .Palukaitis et al. 1979. ASBV (Avocado Sunblotch disease).
Malgré le développement de techniques de diagnostic de plus

en plus précises, dans le cas de plusieurs maladies infectieuses
attribuées à des virus, on n'a pu observer de particules virales
en microscopie électronique, ni obtenir d'anticorps spécifiques
correspondant à des protéines virales, dans les plantes
infectées.
En 1970, DIENER rapporta la présence dans les plantes de

pomme de terre atteintes de la maladie des " tubercules en
fuseaux " ("spindle tuber"), de petites molécules de RNA
infectieux migrant dans la zone des RNAS de transfert, qui
reçurent le nom de viroïdes.
7.4 Comparaison virus – viroïde
Tableau 7.4 : Comparaison Virus et Viroïdes
Virus Viroïdes
1) Acide nucléique à l'intérieur 1) ARN nu (sans

capside
d'une particule virale protéique ou enveloppe)
constituée d'une capside quelquefois circulaire
protéique
2) Poids moléculaire de l'acide 2) 120 000 (dans le cas
nucléique 1 x 106 d et plus de PSTV, les 359

ribonucléotides auraient
la capacité de coder pour une

protéine d'environ11,000 – 12
000 daltons
3) Acide nucléique contient 3) Apparemment non,

le viroïde
de l'information pour la ne produit

apparemment aucune
production de protéine (s) protéine.
Spécifique (s) au virus
CHAPITRE VIII : CARACTERISTIQUES ET
CLASSIFICATIONDES VIROÏDES
8.1 Caractéristiques physico-chimiques des viroïdes
Les molécules de viroïdes sont constituées de RNA circulaires

comportant une forte structure secondaire : leur masse est de
l'ordre de 100 K et elles comportent entre 246 et 375
nucléotides. A l'état natif, les RNAS de viroïdes sont
extrêmement compacts, formant un, bâtonné d'environ 50 nm
; ils ne sont pas antigéniques et ne peuvent être observés en
microscopie électronique qu'à l'état purifié et concentré. Le
rapport entre bases puriques et pyrimidiques est proche de 1,
tandis que les paires G : C sont deux fois plus abondantes que
les paires A : U.
Les viroïdes identifiés chez les différentes plantes malgré leurs

propriétés pathogènes et leurs spectres d'hôtes très différents,
présentent entre eux certaines analogies de structure primaire.
On observe notamment des zones fortement conservées,
comportent des séquences de nucléotides quasi identiques chez
tous les viroïdes connus et que l'on retrouve également chez
certains introns de cellules eucaryotiques (sequences "
"consensus ").
8.2 Caractéristiques biochimiques et moléculaires
Structure de PSTV (''Potato spindle tuber viroïde’’, viroïde de

la filosité du tubercule de la pomme de terre).
La séquence primaire complète des 359 ribonucléotides de

PSTV a été déterminée en 1977 et il s'agit d'une '' grande
première scientifique''. En effet, PSTV est le premier agent
pathogène d'Eucaryte dont l'acide nucléique a été séquence en
laboratoire. La structure secondaire de PSTV se caractérise par
les propriétés suivantes
*une structure circulaire (fermée de façon covalence)
Une structure possèdent un très haut niveau de

complémentarité intramoléculaire qui qui résulte en régions
dites en épingles à cheveux, ('' hairpins'' et en régions à double
brin complémentaire.
Cette structure compacte explique probablement certaines

propriétés biologiques de PSTV dont les deux plus importantes
sont :
la transmission mécanique facile de PSTV
la résistance de PSTV à des agents inactivateurs dans la sève

ou le jus de plants infectés.
Analogies de structures et zones fonctionnelles des viroïdes
Les relations entre viroïdes ne semblent pas pouvoirs être

expliquées par une suite de mutations à partir d'un ancêtre
commun, mais résulteraient plutôt de réarrangements
moléculaires internes et d'échanges entre viroïdes différents
infectant un même hôte.
La comparaison des homologies de séquences entre les

différents viroïdes connus (246 à 375 nucléotides) montre 5
zones fonctionnelles.
(1): une région centrale © hautement conservée, comportant
des séquences répétées inverses pouvant se présenter sous
forme droite ou sous forme de boucle, entre les nucléotides 91
– 98, 55 – 65 ou 77 – 85, selon les viroïdes en cause.(2)(3):la
région centrale est flanquée de deux zones (P et V) présentant
une certaine variation : une région gauche liée au pouvoir
pathogène et comportant un poly-A de 5 à 6 bases ) et une
région droite, très variable, qui pourrait également influencer la
pathogénèse et correspondre à un secteur de réarrangements
du RNA viroîdal.(4)(5) :deux zones terminales T1 et T1' qui
pourraient avoir connu des échanges entre viroïdes ou au cours
de leur évolution.
8.3 Localisation sub-cellulaire des viroïdes
6.4 Réplication et mouvement des viroïdes
On ne connaît pas encore les mécanismes précis contrôlant la

réplication des viroïdes. On a d'abord pensé que les viroïdes
pourraient se répliquer par l'intermédiaire d'un ADN
complémentaire à la séquence de l'ARN infectieux. De
nouvelles hypothèses impliquent la participation d'un ARN
dépendant ARN polymérase.
La réplication des viroïdes diffère de celle des virus sur

plusieurs points : pas de gènes codant pour des protéines
On note la présence de molécules de RNA complémentaires du

RNA infectieux du viroïde dans les plantes infectées.
On a alors postulé plusieurs hypothèses. D'abord l'hypothèse la

mieux fondée actuellement, la réplication des viroïdes se
réaliserait dans le noyau, par transcription complémentaire
catalysée par la RNA polymérase II des cellules de l'hôte (bien
que le rôle d'autres RNA polymérases cellulaires ne sont pas à
exclure).
Cette enzyme utilise normalement comme modèle des DNA

bicaténaires, ce qui suppose certaines analogies de structure
entre le RNA des viroïdes et le DNA cellulaire. On a également
identifié dans les tissus infectés par des viroïdes, des polymères
tant les tissus infectés par des viroïdes, des polymères tant
homologues que complémentaires, du RNA viroïdal initial, ce
qui a mené à énoncer l'hypothèse d'une transcription " par
cercles roulants ‘’. La transcriptase effectuerait plusieurs cycles
de transcription successives du viroïde infectieux (+) donnant
naissance à une molécule multimérique (-) laquelle serait
transcrite en multimère (+).
Il s'en suivrait un processus extrêmement précis d'excision

autocatlytique, produisant des RNAS de longueur unitaire qui
seraient ensuite circularisés, par une RNA ligase ou par un
processus autocatlytique, en une molécule des RNA viroïdal.
Analogies des viroïdes avec les introns
Etant circularisés et dépourvus de fonctions messagères, les

viroïdes (et les virusoïdes) présentent des analogies avec les
introns de type I identifiés dans les gènes des rRNAs
nucléaires, des mRNAs et rRNAs mitochondriaux. Ces introns
possèdent une séquence conservée de 16 nucléotides appelée "
consensus ". Les différentes analogies de séquences observées
entre introns du groupe I, viroïdes, virusoïdes et RNAs satellite,
indiquent des rapports définis entre ces différentes molécules.
Par ailleurs, le viroïde des tubercules en fuseau de la pomme de
terre présente des analogies avec les RNAs ribosomiques 55
des eucaryotes.
Plusieurs introns ainsi que le RNA SATELLITE PARNA (associé

au virus du rabougrissement de l'arachide) possèdent des
propriétés d'autoclivage en l'absence de protéine. Certains des
RNAs ainsi obtenus forment des molécules circulaires, tandis
que d'autres demeurent linéaires. Par ailleurs, la formation
d'oligomères à partir de monomères semble être généralisée
chez les introns, viroïdes et RNAs satellites, la polymérisation et
la dépolymérisation pouvant s'opérer en l'absence de protéines,
ce qui témoigne des capacités enzymatiques des RNAs
concernés.
Récemment, on a caractérisé de petits RNAs (ribozymes)

capables de cliver spécifiquement d'autres RNAs, dont des
RNAs messagers.
8.5 Pathogenèse et types de symptôme
Plusieurs viroïdes infectant la pomme de terre, les Citrus et le

chrysanthème sont extrêmement infectieux et induisent des
symptômes quelques jours après l'inoculation. Pour d'autres au
contraire, extrêmement dommageables sur le plan économique
(« cadang-cadang " ) du cocotier, maladie des " coups de soleil
" de l'avocatier), les plantes infectées ne présentent des
symptômes que plusieurs années après l'inoculation primaire,
ce qui a rendu les études épidémiologiques les concernant
particulièrement ardues.
Les viroïdes se sont développés dans diverses régions du

monde, mais les dégâts qu'ils causent sont surtout importants
en climat chaud.
Pour un même viroïde, on peut observer des variants dont

l'intensité des modifications RNA messager dans la cellule et
former ainsi des protéines spécifiques à une information
distribuée sur ce petit RNA. Ce si petit RNA ne pourrait
synthétiser qu'une protéine de 11 à 12.000 daltons de poids
moléculaire
Association des viroïdes avec des protéines cellulaires
Les viroïdes semblent être associés in vitro à des protéines

d'origine cellulaire qui leur confèrent une structure particulière.
Bien que les RNAs de viroïdes ne puissent fonctionner comme
mRNA in vitro, on a identifié dans les plantes infectées par le
viroïde du «planta macho « de la tomate, une protéine dont les
anticorps réagissent spécifiquement avec les plantes infectées
par ce viroïde. On a mis en évidence que cette protéine
antigénique de 140 K (comportant deux sous-unités de 70 K)
existe en faible quantité dans les plantes saines.
Par ailleurs, des anticorps dresses contre les protéines

concentrées à partir de plantes saines réagissent avec la
protéine spécifique des plantes infectées par le viroïde.
L'antigène considère s'accumule également dans les tomates
infectées par différents autres viroïdes, ou par le RNA satellite
du virus de la mosaïque du concombre, mais non dans les
tomates virosées dépourvues de RNA satellite. Par ailleurs, les
plantes d'autres espèces que la tomate infectées par des
viroïdes, ne réagissent pas avec l'antigène isolé des tomates. Il
apparaît donc que la protéine considérée, dont la quantité est
corrélée à l'intensité des symptômes, est codée par l'hôte (et
non par le viroïde) et semble liée d'une manière ou d'une autre
à l'expression pathologique des plantes infectées.
8.6 Modalités de transmission des viroïdes
Ils sont essentiellement transmis par contact (notamment par

les instruments de culture) ; certains le sont également via les
graines et le pollen, mais aucun insecte vecteur n'a été identifié
pour l'un quelconque des viroïdes décrits à ce jour.
8.7 Origine des viroïdes
Origine et nature des Viroïdes
Les Viroïdes proviendraient d'introns recircularisés, reconnus et

transcrits par une RNA polymérase appartenant soit à leur
hôte d'origine, soit à une autre espèce végétale chez laquelle ils
auraient été introduits par greffe, blessure hybridation
interspécifique ou intergénérique ou par diverses
manipulations in vitro.
Les viroïdes pourraient être aussi des constituants cellulaires

asymptomatiques d'espèces végétales sauvages, qui
deviendraient pathogènes lorsqu'ils sont introduits dans les
plantes cultivées.
Remarques
1)Viroïdes zoopathogènes
En 1986, une structure de RNA de type virusoïdal de 1678

nucléotides a été identifiée pour la première fois dans le règne
animal. Il s'agit d'un RNA circulaire dont la présence est
corrélée avec des symptômes particulièrement graves chez les
patients atteints du virus de l'hépatite B humaine. Ce RNAn
appelé HDV (hepatitis delta virus), dépend du virus de
l'hépatite B pour sa réplication. Il présente d'importantes
homologies de séquences avec certains secteurs du DNA
génomique d'un Geminivirus (le virus de la mosaïque latente du
manioc) ainsi qu'avec plusieurs virus de plantes, confirmant
ainsi les analogies de séquences consensus chez des acides
nucléiques d'origines très diverses.
Malgré la présence de régions des traductions potentielles, le

RNA du HDV semble dépourvu de fonction messagère; par
contre, son complémentaire, le cRNA-HDV, code pour des
polypeptides, ce qui le distingue des RNAs complémentaire des
viroïdes phytopathogènes décrits jusqu'à présent et le
rapproche de certains RNAs satellites.
CHAPITRE IX. METHODES D’IDENTIFICATION DES

VIROÏDES
9.1 Introduction
9.2 Généralités
9.3 Méthodes biologiques
9.4 Méthodes moléculaires (électrophorèse, hybridation
par dot blot et PCR)
CHAPITRE X. METHODES DE LUTTE
10.1 Introduction
10.2 Méthodes préventives
10.3 La thermothérapie
10.4 Création de variétés résistantes
CHAPITREXI. QUELQUES EXEMPLES DE MALADIES A

VIROÏDES
11.1 La maladie de la filosité des tubercules de la pomme

de terre (PSTV)
11.1.1 Plantes sensibles les plus importantes
1) Pomme de terre
2) Tomate
11.1.2 Symptomatologie (pomme de terre)
Le symptôme de la filosité du tubercule de la pomme de terre

tient au fait que PSTV peut induire un allongement (filosité, en
forme de fil) des tubercules de la pomme de terre. Les
symptômes foliaires sont variables selon la souche du viroïde.
En général, le plant prend une coloration plus foncée et le port
général du plant est plus redressé.
11.1.3 Etiologie : PSTV est un viroïde composé d'une chaîne

fermée de 359 ribonucléotides.
11.1.4 Pathogenèse
*Source d'inoculum :
Généralement, les débris et les tubercules de plants infectés

sont une source importante.
Notons aussi que le PSTV peut aussi être disséminé par les
graines. Aucun virus ne peut être transporté par les graines.
*Dissémination :
PSTV se dissémine par transmission mécanique ou par

propagation végétative.
*Moyens de lutte
On se débarrasse de PSTV par des programmes de production

de plants certifiés qui utilisent des techniques d'électrophorèse
sur gel de polyacrylamide des acides nucléiques extraits ou
d'autres techniques (ex. Dot-blot) plus efficaces. Ces
techniques peuvent être utilisées en premier lieu lors de la
réception des plants ou des tubercules-mères. Cette première
étape de vérification est nécessaire et vient au tout début du
programme de certification parce que le viroïde (PSTV) n'est
pas facilement éliminé par la thermothérapie et la culture
d'apex méristématiques de tiges. Au sujet des techniques de
détection des viroïdes, ajoutons que l'électrophorèse d'extraits
d'acides nucléiques sur gel de polyacrylamide et la détection du
RNA des viroïdes par hybridation à du DNA complémentaire
(''cDNA'') sont deux méthodes de détection biochimiques qui
seront de plus en plus utilisées.
Maladie ''cadang-cadang'' du cocotier
En raison du premier symptôme précis de la maladie, on

préfère aujourd'hui l'appelation ''Yellow Spot decline'' (on
rencontre aussi ''Yellow mottle decline''). Le cadang-cadang a
été signalé pour la première fois en 1926. Il est resté assez
localisé jusqu'en 1947, date de sa progression rapide. Cette
maladie peut être une des maladies les plus importantes du
cocotier.
11.2 Maladie à viroïde de la tomate
11.3 Autres maladies à viroïdes
TROISIEME SECTION : TRAVAUX PRATIQUES (TP) ET

TRAVAUX DIRIGES (TD).
CHAPITRE XII : RECONNAISSANCE DES SYMPTÔMES DE

MALADIES VIRALES.
12.1 Introduction
12.2 Importance de la reconnaissance et d’une bonne

description des symptômes
12.3 Différents types de symptômes de maladies virales

(observation sur des échantillons frais collectés dans la nature
et projection de diapositives).
CHAPITRE XIII : METHODES D’INOCULATION DES VIRUS AUX

PLANTES SAINES
13.1 Introduction
13. 2 Rappel de notions théoriques
13.3 Différentes méthodes d’inoculation
13.4 Différentes étapes de l’inoculation mécanique
13.4.1 Source de virus
-échantillon frais collectés dans la nature, isolement d’un virus,

clonage, souches virales conservées ou provenant d’une
collection internationale.
13.4.2 Préparation de l’inoculum
Tampons, abrasifs, adjuvants divers pour stabiliser les

préparations
13.4.3 Mode d’application de l’inoculum, au doigt, à la pince,

avec une spatule, au pistolet
13.4.4 Observation des symptômes après l’inoculation et leur

notation
- Observation des symptômes (symptômes primaires,

symptômes secondaires)
- Dosage biologique des virus (lésions locales)
13.5 Différentes étapes de l’inoculation par pucerons
13.5.1 Introduction
13.5.2 Source de virus
13.5.3 L’insecte vecteur et son conditionnement (mise à jeûne)
13.5.3 Différentes étapes et techniques
-Cas des virus de stylet (transmission sur le mode non

persistant)
- Cas des virus transmis sur le mode non persistant
13.5.4 Observation des symptômes et leur notation
CHAPITRE XIV ; METHODES D’IDENTIFICATION DES VIRUS
14.1 Introduction
14.2 Rappel de notions théoriques
14.3 Importance de l’identification précoce des virus des

plantes
14.4 Différentes méthodes d’identification des virus
14.4.1 Méthodes biologiques (plantes tests et gamme d’hôtes

différentiels)
14.4.2 Modalités de transmission
14.4.3 Recherche de caractéristiques physico-chimiques (ex.

température d’inactivation)
14.4.4 Méthodes sérologiques
a) Rappel de notions théoriques et principes de base
b) Méthode de double diffusion dans un gel d’agar ou d’agarose
-différentes étapes du test (préparation des tampons et du gel)
-réalisation du test
-incubation et lecture des résultats du test
-interprétation du test
c) Méthode immunoenzymatique (test ELISA et ses variantes)
- les réactifs
-les différentes étapes
- réalisation du test
-lecture des résultats et leur présentation
- interprétation des résultats
CONSERVATION DES SOUCHES DE VIRUS
La méthode de conservation doit être choisie en fonction du

virus étudié de façon à réduire au minimum les risques de
modifications ou de contaminations, tout en maintenant un bon
pouvoir infectieux.
1)Virus transmis sur le mode persistant
Dans le cas des virus transmis sur le mode persistant, la

conservation des souches peut se faire sur des plantes
infectées maintenues en serre à l’abri des contaminations. On
peut réduire les contaminations en utilisant des espèces
réservoirs résistantes aux virus les plus courants. Ex. on peut
conserver le Tomato Leaf Curl Virus (TYLCV) sur Datura
stramonium qui est résistant aux principaux virus des
Solanacées, TMV, CMV et PVY.
2)Virus transmis sur le mode non persistant
2.1 Conservation sur plantes hôtes
Les virus transmis sur le mode non persistant peuvent aussi

être conservés sur des plantes vivantes. Ce procédé n’est pas à
recommander, outre les risques de contamination et des
modifications, on a souvent des variations de concentration en
virus dans la plante en fonction de l’âge de l’infection ou des
conditions d’incubation. On est donc amené à réaliser des
repiquages fréquents, ce qui constitue un surcroît de travail
tout en augmentant les risques de contamination ou de
modifications.
2.2 Conservation au congélateur
La plupart des virus de stylet se conservent correctement

lorsque l’on place des feuilles infectées dans un congélateur à -
20°C. L’avantage de cette technique est sa rapidité. Par contre,
les successions de congélations consécutives à des
manipulations de l’échantillon ou à des pannes de courant
entraînent des baisses importantes de concentration en virus
biologiquement actif. On risque de perdre des souches par
dette méthode qui ne doit donc être utilisé que pour des
conservations de matériel végétal en grande quantité et pour
une courte durée – quelques semaines.
2.3 La lyophilisation
C’est une sublimation sous vide à basse température. Cette

méthode est efficace dans la mesure où elle est bien
appliquée… c'est-à-dire qu’il faut éviter à tout prix, sous peine
de perdre le pouvoir infectieux, les variations de températures
en cours d’opération aboutissent à des successions de
congélations. De plus, cette méthode est longue, nécessite un
matériel onéreux et ne permet en général, de traiter que de
petites quantités.
Par contre, une lyophilisation réussie garantit une bonne
conservation dans le temps si l’on conserve l’échantillon à
l’abri de l’humidité.
2.4 La dessication sur chlorure de calcium à 4°C
Cette technique a été proposée par Mc KINNEY en 1947. Elle

consiste à faire dessécher progressivement du matériel frais
(feuilles virosées, découpées en lamelles) sur un lit de chlorure
de calcium en grain (agent déshydratant) à une température
légèrement supérieure à 0°C pour éliminer les pertes de
pouvoir infectieux lors des congélations-décongélations.
On obtient une dessication suffisante en une à deux semaines.

Le matériel desséché se conserve très longtemps si on le place
de préférence au froid et dans une boîte à l’abri de l’humidité.
Cette technique permet de conserver de façon satisfaisante des

souches de virales de divers virus (ex. TMV, CMV, PVY, WMV).
Elle présente l’avantage de permettre une bonne conservation
du pouvoir infectieux, de ne pas nécessiter d’appareil compliqué
(un simple réfrigérateur suffit) et de fournir un matériel
disponible à tout moment. Cette méthode semble donc à
recommander.
Mode opératoire, conservation à 4°C sur du chlorure de

calcium
- Prélever des feuilles en fin de croissance sur une plante

infectée depuis une durée suffisante pour que la concentration
en virus y soit élevée.
- Enlever les nervures au besoin et découper les limbes en fines
lamelles de 1 à 2 cm de large sur une surface désinfectée et en
utilisant une lame de rasoir désinfectée.
- Déposer dans une boîte à fermeture étanche une quantité de

CaCl2 égale au moins à deux fois le poids de limbe à dessécher.
- Couvrir d’une feuille de papier filtre
- Déposer les lamelles de limbes sur le papier filtre
- Fermer la boîte de façon étanche (ruban adhésif)
- Déposer dans un réfrigérateur réglé à 4°C environ
- Après 15 jours d’incubation, on peut au besoin conditionner

les limbes desséchés dans des boîtes plus petites en déposant
quelques grains d’Actigel comme témoin de l’état
hygrométrique.
- Pour régénérer le virus, il suffit de déposer la quantité désirée

de limbe desséché dans un mortier, de l’imbiber avec une
solution tampon en général 5 fois le poids de limbe à l’état frais
et de le broyer comme s’il s’agissait de matériel frais.
METHODES D’INOCULATION DES VIRUS
METHODE D’INOCULATION MECANIQUE
Introduction
Inoculer mécaniquement un virus, c’est apporter à la surface

d’une feuille superficiellement blessée une suspension de virus
infectieux. Pour réussir cette opération il faut disposer d’une
source de virus, extraire le virus sans le dénaturer, l’appliquer
en présence d’abrasif et des plantes réceptives, incuber les
plantes contaminées dans des conditions favorables à la
multiplication du virus.
I. Matériel et produits nécessaires
A. Matériel
Serres ou cages grillagées protégées des pucerons vecteurs

dans lesquelles la température ne dépasse pas 28 – 30°C ou
chambre sommairement climatisée (500 lux, 20 – 25°C)
Mortier et pilon
Petites coupelles en pyrex (sucrier ou pot à entremet)
Ballons jaugés (pour les tampons)
Eprouvettes et pipettes graduées pour les dilutions
Toile fine (popeline de nylon)
Mouilleur de bureau
Pince à dissection
Pistolet à peinture à air comprimé
Spatule en verre
Doigtier en caoutchouc
B. Produits
Phosphate dissodique (Na2HPO4, 2H2O)
Phosphate monopotassique (KH2PO4)
Phosphate trisodique (Na3PO4 12H2O)
Diethyldithiocarbamate de sodium (DIECA)
Carborundum 400 ou 600 mesh
Charbon végétal activé
Chlorure de lauryl dimethyl-Ammonium
2. Hygiène personnelle
Travailler avec une blouse propre, ou être protégé par un

tablier, changé entre chaque virus.
Travailler bras nus et soigneusement désinfectés avec l’une ou

l’autre des solutions détergentes. Attention, certains de ces
produits peuvent avoir un effet délétère sur la peau et les
muqueuses (ex. Bacfor peut provoquer des inflammations des
muqueuses ; le phosphate trisodique ‘décape ‘ la peau.
Le rinçage au savon ou l’alcool n’est pas toujours suffisant.

Pensez à bien nettoyer les ongles. Les gants de latex à jeter
sont pratiques.
3. Lavage et stérilisation du matériel
Le matériel devra être soigneusement lavé et stérilisé.
a-Trempage en solution détergente :
- Chlorure de lauryl dimethylbenzyl ammonium à 0.5%
- Phosphate trissodique à 10% : Na3PO4 400grammes +

savon en paillette 200 grammes, faire dissoudre dans un
litre d’eau à ébullition, ajouter 4 litres d’eau.
b- Lavage soigneux
c- Rinçage abondant à l’eau puis à l’eau distillée
d- Stérilisation : - ébullition 15 minutes dans l’eau ou
-four à stériliser 1 heure à 18°C
4. Préparation de l’inoculum
A. Source de virus
Virus purifié (ex. TMV purifié)
Feuilles infectées desséchées sur CaCl2 (technique de Bos)
Plantes fraîches : dans ce cas utiliser des plantes jeunes

présentant des symptômes caractéristiques de la maladie virale
à transmettre :
5 à 30 jours après la contamination dans le cas de TMV, virus Y

ou PVY, PVX, LMV
5 à 12 jours après la contamination dans le cas de CMV, AMV.
Pour le virus purifié, conservé depuis plusieurs semaines, et les

feuilles desséchées, il est prudent d’inoculer d’abord un premier
lot de plantes sensibles. Celles –ci serviront de source
d’inoculum pour l’essai programmé.
Attention, vérifier toujours la virulence et l’identité de la souche

virale inoculée sur une gamme d’hôtes différentiels réduits
permettant de détecter d’éventuelles pollutions de la souche
virale initiale par d’autres virus. Les sources de virus ou les
souches virales originales doivent être renouvelées
périodiquement. Isoler les différents virus les uns des autres
afin d’éviter les contaminations accidentelles.
B. Préparation de l’extrait infectieux.
1. Milieu d’extraction
Phosphate dissodique 0,05 M, pH 7
Tampon phosphate de Soerensen
Phosphate monopotassique M/15 : 9,08g/litre KH2PO4=sol. A
Phosphate disodique M/15 : 11,88g/litre Na2HPO4, 2H2O –

sol.B
Tableau 1 : Constitution du tampon
pH 7 7,6 8
Composition du tampon
M/15 pour 100 ml
Solution A 39,2ml 13,2 ml 5,5 ml
Solution B 60,8 ml 86,8 ml 94,5 ml
Diluer ensuite le tampon à la molarité souhaité (0,5 ou 0,05 M)

Pour empêcher les oxydations (quinones dénaturant les virus)
ajouter du DIECA (2g/litre de solution).
2. Extraction du virus
Broyer finement dans un mortier, ou pour des quantités plus

importantes dans un broyeur à hélices, les jeunes feuilles
sources de virus immergées dans la solution d’extraction (1g de
feuille + 4 ml de solution.
A l’issue du broyage, on ne doit pas distinguer à l’oeuil nu de
fragment de tissu.
Filtration sur popeline (expression du jus par torsion ou sous

une presse). Utilisation de l’extrait additionné de charbon
végétal activé (100mg/ml ou dilué au 1/10 ou au 1/100 sans
charbon avec le tampon d’extraction) afin de fixer ou
d’atteindre la limite de dilution des inhibiteurs d’infection.
L’extraction doit se faire avec des solutions fraîches (4 à 5 °C)
dans du matériel stérile refroidi à 4 – 5°C avant utilisation.
Au moment de l’inoculation ajouter à l’inoculum la poudre

abrasive de carborundum :
- 100 mg/ml dans le cas d’inoculation à la main
- 75 mg/ml dans le cas d’inoculation au pistolet.
- Attention, l’abrasif doit être remis en suspension par

agitation du mélange inoculum – abrasif avant et pendant
tout prélèvement.
Attention, l’abrasif doit être remis en suspension par

agitation du mélange inoculum – abrasif avant et pendant
tout prélèvement.
5.Application de l’inoculum
1. Inoculation de quelques plantes
Appliquer l’inoculum avec une spatule de verre avec l’extrémité

de l’index protégé par un doigtier en caoutchouc, en appuyant
suffisamment pour que l’abrasif casse les poils épidermiques et
perfore l’épiderme, mais n’arrache pas l’épiderme.
Rincer après une minute à l’eau de robinet. Attention à ne pas
laisser sécher l’inoculum chargé de charbon (risque de
marquage des symptômes primaires).
2. Inoculation d’un nombre plus important de plantes
-Mouilleur de bureau : apporter l’inoculum en frottant le

tampon de mousse de caoutchouc d’un « mouilleur » de bureau
rempli de mélange inoculum + abrasif.
Attention de bien nettoyer les mouilleurs avec une des solutions

de désinfection et de bien rincer.
-Inoculation à la pince : « pince à dissection sans griffe 14

cm, » dont les extrémités sont aplaties pour augmenter les
surfaces des deux branches en contact.
Tremper la pince dans la suspension virus/abrasif. Presser

l’organe à inoculer assez fort pour imprimer les cannelures de
la pince sans lacérer le cotylédon ou la fraction de limbe.
-Inoculation au pistolet :
Placer l’inoculum et l’abrasif dans le réservoir du pistolet à

peinture, ajouter 2 ou 3 billes pour faciliter la dispersion de la
poudre abrasive. Imprimer un mouvement d’agitation
permanent. Pulvériser à 10 cm, des plantes à la pression de 1,5
kg.
Deux pulvérisations croisées sont nécessaires.
Attention, les pistolets électriques ne conviennent pas

(encrassement et détérioration des pompes). Il faut un pistolet
à air comprimé.
6. Préparation des plantes hôtes
Les plantes à inoculer doivent être réceptives au virus. Le

stade de développement optimum varie d’une espèce à l’autre
mais toutes les plantes doivent être contaminées jeunes dans
les conditions favorables à une croissance rapide et
harmonieuse.
Les très jeunes plantules et les plantes induites à floraison sont

généralement peu réceptives.
Il faut inoculer au moins 3 plantes de chaque espèce.
Attention aux
Contaminations par les pucerons
Accidentelles Par contact de plantes contaminées
avec diffférents virus
Par contact avec les mains ou les
outils pollués par des Virus tels que
TMV, PVX, CMV etc…
8. Incubation des plantes inoculées
Les plantes doivent être placées dans des conditions favorables

à leur développement, attention aux contaminations
secondaires accidentelles. Attention aux températures
anormalement élevées (28°C, maximum admissible).
PRINCIPES DE NOTATION DES SYMPTÔMES SUR UNE
PLANTE VIROSEE
Il importe de recueillir le plus d’information possible sur

l’expérience réalisée et de les noter immédiatement dans un
langage rendu le plus précis et le plus concis possible.
1. Cas des plantes hôtes différentielles inoculés

mécaniquement
1.1 L’inoculation
L’inoculation a lieu au stade où la plante hôte présumée est

suspectée la plus sensible au virus étudié
ex. CMV/Vigna unguiculata : deux feuilles cotylédonnaires

étalées
ex. CMV/ Nicotiana tabacum, 3 à 4 feuilles adultes.
On inocule de préférence les 2 ou 3 jeunes feuilles en cours de

croissance active si l’on recherche une infection généralisée de
la plante (ex. CMV/tabac).
Par contre, si l’on recherche une réaction d’hypersensibilité, on

inoculera plutôt des feuilles adultes pour avoir par la suite une
plus grande surface d’observation (ex. CMV/ Vigna
unguiculata).
1.2. L’observation des symptômes
Dans la plupart des cas, il semble utile d’étaler les observations

sur les trois semaines
VIROLOGIE
La virologie est l'étude des virus et de leurs propriétés. De très petites tailles, les
virus sont des entités qui ne peuvent être examinés qu'en microscopie
électronique. Ils possèdent un seul acide nucléique (ARN ou ADN) et se
multiplient à l'intérieur de cellules vivantes en déviant à leur profit le métabolisme
cellulaire. Ce sont des parasites stricts des cellules car ne peuvent être autonomes.
Ils sont dépourvus de métabolisme.
I- Structure général des virus
Du point de vue structure, les virus sont de petites particules biologiques de 20 à

400 nm de diamètre dont la structure résulte de l'assemblage de deux ou trois
éléments. Le génome, la capside et parfois d’une enveloppe.
1- L'acide nucléique
C’est le génome. Il est constitué d’ADN ou d’ARN et situé au centre. Il peut être
linéaire ou circulaire.
2- La capside
La capside en périphérie de nature protéique protège l'acide nucléique (avec

lequel elle forme la "nucléocapside" ou "core"). La capside est composée de
plusieurs monomères qui sont des unités structurales de base appelés capsomères.
Il existe deux types de capside :
1
* Capside à symétrie hélicoïdale : virus de la mosaïque du tabac, les
rhabdoviridae comme le virus de la rage, le virus grippal.
* Capside à symétrie icosaédrique.
L'icosaèdre est un polyèdre régulier ayant 3 axes de symétrie, 12 sommets, 20

faces qui sont des triangles latéraux et 30 arêtes.
Les capsomères vont se disperser sur l'icosaèdre. Ces capsomères sont de 2
types:
- pentons ou pentamères, fait de l'assemblage de 5 chaînes polypeptidiques (5
protomères)
- hexons ou hexamères, fait de l'assemblage de 6 chaînes polypeptidiques (6
protomères)
Tous les virus de symétrie icosaèdrique possèdent 12 pentons (car ils se trouvent
sur chaque sommet de la structure) et un nombre d'hexons variables
ex : une capside à 32 capsomères a 12 pentons et 20 hexons.
3- L’enveloppe
Elle est facultative. C’est une membrane bilipidique facultative qui peut être
hérissée de spicules permettant au virus de se fixer aux cellules et d'y pénétrer ou
d'en sortir.
2
II- Classification
Plusieurs types de classifications sont possibles mais seule celle selon les
caractéristiques physiques des virus portera notre attention. Ainsi on distinguera
entre autres classifications :
 des virus nus et des virus enveloppés ;
 des virus à symétrie hélicoïdale et des virus à structure icosaédrique ;
 des virus à génome linéaire et des virus à génome circulaire ;
3
 des virus à ARN (surtout monocaténaire et parfois bi caténaire) et des
virus à ADN (surtout bi caténaire et parfois monocaténaire).
III- Principales familles de virus en médecine
Virus à ADN Virus à ARN
- Orthomyxoviridae
- Poxviridae - Paramyxoviridae
- Adenoviridae - Rhabdoviridae
- Herpesviridae - Filoviridae
- Papovaviridae - Arenaviridae
- Hepadnaviridae - Retroviridae
- Parvoviridae - Coronaviridae
- Réoviridae
- Picornaviridae
- Caliciviridae
- Togaviridae
4
Caractères de différenciation des virus des autres microorganismes
Bactéries Rickettsiess Virus

Chlamydies
Croissance sur un
milieu de culture + - -
acellulaire
Multiplication avec + + -
division binaire
ADN + + +
ou
ARN +
Ribosomes + + -
Enzymes
Antibiosensibilité + + -
Produits interféron et - Rickettsies + +

inhibition d’interféron Chlamydies +
5
FICHE 1 INFLUENZA AVIAIRE
GENERALITES GENERALITES
Agent responsable
Persistance du virus Destruction du virus
Virus de la famille des Orthomyxoviridés,
genre Influenzavirus A. - Dans l’environnement Température : Inactivé à 56°C/3 h ou 60°C/30
16 sous-types H et 10 sous-types N sont min
connus. à des pH de 7-8, le virus peut résister longtemps dans des fèces pH : Inactivé à pH acide
A ce jour tous les souches hautement infectés (7 jours à 20°C , 35 jours à 4°C), l’eau contaminée par des
pathogènes étaient des influenzavirus A de Agents chimiques : Inactivé par les agents
fientes (105 jours). oxydants, le dodécylsulfate de
sous-type H5 ou H7. - Dans les produits : sodium,
Délais d’incubation les solvants des lipides,
• pour les carcasses : survie du virus de l’IA de la ß-propiolactone
quelques jours à température ambiante et jusqu’à 23 Désinfectants : Inactivé par le formol et les
- 3 à 5 jours généralement mais peut être
jours avec réfrigération ( +4°C). Les emballages composés iodés
plus long ;
peuvent également être contaminés.
- 21 jours : délai maximal, inscrit dans le (Cf. fiche de désinfection spécifique)
• Les œufs pondus en phase précoce de la maladie
Code Terrestre de l’OIE.
peuvent comporter du virus dans le blanc, le jaune et
la surface de la coquille) Sécurité sanitaire des produits
Sources du virus
Les traitements suivants assurent l’inactivation du
Principalement : virus de l’IA
Modes de transmission
- les fientes,
- par contact direct avec les fèces et les sécrétions des
- les sécrétions oculo-nasales (sur des - Pour les viandes :
oiseaux infectés
animaux guéris, portage du virus jusqu’à 30 Température à cœur de 70°C pendant 1 seconde
- transmission indirecte via les aliments, l’eau, le matériel
jours après infection)
ou les vêtements contaminés
- les tissus, - Pour les œufs :
- les voies de pénétration sont digestives et/ou
- les œufs. Œuf entier : 60°C pendant 210 sec
respiratoires
ESPECES ATTEINTES SIGNES CLINIQUES et LESIONS
Espèces affectées Lésions évocatrices

Signes cliniques évocateurs d’IA
Probablement toutes les espèces aviaires - peuvent être absentes en cas de mort
Les signes cliniques de l’IA ne sont pas différenciables de ceux de la
domestiques ou sauvages sont sensibles à subite
maladie de Newcastle.
l’infection. - péritonite
- exsudats muqueux importants dans la
Chez les poulets et les dindes, on peut constater les symptômes
La maladie est surtout décrite chez les poulets et lumière trachéale ou trachéite
suivants isolés ou associés :
les dindes (mais aussi pintades, cailles, hémorragique
- dépression sévère, anorexie,
autruches,...). - congestion sévère des muscles
- forte baisse de production d’œufs,
Les canards sont généralement porteurs - déshydratation
- signes respiratoires, sinusites
asymptomatiques du virus, de même que les - œdème sous-cutané de la tête, du cou et
- écoulements lacrymaux excessifs
oiseaux sauvages. de la caroncule
- œdème facial, crête et caroncule cyanosés et tuméfiés
- congestion sévère de la conjonctive
- diarrhée
D’autres espèces peuvent être affectées mais parfois avec pétéchies
- mort subite (avec ou sans autres symptômes)
l’infection demeure généralement inapparente - aéro-sacculite et congestion pulmonaire
(porc, cheval, félidae). - pétéchies à la surface interne du
Chez les canards infectés, les signes cliniques ou lésionnels peuvent
sternum, sur les séreuses, la graisse
être inexistants.
L’homme peut être affecté, présentant abdominale et dans la cavité splanchnique
généralement une conjonctivite ou des - congestion rénale sévère
Diagnostic différentiel :
symptômes respiratoires légers. - hémorragies et dégénérescences
Dans de rares cas, l’infection peut être mortelle ovariennes
- Newcastle
- hémorragies et érosions de la muqueuse
- Bronchite Infectieuse
de l’estomac glandulaire et du gésier
- Choléra aviaire
- foyers hémorragiques sur les tissus
lymphoïdes de la muqueuse intestinale
Toutefois, lors de première apparition de la grippe aviaire hautement
pathogène sur un territoire, les animaux n’ayant aucune immunité
vis-à-vis du virus de l’IA, les formes suraiguës sont les plus
fréquentes (mortalité brutale et massive, souvent > 80%).
TRANSMISSION entre VOLAILLES TRANSMISSION à l’HOMME
Voies de contamination chez l’homme :

Directe :
Modes de transmission :
Par voie oculaire ou nasale essentiellement.
• Contacts fréquents et rapprochés
• par contact direct avec les fèces et les sécrétions des oiseaux infectés,
• Sécrétions respiratoires
• transmission indirecte via les aliments, l’eau, le matériel ou les Symptômes chez l’homme :
(gouttelettes de respiration,
vêtements contaminés
écoulements du bec, larmoiements
• les voies de pénétration sont digestives et/ou respiratoires • Incubation de 1 à 2 semaines avant les
des yeux)
• Déjections (fientes) d’animaux premiers symptômes
infectés (morts ou vivants) Principaux risques d'introduction du virus dans un élevage : • Fièvre élevée
• Maux de tête
Indirecte : • l'introduction d'oiseaux vivants contaminés • Douleurs musculaires
• l'introduction de matériels ou équipements contaminés (cages, aliments • Fatigue
• Contacts fréquents et rapprochés pour animaux); • Toux et gène respiratoire
avec des surfaces (litière) ou des • l'introduction de personnes avec chaussures ou vêtements souillés • Evolue rapidement vers de graves troubles
matières contaminées par (contaminés par des fientes) respiratoires
l’intermédiaire de la nourriture, l’eau, • l’entrée de véhicules en provenance de marchés d'oiseaux ou d’autres • Peut être mortelle dans de rares cas.
le matériel ou les mains et fermes avicoles
vêtements souillés.
BIOSECURITE EN ELEVAGE BIOSECURITE EN ELEVAGE
BUT : Pour un élevage : limiter au maximum les risques

d’introduction de pathogènes
Mesures concernant les matériaux,
Mesures concernant les animaux Mesures concernant les personnes équipements et véhicules
Les animaux infectés d’IA sont les principales sources de - Limiter l’accès aux bâtiments d’élevage pour - Ne pas laisser entrer de matériels,
contamination des animaux sains. toute personne extérieure, susceptibles de contaminer les équipements ou véhicules souillés dans
Par conséquent : animaux par le biais de leurs vêtements, chaussures ou l’élevage.
mains.(ex : vétérinaire, technicien, marchands). Des
- Eviter les contacts entre les volailles domestiques vêtements protecteurs doivent leur être mis à disposition - Les matériels et équipements utilisés
et les oiseaux sauvages : protéger les points dans l’élevage doivent être régulièrement
d’abreuvement et d’alimentation avec des clôtures ou filets. - Le personnel travaillant sur la ferme doit porter nettoyés et désinfectés (ex : plateaux à œufs,
des vêtements spécifiques, laissés sur site (chaussures, cages). Eviter d’utiliser des matériels difficiles à
- Séparer les différentes espèces élevées sur la blouses, ..). Ces équipements doivent être nettoyés désinfecter (ex : bois, fibres).
ferme (ex : canards, porcs). régulièrement.
- Veiller à l’origine de l’eau et de la
- Eviter les contacts avec les autres animaux, - Des pédiluves (désinfection des chaussures) nourriture pouvant être sources de
notamment les chiens, les chats, les rongeurs. doivent être présents à l’entrée de chaque bâtiment et contamination.
entretenus (désinfectants renouvelés /2j max).
- Réaliser une quarantaine (3 semaines est la
durée optimale) pour les oiseaux nouvellement introduits - Un nettoyage des mains doit être réalisé avant
ou ré-introduits (ex : animaux invendus sur les marchés) d’entrer dans les locaux où sont détenus les animaux.
avant de les mélanger au troupeau dans la ferme.
Appliquer l’élevage en bandes séparées (“all-in/all-

out”) permet un meilleur contrôle des maladies en général.
COMPORTEMENTS à RISQUE COMPORTEMENTS à SUIVRE
En général : En général :
• Mauvaise hygiène des mains, suivi • Maintenir une bonne hygiène (surtout des
Sécurité sanitaire des produits mains), en particulier en visitant des
du frottement des yeux, du nez ou
de la bouche. marchés à volaille.
Les traitements suivants assurent l’inactivation du virus de l’IA
• Visiter des marchés de volailles • Ne jamais toucher ou ramasser à main nue
vivantes dans des zones atteintes une volaille ou un oiseau sauvage trouvé
de la maladie mort.
- Pour les viandes :
• Etre particulièrement prudent dans des
Pour les chasseurs : régions où des cas de grippe aviaire ont
Température à cœur de 70°C pendant 1 seconde
• Mauvaise hygiène dans le été reportés.
ramassage des oiseaux morts ou - Pour les œufs et ovoproduits :
tués en particulier dans des zones Pour les chasseurs :
infectées/suspectes Œuf entier : 60°C pendant 210 sec • Prendre des précautions (gants) pour ne
pas manipuler à mains nues des oiseaux
Dans la cuisine : sauvages morts.
• Ne pas utiliser des gants ou ne pas
se laver les mains avec du savon Dans la cuisine :
avant et après le plumage, vidage • Mettre des gants pour le plumage, vidage
et découpage des oiseaux et durant et découpage des oiseaux.
la préparation. • Se laver les mains avec du savon avant et
• Consommer de la viande de après avoir manipulé des carcasses de
volailles peu cuite (idem pour les volailles.
œufs). • La consommation de viande de volaille
exige une cuisson suffisante (>65°C)
(même principe pour les œufs)
COMMUNICATION COMMUNICATION
A destination des vétérinaires et des agents de Santé

A destination des éleveurs : A destination des agents des Services
Animale :
Publics (SV dont les postes frontaliers, douanes,
- Mesures d’hygiène et de biosécurité en Eaux et Forêts, police, militaires..) :
- Connaissance de la maladie (signes cliniques,
élevage diagnostic différentiel,...)
- Conditions de transmission - Connaissance de leurs rôles respectifs en
- Pratiques ou comportements à risque cas de suspicion, confirmation
- Signes de reconnaissance de la maladie - Mesures d’hygiène et de protection - Mesures d’hygiène et de protection
- Conduites à tenir en cas de suspicion - Mesures de biosécurité en élevage - Obligations légales des SPV
- Pratiques ou comportements à risque - Conduites à tenir en cas de suspicion
- Obligations légales (déclaration, - Modalités de prélèvements (nature, conservation, A destination des chasseurs :
quarantaine, ..), droits de l’éleveur transport,...)
(indemnisations,...) et pénalités éventuelles
- Obligations légales (déclaration, rôles auprès de - Connaissance de la maladie (signes
encourues
l’éleveur, …) et pénalités éventuelles encourues cliniques,...)
A destination des professionnels (abatteurs, - Conduites à tenir en cas de foyer confirmé (abattage, - Pratiques ou comportements à risque
bouchers) et partenaires (transporteurs, vaccination,..) - Mesures d’hygiène
transformateurs, distributeurs, ..) : - Conduites à tenir en cas de constatation
(Cf fiches spécifiques) d’oiseaux morts ou malades
- Mesures d’hygiène - Obligations légales (déclaration,...)
Outils et supports de communication (langues locales et
- Signes de reconnaissance de la maladie nationales)
- Conditions de transmission A destination du grand public et des
consommateurs :
- Pratiques ou comportements à risque Journaux et presse Posters / Affiches
- Obligations légales (déclaration, interdiction Brochures (illustrées, techniques)
Bulletins professionnels (zoo-sanitaires, agricoles,…) - Pratiques ou comportements à risque
de mouvements,...) et pénalités encourues
Radio-cassettes, Vidéo-cassettes - Mesures d’hygiène et de protection
Diffusions de messages par radio (rurales et nationale) - Sécurisation des produits alimentaires
Diffusion de messages par TV, CD-Rom
CONDUITE à TENIR CONDUITES à TENIR : EN CAS de FOYER SUSPECT
DEFINITION d’une SUSPICION :
Toute suspicion d’IA doit être signalée par l’éleveur CONDUITES à TENIR en cas de suspicion (suite) :
• Pour les volailles domestiques et/ou le vétérinaire aux autorités vétérinaires dans
les plus brefs délais et faire l’objet d’investigations
Toute mortalité brutale et massive sans cause apparente, complémentaires par des agents mandatés par - Dans le foyer de suspicion
associée ou non à des signes respiratoires et/ou une l’Etat :
diminution d’alimentation, de boisson et de production Agir dès que l'on suspecte la maladie, car les volailles • Mise en quarantaine (interdiction de tout mouvement
d‘œufs, touchant essentiellement les poules, dindes et peuvent être infectées avant même que les symptômes d’animaux, de leurs produits et du matériel d’élevage)
poulets de chair sans distinction d’âge ne soient visibles. • Restriction des mouvements des personnes et véhicules
(entrées et sorties)
• Pour l’avifaune (oiseaux sauvages) CONDUITES à TENIR en cas de suspicion : • Procéder aux prélèvements requis et à leur acheminement
immédiat au laboratoire compétent
Constatation de mortalité sans cause apparente ou de - Pour l’éleveur • Mener l’enquête épidémiologique sur les causes possibles
maladie non identifiée sur 5 (ou plus) oiseaux sauvages • Alerter l’autorité vétérinaire locale sans délai d’introduction de la maladie et risques de diffusion autour du
dans un périmètre restreint • Isoler les malades des animaux sains foyer
• Restriction des mouvements : interdiction de • Procéder à l’abattage sanitaire des animaux malades et
déplacer et de vendre les oiseaux, leurs sensibles présents dans le foyer sans attendre la
DEFINITION d’un FOYER de SUSPICION : produits (oeufs, viandes,..) et le matériel confirmation du laboratoire
d’élevage présents dans le foyer • Détruire les cadavres (incinération ou enterrement) puis
• Pour les volailles domestiques • Ne pas consommer de produits (viande, œufs) désinfecter le foyer. Cf. fiches spécifiques
issus d‘animaux malades ou morts
Toute unité délimitée (élevage ou parcours clos) ou lieu de - Autour du foyer de suspicion
parcours libre de volailles (village) dans lequel des cas - Pour le vétérinaire
suspects ont été identifiés • Se rendre sur les lieux en prenant toutes les • Après avoir identifié les élevages à risque (pouvant avoir été
précautions sanitaires nécessaires et infectés à partir du foyer suspect), procéder à une inspection
• Pour l’avifaune (oiseaux sauvages) matériels utiles (pour prélèvements, chaîne du clinique dans ces élevages et/ou villages.
froid, désinfection du petit matériel et du • En cas de nouvelle suspicion, appliquer les mêmes mesures
Tout lieu de concentration ou de stationnement d’oiseaux véhicule avant sortie de l’élevage, ...) que citées précédemment
sauvages dans lequel des cas suspects ont été identifiés • Réaliser l’enquête épidémiologique sur place
• Réaliser les prélèvements nécessaires à Le protocole d’enquête doit être défini (un modèle de fiche précise
envoyer au laboratoire de référence d’inspection des élevages pour suspicion d’IA devra être mis à
disposition des agents de terrain).
CONDUITE à TENIR en cas de FOYER CONFIRME
Dans le foyer atteint : Au niveau national :
• Maintenir l’interdiction de mouvements des animaux (mise sous quarantaine) Dès que la présence du virus de l'influenza aviaire hautement
pathogène (IAHP) est détectée dans un pays, toutes les personnes
• Restriction de mouvements des personnes : possibilité de sortie limitée avec passage obligatoire par un poste de contrôle avec travaillant dans le secteur avicole doivent prendre des mesures
désinfection des moyens de transport d'hygiène supplémentaires afin d'éviter de véhiculer le virus :
• Si non réalisé dès la suspicion : abattage total des oiseaux présents dans le foyer et incinération et/ou enterrement des animaux morts mesures de 'bio-exclusion' et l'empêcher de circuler : mesures de
ou abattus et de leurs produits* 'bio-confinement'.
• Pratiquer la désinfection complète des bâtiments, matériels et parcours infectés*
• Pratiquer un vide sanitaire total de 21j Principes de bio-exclusion :
Autour du foyer :
- Déterminer les principales voies de pénétration du virus dans les
unités de production;
Dans un rayon de 3 ou 5 km (limites fixées selon la concentration de volailles présentes dans la zone et les risques épidémiologiques associés)
• Pratiquer l’abattage total des volailles présentes dans cette zone (si indemnisation prévue)
ou - Centrer les actions sur les principales voies de pénétration afin de
• Vacciner* les volailles les réduire
et
• Interdire tous les mouvements de volailles et de leurs produits et limiter les mouvements des personnes (sorties obligatoires de la zone Maintenir les mesures jusqu'à ce que le risque disparaisse
par des postes de contrôle et de désinfection des moyens de transport)
Dans un rayon de 5 à 10 km (voire plus) Principes de bio-confinement :
• Vacciner* les volailles
• Interdire tous les mouvements de volailles et de leurs produits
• Limiter les mouvements des personnes (sorties obligatoires de la zone par des postes de contrôle et de désinfection des moyens de - Circonscrire l'infection aux unités avicoles pour réduire le risque de
transmission aux volailles, aux villages, aux zones et aux régions
transport) avoisinants;
Sur tout le reste du territoire
• Interdire les marchés de volailles et autres rassemblements d’oiseaux (courses, foires, expositions,...) - Déterminer et appliquer des mesures pratiques pour réduire la
• Renforcer la surveillance des élevages de volailles transmission entre oiseaux;
• Renforcer les mesures de bio-sécurité* dans les élevages
- Centrer l'attention et les actions sur les principales voies par
• Renforcer les contrôles des mouvements à l’intérieur du pays et aux frontières lesquelles le virus pourrait "sortir de l'exploitation ou du village", et se
propager
*voir fiches avec les méthodes conseillées
Les limites des différentes zones (infectée, protection, surveillance) sont définies par les autorités sanitaires pour chaque pays dans le Les mesures de bio-confinement s'appliquent dans l'intérêt des
plan de lutte national. communautés villageoises.
L'ABATTAGE des volailles infectées fait partie du bio-confinement

Rappel : Normes de sécurité pour les personnes : avec l'objectif d'empêcher que le virus ne sorte de la ferme ou du
village, colporté par des oiseaux vivants (domestiques ou avifaune).
Porter : pour les yeux des lunettes de protection, pour le nez et la bouche des masques FFP2, des blouses jetables, des gants solides, des bottes/couvre-bottes
jetables.
La vaccination contre la grippe humaine classique des personnes à risque (éleveurs, vétérinaires, agents sanitaires,...) est conseillée pour limiter les possibilités de
réassortiment du virus de la grippe aviaire avec le virus de la grippe humaine.
REALISATION des PRELEVEMENTS ACHEMINEMENT des ECHANTILLONS
Normes de sécurité pour les personnes Organisation du transport :
Etiquetage du colis :
Porter : - lunettes de protection, Avant tout envoi contacter le laboratoire de référence destinataire (respect des
- des masques FFP2 conditions d’expédition du colis et d’importation des échantillons : règles d’étiquetage, Doit comporter le label UN 3373 (fourni avec le carton de
- des blouses jetables documents d’accompagnement,…). transport) et un label correspondant au type de froid
- des gants solides (carboglace ou azote liquide utilisé).
- des bottes / couvre-bottes jetables Le transport doit être le plus rapide possible et ne devrait pas excéder 72 heures sous
peine de rupture de la chaîne du froid et de dénaturation des échantillons. Un étiquetage spécifique peut être exigé par la
Réalisation : réglementation du pays destinataire (voir au préalable à
- sur animaux vivants Assurer le transport par fret aérien selon la réglementation internationale IATA. En aucun l’envoi avec le laboratoire de référence ciblé)
- Ecouvillonnages trachéaux, cloacaux ou fèces frais (au cas, une compagnie aérienne ne permettra à une personne d’être accompagné par un tel
moins un gramme de fèces) colis.
- Sang coagulé, sérum Documents à fournir :
- sur animaux morts Contraintes de transport :
- Contenu intestinal (fèces), écouvillonnages cloacaux ou Selon les réglementations des pays concernés
trachéaux. - Respecter une chaîne du froid intégrale.
- Prélèvements de trachée, poumons, sacs aériens, - Les échantillons prélevés doivent arriver dans de bonnes conditions et sans fuite (voir En général :
intestins, rate, reins, cerveau, foie et cœur règles d’emballage). - Permis d’exportation du pays expéditeur
- Cadavres entiers et frais (mort <24h) - Permis d’importation du pays destinataire (à
La réglementation sur les produits dangereux (The Dangerous Goods Regulations : DGR) demander au préalable au laboratoire destinataire de
Technique d’écouvillonnage : introduire dans le cloaque fixe des exigences précises pour l’emballage et le transport des échantillons pour diagnostic référence OIE).
un écouvillon stérile, le placer ensuite dans un tube par voie aérienne, qui sont obligatoirement à suivre. - Facture pro-forma de déclaration de la valeur
contenant un milieu de conservation (cryoval de 2ml). du produit.
Emballage : - Déclaration de l’expéditeur pour marchandises
Conditions de conservation : dangereuses :.
Milieu PBS avec antibiotiques nécessaire dans les Il doit comprendre 3 éléments :
cryovals . - un premier contenant étanche Cf. Procédures spécifiques pour envoi aux
+4 °C si envoi au laboratoire sous 48 h - un contenant secondaire étanche laboratoires de Weybridge (UK) et Padova (It)
- 80 °C si délai supérieur (-20 °C à défaut) - un emballage externe de rigidité adéquate avec une surface au moins de dimension
minimale 100mm x 100mm. .
Chaîne du froid :
Utiliser de la carboglace (rapport d’1 volume de
prélèvement pour 6 volumes de carboglace) ou d’azote
liquide dans des containers appropriés (au minimum -
80°C).
Contribution : CIRAD-EMVT
ANNEXE 9-a
Procédure d’envoi de prélèvements biologiques pour le diagnostic de

l’Influenza Aviaire au laboratoire de Virologie Aviaire de Weybridge, UK
EXIGENCES POUR L’EMBALLAGE :
Tous les matériaux doivent être placés dans des récipients étanches. Au moins deux couches
d'emballages internes doivent être utilisées et le premier contenant doit être désinfecté.
L'emballage externe doit être étiqueté comme suit :
ANIMAL PATHOGEN - PACKAGE ONLY TO BE OPENED AT THE AVIAN VIROLOGY SECTION, VLA,
WEYBRIDGE. IMPORTATION AUTHORIZED BY LICENCE NUMBER.... *..... ISSUED UNDER the
IMPORTATION OF THE ANIMAL PATHOGENS ORDER
* Insérer le NUMERO de PERMIS suivant :

Pour la maladie de Newcastle, l’Influenza Aviaire et d'autres virus : AHZ/2232/2002/5
ADRESSE D'EXPÉDITION :
Avian Virology
VLA Weybridge, New Haw, Addlestone, Surrey KT15 3NB, Royaume-Uni
Les paquets doivent être envoyés par VOIE AÉRIENNE : postale ou fret.
Si les prélèvements sont envoyés par fret, il est essentiel que le numéro de LTA (Airway Bill Number)
soit communiqué au laboratoire par fax, téléphone, ou email avant l'arrivée des prélèvements.
Les colis envoyés par fret aérien devraient être clairement étiquetés : CARE OF TRANSGLOBAL
pour assurer leur prise en charge rapide à l'aéroport.
AVIS D'EXPÉDITION :
Informer obligatoirement le laboratoire de virologie aviaire, VLA-Weybridge, des détails concernant le

colis avant de l’expédier.
Contact :
Dr. I. H. Brown
Téléphone Direct : 01932 357 339 ; FAX Direct : 01932 357 239 ;
Email : i.h.brown@vla.defra.gsi.gov.uk
Dr. D.J. Alexander
Téléphone Direct : 01932 357 466 ; FAX Direct : 01932 357 856 ;
Email : d.j.alexander@vla.defra.gsi.gov.uk
ANNEXE 9-b
Procédure d’envoi de prélèvements biologiques à l’Instituto Zooprofilattico

Sperimentale delle Venezie (IZSVe), Département de Virologie, PADOVA,
Italie
IMPORTANT : contacter l’IZS afin de discuter des détails avant toute expédition. Donner le nom de
la personne contact avec qui l’IZS correspondra.
TYPES D’ECHANTILLONS :
Les échantillons soumis pour analyse peuvent être des isolats de virus effectués dans le pays demandeur
ou des échantillons cliniques, comme des tissus ou écouvillons prélevés sur des oiseaux malades.
TEMPERATURE :
Quand c’est possible, les prélèvements devraient être envoyés entre 0 et 4 °C et les serum devraient être
envoyés congelés (sous carboglace)
EXIGENCES POUR L’EMBALLAGE :

Toutes les matières doivent être placés dans des récipients étanches. L’emballage doit être composé d’ (1)
un premier contenant, (2) un second emballage et (3) un emballage externe rigide.
L’emballage des « diagnostic samples » (code UN3373) devrait être conforme aux normes IATA PI650.
L’emballage des « virus isolates » (code UN2814 pour le virus HPAI et UN2900 pour le virus ND) devrait
être conforme aux normes IATA PI602.
Assurez-vous de contacter des transporteurs fournissant des boîtes respectant ces exigences.
DOCUMENTS D’ACCOMPAGNEMENT pour le contrôle douanier :

Le Permis d’import du Ministère de la Santé Italien (fourni par l’IZSVe) et une facture pro forma en 8
exemplaires signés (un modèle sera fourni par l’IZSVe) doivent être attachés fermement à la boîte.
MODALITES D’EXPEDITION :
Envoi possible par fret sur les aéroports de Milan Malpensa (Code aéroport : MXP), Rome Fiumicino
(Code : FCO) ou Venice Marcopolo (Code : VCE) –rq : pour ce dernier « diagnostic samples » uniquement
ADRESSE D'EXPÉDITION :
OIE/FAO and National Reference Laboratory for Newcastle Disease and Avian Influenza
Virology Department
Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie
Viale dell’Universita’ 10
35020 Legnaro
Padova ITALY
NOTIFICATION D’EXPEDITION :
Avant expédition, envoyer les informations suivantes à la personne contact de l’IZSVe :
- date d’expédition
- Compagnie aérienne et Numéro de Vol
- Numéro de LTA (Airway bill)
- Nom de l’aéroport de destination
- Date d’arrivée en Italie ; TRES IMPORTANT :organiser l’expédition pour une arrivée à
l’aéroport en Italie du Lundi au Jeudi uniquement
PERSONNES CONTACT à L’IZSVe :
William Dundon : E-mail : wdundon@izsvenezie.it

Giovanni Cattoli : E-mail : gcattoli@izsvenezie.it
Alessandro Cristalli : E-mail : acristalli@izsvenezie.it
Maria Serena Beato : E-mail : msbeato@izsvenezie.it
Si les prélèvements sont envoyés par fret, il est essentiel que le numéro de LTA (Airway Bill Number) soit
communiqué au laboratoire par fax, téléphone, ou email avant l'arrivée des prélèvements.
PRELEVEMENTS sur AVIFAUNE LIMITER INTERFACE
VOLAILLES / AVIFAUNE
Modalités : Conservation des prélèvements : Mesures à recommander en élevage :

Prélever des écouvillons cloacaux sur les
oiseaux sauvages trouvés morts ou malades Les cryovals doivent être maintenus à - 40 - 60°C jusqu’au laboratoire
dans le cadre de suspicion d’IA. Si des élevages sont voisins de la zone où des
de référence de l’OIE par utilisation d’azote liquide sur le terrain et de
oiseaux sauvages sont suspects :
carboglace pour le transport aérien.
Si les oiseaux sont morts, ils devront être en
bon état de conservation au moment du Le transport doit être le plus rapide possible et ne devrait pas excéder - Eviter la divagation des oiseaux
prélèvement (mort <24h). - Conduire l’élevage dans un poulailler couvert
72 heures jusqu’au laboratoire de destination sous peine de rupture de
- Mettre en place des barrières et grillages autour
la chaîne du froid et de dénaturation des échantillons.
Technique de prélèvement : des élevages à proximité de zones de repos et
de nidification d’oiseaux sauvages.
Les prélèvements en cas de suspicion d’IA doivent être acheminés au
Contention de l’oiseau avec des gants de laboratoire national vétérinaire en collaboration avec les Services - Empêcher le contact des volailles suspectes
protection avec d’autres espèces de volailles voisines.
Vétérinaires pour envoi au laboratoire de référence de l’OIE.
Introduire dans le cloaque un écouvillon stérile
Le placer ensuite dans un tube (cryoval de Voir également la fiche biosécurité
Normes de sécurité pour le personnel :
2ml).
Casser la tige de l’écouvillon pour fermer le
cryoval. des lunettes de protection
des masques FFP2
Ce cryoval doit contenir une préparation de des blouses jetables
conservation des virus – milieu PBS + des gants
anitbiotiques - comme indiqué dans le Manuel des bottes/couvre-bottes jetables
de l’OIE.
Tout ce matériel est prévu pour l’ensemble des personnes pouvant être
en contact.
Contribution : CIRAD-EMVT
LABORATOIRES de REFERENCE OIE RESEAU OFFLU
• Dr Ortrud Werner • Dr Paul W. Selleck OFFLU : Réseau scientifique mondial conjoint OIE/FAO pour le
National Reference Laboratory for Highly pathogenic CSIRO, Australian Animal Health Laboratory (AAHL) contrôle de l'influenza aviaire
avian influenza and Newcastle disease, Institute of 5 Portarlington Road, Private Bag 24, Geelong 3220,
Diagnostic Virology, Federal Research Centre for Virus Victoria
AUSTRALIE En avril 2005, l'OIE et la FAO ont lancé un nouveau réseau
Diseases of Animals (BFAV)
Tel: (61.3) 52.27.50.00 Fax: (61.3) 52.27.55.55 scientifique mondial pour le soutien aux services vétérinaires dans
Insel Riems, Boddenblick 5a, 17493 Greifswald - Insel
Email: paul.selleck@csiro.au le contrôle de l'influenza aviaire (OFFLU).
Riems
ALLEMAGNE
Tel: (41) 383.517.152 Fax: (41) 383.517.151 • Dr B. Panigrahy Les objectifs du réseau visent à:
Email: ortrud.werner@rie.bfav.de National Veterinary Services Laboratories
P.O. Box 844, Ames, IA 50010 - collaborer avec le réseau OMS de surveillance de la grippe chez
• Dr Ian Brown ÉTATS-UNIS D'AMÉRIQUE l'homme pour ce qui concerne les questions liées à l'interface
VLA Weybridge Tel: (1.515) 663.75.51 Fax: (1.515) 663.73.48 animal-homme, y compris la préparation précoce de vaccins pour
New Haw, Addlestone, Surrey KT15 3NB Email: brundaban.panigrahy@aphis.usda.gov l'homme
ROYAUME-UNI
Tel: (44.1932) 34.11.11 Fax: (44.1932) 34.70.46 • Dr Ilaria Capua - développer la recherche sur l'influenza aviaire
Email: i.h.brown@vla.defra.gsi.gov.uk Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie,
Laboratorio Virologia - fournir de l'expertise vétérinaire et de nouvelles compétences
Via Romea 14/A, 35020 Legnaro, Padova aux Pays Membres pour les aider dans le contrôle et l'éradication
• Dr H. Kida de l'influenza aviaire.
Graduate School of Veterinary Medicine, Hokkaido ITALIE
University, Department of Disease Control Tel: (39.049) 808.43.69 Fax: (39.049) 808.43.60
Email: icapua@izsvenezie.it Grâce à une coopération scientifique active et permanente, le
Kita-18, Nishi-9, Kita-ku, Sapporo 060-0818 réseau élabore et harmonise des projets synergiques de recherche
JAPON dans différentes régions du monde. L'échange permanent des
Tel: (81.11) 706.52.07 Fax: (81.11) 706.52.73 informations scientifiques les plus récentes et d'expertise dans les
Email: kida@vetmed.hokudai.ac.jp méthodes efficaces de contrôle de la maladie animale, constitue
une approche proactive pour aider les pays infectés à éradiquer la
maladie et les pays indemnes à se protéger.
Pour plus d'informations, veuillez consulter le site web de

OFFLU (http://www.offlu.net/).
METHODES D’ABATTAGE METHODES DE DESTRUCTION
Dans le cas de la grippe aviaire hautement pathogène (IAHP), les Devenir des cadavres et matériaux infectés non désinfectables :
animaux ne doivent pas être abattus pour la consommation humaine.
Leurs produits ne doivent pas être commercialisés, ni consommés. - Ils doivent être détruits, notamment pour tous les supports en bois et
en fibres difficilement désinfectables.
Des méthodes d’abattage humanitaire sont préconisées dans le Code - Déplacer le moins possible les cadavres pour éviter la propagation du
Sanitaire pour les Animaux Terrestres de l’OIE : virus. Il est conseillé de les enterrer sur place.
- méthodes mécaniques : pistolet à percussion Méthodes de destruction :

- méthodes électriques : électrocution
- méthodes gazeuses : CO2 en mélange avec air ou azote ou gaz inerte - Enfouissement :
- autres : injection de barbituriques, addition d’anesthésique aux
aliments ou à l’eau de boisson puis mise à mort par les autres Creuser profondément et disposer les cadavres. Recouvrir de chaux vive
méthodes et non éteinte.
En cas d’impossibilité d’appliquer ces méthodes : - Incinération :
- Les animaux peuvent être abattus par dislocation cervicale (étirement Brûler les cadavres sur bûcher ou avec un liquide inflammable et enterrer
et torsion du cou) les restes comme décrit précédemment.
Méthode à proscrire :
- Egorgement (l’effusion de sang peut être un facteur supplémentaire de

diffusion du virus)
DESINFECTION des FOYERS Forme et concentration finale Temps de pose et précisions d’utilisation
1. Savons et détergents Solide ou liquide 10 minutes
2. Agents oxydants
Liquide concentré (10-12% de chlore actif),
2a. Hypochlorure de sodium 10-30 minutes.
2-3% de chlore actif (1 :5)
Non efficace en présence de matières organiques. Moins stable à température
Solide ou en poudre ; tiède ou chaude.
2b. Hypochlorure de calcium 2-3% de chlore actif (poudre : 20 g/l,
solide : 30g/l)
10 minutes.
2c. Virkon® 2%
Très bon désinfectant.
3. Alcalins
3a. Hydroxyde de sodium (soude caustique) (NaOH).
Paillettes 10 minutes.
Ne pas utiliser avec de l'aluminium et métaux
2% ( 20 g/litre) Ne pas utiliser en présence d’aluminium ni de métaux dérivés.
similaires
Poudre
10 minutes.
3b.Carbonate de soude (Na2CO3. 10 H2O) ou 4% (40 g/litre)
Recommandé en présence de fortes concentrations de matières organiques.
anhydre (Na2CO3) Cristaux
30 minutes.
10% (100 g/l)
4. Acides
10 minutes
Acide concentré (10 Molaire)
4a. Acide Chlorhydrique Corrosif sur de nombreux métaux ; à utiliser seulement s'il de meilleurs
2% (1 :50)
désinfectants ne sont pas disponibles.
Poudre 30 minutes
4b. Acide Citrique
0.2% (2 g/l) Sans danger pour désinfecter les vêtements et le corps
15-24 heures.
5. Formaldéhyde à l'état gazeux Dangereux ; seulement si d’autres méthodes ne peuvent pas être employées ;
usage uniquement par du personnel expérimenté
Source : Ausvetplan
Le virus de l’IA aime l'humidité et la saleté, les fientes d'oiseaux sont donc le plus grand danger Ce virus survit très bien dans l'eau donc un
simple lavage l'aidera à pénétrer davantage dans des zones où d'autres oiseaux pourront alors le contracter. Il est donc capital de nettoyer puis
de désinfecter complètement les objets, surfaces qui ont été souillés par des déjections d'oiseaux dans l’élevage (cages, chaussures,
vêtements,..) avec des détergents (eau savonneuse) et les désinfectants conseillés.
MODALITES de DESINFECTION et de DESTRUCTION
Elément infecté Désinfectant / Produit chimique / Procédure

Oiseaux morts / Carcasses Enterrer ou brûler + chaux vive
Poulaillers / matériels / cages Savons et détergents, agents oxydants, acides
Humains Savons et détergents
Équipement électrique Formaldéhydes
Citernes d'eau Drainer dans les pâturages si possible
Étangs utilisés par les oiseaux Drainer dans les pâturages si possible
Aliments de volailles Enterrer
Effluents, excréments Enterrer ou brûler, utiliser acides et/ou alcalins
Habitations humaines Savons et détergents, agents oxydants
Machines, véhicules Savons et détergents, acides
Vêtements Savons et détergents, agents oxydants, acides
Parcours de volailles Chaux vive
Source : Ausvetplan
VACCINATION - VACCINATION
Il est nécessaire pour tous les pays de se Modalités de vaccination :

constituer un stock stratégique de vaccins Les vaccins existants sont sous forme injectable.
(permettant de vacciner au minimum 20% de la Les vaccins inactivés nécessitent deux injections (délai moyen de 2 à 4 semaines, se conformer aux
population de volailles du pays). prescriptions détaillées du fabricant)
L’importation et la distribution des vaccins
doivent être maîtrisées par l’Etat.
Procédures de vaccination :
Usage des vaccins : - vaccination large en anneau autour des établissements ou zones infectées : 10 km ou davantage
selon risques évalués de propagation (mouvements illégaux d’animaux ou de leurs produits, forte
- Pour prévenir la contamination d’une zone indemne à partir concentration de volailles dans la zone, faible niveau de biosécurité des élevages)
d’une zone infectée à l’intérieur d’un même pays ou dans un - initier la vaccination dans les élevages industriels ou semi industriels
pays frontalier - puis organiser des rassemblements de volailles à vacciner dans les communautés villageoises
- enregistrer au niveau de l’Etat (Services Vétérinaires) les vaccins utilisés, les protocoles
- Pour prévenir une extension des foyers existants appliqués, et les sites vaccinés, les dates de réalisation, les vaccinateurs responables.
Types de vaccins : Fournisseurs de vaccins :
Les vaccins suivants sont les plus largement utilisés : La liste des fournisseurs existants connus est mise à jour et disponible en format pdf sur le site web de
l’OIE (http://www.oie.int). La version de la liste à ce jour est fournie en annexe.
- Vaccins inactivés homologues (H5N1 dans le contexte
actuel) Chaque fabriquant de vaccin est tenu de respecter les normes OIE de production des vaccins.
- Vaccins inactivés hétérologues (H5Nx). Néanmoins, il convient de se méfier des fournisseurs de vaccin à bas prix (possibilité de non respect
des règles de fabrication et donc de vaccin inefficace).
Un seul type de vaccin doit être utilisé dans un même pays.
Respecter la chaîne du froid pour la conservation des vaccins.

Virus Animaux Et Végétaux - 015404

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Virus Animaux Et Végétaux - 015404

Transféré par

Informations du document

Titre original

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Virus Animaux Et Végétaux - 015404

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Université de Lomé

Ecole Supérieure des Techniques

Biologiques et Alimentaires (ESTBA)

B.P. 1515 Lomé Togo.

COURS DE VIROLOGIE GENERALE

Par: Dr Djodji Kossikouma ADJATA (Mc)

Université de Lomé Ecole Supérieure d’Agronomie

Laboratoire de Virologie et de Biotechnologie

B.P.1515 Lomé Togo

PREMIERE PARTIE : LES VIRUS ET VIROIDES

PREMIERE SECTION : LES PHYTOVIRUS.

CHAPITRE I. GENERALITES ET CARACTERISTIQUES.

CHAPITRE II. EXTRACTION, PURIFICATION,

CHAPITRE III. METHODES D’IDENTIFICATION DES

CHAPITRE IV. TAXONOMIE ET CLASSIFICATION.

CHAPITRE V. METHODES DE LUTTE.

CHAPITRE VI. QUELQUES EXEMPLES DE MALADIES

DEUXIEME SECTION LES VIROIDES.

CHAPITRE VII. GENERALITES.

CHAPITRE IX. METHODES D’IDENTIFICATION.

CHAPITRE X. METHODES DE LUTTE.

CHAPITRE XI. QUELQUES EXEMPLES DE MALADIES A

DEUXIEME PARTIE : LES VIRUS DES ANIMAUX, DES

CHAPITRE XII.GENERALITES, STRUCTURE ET

CHAPITRE XIII. REPLICATION DES VIRUS.

CHAPITRE XIV. CULTURE ET IDENTIFICATION DES VIRUS

CHAPITRE XV. PRINCIPAUX GROUPES DE VIRUS

CHAPITRE XVI. LES VIRUS DES BACTERIES, DES

PREMIERE SECTION : LES PHYTOVIRUS

CHAPITRE I. GENERALITES ET CARACTERISTIQUES DES

1.1 Introduction générale

1.1.1 Introduction, objectifs et contenu du cours

Les maladies à virus ou viroses prennent une importance

- Permettre aux étudiants d’acquérir une vue d’ensemble du

- Connaître la structure et les propriétés physico-chimiques des

- Connaître les principales maladies virales des animaux et des

- Acquérir et maîtriser les principales méthodes d’identification

- Connaître les implications du choix de ces méthodes

1.1.1.3 Contenu et déroulement du cours (pour le

- Modalités : 20 heures de cours magistraux, deux (2) séances

Les virus sont des nucléoprotéines infectieuses cristallisables

Les phytovirus sont des nucléoprotéines infectieuses qui ne

d) En 1898, Béijerinck (Delft, Pays-Bas) confirma cette

e) En 1935, l'Américain Stanley obtient par cristallisation à

ENCART 1.3 : A LA DECOUVERTE DE LA NATURE

VERS : ANNELIDES, HELMINTHES

Groupes de virus Animal Végétal Champignon Bactérie

1.7 Nature, morphologie et constitution des virus

Les virus se différencient des microorganismes tels que

a) Ils contiennent soit du DNA, soit du RNA, jamais les deux

La morphologie des particules virales a été principalement

Dans beaucoup de cas, lorsqu’un phytovirus est injecté dans le

La réaction antigène anticorps peut être mise en évidence in

1.8.3 Caractéristiques biochimiques.

Les virus présentent une certaine communauté dans leur

La nature de l’acide nucléique permet de classer les virus en

La molécule composée du sucre et d’une de ces bases est

On a montré chez les virus à ARN que le matériel génétique

- D’éprouver le pouvoir infectieux de chacun des