Enzymes & Coenzymes

Enzymes & Coenzymes

Dr Mariem BOUDAYA, Dr Kamel JAMOUSSI.

Objectifs
1. Expliquer le rôle de biocatalyse des enzymes
2. Décrire les principales caractéristiques structurales des
enzymes
3. Expliquer l’origine et les conséquences des spécificités
enzymatiques
4. Définir les principales familles d’enzymes
5. Définir l’activité enzymatique
6. Décrire et expliquer le comportement des enzymes vis-à-vis
d’une variation de pH, de température ou de concentration
d’enzyme
7. Décrire et expliquer le comportement d’une enzyme
Michaélienne vis-à-vis d’une variation de concentration de
Substrat
8. Expliquer l’inhibition enzymatique
9. Décrire les modes de régulations des voies métaboliques
médiés par les enzymes
10. Définir les différents types de coenzymes
11. Décrire les modes d’implication de ces coenzymes dans les
réactions de catalyse
12. Expliquer l’importance des concepts étudiés dans le cadre
des erreurs innées du métabolisme.
13. Expliquer l’importance des concepts étudiés dans le cadre de
la biochimie clinique
 Partie 2 : Les protéines, de la structure à la fonction

1. Introduction
Les enzymes sont des biocatalyseurs protéiques. Ils interviennent à tous
les niveaux des voies métaboliques. Si le bon fonctionnement de ces
enzymes est nécessaire pour une homéostasie adéquate, leur
dysfonctionnement se traduit souvent par des manifestations
pathologiques.

2. Enzymes, propriétés générales

2.1. La catalyse
Les enzymes accélèrent d’un facteur supérieur à 106 des réactions
thermodynamiquement possibles. Au cours de cette réaction un
substrat (S) se transforme en produit (P).
Comme tout catalyseur, une enzyme augmente la vitesse de réaction en
abaissant l’énergie d’activation (figure 1).

Figure 1 : Energie d’activation d’une réaction chimique non catalysée

Une enzyme, également, ne modifie pas les concentrations de S et de P

à l’équilibre. L’enzyme est retrouvée intacte à la fin d’une réaction. Ceci
lui permet de catalyser à nouveau une autre réaction. Une faible
concentration d’enzyme sera ainsi suffisante pour obtenir une catalyse
importante.

2.2. La structure
La majorité des enzymes du monde biologique sont de nature
protéique. Certaines enzymes possèdent une structure monomérique.
D’autres possèdent une structure polymérique (structure quaternaire
formée de l’association par des liaisons non covalentes de plusieurs
sous unités).

Dès le début du siècle (1913), Léonor Michaelis avait suggéré la

formation d’un complexe entre l’enzyme et le substrat comme préalable
à la catalyse. L’enzyme est une macromolécule protéique, alors que le
 Enzymes & Coenzymes

substrat est en général une petite molécule, d’où l’hypothèse que seule
une petite partie de la structure de l’enzyme intervient dans la fixation
du substrat. Cette partie s’appelle le site où centre actif (figure 2).
Les liaisons intervenant dans la formation du complexe ES sont les
mêmes que celles qui sont responsables du maintien de la structure
spatiale des protéines (liaisons de faibles énergies).
La formation du complexe ES nécessite l’interaction entre des
groupements fonctionnels de la molécule de substrat et des chaînes
latérales de certains acides aminés de l’enzyme. Ces acides aminés du
site actif ne sont pas proches dans la séquence mais le sont dans
l’espace. Les acides aminés du site actif peuvent être divisés en 2
groupes :
- ceux qui interviennent dans la reconnaissance spatiale du substrat
en formant avec lui des liaisons non covalentes.
- ceux qui participent à la transformation chimique du substrat en
produit et qu’on appelle acides aminés catalytiques.

Figure 2 : Le site actif d’une enzyme et sa relation avec la structure primaire

de la protéine ainsi qu’avec le substrat (S)

La formation du complexe Enzyme-Substrat est caractérisée par une

spécificité plus ou moins étroite. Emil Fischer a proposé en 1890 le
modèle de la clé et de la serrure pour expliquer cette spécificité. Ce
modèle suppose une conformation du site actif adaptée à la structure de
la molécule de substrat.
En 1958, Daniel E Koshland Jr a proposé un modèle plus flexible qui
s’oppose au modèle rigide de Fisher. Ce modèle de l’ajustement induit
suppose un changement de la structure tridimensionnelle du site actif
au moment de la fixation du substrat. Cet « ajustement » permet une
meilleure adaptation à la conformation du substrat.

De nombreuses enzymes ont besoin pour exercer leur activité

catalytique d’un cofacteur. Il existe plusieurs sortes de cofacteurs
(figure 3).
a. Ions métalliques : un nombre important d’enzymes requièrent un
cation métallique pour leur activité. On les appelle des métallo-
 Partie 2 : Les protéines, de la structure à la fonction

enzymes. Un exemple est le cation Zn2+ présent dans le site actif de

nombreuses enzymes. Cet ion fortement lié à la protéine participe à la
fois à la reconnaissance du substrat et à la catalyse. Il joue aussi un rôle
dans la stabilité de la conformation spatiale efficace du site actif.
D’autre cations sont rencontrés : Mg2+, Mn2+, Ca2+, Cu+, Fe2+.
b. Groupements prosthétique ou coenzymes vrais : ce sont des
molécules organiques de petite taille et de nature non protéique. Ils sont
fortement liés au site actif de l’enzyme, souvent par des liaisons
covalentes.
c. coenzymes mobiles ou cosubstrats : sont capables de se fixer
réversiblement au site actif de l’enzyme.

Figure 3 : Les différents types de Cofacteurs enzymatiques

2.3. Spécificité de l’action enzymatique

La spécificité est l’une des caractéristiques principales de l’action
enzymatique.
La spécificité se manifeste, d’une part vis-à-vis du type de réaction
catalysée par l’enzyme, d’autre part vis-à-vis du substrat de la réaction.

Spécificité liée à la réaction : une enzyme donnée ne peut catalyser

qu’un seul type chimique de réaction. Cette spécificité de réaction
est liée à la nature chimique des aminoacides catalytiques du site
actif ainsi qu’à leur disposition dans l’espace.

Spécificité liée au substrat : une enzyme donnée catalyse une

réaction sur un type chimique donné de substrat. Cette spécificité
est liée à la nature chimique et à l’arrangement spatial des
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aminoacides de reconnaissance du site actif. Elle peut être très large

(l’enzyme agit sur une variété de substrats) ou au contraire, très
étroite (l’enzyme ne transforme qu’un seul substrat). Un grand
nombre de possibilités intermédiaires existent.

- Spécificité liée à la nature de la liaison : exemple dans

le cas des « hydrolases » on distingue, selon le type de
liaison, des osidases, des estérases, des amidases.
- Spécificité de groupe : parmi les estérases, par
exemple, on peut faire la distinction entre les carboxy-
estérases, spécifiques des liaisons ester où sont engagés des
acides organiques, et les phospho-estérases qui hydrolysent
les esters phosphoriques.
- Spécificité absolue pour un seul substrat : certaines
enzymes n’agissent que sur la L-arginine )
- Stéréospécificité : beaucoup d’enzymes sont capables
de distinguer deux isomères optiques l’un de l’autre et n’agir
que sur l’un d’eux (ex : L- aminoacide oxydase). Un certain
nombre d’enzymes font la distinction entre les
conformations α et β dans les liaisons osidiques. (Ex : α et β-
glucosidases). D’autres enzymes ont une stéréospécificité
vis-à-vis de l’isomérie cis/trans.

2.4. Classification des enzymes

Les enzymes sont classées selon le type de réactions qu’elles catalysent.
Un certain nombre d’enzymes sont fréquemment désignées à l’aide de
noms communs (pepsine, trypsine, chymotrypsine...) Ces noms
n’apportent guère d’information quant au substrat et à la réaction
catalysée. Dans certains cas, pour désigner les enzymes catalysant des
réactions d’hydrolyse, on utilise le nom du substrat suivi du suffixe « ase »
(peptidase, phosphatase, arginase…). En 1961 une classification et une
nomenclature systématiques, beaucoup plus rigoureuses ont été proposées.
Cette classification comporte six classes divisées en sous-classes,
comportant elles-mêmes des sous-classes, qui sont numérotées.
Dans les six classes principales sont respectivement rassemblés les enzymes
de même spécificité d’action (figure 4) :

Les oxydoréductases (classe 1) : catalysent le transfert d’équivalents

réducteurs entre deux systèmes redox.
Les transférases (classe 2) : catalysent le transfert d’autres groupes
d’une molécule à une autre.
Les oxydoréductases et les transférases nécessitent en général un
coenzyme.
 Partie 2 : Les protéines, de la structure à la fonction

Les hydrolases (classe 3) : transfèrent également des groupes mais

dans ce cas l’accepteur est toujours une molécule d’eau.
Les lyases (classe 4) : souvent désignées également sous le nom de
synthases, catalysent la rupture ou la liaison de composés
chimiques.
Les isomérases (classe 5) : déplacent des groupes à l’intérieur d’une
molécule sans que la formule brute du substrat ne varie.
Les ligases (classe 6) : catalysent des réactions d’association qui
nécessitent de l’énergie et sont donc toujours couplées à l’hydrolyse
de nucléosides triphosphate.

Figure 4 : Les différentes classes d’enzymes

(D’après Atlas de poche de biochimie Klaus-Heinrich Röhm, Jan Koolman. Medecine Sciences Publications 1997)

3. Cinétique enzymatique Michaélienne

La cinétique enzymatique étudie la vitesse des réactions enzymatiques.

L’approche cinétique des réactions enzymatiques fournit des informations
sur le mécanisme de la réaction, la spécificité de l’enzyme par rapport à son
substrat, la présence éventuelle d’effecteurs ainsi que les propriétés
physiques de l’enzyme.

Définition de l’activité enzymatique ou vitesse enzymatique : c’est la

quantité de substrat qui disparait (ou de produit qui apparait) par unité de
temps.

Activité enzymatique V = - d[S]/dt = d[P]/dt

Cette activité sera exprimée en « unité enzymatique » ou en « katal ». Une

unité enzymatique (U), est la quantité d’enzyme qui catalyse la formation
d’une micro mole de produit par minute.
Un katal (kat) est la quantité d’enzyme qui catalyse la formation d’une
mole de produit par seconde.
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V = - d[ S ]/dt = d [ P ]/dt = k.[S ]

La vitesse v suit dans le temps la décroissance de [S]. Donc, v est un

paramètre variable que l’on peut mesurer seulement dans des conditions
initiales et on parle de vitesse initiale.

Vitesse initiale de la réaction

Si la concentration [S] est très élevée, on peut considérer qu’elle reste
pratiquement constante au début de la réaction (conditions initiales).
Si [S] = constante, donc v = k [S] = constante. C’est la vitesse V0 ou vitesse
initiale.
Si l’on porte sur un graphique la concentration en produit formé en
fonction du temps, on voit que la courbe exponentielle comporte une partie
initiale quasi rectiligne. La pente, c'est-à-dire la vitesse y est constante.
En d’autres termes. La mesure de la pente de la tangente à la courbe au
point = 0 donne la valeur de la vitesse initiale V0.

Figure 5 : Evolution de la concentration de produit dans le temps et calcul de

la vitesse initiale

Etude de la relation V0 = f ([S])

L’étude de la cinétique enzymatique doit énormément au travail pionnier
de Leonor Michaelis et Maud Menten (1913). La démonstration qui va
suivre est présentée à titre indicatif.

Dans les conditions initiales, la concentration

de départ en substrat sera très supérieure à
celle de l’enzyme [S]0 >> [E]0. On peut décrire le
processus enzymatique par deux étapes
successives.

- La première est la formation d’un complexe

(enzyme-substrat) par association rapide et
réversible entre le substrat et le site actif de
 Partie 2 : Les protéines, de la structure à la fonction

l’enzyme. Ce complexe ES est dit de Michaelis-

Menten.

ES : complexe de Michaelis-Menten k1 : constante

d’association
k-1 : constante de dissociation k1/k-1 : constante
d’affinité kaff

Habituellement le rapport k1 /k-1 est élevé.

- La deuxième étape ou catalyse est une

succession de réactions intermédiaires impliquant
la transformation du complexe de Michaelis Menten
en complexe enzyme produit. Ce dernier se
dissocie en enzyme libre et en produit.
La constante de vitesse k de cette réaction est
dite constante catalytique (kcat).

Habituellement la catalyse est lente par rapport

à la formation du complexe ES. Donc, la constante
catalytique est très inférieure à celle
d’association k1.

Pendant la phase initiale, la formation de chaque

mole de P correspond à la transformation d’une
mole de ES. La relation v0 = (dP/dt) peut
s’écrire v0 = kcat.[ES].

Hypothèse de l’état stationnaire : cette

hypothèse fut proposée par Briggs et Haldane.
Dans les conditions initiales, pour une
concentration en enzyme [E]0 très inférieure à la
concentration du substrat [S]0, on constate au
bout d’un certain temps (quelques millisecondes)
que la concentration du complexe ES est constante
car il se forme autant de produit qu’il se
consomme de substrat.

[ES] est constante, ce qui veut dire que la

vitesse de formation du complexe ES est égale à
celle de sa disparition.

k1 [E].[S] = k-1.[ES] + kcat.[ES]

Ce qui donne l’équation de Brigg-Haldane :

k1 [E].[S] = (k-1 + kcat).[ES]

Où Km [ES] = [E].[S]
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Avec Km = (k-1 + kcat) /k1

Km est la constante de Michaelis-Menten. Elle

s’exprime en molarité.

Par ailleurs, l’enzyme étant un catalyseur, le

nombre total de ses molécules ne varie pas au
cours de processus. On peut écrire, donc, une
deuxième équation :

[E] + [ES] = [E]0

En remplaçant [E] par [E]0 - [ES] dans l’équation

de Brigg-Haldane, on obtient : Km [ES] = ([E]0 -
[ES]) [S] ou (Km + [S]) [ES] = [E]0 [S]

Graphiquement, cette fonction V0 = f ([S]) est une branche d’hyperbole

Figure 6 : La relation v0 = f([S]) d’une enzyme Michaélienne

On remarquera que la constante Km peut se définir comme la valeur de la

concentration en substrat pour laquelle la vitesse initiale est égale à la
moitié de la vitesse maximale. Cette constante peut aussi être reliée à
l’affinité de l’enzyme pour son substrat : si la constante catalytique est
beaucoup plus petite que celle d’association, on peut assimiler Km à 1/kaff.
La mesure de la constante de Michaelis-Menten est un moyen d’évaluer
l’affinité d’une enzyme pour un substrat : Km sera d’autant plus petite que
l’affinité sera grande.

La représentation de Lineweaver-Burk est une manière d’exprimer la

même relation entre vitesse initiale et concentration de substrat de manière
linéaire. C’est la représentation des doubles inverses :

1/v0 = (Km + [S]) /(vmax[S]) =Km/vmax. 1/[S] + 1/vmax.

 Partie 2 : Les protéines, de la structure à la fonction

Sous cette forme, on a une équation linéaire de type y = ax + b, où la

fonction y est l’inverse de la vitesse initiale, la variable x l’inverse de la
concentration en substrat

Figure 7 : Représentation de Lineweaver-Burk de la relation v0 = f([S]) d’une

enzyme Michaélienne

Cette représentation est plus commode que celle de Michaelis-Menten

pour déterminer graphiquement les constantes cinétiques Km et vmax.

Il est intéressant de noter (figure 6) que pour des concentrations de substrat

proches de la valeur du Km, l’activité enzymatique changera dans le même
sens : si la concentration de substrat diminue l’activité diminue et
inversement. Au niveau de l’organisme, les métabolites/substrats sont
souvent présents à des concentrations proches des Km de leurs enzymes
respectives. Par conséquent, tout changement de concentration de ce
métabolite entrainera un changement d’activité dans le même sens. Il s’agit
là d’un mécanisme d’adaptation ou de contrôle métabolique.

Pour des concentrations de substrat très supérieures au Km (> 10 fois le

Km), l’activité enzymatique sera maintenue constante et maximale. Dans
cette zone de concentration de substrat l’activité enzymatique n’est plus
sensible à la variation de concentration de ce substrat. Elle reste
constamment maximale. Pour certaines enzymes de l’organisme, les
concentrations habituelles intracellulaires de leurs substrats respectifs sont
d’emblée très supérieures aux Km. Ceci obligera les enzymes concernées à
avoir, presque tout le temps, une activité maximale. Là également il s’agit
d’une réponse à un besoin métabolique particulier.

4. Influence de différents paramètres sur la vitesse initiale.

4.1. Influence de la température

L’étude de la vitesse initiale d’une réaction enzymatique en fonction
de la température fait apparaître deux phases. Dans la zone de
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températures les plus basses, la vitesse de la réaction augmente quand

la température augmente. Ceci en raison de l’énergie thermique qui
aide à vaincre la barrière énergétique d’activation. Au-delà d’une
certaine température qui varie selon les enzymes (45° environ), on
assiste à la dénaturation de la protéine et donc une chute de l’activité.

Figure 8 : Influence de la température du milieu réactionnel sur l’activité de

l’enzyme

4.2. Influence du pH
Les variations de pH peuvent avoir un effet au niveau de l’enzyme, et
au niveau du substrat. Ces variations de pH provoquent des
modifications du degré d’ionisation et des changements de
conformation.
On peut définir un pH optimum pour la transformation enzymatique
d’un substrat dans un milieu de composition donnée. De part et
d’autre de ce pH optimum, la vitesse initiale de la réaction décroît
rapidement. En général, à 2 unités de pH de part et d’autre du pH
optimum la vitesse est négligeable (Au moins 100 fois plus faible).

Figure 9 : Influence du pH du milieu réactionnel sur l’activité de l’enzyme

 Partie 2 : Les protéines, de la structure à la fonction

4.3. Effet de la concentration en enzyme

L’équation de Michaelis-Menten montre que la vitesse initiale est
proportionnelle à la concentration totale en enzyme [E] 0, si la
concentration en substrat est fixe.
Il faut toutefois signaler qu’il y a des limites à cette variation linéaire
de V0 en fonction de [E]0.

Figure 10 : Influence de la concentration d’enzyme présente dans le milieu

réactionnel sur l’activité enzymatique mesurée

La proportionnalité, entre vitesse initiale et concentration en enzyme, a

d’importantes applications pratiques, car elle permet d’estimer les
concentrations relatives d’une enzyme donnée dans des extraits
cellulaires sans qu’il soit nécessaire d’effectuer une purification totale
de l’enzyme.

5. Inhibition enzymatique
D’une manière générale, on appelle inhibiteur tout composé dont la
fixation sur la molécule enzymatique entraine son inactivation
partielle ou totale. Ceci se traduit par une baisse ou annulation de la
vitesse initiale.
L’inhibition représente un des moyens biologiques pour contrôler
l’activité d’une enzyme. Certaines substances toxiques ou
médicamenteuses agissent en inhibant des enzymes.

5.1. Les inhibiteurs irréversibles

Ils sont capables de réaliser des liaisons covalentes stables avec
l’enzyme. Ces modifications peuvent toucher des acides aminés du site
actif. Elles peuvent également modifier la structure tridimensionnelle
active. La figure ci-dessous en donne un exemple : l’inhibition de
 Enzymes & Coenzymes

l’enzyme cyclooxygénase par l’acide acétyl salycilique. Ce dernier en

effet, va pouvoir fixer de manière covalente son groupement « Acétyl »
au niveau du site actif et ainsi bloquer l’accès au substrat naturel qui
est l’acide arachidonique (voir structure des lipides).

Figure 11 : Inhibition irréversible de l’enzyme cyclooxygénase par l’acide Acétyl

salicylique
(Adapté de : Corrigan, T. et al. Changes in the Physical and Mechanical Properties of Human Blood with Sustained Prophylactic
Use of Acetylsalicylic Acid (Aspirin)—A Rheological Study. Open Journal of Fluid Dynamics 2021, 11, 167-176)

5.2. Les inhibiteurs réversibles

Un inhibiteur réversible forme avec l’enzyme un complexe non
covalent donc dissociable.
La fixation de l’inhibiteur sur l’enzyme peut empêcher la Formation
du complexe ES. On parle alors d’inhibiteur compétitif.
La fixation de l’inhibiteur peut ne pas empêcher la formation du
complexe ES, mais inhiber la catalyse. On dit que l’inhibiteur est non
compétitif.

5.2.1. Inhibiteur compétitif

C’est un analogue structural du substrat. Il peut donc enter en
compétition avec lui pour se fixer à sa place au site actif.

Figure 12 : Un inhibiteur compétitif ressemble au substrat naturel ce qui lui

permet d’occuper le site actif
 Partie 2 : Les protéines, de la structure à la fonction

L’enzyme donne donc deux types de complexes réversibles ES et EI.

La compétition signifie que les molécules d’enzyme sont soit libres,
soit complexées à S ou I, mais jamais aux deux à la fois.

Figure 13 : En présence d’un inhibiteur compétitif l’enzyme E peut fixer soit le

substrat naturel S ou bien l’inhibiteur I mais pas les deux en même temps

Un inhibiteur compétitif diminue la vitesse de catalyse en réduisant la

proportion de molécules d’enzymes fixées à leur substrat (complexe
ES).

Figure 14 : Relation v0 = f([S]) en absence et en présence d’un inhibiteur

compétitif

Pour une concentration d’inhibiteur donnée, une augmentation

importante de la concentration de substrat déplace l’équilibre en
faveur du complexe ES. L’effet inhibiteur sera ainsi atténué voir
complètement contrebalancé.
 Enzymes & Coenzymes

Figure 15 : L’effet d’inhibition compétitive est annulé en présence d’une forte

concentration de substrat

Pour résumer : La présence d’un inhibiteur compétitif ne change pas

vmax mais augmente km (km apparent : kmapp) donc diminue Kaff.

Corrélations cliniques :
L’inhibition compétitive a reçu de nombreuses applications pratiques,
notamment en thérapeutique dans la lutte contre les micro-
organismes.
L’idée de base est d’essayer d’inhiber spécifiquement une réaction
enzymatique qui est capitale dans l’organisme envahisseur mais qui
ne l’est pas pour l’hôte.
L’exemple classique est celui des sulfamides, analogues de l’acide para-
amino-benzoïque. Ce dernier est indispensable à nombreuses bactéries
(mais non à l’homme) pour la synthèse de l’acide folique.

5.2.2. Inhibiteur non compétitif

Il se fixe à l’enzyme en un site différent du site de fixation du substrat,
et n’interfère pas avec la formation du complexe de Michaelis-Menten.

Figure 16 : Un inhibiteur non compétitif interagit avec l’enzyme au niveau d’un

endroit différent du site actif

Contrairement au cas précédent, les molécules d’enzyme pourront

 Partie 2 : Les protéines, de la structure à la fonction

donc former, outre les complexes binaires ES et EI, un complexe

ternaire ESI inactif.

Figure 17 : La fixation d’un inhibiteur non compétitif sur l’enzyme n’empêche

pas la fixation du substrat naturel et inversement

L’inhibiteur agit en diminuant l’efficacité catalytique de l’enzyme mais

pas le nombre de substrats liés à l’enzyme. Ainsi la vitesse maximale
est diminuée en présence de l’inhibiteur alors que le Km est inchangé.
Ce mode d’inhibition est rare.

Figure 18 : Relation v0 = f([S]) en absence et en présence d’un inhibiteur non-

compétitif

6. Enzymes et régulations métaboliques

Dans chaque cellule ont lieu des centaines de réactions chimiques,
dont l’ensemble est désigné sous le terme de métabolisme. Les
composés qui participent à ces réactions sont appelés des métabolites.
Ces réactions se déroulent dans des successions rapides ordonnées
appelées voies métaboliques. Ils sont possibles grâce à l’existence
d’enzymes.
L’activité des voies métaboliques est constamment contrôlée. Il s’agit
d’adapter la formation ou la dégradation de métabolites aux besoins
 Enzymes & Coenzymes

physiologiques. Il s’agit également de maintenir constant le milieu

intracellulaire en dépit des changements du milieu externe. Ce concept
implique que les réactions catalysées par les enzymes se poursuivent à
des vitesses sensibles aux variations du milieu.

Trois mécanises généraux régulent l’activité enzymatique.

- Le changement dans la quantité absolue de l’enzyme
- La modification de la quantité de réactif
- L’altération de l’efficacité catalytique de l’enzyme.
Ces trois options sont exploitées par la plupart des formes de vie.

6.1. Changements dans la quantité de l’enzyme

La quantité absolue d’une enzyme présente dans une cellule est
déterminée par sa vitesse de synthèse et sa vitesse de dégradation. La
quantité d’une enzyme dans une cellule peut donc s’élever soit par
augmentation de sa vitesse de synthèse soit par diminution de sa
vitesse de dégradation ou les deux.
La dégradation des protéines des mammifères peut se faire par
différentes voies. Certaines sont dépendantes du système ubiquitine-
protéasome.
La sensibilité d’une enzyme à la dégradation protéolytique dépend de
sa conformation. La présence ou l’absence de substrat, de coenzymes
ou d’ions métalliques peuvent altérer la conformation d’une protéine.
Ils influencent ainsi la sensibilité de l’enzyme à la dégradation.

6.2. Modification de la quantité des réactifs

La concentration intracellulaire moyenne d’un substrat, d’une
coenzyme ou d’un ion métallique peut voir une certaine importance
dans le comportement d’une enzyme in vivo. La disponibilité du
substrat au niveau du compartiment de l’enzyme peut être un facteur
limitant. Cet approvisionnement en « précurseur » dépend des voies
métaboliques qui le synthétisent, de celles qui l’utilisent (ou
dégradent) et éventuellement de systèmes de transports.
L’apport d’une coenzyme limite également le flux à travers une voie.
Si ce coenzyme est régénéré par une deuxième voie indépendante, la
vitesse de celle-ci peut contrôler celle de la première.
Les ions métalliques jouent un rôle catalytique et un rôle structural
dans plus d’un quart de toutes les enzymes connues. Ils peuvent aussi
remplir un rôle régulateur, particulièrement pour les réactions où
l’ATP et d’autres polyanions sont des substrats.
 Partie 2 : Les protéines, de la structure à la fonction

6.3. Régulation de l’activité catalytique de l’enzyme

Cette régulation peut se faire principalement de 3 manières. (1) par
contrôle allostérique, (2) par modifications covalentes et (3) par
activation protéolytique.

6.3.1. La régulation allostérique

L’activité catalytique de certaines enzymes est modifiée par des
effecteurs de faible masse moléculaire qui n’ont généralement que peu
ou pas de ressemblance structurale avec les substrats ou les coenzymes
de l’enzyme contrôlée.
Ces effecteurs se fixent réversiblement à l’enzyme en un emplacement
différent du site actif. Cet emplacement est nommé site allostérique.
Les effecteurs sont dits effecteurs allostériques.
Une enzyme allostérique est une enzyme dont l’activité catalytique
peut être modifiée par la présence d’un effecteur allostérique. En
général, une enzyme allostérique est la première spécifique d’une voie
métabolique, et le produit terminal de la voie est son inhibiteur
allostérique (rétro-inhibition ou rétro-contrôle).
Les enzymes allostériques possèdent en général une structure
protéique quaternaire oligomérique. Elles sont constituées d’un petit
nombre de protomère identique ou différent. Ces sous unités sont liées
entre elles par des liaisons non covalentes. Il en résulte une certaine
souplesse qui autorise des déformations de chacune des sous unités
ainsi que des mouvements relatifs des unes par rapport aux autres. On
dénombre généralement un site actif et un site allostérique par
protomère.
Dans le cas des enzymes allostériques typiques, la courbe de la relation
: vitesse initiale = f(concentration de substrat) est d’allure sigmoïde.

Figure 19 : Allure sigmoïde de la relation v0 = f([S]) dans le cas d’une enzyme

« allostérique »
 Enzymes & Coenzymes

Lorsque le substrat est en faible concentration, la vitesse de catalyse

par l’enzyme allostérique est quasiment nulle. Au-delà d’une certaine
concentration de substrat, la pente de la courbe devient plus forte. A ce
niveau l’enzyme allostérique se comporterait comme un amplificateur
de signal cellulaire car une faible augmentation de la concentration en
substrat au niveau du point d’inflexion entrainera une vitesse
maximale de l’enzyme.
Cette cinétique sigmoïde traduit le phénomène de coopérativité entre
les protomères de l’enzyme vis-à-vis de la fixation du substrat. La
fixation d’une première molécule de substrat favorise celle des
suivantes.
La dissociation d’une enzyme allostérique en protomères peut
entraîner une perte de l’activité catalytique ou bien une perte de
l’allure sigmoïde.

6.3.2. Régulation par modification covalentes réversibles

La modification réversible de l’activité catalytique des enzymes peut
s’effectuer par liaison covalente d’un groupement. Il s’agit en général
d’une phosphorylation dépendant de l’ATP catalysée par une «
protéine-kinase » le groupement phosphate est ainsi fixé sur un résidu
sérine thréonine ou tyrosine de l’enzyme. La déphosphorylation
consécutive est catalysée par une « protéine-phosphatase ».
Pour certaines enzymes, c’est la forme phosphorylée qui est la plus
active. Pour d’autres enzymes, c’est la forme déphosphorylée qui est la
plus active.

6.3.3. Activation protéolytique

Certaines enzymes sont secrétées sous la forme de précurseurs inactifs
appelés proenzymes ou zymogène. La conversion de la proenzyme en
enzyme active fait appel à une protéolyse sélective.
Certaines enzymes ne sont requises que de façon intermittente (par
exemple les enzymes de la formation et de la lyse du caillot sanguin).
De plus quand ces enzymes sont requises, elles le sont souvent
rapidement. La disponibilité de proenzyme permet de répondre, après
activation protéolytique, à ce besoin pressant.
De plus la synthèse de certaines enzymes sous forme de précurseurs
(exemple les protéases) sert à protéger le tissu d’origine (tel le
pancréas) contre l’autodigestion.
 Partie 2 : Les protéines, de la structure à la fonction

7. Coenzymes
Les coenzymes appartiennent au groupe de cofacteurs d’enzymes

Figure 20 : Les coenzymes sont des cofacteurs de nature organique

Dans de nombreuses réactions catalysées par des enzymes, des

électrons ou des groupes d’atomes seront transférés d’un substrat à
l’autre. A ces réactions participent toujours des molécules
supplémentaires qui prennent en charge, transitoirement, le groupe
transporté. De telles molécules auxiliaires sont appelées coenzymes.
Nombreuses coenzymes sont des dérivés de vitamines.
Selon le type d’interaction avec l’enzyme, on distingue les coenzymes
solubles (cosubstrats, coenzymes mobiles) et les groupements
prosthétiques (coenzymes vraies).

Les coenzymes solubles :

Sont, comme les substrats, associées à l’enzyme durant la réaction,
modifiées chimiquement puis libérées. La forme originelle des
coenzymes est régénérée par une deuxième réaction indépendante.
 Enzymes & Coenzymes

Figure 21 : Les coenzymes solubles ou co-substrats

Les groupements prosthétiques :

On désigne sous le terme de « groupement prosthétique » les
coenzymes qui sont liées, en post traductionel, de façon stable à une
enzyme et ne s’en dissocient pas lors de la réaction.

Figure 22 : Les groupements prosthétiques

7.1. Coenzymes d’oxydoréduction

Toutes les oxydoréductases (voir chapitre 2.4) nécessitent des
coenzymes. Ces coenzymes peuvent agir sous forme soluble ou
prosthétique. Lors des réactions redox, un ou deux protons sont
souvent transférés d’une molécule à une deuxième en même temps
que les électrons. On parle donc de façon générale du transport
d’équivalents réducteurs.

7.1.1. Les pyridines-nucléotides

La Nicotinamide-Adénine- Dinucléotide (NAD+) et la Nicotinamide-
Adénine- Dinucléotide-Phosphate (NADP+) sont largement utilisés
comme coenzymes
Des déshydrogénases. Ils transportent des ions hydrure (2 e- et 1H+)
 Partie 2 : Les protéines, de la structure à la fonction

et agissent toujours sous forme soluble. NAD+ Transfère des

équivalents réducteurs des voies du catabolisme. Au contraire, le
NADP+ réduit constitue l’agent de réduction le plus important dans
les biosynthèses. Ces deux coenzymes sont apparentées avec l’acide
nicotinique (Vitamine B3 ou vitamine PP).

7.1.2. Les coenzymes flaviniques

La Flavine-Mono-Nucléotide (FMN) et la Flavine-Adénine-
Dinucléotide (FAD) sont retrouvées associées à des déshydrogénases,
des oxydases et des mono oxygénases. FMN et FAD sont très
fortement liées à l’enzyme et ne se dissocient pas. Le groupement
redox actif des deux coenzymes est la flavine. Il s’agit d’un système
cyclique à trois noyaux qui peut accepter au maximum deux électrons
et deux protons lors de la réduction.
Ces deux coenzymes dérivent de la riboflavine ou vitamine B2.

7.1.3. L’acide lipoïque

Le centre redox actif est un pont disulfure. L’acide lipoïque actif est
lié de façon covalente à un résidu lysine de l’enzyme (lipoamide).
L’acide lipoïque participe essentiellement à la décarboxylation
oxydative des acides alpha cétoniques (exemple l’acide pyruvique).

7.2. Les coenzymes de transfert de groupement

La présence de coenzymes est quasi générale dans les mécanismes
d’action des enzymes de transfert. Le coenzyme joue le rôle d’un
réactif interne en étant intimement associé à l’enzyme lors de la
catalyse.

7.2.1. La thiamine pyrophosphate (TPP)

La TPP ou vitamine B1 fait partie intégrante du site actif des
décarboxylases. C’est un transporteur de groupements aldéhydiques
notamment de l’acétaldéhyde. C’est un coenzyme de décarboxylation
d’acides alpha-cétoniques.
7.2.2. Le coenzyme A ou coenzyme d’acylation
C’est le coenzyme des acyl-transférases. Il dérive d’une vitamine
hydrosoluble du groupe B, l’acide pantothénique (vitamine B5) C’est
la fonction thiol (-SH) du coenzyme A qui est la partie active de la
molécule car son hydrogène peut être substitué par divers
groupements tel le groupement acyl.
 Enzymes & Coenzymes

7.2.3. Acide tetrahydrofolique

C’est la forme active d’une vitamine qui est l’acide folique. L’acide
tétrahydrofolique est un coenzyme mobile. Il transporte des unités à 1
atome de carbone (radicaux monocarbonés). Il se comporte comme
un substrat et intervient dans bon nombre de processus.
7.2.4. S-adénosyl-méthionine
C’est un transporteur mobile de groupement méthyle (donc
également un transporteur de groupement en C1). Il se comporte
comme substrat.
7.2.5. Biotine
C’est le coenzyme de diverses réactions de carboxylation (fixation de
CO2).
7.2.6. Phosphate de pyridoxal
Ce coenzyme dérive de la pyridoxine ou vitamine B6. il fait partie
intégrante du site actif de diverses enzymes qui interviennent dans le
métabolisme des aminoacides : transaminases, aminoacide-
décarboxylases, sérine-déshydratase, cystéine- désulfatase….
On voit là qu’un même coenzyme peut participer à des réactions tout
à fait différentes selon la protéine enzymatique à laquelle il est
associé.
7.2.7. Cobalto-cobalmine
Ce coenzyme dérive de la cobalamine ou vitamine B12.
Les cobalamines coenzymes participent à diverses réactions
d’isomérisation et certaines réactions de méthylation.
 Partie 2 : Les protéines, de la structure à la fonction

8. Enzymes, applications médicales

Les principes « enzymologiques », abordés dans les chapitres

précédents, sont exploités dans les laboratoires de biochimie médicale
comme moyens de diagnostic.

8.1. Diagnostic de maladies par erreur innée du métabolisme

Dans le cadre de maladies métaboliques, la mise en évidence d’un
déficit enzymatique (déficit en protéine et/ou déficit d’activité) peut
fournir la clé du diagnostic. Ces dosages sont réalisables sur des
biopsies tissulaires, des cultures cellulaires ou sur des liquides
biologiques (sérum, liquide de ponction…)
Cette approche peut être combinée à un diagnostic moléculaire (mise
en évidence de la mutation génétique responsable de l’enzyme
déficitaire).

8.2. Les enzymes, comme « Bio-marqueurs » plasmatiques.

Les enzymes plasmatiques sont de deux types. Celles qui y sont
naturellement présentes parce qu’elles y assurent un rôle biologique
(exemples les enzymes de la coagulation). D’autre enzymes intra-
cellulaires, sont habituellement absentes de la circulation sanguine ou
y existent à l’état de traces.
Dans les situations de souffrance tissulaire ou d’organes, ces
dernières enzymes sont libérées dans le sang. Leurs concentrations
plasmatiques augmentent dans ces cas.
La constatation d’une concentration « anormalement élevée » d’une
de ces enzymes peut constituer un témoin indirect de l’existence
d’une maladie (donc d’un organe ou d’un tissu qui souffre).
Dans ces situations l’enzyme va jouer le rôle de « marqueur » de la
maladie.
Il faut signaler l’existence d’isoenzyme, c’est à–dire d’enzymes
catalysant la même réaction sur un même substrat, mais ayant des
structures protéiques différentes. Ces isoenzymes ont en général une
distribution tissulaire spécifique. Elles ont parfois une distribution
intracellulaire particulière. Le dosage spécifique des isoenzymes dans
le plasma peut fournir une meilleure approche de la localisation du
tissu souffrant.