Département de Chimie Année académiques 2024-2025

Laboratoire de Recherche en Biochimie

Travaux dirigés N°1 de Biochimie Structurale

(Licence 2B)

Exercice N°1
a) Les liaisons faibles sont d'une importance capitale pour les processus biologiques. Donner
quelques exemples de l'importance majeure des liaisons faibles.

b) Quel est le rôle du solvant dans le processus de la figure ci-dessous.

Exercice N°2 :
1) Concernant les molécules amphiphiles, quelles sont les propositions exactes :

A) Les acides gras possèdent des propriétés d'interaction hydrophobe par leur tête apolaire et de
solvatation ionique par leur partie polaire.
B) La phosphatidylcholine est composée d'une molécule de choline lié au glycérol par un ph osphate
ainsi que de deux longues chaines d'acide gras qui augmentent fortement son hydrophobicité .
C) Lorsqu'on disperse des lipides dans de L'eau, les parties hydrophobes de ces lipides vont s'assembler
les unes contre les autres afin d'augmenter l'ordre des molécules d'eau.
D) Les acides gras dispersés dans de L'eau vont former des micelles dont la surface est composée de
groupes capables d'interagir avec les molécules d'eau.
E) Les propositions A, B, C, D sont fausses.

2) Concernant les liaisons de faible énergie, quelles sont les propositions exactes :

A) Les liaisons de faible énergie confèrent aux macromolécules une dynamique conformationnelle
mais elles renforcent également leur structure tridimensionnelle.
B) Les liaisons de faible énergie permettent des contacts brefs mais suffisants pour déclencher des
réactions secondaires.
C) Les liaisons hydrophobes sont mises en jeu lors de L'appariement complémentaire des bases de
deux brins d'ADN.
D) Le repliement des protéines est contrôlé par l'effet hydrophobe mais également par la formation
de liaisons hydrogènes.
E) Les propositions A, B, C, D sont fausses.

3) A propos des propriétés de la molécule d'eau :

A) Une liaison hydrogène est formée au sein de la même molécule d’eau grâce à la différence
d’électronégativité entre l’atome d’oxygène et les deux atomes d’hydrogène, ceci explique les qualités
de ce solvant polaire.
B) Le réseau de liaisons hydrogènes entre les molécules d'eau peut être mis à profit dans des
applications médicales comme la destruction de cellules par radiofréquences.
C) Comparaison des molécules d’eau et du méthane : La molécule d’eau est beaucoup plus stable
thermiquement que le méthane entre 0°C et 100°C : le CH 4 est à ébullition dès -162°C et l’eau
seulement dès 100°C, du coup il faut apporter peu d’énergie au système pour vaporiser de l’eau par
rapport au méthane dans ces mêmes conditions.
D) L’eau solide forme des liaisons hydrogène plus nombreuses et donc elle est plus dense par rapport
à l’eau liquide dont les liaisons hydrogène sont moins nombreuses mais si rapidement formées et
détruites que celle-ci est fluide.

4) Concernant les 4 principaux atomes du vivant (carbone, azote, oxygène, hydrogène), quelles sont
les propositions exactes :

A) Dans la composition des organismes vivants de tout type comme dans le reste de la biosphère, on
retrouve ces 4 atomes de manière prépondérante
B) Le carbone constitue le squelette des biomolécules. Il peut en effet former une double liaison avec
un autre carbone mais également avec l'oxygène et L'azote
C) Les biomolécules qui contiennent beaucoup de liaisons doubles carbone -carbone peuvent exister
sous un grand nombre de forme que L'on appelle conformation.
D) Le carbone existe à différents états d'oxydation : du plus réduit comme dans le méthane CH4 au plus
oxydé comme dans le gaz carbonique CO 2
E) Les propositions A, B, C, D sont fausses.

Execice 3:
a) Donner la définition des termes suivants :
Molécules hydrophiles ; Molécules hydrophobes ; Molécules amphi-polaires ; forces de Van Der
Waals ; Interactions hydrophobes ; Enantiomère lévogyre.
b) Donner le type de molécules pour lesquelles l’eau est un excellent solvant.
c) Comment se fait la solvatation ce type de molécules ?
d) Dans une molécule d’eau, combien y a-t-il de liaison(s) hydrogène possible(s). Faites un schéma.
e) Les liaisons faibles sont d'une importance capitale pour les processus biologiques . Donner quelques
exemples de l'importance majeure des liaisons faibles.
 Exercice 4:

Soit un mélange de trois peptides:

- A: Glu-Cys-Leu-Glu,
- B: Arg-Pro-Gly-Lys,
- C: Val-Ile-Ile-Gly

1/ Le mélange est soumis à une chromatographie échangeuse de cations. L'élution est faite par
gradient de pH de 1 à 10. Indiquer l'ordre d'élution des trois peptides.

2/ Le même mélange est soumis à une électrophorèse à pH = 7,0. Représenter par un schéma
l'électrophorégramme. Justifier.

Exercice 5

Peptides particuliers. Aspartame et glutathion

Soient les molécules (peptides particuliers) suivantes, correspondant à l'aspartame et au glutathion.

Pour chacune de ces molécules, indiquer les acides aminés les composants et les liaisons peptidiques
et peptidoïdes (pseudopeptidiques). Quelles particularités présentent les deux molécules.

Exercice 6 :
I. On donne les peptides suivants : Lys-Ala-His-Glu-Met et Trp-Leu-Asp-Cys. Ecrire la formule développée
de ces peptides. Etudier la variation de leur charge nette en fonction du pH et déterminez leur pH
isoélectrique. On utilisera les valeurs suivantes pour le pKa des différentes fonctions ionisables :

α-COOH β ou ϒ-COOH α-NH2 ԑ-NH2 Imidazole Thiol

3 4,5 8,5 10,5 6,5 10
Exercice 7 :
L’électrophorèse sur papier d’un peptide montre qu’il migre vers la cathode à un pH 6,4. Les résultats
de l’hydrolyse totale du peptide dans HCL montrent qu’il contient un résidu de lysine, un résidu de
leucine et un résidu d’acide aspartique ou d’asparagine (par hydrolyse, l’asparagine éventuellement
présente se transforme en acide aspartiques).

Connaissant les valeurs du Pka des groupes ionisables, en déduire la forme sous laquelle se trouve
l’acide aspartique (Asp ou Asn) dans ce peptide ? Justifier votre réponse.
Données : pKa (α-NH2) = 7,8 ; pKa (α-COOH) = 3,75 ; pKa (R-COOH) = 4,5 ; pKa (R-NH2) = 10,2.
Exercice 8 :

On considère les oligopeptides suivants : Gly-Arg ; Gly-Glu et Gly-Glu-Arg. On procède à une

électrophorèse sur papier d’un mélange de ces 3 peptides à pH 1 et à pH 13. Après électrophorèse on
révèle les peptides avec la ninhydrine. On obtient deux taches pour chaque électrophorèse. Ces taches
sont localisées comme le montre les figures 1 et 2 :

Dépôt Dépôt
+ - + -

Figure 1 Figure 2
Laquelle des figures correspond à l’électrophorèse à pH 1, laquelle à l’électrophorèse à pH 13 ? Quel
électrophorégramme obtiendrait-on à pH 7 ?

Exercice N°9

La formule en solution aqueuse de l’acide aspartique, acide aminé à chaîne latérale acide, est :

Il comporte 3 groupements acidobasiques caractérisés par des pKa de valeurs respectives 2,1 – 3,8 et
9,8.
a) Attribuer, en justifiant, chacun des pKa à la fonction convenable et écrire les équilibres acide
base correspondants. En déduire quelle sera, en milieu tamponné, l’espèce prédominante (présente à
plus de 50%) dans chacun des domaines de pH délimités par les différents pKa.
b) Justifier la formule de l’acide aspartique en solution dans l’eau pure, donnée ci-dessus.

Exercice 10
1) Comment peut-on mettre en évidence la nature peptidique d'un composé étudié?
2) L'hydrolyse acide totale et l'analyse chromatographique de l'hydrolysat révèlent que le peptide est
constitué d'arginine (Arg), d'alanine (Ala), de valine (Val), de leucine (Leu), de phénylalanine (Phe) et
de tyrosine (Tyr) en quantité équimolaire. Quel est le révélateur utilisé pour localiser ces acides aminés
sur le chromatogramme?
3) La réaction avec l'aminopeptidase montre que l'acide aminé NH 2 terminal est l'alanine (par
convention le résidu NH2 terminal est placé à l'extrémité gauche du peptide). L'hydrolyse trypsique
conduit à 2 tripeptides dont l'un est constitué d'alanine, arginine et tyrosine. L'hydrolyse acide partielle
conduit à un mélange de peptides: peptide P 1 constitué d'arginine et de phénylalanine; P 2 constitué de
leucine et de valine; peptide P 3 constitué de phénylalanine, de leucine et d'arginine. En déduire la
structure du peptide, c'est-à-dire sa séquence en acides aminés.
Donnée: la trypsine est spécifique des liaisons peptidiques impliquant le groupement carboxyle d'une
arginine ou d'une lysine
Exercice 11 :

La formule de Lysine en solution est : + H3N-CH(-(CH2) 4-NH3+ )-COOH

Elle comporte 3 groupements acido-basiques caractérisés par des pK a de valeurs respectives 2,2 – 8,9
et 10,5.
a) Attribuer, en justifiant, chacun des pK a à la fonction convenable et écrire les équilibres acide
base correspondants. Calculer le pHi de la lysine
b) La courbe de neutralisation de la lysine en solution par la soude est donnée Figure1.
Montrer sur cette courbe (dans les rectangles prévus à cet effet), l’espèce prédominante (présente à
plus de 50%) dans chacun des domaines de pH délimités par les différents pKa.

Exercice 12 :
Proposer une structure pour le pentapeptide A ayant conduit aux résultats suivants :
a) L’hydrolyse acide d’une mmole de A fournit 2 mmoles d’acide aspartique et 1 mmole
d’arginine ; aucun autre acide aminé n’est identifiable dans l’hydrolysat.
b) La trypsine coupe A en 2 peptides dont l’un migre vers la cathode et l’autre vers l’anode lors
d’une électrophorèse à pH 7. L’action du DNFB suivie d’hydrolyse acide permet d’identifier DNP Asp
pour l’un de ces fragments.
c) La chymotrypsine coupe A en aspartate et 2 dipeptides B et C.
Exercice 13
A
a) L’action du DNFB sur un hexapeptide suivie de l’hydrolyse totale des liaisons peptidiques
donne, entre autres, du DNP Tyr.
b) l’action d’une décarboxylase suivie d’hydrolyse totale donne en particulier de l’acide γ -
aminobutyrique NH3 + (CH2) 3 COOH.
c) La trypsine agit sur ce peptide en donnant 2 fragments dans lesquels on a pu identifier, après
action du DNFB puis hydrolyse acide suivie d’une électrophorèse, les acides aminés suivants : -
fragment 1 : Arg, DNP Tyr, Val, - fragment 2 : DNP Cys, Glu, Gly.
Donner la structure du polypeptide.