Microbiote et bactéries pathogènes

Quand on est en bonne santé les bons micro organismes sont en plus grandes quantités
que les mauvais. Notre microbiote peut être déstabilisé et donc on peut perdre une partie
des bons micro-organismes. On retrouve alors une compétition qui existe en permanence.
→ Notre microbiote ce sont des saprophytes.

Notre microbiote est en permanence constitué de bactéries bonne et mauvaises, Notre

santé dépend du rapport bactéries bonne/ bactérie mauvaise

Les bactéries de notre microbiote sont de type commencal car elle mange ce qu’elles
trouvent dans notre TD, et donc elles mangent ce que l’on mange

10% des gens ont un staphylococcus dans leur microbiote mais il est à l'extérieur de la
peau. Il devient pathogène lors d’une coupure ou d’une entrée lui permettant de pénétrer
notre organisme
- C’est pour ca qu'on l’attrape souvent à l'hôpital
Symbiose : 3 types d’association
Symbiose (« vie avec ») : association intime et durable à caractère obligatoire ou non et à
avantages et/ou inconvénients réciproques entre la bactérie et l’hôte.

1 - Mutualistes : bactéries qui colonisent l'organisme sans être pathogènes et qui échange
avec nous (relation +/+). (ex. le microbiote intestinal synthétise de la vitamine K, une
vitamine qui nous est nécessaire pour l'absorption de nos aliments. Cette même flore
intestinale gêne aussi la prolifération de bactéries pathogènes ainsi que celle de bactéries
commensales potentiellement dangereuses.)

2 - Commensales (co-; avec et mensa; table) : bactéries qui colonisent l'organisme

(généralement la peau ou les muqueuses) sans être pathogènes et sans nous offrir quelque
chose (relation +/0). (ex. la flore normale de l’homme).

3 - Parasites : bactéries qui colonisent l'organisme en vivant à nos dépenses; pathogènes

(relation +/-). (ex. Rickettsia, Chlamydia)

A! Certaines bactéries (par ex : staphylocoque doré, C. difficile) peuvent être à la fois

saprophytes, commensales et pathogènes.

Microbiote de l’Homme
Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes vivant
dans un environnement spécifique chez un hôte (animal
ou végétal).

Le microbiote à la surface et à l’intérieur du corps humain

est composé de plus de 90 % de bactéries. Le reste est
constitué d’archées, de virus, de levures, de champignons
et d’acariens.

Microflore de l’Homme
Cette microflore est localisée dans le tube digestif, sur la
peau et les muqueuses.

Cette microflore peut être résidente (commensale) ou transitoires (saprophyte).

Microflore résidente ou autochtone :

- unique
- particulière d’un individu et de son environnement
- normalement présente chez des sujets sains
- commensale
- participe activement au maintien de la santé

Microflore transitoire :
- premier signal d’un changement d’environnement
- permet l’adaptation de l’Homme à son environnement
- saprophyte
→ Exemple quand on change d'environnement (pays différents), on peut retrouver de
nouveaux micro-organismes qui vivent la bas donc ils nous colonisent, on a donc un
microflore transitoire qui se modifie. Quand on revient dans notre pays habituel, on retrouve
notre microflore de “ base ”.

Les 4 flores bactériennes principales :

- Flore respiratoire supérieur
- Flore cutanée
- Flore digestive
- Flore génitale

Pendant plusieurs années on avait très peu de connaissance concernant nos microbiotes
surtout au niveau de notre intestin. Il est vrai que savoir les conditions exactes dans l’intestin
est assez compliqué à une certaine époque. On considère que seulement 2 à 5 % de notre
microbiote intestinal était identifié à l’époque.

Dans les années 2007, on a fait 2 grands programmes au niveau mondial pour prendre les
choses d’une manière différente, on a arrêté de cultiver les bactéries sur des milieux de
culture mais on est passé sur du séquençage avec une partie de notre microbiote. On extrait
l'ADN génomique pour les séquencer et pouvoir trouver les différents gènes que nous avons
et les différentes bactéries de notre microbiote.
On a étudié 242 sujets avec chacun 15 ou 18 zones prélevées (18 femme car 3 vagin). On
retrouve les mêmes types de bactérie dans les différents endroits de la peau, au niveau de
la bouche c’est la même chose indépendamment d'où on prend l'échantillon.
→ Différent avec la plaque dentaire car différent du reste de la bouche.

Bien sûr on retrouve une différence en fonction de l’endroit, le microbiote du vagin est
différent de celui de l’intestin. Mais peu importe où l’on prélève dans l’intestin on retrouvera
le même microbiote.

Aujourd’hui, les programmes de recherches sur les microbiotes ne sont plus financés par les
Etats. Par contre, il existe encore des programmes financés par des firmes types NEstlé ou
Lactalis pour étudier la diversité des microbiotes.
- Ces recherches vont permettre de trouver des bactéries lactiques qui pourrait servis
dans la production alimentaires

Microbiote buccale, grande différence au niveau de plaque dentaire (bactérie) :

Microbiote Buccal

Schéma représente la dent, les violets :

Corynebacterium s’attache à la base de la
dent, et forme une structure de filaments
ou les autres bactéries vont pouvoir
s’accrocher. → Filaments structurent la
formation de la communauté microbienne

On a toujours une partie au niveau de la

base qui reste et permet la recolonisation
même si l'on va faire un détartrage chez le
dentiste.

A la base on retrouve des bactéries en anaérobie tandis que vers la surface, des bactéries
en aérobie. → Zones riche/faible en O2, et anoxique

Microbiote cutané:
Dépend des types de peau : Colonisation variable selon le type de peau.

Les sécrétions des glandes sébacées fournissent de l'eau, des acides aminés, des acides
gras qui servent d'éléments nutritifs, principalement pour Staphylococcus epidermidis.
Lors de l’adolescence : Les glandes sébacées sécrètent des lipides complexes qui peuvent
être dégradés par les enzymes des bactéries Gram+, telles que P. acnes (associée à l'acné
vulgaire). Du au changement hormonal, sécrétion de nouveaux lipides.

Au niveau des aisselles : Acides gras volatils > forte odeur. De nombreux déodorants
contiennent des substances antibactériennes.

Microbiote du vagin :

Dominé par Lactobacillus chez la majorité des femmes.

Sauf au niveau du groupe 4 où l'on en retrouve moins que
chez les autres femmes.
Le lactobacillus va faire la fermentation lactique, on
retrouve aussi de la production de l'acide lactique et le pH
va alors diminuer localement entre 4,4 a 4,6. Ce qui permet
d'éviter le développement de nouvelles bactéries à cet
endroit là qui pourrait être pathogène.

Flore digestive ou
intestinale = Microbiote intestinal

Tout au long du tube digestif on retrouve une flore

résidentielle. Ces bactéries se
répartissent de façon non homogène tout le long du
tube digestif et sont plus nombreux au niveau du côlon
qu’au niveau de l’intestin grêle.

- Au niveau du côlon, le transite est plus long au

niveau du côlon, pH, beaucoup de nutriments.
- Tous se retrouve sous un équilibre

La composition du microbiote intestinal est caractéristique à chaque espèce animale.

Microbiote intestinal de l’Homme en chiffres

Un Homme adulte héberge environ 1014 cellules bactériennes.
De plus, 40% du poids fécal est fait de bactéries.

Attention c’est faux de dire qu’il existe plus de cellule bactérienne que de cellule humaine
dans notre corps.
Microbiote de l’intestin

On retrouve tout un tas de bactéries : gram-, gram +, bacille, bactérie à coque.

Microbiote intestinal dominé par des bactéries anaérobies, on est dans des conditions où il y
a peu d’oxygène. Deux grandes catégories de bactéries au niveau du microbiote intestinal:
les firmicutes 60 à 80 % et les Bacteroidetes 20 à 40%.

On sait aujourd’hui qu' E.coli ne représente pas plus de 2 à 5% de notre microbiote. On peut
symboliser ça par un iceberg, on a omis une grande autre partie de bactérie.

Composition du microbiote intestinal

Seulement 20 à 30 % du microbiote intestinal humain est cultivable à ce jour !

Utilisation des techniques indépendantes de la mise en culture

p.ex. génotypage des ARNr 16S bactériens → Métagénomique

Acquisition du microbiote

A la naissance les bébés sont dépourvus de micro-organisme, néanmoins ils deviennent

rapidement colonisés par une microflore dense et complexe venant de la mère et du milieu
environnant.

On pense qu'un bebe vit dans un endroit

stérile et son microbiote commence à la
naissance.
Mais ce n’est pas sûr qu'un bébé soit dans
un environnement stérile !
Accouchement par césarienne ou voie basse, on ne retrouve pas les mêmes bactéries. Par
voie basse on retrouve une coalition par les bactéries du vagin et de la peau. Tandis que par
césarienne c’est plus les bactéries de la peau.
- Également l’alimentation : au début les enfants sont nourris par le lait, au passage de
l'alimentation solide on retrouve une colonisation de nouvelle bactérie. → A 3 ans on
a le même microbiote qu'adulte.
- L’environnement va également jouer, exposition dans certain endroit → ex, flore
transitoire quand on part dans un nouveau bactérie…
- La génétique joue également.
- Les antibiotiques jouent aussi, à chaque prise d'antibiotique : Antibio ne pourra pas
tuer un type de bactérie et épargner les autres, 70 % de notre microbiote est
dégradé, tué ce qui influence le microbiote. (il faut le reconstruire)

Après 3 ans : On a le passage de l'adolescence avec une influence hormonale qui aura une
influence sur le microbiote. Également les grossesses pour les femme joueront sur le
microbiote. Ainsi que la ménopause, liée au changement hormonal.

De plus, une personne âgée va avoir un microbiote plus faible qu’une personne plus jeune.
Un personne plus âgée va avoir une vie sédentaire, mange moins de choses et moins
varié… moins en contact avec l'environnement.
Microbiote varie selon les individus et leur alimentation :

En fonction du régime alimentaire on aura une différence de microbiote (voir image).

La plus grande partie des espèces dominantes dans le microbiote fécal d’un individu lui
sont propres.
–Empreinte fécale spécifique de l’individu = « carte d'identité »

Cependant, un petit nombre d’espèces (quelques dizaines) pourraient constituer un

ensemble partagé par la plupart des individus
–Noyau central

« Nous sommes tous assez semblables mais loin d’être identiques »

Le rôle du microbiote intestinal :

Très important à savoir !!
On retrouve 4 rôles :
 - Rôle métabolique ou rôle de digestion. Nous on mange des choses que nous ne
pouvons pas digérer comme le fait de couper la cellulose. Les bactéries que nous
avons au niveau de l’estomac vont alors favoriser cette digestion, production
d’enzyme type cellulase par exemple et digérer cette fibre végétal que nous ne
pouvons pas faire. + On ne synthétise pas tous nos acides aminés, on a besoin de
prendre des acides aminés par notre alimentation mais c’est aussi le rôle de notre
microbiote intestinal. Certaine micro-organismes de notre microbiote vont synthétiser
des acides aminés et des vitamines et jouer le rôle pour nous. Rôle de mutualisme,
métabolique.
- Rôle de barrière, le fait que l’on a notre propre microbiote qui va se déposer au
niveau de notre cellule, cela fait une barrière imperméable pour les autres microbes
pathogènes que l’on va ingérer. Les bactéries du microbiote peuvent aussi produire
des toxines contre les microbes pathogènes.
- Rôle de défense, aide au développement de notre système immunitaire. Notre
microbiote va dire au système immunitaire que c’est le bon microbiote et qu’il ne faut
pas le détruire. Il éduque notre système immunitaire.
- Rôle de maintenance, au niveau de notre cellule, production de cellule, activité
enzymatique, homéostatique… Tout ce qui concerne notre cellule.

Bonnes et mauvaises bactéries de la flore intestinale :

C’est une question d’équilibre :

Le microbiote intestinal peut être le réservoir de bactéries hautement résistantes. Dû à la

prolifération de transfert horizontal des gènes et multiplication de bactéries très résistantes.
→ Transmission des gènes : horizontale (entre bactéries d’espèces différentes)

L’équilibre est la eubiose, plus de bon que de mauvaise. Quand c’est l’inverse on parle de
dysbiose ou plus de mauvaises bactéries que de bonnes.

De l’eubiose à la dysbiose
Dysbiose = déséquilibre qualitatif et/ou quantitatif du microbiote
intestinal qui peut amener à un état pathologique

Les causes de la dysbiose

Au niveau de la bouche on retrouve beaucoup de bactéries différentes, si on retrouve un
déséquilibre dû au changement de l’alimentation → comme beaucoup de sucre qui aide à la
prolifération de staphylococcus qui créer les caries, modification de l’équilibre du microbiote
buccale. Dysbiose

Les mycoses sont des dysbioses. Les mycoses sont dues à des levures, champignons
pathogènes.

Pathologie lié à la dysbiose de notre microbiote :

MICI / Allergies alimentaires / Diarrhées / Diabète / Obésité / Stress
Dysbiose – Diarrhées liés à Clostridium difficile

Quand on a un traitement antibiotique : résistant à un antibiotique la bactérie Clostridium il

prolifèrent car plus de nourriture pour eux → produisent alors de toxine et cela crée la
diarrhée.

Probiotiques et prébiotiques :

Probiotique : micro organisme vivants, il faut

qu’ils soient pris à des quantité bien définie par
jour.

Prébiotique : C’est la nourriture,

ex la banane → on a mangé pour notre
microbiote, ce sont des fibres que nous ne
pouvons pas digérer mais super nourriture pour
microbiote intestinale.
Probiotiques:
Probiotique est un micro organisme vivant (bactérie ou levure) qui ajouté comme
complément alimentaire en quantités adéquates aurait un effet bénéfique sur la santé de
l’hôte.

Nature de probiotiques :
- Bactéries lactiques : Lactobacillus bulgaricus Lactobacillus plantarum
- Bifidobactéries
- Streptococcus thermophilus
- Saccharomyces boulardii

Montre la prolifération de
Clostridium, il faut donc prendre
des probiotiques en même
temps. Comme de l’ultra levure
pour construire une barrière
temporaire pour éviter la
prolifération des mauvaises
bactéries.
Quand on est en bonne santé
c’est notre microbiote normal qui
prend le dessus.
Le clostridium difficile, prolifère et produit des toxines quand on prend des antibiotiques par
exemple ce qui donne des diarrhées intenses. Pensé à faire une greffe de microbiote d’une
personne saine et on le donne à une personne malade qui a des diarrhées. Le microbiote
sera alors remis en place et la personne malade pourra guérir.

De la matière fécale, on sort de la que des microorganismes, on crée une sorte de

médicament.

Néanmoins cela pose des problèmes éthiques, c’est le microbiote d’une personne que l’on
donne à quelqu'un d’autre. On pourrait avoir des banques de microbiote de chaque
personne pour pouvoir donner et guérir une personne en particulier.
Ex a Nantes; Les chirurgiens proposent à leur patient de prélever un peu de leur microbiote
intestinal dans le cas ou l’on retrouve une dysbiose dû à la chirurgie, on pourra alors
transplanter leur propre microbiote.

Microorganismes dans notre environnement

Il y en a très peu qui sont pathogènes.
Notre environnement mais aussi notre corps contiennent de très nombreux microorganismes
(principalement bactéries, levures et virus)

La plupart d’entre eux sont NON PATHOGÈNES (comme les bactéries d’un yaourt et les
levures)

Certains sont PATHOGÈNES (comme la salmonelle, le méningocoque ou le virus de la

grippe).

Postulat de Koch (1890)

Un agent est responsable de la maladie si … 5 hypothèses:

- 1. Il est retrouvé chez tous les malades

- 2. Il est retrouvé dans l’organe affecté par la maladie
- 3. Il est isolé des lésions de patients malades et maintenu en culture pure in vitro
- 4. La culture pure, inoculée à un volontaire (animal) sain entraîne les symptômes de
la maladie
- 5. Le même agent doit être isolé en culture pure du patient (animal) infecté
volontairement

Limites :
- Porteurs sains, porte la maladie mais ne sont pas appropriement dit malade.
- Toxines, symptôme produit dû aux toxines de la bactérie donc bactérie ne va pas se
multiplier car pas la.
- Bactéries non cultivables
- Pathologies polymicrobiennes
- Sensibilité différente
Infection et maladie infectieuse

Infection :
Invasion d’un hôte par un microorganisme suivie par son établissement et sa multiplication
(Attention infection ne signifie pas maladie ; exemple des porteurs tomatiques)

Maladie :
Déviation ou arrêt d’une structure ou d’une fonction normale de n’importe quelle partie de
l’organisme, se manifestant par un ensemble caractéristique de symptômes et de signes

Maladie infectieuse :
État pathologique résultant du conflit entre l'hôte infecté et le micro organisme infectant
(lésions par le microorganisme ou ses produits et/ou par la réponse immunitaire spécifique
ou non spécifique déclenchée par le microorganisme).
Remarque : Il existe des maladies d'origine bactérienne sans infection (exemple : bactérie
produisant des exotoxines comme toxine botulinique).

Bactéries pathogènes:

Pathogène strict (obligatoire) : bactérie capable de provoquer une maladie même chez un
sujet « sain » si son nombre et la voie d’entrée sont respectés. Ils ne font pas partie du
microbiote normal. (ex. M. tuberculosis (tuberculose), typhoïde, méningite, choléra…). On
est automatiquement malade.

Pathogène opportuniste : bactérie qui ne donne pas de maladie chez un sujet sain, mais il
est capable de provoquer une maladie lorsque les défenses de l’hôte sont affaiblis (chez les
sujets immunodéprimés)
Ce sont des bactéries saprophytes ou commensales de la peau et des muqueuses qui, suite
à une immunodépression ou antibiothérapie, prolifèrent. (ex. entérocoque, E. coli, St.
Epidermis, S. aureus, P. aeruginosa…)

Notions de pouvoir pathogène et de

virulence:

Pouvoir pathogène (notion qualitative)

Virulence (notion quantitative) = degré

d’intensité du pouvoir pathogène

On quantifie avec : DL50 (= Dose létale 50) : la

quantité de bactéries qui tue 50% des animaux
inoculés dans un intervalle de temps déterminé
(g/kg)
Etendue de la maladie infectieuse:

✓ Infection localisée : peau, œil, respiratoire…

✓ Infection généralisée
- Invasion des tissus
- Bactériémie (présence de bactéries dans le sang)
- Septicémie (infection de l’ensemble de l’organisme par propagation via la circulation
sanguine)
- Choc septique (état inflammation sévère; défaillance organique)
- Toxémie (production de toxines)

Les étapes de l’infection: connaître

Pour induire une infection, un agent pathogène doit être capable de :

• être transporté vers l’hôte, doit venir vers l’hote.
• adhérer et coloniser (ou envahir) l’hôte
• se multiplier sur ou dans l’hôte
• échapper aux mécanismes de défense de l’hôte
• nuire à l’hôte

Facteur de virulence : composant d’un pathogène qui entraîne des dommages chez l’hôte
(pouvoir d'adhésion, multiplication, diffusion de toxine, dissémination)

Physiopathologie de l’infection:

1) Modes de transmission Étape de l’infection

1. directe (ex. tuberculose) quand on prend directement ex tuberculose, respiratoire car on
respire directement les bactéries.
2. indirecte par l’intermédiaire d’un aliment ou d’un objet; ex. listeria.
3. horizontale ou verticale

Voies de contamination
1. digestive (ex. listeria, choléra, salmonellose)
2. respiratoire (ex. tuberculose)
3. cutanée (ex tétanos)
4. transcutanée (ex. peste)
5. sexuelle (ex. syphilis, chlamydia)

Transmission = le passage d’un micro-organisme

Contamination = l’entrée du micro-organisme dans le corps
Adhésion :

Une fois que la bactérie est arrivée vers l'hôte, il faut que la bactérie puisse adhérer au
niveau de notre cellule.

✓ Étape initiale obligatoire = début du processus de colonisation

✓ Implique une adhésine bactérienne et un récepteur tissulaire
✓ Facilité par la mobilité des bactéries (flagelles)

La multiplication:

Les bactéries parfois peine à se multiplier car ne trouve pas de fer libre, mais
possède une machinerie importante pour pallier ce problème. Les bactéries
produisent par exemple des molécules de sidérophores, molécules une fois
produites peuvent aller chercher le fer dans la circulation et l’amener jusqu'à
la bactérie. Notamment par ex l’hème de l'hémoglobine qu’ils vont dégrader
pour récupérer le fer.
Nuisance de l’hôte:
1. Production d’enzymes hydrolytiques , production par les bactéries
Collagenase : Clostridium sp
Hyaluronidase : Staphylococcus sp, Streptococcus sp
Elastase : Pseudomonas aeruginosa
Coagulase : Staphylococcus aureus
DNase : Staphylococcus sp, Streptococcus sp, dégrade l’ADN.
2. Toxines:
On retrouve deux cas de toxines,

Endotoxines: lipopolysaccharides (LPS), associés à l’enveloppe des bactéries Gram-,

libérés des bactéries en train de se diviser ou lysées par la réponse cellulaire (ou au cours
d’un traitement antibiotique!).

Exotoxines: protéines extracellulaires, sécrétées ou injectées

Structure des LPS :

On parle de PAMP, commun dans plusieurs bactéries. Toute la bactérie gram- on toute cette
partie toxique.

Les familles des exotoxines,

La majorité sont les toxines AB: on retrouve une partie A et B et chaque partie a un rôle
différent.
→ Composées de 2 sous-unités (AB)
sous-unité A : porte l'activité enzymatique toxique
sous-unités B : responsables de la liaison aux récepteurs cellulaires spécifiques (permettant
la translocation transmembranaire du fragment A)

Relié le transfert de gène

avec la pathogénicité.

Il existe certaines souches

responsables des
intoxications alimentaires.

Différents modes d’infection :

La majorité agissent de la 3ème manière.

Pour le 1er c’est souvent pour les intoxications
alimentaires.
Spécificité d’action des toxines :

✓ Action diffus (ex. LPS) (fièvre, diarrhées, vomissements, hypotension)

✓ Action spécifique (= exotoxines)

- cytotoxines
- entérotoxines
- neurotoxines (toxine botulinique, toxine tétanique…)
- myotoxines
- hémotoxines
- dermatotoxines
- hépatotoxines
- néphrotoxines

Anatoxine, on les utilise pour le cas des vaccinations.

Les défenses de l’hôte

Défenses non-spécifiques

Barrières naturelles:
• barrières physiques (peau, muqueuses, cils) (quasi imperméable)
• barrières chimiques (acidité, salive, lysozyme, sueur, bile…)
• barrières des flores normales (empêchent la colonisation et la multiplication)
La peau = barrière