MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE

Introduction
La microbiologie alimentaire est une science qui s’intéresse aux aliments ainsi qu’aux micro-
organismes qui s’associent aux aliments et qui interagissent avec eux. Parmi ces micro-
organismes, nous retrouvons des pathogènes causants des maladies, et d’autres qui seront utilisés
pour transformer les aliments.
I-Microorganismes impliqués dans les aliments
1-Différentes familles de microorganismes
1-1-Bactéries
Parmi tous les types de microorganismes qui interviennent dans l'alimentation, les bactéries
forment le groupe le plus important à la fois par leur nombre, la diversité et la fréquence de leurs
interventions.
Les bactéries sont des organismes unicellulaires procaryotes, pouvant atteindre une taille moyenne
d'environ 1 à 2μm. Une enveloppe rigide, constituée de peptidoglycane, vient délimiter leur
cytoplasme relativement homogène. Il n'existe quasiment pas de compartimentation au sein de la
cellule: la bactérie ne possède pas d'organites. Le matériel génétique se présente sous la forme d'un
unique chromosome circulaire et d'éventuelles séquences d'ADN supplémentaires, également
circulaires: les plasmides. L'ADN chromosomique est concentré dans une zone particulière du
cytoplasme appelée nucléoïde. Ce génome bactérien a pour particularités d'être très condensé, ne
comportant que des séquences codantes.

Figure 1: Structure générale d'une cellule bactérienne

Les bactéries présentent une très grande diversité, sur différents points, à différents niveaux :
 Diversité morphologique : il existe de nombreuses formes cellulaires chez les bactéries. On
distingue :
- Les coccis ou microcoques de forme sphérique (staphylocoques et streptocoques) ou « en grain
de haricot » (méningocoques, gonocoques) ou encore oblongs (pneumocoques).
- les bacilles plus ou moins allongés, fins ou épais, à extrémités arrondies ou effilées ou encore
renflées en massue.
- les vibrions qui ont une forme incurvée « en virgule ».
- les spiriles et les spirochètes qui sont des bactéries spiralées ou sinueuses plus ou moins rigides.
plus ou moins sphériques ou allongées voire filamenteuses, certaines peuvent également porter des
appendices. Une nomenclature particulière permet de classer les bactéries selon leur morphologie.

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Figure 2: Différentes morphologies bactériennes

 Diversité structurale au niveau de la paroi: selon la composition et la structure de

l'enveloppe cellulaire, la bactérie est dite à coloration de Gram positive (Gram +) ou à coloration
de Gram négative (Gram-). La méthode de coloration de Gram est mise au point à la fin du
XIXème siècle par le bactériologiste Hans Christian Gram.
 Diversité métabolique: il existe chez les bactéries différents types de métabolisme, qui se
distinguent par la source d’énergie utilisée (lumineuse ou chimique), ou encore par la source
d’électrons (d’origine minérale ou organique) et le type de structure acceptant les électrons au
cours des réactions d’oxydo-réduction du métabolisme.
 Diversité du point de vue de la pathogénicité : toutes les bactéries ne sont pas pathogènes,
c’est à dire dangereuses pour la santé d’autres organismes, en particulier ici l’organisme humain.
Certaines sont même indispensables à l’homme.

1-2-Les champignons
Parmi les microorganismes retrouvés sur les aliments ingérés par l'Homme, les champignons font
partis des Eucaryotes et rassemblent un grand nombre d'espèces. Parmi ces champignons, les
moisissures et les levures ont une place importante dans l'hygiène alimentaire.

*Les moisissures
Les moisissures font partis des champignons microscopiques. Ils sont pluricellulaires et possèdent
un appareil végétatif formé par un thalle filamenteux. Ces filaments sont des hyphes, l'ensemble
de ces hyphes forment le mycélium. Ces hyphes permettent le formation de tiges appelées
conidiophores, qui produisent eux-mêmes des phialides.
Les moisissures ont une croissance polarisée qui permet une colonisation des milieux. Leur paroi
est constituée de cellulose ou de chitine. Les moisissures sont des microorganismes hétérotrophes,
ils ont donc besoin d'une source de carbone, d'azote et d'éléments minéraux dans le milieu où ils se
développent. Les moisissures colonisent un milieu sur lequel elles se trouvent et contaminent
également d'autres milieux en se multipliant par reproduction, celle-ci peut se faire via deux voies:
→ le cycle sexué où les cellules germinales fusionnent et produisent des ascospores après méiose,
ceux-ci germineront et formeront de nouveaux mycéliums ;
→ le cycle asexué où les extrémités du mycélium, les conidiophores, s'individualisent et se
dispersent dans l'air. Celles qui se déposent sur un milieu favorable, germent et se développent en
de nouveaux mycéliums. Par cette voie de reproduction, la croissance des moisissures et leur
colonisation à la surface des aliments est plus efficace et rapide.

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Il existe une grande diversité de moisissures. Parmi elles, certaines peuvent avoir un effet néfaste
sur la santé de l'Homme, d'autres n'auront aucun effet même si elles sont ingérées par l'Homme ou
encore certaines sont indispensables pour la formation de produits utilisés par l'Homme.
Les moisissures en conditions de stress, en présence d'autres microorganismes par exemple,
produisent des mycotoxines. Ces mycotoxines sont des métabolites à faible poids moléculaire qui
sont toxiques, notamment pour des bactéries et d'autres moisissures. Ces mycotoxines peuvent
ainsi être retrouvées à la surface d'aliments, essentiellement les céréales et les produits dérivés des
céréales.
Parmi les 300 mycotoxines qui peuvent être produites par les moisissures, seulement 20 peuvent
avoir un effet sur l'organisme et sont potentiellement dangereuses pour l'Homme (comme
l'aflatoxine). Il n'y a donc pas ou peu d’intoxications alimentaires dues à des mycotoxines. Mais
les moisissures restent à craindre en industrie alimentaire puisqu'elles peuvent entraîner une
altération des aliments. Cependant les moisissures sont utilisées dans de nombreux domaines, que
ce soit en pharmaceutique pour la formation d'enzymes ou d'antibiotiques (comme la pénicilline),
en industrie alimentaire pour la production de fromage (camembert, roquefort...) ou encore une
utilisation chimique (production textile et de papiers).

*Les levures
Les levures sont également des champignons microscopiques, présentes dans tout l'environnement
qui entoure l'Homme. Elles se présentent sous forme de cellules isolées, non photosynthétiques.
Elles sont capables de se développer dans un milieu aérobie mais aussi anaérobie. Leur paroi est
constituée de polymères de glucides. Elles métabolisent les sucres.
Les levures se développent sur un milieu via deux voies de reproduction:
→ le cycle asexué, dans la majeure partie du temps, où il existe deux types de division par mitose
: soit par bourgeonnement (le matériel génétique est répliqué avant qu'il y ai étranglement et
séparation de la cellule mère, la cellule fille est libérée), soit par fission (simple division de la
cellule).
→ le cycle sexué pour certaines levures comme les ascomycètes ou les basidiomycètes. La levure
subie deux divisions successives, formant des ascospores.

Comme pour les moisissures, il existe une grande diversité de levures avec une part qui peuvent
être pathogènes pour l'Homme, mais qui pour la majeure partie sont inoffensives pour la santé de
l'Homme.
La présence de levures sur la surface d'aliments peut, dans certains cas, entraîner une altération de
ces aliments. Lorsqu'elles prolifèrent sur des aliments en une concentration trop importante, le
goût, la texture et l'apparence peuvent être détériorés. Cependant, certaines levures sont utilisées
par l'Homme dans divers domaines. Elles ont une place importante en industrie alimentaire, pour
la production de boissons fermentées, de pain ou encore de fromage. Mais elles ont également un
rôle important dans la production d'éthanol qui servira en cosmétique ou encore pharmaceutique.
Elles peuvent encore intervenir dans la production de biocarburants ou d'enzymes.

1-3-Les virus
Les virus sont des microorganismes de petites tailles, mesurant entre 10 et 400 nm. Ils sont
constitués d'acide nucléique qui est protégé de leur environnement par une coque appelée capside.
L'acide nucléique des virus est soit de l'ADN soit de l'ARN. Certains virus possèdent également
une enveloppe.
Ils nécessitent un hôte pour rester vivants et pouvoir se multiplier dans cet hôte. Le plus souvent,
ces hôtes sont des cellules. Les virus utilisent le métabolisme et les différents constituants
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cellulaires de l'hôte, notamment pour leur reproduction. En effet, ils ne possèdent pas le matériel
nécessaire pour réaliser une reproduction autonome. Ils sont, vis-à-vis des hôtes qu'ils occupent,
de véritables parasites, puisqu'ils détournent leur métabolisme en leur faveur. De plus, ces virus
présentent une grande résistance même dans des conditions difficiles.
Il existe une grande diversité de virus, notamment en fonction de leur structure. En effet, il existe
les virus hélicoïdaux, les virus complexes, les virus icosaédriques ou encore les virus enveloppés.
Des virus sont utilisés par l'Homme, notamment dans le domaine de biologie moléculaire et
cellulaire. Ils peuvent être utilisés comme vecteur de gène ou encore dans les thérapies géniques.
Cependant un nombre restreint de virus peut être à l'origine de maladies alimentaires et être
pathogène pour l'Homme.
Ces virus pénètrent dans les cellules hôtes et détournent la machinerie de réplication des cellules
hôtes. De nouvelles particules virales sont alors synthétisées. Après un assemblement de celles-ci,
de nombreux virions sont formés. Les virions sont libérés par la lyse des cellules hôtes et sont
disséminés dans l'organisme. Les virus, ingérés par le biais des aliments, sont la cause de plus de
10% des toxi-infections alimentaires.

1-4-Les parasites
Parmi les microorganismes qui interviennent dans l'hygiène alimentaire, les parasites sont des
êtres vivants qui vivent dans un hôte et vont se reproduire au sein de celui-ci, sur le long terme. Ils
détournent ainsi tout ce dont ils ont besoin pour se nourrir, se protéger ou encore être transporter.
L'augmentation du nombre de parasites au sein d'un hôte se fait par reproduction sexuée, c'est-à-
dire par une ponte d’oeufs ou d'autres formes de dissémination.
Il existe une grande diversité des parasites :
→ les ectoparasites : ils vivent dans les parties externes de leur hôte.
→ les endoparasites : ils entrent dans l'hôte en le perçant.
→ les mésoparasites : ils entrent dans l'hôte sans le perforer.
Les parasites sont des microorganismes qui sont pathogènes pour l'Homme. En effet, lorsque
l'Homme ingère des parasites, par le biais d'aliments, que ce soit au stade de larve ou au stade
adulte, la multiplication du nombre de parasites peut être pathogène pour l'hôte, c'est-à-dire
l'Homme ici.

2-Actions des microorganismes

2-1-Microorganismes pathogènes
2-1-1-Actions des microorganismes pathogènes sur aliments
La plupart de nos aliments constituent des milieux favorables à la croissance de divers
microorganismes. En effet, les aliments contiennent diverses matières organiques pouvant être
consommées par des bactéries ou des champignons (moisissures). Rarement stériles, les aliments
hébergent les microorganismes dont le développement modifie leurs qualités et peut entraîner une
putréfaction (modification de l’aspect, odeurs nauséabondes,…). Les aliments sont alors avariés.
C’est la raison pour laquelle la mise sur le marché d’un certain nombre d’aliments est
accompagnée d’une date limite de consommation, au-delà de laquelle l’aliment n’est plus
considéré comme comestible. Plusieurs actions des microorganismes sont responsables de
l'altération des aliments, on distingue par exemple :

*Les bactéries lactiques qui modifient les sucres contenus dans le lait pour leur donner un goût
aigre et acide

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*Les bactéries de putréfaction (ex : Pseudomonas), s'attaquent aux protéines des viandes,
poissons, œufs. Elles produisent des gaz responsables de très mauvaises odeurs.
*Les bactéries de rancissement dégradent les lipides (gras) du beurre, de la crème fraiche, de la
margarine et des graisses animales en produits toxiques et acides. L'aliment prend une odeur
rance et ne doit pas être consommé.
*Les champignons (moisissures et levures) se développent dans de nombreux aliments (fruits,
légumes, confitures, viandes etc).

En d’autres termes, les aliments altérés subissent des transformations qui se traduisent par :
*Modification des qualités organoleptiques (goût, odeur, aspect)
*Perte des qualités nutritionnelles (aliments moins digestes, moins riches en vitamines et
minéraux)
*Perte des qualités sanitaires, avec un aliment présentant des risques pour la santé
L'altération des fruits et légumes s'observe facilement : ils se ramollissent, présentent des taches
brunes ou des moisissures.
Pour certains aliments, seul le goût sera modifié, sans changement d'aspect ; ainsi, les boissons
sucrées piquent dans le palais, tandis que les sauces bouillon s'acidifient.
Les microorganismes d'altération peuvent provenir d'une contamination externe (opérateur
etc...) mais aussi des aliments en eux-mêmes, s'ils sont mal stockés.

2-1-2- Actions des microorganismes pathogènes sur le consommateur

La présence des microorganismes pathogènes dans l’alimentation peut conduire à différentes

maladies appelées maladies liées l’alimentation.

2-1-2-1-Pourvoir pathogène et virulence des microorganismes

Le pouvoir pathogène est la capacité d'un microorganisme (l'agent pathogène) de causer une
maladie dont les symptômes sont d'intensité variable.
La virulence d'un microorganisme traduit la gravité des troubles engendrés chez l'hôte, autrement
dit le degré du pouvoir pathogène.
La virulence est une notion quantitative alors que le pouvoir pathogène est une notion qualitative.
Ainsi pour un même pouvoir pathogène, il peut y avoir des souches plus ou moins virulentes.
Exemple : Shigella dysenteriae et Shigella flexneri sont toutes les deux responsables d'une
dysenterie bacillaire, mais pas avec les mêmes doses. Quelques bactéries suffisent pour
développer une infection avec S.dysenteriae alors que plusieurs milliers sont nécessaires avec S.
flexneri. Cette espèce est donc considérée comme moins virulente que S.dysenteriae.
Le pouvoir pathogène des microorganismes est conditionné par plusieurs facteurs :
*la capacité des bactéries à se multiplier dans l'hôte : le pouvoir invasif
*la capacité des bactéries à libérer des toxines : le pouvoir toxique
*les résistances opposées par l'organisme hôte : le "terrain".

 Pouvoir invasif
C’est la capacité d’un microorganisme à pénétrer et à se propager à l’intérieur de l’organisme, à
s’y multiplier et à y occasionner des destructions tissulaires ou fonctionnelles.

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  Pouvoir toxique

C'est la capacité d'un microorganisme à produire des toxines.

On distingue deux types de toxines :
*les exotoxines sont des protéines produites lors de la croissance bactérienne, libérées pendant
la vie du microorganisme. Les effets des exotoxines sont très variables, et peuvent être
particulièrement violents (exemple : toxines tétaniques et botuliques).

*les endotoxines sont des molécules faisant partie de la paroi cellulaire, et libérées uniquement
lors de la destruction du microorganisme. Les effets des endotoxines sont similaires pour toutes
les endotoxines. Ils sont plus faibles que les exotoxines mais si l'hôte est infecté par une grande
quantité de microorganismes, il peut y avoir un choc septique à cause de la trop grande quantité
d'endotoxines dans le corps.

2-1-2-2-Maladies liées à l’alimentation

L’OMS caractérise les maladies liées à l’alimentation comme étant « Toute maladie de nature
infectieuse ou toxique causée par, ou pensé pour être causée par la consommation d'aliments ou de
l'eau ». Il en existe deux grandes catégories, les toxi-infections (ou intoxication alimentaire) et les
infections alimentaires.

2-3-2-2-1- Intoxications alimentaires

Les intoxications sont causées, comme leur nom l’indique, par l’ingestion de toxines présentes
dans les aliments, toxines qui peuvent être produites par les microorganismes présents dans les
denrées. Les plus couramment rencontrées sont celles que produisent Staphylococcus aureus et
Clostridium botulinum. Cette dernière est responsable du botulisme, maladie causée par
l’ingestion de la plus virulente toxine naturelle existante, la toxine botulique, synthétisée en
anaérobie par cette bactérie. Elle se traduit par une inhibition de la libération d’acétylcholine au
niveau des jonctions neuromusculaire, entrainant une paralysie extrêmement dangereuse qui peut
s’étendre à l’appareil respiratoire.
Une Toxi-Infection Alimentaire est dite collective (Toxi-Infection Alimentaire Collective ou
TIAC) lorsqu'elle touche plus d'une personne.

2-3-2-2-2- Infections alimentaires

Les infections, elles, impliquent l’absorption via la nourriture de microorganismes infectieux,
comme les Campylobacter, les Salmonelles, et certaines E. coli pour les bactéries, mais certains
virus peuvent également provoquer des infections.
De ces dernières résultent souvent des symptômes gênants mais bénins tels que des vomissements
ou des diarrhées, mais qui dans les cas les plus critiques, peuvent avoir des conséquences pouvant
aller jusqu’à l’hospitalisation du patient : il est alors question de Salmonellose, l’infection
alimentaire la plus connue, causée par les salmonelles, qui peut entrainer des complications graves
et la mort de l’individu . Hormis les symptômes déjà cités, la salmonellose s’accompagne de
douleurs abdominales, de fièvre et de maux de tête. Le traitement consiste à prendre en charge les
symptômes, l’infection ne durant pas plus de 5 à 7 jours.

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2-2-Les microorganismes utiles
Les bactéries lactiques sont utiles dans la fabrication de yaourts et de fromages mais aussi dans la
fabrication d’une boisson le kéfir ou encore la choucroute.
Les bifidobactéries sont apportées dans les laits fermentés et elles peuvent rester présentes jusqu’à
la date limite de consommation, elles sont aussi à l’origine d’un arôme particulier.
Les corynébactéries sont présentes sur la croûte des fromages mais aussi peuvent être utilisées
dans la synthèse d’acides aminés.
Les bactéries acétiques permettent la fermentation acétique, on peut les retrouver dans le vin ou
encore le cidre sous forme d’un léger voile qui se forme à la surface.
Les bactéries propioniques sont nécessaires à l’affinage des fromages à pâte pressée cuite. Elles
sont responsables de la conservation de ces aliments mais leur donnent aussi un goût particulier.

II-CROISSANCE DES MICROORGANISMES DANS LES ALIMENTS

Les microorganismes utilisent les substances nutritives qui se trouvent dans les aliments pour se
multiplier, leur croissance est contrôlée par des facteurs liés à l’aliment lui-même, ou facteurs
intrinsèques, et aussi par d’autres liés à l’environnement où l’aliment est conservé, ce sont les
facteurs extrinsèques :
1-Les facteurs intrinsèques

1-1-La composition de l’aliment

Pour se multiplier chaque microorganisme a besoin de substances nutritives spécifiques, de sels
minéraux, de glucides, d’acides aminés, d’acides organiques,d’eau, de facteurs de croissance et de
vitamines, donc plus un aliment est riche plus il est favorable à la prolifération microbienne.

1-2-Le pH
Chaque microorganisme à un pH optimum de croissance. Ceci est en relation avec l’activité de ses
enzymes, elle-même liée à leur conformation qui varie en fonction de l’acidité du milieu.
Les microorganismes acidophiles ont un optimum de croissance compris entre 0 et 5,5.
Les neutrophiles ont un optimum de croissance compris entre 5,5 et 8.
Les alcalophiles ont un optimum de croissance compris entre 8 et 11.
Un pH acide, inférieur à 4.5, favorise la prolifération des levures, des champignons et de certaines
bactéries (bactéries acétiques, propioniques, lactiques…etc.)
Un pH compris entre 4.5 et 9 permet la croissance de nombreuses espèces bactériennes dont les
bactéries pathogènes.
La prolifération d’un microorganisme dans un aliment est plus importante lorsque le pH de
l’aliment est proche de son optimum de croissance. Le pH extérieur influence le pH intérieur du
microorganisme ce qui cause :
• Une perturbation de la perméabilité et des échanges

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• Ralentissement des enzymes glycolytiques et en conséquence la production d’ATP
• Dénaturation de l’ADN et des protéines lorsque le pH est faible.
• Indisponibilité des ions métalliques suite à leur complexation aux pH acides ou basiques ce qui
les rend insolubles
1-3- Effet de l’eau libre
Une substance ou l’atmosphère renferme une quantité plus ou moins importante d’eau. Cette eau
peut être liée ou libre.
Eau liée est la partie de l’eau liée aux molécules de matière par des liaisons électriques : elle n’est
donc pas disponible pour les microorganismes.

Eau libre : les molécules d’eau qui ne sont pas liées constituent l’eau libre. Cette eau libre peut
être mesurée en laboratoire et s’appelle : Activité de l’eau (Activity of Water = Aw).
L’Aw représente la quantité d’eau disponible pour que les microorganismes puissent réaliser des
réactions d’hydrolyse qui pourrait détériorer les aliments. Cette eau est disponible et permet aux
microorganismes de se développer.
L’activité de l’eau (Aw) est inversement proportionnelle à la pression osmotique d’un composé.
Ainsi, elle est affectée par la présence plus ou moins importante de sels ou de sucres dissous dans
l’eau. Le seuil minimal nécessaire aux bactéries est généralement compris entre 0,75 et 0,95. Ceci
correspond à l’Aw des aliments, qui se situent entre 0,60 et 1, pour les aliments non secs.

C’est pourquoi certains aliments sont déshydratés afin de permettre leur conservation, la poudre de
lait, par exemple, a une quantité d’eau disponible inférieure à 0,60. Ainsi, les microorganismes ne
peuvent pas la détériorer, ou peu.

Exemple:
Eau pure : Aw = 1
Produits frais : Aw compris entre 0,95 et 1
Produits secs : Aw compris entre 0,70 et 0,91
Produits déshydratés : Aw inférieur à 0,30
La plupart des moisissures supportent bien les teneurs élevées en sel et surtout en sucre. Chaque
microorganisme possède ses conditions optimales de développement. Ci-dessous la comparaison
des paramètres de croissance entre une moisissure et une bactérie.

2 -Les facteurs extrinsèques

2-1-Effet de l’oxygène
Il existe plusieurs classes de microorganismes en fonction de leurs rapports avec l’oxygène.

 Les aérobies stricts ne se développent qu’en présence d’air. Leur source principale
d’énergie est la respiration. L’oxygène moléculaire, ultime accepteur d’électron, est réduit en eau
(Pseudomonas,Acinetobacter, Neisseria).
 Les microaérophiles se développent mieux ou exclusivement lorsque la pression partielle
d’oxygène est inférieure à celle de l’air c'est-à-dire les faibles pressions d'oxygène
(Campylobacter, Mycobacteriaceae).

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  Les aéro-anaérobies facultatifs se développent avec ou sans air. C’est le cas de la majorité
des bactéries rencontrées en pathologie médicale : les entérobactéries (Escherichia, Salmonella),
les
streptocoques, les staphylocoques. L’énergie provient de l’oxydation des substrats et de la voie
fermentaire.

 Les anaérobies stricts ne se développent qu’en absence totale ou presque d’oxygène qui est
le plus souvent toxique. Ces microorganismes doivent se cultiver sous atmosphère réductrice. La
totalité de l’énergie est produite par fermentation.

2-2- Effet de la température

Les microorganismes peuvent être classés selon leur température optimale de croissance:
 Les mésophiles (Ex. : Escherichia coli) :
Intervalle de croissance +20°C – +45°C
Température optimale +30°C – +37°C
température de croissance proche de celle du corps humain (37°C)
 Les thermophiles (Ex. : Thermus aquaticus) :
Intervalle de croissance +35°C – +70°C
Température optimale +40°C – +55°C
 Les psychrophiles (Ex. : Pseudomonas) :
Intervalle de croissance 0°C – +25°C
Température optimale +20°C – +25°C

Figure 3: Taux de croissance des

microorganismes en fonction de
la température

La température joue un rôle important dans la croissance des moisissures, la plupart se

développent bien entre 15 et 30 °C, avec une température optimale située entre 20 et 25 °C. Leur
croissance est habituellement stoppée ou ralentie par la réfrigération, sauf pour des espèces
comme les Cladosporium, Sporotrichum et Thamnidium, qui continuent à se développer, bien que
très lentement, jusqu'au voisinage de -10 °C. On remarque souvent leur présence dans les
entrepôts frigorifiques.
Il existe également des moisissures capables de se développées jusqu'à 57 °C.

Activité 2 : Techniques de conservation des aliments

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