Cours : Bactériologie

2ème année médecine

Année Universitaire : 2024-2025

Pr . Ghita Benjelloun Touimi

 Le Monde microbien

- Les micro-organismes (appelés aussi microbes et protistes), forment un ensemble d’organismes vivants

microscopiques (c.à-d. invisibles à l’œil nu). Ils diffèrent et varient par leur morphologie, leur physiologie, leur

mode de reproduction et leur écologie.

- Ils sont représentés par les bactéries, les protozoaires, les champignons (Mycètes) microscopiques, et les

algues.

- Les virus sont considérés, quant à eux, comme des micro-organismes non vivants, acellulaires entièrement

dépendant de leurs cellules hôtes

Historique
 Historique
- Au cours des années 1670 et 1680, un marchand hollandais

‘’Antoni van Leeuwenhoek’’ fut le premier à décrire l’existence

d’organismes vivants invisibles à l’œil nu (micro-organismes).

- Les premières observations des microorganismes ont été réalisées

par le Hollandais Antonie van Leeuwenhoek (1632-1723), qui

construisait des microscopes simples, composés de lentilles doubles

convexes maintenues entre deux plaques d'argent , Ses microscopes

agrandissaient de 50 à 300 fois et rendait visible des bactéries et des

protozoaires.
 Historique

Luis Pasteur

 En 1850, Luis Pasteur (1822-1895) apporta la preuve définitive pour le refus de la génération spontanée.

 Il prouva que les phénomènes de fermentation étaient engendrés par des micro-organismes.

 De plus, il établit le lien entre les micro-organismes et les agents infectieux.

 Pasteur fut également l'architecte de milieux de culture et développa des méthodes de destruction des

micro-organismes, notamment l'utilisation de l'autoclave et la technique de pasteurisation.

Le médecin allemand Robert Koch (1843-1910) est le premier à établir

une base scientifique pour déterminer si un microbe spécifique cause une

Robert Koch
maladie spécifique.

Koch développa les principales méthodes et techniques encore utilisées

aujourd'hui pour l'investigation microbienne, y compris la technique de

culture pure et les postulats de Koch célèbres pour identifier l'agent

causal d'une maladie.

Il a appliqué ses méthodes pour de nombreuses maladies mortelles, y

compris la fièvre charbonneuse causée par Bacillus anthracis et la

tuberculose causé par Mycobacterium tuberculosis.

 Historique

- En 1866, E. Haeckel divise le monde vivant en trois règnes, le règne animal, le règne végétal et le règne

des protistes qui rassemble les algues, les protozoaires, les champignons et les bactéries.

- En 1937 et grâce à l’invention du microscope électronique, Edward Chatton mis en opposition deux types

de cellules, la cellule eucaryote (noyau est entouré d'une membrane et qui renferme des d'organites

cellulaires) et la cellule procaryote (noyau sans membrane et dont l'organisation est très simple).

- En 1938, H.F. Copeland sépare le règne des bactéries (ou "Monera") de celui des protistes. Cette définition

des procaryotes fut renforcée en 1961 par Roger Stanier.

 Historique

Les postulats de Koch

Il obtient le prix Nobel de médecine et de physiologie en 1905

 Différence entre eubactérie, eucaryote et archaebactérie
 Par rapport aux cellules eucaryotes, les cellules procaryotes n’ont pas de membrane nucléaire, pas de noyau différencié, pas d’appareil de

Golgi, pas de protéines histones, pas de mitochondries, ni de chloroplastes.

 Ces deux dernières organelles dérivent d’ailleurs de bactéries ancestrales qui ont développés une relation symbiotiques avec les cellules

eucaryotes.

 Les cellules procaryotes possèdent un chromosome sous forme d’une molécule circulaire d’acide désoxyribonucléique et des ribosomes

avec une valeur de sédimentation 70S (ceux des cellules eucaryotes ont une valeur de sédimentation 80S).

 De plus, les (eu)bactéries possèdent une structure externe à la membrane plasmique, qui s’appelle la paroi (mis à part les mycoplasmes et

les chlamydies), qui formée d’une molécule particulière appelée le peptidoglycan, que l’on ne retourve pas dans la paroi de

archaebactéries. D’autres différences entre cellule eucaryotes, (eu)bactéries et archaebactéries sont reprises dans le tableau1.

 Les archaebactéries forment un groupe de bactéries primitives, telles qu’elles devaient exister au temps de l’atmosphère primitive de la

terre. Elles ne comprennent aucune espèce d’intérêt médical, mais sont d’un très grand intérêt biologique en général, car elles vivent dans

des conditions extrêmes (bactéries extrémophiles) : sources d’eau bouillante, abysses des océans, mer Morte, lacs acides, ...
 Caractéristiques Eucaryotes Archae(bactéries) (Eu)bactéries
Paroi bactérienne Absente Absente ou présente sans Présente avec peptidoglycan
peptidoglycan

Lipides membranaires Chaînes droites unies au glycérol par Chaînes ramifiées unies au glycérol Chaînes droites unies au glycérol par
des liaisons ester par des liaisons éther des liaisons ester

Génome 2n chromosomes linéaires dans le noyau Un chromosome circulaire libre Un chromosome circulaire libre

Introns dans les gènes Oui ? Non

Protéines histones Oui Non Non
Gènes ARNr 18S, 5.8S, 28S 16S, 23S, 5S 16S, 23S, 5S
Taille ribosomes 80S 70S 70S
Sensibilité ribosomale (td, cyclo, cmp) toxine diphtérique (td), cycloheximide toxine diphtérique (td) Chloramphénicol (cmp)
(cyclo)

Boucle d’ARNr se liant aux protéines Non Non Oui

ribosomales
Séquence commune aux ARNt Oui (Gua-Thy-Psduridine-Cyt-Gua) Non Oui (Gua-Thy-Psduridine-Cyt-Gua)

Codon d’initiation Méthionine Méthionine Formylméthionine

Reproduction Mitose Scissiparité Scissiparité
1- Généralités
 1- définition d’une bactérie
Les bactéries sont des organismes unicellulaires procaryotes. Elles n’ont pas de noyau et leur génome
est le plus petit des cellules vivantes.
Les bactéries se divisent en eubactéries et en archaebactéries.
1.2. Formes et aspects au microscope
1-2 Forme et groupement des bactéries

Enveloppe rigide responsable de :

Forme :
- sphériques = cocci
- cylindriques (bâtonnets) = bacilles
- hélicoïdales = spirochètes
Arrangement ou groupement : dépend du plan de division
chaînes (streptocoques)
amas (staphylocoques)
diplocoques (pneumocoques)
palissades (corynébactéries)
Coloration : Gram +/- ; Ziehl
A- Coques
Les coques sont des bactéries de type sphérique (coccus = grain, baie).

Il s’agit d’un nom générique qui n’a aucune valeur de nomenclature, mais aide à l’enseignement

et à la classification en général.

Toutes les bactéries cocciformes n’ont pas une forme sphérique parfaite : certaines sont

allongées, d’autres présentent une face aplatie, etc.

Les coques se multiplient selon un, deux ou trois plans de division.

Les formes qui en résultent sont respectivement des chaînettes, des tétrades ou des amas.

La taille moyenne des coques est de 0,8 à 1 µm avec des extrêmes de 0,5 à 2 µm .
 Diplocoques (Diplo = deux)

Les diplocoques sont formés de deux coques assemblés : Streptococcus pneumoniae, Neisseria spp.

 Streptocoques (Streptus = pliable, flexible)

Les streptocoques sont formés de chaînettes de coques. Ces chaînettes sont plus ou moins longues :
Streptococcus spp., Enterococcus spp.

 Tétrades
Les tétrades sont des amas de quatre bactéries formés suite à l’existence de deux plans de division cellulaire.

 Sarcines (Sarcina = un paquet)

Les sarcines sont des amas réguliers en trois dimensions de huit cellules bactériennes suite à l’existence de trois
plans de division cellulaire se succédant de manière ordonnée : Sarcina spp.

 Staphylocoques (Staphylo = grappe de raisin)

Les staphylocoques sont des amas irréguliers de bactéries formés suite à l’existence de trois plans de division
cellulaire se succédant de manière anarchique : Staphylococcus spp., Micrococcus spp.
 B- Bacilles ou bâtonnets
 Les bacilles sont des bactéries allongées dont un axe est de toute évidence plus grand que l’autre.

 Il n’y a pas toujours une limite bien nette et franche entre les bâtonnets et les coques : certains coques sont

allongés ; certains bâtonnets sont très courts et à extrémités arrondies (coccobacilles).

 La longueur du bâtonnet peut varier dans certaines limites selon les conditions et l’âge de la culture pour

une souche donnée, comme il a déjà été dit.

 Les bâtonnets ne présentent qu’un seul plan de division cellulaire : médian.

 Dans une culture en multiplication, les bâtonnets sont isolés, en paires (diplobacilles), en chaînettes plus ou

moins longues (streptobacilles), en amas plus ou moins irréguliers (en lettres chinoises) selon les espèces,

les souches et les conditions de culture.

 2-2 Morphologie et
structure de la cellule
bactérienne
2-2 Morphologie et structure de la cellule bactérienne
2-1-Généralités et fonctions
- ne possèdent pas de noyaux
-possèdent un ADN circulaire ou linéaire, situé dans le cytoplasme
- la réplication, la transcription et la traduction de l’ADN se fait directement dans le cytoplasme.
- Les procaryotes n’ont pas de cloisonnement cytoplasmique
- La membrane est doublée d’une couche de peptidoglycane formant la paroi cellulaire
- La substance fondamentale du cytoplasme est appelé le cytosol qui est rigide chez les procaryotes,
avec une absence de flux (ni exocytose, ni endocytose)
- ne possèdent ni organites ni cytosquelette.
 2-2 Morphologie et structure de la cellule bactérienne
2-1-Généralités et fonctions
Les membranes sont absolument nécessaires à tous les organismes vivants, elles assurent les interactions des
cellules avec leur environnement.
Les membranes cytoplasmiques des procaryotes sont particulièrement importantes étant donné qu’elles
doivent remplir un très nombre de rôles différents.
En plus de contenir le cytoplasme, elle sert aussi
- de barrière perméable sélective : elle permet aux ions et aux molécules de passer vers l’intérieur ou
1’extérieur de la cellule tout en empêchant le mouvement d’autres.
- le site d’une série de processus métaboliques essentiels : la respiration, la photosynthèse, la
synthèse des lipides et des constituants de la paroi cellulaire.
- Enfin, les membranes contiennent des molécules réceptrices spéciales qui permettent à la bactérie
de détecter et de répondre aux substances chimiques présentes dans leur environnement.
2-2 Composition et structure
 La membrane plasmique des bactéries est semblable à celle des cellules eucaryotes et joue le même rôle : limiter
le cytoplasme.
 Elle est identique pour l’ensemble des eubactéries.
 Sa structure est familière : une double couche (8 nm) de lipides (30 à 40 %) avec insertion de protéines (60 à 70
%) tournées soit vers la face interne, soit vers la face externe, ou présentes dans l’entièreté de son épaisseur.
 Cette structure est bien sûr dynamique, au contraire de ce qu’elle semble être dans des représentations
schématiques.
 Les phospholipides qui la composent représentent 75 % de la teneur cellulaire totale en lipides.
 Elle contient aussi plusieurs centaines de types différents de protéines qui représentent 6 à 9 % de la teneur
cellulaire totale en protéines.
 Les protéines membranaires interviennent dans de nombreux processus de la vie de la cellule bactérienne :
réactions enzymatiques, transports actifs, relais d’hormones et de toxines qui ne peuvent la franchir.
 Certains antibiotiques (les polymyxines), divers antiseptiques et des toxines bactériennes (colocines,
bactériocines) ont pour lieu d’action la membrane plasmique.
2-1- la paroi cellulaire des bactéries

 La paroi cellulaire est pour plusieurs raisons une des parties les plus importantes d'une cellule procaryote.

 la plupart des bactéries ont une paroi qui leur donne une forme et les protège de la lyse osmotique.

 Les parois cellulaires de nombreux agents pathogènes ont des constituants qui contribuent au pouvoir

pathogène
 Sur base de la composition et de la structure de la paroi, deux groupes de bactéries

sont en fait décrits,

 les Gram+ et les Gram-,.

 Les bactéries à structure de paroi Gram+ ont reçu le nom de FIRMICUTES (firmus =

fort ; cutis = peau) et font partie de la division II du royaume des procaryotes ;

 celles à structure de paroi Gram- le nom de GRACILICUTES (gracilis = mince ; cutis

= peau) et font partie de la division I du royaume des procaryotes.

 A- Paroi des Gram +
 La paroi des bactéries Gram+ est épaisse (20 à 80 nm) et offre un aspect homogène.
 Elle est composée essentiellement du peptidoglycan associé à des carbohydrates, dont le plus connu est
l’acide teichoïque. L’espace situé entre la membrane plasmique et la paroi s’appelle le périplasme.
 Dans certaines espèces de bactéries Gram+, une couche de protéines ou de polysaccharides recouvre la
paroi (= couche S ; glycocalyx ; capsule ; zooglée).
B- Paroi des Gram -
 La paroi des bactéries Gram- est plus fine et plus complexe.

 La couche de peptidoglycan ne dépasse pas 5 nm.

 Elle est entourée d’une membrane externe similaire à la membrane plasmique dans laquelle se trouvent
ancrés divers antigènes, dont l’antigène somatique de nature lipopolysaccharidique.
 L’espace entre la membrane plasmique et la membrane externe s’appelle le périplasme.
 Extérieure à la membrane externe des bactéries Gram- se retrouve une couche protéique ou
polysacharridique (= la couche S ; le glycocalyx ; la capsule ; la zooglée).
Paroi des bactéries
Les différences entre la paroi Gram- et la paroi Gram+
2-2 Peptidoglycan
- La molécule de peptidoglycan (PDG) est un complexe polymère tridimensionnel qui
entoure toute la cellule bactérienne.
- Ce polymère comprend deux sucres aminés et au moins quatre acides aminés différents.
- Ces six molécules forment l’unité du polymère : le muropeptide.
- La composition du muropeptide et la structure exacte du PDG diffèrent selon les
bactéries.
- Le peptidoglycane est un polymère complexe constitué de deux parties :
Une partie glucidique : le polysaccharide. Elle est formée d'une alternance de molécules
de N-acétylglucosamine, et d'acide N-acétylmuramique.
Une partie peptidique : Elle est composée de chaînes peptidiques composées de 4 AA
(Acides Aminés) et attachées à l'acide N-acétylmuramique
Structure du PDG bactérien
 Les fonctions du petidoglycan (PDG)

 La molécule de PDG assure la rigidité et la forme cellulaire.

 Elle est ainsi capable d’endurer des stress extrêmement élevés dus à la différence entre la pression osmotique du

cytoplasme et celle du milieu extérieur à la bactérie.

 Si cette notion est d’interprétation facile pour les bactéries Gram+, elle l’est moins pour les bactéries Gram-

chez lesquelles le PDG est réduit à deux ou trois couches.

 Cependant, chez ces bactéries Gram-, une structure supplémentaire existe : la membrane externe, qui

pourrait pallier la relative minceur du PDG, en intervenant comme un premier filtre.

 Lorsque la paroi cellulaire, et en particulier le PDG, est amoindrie, ou lorsque sa synthèse est bloquée, et lorsque

cette bactérie est placée dans un milieu hypotonique, la membrane cytoplasmique éclate et la cellule meurt.

Cependant, la cellule peut aussi se transformer sous certaines conditions favorables

 2-3-Eléments extérieurs à la paroi
La couche S
 La couche S consiste en une couche de quelques nm d’épaisseur formée d’un ou de deux types de polypeptides, parfois liés à
des hydrates de carbone, arrangés en réseau d’aspect crystallin carré, hexagonal ou oblique (aspect comparable à celui de la
cotte de mailles des chevaliers).
 Cette couche est résistante aux détergents et aux protéases.
 Chez les bactéries Gram+, la couche S se retrouve à l’extérieur du peptidoglycan auquel elle n’est pas liée de manière
covalente, tandis que chez les bactéries Gram-, elle se retrouve à l’extérieur de la membrane externe.
 Le lipopolysaccharide (LPS) joue un rôle dans l’ancrage de la couche S.
 La couche S sert, pense-t-on, de filtre excluant aussi bien l’entrée que la sortie des molécules trop grosses, mais pourrait
aussi posséder des fonctions antiphagocytaires (Aeromonas salmonicida ; voir chapitre 7) et antibactériophage.
 Une des raisons de ces rôles de défense serait que la couche S masque les charges électriques négatives de la cellule
bactérienne, lui conférant des propriétés hydrophobes.
 Sa formation se ferait par auto-assemblage des protéines qui la composent.
Le glycocalyx

Le glycocalyx est une couche de matériel gélatineux constitué de polysaccharides fibrillaires et

qui entoure la paroi cellulaire.

Il s’agit d’un constituant universel du monde bactérien, non visible au microscope électronique,

perdu rapidement après passage en culture in vitro.

Le glycocalyx constitue pour les bactéries un élément qui leur permet d’adhérer entre elles et

de former des microcolonies à la surface des muqueuses ou de matériel inerte (cathéters,

chirurgie orthopédique…).
 La capsule

 La capsule bactérienne représente une couche hypertrophiée de glycocalyx, réalisant autour du corps

bactérien une véritable auréole, en contact direct avec la paroi et visible au microscope optique.

 La capsule est mise en évidence par coloration négative (encre de Chine par exemple) ou positive (Giemsa

par exemple) (voir section coloration).

 Certaines bactéries vont produire un glycocalyx tellement important et hydraté en primoculture qu’il en

devient visible à l’oeil nu : colonies mucoïdes ou “ pleureuses ”.

 Il en résulte des modifications antigéniques ainsi que de sensibilité à certains antibiotiques (discordance

entre l’antibiogramme du laboratoire et le résultat du traitement clinique), aux bactériocines et aux phages.
 Appendices de surface

Au-delà des couches externes se trouve le milieu extérieur.

Cependant, certaines structures bactériennes supplémentaires ancrées dans les membranes

sont en contact direct avec ce milieu extérieur et permettent à la bactérie d’entrer en

relation avec les constituants de milieu extérieur :

- les cils ou flagelles,

- les fimbriae et

- les pili sexuels.

 1- Les flagelles / les cils

Les flagelles, encore appelés cils, sont des structures bactériennes facultatives. Ce sont
des organes filamenteux, permettant la locomotion des bactéries.

Ils sont longs d'une dizaine de μm et ont un diamètre qui varie entre 12 à 30
nanomètres.
Ils sont composés de protéines (flagellines), d'un PM de 15 à 70 kDal.
Leur nombre varie de 1 à 30 selon les espèces bactériennes. Ils sont souvent rencontrés
chez les bacilles et rarement chez les cocci.
Ils jouent un rôle important dans la spécificité antigénique des bactéries (antigènes H).
 1- Les flagelles / les cils

Pour les observer, il faut recourir à divers artifices :

a) examen microscopique à frais en liquide visqueux : les cils ralentis dans leurs
mouvements s’enchevêtrent et forment des torsades plus ou moins épaisses ;
b) des colorations ;
c) la microscopie électronique.
Toutes les bactéries ciliées, c’est-à-dire mobiles, ne possèdent pas le même nombre
de cils et ceux-ci présentent des arrangements divers autour de la bactérie.
 1- Les flagelles / les cils
 Les bactéries monotriches possèdent un cil à une extrémité du
bâtonnet (Pseudomonas aeruginosa) ;
 les bactéries amphitriches ou céphalotriches possèdent un cil à chaque
extrémité (certains spirochètes) ;
 les bactéries lophobranches possèdent une touffe de cils à une
extrémité ou aux deux (certains spirochètes) ;
 les bactéries péritriches possèdent beaucoup de cils sur toute leur
surface (Proteus spp., Clostridium tetani, Cl. chauvoei, Cl. septicum) ;
 les bactéries péritriches dégénérées possèdent peu de cils répartis sur
toute leur surface (Bordetella bronchiseptica).
Les cils et flagelles sont animés de mouvements hélicoïdaux très rapides et permettent

aux bactéries qui en sont pourvues la capacité de se déplacer. Ainsi les bactéries peuvent

bouger :

- Très rapidement (Pseudomonas spp., Proteus spp.) ;

- Plus lentement (Campylobacter spp., Bordetella bronchiseptica surtout) ;

- En ligne droite (Proteus spp., Pseudomonas spp.) ;

 2- Les Pili ou fimbriae

Il s'agit d'appendices de surface plus fins que les flagelles que l'on trouve fréquemment

chez les bactéries à Gram négatif et rarement chez les bactéries à Gram positif.

On en distingue deux types :

2-1 Les pili communs (ou fimbriae):

Courts et cassants, très nombreux (parfois quelques centaines par bactérie), de 2 à 3 μm de

long, disposés régulièrement à la surface de la bactérie. Leur présence est en relation avec les

activités hémagglutinantes de la bactérie.

Les pili somatiques, ou fimbriae de type 1

 sont au nombre de plusieurs centaines, ils couvrent la surface des cellules.

 Ils permettent aux bactéries d’adhérer à des récepteurs cellulaires, mais cette adhésion est dite « sensible

au mannose », car ces récepteurs contiennent des résidus mannose .

 Ils ont un diamètre de 7 nm, mais leur longueur varie entre 0,2 et 2 microns.

Les pili spécifiques d’adhérence : fimbriae épais (5-7 nm de diamètre) / des fibrillae fins (2-3 nm

de diamètre)

 Permettent aux bactéries de s’accrocher à des récepteurs cellulaires de natures chimiques diverses, mais ne

contenant pas de résidus mannose (adhérence dite « résistante au mannose »)

 Chez l’hôte, d’éviter d’être emportées par le transit intestinal, la miction ou le transit respiratoire.

 Un Nombre d’entre eux représentent des facteurs de virulence .

 2-Les Pili ou fimbriae

2-1Les pili sexuels

Ils sont des appendices similaires, environ 1 à 10 par cellule, diffèrent des fimbriae des manières

suivantes :

- Les pili sont souvent plus gros que les fimbriae (environ 9 à 10 nm de diamètre).

- Ils sont génétiquement déterminés par des facteurs sexuels ou des plasmides conjugatifs et

sont nécessaires à l'accouplement bactérien.

- Certains virus bactériens s'attachent spécifiquement aux récepteurs des pili sexuels au début

de leur cycle de reproduction.

 Les formes de résistance : Les spores

• A côté des formes bactériennes vivantes et actives métaboliquement, classiques ou non,

certains genres et espèces bactériennes ont développé des formes de résistance.

• Les plus connues sont les spores bactériennes, qui sont des formes passives de survie,

et diverses formes de résistance de pathogènes intracellulaires obligés, lors de la phase

extracellulaire de leur cycle vital.

 Les formes de résistance : Les spores

- Un certain nombre de bactéries Gram-positives acquièrent une structure spéciale, résistante, dormante, appelée
endospore.
- Les endospores se développent dans les cellules végétatives de quelques genres bactériens : Bacillus et Clostridium
(bâtonnets), Sporosarcina (coques) et d'autres.
- Ces structures sont extraordinairement résistante aux conditions sévères de l’environnement comme la chaleur, les
radiations ultraviolettes, les radiations gamma, les désinfectants chimiques et la dessiccation.

La structure d'une endospore.

Endospore de Bacillus anthracis (x 151
000).
 Les formes de résistance : Les spores

Formation de la spore

• Une endospore est formée par cellule bactérienne et inclut un exemplaire de matériel

génétique. Cependant, le degré de sporulation dans une culture varie selon l’espèce et la

souche bactériennes.

• Le processus de sporulation se déclenche, en général, vers la fin de la croissance

exponentielle d’une culture, alors que certaines déficiences sont apparues et dure de 7 à 10

heures. Six stades morphologiques principaux sont décrits.

 Le stade 1 se caractérise par la présence d’un filament ou bâtonnet
axial résultant de la réplication du noyau et contenant donc au moins
deux copies du chromosome.
 stade 2 qui se caractérise par un cloisonnement membranaire, le
septum de sporulation. Ce dernier se forme par invagination de la
membrane cytoplasmique, sous la paroi. Ce septum va s’étendre et se
détacher de la membrane cytoplasmique elle-même pour constituer
une préspore ovoïde typique du stade 3 limitant le cytoplasme
présporal.
 Les autres stades vont voir la formation des différentes enveloppes de
la spore : le cortex (stade 4), formé de peptidoglycan ; le manteau ou “
coat ” (stade 5) de nature protéique riche en ponts disulfures ;
éventuellement, l’exospore chez certaines bactéries, de nature
lipoprotéique contenant 20 % d’hydrates de carbone. Le stade 6 se
caractérise par la maturation de la spore et sa libération par lyse de la
forme végétative de la bactérie(le stade7).
Structure d’une endospore bactérienne
Les spores sont classées selon leur position (centrale, subterminale,
terminale) et leur épaisseur par rapport à la forme végétative (déformante
ou non).
Germination de la spore
Replacée dans un milieu et des conditions favorables (disparition des conditions défavorables, présence de certains

paramètres indispensables), la spore mûre “ germe ”, c’est-à-dire régénère la cellule bactérienne qui lui avait donné

naissance.

L’existence d’un stimulus extérieur tel un choc thermique ou une exposition de la spore aux UV est fréquemment

nécessaire, elle aussi. Les paramètres indispensables à la germination de la spore sont voisines de celles que

réclament les bactéries dans leur forme végétative. Elles se meuvent néanmoins dans des limites plus étroites et en

diffèrent sur certains points. Parmi ces conditions figurent :

a) un milieu nutritif approprié au triple point de vue composition, réaction et concentration ;

b) une température convenable ;

c) présence d’oxygène libre (pour les aérobies) ; absence d’oxygène pour les anaérobies ;

d) lumière absente ou faible tout au moins.

 Résistance des spores aux antibiotiques
La résistance des spores aux antibiotiques est la même puisqu’elles sont dépourvues de métabolisme actif.
Cependant Leur résistance aux moyens physiques et chimiques de désinfection et de stérilisations n’est pas la
même pour toutes les bactéries sporogènes :
- Toutes les spores résistent à un chauffage à 80 °C pendant 10 minutes ;
- 5 minutes à 100 °C sont nécessaires pour la destruction des spores de C. Perfringens ;
- 10 minutes à 100 °C pour celles de Bacillus anthracis ;
- 4 heures à 100 °C pour celles de C. Botulinum ;
- Aucune spore ne résiste à un chauffage à 121 °C pendant une heure.
- Seuls certains antiseptiques (iodophores) sont actifs sur les spores ; mais avec un temps de contact
prolongé et des concentrations élevées.
Certaines bactéries synthétisent au début de la phase de sporulation:
- Des antibiotiques : Bacillus licheniformis synthétise la bacitracine ; Bacillus polymyxa la polymyxine ;
- Des toxines (entérotoxine de Clostridium perfringens) ;
- Des substances à activité biopesticide (toxines qui tue des insectes)ex : Bacillus thuringiensis et Bacillus sphaericus.
 1-10 Matériels génétiques
A- Nucléoïde

 Les procaryotes n’ont pas de noyau délimité par une enveloppe.

 Le chromosome procaryote, se trouve dans une région de forme irrégulière appelée le nucléoïde.

 Les procaryotes contiennent généralement un cercle unique d'acide désoxyribonucléique (ADN) double brin, mais

certains possèdent un chromosome d'ADN linéaire et d'autres comme Vibrio cholerae ont plus d’un chromosome

B- Plasmides
Les plasmides ne sont pas présents chez toutes les bactéries. Ils sont très petits soit
1/100ème de la taille du chromosome. Ces plasmides sont des molécules d’ADN
circulaire qui peuvent être soient libres soient intégrés au chromosome bactérien et
peuvent être aussi échangés entre microbes.
Ils jouent un rôle très important dans la résistance aux antibiotiques, la production
des substances uropathogènes et la production des bactériocines.
 Eléments obligatoires / constants et éléments inconstants dans la structure
bactérienne

Eléments obligatoires / constants Eléments inconstants

- Paroi (exception des mycoplasmes) - Capsule

- Membrane cytoplasmique - Pili
- Cytoplasme - Flagelles
- Chromosome - Glycocalyx
- Ribosomes - Plasmides
- Spore
II- Le métabolisme
bactérien
 physiologie bactérienne
Pour assurer sa croissance ou sa survie, une bactérie doit trouver dans son
environnement de quoi satisfaire ses besoins nutritifs :
- sources d'énergie,
- de carbone,
- d'azote, etc...
- Ces éléments doivent être apportés dans un milieu où règnent des
conditions physicochimiques favorables (température, pH, pression
osmotique, etc...).
Le métabolisme est l'ensemble des réactions biochimiques mises en jeu par
un organisme pour permettre sa croissance.
Les réactions métaboliques peuvent être classées en deux catégories :
 celles qui produisent de l’énergie : catabolisme.
 celles qui consomment de l’énergie : anabolisme ou biosynthèse
1- Anabolisme
• Certaines bactéries peuvent synthétiser la totalité de leurs constituants cellulaires à partir
de composés organiques simples (sucres, acides organiques) : ce sont des bactéries
PROTOTROPHES.
• Par contre, d’autres doivent trouver, dans le milieu, certains de leurs constituants
cellulaires qu’elles ne peuvent synthétiser elles-mêmes : ce sont les bactéries
AUXOTROPHES.
• Différentes bactéries pathogènes sont dans ce cas, mais les plus connues sont celles du
genre Haemophilus. Ces exigences en vitamines ou facteurs de croissance concernent des
coenzymes (Nicotinamide Adénine Dinucléotide, ou facteur V), des acides aminés dont le
squelette carboné ne peut être synthétisé …
2- Catabolisme

Le catabolisme, pour les bactéries hétérotrophes, passe par une série de

réactions enzymatiques, groupées en trois phases :

la digestion des substances organiques exogènes,

la pénétration des produits de dégradation dans la cellule bactérienne

et leur préparation à l’oxydation.

 2- Catabolisme

1- Digestion
Diverses molécules sont trop volumineuses pour pénétrer directement dans la cellule bactérienne. Elles
doivent être, au préalable, rompues en éléments plus simples grâce à la production d’exoenzymes, excrétés
dans le milieu extérieur.
Ces exoenzymes sont des hydrolases :
a)les protéases actives sur les protéines (protéinases) et les peptides (peptidases) ;
b)les glucidases actives sur les holosides et hétérosides (glucosidases), sur l’amidon (amylase), la cellulose
(cellulase), les pectines (pectinases), le glycogène (glycogénase), les polysaccharides complexes (hyaluronidase
sur l’acide hyaluronique) ;
c)les nucléases actives sur les acides nucléiques ;
d)les amidases actives sur l’urée (uréase), l’acide hippurique (hippuricase) ;

e)les estérases actives sur les triglycérides (lipases) ou les lécithines (lécithinases ou phospholipases dont la

toxine α de Clostridium perfringens).

 2- Catabolisme

2- Pénétration
Les nutriments doivent traverser le peptidoglycan (par diffusion ou sur des récepteurs) et
franchir la membrane plasmique chez les bactéries Gram+ ; la membrane externe (par les
porines), le PDG (par diffusion ou sur des récepteurs) et la membrane plasmique chez les
bactéries Gram-.
Pour ce faire, les bactéries ont développé des systèmes de transport actif, car la diffusion
passive ne pourrait s’opérer que trop lentement pour satisfaire aux besoins du métabolisme
bactérien.
Ces moyens de transport actif sont :
a) des protéines membranaires servant de récepteurs spécifiques pour les divers substrats
;
b) des enzymes assurant l’apport énergétique nécessaire au transfert transmembranaire.
 2- Catabolisme
3- Préparation à l’oxydation
Dans de nombreux cas, la molécule ne peut être oxydée car la bactérie ne possède pas les enzymes adéquats
d’oxydo-réduction. Elle doit subir certaines transformations préparatoires. Cette préparation consiste en :
a) décarboxylation (-COOH),
b) désamination (-NH2),
c) déshydratation (-H-OH),
d) désulfuration (-SH-H).
 La phosphorylation est cependant la préparation la plus fréquente. L’exemple classique est celui du glucose qui,
avec un apport d’ATP, est transformé en glucose-6-phosphate.
 La décarboxylation et la désamination intéressent les acides aminés,
 Certaines bactéries demandent en plus du CO2 en primoculture sur milieux inertes afin de l’incorporer, par
carboxylation, dans des composés organiques du métabolisme intermédiaire. Les bactéries des genres Brucella,
Neisseria, Campylobacter, Haemophilus …, demandent ainsi une tension accrue en CO2 dans leur atmosphère de
croissance, parfois seulement en primoculture (le temps d’adapter l’expression de certains gènes), parfois toujours.
 3-1 Besoins Nutritifs
- L’analyse de la cellule microbienne montre que plus de 95 % du poids sec de la cellule sont composés de quelques éléments

majeurs :

carbone, oxygène, hydrogène, azote, soufre, phosphore, potassium, calcium, magnésium et fer.

- Ils sont nécessaires aux micro-organismes en quantités importantes et sont appelés macroéléments ou macronutriments.

- Les six premiers éléments (C, O. H, N, S et P) sont des constituants des glucides, des lipides, des protéines et des acides

nucléiques.

- Tous les micro-organismes ont besoin de plusieurs nutriments en petites quantités, en plus des macroéléments. On les

appelle oligoéléments ou micronutriments.

- Les oligoéléments (manganèse, zinc, cobalt, molybdène, nickel et cuivre) sont indispensables à la plupart des cellules en

quantité tellement faible

3-2 Source de carbone, hydrogène, oxygène et électron

 Tous les organismes ont besoin de carbone, d'hydrogène, d’oxygène et d’une source d’électrons.

 Le carbone est nécessaire à la formation du squelette de toutes les molécules organiques dont sont constitués les

organismes.

 L’oxygène et l’hydrogène en sont également des éléments importants.

 Des électrons sont également requis pour deux raisons :

▪ Fournir l’énergie utile au travail cellulaire suite au mouvement des électrons dans les chaînes de transport des

électrons et pendant les autres réactions d’oxydoréduction,

▪ Réduction des molécules pendant la biosynthèse (la réduction du CO2 pour former des molécules organiques).
 3-2 Source de carbone, hydrogène, oxygène et électron

Hétérotrophes : les organismes qui utilisent des molécules organiques préformées et réduites

comme sources de carbone

Autotrophes : Les organismes, qui utilisent le CO2 comme unique ou principale source de

carbone
3-3 Les types nutritionnels chez les micro-organismes

Comme le besoin en carbone, en énergie et en électrons est tellement important, les biologistes

utilisent des termes spécifiques pour définir la façon dont ces besoins sont satisfaits

Tableau : Les différents types trophiques (nutritionnels) bactériens

 3-4 Facteurs physico-chimiques

 Les éléments énergétiques et constitutifs nécessaires à la croissance bactérienne

doivent être fournis dans certaines conditions physico-chimiques, de température,

de pH, de pression osmotique, etc...

 Ces facteurs peuvent favoriser ou inhiber la croissance bactérienne.

 A- Température
Une bactérie est en général capable de croître dans un intervalle plus ou moins important (selon les

espèces) de température.

Il est limité par une valeur minimale en dessous de laquelle il n'y a plus de développement et une valeur

maximale au-dessus de laquelle la croissance s'arrête. La croissance est meilleure dans un intervalle de

température optimum
 A- Température
En fonction de la température optimale moyenne, on distingue plusieurs groupes de bactéries :
▪ Mésophiles :T° comprise entre 20 et 40°C ; parmi eux, on trouve :
- Saprophytes :T° = 30°C
- Pathogènes :T° = 37°C.
▪ Psychrophiles :T° aux environs de 0°C.
▪ Thermophiles : T° comprise entre 45 et 65°C. Certains microorganismes (archéobactéries) peuvent
se développer dans des températures supérieures à 100°C.

A côté de ces groupes, on trouve aussi des bactéries :

▪ Psychrotrophes : se développent aux températures basses mais prolifèrent mieux à des températures plus
élevées.
▪ Thermotrophes (thermotolérantes) : se développent à des températures élevées mais croissent mieux à
des températures moyennes (30°C).
B- Le potentiel Hydrogène (pH)

 Traduit la concentration en H+ dans un milieu. C'est un facteur très important qui influence beaucoup la

croissance des bactéries.

 Comme pour la température, une bactérie est capable de croître dans un intervalle plus ou moins important

(selon les espèces) de pH.

 Il est limité par une valeur minimale en dessous de laquelle il n'y a plus de développement et une valeur maximale

au-dessus de laquelle la croissance s'arrête. La croissance est meilleure quand le pH est optimum.

En fonction du pH optimum, on distingue trois groupes bactériens :

▪ Acidophiles : pH optimum acide

▪ Neutrophiles : pH optimum proche de la neutralité

▪ Basophiles (alcalophiles): pH optimum basique

 C- Besoins en oxygène

Plusieurs groupes bactériens peuvent être distingués en fonction de leurs besoins en Oxygène:
▪ Les bactéries aérobies strictes ne se développent qu'en présence d'oxygène. Leur source principale
d'énergie est la respiration aérobie où l'oxygène moléculaire est accepteur final d'électrons.
▪ Les microaérophiles peuvent croître lorsque la pression partielle d'oxygène est faible.
▪ Les aéro-anaérobies facultatives peuvent se développer en présence d'oxygène, en utilisant la respiration
aérobie et en anaérobiose, la fermentation ou la respiration anaérobie.
▪ Les anaérobies aérotolérantes se développent en présence et en absence d'oxygène mais sans l'utiliser.
Elles empruntent exclusivement des voies fermentaires pour leur métabolisme.
▪ Les anaérobies strictes sont incapables de croître en présence d'oxygène ; il leur est toxique. Pour leur
métabolisme, elles utilisent la fermentation, la respiration anaérobie ou la photosynthès