Module 3 – Réplication, Cycle cellulaire, Apoptose

Structure et fonction de l’ADN

• Les 5 bases azotés
• Purines (plusieurs N): Adénine (A) et Guanine (G).
• Pyrimidines: Cytosine (C), Thymine (T) dans l’ADN, et Uracile (U) dans l’ARN.

• La structure des nucléotides

(Identifier la représentation d’un nucléotide sur un schéma.
Savoir grossièrement la structure, i.e. phosphates attachés à un ribose, attaché à une base
azotée
Identifier sur quel carbone se trouve le groupement phosphate (5’) ou hydroxyle (3’))
- Les nucléotides sont liés entre eux via les Sucres et Phosphates.
- Extrémité 5’ du brin: Le carbone 5 du désoxyribose du nucléotide est libre qui
porte un groupement Phosphate. C’est le premier nucléotide.
- Extrémité 3’ du brin: Le carbone 3 du désoxyribose porte un groupe OH libre.
C’est le dernier nucléotide.
- [Image]

o La structure des polymères nucléotidiques

- Les polymères nucléotidiques, tels que l'ADN (acide désoxyribonucléique) et
l'ARN (acide ribonucléique), sont constitués de monomères appelés nucléotides.
Chaque nucléotide est composé de trois parties principales :
• Base azotée : Il existe cinq bases azotées : adénine (A), guanine (G), cytosine (C),
thymine (T) (ou uracile (U) dans l'ARN).
• Sucre Pentose : Dans l'ADN, le sucre pentose est le désoxyribose. Dans l'ARN,
c'est le ribose. Il est un sucre à Cinq carbones qui forme l'épine dorsale (le dos) du
polymère nucléotidique.
• Groupe Phosphate : Il est lié au carbone 5' du sucre pentose, formant ainsi une
liaison Phospho-Diester. Ces liaisons phosphodiesters relient les nucléotides en
une chaîne linéaire pour former le polymère nucléotidique.

o La différence entre un ribonucléotide et un désoxyribonucléotide

1. Composition chimique :
- Les ribonucléotides contiennent un sucre ribose.
 - Les désoxyribonucléotides contiennent un sucre désoxyribose.
2. Présence d'oxygène/OH :
- Le ribose dans les ribonucléotides contient un groupe hydroxyle (-OH) sur le
carbone 2' du sucre.
- Le désoxyribose dans les désoxyribonucléotides ne contient pas ce groupe
hydroxyle sur le carbone 2', d'où le terme "désoxy".
3. Utilisation :
- Les ribonucléotides sont les monomères constitutifs de l'ARN.
- Les désoxyribonucléotides sont les monomères constitutifs de l'ADN.

o Structure dextrogyre de l’ADN, pas l’ARN

- La structure dextrogyre de l’ADN (+) fait référence à la spirale Droite (dans le sens
des aiguilles d'une montre) de la Double hélice d'ADN lorsqu'elle est vue de
l'extrémité 5' vers l'extrémité 3'.
- L'ADN est formée de deux brins Complémentaires autour d'un axe central pour
former une Double hélice.

o Liaison hydrogènes entre les bases azotées

- A = T (ou A=U dans l'ARN) : Deux liaisons hydrogène se forment entre l'adénine
et la thymine (ou uracile).
- G ≡ C : Trois liaisons hydrogène se forment entre la guanine et la cytosine.
- Ces liaisons hydrogène entre les paires de bases Opposées maintiennent les brins
de l'ADN ensemble, formant ainsi la Double hélice.
- Les liaisons hydrogène sont relativement faibles par rapport aux liaisons
covalentes des unités de chaque brin, ce qui permet à l'ADN de se dérouler
temporairement pour permettre la réplication, la transcription et d'autres
processus biologiques.

o Brin antiparallèle
- Les brins antiparallèles signifient que les brins d'ADN sont alignés dans des
directions opposées le long de la double hélice. L'un des brins est orienté dans le
sens 5' vers 3', tandis que l'autre brin est orienté dans le sens 3' vers 5'.
- 2 caractéristiques:
• Bases hydrophobes au centre
• Phosphates chargés vers l’Extérieur
 - Cette orientation opposée permet aux paires de bases Complémentaires de
s'apparier correctement (A avec T et G avec C) tout en maintenant une structure
stable.

• Les règles de Chargaff

1. La proportion de A et de T est la même. La proportion de G et de C est la même.
2. La proportion de A/T par rapport au G/C n’est pas la même entre les organismes.

o Différences entre ADN et ARN

1. Composition chimique :
- L'ADN est composé d'une double hélice de deux brins constitués de
désoxyribonucléotides. Chaque désoxyribonucléotide comprend une base azotée
(A, T, G, C), un sucre désoxyribose, et un groupe phosphate.
- L'ARN est une simple hélice constituée d'un seul brin. Chaque nucléotide d'ARN
comprend une base azotée (A, U, G, C), un sucre ribose et un groupe phosphate.
2. Fonctions biologiques :
- L'ADN contient l'information génétique qui dicte le développement, et le
fonctionnement d'un organisme. Il est stocké dans le noyau des cellules
eucaryotes et dans le cytoplasme des cellules procaryotes.
- L'ARN joue plusieurs rôles, y compris la transcription de l'ADN, en ARNm; le
transport de l'information génétique du noyau vers le cytoplasme; la traduction
de l'ARNm en protéines (par l'intermédiaire des ARNt et de l'ARNr).
3. Stabilité et durabilité :
o L'ADN est plus stable et durable en raison du sucre désoxyribose, qui est moins réactif
que le ribose.
o L'ARN est moins stable et moins durable.

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• Décrire ce qu’est un génome

- Le génome est l’ensemble du matériel génétique d’un organisme.
- La taille des génomes ne correspond pas à la complexité d’un organisme et n’est
pas nécessairement proportionnel au nombre de gènes

• Est-ce que toutes les cellules d’un même organisme ont le même génome?
 - Toutes les cellules d'un même organisme possèdent le même génome. Cela
signifie qu'elles contiennent la même séquence d'ADN, la molécule portant
l'information génétique de l'organisme.
- Cependant, au cours du développement et de la différenciation cellulaire,
certaines cellules peuvent subir des modifications épigénétiques. Cela permet à
différents types de cellules de remplir des fonctions spécialisées dans l'organisme.

• Comparer de façon générale les caractéristiques des génomes procaryotes

et eucaryotes.
i.e. Nommer les éléments qui peuvent être retrouvés dans les génomes eucaryotes qui ne se
retrouvent pas dans les génomes procaryotes (ex: introns, chromosome linéaire, etc.)

Procaryotes Eucaryotes
Complexité du 75-90% ADN codant • 2-15% ADN codant
génome • Introns: segments d’ADN NON
codant, entre Exons
Structure du • Un seul chromosome, une • Plusieurs chromosomes,
génome -> seule copie une/plusieurs copies (généralement
Chromosomes • CIRCULAIRE diploïde chez les animaux)
• Pas enroulé autour de • Linéaires
protéines • Enroulé autour de protéines
Position dans la Nucléoïde Noyau
cellule
Nombre de gènes 1,000 --> 5,000 6,000 --> 42,000
Humain: 22,000
Taille du génome 1.5 à 5 Mb 12 à 124 000 Mb
Humain: 3 000 Mb
ADN extra PlasMides circulaires • Un chromosome mitochondrial
chromosomique (plusieurs copies) circulaire chez les animaux et
plantes, plusieurs copies

• ADN plasTidique chez les plantes,

plusieurs copies (dans les
chloroplastes)

• Décrire la composition et structure de la chromatine (ADN, histone,

nucléosome, etc.)
- Chromatine = Complexe nucléo-protéique.
- Composition de la chromatine :
 o ADN : La chromatine est principalement composée d'ADN, qui est une
double hélice constituée de désoxyribonucléotides. L'ADN est le support
de l'information génétique.
o Protéines histones : Les histones sont des protéines qui s'enroulent autour
de l'ADN pour former des Nucléosomes. Chaque nucléosome est constitué
d'un octamère (8) d'histones.
- Structure de la chromatine :
o Nucléosome: Unité de base de la chromatine. = Un segment d'ADN
enroulé autour d'un octamère d'histones.
o Fibre de chromatine 30 nm: Les nucléosomes se replient et s'empilent pour
former une fibre de chromatine. Cette fibre de chromatine peut se
présenter sous une forme plus compacte (hétérochromatine) ou moins
compacte (euchromatine).
o Boucle de chromatine 300 nm: Plusieurs fibres de chromatine peuvent
former une boucle.
o Lors de la mitose, la chromatine est à son niveau le plus condensée
(700nm)

• Expliquer à quoi sert la chromatine

1. Protection de l'ADN : En compactant l'ADN dans des structures nucléosomiques,
la chromatine réduit le risque de cassures et de dommages.
2. Stockage de l'information génétique : L'ADN est organisé et compacté dans la
chromatine de manière à être stocké de manière efficace.
3. Régulation de l'expression génétique : Les régions de chromatine plus compactes
(hétérochromatine) sont associées à une expression génique réduite. Les régions
moins compactes (euchromatine) sont plus accessibles et associées à une
expression génique plus active.
4. Réplication de l'ADN : Avant la division cellulaire, la chromatine subit une
réplication de l'ADN pour produire deux copies identiques du génome. Pendant ce
processus, la structure de la chromatine est remodelée pour permettre l'accès aux
machineries de réplication de l'ADN.

• Associer le bon niveau de condensation de la chromatine avec le stade du

cycle cellulaire
• Interphase :
 - G1 (phase de croissance 1) : La chromatine est moins condensée pendant la phase
G1. Les gènes sont actifs et l'ADN est accessible pour la transcription et d'autres
processus biologiques.
- S (phase de synthèse) : Au cours de la phase S, la chromatine subit une
condensation modérée pour permettre la réplication de l'ADN.
• Mitose (M), Métaphase >> : Pendant la mitose, la chromatine est hautement condensée
pour former des chromosomes visibles au microscope. Cette condensation maximale est
nécessaire pour garantir une distribution précise des chromosomes fille lors de la division
cellulaire.
• Cytokinèse : Après la mitose, la chromatine se décondense à nouveau pour reformer la
chromatine interphasique, prête à entrer dans la phase G1.

• Définir ce que sont l’euchromatine et l’hétérochromatine et l’influence que

ces états de condensation de l’ADN auront sur la régulation des gènes
- Euchromatine: Peu condensée, ADN plus accessible, Transcription active.
- Hétérochromatine: Très condensée, ADN peu accessible, Peu de transcription.
- (!) On peut modifier la condensation de la chromatine par des processus
épigénétiques.

Réplication de l’ADN
• Décrire, schématiser et expliquer en détails et en ordre les étapes de la
réplication de l’ADN avec toutes les molécules impliquées
Étape 1. Origine de réplication

- La réplication se poursuit dans les 2 directions à partir de l’Œil de réplication.

- Chez les procaryotes:

• Chromosome CIRCULAIRE.

• Un seul site d’origine.

• Séquence d’ADN spécifique, toujours la même.

- Chez les eucaryotes:

• Plusieurs sites de réplication

• Des RÉPLICONS avec l’ordre de formation spécifique.

Étape 2. Séparation des brins d’ADN

- Quatre protéines clés:

1. ADN gyrase (topo-isomér-ase): Diminue tension entre 2 brins.

2. Hélic-ase: Sépare les brins parentaux.

3. Protéine Fixatrice: Stabilise les brins parentaux, empêche le rappariement.

4. Primase: Synthétise les amorces (primer) d’ARN.

- Étape 2.1: Séparer les brins d’ADN par ADN gyrase/topoisomérase, Hélicase, Protéines
fixatrices

- Étape 2.2: Synthétiser les amorces d’ARN par Primase

(!) Ordre d’élongation: 5’ → 3’.

• Chaque brin d'ADN a une "directionnalité", cela fait référence à l'orientation

spécifique des nucléotides le long de la molécule d'ADN.
• Les nucléotides sont ajoutés séquentiellement de l'extrémité 5' vers l'extrémité 3'.
Cela signifie que la liaison entre chaque nucléotide est formée entre l'extrémité 3'
du nucléotide précédent et l'extrémité 5' du nucléotide suivant.
• En conséquence, les brins d'ADN ont des orientations antiparallèles, où l'un des
brins est orienté dans le sens 5' vers 3', tandis que l'autre brin est orienté dans le
sens 3' vers 5'.

Étape 3. Synthèse des nouveaux brins (directeur et discontinu) • Primase • ADN

polymérase I et ADN polymérase III • Ligase • Élongation antiparallèle

• Synthèse du brin directeur dans le sens de réplication

- La Primase ajoute une amorce d’ARN.
- L’ADN polymérase III synthétise Le brin directeur, 5’--> 3’, de façon continue,
jusqu’à ce que la bulle de réplication fusionne avec la bulle adjacente.

• Synthèse du brin discontinu contre le sens de réplication

- La Primase ajoute une amorce d’ARN.
- Cette amorce permet à l’ADN polymérase III de commencer à synthétiser, dans la
direction 5’--> 3’, le brin discontinu, jusqu’à ce qu’elle arrive à la prochaine
amorce puis se détache.
- --> Le fragment d’Okazaki.
 - L’ADN polymérase I vient remplacer les amorces d’ARN par les amorces de
l’ADN.
- Cette polymérase travaille toujours dans le sens 5’ —> 3’ et ne peut pas former le
lien phosphodiester entre les 2 fragments d’Okazaki.
- La Ligase lie les deux fragments d’Okazaki et complète la synthèse du brin
discontinu.

(!) Réplisome = organite de réplication

• Le complexe de protéines qui permet la réplication chez les procaryotes.

• Les Primases servent de frein (arrêt).

• Décrire et expliquer les mécanismes de correction et de protection de

l’ADN avec toutes les molécules impliquées
Étape 4. Correction et réparation

▪ Quand il y a un més-appariement de nucléotide pendant la réplication (correction

d’épreuve), la Polymérase refait la lecture de chaque base synthétisée, changeant le
mauvais appariement quand elle le trouve: Activité 3’-5’ exo-nuclé-ase.
—> La correction d’épreuves/des mésappariements de base.

▪ Quand il y a une mutation dans la séquence de l’ADN —> Répartition de l’ADN

o Par excision (rupture) de nucléotides.
o Endo-nuclé-ase: coupe environ 30 pb où se trouve la « mutation ».
o ADN polymérase: ajoute les nucléotides dans leur séquence correcte.
o ADN ligase: catalyse la formation du lien phosphodiester entre les deux
fragments discontinus.

▪ Le problème des extrémités

- Sans extrémité hydroxyle libre en 3’, on ne peut allonger le brin.
- À la fin de la réplication, une seule amorce demeure sur chaque molécule fille.
- Cette dernière amorce est retirée par exo-nuclé-ase 5’-3’, mais aucune
polymérase a la capacité de polymériser ce dernier bout du brin discontinu.
- Le brin raccourcirait à chaque cycle.

o Télomères et télomérase : Un système protecteur

- Télomères:
• séquence de 6 nucléotides: TTAGGG en humains.
 • non codante
• répétée mille fois
- Télomérases
- • Maintient cette séquence
• Protège les extrémités
• Empêche les chromosomes de fusionner ensemble

Cycle cellulaire

• Connaître la définition ou expression suivants : somatique, germinal,

quiescent, fission binaire, bourgeonnement, reproduction sexué/asexué,
cytocinèse, mitose/méiose, sillon de division, segmentation, plaque
cellulaire, point d’ancrage, inhibition de contact.
- Les procaryotes se divisent par fission binaire ou par bourgeonnement.
• Reproduction de l’organisme entier.
• Reproduction asexuée.

- Les eucaryotes se divisent par bourgeonnement ou par mitose.

- Chez les unicellulaires:
• Reproduction de l’organisme en entier.
• Reproduction sexué et/ou asexué.

- Chez les pluricellulaires:

• Production de nouveaux organismes par reproduction sexué, et de nouvelles
cellules pour croissance, développement et réparation.

- Fission binaire (scissiparité) = Division égale du matériel génétique ou contenu

cellulaire.
- Bourgeonnement = Nouveau matériel.
- Cellule Somatique = non sexuelle.
- Cellule Germinale = reproductrice.
 - Quand une cellule se spécialise/se différencie, elle cesse *généralement* de se
diviser et « quitte » le cycle cellulaire (stade G0). On dit qu’elles sont Quiescentes
= État de non-division.

--> Le cancer est la division incontrôlée des cellules, qui résulte souvent d'un cycle
cellulaire mal régulé.

- Mitose = Division du matériel génétique dans le noyau.

--> La division cellulaire mitotique résulte en deux cellules génétiquement identiques.

• En préparation de la division cellulaire, l’ADN est répliqué pour une seule fois et
les chromosomes se condensent.
• Chaque chromosome dupliqué est constitué de deux chromatides sœurs (copies),
et sont maintenus ensemble par Cohésine au niveau du Centromère.
• Pendant la division cellulaire, les deux chromatides sœurs se séparent et sont
distribués dans chacune des cellules filles.
- Cytokinèse = Division du cytoplasme.

- Méiose = Variation de la division cellulaire.

--> La méiose donne des cellules filles non identiques qui ont deux fois moins de
chromosomes que la cellule mère.

• Décrire les différentes phases du cycle cellulaire et expliquer leurs rôles

respectifs.
- Phase 1: Phase mitotique 10%
• Mitose: Prophase --> Prométaphase --> Métaphase --> Anaphase--> Télophase
• Cytokinèse
- Chez les cellules animales, la cytocinèse fait partie de la Segmentation, qui forme
un Sillon de division, formé par un anneau contractile de Microfilament qui finira
par séparer les 2 nouvelles cellules filles.
- Chez les cellules végétales, une Plaque cellulaire se forme à l’équateur de la
cellule qui deviendra une nouvelle paroi cellulaire séparant les 2 nouvelles cellules
filles.

- Phase 2: Interphase 90% : Croissance cellulaire, Réplication du matériel génétique

• Phase G1
 • Phase S (Synthèse d’ADN): Les chromosomes ne sont dupliqués que dans cette
phase.
• Phase G2

• Décrire les mécanismes de régulation du cycle cellulaire et les points de

contrôles.
- Trois points de contrôle principaux:

• Point de contrôle G1/S: Point de contrôle de dommage à l’ADN.

- Question: Est-ce que mon ADN est endommagé?

--> Oui? Faire les réparations ou Procéder à la phase G0.

--> Non? Procéder à la phase S.

- Quels sont ces signaux d’autorisation?

--> Les facteurs de croissance!

- Comment les facteurs de croissance signalisent à la cellule de proliférer?

--> Les récepteurs RTKs!. Sans un signal de croissance, les cellules deviennent
quiescentes (état de non-division) : phase G0

• Point de contrôle G2/M: Point de contrôle de réplication de l’ADN.

- Question: Est-ce que mon ADN est complétement répliqué?

--> Non? Continuer la réplication.

--> Oui? Procéder à la phase M.

- Les Cyclines doivent s’associer à des Cdk pour former le complexe protéique MPF
(mitosis promoting factor).
- La formation de MPF est nécessaire pour passer le point de contrôle G2 et
stimuler la mitose en phosphorylant diverses protéines.

• Point de contrôle M: Point de contrôle de l’attachement des fuseaux mitotiques pour

une bonne répartition des chromosomes dans les cellules filles.

--> Vérifier que la mitose est complète avant la cytocinèse.

• Nommer et décrire les molécules qui contrôlent le cycle cellulaire.
- Point d’ancrage: Certaines cellules ont besoin de s’accrocher à un substrat
particulier (fibre de collagène, matrice extracellulaire) afin de poursuivre leur
cycle cellulaire.
- Inhibition de contact: Les cellules, spécialement l’endothélium, reçoivent des
signaux d’arrêt de la division lorsqu’elles atteignent une certaine densité.

Apoptose
• Décrire ce qu’est l’apoptose et à quoi elle sert
- L’apoptose est la mort contrôlée d’une cellule.
- Développement des tissus
- Résorption des tissus
- Éliminer les cellules malades

• Expliquer la différence entre la nécrose et l’apoptose

1.Mécanisme

- Nécrose = Mort cellulaire non programmé et chaotique qui survient en réponse à

des stress extrêmes.
- Apoptose = Mort cellulaire programmé et régulé génétiquement par des voies de
signalisation intracellulaire spécifiques. L'apoptose ne provoque pas
d'inflammation.

2. Aspect morphologique
- Nécrose : Le gonflement cellulaire, La rupture de la membrane plasmique, La
libération de contenu cellulaire, et l’inflammation.
- Apoptose : La contraction cellulaire et La condensation chromatinienne
--> La fragmentation de l'ADN et Le bourgeonnement de la membrane
--> La formation de corps apoptotiques (tous les caractéristiques mentionnées),
phagocytés par les cellules adjacentes sans provoquer d'inflammation.
(!!) L’intégrité de la membrane plasmique est maintenue à toutes les étapes.

• Décrire les évènements moléculaires menant à l’apoptose de façon

générale
 1. Activation des voies de signalisation apoptotique

2. Activation des caspases - des proté-ases clés dans l'apoptose.

3. Dégradation de composants cellulaires + Découpage de protéines dans l’ADN et le

cytosquelette

4. Formation de corps apoptotiques. Ces corps apoptotiques sont ensuite phagocytés

par les cellules voisines/des cellules immunitaires.

5. Suppression de l'inflammation: L'apoptose se produit de manière ordonnée et

silencieuse, sans provoquer d'inflammation.

• Nommer quelques exemples de molécules ou autres évènement capable de

stimuler l’apoptose
- Clivage des protéines
• Lamine = Protéine du cytosquelette.
• Protéines de la Chromatine, et l’ADN.

- Modification de la membrane avec aucune rupture

• Les phosphat-idyl-sérines se déplacent à l’intérieur de l’extérieur de la membrane.

• Expliquer et discuter (au moins en surface) de la relation les mécanismes

régulant la survie ou la mort d’une cellule
- Stimulation de l’apoptose par deux voies principales:

1. Intrinsèque

- Le signal provient de l’intérieur de la cellule.

- Elle passe par la Mitochondrie (débute avec le relâche de Cytochrome c dans le
cytoplasme).

2. Extrinsèque

- Le signal provient de l’extérieur de la cellule.

- Un messager se lie à un récepteur de mort.

- La vie ou la mort? Intégration des signaux.

• La radiation induit l'activation des récepteurs EGFR
• Cette radiation conduit à l'activation des voies de signalisation PI3K / AKT et RAS
/ RAF / MEK / ERK qui favorisent la survie cellulaire.