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‫الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية‬

République Algérienne Démocratique Et Populaire


‫العلم‬
‫ي‬ ‫العال والبحث‬
‫ي‬ ‫وزارة التعليم‬
Ministère De L’enseignement Supérieur Et De La Recherche Scientifique

Université Constantine 1 Frères Mentouri ‫ اإلخوة منتوري‬1 ‫جامعة قسنطينة‬


Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie ‫كلية علوم الطبيعة والحياة‬

Département : Biologie appliquée : ‫قسم‬

Mémoire présenté en vue de l’obtention du Diplôme de Master


Domaine : Sciences de la Nature et de la Vie
Filière :Sciences Biologiques / Biotechnologies / Écologie et Environnement
Spécialité : Bioinformatique.

N° d’ordre :
N° de série :

Intitulé :

Recherche in silico des gènes liés à la réponse aux stress


salin chez le modèle Medicago truncatula.

Présenté par :Sadaoui Hadil Le :10/06/2024


Laib Nahla

Jury d’évaluation :

Président: HAMIDECHI Med Abdelhafid (Pr)

Encadrant : TEMAGOULT Mahmoud (MAA)

Examinateur(s): AMINE KHODJA Ihsene (MAB)

Année universitaire
2023 - 2024
….
Présenté par :Laib Nahla
Année universitaire : 2023-2024
Sadaoui hadil

Recherche in silico des gènes liés à la réponse aux stress salin chez le
modèle Medicago truncatula.

Mémoire pour l’obtention du diplôme de Master en Bioinformatique.

Mots-clefs : Medicago Trancatula, stress salin NaCl, géne de CSE.

Président du jury : HAMIDECHI Med Abdelhafid (Pr)


Encadrant : TEMAGOULT Mahmoud (MAA).
Examinateur(s) : AMINE KHODJA Ihsene (MAB).
Résumé :

L’objectif de ce travail et de réaliser une analyse bio-informatique sur les


gènes impliqué dans la réponse du modèle biologique M.truncatula lors
des concentration élevés du stress salin.

par une analyse in silico de données de transcription qui provient des puces
Affymetrix, après l’utilisation d’un gène clé de la voie de signalisation
comme le gène référence LOC11422042.

Le regroupant des gènes étudiés montre la similarité de leurs profil


d’expression au gène référence LOC11422042.par apport aux distance
trouvé .

L'étude a permis de constater que les gènes impliquée dans cette réaction
sont extrêmement variés et appartiennent à différents groupes

telles que : les gènes codant aux protéines de type LEA , des facteurs de
transcription, des facteurs de virulences , aussi des gênes qui codes pour
d’autre fonction .

Les mots clées :

Medicago Trancatula, stress salin NaCl, gene de CSE.


Abstract

The objective of this work is to carry out a bioinformatics analysis on the genes
involved in the response of the biological model M.truncatula during high
concentrations of salt stress, through an in silico analysis of transcription data
coming from Affymetrix chips, after the use of a key gene in the signaling
pathway such as the reference gene LOC11422042.
The grouping of the genes studied shows the similarity of their expression
profile to the reference gene LOC11422042. by contribution to the distances
found.
The study revealed that the genes involved in this reaction are extremely varied
and belong to different groups such as: genes coding for LEA type proteins,
transcription factor , virulence factor , also gene which code for d other
function.
Keywords:
Medicago Trancatula, stress salin NaCl, gene of CSE.
‫ملخص‪:‬‬
‫الهدف من هذا العمل هو إجراء تحليل المعلوماتية الحيوية على الجينات المشاركة في استجابة النموذج البيولوجي‬
‫‪ M.truncatula‬أثناء التركيزات العالية من اإلجهاد الملحي‪ ،‬من خالل تحليل سيليكو لبيانات النسخ القادمة من رقائق‬
‫‪ ،Affymetrix‬بعد استخدام جين رئيسي في مسار اإلشارة مثل الجين المرجعي ‪LOC11422042.‬‬

‫يُظهر تجميع الجينات التي تمت دراستها تشابه ملف تعريف التعبير الخاص بها مع الجين المرجعي ‪ LOC11422042‬من خالل‬
‫المساهمة في المسافات الموجودة‪.‬‬

‫كشفت الدراسة أن الجينات المشاركة في هذا التفاعل متنوعة للغاية وتنتمي إلى مجموعات مختلفة مثل‪ :‬الجينات التي ترمز‬
‫للبروتينات من نوع ‪ ،LEA‬وعوامل النسخ‪ ،‬وعوامل الفوعة‪ ،‬وكذلك الجينات التي ترمز لوظيفة أخرى‪.‬‬

‫الكلمات المفتاحية ‪:‬‬


‫‪٫Medicago trancatula‬االجهاد المائي ‪,Nacl٫‬الجين ‪CSE‬‬
REMERCIEMENTS :
On dit souvent que le trajet est aussi important que la destination .Ses années ont
permis de bien comprendre la signification de cette phrase toute simple.
La présentation de ce modeste travail nous offre aussi l’occasion d’exprimer
nôtre profonde reconnaissance et gratitude à l’encadreur de ce mémoire
Monsieur ‘ Temagoult Mahmoud ‘ professeur a l’université Constantine 1 pour
sa patience , sa disponibilité et surtout ses judicieux conseils ,qui ont contribué à
alimenter notre réflexion.
On Remercie également Monsieur Hamidechi AbdelHafid professeur a
l’université de constantine 1 d’avoir présider le jury de notre thèse et un grand
merci pour vous monsieur pour toute les facilites accordées et votre soutient
permanent , que Madame Amine Khoudja et membre du jury trouve ici
l’expression de notre gratitude.
Enfin nous remercions tout nos professeurs en bio-informatique qui nous ont
fournis les outils nécessaires pour nôtre réussite, durant toute notre cursus
universitaire.

Merci à vous tous .


Dédicaces :

105 ‫"وقل اعملوا فسيرى هللا عملكم و رسوله و المؤمنون" سورة التوبة _االية‬: ‫بعد بسم هللا الرحمان الرحيم‬
‫اللهم‬، ‫نحن ال نسعى حيثما اردنا انما نسعى أينما شاء هللا فاللحمد هلل الذي وفقنا لتمام هذا العمل‬
. ‫انه خالص لوجهك فتقبله منا يا هللا و اجعل لنا من خيره ما يسرنا‬
Page | 1

La realisation de ce mémoire a été possible grâce au concours de plusieurs


personnes à qui je voudrais témoigner toute ma reconnaissance. Tout
d’abord je dédie ce modeste travail:

A la femme qui a souffert sans me laisser souffrir, qui n’a jamais dit non
âmes exigences et qui n’a épargné aucun effort pour me rendre heureuse:
« Mon adorable maman »

A l’homme, qui doit ma vie, ma réussite et tout mon respect, « Mon papa »

A Mon adorable petit frère « Nassim » qui sait toujours comment procurer
la joie et le bonheur pour toute la famille .

Merci pour leur amour et leur encouragement.

‘Nahla laib’

1
Dédicaces :
Avant de dédier ce travaille on tient d’abord à remercier ‘’ALLAH’, le
tout puissant qui nous a permis de mener à bien ce modeste travaille .
À celui dont le front était couvert de sueur et à celui qui m'a appris que le succès
ne vient qu'avec la patience et la persévérance. À la lumière qui a éclairé mon Page | 1
chemin et à la lampe dont la lumière ne s'éteindra jamais dans mon cœur à «
mon cher père ».
À celle qui a mis le paradis sous ses pieds et m'a facilité l'adversité par ses
prières. À la personne formidable que j'ai toujours voulu me voir dans ce lieu, «
ma chère mère ».
À mes frères « Rachid, walid, Achraf »,qui non pas cessé de conseiller ;
encourager et soutenir au long de mes études À mon adorable grande sœur «
Samira » et ses enfants « djabar et raid « et , a quelqu'un qui me tient à cœur, «
mon beau destin F » Sans oublier Mon amie et ma sœur de sang « cheima » Et
ma belle famille que me donne le courage , mes cousins « rawnek, rahma , aya,
hadjer, anfel » .

‘Sadaoui Hadil’
Sommaire
introduction 1

I Chapitre :Revue bibliographique


I.1 Présentation du modèle biologique Medicago truncatula 3

I.1.1 l’origine d’éspece 3

I.2 botanique 4

I.2.1 la morphologie 4

I.2.2 classification 5

I.2.2.1 Classification APG III (2003) 6

I.2.2.2 Classification scientifique 6

I.3 Biologie de Medicago truncatula 7

I.3.1 Cicle de vie 7

I.3.2 Les exigences de vie 7

I.4 La notion stress 8

I.4.1 Présentation du stress salin 10

I.4.2 Effets du stress salin sur la plante 10

I.4.3 Réponses des plantes au stress salin 13

I.5 Quel est le rôle du CSE dans la biosynthèse de la lignine chez 15


l’Arabidopsis thaliana ?
II Chapitre : Matériel et méthodes .
II.1 Matériel 16

II .2 Méthodes 17

II.2.1 choix du probset ID 17

II.2.2 Recherche du gène correspondant au probset ID 18

II.2.3 Profil d’expérience au stress salin 20

II.2.4 Choix des conditions 21

II.2.5 Etude statistique par pyhton 23

III Chapitre :Résultats et discussion


III.1 Résultats. 24
III.2 Discussion 26
Conclusion et perspectives 30
Références bibliographique 31
*Liste des abréviations :

-BLAST: Basic Local Alignment Search Tool.

-Legoo: Bioinformatics gateway towards integrative legume biology.

-MtGEA: Medicago truncatula Gene Expression Atlas.

- python: langage de programation.

-NCBI : National Center for Biotechnology Information.

- M. truncatula: Medicago truncatula.

- CSE : La caféoyl shikimate estérase.

-Na Cl : Chlorure de sodiumm.

- Na+: Ion sodium

- Cl-.: Ions chlore.

- Ca2+: Ion calcium.

- Mg2+ : Ion magnesium.

- P5CS : pyrroline-5-carboxylate synthétase.

- Heatmap : Une carte de chaleur.

- ABA: acide abscissique.

-CAM4: Calcium-Modulated Protein,et 4 indiquerait la quatrième isoforme


identifiée.

-MYB: des facteurs de transcription

.-MAPK: Mitogen-Activated Protein Kinase


-CPK3: Calcium-Dependent Protein Kinase 3

-DHN : Proteines type dehydrine

-LEA: ateembreyogenesisabundant

-PR: Pathogenesis-related

-C2H2 : un motif structurel de liaison à l'ADN présent dans les protéines,


nommé d'après les résidus cystéine et histidine qui coordonnent un ion zinc.

-PPR: Pentatrico peptide Repeat.


* Liste des figures :
Figure 1 : Medicago trancatula Gaertn

Figure 2: Caractéristiques morphologiques de M. truncatula ; Des feuilles, fleurs, gousses


et graines

Figure 3 : Développement de luzerne annuelle M.truncatula.

Figure 4: Les différents stress environnementaux .

Figure 5 : Résistance aux stress abiotiques

Figure 6 : toxicité de stress Salin

Figure 7: La tolérance à la salinité chez quelques espèces végétales

Figure 8 : La caféoyl shikimate estérase (CSE)

Figure 9 : le tableaux des données d’expression du géne du modél M.trancatula

Figure 10: le navigateur legoo

Figure 11 : base de donnés INRA

Figure 12 :

Figure 13 : Interface NCBI (Blast N)

Figure 1 4:

Figure 15 : Interface GenBnk montré le nom du géne

Figure 16 : Le profil d’expression du gène CSE sur MtGEA.

Figure 17:

Figure 18 :

Figure 19 :

Figure 20: Les formules des commandes utilisées dans python

Figure 21: classification des condition

Figure 22: le code pour les calculs des moyennes


Figure 23: le code pour les calculs des distances.

Figure 24: le code pour affichier que les conditions sont remplies
Liste des tableaux :

Tableau 1 : Classification APG III de M. truncatula


Tableau 2 : Classification scientifique de M. truncatula
Tableau 3 : les moyennes relatives au stress salin
Tableau 4 : Les identifiants et les annotation et les distance obtenus.
Introduction
Introduction

Le terme in silico est devenu de plus en plus utilisé pour désigner les études biologiques
réalisées sur ordinateur, rejoignant ainsi les termes in vivo et in vitro qui désignent des
méthodes d'études expérimentales plus classiques. Pour les biologistes, le terme "in vitro"
désigne "dans du"
Le terme "verre" désigne l'utilisation d'un tube à essai ; in vivo désigne l'utilisation de la
vie, c'est-à-dire dans les organismes vivants. Les premières puces informatiques étaient en
silicium, ce qui explique le terme in silico. Différentes techniques ne reposent plus sur le
silicium, ce qui nous amène à privilégier l'utilisation de termes plutôt que d'algorithmes.

Dès l'invention des ordinateurs, on a pu constater une tendance similaire en biologie, mais
celle-ci a considérablement augmenté depuis les dix dernières années grâce au projet
génome humain et au séquençage de génomes complets de divers organismes. Le nombre
de donnés expérimentales collectés. .

Il est souvent trop important de collecter et d'analyser pour le biologiste seul, qui doit
désormais faire appel à l'ordinateur pour gérer ces immenses quantités d'informations.
L'informatique joue un rôle bien plus important que le simple stockage et la récupération
des données biologiques ; il est désormais envisageable d'étudier les systèmes vivants à
l'aide de simulations informatiques. Par exemple, lorsque l'on détermine la séquence d'un
ADN, elle peut être sauvegardée sur l'ordinateur, et des programmes peuvent être
développés pour repérer des sites de restriction .

Cette étude vise à repérer et à analyser les gènes impliqués dans la réponse aux stress
abiotiques chez Medicago truncatula, en utilisant une méthode in silico basée sur l'analyse
de données de transcription. Les stress abiotiques tels que la salinité, la sécheresse et les
températures extrêmes sont très préjudiciables à la croissance et au rendement des plantes.
Les plantes ont besoin d'une régulation complexe de l'expression génique pour répondre à
ces stress .
En utilisant l'approche in silico, il est possible d'explorer et de prédire les gènes et les voies
de signalisation impliqués dans la réponse aux stress abiotiques, en exploitant les grandes
quantités de données de transcription disponibles dans les bases de données publiques.

Grâce à l'utilisation de technologies bio informatiques de pointe, telles que l'analyse de


l'expression différentielle, l expression génique et l'analyse de réseaux, il est réponse au

1
Introduction

stress envisageable de détecter des régulateurs essentiels et des voies de signalisation clés
dans la Cette étude a pour but de permettre une meilleure compréhension des mécanismes
moléculaires qui régissent la réponse aux stress abiotiques chez Medicago truncatula, ce
qui fournit des éléments indispensables pour développer des stratégies d'amélioration de la
tolérance au stress chez les plantes cultivées. En identifiant les principaux gènes et voies de
signalisation, cette recherche pourrait ouvrir de nouvelles perspectives pour l'ingénierie
génétique dans le but d'améliorer la résistance des cultures aux stress environnementaux,
ce qui contribuerait à la sécurité alimentaire mondiale dans un contexte de changements
climatiques.

Ce document est organisé en trois parties : :

➢ La première partie est une synthèse de la littérature sur le sujet du projet.


➢ La deuxième partie décrit le matériel et les méthodes utilisées.
➢ La troisième partie se concentre sur l'analyse des résultats obtenus et leur discussion.
➢ Enfin, une conclusion sera présentée avec des perspectives futures

2
Chapitre I :
Revue
Bibliographique
Chapitre I : Revue bibliographique

I. Présentation de Model biologique Medicago truncatula :

I.1.l’origine d’espèce :

Medicago truncatula, ou trèfle à barils, est une légumineuse annuelle de la famille des
légumineuses de la région méditerranéenne. Feuilles trifoliées, fleurs jaunes seules ou en
petites inflorescences de deux à cinq inflorescences. Elle produit un petit fruit épineux. On
étudie cette espèce de plante comme modèle pour la biologie des légumineuses, car elle
peut être en symbiose avec les rhizobiums fixateurs d'azote et les champignons
mycorhiziens orbiculaire . Ceci en fait un instrument essentiel pour l'analyse de ces
processus.

M. truncatula est également connue pour son petit génome diploïde, son auto fertilité, son
temps de génération rapide et sa prolifique production de graines, ce qui la rend pratique
pour la transformation génétique. Il a aussi été séquencé son génome, ce qui permet aux
chercheurs d'analyser la plante à un niveau moléculaire plus approfondi. La revue Nature a
publié en 2011 le projet de séquence du génome du cultivar A17 de M. truncatula. Un
groupe international de laboratoires de recherche a collaboré à la réalisation de ce projet,
avec des chercheurs de l'institut J. Aux États-Unis, Craig Venter, du Genoscope en France
et du Centre Sanger au Royaume-Uni. Grâce à cette publication, les chercheurs du monde
entier ont pu approfondir leur compréhension de la biologie de cette plante modèle. M.
truncatula est aussi une espèce fourragère importante pour le bétail en Australie. Cette
plante, ayant la capacité de fixer l'azote atmosphérique, produit de grandes quantités de
protéines, ce qui en fait une nourriture parfaite pour les animaux. En résumé, la plante M.
truncatula joue un rôle essentiel dans la biologie des légumineuses et est également
employée comme espèce fourragère en Australie. Cette plante est un outil de recherche
précieux pour les scientifiques du monde entier, car elle peut former des symbioses avec
les rhizobiums et les champignons mycorhiziens arbusculaires , ainsi que son petit génome
diploïde.

M. truncatula est une espèce originaire de la Méditerranée. Parmi les légumineuses, elle a
été choisie comme modèle en raison de ses propriétés biologiques bénéfiques. La
génération de M. truncatula est courte, d'une durée d'environ dix à douze semaines de
graine à graine, et elle produit de nombreuses petites graines. L'autogame de cette plante

1
Chapitre I : Revue bibliographique

implique que les populations sont génétiquement identiques. Elle possède un génome
diploïde et petit, d'environ 450 Mb haploïde. M. truncatula est plus génétiquement proche
des légumineuses cultivées en Europe que d'autres espèces de légumineuses, ce qui en fait
un choix privilégié dans de nombreux laboratoires pour des études de recherche

Figure 1 :Medicago trancatula Gaertn

I.2.botanique :

I.1.2.la morphologie :

M.truncatula, ou trèfle méditerranéen, possède une morphologie qui présente plusieurs


caractéristiques qui en font un modèle biologique intéressant pour la biologie végétale.
Cette plante présente quelques caractéristiques morphologiques essentielles :

• 1.Les feuilles de M. truncatula présentent généralement trois folioles distinctes, ce


qui lui confère une forme trifoliée distinctive. Feuilles alternes le long de la tige,
dont la taille et la forme peuvent changer en fonction des conditions de croissance.
• 2. Des tiges latérales se développent à partir des nœuds de la tige principale :
M.truncatula présente une croissance ramifiée. On peut observer cette ramification
dès le début de la croissance de la plante.

2
Chapitre I : Revue bibliographique

• 3. La particularité de M.truncatula réside dans sa capacité à créer des nodules


racinaires en collaboration avec des bactéries fixatrices d'azote du genre
Rhizobium. On peut observer ces nodosités sur les racines, qui sont le lieu où
l'azote atmosphérique est fixé, ce qui assure une alimentation en azote
indispensable à la croissance de la plante.
• 4. Plantes de Papilionaceae : La structure florale des fleurs de M.truncatula est
typiquement papilionacée, c'est-à-dire qu'elles présentent une grande pétale
supérieure, la vexille, deux pétales latéraux, les ailes, et deux pétales inférieurs unis
pour former la carène. Les fleurs sont généralement d'un rose ou d'un violet
• 5- Le fruit de M. truncatula : est une gousse, aussi connue sous le nom de
légumineuse, qui se forme à partir des fleurs après la pollinisation. En général, les
gousses sont allongées et renferment plusieurs graines.
M. truncatula est un modèle privilégié pour l'étude d'une variété de processus
biologiques, tels que la symbiose racinaire, la réaction aux stress environnementaux
et le développement végétal. En raison de sa petite taille, de son court cycle de vie
et de sa facilité de culture, il constitue un organisme modèle parfait pour les études
en biologie végétale.

Figure 2: Caractéristiques morphologiques de M. truncatula

Des feuilles, fleurs, gousses et graines

3
Chapitre I : Revue bibliographique

M. truncatula est un modèle privilégié pour l'analyse de divers processus biologiques, tels
que la coexistence des racines, la réaction aux stress environnementaux et le
développement des plantes. La petite taille, le court cycle de vie et la facilité de culture en
font un organisme modèle idéal pour les études de biologie végétale.

Est également connue sous le nom de luzerne tronquée, est remarquable. Cette plante
herbacée annuelle appartient à la famille des Fabaceae, sous-famille des Faboideae, et est
originaire du bassin méditerranéen. Elle est étroitement liée à la luzerne cultivée
(Medicago sativa) et peut atteindre jusqu'à 40 cm de hauteur .Comme toutes les espèces
du genre Medicago, M. truncatula présente des feuilles trifoliées composées de trois
folioles,

ce qui la rend facilement identifiable. Mais ce qui la distingue des autres légumineuses,
c'est sa capacité à former des associations symbiotiques avec des bactéries du sol pour
fixer l'azote atmosphérique. Cette caractéristique en fait une plante modèle des Fabaceae,
largement utilisée pour étudier les mécanismes de fixation de l'azote .De nombreux
cultivars de M. truncatula sont parfois cultivés comme plantes fourragères, car ils sont
riches en protéines et en nutriments. En outre, la petite taille et le cycle de vie court de
cette plante en font un organisme d'étude privilégié, facile à cultiver et à manipuler en
laboratoire .En somme, M.truncatula est une légumineuse herbacée annuelle aux
caractéristiques uniques, utilisée comme plante modèle grâce à sa capacité à former des
nodules fixateurs d'azote. Sa morphologie particulière, sa proximité avec la luzerne
cultivée et son utilité pour l'agriculture en font une plante digne d'intérêt pour les
chercheurs et les agriculteurs. (Huguet T et al, 1995), (Lesins et Lesins, 1979).

4
Chapitre I : Revue bibliographique

Figure 03: Développement de luzerne annuelle M.truncatula

I.2.classification :

I.2.1. Classification APG III (2003) :

Règne Plantae

Clade Angiospermes

Clade Dicotylédones vraies


Clade Noyau des Dicotylédones vraies

Clade Rosidées
Clade Fabidées

Ordre Fabales

Famille Fabaceae

Sous-famille Faboïdeae

Tribus Trifolieae
5
Chapitre I : Revue bibliographique

Genre Medicago
Espèce Medicago truncatula

Tableau 1 : Classification APG III de M. truncatula

I.2.2Classification scientifique :

Nom scientifique Medicago truncatula Gaertn

Règne Plantae
Embranchement Spermatophytes

Sous-embranchement Angiospermes
Super division Dicotylédones
Division Magnoliophyta

Classe Magnoliopsida
sous- classe Rosidae
Ordre Fabales
Famille Fabaceae (Légumineuses)
Sous-famille Faboïdeae
Tribus Trifolieae
Genre Medicago
Espèce Medicago truncatula

Tableau 2 : Classification scientifique de M. truncatula

I.3. Biologie de Medicago truncatula:

I.3.1.cicle de vie :
6
Chapitre I : Revue bibliographique

M. truncatula est une plante herbacée annuelle qui a été largement utilisée comme modèle
pour étudier le développement des légumineuses. Son cycle de vie est court, d'environ 10 à
12 semaines de graine à graine, ce qui en fait un choix idéal pour les études de
développement.

Le processus de fécondation chez M. truncatula suit le processus de double fécondation


typique des angiospermes. Le gamète mâle féconde l'oosphère pour former l'embryon
diploïde, tandis que le second gamète mâle féconde les noyaux polaires de l'ovule pour
former l'albumen triploïde. L'albumen joue un rôle crucial dans le développement de la
graine en fournissant des nutriments à l'embryon en développement.

Après la fécondation, l'embryon passe par plusieurs stades de développement, notamment


le stade globulaire, cordiforme, torpille et cotylédons. Pendant ce temps, l'albumen se
développe également pour nourrir l'embryon en développement. La graine mature contient
un embryon bien développé avec des cotylédons et une radicule, entouré par un albumen
réduit.

En résumé, M. truncatula est un modèle utile pour étudier le développement des


légumineuses en raison de son cycle de vie court et de sa fécondation suivant le processus
typique des angiospermes. L'albumen triploïde joue un rôle important dans le
développement de la graine en fournissant des nutriments à l'embryon en développement.

I.3.2.Les exigences de vie :

La plante modèle M. truncatula est couramment employée dans les études en raison de son
génome séquencé et de ses propriétés propices à l'étude de la symbiose racinaire avec les
bactéries fixatrices d'azote. Quant à ses besoins de vie, voici quelques éléments essentiels :

• 1. La plante M. truncatula est une plante annuelle qui vit dans le bassin
méditerranéen, ce qui signifie qu'elle apprécie un climat tempéré à chaud. Il est
possible de la cultiver à différentes températures, mais elle se développe mieux à
des températures modérées, comprise entre 20 et 25 °C.

7
Chapitre I : Revue bibliographique

• 2. La lumière est essentielle pour M.truncatula, tout comme la plupart des plantes,
afin de pouvoir réaliser la photosynthèse. En plein soleil, elle se développe
davantage, mais elle peut supporter une certaine ombre partielle.
• 3. Le sol doit être correctement drainé afin d'éviter la détérioration des racines. On
préfère un sol légèrement acide à neutre. La plante est capable de supporter des sols
plutôt pauvres en nutriments.
• 4. L'eau est essentielle pour M. truncatula, mais elle peut supporter des périodes de
sécheresse modérée une fois qu'elle est bien établie. Il est essentiel de limiter
l'arrosage afin d'éviter l'engorgement du sol.
Comme nous l'avons déjà mentionné, la plante peut supporter des sols relativement
pauvres en nutriments. Toutefois, une alimentation équilibrée en engrais peut
encourager une croissance dynamique.
• 5-Comme nous l'avons déjà mentionné, la plante peut supporter des sols
relativement pauvres en nutriments. Toutefois, une alimentation équilibrée en
engrais peut encourager une croissance dynamique.
• 6. L'interaction symbiotique entre M. truncatula et des bactéries fixatrices d'azote
du genre Rhizobium se produit dans les racines, ce qui lui permet de fixer l'azote
présent dans l'air. La croissance et le développement de cette interaction sont
cruciaux dans des environnements où l'azote est restreint.

En somme, M. truncatula a une bonne réputation dans des régions de climat méditerranéen,
où il y a une bonne exposition au soleil, un sol bien drainé et des apports d'eau ponctuels.
Ses besoins de vie reposent également sur son interaction symbiotique avec les bactéries
fixatrices d'azote.

I.4.La notion du stress :

Un stress englobe tous les troubles biologiques causés par une agression quelconque sur un
être humain. D'après Levitt (1980), il s'agit d'un élément de l'environnement qui peut
engendrer une contrainte potentiellement néfaste sur un être vivant. Les émotions
stressantes

8
Chapitre I : Revue bibliographique

Figure 4 : Les différents stress environnementaux (Levitt, 1980).

Les polluants sont classés en deux catégories en fonction de leur origine.

• Stress biotiques :

Il existe de nombreux types de virus, d'organismes phytophages et de pathogènes. Pour


y résister, la plante développe un système de défense qui entraîne une cascade de
réactions. Les protéines défensives végétales fabriquées jouent un rôle de protection
contre les agents pathogènes.

• Stress abiotiques :

Le stress abiotique peut être provoqué par différentes conditions environnementales :


inondations, sécheresse, températures basses ou hautes, salinité excessive des sols ou des
eaux, présence d'un minéral inadéquat dans le sol. Les cas des
Les métaux lourds, l'exposition excessive à la lumière qui favorise l'inhibition de la photo,
les conditions d'éclairage limitées, les rayons UV, les composés phytotoxiques tels que
l'ozone, qui est un réacteur oxydant puissant, la pollution de l'air, les produits oxydés
produits par les réactions de pesticides.
9
Chapitre I : Revue bibliographique

Figure 5 : Résistance aux stress abiotiques.

I.4.2. Présentation du stress salin :

Le stress salin est défini comme une concentration excessive en sel. Le terme stress salin
s’applique surtout à un excès des ions, en particulier Na+ et Cl-.

I.4.3. Effets du stress salin sur la plante :

La salinité est une contrainte majeure qui affecte la croissance et le développement des
plantes :

a) Effets sur la croissance et le développement :

La majorité des plantes présentent une sensibilité accrue à la salinité pendant leurs
périodes de germination et de croissance. La variation de l'équilibre hormonal a été
mentionnée parmi les raisons de l'inhibition de la germination en présence de sel

10
Chapitre I : Revue bibliographique

(Ungar,1978etKabar,1986dansBouchoukh,2010).

Malgré la présence d'une forte teneur en sel dans les tissus des halophytes à l'état
adulte, leurs graines ne sont pas aussi sensibles au sel lors de la germination.

La salinité du sol limite souvent le stade de germination, qui est le plus sensible que
les autres stades.

La salinité aurait un impact sur la croissance de la plante de différentes façons :


La forte teneur en Na Cl réduit également l'absorption de Ca2+, ce qui est très
important.

*L'augmentation de la concentration en Na+ dans la plante est associée à une


diminution de la concentration en Mg2+, K+, N, P et Ca2+ (Levitt, 1980).
La présence de sel peut entraîner des réductions de croissance lorsque des ions
essentiels tels que K+, Ca2+ ou NO 3 + deviennent limitants (Soltani, 1988 dans
Haouala et al, 2004).

*Les effets osmotiques du stress salin peuvent également limiter la croissance des
racines, ce qui limite les possibilités d’absorption des éléments nutritifs du so

Figure 6: toxicité du stress Salin

11
Chapitre I : Revue bibliographique

b)Évolution de la nutrition :

La salinité a deux effets nutritionnels principaux sur les plantes : la toxicité directe causée
par l'accumulation excessive d'ions dans les tissus et un effet de salinité.
Équilibre nutritionnel causé par l'accumulation excessive de certains ions. La présence de
concentrations salines excessives dans l'environnement entraîne une détérioration de la
nutrition minérale des plantes.
. La présence d'ions Na+ dans la plante restreint l'absorption des cations essentiels comme
le K+ et le Ca2+. Le Na+ et le Ca+ seraient en concurrence pour les mêmes sites de
fixation apoplasmique. Les ions Na+ et Ca2+ interagissent

c)Contributions à la biochimie de la plante :

Selon Santiago et al. (2000), la présence de salinité diminue la vitesse de la photosynthèse


en réduisant la conduction stomatique de CO2. La lenteur de la photosynthèse est réduite.
La déshydratation des membranes cellulaires, qui diminue leur perméabilité au CO2, la
toxicité du sel, ainsi que la diminution de l'approvisionnement en CO2 en raison de la
fermeture des stomates, sont responsables de cela. L'augmentation de la sénescence due à
la salinité et à la modification de l'activité des enzymes due à la modification de la
structure cytoplasmique. Chez différentes espèces plus ou moins robustes, un taux élevé de
sucres totaux à cause d'un blocage de la glycolyse ou du saccharose issu d'une hydrolyse
importante de l'amidon.

I.4.4. Réponses des plantes au stress salin :

La physiologie de la plante et le métabolisme sont généralement impactés par des


concentrations élevées de Na Cl à divers niveaux (déficit d'eau, toxicité des ions,
déséquilibre des nutriments et stress oxydatif) (Vinocur et Altman, 2005), avec au
moins deux réponses principales. .

Il est possible d'estimer : une réponse protectrice rapide associée à une réponse
d'adaptation à long terme. Les changements dans l'architecture de la plante et de sa
croissance (pousses et racines), les variations d'épaisseur des feuilles de la cuticule, la

12
Chapitre I : Revue bibliographique

régulation stomatique, la germination et le taux de photosynthèse sont généralement


liés à cette tolérance au sel (Edmeades et al, 2001).

Ces changements sont associés à différentes modifications cellulaires, telles que les
changements de la membrane et de la stabilité des protéines, une augmentation de la
capacité antioxydante et l'activation des voies de signalisation hormonales, en
particulier celles qui sont liées à l'hormone synthase .

L'hormone du stress, l'acide abscissique, est responsable de cela (Vinocur et Altman,


2005).De nombreux gènes provenant d'une multitude de voies biochimiques jouent un
rôle dans des réponses qui permettent de tolérer le sel. Il y a plusieurs voies impliquées
dans la transmission du signal, le métabolisme du carbone et la production d'énergie, la
protection contre le stress oxydatif, l'absorption, l'exclusion, le transport et la
compartimentation des ions sodium, ainsi que les changements dans les éléments de
structure des parois et des membranes cellulaires.

De plus, étant donné l'importance de réguler le métabolisme afin d'optimiser la


croissance dans un environnement changeant, des recherches ont été menées afin de
repérer des métabolites dont l'accumulation peut accroître la tolérance des
légumineuses à l'eau salée.

Par exemple, des changements de lipides en réponse à un traitement de sel ont été
caractérisés dans les membranes soja profondes (Surjus et Durand, 1996) ainsi que
l'effet du stress de sel d'acide aminé, un acide organique, et la composition en hydrates
de carbone des racines, des bactéroïdes, et cytosol de luzerne (Medicago
sativaFougère et al, 1991). En réponse au stress salin, le tréhalose a également été
proposé comme un smoprotectant dans Lotus japonicus (Lopez et al, 2006) alors
qu'une augmentation de la proline et le contenu de la glycine bétaïne, ainsi que dans la
protéase et les activités ATPase a été décrite dans l'arachide. (Trinchant et al, 2004)
ont étudié les réponses à long terme de plantes de luzerne nodulées au stress salin,
avec un intérêt particulier pour la proline et l'accumulation de bétaïne, cloisonnement,
et le métabolisme. Trigonelline, une bétaïne de la pyridine, qui fonctionne également
comme un régulateur du cycle cellulaire ,accumule dans des feuilles de sel de soja

13
Chapitre I : Revue bibliographique

souligné et la luzerne (Tramontano et Jouve,1997). Cependant, peu d'études


métaboliques ont été exécutées dans Medicago truncatula.

L'accumulation de proline a été montré pour induire une tolérance à un stress de sel, et

Medicago truncatula des plantes transgéniques sur-exprimant la delta (1) -pyrroline-5-


carboxylate synthétase (P5CS), et qui accumule donc des niveaux élevés de proline,
affichage amélioré osmotolérance (Armengaud et al, 2004; Verdoy et al, 2006).

Figure 7: La tolérance à la salinité chez quelques espèces végétales

(Mahajan, 2005)

I.5 Quel est le rôle du CSE dans la biosynthèse de la lignine chez


l’Arabidopsis thaliana ?
La biosynthése de la lignine chez l’Arabidopsis thaliana joue un rôle essentiel dans la
formation et la structure des parois cellulaire végétale comme la résistance au stress salin .
Ce dernier peut être influence par le gène caffeoyel shikimate esterase , qui est une enzyme
code pour la voie de la biosynthèse de la lignine . le CSE provoque la métamorphose du
caffeoyel shikimate en acide caféique, une étape crucial dans la synthèse des monolignols
qui sont les premiers a former de la lignine qui peut avoir un effet protecteur sur la plante
en renforçant sa paroi cellulaire et en agissant comme un antioxydants . La perte de

14
Chapitre I : Revue bibliographique

fonction de CSE provoque un nanisme sévère, un développement altère et une réduction de


75% de la teneur en lignine chez l’Arabidopsis .

Figure 8 : Composition chimique du La caféoyl shikimate


estérase (CSE)

➢ Examinons à présent l'objectif de cette étude, qui consiste à trouver un gène lié à la
protection cellulaire contre le stress salin, et à identifier d'autres gènes présentant
un profil d'expression similaire, car ils jouent également un rôle dans le stress salin
chez le modèle Medicago truncatula.

15
Chapitre II :
Matériels et
Méthodes
Chapitre II :matériel et methode

II. Matériel et méthodes :

II.1 Matériel :

• TAIR : La ressource d'information sur l'Arabidopsis (TAIR) est une base de


données contenant des informations génétiques et moléculaires sur la plante
Arabidopsis thaliana. Elle inclut la séquence du génome, la structure des gènes,
l'expression des gènes, les stocks d'ADN et de semences, les cartes du génome, les
marqueurs génétiques et physiques, les publications et les informations sur la
communauté de recherche. Les données sont mises à jour chaque semaine à partir
des dernières recherches et des contributions de la communauté. TAIR propose
également des liens vers d'autres ressources sur l'Arabidopsis

• INRAE :
Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement
• NCBI :Le National Center for Biotechnology Information (NCBI) est un centre de
recherche américain qui fait partie des National Institutes of Health (NIH). Il abrite
plusieurs bases de données importantes pour la biotechnologie et la biomédecine..
Il a été utilisé pour identifier le nom du gène et ses informations
• MTGEA :
Le Gene Expression Atlas de M.truncatula est une base de données qui permet de
créer un atlas des profils d'expression génique pour la plupart des gènes de cette
variété de légumineuses. Cette base de données est utilisée car Medicago truncatula
est un modèle important pour la génétique, la génomique et la sélection des
légumineuses.
• python:
Python est un langage de programmation polyvalent utilisé dans une variété de
domaines, notamment le développement de logiciels, la science des données, le
machine learning et les applications Web.

• GENBANCK:

18
Chapitre II :matériel et methode

Une base de donnés de séquence ADN ,contenant les séquences des de nucléotides
qui sont accessibles au public et leur traduction en protéines.
• Excel : Logiciel tableur.

II.2. Méthodes :

Le processus de travail commence par le choix du probset ID et la collecte des


informations sur l'expression du gène de référence LOC11422042 . Ensuite, il y a la
collecte et la classification des données relatives au au stress salin. Enfin, l'analyse
statistique est effectuée à l'aide de R.

II.2.1. choix du probset ID :

À partir de la base de données Mtgea , on a pue télécharger le tableaux des données


d'expression du géne du modél M.truncatula ,qui nous a permis de sélectionner la probset
id suivante : Mtr.10127.1.S1_s_at.

Figure9 : le tableaux des données d’expression du géne du modél


M.trancatula

II.2.2. Recherche du gène correspondant au probset ID :

19
Chapitre II :matériel et methode

➢ On a récupérer l’identifiant MtrunA17_Chr1g0195501 et sa séquence CDS par la


base de données INRA a partir du moteur de recherche legoo.

Figure 10: le navigateur legoo

Figure11 :base de donnés INRA

20
Chapitre II :matériel et methode

Figure12 : séquence CDS du géné.


➢ Apres avoir placer la sequence précédente dans la base de données NCBI sur un
blast N et cliquez sur la première colonne .
➢ On va obtenir le nom de notre géne référence Caffeoyl shikimate esterase
(LOC11422042).

Figure13 :Interface NCBI (Blast N)

21
Chapitre II :matériel et methode

Figure14 : Interface NCBI

Figure15 : Interface GenBnk montré le nom du géne.

II.2.3 .Profil d’expérience au stress salin :

On à insérer la probset ID du gene LOC11422042 sur la base de données mtgea à fin


d’avoir le profil d’expression suivant :

22
Chapitre II :matériel et methode

Figure 16 :Le profil d’expression du gène CSE sur MtGEA.

II.2.4 .Choix des conditions :


➢ Aux niveaux du moteur de recherche MtGea on sélectionne l ensemble des
conditions par rapport à leur profil d’expression.

Figure17 : Pique correspondante aux condition sélectionner


➢ Élimine les conditions indésirables et maintenir les conditions requises dont
chaqu’une à 3 Répétition avec leur valeur pour obtenir la moyenne.

23
Chapitre II :matériel et methode

Figure 18: Fichier excel téleharger par MTGEA.

➢ les regrouper dans un nouveau fichier excel avec leur moyenne calculer.

Figure19 : Fichier excel regroupe les conditions requis et leur moyenne.

24
Chapitre II :matériel et methode

root,RT root,RT_ root,RT_ root,RT_


_2ds_Sdl_ 2ds_Sdl_ 2ds_Sdl_ 2ds_Sdl_
culture_ culture_ culture_ culture_
180mM_ 180mM_ 180mM_ 180mM
NaCl_ NaCl_ NaCl_ _NaCl_
0h 6h 24h 48h

2046,24667 7,74014667 1631,23333 2231,55667

Tableaux03 : les moyennes relatives au stress salin .

II. 2.5.Etude statistique par pyhton :

Grace a ce langage de programmation ,nous avons pu créer ce code qui est utilisé pour
analyser les données d'expression d'un gène spécifique (probset ID) et de ses ensembles de
sondes associés en fonction de leurs distances.

Voici une ventilation étape par étape :


1-Importer des bibliothèques et charger des données : Le code commence par importer
les bibliothèques nécessaires :
✓ pandas pour la manipulation des données,
✓ scipy.spatial.distance pour le calcul des distances, matplotlib.pyplot pour le
traçage
✓ seaborn pour la visualisation des données.
Il charge ensuite les données d'expression à partir d'un fichier nommé
« MtGEAv3.log2_rma.tsv » à l'aide de pandas.read_csv.
Le fichier est supposé être un fichier de valeurs séparées par des tabulations avec la
première colonne comme index.

25
Chapitre II :matériel et methode

Figure 20 :Les formules des commandes utilisées dans python .


2- Définir les conditions : Le code définit quatre conditions :
condition_1, condition_2, condition_3 et condition_4. Chaque condition correspond à un
instant spécifique (0h, 24h, 48h et 6h) et à un numéro de réplication (R1, R2, R3).

Figure 21 : classification des condition


3- Calculer l'expression moyenne : Pour chaque condition, le code calcule l'expression
moyenne de tous les ensembles de sondes à l'aide de data[condition].mean(axis=1).
Ceci est stocké dans le DataFrame Mean_data.

26
Chapitre II :matériel et methode

Figure 22 : le code pour les calculs des moyennes

4-Définir l'ensemble de sondes d'intérêt : Le code définit un jeu de sondes spécifique


d'intérêt, « Mtr.10127.1.S1_s_at ».
5- Vérifier l'existence du jeu de sondes : Il vérifie si le jeu de sondes qui vous intéresse
existe dans le DataFrame Mean_data.
Si ce n’est pas le cas, une ValueError est générée.
6-Extraire les données du jeu de sondes : Le code extrait les données de l'ensemble de
sondes qui vous intéresse à partir de Mean_data.
7-Calculer les distances : Il calcule les distances euclidiennes entre l'ensemble de sondes
d'intérêt et tous les autres ensembles de sondes dans Mean_data à l'aide de cdist. Les
distances sont stockées dans le tableau distances.
8-Créer un DataFrame de distance : Le code crée un DataFrame distance_df avec les
distances et les noms des ensembles de sondes comme noms d'index et de colonne.
9-Trier et filtrer les distances : Il trie les distances par ordre croissant et filtre les
premiers ensembles de sondes num_probesets_to_display avec les plus petites distances.

27
Chapitre II :matériel et methode

Figure23 : le code pour les calculs des distances.


10-Afficher les jeux de sondes associés : Le code affiche les principaux ensembles de
sondes liés à num_probesets_to_display ainsi que leurs distances et me donne les 20 géne
plus proche.

Figure 24 : le code pour affichier que les conditions sont remplies.

Cette analyse permet d'identifier les ensembles de sondes les plus similaires à l'ensemble
de sondes d'intérêt en fonction de leurs modèles d'expression.

28
Chapitre III :
Résultats et
discussion
Résultats et discussion

III Résultats et discussion :

III.1 Résultats :

En analysant les données d’expression de 20 gènes sélectionnés par le logiciel python , nous
avons pu observer les résultats suivant :

Une carte de chaleur, également connue sous le nom de heatmap,qui est un outil de
visualisation de données ,on utilisant des couleurs pour représenter les zones les plus visitées
et les moins visitées

Figure 25 : Heatmap obtenus grâce à cette étude.

Dans cet carte de chaleur , on distingue 20 gènes de M.truncatula, ces gènes sont regroupés
entre eux dans un graphique en couleur , où les coleurs les plus froid )du violet aux bleu )
represent el’ensemble des gênes les plus proches aux géne références LOC11422042 selon
leur distances , et les couleurs les plus chaudes )du vert aux jaune ) représente l’ensemble des
gènes les plus loin du gène clé .

29
Résultats et discussion

➢ L’utilisation des probset ID des différents gènes nous permis de trouver l identiant des
gènes correspondents.

Locus tag Identifiant Annotation Distance


Mtr.10127.1.S1_s_at Medtr1g088470 2-acylglycerol O- 0.000000
acyltransferase.
Msa.963.1.S1_at Medtr7g107310 2Fe-2S ferredoxin-type iron- 0.048317
sulfur binding domain
Mtr.12591.1.S1_at Medtr2g054920 serine- 0.214625
Threonine kinase receptor-
associated protein
Mtr.37888.1.S1_at Medtr2g030450 CBL-interacting protein kinase 0.228594
1
Mtr.50554.1.S1_at Medtr8g097040 la famille des répétés satellites 0.236562

Mtr.26378.1.S1_at Medtr5g078330 chromatin remodeling & 0.238107


transcriptional activation HMG
family
Mtr.37462.1.S1_at Medtr1g096460 ribosomal protein L21 0.239413

Mtr.9098.1.S1_at Medtr7g038730 cellular repressor of 0.248813


E1A -stimulated
gene
Mtr.42930.1.S1_at Medtr3g118100 PHOSPHOPANTOTHENATE- 0.257159
-CYSTEINE LIGASE2
Mtr.17521.1.S1_s_at Medtr4g112540 chaperone like protein of por1 0.261909

Mtr.37524.1.S1_at Medtr8g021190 DUF1677 family protein 0.264702

AFFX-r2-Bs-dap- no result no result 0.266036


3_at

Mtr.17625.1.S1_at medtr8g016840 RING ZINC FINGER 0.267112


PROTEIN

Mtr.12731.1.S1_at Medtr4g036265 Glyceraldehyde 3-phosphate 0.274794

30
Résultats et discussion

dehydrogenase
Mtr.43389.1.S1_at Medtr7g112403 protein 0.279185
dehydration-induced 19
Mtr.18010.1.S1_at Medtr4g101090 AUTOPHAGY-RELATED 0.288781
PROTEIN
Mtr.40034.1.S1_at Medtr1g104930 hydroxyisoflavanone 0.291311
dehydratase, Carboxylesterase
Mtr.12862.1.S1_at Medtr1g103150 Histone acetyltransferase of the 0.295135
GNAT family
Mtr.24373.1.S1_at Medtr1g083780 zinc-binding protein. 0.29837815:08

Tableau4: : Les identifiants et les annotation et les distance obtenus.

III.2 Discussion :

Lorsque les plantes sont confrontées à des conditions environnementales difficiles,tels que
une forte salinité (stress salin ) développent des réactions contrôlées par des voies de
signalisation qui dépendent des changements dans l'expression de leurs gènes.

Dans cette étude, en se concentrant sur la voie de l'ABA, nous avons pu identifier différents
groupes de gènes impliqués dans les réponses des plantes aux stress salins, en fonction de leur
rôle spécifique :

➢ Des genes code pour les proteines :Les plantes d'Arabidopsis thaliana développent des
mécanismes de tolérance au stress salin grâce à des protéines spécialisées. Ces
protéines jouent des roles essentielle comme l'équilibre des ions, en préservant les
protéines et les membranes, en ajustant la concentration des solutés à l'intérieur des
cellules et en évitant la perte de turgescence, les processus physiologiques restent
stables et efficaces.(SaharSellamiJallouli ,2019)

➢ Les genes codants pour Les facteurs de virulence :L’étudevise a comprendre comment
les plantes réagissent aux stress salin chez la M.truncatula en analysant les facteurs de

31
Résultats et discussion

virulence , ces derniers permetent aux plantes de déclencher des mécanismes de


protection, comme la production d'ABA et d'enzymes antioxydantes, afin de prévenir
les dommages causés par le stress oxydatif dans leurs cellules.(Manuella van
Munster,2019)

➢ Les facteurs de transcription : Les facteurs de transcription sont reconnus pour leur
influence dans la régulation de l'expression génique et jouent un rôle essentiel dans
l'immunité innée des plantesParmi les différentes familles de facteurs de transcription
identifiées on cite la calmoduline qui est une proteine qui contrôle l’activité de
facteurs de transcription en réponse aux conditions salines ,l’isoforme CAM4
augmente la transcription des genes de stress gérés par le facteur MYB , améliorant
ainsi la capacité de la plantes à résister aux stress salin . (BenoîtRanty*, Didier
Aldon et Jean-Philippe Galaud,2007)

➢ Groupes qui codes pour les kinases dépendantes de calcium :La protéine kinase
CPK3, activée par le calcium, est primordiale pour qu'Arabidopsis thaliana s'adapte au
stress salé. Son activation est indépendante des voies de signalisation MAPK. Lorsque
le gène cpk3 est muté, la plante devient plus sensible au stress salin, mais une
expression élevée de CPK3 améliore sa résistance à ce stress.(Norbert
Mehlmer,2010)

➢ Groupe de genes codes pour les Proteines type dehydrine (DHN) et lateembreyo genes
isabundant (LEA) :Ces proteines sont hydrophile et joue un roleimportant pour
protéger les cellules de la M.truncatula lorsqu'elles subissent le stress salin , Elles
contribuent à la tolérance de cette plante en protégeant les structures cellulaires et en
régulant l'équilibre osmotique. Une étude approfondie de ces protéines permettrait de
mieux comprendre leurs fonctions précises dans la réponse de la plante au
stress.(OUIS Miryam et BELKHODJA Moulay,2012)

➢ Les Proteines ribosomal :Le role des proteines ribosomales dans le strss salin chez
l’Arabidopsis thaliana est lié a la régulation de la croissance et de la reponse au stress
salin.Les individus présentant certaines mutations, en particulier dans les voies de

32
Résultats et discussion

signalisation impliquant les protéines ribosomiques, peuvent devenir plus vulnérables


au stress salin. Par exemple, les organismes portant des mutations dans la voie de
signalisation de l'ABA (acide abscissique) peuvent être plus sensibles à la
déshydratation et au stress salin..(Bastien Malbert,2019)

➢ Groupes des proteines transmembranaire :Le role des transmembranaire dans le stress
salin chez l’Arabidopsis thaliana est étudié dans plusieur travaux scientifique .des
protéines de défense spécialisées, comme les glucanases et les protéines PR
(Pathogenesis-related) joue un rolecurcial aux stress envirommentaux ,Ces protéines
protègent les cellules végétales contre les dommages causés par le stress aussi sert a
modifier la fonctionnalité des plantes , en participant au transport des ions .

➢ les facteurs de transcription de type C2H2 :les facteurs de transcription de type C2H2
sont essentiels pour permettre aux plantes, comme Arabidopsis thaliana, de faire face
aux défis environnementaux, tels que le stress salin . Ils assurent une régulation fine
des processus cellulaires lorsque la plante est soumise à des stress abiotiques.permet
de modifier l’expression du gène impliqué dans la gestion du stress , tels que la
biosynthèse de métabolite secondaires et la régulation de l’homeostasie ionique.

➢ Les supafamily des protéines :Les supafamilyde proteines joue un role crucial dans la
gestion du stress salin chez arabidopsis thaliana tels que : Proteines PPR
(PentatricopeptideRepeat) et Proteines F-box
• PPR (Pentatrico peptide Repeat) :Les PPR sont impliqué dans la maturation des ARN
des organites qui influence l’expression des gène des organites
• Proteines F-box : Les proteines F box sont impliqué dans la régulation de la
dégradation des protéines et jouent un role dans la réponse au stress salin .Face aux
defis du stress salin,les plantes mettent en place des mécanismes de signalisation,
réglés par différentes groupes du genes tels que : les protein esribosomals , les facteurs
de transcriptions,les facteurs de virulences et les kinases .

➢ Le geneLOC11422042 : est un élément clé dans la tolérance au stress salin ,est


impliqué dans la modification de l’anatomie des tissus vasculaires et de l’homéostasie
des sucres dans la hampe florale au stress salin,cette modification contribue à la
33
Résultats et discussion

tolérance au NaCl en permettant une meilleure allocation des ressources et une


adaptation à l’environnement defavorable.

34
Conclusion et
perspectives
Conclusion et perspectives

✓ Diverses recherches ont permis de comprendre les différentes manières dont la


luzerne tronquée connue sous le nom scientifique Medicago truncatulas adapte aux
conditions abiotiques de son environnement.
Le stress a biotique peut perturbé la croissance et le bon fonctionnement des
végétaux. Cependant les plantes ont développé des moyens pour s’adapter à
conditions difficiles comme la salinité élevée .Cette capacité d'adaptation repose
sur plusieurs mécanismes notamment : profil d’expression des gènes .
✓ L’objectif de notre travail consiste a rechercher les gènes impliqué dans la réponse
au stress salin chez le modèle biologique M.truncatula, nous avons réalisé une
analyse in silico de données de transcription issue de puces de type Affymetrix.
✓ Dans ce projet, nous avons étudié les gènes de M. truncatula en explorant diverses
bases de données telles que MTGEA et GENBANK.
✓ Grâce au profil d’expression dans la conditions NaCl , On a pueréalisé une carte de
chaleur appelé heatmap par l’utilisation du logiciel python constitue de 20 gènes
avec leurs différents famille et rôles .
✓ D'après l'analyse des diverses caractéristiques étudiées ,nous pouvons affirmer que
les gènes de M. truncatula jouent un rôle essentielle dans la tolérance des plantes
à la forte salinité a travers différentes fonctions.

➢ Concernant notre perspective, pour les projets à venir, notre objectif est d'étendre et
d'enrichir notre travail :
L'identification de la fonction des gènes peut être réalisée en combinant diverses
méthodes expérimentales, telles queles analyse in silico ou bien analyses in vivo et
invitro.
Ces gènes sont capables de s'adapter à d'autres situations stressantes, leur
permettant ainsi de s'engager sur la voie de Medicago truncatula.

35
Référence
bibliographique
Références bibliographique :
1-Revue des Régions Arides - Numéro Spécial - n° 35 (3/2014) - Actes du 4ème Meeting
International ‘’Aridoculture et Cultures Oasisennes : Gestion des Ressources et Applications
Biotechnologiques en Aridoculture et Cultures Sahariennes : perspectives pour un développement
durable des zones arides,17-19/12/2013

2-UNIVERSITÉ D’ANGERS Année : 2009 N° d’ordre : 973 Étude cellulaire et moléculaire de la


germination chez Medicago truncatula Thèse de doctorat Spécialité : Biologie Cellulaire et
Moléculaire Végétale ÉCOLE DOCTORALE VÉGÉTAL-ENVIRONNEMENT-
NUTRITIONAGRO-ALIMENTAIRE-MER Présentée et soutenue publiquement le : 27 mai 2009
à : Angers par : Christine Gimeno-Gilles Devant le jury ci-dessous : Abdelhak EL AMRANI
Rapporteur MCU-HDR Université de Rennes 1 Marc LAHAYE Rapporteur DR2 INRA de Nantes-
Angers Bertrand HIREL Président du jury DR1 CNRS- INRA de Versailles Directeur de thèse :
Eric Lelièvre, MCU-HDR, Université d’Angers Co-encadrant : Anis Limami, PR1, Université
d’Angers UMR 1191, Physiologie Moléculaire

3- Génomique de la légumineuse modèle Medicago truncatula : état des lieux et


perspectives The model legume Medicago truncatula: recent advances and perspectives in
genomics Oléagineux, Corps Gras, Lipides. Volume 8, Numéro 5, 478-84, Septembre - Octobre
2001, La filière Auteur(s) : Etienne-Pascal JOURNET, Véronique CARREAU, Jérome GOUZY,
Philippe THOQUET, Charles ROSENBERG, David BARKER, Thierry HUGUET, Jean
DENARIE, Pascal GAMAS, Laboratoire de biologie moléculaire des relations plantes-micro-
organismes (LBMRPM), CNRS-Inra, BP 27, 31326 Castanet-Tolosan Cedex, France des
Semences, 16 Bd Lavoisier, 49045 Angers Cedex 01

4-Chapitre 31. Structure des peuplements, caractéristiques du bois et variations


morphologiques de Pterocarpus erinaceus Poir. en Afrique de l’Ouest
Kossi Novinyo Segla, Kossi Adjonou, Benziwa Nathalie Johnson, Daniel Guibal, Habou
Rabiou, Babou André Bationo, Gilles Chaix, Kouami Kokou, Patrick
Langbour et Adzo Dzifa D. Kokutse
p. 473-492

5-Lahrech, N. E. (2011). Etude de la variabilité chez quelques lignées Medicago


trancatula soumises au stress salin. Thèse de doctorat, École Nationale Supérieure
Agronomique (ENSA), Alger.

6-UNIVERSITE DE BOURGOGNE Ecole Doctorale Environnements Santé n°554


Institut National de la Recherche Agronomique UMR 1347 Agroécologie - pôle GEAPSI
THÈSE Pour l'obtention du grade de Docteur de l’Université de Bourgogne Discipline :
Sciences Vie Spécialité: Biologie moléculaire végétale Contribution de l’albumen au
développement de la graine chez Medicago truncatula : caractérisation d’un facteur de
transcription de type DOF exprimé dans l’albumen chalazal. par Mélanie NOGUERO
soutenue le 23 Mai 2014 devant la commission d’examen: Gwyneth INGRAM, Chargée de
recherches, CNRS, ENS Lyon Rapporteur Loic RAJJOU, Maître de conférences,
AgroParisTech Rapporteur Nahalie LEBORGNE-CASTEL, Professeur Universités, Dijon
Examinateur Bertrand DUBREUCQ, Directeur de recherches, INRA, AgroParisTech
1
Examinateur Karine GALLARDO, Chargée de recherches, INRA, Dijon Co-encadrant de
thèse Richard THOMPSON, Directeur de recherches, INRA, Dijon Directeur de thèse.

7-Merakchi, D. (2015). Influence des métaux lourds sur la croissance des bactéries
isolées à partir des nodules des légumineuses Hedysarum coronarium et Medicago
truncatula. Mémoire de Master, présenté et soutenu publiquement le 16 juin 2015. Sous la
direction de Tchanderli Braham Safa, Université des Frères Mentouri Constantine Faculté
des Sciences de la Nature et de la Vie

8-UNIVERSITÉ D’ANGERS Année : 2009 N° d’ordre : 973 Étude cellulaire et


moléculaire de la germination chez Medicago truncatula Thèse de doctorat Spécialité :
Biologie Cellulaire et Moléculaire Végétale ÉCOLE DOCTORALE VÉGÉTAL-
ENVIRONNEMENT-NUTRITIONAGRO-ALIMENTAIRE-MER Présentée et soutenue
publiquement le : 27 mai 2009 à : Angers par : Christine Gimeno-Gilles Devant le jury ci-
dessous : Abdelhak EL AMRANI Rapporteur MCU-HDR Université de Rennes 1 Marc
LAHAYE Rapporteur DR2 INRA de Nantes-Angers Bertrand HIREL Président du jury
DR1 CNRS- INRA de Versailles Directeur de thèse : Eric Lelièvre, MCU-HDR,
Université d’Angers Co-encadrant : Anis Limami, PR1, Université d’Angers UMR 1191,
Physiologie Moléculaire des Semences, 16 Bd Lavoisier, 49045 Angers Cedex 01 ED
VENAM 1 Rem.

9- UNIVERSITE DE BOURGOGNE Ecole Doctorale Environnements Santé n°554


Institut National de la Recherche Agronomique UMR 1347 Agroécologie - pôle GEAPSI
THÈSE Pour l'obtention du grade de Docteur de l’Université de Bourgogne Discipline :
Sciences Vie Spécialité: Biologie moléculaire végétale Contribution de l’albumen au
développement de la graine chez Medicago truncatula : caractérisation d’un facteur de
transcription de type DOF exprimé dans l’albumen chalazal. par Mélanie NOGUERO
soutenue le 23 Mai 2014 devant la commission d’examen: Gwyneth INGRAM, Chargée de
recherches, CNRS, ENS Lyon Rapporteur Loic RAJJOU, Maître de conférences,
AgroParisTech Rapporteur Nahalie LEBORGNE-CASTEL, Professeur Universités, Dijon
Examinateur Bertrand DUBREUCQ, Directeur de recherches, INRA, AgroParisTech
Examinateur Karine GALLARDO, Chargée de recherches, INRA, Dijon Co-encadrant de
thèse Richard THOMPSON, Directeur de recherches, INRA, Dijon Directeur de thèse

10- Génomique de la légumineuse modèle Medicago truncatula : état des lieux et


perspectives The model legume Medicago truncatula: recent advances and perspectives in
genomics Oléagineux, Corps Gras, Lipides. Volume 8, Numéro 5, 478-84, Septembre -
Octobre 2001, La filière Auteur(s) : Etienne-Pascal JOURNET, Véronique CARREAU,
Jérome GOUZY, Philippe THOQUET, Charles ROSENBERG, David BARKER, Thierry
HUGUET, Jean DENARIE, Pascal GAMAS, Laboratoire de biologie moléculaire des
relations plantes-micro-organismes (LBMRPM), CNRS-Inra, BP 27, 31326 Castanet-
Tolosan Cedex, France.

11- Aouane, B., & Aouane, A. (2023). Caractérisation des endosymbiotes chez la
légumineuse Trigonella gladiata Stev. Mémoire de Master, Domaine : Sciences de la

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Nature et de la Vie, Filière : Ecologie et environnement, Spécialité : Ecologie microbienne.
Université Ferhat Abbas Sétif 1, Constantine, Algérie.

12- Gimeno-Gilles, C. (2009). Étude cellulaire et moléculaire de la germination chez


Medicago truncatula. Thèse de doctorat, Spécialité : Biologie Cellulaire et Moléculaire
Végétale, École Doctorale Végétal-Environnement-Nutrition-Agro-Alimentaire-Mer.
Université d'Angers, Angers, France.

14- Huguet T., Prosperi J.M.. 1995. Medicago truncatula: a legume model-plant. 171-
175.

15- Levitt, J. (1980) Réponses des plantes au stress environnemental : eau, rayonnement,
sel et autres stress. Presse académique, New York, 365.

16-Levitt, J. (1980) Réponses des plantes au stress environnemental, Volume 1 : Stress de


refroidissement, de congélation et de température élevée. Presse académique, Cambridge.

17- Vinocur, B. et Altman, A. (2005) Progrès récents dans l'ingénierie de la tolérance des
plantes au stress abiotique : réalisations et limites.

18-Vinocur, B. et Altman, A. (2005) Progrès récents dans l'ingénierie de la tolérance des


plantes au stress abiotique : réalisations et limites.

19- Santiago, J., Rodrigues, A., Saibo, N. et Oliveira, MM (2000). « Stress abiotique et
tolérance au sel chez les plantes : mécanismes et approches ». Physiologie végétale, 52(9),
1569-1578.

20-Edmeades, GO, Bolaños, J., Chapman, SC, Lafitte, HR et Bänziger, M. (2001). "La
sélection améliore la tolérance à la sécheresse des populations de maïs tropical : I. Gains de
biomasse, de rendement en grains et d'indice de récolte." Science des cultures, 39(5), 1306-
1315.

21-Surjus, A. et Durand, M. (1996) L'enseignement en milieu scolaire. Paris : PUF, 227


p. (L'éducateur).

22-Fougère et al. (1991) Effet du stress salin sur l'expression de deux facteurs de stress
chez Medicago sativa. Aust. Agricole.

23-López, CM, Takahashi, H. et Yamazaki, S. (2006). "Croissance des plantes et


réponses photosynthétiques des plants de riz aux conditions salines." Journal de
physiologie végétale, 163(8), 824-830.

24- Trinchant, J.C., Rigaud, J. et Gresshoff, P.M. (2004). "Régulation de la fixation de


l'azote et de la formation de nodules par le stress salin chez les légumineuses." Journal de
physiologie végétale, 161(6), 671-680.

25- Tramontano, WA et Jouve, L. (1997). "Régulateurs osmotiques dans les plants de


luzerne soumis à un stress de salinité." Physiologie végétale et biochimie, 35(5), 377-384.

3
26- Armengaud, P., Breitling, R. et Amtmann, A. (2004). "Le transcriptome dépendant
du potassium d'Arabidopsis révèle un rôle important de l'acide jasmonique dans la
signalisation des nutriments." Physiologie végétale, 136(1), 2556-2576.

27- Verdoy, D., Ariz, I., Aparicio-Tejo, PM et Moran, JF (2006). "Effets de la salinité
sur le développement végétatif, l'assimilation de l'azote et la morphologie des racines des
plantes Lotus japonicus." Journal de physiologie végétale, 163(6), 608-616.

30- BEN NJA Riheb(2014), « Effet d’un stress salin sur la teneur en polymères pariétaux
dans les feuilles de luzerne (Medicago sativacv Gabès) et sur la distribution dans les
cellules de transfert des fines nervures ». Thèse en cotutelle pour obtenir le grade de
DOCTEUR DES UNIVERSITÉS DE LIMOGES ET CARTHAGE et soutenu
publiquement le 25/03/2014. UNIVERSITE DE CARTHAGE FACULTE DES
SCIENCES DE BIZERTE Département de Biologie et Physiologie Végétales

31- Ruiqin Zhong, Amanda C. Morrison, Tracy L. Frisch, Kenneth Keegstra, Curtis
G. Wilkerson Titre de l'article : "Improving total saccharification yield of Arabidopsis
plants by vessel-specific complementation of caffeoyl shikimate esterase (cse) mutants"
Source : Biotechnology for Biofuels (2019) 12:22

32- Wellington Muchero, Amy M. Guo, Jin Zhang, Lee E. Ranjan, Geoffrey B.
Turner, Christopher T. W. Ngan, Shawn D. DiFazio, Stephen R. Lindquist, Jessy L.
Labbé, Gerald A. Tuskan, and Jin-Gui Chen Titre de l'article : "Silencing
CAFFEOYL SHIKIMATE ESTERASE Affects Lignification and Improves
Saccharification in Poplar" Source : The Plant Physiology (2015) 167(4): 1146-1159.

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