Tüberkülozun (TB) etiyolojik ajanı olan Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), konak hücre... more Tüberkülozun (TB) etiyolojik ajanı olan Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), konak hücresi ile binlerce yıl sürmüş karşılıklı evrimi sayesinde, mükemmel çalışan bir immün sistem karşısında bile aktif/latent enfeksiyon oluşturma yeteneğiyle insanlık tarihinin en başarılı patojenlerinden biri olmuştur. Dünya nüfusunun dörtte birinin M. tuberculosis ile enfekte olduğu tahmin edilmekteyken bu popülasyonun sadece %5-15'i yaşam boyunca aktif TB hastalığı geçirmektedir. Bu durumun ana nedeni konak bağışıklığının etkin mekanizmalarıdır. TB basili inhalasyon yolu ile vücuda alındıktan sonra ilk olarak doğal bağışık hücreleri ile karşılaşır. Doğal bağışıklık tarafından elimine edilemeyen basillere karşı edinsel bağışıklık gelişir. M. tuberculosis immün sistemden kaçabilmek için oldukça çeşitli stratejiler geliştirmiştir. Bu stratejiler; patojen tanıma reseptörlerinden kaçış, fagolizozom oluşumunun engellenmesi, apoptoz ve otofajinin inhibisyonu, granülom oluşumu ile bağışıklıktan kaçış, oksidatif stres ve reaktif oksijen ve reaktif azot ara maddelerinin inhibisyonunu kapsamaktadır. M. tuberculosis'in konak bağışıklık fonksiyonunu değiştirme veya modüle etme mekanizmalarının çözülmesi, muhtemelen daha etkili yeni aşıların üretilmesi ve TB'ye karşı immünoterapinin geliştirilmesi için büyük önem taşımaktadır. Bu derlemede M. tuberculosis'e karşı konakçı bağışıklık yanıtı hakkında yeni gelişmeler ve basilin bu yanıttan kaçış mekanizmaları tartışılacaktır.
Flora infeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji dergisi, Mar 3, 2023
Studies are showing that a high antibody response increases the protection against variants in th... more Studies are showing that a high antibody response increases the protection against variants in the fight against the COVID-19 pandemic. In this study, we aimed to investigate the relationship between antibody response and side effects based on the number of doses administered to healthcare workers who were vaccinated against COVID-19. Healthcare workers, who were vaccinated with two doses of BNT162b2 (Group 1), a single dose of BNT162b2 following two doses of CoronaVac (Group 2), or two doses of BNT162b2 following two doses of CoronaVac (Group 3), were randomly assigned to this study. Serum samples were taken from the participants 30 ± 2 days after the last vaccination date, and the SARS-CoV-2 anti-spike S1 RBD IgG test was administered to these samples. A questionnaire was conducted detailing the demographics of the patients as well as their post-vaccination complaints. The results were analyzed statistically. Analysis results with a p-value of <0.05 were considered significant.
Tüberkülozun (TB) etiyolojik ajanı olan Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), konak hücre... more Tüberkülozun (TB) etiyolojik ajanı olan Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), konak hücresi ile binlerce yıl sürmüş karşılıklı evrimi sayesinde, mükemmel çalışan bir immün sistem karşısında bile aktif/latent enfeksiyon oluşturma yeteneğiyle insanlık tarihinin en başarılı patojenlerinden biri olmuştur. Dünya nüfusunun dörtte birinin M. tuberculosis ile enfekte olduğu tahmin edilmekteyken bu popülasyonun sadece %5-15'i yaşam boyunca aktif TB hastalığı geçirmektedir. Bu durumun ana nedeni konak bağışıklığının etkin mekanizmalarıdır. TB basili inhalasyon yolu ile vücuda alındıktan sonra ilk olarak doğal bağışık hücreleri ile karşılaşır. Doğal bağışıklık tarafından elimine edilemeyen basillere karşı edinsel bağışıklık gelişir. M. tuberculosis immün sistemden kaçabilmek için oldukça çeşitli stratejiler geliştirmiştir. Bu stratejiler; patojen tanıma reseptörlerinden kaçış, fagolizozom oluşumunun engellenmesi, apoptoz ve otofajinin inhibisyonu, granülom oluşumu ile bağışıklıktan kaçış, oksidatif stres ve reaktif oksijen ve reaktif azot ara maddelerinin inhibisyonunu kapsamaktadır. M. tuberculosis'in konak bağışıklık fonksiyonunu değiştirme veya modüle etme mekanizmalarının çözülmesi, muhtemelen daha etkili yeni aşıların üretilmesi ve TB'ye karşı immünoterapinin geliştirilmesi için büyük önem taşımaktadır. Bu derlemede M. tuberculosis'e karşı konakçı bağışıklık yanıtı hakkında yeni gelişmeler ve basilin bu yanıttan kaçış mekanizmaları tartışılacaktır.
Flora infeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji dergisi, Sep 12, 2022
Giriş: Son dönem böbrek yetmezliği sebebiyle hemodiyaliz tedavisi alan hastalarda kronik hastalık... more Giriş: Son dönem böbrek yetmezliği sebebiyle hemodiyaliz tedavisi alan hastalarda kronik hastalık ve alınan diğer tedavilere bağlı olarak gelişen immünsupresif durum latent tüberkülozun aktifleşmesi açısından risk oluşturmaktadır. Çalışmamızda hemodiyaliz hastalarında latent tüberküloz varlığının LIOFeron ® TB/LTBI interferon gama salınım testi (İGST) ile araştırılması amaçlanmıştır.
Flora infeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji dergisi, Sep 12, 2022
Giriş: Son dönem böbrek yetmezliği sebebiyle hemodiyaliz tedavisi alan hastalarda kronik hastalık... more Giriş: Son dönem böbrek yetmezliği sebebiyle hemodiyaliz tedavisi alan hastalarda kronik hastalık ve alınan diğer tedavilere bağlı olarak gelişen immünsupresif durum latent tüberkülozun aktifleşmesi açısından risk oluşturmaktadır. Çalışmamızda hemodiyaliz hastalarında latent tüberküloz varlığının LIOFeron ® TB/LTBI interferon gama salınım testi (İGST) ile araştırılması amaçlanmıştır.
Aim: A recently discovered DNA virus (SEN virus) has been assumed to be responsible for posttrans... more Aim: A recently discovered DNA virus (SEN virus) has been assumed to be responsible for posttransfusion hepatitis in humans. Phylogenetic analysis of the SEN virus (SEN-V) has revealed the existence of 8 different genotypes (A-H). SEN-V genotype-H (SENV-H) and SEN-V genotype-D (SENV-D) have been described as most closely associated with post-transfusion hepatitis. So far, it is unclear whether patients on maintenance haemodialysis are at increased risk for acquiring the SEN virus. The aim of the present study was to investigate the prevalence of SENV-D and SENV-H among patients on maintenance haemodialysis. Serum samples derived from 100 haemodialysed patients were examined for SENV-D and SENV-H viraemia by polymerase chain reaction (PCR). One hundred and twenty serum samples were obtained from healthy blood donors, who served as the control group. The prevalence of SENV-D was 33% (n = 33) while that of SENV-H was 22% (n = 22) among the patients on maintenance haemodialysis. The prevalence of SENV-D was 5% (n = 6) while that of SENV-H was 20% (n = 24) among the healthy blood donors. Our data suggest that SEN-V infection was significantly more prevalent (P < 0.05) in patients on haemodialysis (55%) than in control subjects (25%). Conclusions: These findings reveal that patients on maintenance haemodialysis are at risk of SEN-V infection. Another important finding is the relatively high prevalence (25%) of SEN-V in healthy blood donors in our region.
comparing the expression levels of efflux genes in cultures exposed to primary anti-TB drugs and ... more comparing the expression levels of efflux genes in cultures exposed to primary anti-TB drugs and VER with those of non-drug exposed cultures. MIC values of nine isolates by REMA method was determined between 32-512 μg/mL, 1-128 μg/mL, 2-32 μg/mL, 4-16 μg/mL and 15.62-250 μg/mL for streptomycin (SM), isoniazid (INH), rifampicin (RIF), ethambutol (EMB) and VER, respectively. In the presence of ½ MIC VER, it was determined that the MIC of SM decreased 2-32 fold in eight isolates, the MIC of INH decreased by 2-8 fold in nine isolates, the MIC of RIF decreased by 2-16 fold in eight isolates, and the MIC of EMB decreased 2-4 fold in only five isolates. There was an increase in the expression of Rv1273c, Rv1456c, Rv1457 and Rv1819 efflux pump genes from the ABC family, Rv1634 and Rv0842 from the MFS family and Rv3823 efflux from the RND family in isolates exposed to ½ MIC of first-line anti-TB drugs stress. Rv1456c and Rv1819 were found to be associated with SM resistance, Rv1273c with EMB resistance, Rv1457, Rv0842 and Rv3823 with both RIF and EMB resistance, and Rv1634 with INH, RIF and EMB resistance. It was determined that there was a decrease in the expression levels of eight efflux pump genes from the ABC family (Rv1456c, Rv1457c, Rv1458c, Rv0194, Rv1272c, Rv1686c, Rv1687c, Rv1819c), six from MFS family (Rv0842, Rv0849, Rv1634, Rv2265, Rv2456c, Rv0876c) and two from RND family (Rv0507, Rv0676c) in isolates exposed to MIC of first-line anti-TB drugs in the presence of VER (½ MIC). Further studies with clinical isolates are needed to investigate the EPIs that can be used in alternative therapy and to determine the contribution of EPs to the development of resistance due to the increasing TB resistance.
Çocuk Enfeksiyon Dergisi/Journal of Pediatric Infection, 2013
Boğmaca, Bordetella pertussis'in neden olduğu, tüm yaş gruplarını etkileyebilen, bulaşıcı bir sol... more Boğmaca, Bordetella pertussis'in neden olduğu, tüm yaş gruplarını etkileyebilen, bulaşıcı bir solunum yolu enfeksiyonudur. Aşıya bağlı koruyuculuğun 4-6 yıldan sonra azalması ve ortalama 10 yıl içinde çok düşük düzeye inmesi nedeniyle, gelişmiş ülkelerin aşı şemasına boğmaca aşı pekiştirme dozları eklenmiştir. Boğmaca-yaş spesifik seroprevalansının saptanması, pekiştirme dozlarının gerekli olup olmadığını ve gerekli ise hangi yaşta uygulanmasının doğru olacağını saptamak için en değerli bulgulardan biridir. Bu çalışma bölgemizde genç erişkin bireylerde boğmaca seroprevalansını belirlemek, uygulanan boğmaca aşı takvimine ek rapel dozuna ihtiyacı belirlemek, rapel doz gerekliliği ve hangi yaşta uygulanması konusunda öneriler sunmak amacı ile planlanmıştır. Gereç ve Yöntemler: Ocak 2009-2010 yılları arası, yaşları 13 ile 30 arasında (460 gönüllü) genç erişkin kişilerden toplanan serumda B. pertussis IgG antikor düzeyi ELISA yöntemi ile analiz edildi. Bulgular: Katılımcıların %81,09'unda (n=373) B. pertussis IgG antikorları pozitif, %0,43'ünde (n=2) sınırda değerde IgG antikor düzeyi belirlenirken, %18,91'inde (n=87) IgG antikor düzeyi negatif olarak belirlenmiştir. 13-18 grubunda seropozitivite %81,72 (n=152), 19-30 grubunda seropozitivite %80,66 (n=221) olarak tespit edilmiş olup yaş grupları arasındaki ilişki istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır (p=0,402). Sonuç: Boğmaca aşısı ile elde edilen koruyuculuğun yaşla giderek azaldığı belirlenmiştir. Bu nedenle mevcut aşı takviminde okul öncesi ve 14-18 yaş arasında asellüler boğmaca aşısı ile pekiştirme dozu uygulanmasının planlanmasının faydalı olacağı inancındayız.
Background: TB is one of the top 10 killer infectious diseases worldwide and Pakistan ranks 6 th ... more Background: TB is one of the top 10 killer infectious diseases worldwide and Pakistan ranks 6 th . For sputum positive TB cases, incidence is 80/100,000 per year in Pakistan and the disease accounts for 5.1% of the total national disease burden. In Pakistan according to the National Drug resistance (DR) survey (2012-13), the DR-TB incidence is estimated to be at 3.7% among notified new pulmonary cases and 18.1% among retreatment patients. Under DOTS programs, free first line anti-TB medication is provided to the patients. This study was conducted to evaluate the effectiveness of the Directly Observed Therapy Short-course (DOTS) in the study population. Methods & Materials: A cross sectional descriptive study was done at medical unit at Federal General Hospital (FGH), Islamabad from Jan-Dec. 2015. Using consecutive sampling technique, 148 confirmed TB patients presenting to medical OPD were enrolled in study and were registered with DOTS program. After taking informed consent, a validated questionnaire was used to gather information including demography, clinical characteristics, details on compliance and outcome status. Data was analyzed using SPSS software. Results: Total 148 TB patients were enrolled. Male to female ratio was 0.94: 1. Mean age was 36 years (±SD 2.8). The most frequent age group was 15-<50 years (106, 72%). Out of total 148 cases, 126 (85%) had pulmonary tuberculosis, 21 (14%) had extra pulmonary TB while one was (1%) was cryptogenic. 130 patients (89%) were newly diagnosed whereas 18 (11%) were relapse cases. Except for 15 cases (9 lost to follow up and 6 deaths), rest 133 completed treatment with 94% cure rate. Patients with pulmonary tuberculosis were 3.4 times more likely to complete the treatment than with extra pulmonary TB (OR: 3.4. CI: 1.2-9.0, P value: 0.01). Among 12-32 years age group, majority of the patients (66, 86%) were of pulmonary TB. Age and gender did not have any statistical association with treatment outcome. Conclusion: DOTS is a very effective strategy to treat tuberculosis patients. Good counseling of the patients by the doctors and TB health care worker can further minimize the risk of treatment default.
Tuberculosis (TB) poses significant health challenges globally, contributing significantly to ill... more Tuberculosis (TB) poses significant health challenges globally, contributing significantly to illness and mortality. Approximately one-fourth of the world's population is believed to carry the tuberculosis bacterium, with a 5-10% lifetime risk of developing active TB disease. Timely identification of TB and rapid detection of drug resistance are crucial in mitigating its global impact. Clinical, radiological, bacteriological, and molecular methods are used to screen and diagnose TB. Microscopy, culture, and immunological methods are commonly employed. Although microscopy has been used for approximately a century, it has limitations, necessitating its use and evaluation alongside other diagnostic techniques for a complete and accurate diagnosis. Bacterial culture in solid and liquid media is still the gold standard recommended by the World Health Organization (WHO) for the diagnosis of TB, as it enables the isolation of Mycobacterium tuberculosis (MTB) as well as the detection of drug resistance. In recent years, promising modern solutions have emerged that aim to overcome the limitations of culture and microscopic examination methods in molecular diagnostic testing. In routine laboratories in resource-wealthy countries, methods such as Mycobacterium Tuberculosis Drug Resistance Plus (MTBDRplus), loop-mediated isothermal amplification (LAMP), line probe assay (LPA), GeneXpert, and whole genome sequencing are increasingly being used to diagnose and characterize TB and determine anti-TB drug susceptibilities. Our goal is to explore and assess the evolution, advancements, and future prospects in TB diagnosis, focusing particularly on the current laboratory methods used for diagnosing the disease.
Flora the Journal of Infectious Diseases and Clinical Microbiology
Leprosy, a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae bacillus, causes damage espe... more Leprosy, a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae bacillus, causes damage especially to the skin, upper respiratory tract mucosa and peripheral nerves. In order to prevent the spread of leprosy, which has an effective treatment, it is essential to promptly identify and accurately diagnose cases in the early stages. In this article, we present a patient with lepromatous leprosy who applied to the dermatology outpatient clinic in a non-endemic region. The diagnosis was confirmed through the detection of acid-fast bacilli in the patient's skin biopsies and the identification of the M. leprae complex using molecular methods. This disease, characterized by non-specific skin lesions in the early stages, should be considered by all clinicians as a potential differential diagnosis. Furthermore, adopting a multidisciplinary approach can greatly facilitate the diagnosis process.
Etambutol (EMB), Mycobacterium tuberculosis kompleksi (MTC)'nin neden olduğu tüberküloz (TB) hast... more Etambutol (EMB), Mycobacterium tuberculosis kompleksi (MTC)'nin neden olduğu tüberküloz (TB) hastalığının standart kombinasyon tedavisinde kullanılan birinci seçenek ilaçlardan biridir ve tedavide anahtar rol oynayan ilaçlara karşı direnç dünya genelinde artmaktadır. EMB direncinden, embCAB operonundaki dirençle ilişkisi doğrulanmış mutasyonlar sorumlu tutulmaktadır. Bu çalışmada, fenotipik olarak EMB'ye dirençli ve duyarlı olduğu saptanan klinik MTC izolatlarında embA, embB ve embC gen bölgelerinde meydana gelen mutasyonların sıklığının ve paternlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya geleneksel fenotipik ilaç duyarlılık testi ile EMB dirençli 44 ve EMB, izoniyazid, rifampisin ve streptomisine duyarlı 20 olmak üzere toplamda 64 adet MTC izolatı dahil edilmiştir. DNA izolasyonu sonrası, EMB direnci ile ilişkili embA, embB ve embC gen bölgeleri özgül primer dizileri ile amplifiye edilmiştir. Elde edilen PCR amplifikasyon ürünleri, 'Bigdye Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit' (Applied Biosystems, ABD) kullanılarak döngü dizileme yapılmıştır. Reaksiyon ürünlerinin elektroforez işlemi ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer (Applied Biosystems, ABD) otomatize DNA dizi analizi cihazında gerçekleştirilmiştir. Dizi analizi verileri çoklu dizi analiz programlarında hizalanarak mutasyona uğramış gen bölgeleri belirlenmiştir. Çalışmada EMB dirençli izolatların %68.2 (30/44)'sinde embCAB operonunda genomik mutasyonlar
Tüberküloz (TB) dünya çapında en yaygın ölüm nedenlerinden biridir. Çok ilaca dirençli tüberküloz... more Tüberküloz (TB) dünya çapında en yaygın ölüm nedenlerinden biridir. Çok ilaca dirençli tüberküloz (ÇİD-TB) olguları düşük tedavi başarısı, kötü prognoz ve yüksek tedavi maliyetleri ile önemli bir sorundur. Çalışmamızda birinci seçenek anti-TB ilaçlara duyarlı Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTC) izolatlarının ve ÇİD-TB izolatlarının amikasin (AK), moksifloksasin (MOKS) ve kanamisin (KAN) duyarlılıklarını resazurin mikrotitre plak yöntemi ile araştırılması amaçlanmıştır. Mikobakteriyoloji laboratuvarı kültür koleksiyonundan birinci seçenek ilaçlara duyarlı 19 izolat ile izoniazid ve rifampisine dirençli (ÇİD-TB) 12 izolat olmak üzere toplam 31 adet MTC izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. Duyarlı izolatlarda her üç ilaca da direnç saptanmamıştır. ÇİD-TB izolatlarından üçü (3/12) AK’a, ikisi (2/12) MOKS’a ve dördü (4/12) KAN’a dirençli bulunmuştur. ÇİD-TB izolatlarından bir tanesinin her üç ilaca da dirençli olduğu saptanmıştır. ÇİD-TB izolatları arasında yaygın ilaç direnci (YİD-...
Amaç: Sağlık çalışanları, yeni tip koronavirüs hastalığı (COVID-19) pandemisi sürecinde SARS-CoV-... more Amaç: Sağlık çalışanları, yeni tip koronavirüs hastalığı (COVID-19) pandemisi sürecinde SARS-CoV-2'den en fazla etkilenen meslek grubudur. Sağlık çalışanlarının SARS-CoV-2 ile enfekte olması, diğer sağlık çalışanları, hastalar ve aileleri için enfeksiyon riski oluşturmaktadır. RT-qPCR yöntemi ile örnekteki viral yük ölçüsü döngü eşik değeri "cycle threshold (Ct)" olarak saptanmaktadır. RT-qPCR Ct değerinin, enfeksiyonun şiddeti ve bulaştırıcılığı ile ilişkili olabileceği bildirilmiştir. Bu çalışmada SARS-CoV-2 RT-qPCR testi pozitif bulunan sağlık çalışanlarında sosyodemografik faktörler, COVID-19 semptomları ve Ct değeri arasındaki ilişkilerin incelenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmaya SARS-CoV-2 RT-qPCR testi pozitif bulunan 300 sağlık çalışanı dahil edilmiştir. SARS-CoV-2 RT-qPCR testi, nazofarengeal ve orofarengeal sürüntü örneklerinden Bio-speedy SARS-CoV-2 RT-qPCR (Bioeksen, Türkiye) kiti ile yapılmıştır. Sağlık çalışanlarının RT-qPCR Ct değeri sonuçları düşük, orta ve yüksek olarak sınıflandırılarak viral yayılım riski ve sosyo-demografik özellikleri değerlendirilmiştir.
In this study, we investigated the role of nitric oxide metabolism and lipid peroxidation in pati... more In this study, we investigated the role of nitric oxide metabolism and lipid peroxidation in patients with P. vivax malaria. The levels of nitrite and nitrate were analyzed using a procedure based on the Griess reaction and malondialdehyde levels which index of lipid peroxidation was determined by thiobarbituric acid reaction. The levels of nitrite/nitrate and malondialdehyde in patients were higher than controls and found to be statistically significant (p < 0.001). We performed this study to determine whether nitric oxide and lipid peroxidation is produced during blood-stage P. vivax malaria. This present study shows that lipid peroxidation occurs in P. vivax malaria. The levels of nitric oxide are associated with lipid peroxidation in this disease.
Penicillin-binding proteins (PBPs) are the natural targets of beta-lactam antibiotics and mutatio... more Penicillin-binding proteins (PBPs) are the natural targets of beta-lactam antibiotics and mutations in pbp1a, pbp2b, and pbp2x genes, which encode PBPs, are responsible for resistance to beta-lactams in Streptococcus pneumoniae. In the present study, we intended to determine how often the common mutation patterns occurred within the pbp1a, pbp2b, and pbp2x PBP gene regions and evaluate the PBP genotype mutations which were associated with penicillin resistance in several penicillin-susceptible and - resistant S.pneumoniae isolates in Mersin, Turkey. A total of 62 S.pneumoniae strains isolated from different clinical specimens (32 nasopharyngeal swab, 16 sputum, 3 blood, 3 wound, 2 cerebrospinal fluids and one of each urine, abscess, bronchoalveolar lavage, conjunctival swab, tracheal aspirate, middle ear effusion) were included in the study. Penicillin susceptibilities of the isolates were searched by disc diffusion and E-test methods, and 23 of them were identified as susceptible, ...
Tüberkülozun (TB) etiyolojik ajanı olan Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), konak hücre... more Tüberkülozun (TB) etiyolojik ajanı olan Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), konak hücresi ile binlerce yıl sürmüş karşılıklı evrimi sayesinde, mükemmel çalışan bir immün sistem karşısında bile aktif/latent enfeksiyon oluşturma yeteneğiyle insanlık tarihinin en başarılı patojenlerinden biri olmuştur. Dünya nüfusunun dörtte birinin M. tuberculosis ile enfekte olduğu tahmin edilmekteyken bu popülasyonun sadece %5-15'i yaşam boyunca aktif TB hastalığı geçirmektedir. Bu durumun ana nedeni konak bağışıklığının etkin mekanizmalarıdır. TB basili inhalasyon yolu ile vücuda alındıktan sonra ilk olarak doğal bağışık hücreleri ile karşılaşır. Doğal bağışıklık tarafından elimine edilemeyen basillere karşı edinsel bağışıklık gelişir. M. tuberculosis immün sistemden kaçabilmek için oldukça çeşitli stratejiler geliştirmiştir. Bu stratejiler; patojen tanıma reseptörlerinden kaçış, fagolizozom oluşumunun engellenmesi, apoptoz ve otofajinin inhibisyonu, granülom oluşumu ile bağışıklıktan kaçış, oksidatif stres ve reaktif oksijen ve reaktif azot ara maddelerinin inhibisyonunu kapsamaktadır. M. tuberculosis'in konak bağışıklık fonksiyonunu değiştirme veya modüle etme mekanizmalarının çözülmesi, muhtemelen daha etkili yeni aşıların üretilmesi ve TB'ye karşı immünoterapinin geliştirilmesi için büyük önem taşımaktadır. Bu derlemede M. tuberculosis'e karşı konakçı bağışıklık yanıtı hakkında yeni gelişmeler ve basilin bu yanıttan kaçış mekanizmaları tartışılacaktır.
Flora infeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji dergisi, Mar 3, 2023
Studies are showing that a high antibody response increases the protection against variants in th... more Studies are showing that a high antibody response increases the protection against variants in the fight against the COVID-19 pandemic. In this study, we aimed to investigate the relationship between antibody response and side effects based on the number of doses administered to healthcare workers who were vaccinated against COVID-19. Healthcare workers, who were vaccinated with two doses of BNT162b2 (Group 1), a single dose of BNT162b2 following two doses of CoronaVac (Group 2), or two doses of BNT162b2 following two doses of CoronaVac (Group 3), were randomly assigned to this study. Serum samples were taken from the participants 30 ± 2 days after the last vaccination date, and the SARS-CoV-2 anti-spike S1 RBD IgG test was administered to these samples. A questionnaire was conducted detailing the demographics of the patients as well as their post-vaccination complaints. The results were analyzed statistically. Analysis results with a p-value of <0.05 were considered significant.
Tüberkülozun (TB) etiyolojik ajanı olan Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), konak hücre... more Tüberkülozun (TB) etiyolojik ajanı olan Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), konak hücresi ile binlerce yıl sürmüş karşılıklı evrimi sayesinde, mükemmel çalışan bir immün sistem karşısında bile aktif/latent enfeksiyon oluşturma yeteneğiyle insanlık tarihinin en başarılı patojenlerinden biri olmuştur. Dünya nüfusunun dörtte birinin M. tuberculosis ile enfekte olduğu tahmin edilmekteyken bu popülasyonun sadece %5-15'i yaşam boyunca aktif TB hastalığı geçirmektedir. Bu durumun ana nedeni konak bağışıklığının etkin mekanizmalarıdır. TB basili inhalasyon yolu ile vücuda alındıktan sonra ilk olarak doğal bağışık hücreleri ile karşılaşır. Doğal bağışıklık tarafından elimine edilemeyen basillere karşı edinsel bağışıklık gelişir. M. tuberculosis immün sistemden kaçabilmek için oldukça çeşitli stratejiler geliştirmiştir. Bu stratejiler; patojen tanıma reseptörlerinden kaçış, fagolizozom oluşumunun engellenmesi, apoptoz ve otofajinin inhibisyonu, granülom oluşumu ile bağışıklıktan kaçış, oksidatif stres ve reaktif oksijen ve reaktif azot ara maddelerinin inhibisyonunu kapsamaktadır. M. tuberculosis'in konak bağışıklık fonksiyonunu değiştirme veya modüle etme mekanizmalarının çözülmesi, muhtemelen daha etkili yeni aşıların üretilmesi ve TB'ye karşı immünoterapinin geliştirilmesi için büyük önem taşımaktadır. Bu derlemede M. tuberculosis'e karşı konakçı bağışıklık yanıtı hakkında yeni gelişmeler ve basilin bu yanıttan kaçış mekanizmaları tartışılacaktır.
Flora infeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji dergisi, Sep 12, 2022
Giriş: Son dönem böbrek yetmezliği sebebiyle hemodiyaliz tedavisi alan hastalarda kronik hastalık... more Giriş: Son dönem böbrek yetmezliği sebebiyle hemodiyaliz tedavisi alan hastalarda kronik hastalık ve alınan diğer tedavilere bağlı olarak gelişen immünsupresif durum latent tüberkülozun aktifleşmesi açısından risk oluşturmaktadır. Çalışmamızda hemodiyaliz hastalarında latent tüberküloz varlığının LIOFeron ® TB/LTBI interferon gama salınım testi (İGST) ile araştırılması amaçlanmıştır.
Flora infeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji dergisi, Sep 12, 2022
Giriş: Son dönem böbrek yetmezliği sebebiyle hemodiyaliz tedavisi alan hastalarda kronik hastalık... more Giriş: Son dönem böbrek yetmezliği sebebiyle hemodiyaliz tedavisi alan hastalarda kronik hastalık ve alınan diğer tedavilere bağlı olarak gelişen immünsupresif durum latent tüberkülozun aktifleşmesi açısından risk oluşturmaktadır. Çalışmamızda hemodiyaliz hastalarında latent tüberküloz varlığının LIOFeron ® TB/LTBI interferon gama salınım testi (İGST) ile araştırılması amaçlanmıştır.
Aim: A recently discovered DNA virus (SEN virus) has been assumed to be responsible for posttrans... more Aim: A recently discovered DNA virus (SEN virus) has been assumed to be responsible for posttransfusion hepatitis in humans. Phylogenetic analysis of the SEN virus (SEN-V) has revealed the existence of 8 different genotypes (A-H). SEN-V genotype-H (SENV-H) and SEN-V genotype-D (SENV-D) have been described as most closely associated with post-transfusion hepatitis. So far, it is unclear whether patients on maintenance haemodialysis are at increased risk for acquiring the SEN virus. The aim of the present study was to investigate the prevalence of SENV-D and SENV-H among patients on maintenance haemodialysis. Serum samples derived from 100 haemodialysed patients were examined for SENV-D and SENV-H viraemia by polymerase chain reaction (PCR). One hundred and twenty serum samples were obtained from healthy blood donors, who served as the control group. The prevalence of SENV-D was 33% (n = 33) while that of SENV-H was 22% (n = 22) among the patients on maintenance haemodialysis. The prevalence of SENV-D was 5% (n = 6) while that of SENV-H was 20% (n = 24) among the healthy blood donors. Our data suggest that SEN-V infection was significantly more prevalent (P < 0.05) in patients on haemodialysis (55%) than in control subjects (25%). Conclusions: These findings reveal that patients on maintenance haemodialysis are at risk of SEN-V infection. Another important finding is the relatively high prevalence (25%) of SEN-V in healthy blood donors in our region.
comparing the expression levels of efflux genes in cultures exposed to primary anti-TB drugs and ... more comparing the expression levels of efflux genes in cultures exposed to primary anti-TB drugs and VER with those of non-drug exposed cultures. MIC values of nine isolates by REMA method was determined between 32-512 μg/mL, 1-128 μg/mL, 2-32 μg/mL, 4-16 μg/mL and 15.62-250 μg/mL for streptomycin (SM), isoniazid (INH), rifampicin (RIF), ethambutol (EMB) and VER, respectively. In the presence of ½ MIC VER, it was determined that the MIC of SM decreased 2-32 fold in eight isolates, the MIC of INH decreased by 2-8 fold in nine isolates, the MIC of RIF decreased by 2-16 fold in eight isolates, and the MIC of EMB decreased 2-4 fold in only five isolates. There was an increase in the expression of Rv1273c, Rv1456c, Rv1457 and Rv1819 efflux pump genes from the ABC family, Rv1634 and Rv0842 from the MFS family and Rv3823 efflux from the RND family in isolates exposed to ½ MIC of first-line anti-TB drugs stress. Rv1456c and Rv1819 were found to be associated with SM resistance, Rv1273c with EMB resistance, Rv1457, Rv0842 and Rv3823 with both RIF and EMB resistance, and Rv1634 with INH, RIF and EMB resistance. It was determined that there was a decrease in the expression levels of eight efflux pump genes from the ABC family (Rv1456c, Rv1457c, Rv1458c, Rv0194, Rv1272c, Rv1686c, Rv1687c, Rv1819c), six from MFS family (Rv0842, Rv0849, Rv1634, Rv2265, Rv2456c, Rv0876c) and two from RND family (Rv0507, Rv0676c) in isolates exposed to MIC of first-line anti-TB drugs in the presence of VER (½ MIC). Further studies with clinical isolates are needed to investigate the EPIs that can be used in alternative therapy and to determine the contribution of EPs to the development of resistance due to the increasing TB resistance.
Çocuk Enfeksiyon Dergisi/Journal of Pediatric Infection, 2013
Boğmaca, Bordetella pertussis'in neden olduğu, tüm yaş gruplarını etkileyebilen, bulaşıcı bir sol... more Boğmaca, Bordetella pertussis'in neden olduğu, tüm yaş gruplarını etkileyebilen, bulaşıcı bir solunum yolu enfeksiyonudur. Aşıya bağlı koruyuculuğun 4-6 yıldan sonra azalması ve ortalama 10 yıl içinde çok düşük düzeye inmesi nedeniyle, gelişmiş ülkelerin aşı şemasına boğmaca aşı pekiştirme dozları eklenmiştir. Boğmaca-yaş spesifik seroprevalansının saptanması, pekiştirme dozlarının gerekli olup olmadığını ve gerekli ise hangi yaşta uygulanmasının doğru olacağını saptamak için en değerli bulgulardan biridir. Bu çalışma bölgemizde genç erişkin bireylerde boğmaca seroprevalansını belirlemek, uygulanan boğmaca aşı takvimine ek rapel dozuna ihtiyacı belirlemek, rapel doz gerekliliği ve hangi yaşta uygulanması konusunda öneriler sunmak amacı ile planlanmıştır. Gereç ve Yöntemler: Ocak 2009-2010 yılları arası, yaşları 13 ile 30 arasında (460 gönüllü) genç erişkin kişilerden toplanan serumda B. pertussis IgG antikor düzeyi ELISA yöntemi ile analiz edildi. Bulgular: Katılımcıların %81,09'unda (n=373) B. pertussis IgG antikorları pozitif, %0,43'ünde (n=2) sınırda değerde IgG antikor düzeyi belirlenirken, %18,91'inde (n=87) IgG antikor düzeyi negatif olarak belirlenmiştir. 13-18 grubunda seropozitivite %81,72 (n=152), 19-30 grubunda seropozitivite %80,66 (n=221) olarak tespit edilmiş olup yaş grupları arasındaki ilişki istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır (p=0,402). Sonuç: Boğmaca aşısı ile elde edilen koruyuculuğun yaşla giderek azaldığı belirlenmiştir. Bu nedenle mevcut aşı takviminde okul öncesi ve 14-18 yaş arasında asellüler boğmaca aşısı ile pekiştirme dozu uygulanmasının planlanmasının faydalı olacağı inancındayız.
Background: TB is one of the top 10 killer infectious diseases worldwide and Pakistan ranks 6 th ... more Background: TB is one of the top 10 killer infectious diseases worldwide and Pakistan ranks 6 th . For sputum positive TB cases, incidence is 80/100,000 per year in Pakistan and the disease accounts for 5.1% of the total national disease burden. In Pakistan according to the National Drug resistance (DR) survey (2012-13), the DR-TB incidence is estimated to be at 3.7% among notified new pulmonary cases and 18.1% among retreatment patients. Under DOTS programs, free first line anti-TB medication is provided to the patients. This study was conducted to evaluate the effectiveness of the Directly Observed Therapy Short-course (DOTS) in the study population. Methods & Materials: A cross sectional descriptive study was done at medical unit at Federal General Hospital (FGH), Islamabad from Jan-Dec. 2015. Using consecutive sampling technique, 148 confirmed TB patients presenting to medical OPD were enrolled in study and were registered with DOTS program. After taking informed consent, a validated questionnaire was used to gather information including demography, clinical characteristics, details on compliance and outcome status. Data was analyzed using SPSS software. Results: Total 148 TB patients were enrolled. Male to female ratio was 0.94: 1. Mean age was 36 years (±SD 2.8). The most frequent age group was 15-<50 years (106, 72%). Out of total 148 cases, 126 (85%) had pulmonary tuberculosis, 21 (14%) had extra pulmonary TB while one was (1%) was cryptogenic. 130 patients (89%) were newly diagnosed whereas 18 (11%) were relapse cases. Except for 15 cases (9 lost to follow up and 6 deaths), rest 133 completed treatment with 94% cure rate. Patients with pulmonary tuberculosis were 3.4 times more likely to complete the treatment than with extra pulmonary TB (OR: 3.4. CI: 1.2-9.0, P value: 0.01). Among 12-32 years age group, majority of the patients (66, 86%) were of pulmonary TB. Age and gender did not have any statistical association with treatment outcome. Conclusion: DOTS is a very effective strategy to treat tuberculosis patients. Good counseling of the patients by the doctors and TB health care worker can further minimize the risk of treatment default.
Tuberculosis (TB) poses significant health challenges globally, contributing significantly to ill... more Tuberculosis (TB) poses significant health challenges globally, contributing significantly to illness and mortality. Approximately one-fourth of the world's population is believed to carry the tuberculosis bacterium, with a 5-10% lifetime risk of developing active TB disease. Timely identification of TB and rapid detection of drug resistance are crucial in mitigating its global impact. Clinical, radiological, bacteriological, and molecular methods are used to screen and diagnose TB. Microscopy, culture, and immunological methods are commonly employed. Although microscopy has been used for approximately a century, it has limitations, necessitating its use and evaluation alongside other diagnostic techniques for a complete and accurate diagnosis. Bacterial culture in solid and liquid media is still the gold standard recommended by the World Health Organization (WHO) for the diagnosis of TB, as it enables the isolation of Mycobacterium tuberculosis (MTB) as well as the detection of drug resistance. In recent years, promising modern solutions have emerged that aim to overcome the limitations of culture and microscopic examination methods in molecular diagnostic testing. In routine laboratories in resource-wealthy countries, methods such as Mycobacterium Tuberculosis Drug Resistance Plus (MTBDRplus), loop-mediated isothermal amplification (LAMP), line probe assay (LPA), GeneXpert, and whole genome sequencing are increasingly being used to diagnose and characterize TB and determine anti-TB drug susceptibilities. Our goal is to explore and assess the evolution, advancements, and future prospects in TB diagnosis, focusing particularly on the current laboratory methods used for diagnosing the disease.
Flora the Journal of Infectious Diseases and Clinical Microbiology
Leprosy, a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae bacillus, causes damage espe... more Leprosy, a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae bacillus, causes damage especially to the skin, upper respiratory tract mucosa and peripheral nerves. In order to prevent the spread of leprosy, which has an effective treatment, it is essential to promptly identify and accurately diagnose cases in the early stages. In this article, we present a patient with lepromatous leprosy who applied to the dermatology outpatient clinic in a non-endemic region. The diagnosis was confirmed through the detection of acid-fast bacilli in the patient's skin biopsies and the identification of the M. leprae complex using molecular methods. This disease, characterized by non-specific skin lesions in the early stages, should be considered by all clinicians as a potential differential diagnosis. Furthermore, adopting a multidisciplinary approach can greatly facilitate the diagnosis process.
Etambutol (EMB), Mycobacterium tuberculosis kompleksi (MTC)'nin neden olduğu tüberküloz (TB) hast... more Etambutol (EMB), Mycobacterium tuberculosis kompleksi (MTC)'nin neden olduğu tüberküloz (TB) hastalığının standart kombinasyon tedavisinde kullanılan birinci seçenek ilaçlardan biridir ve tedavide anahtar rol oynayan ilaçlara karşı direnç dünya genelinde artmaktadır. EMB direncinden, embCAB operonundaki dirençle ilişkisi doğrulanmış mutasyonlar sorumlu tutulmaktadır. Bu çalışmada, fenotipik olarak EMB'ye dirençli ve duyarlı olduğu saptanan klinik MTC izolatlarında embA, embB ve embC gen bölgelerinde meydana gelen mutasyonların sıklığının ve paternlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya geleneksel fenotipik ilaç duyarlılık testi ile EMB dirençli 44 ve EMB, izoniyazid, rifampisin ve streptomisine duyarlı 20 olmak üzere toplamda 64 adet MTC izolatı dahil edilmiştir. DNA izolasyonu sonrası, EMB direnci ile ilişkili embA, embB ve embC gen bölgeleri özgül primer dizileri ile amplifiye edilmiştir. Elde edilen PCR amplifikasyon ürünleri, 'Bigdye Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit' (Applied Biosystems, ABD) kullanılarak döngü dizileme yapılmıştır. Reaksiyon ürünlerinin elektroforez işlemi ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer (Applied Biosystems, ABD) otomatize DNA dizi analizi cihazında gerçekleştirilmiştir. Dizi analizi verileri çoklu dizi analiz programlarında hizalanarak mutasyona uğramış gen bölgeleri belirlenmiştir. Çalışmada EMB dirençli izolatların %68.2 (30/44)'sinde embCAB operonunda genomik mutasyonlar
Tüberküloz (TB) dünya çapında en yaygın ölüm nedenlerinden biridir. Çok ilaca dirençli tüberküloz... more Tüberküloz (TB) dünya çapında en yaygın ölüm nedenlerinden biridir. Çok ilaca dirençli tüberküloz (ÇİD-TB) olguları düşük tedavi başarısı, kötü prognoz ve yüksek tedavi maliyetleri ile önemli bir sorundur. Çalışmamızda birinci seçenek anti-TB ilaçlara duyarlı Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTC) izolatlarının ve ÇİD-TB izolatlarının amikasin (AK), moksifloksasin (MOKS) ve kanamisin (KAN) duyarlılıklarını resazurin mikrotitre plak yöntemi ile araştırılması amaçlanmıştır. Mikobakteriyoloji laboratuvarı kültür koleksiyonundan birinci seçenek ilaçlara duyarlı 19 izolat ile izoniazid ve rifampisine dirençli (ÇİD-TB) 12 izolat olmak üzere toplam 31 adet MTC izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. Duyarlı izolatlarda her üç ilaca da direnç saptanmamıştır. ÇİD-TB izolatlarından üçü (3/12) AK’a, ikisi (2/12) MOKS’a ve dördü (4/12) KAN’a dirençli bulunmuştur. ÇİD-TB izolatlarından bir tanesinin her üç ilaca da dirençli olduğu saptanmıştır. ÇİD-TB izolatları arasında yaygın ilaç direnci (YİD-...
Amaç: Sağlık çalışanları, yeni tip koronavirüs hastalığı (COVID-19) pandemisi sürecinde SARS-CoV-... more Amaç: Sağlık çalışanları, yeni tip koronavirüs hastalığı (COVID-19) pandemisi sürecinde SARS-CoV-2'den en fazla etkilenen meslek grubudur. Sağlık çalışanlarının SARS-CoV-2 ile enfekte olması, diğer sağlık çalışanları, hastalar ve aileleri için enfeksiyon riski oluşturmaktadır. RT-qPCR yöntemi ile örnekteki viral yük ölçüsü döngü eşik değeri "cycle threshold (Ct)" olarak saptanmaktadır. RT-qPCR Ct değerinin, enfeksiyonun şiddeti ve bulaştırıcılığı ile ilişkili olabileceği bildirilmiştir. Bu çalışmada SARS-CoV-2 RT-qPCR testi pozitif bulunan sağlık çalışanlarında sosyodemografik faktörler, COVID-19 semptomları ve Ct değeri arasındaki ilişkilerin incelenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmaya SARS-CoV-2 RT-qPCR testi pozitif bulunan 300 sağlık çalışanı dahil edilmiştir. SARS-CoV-2 RT-qPCR testi, nazofarengeal ve orofarengeal sürüntü örneklerinden Bio-speedy SARS-CoV-2 RT-qPCR (Bioeksen, Türkiye) kiti ile yapılmıştır. Sağlık çalışanlarının RT-qPCR Ct değeri sonuçları düşük, orta ve yüksek olarak sınıflandırılarak viral yayılım riski ve sosyo-demografik özellikleri değerlendirilmiştir.
In this study, we investigated the role of nitric oxide metabolism and lipid peroxidation in pati... more In this study, we investigated the role of nitric oxide metabolism and lipid peroxidation in patients with P. vivax malaria. The levels of nitrite and nitrate were analyzed using a procedure based on the Griess reaction and malondialdehyde levels which index of lipid peroxidation was determined by thiobarbituric acid reaction. The levels of nitrite/nitrate and malondialdehyde in patients were higher than controls and found to be statistically significant (p < 0.001). We performed this study to determine whether nitric oxide and lipid peroxidation is produced during blood-stage P. vivax malaria. This present study shows that lipid peroxidation occurs in P. vivax malaria. The levels of nitric oxide are associated with lipid peroxidation in this disease.
Penicillin-binding proteins (PBPs) are the natural targets of beta-lactam antibiotics and mutatio... more Penicillin-binding proteins (PBPs) are the natural targets of beta-lactam antibiotics and mutations in pbp1a, pbp2b, and pbp2x genes, which encode PBPs, are responsible for resistance to beta-lactams in Streptococcus pneumoniae. In the present study, we intended to determine how often the common mutation patterns occurred within the pbp1a, pbp2b, and pbp2x PBP gene regions and evaluate the PBP genotype mutations which were associated with penicillin resistance in several penicillin-susceptible and - resistant S.pneumoniae isolates in Mersin, Turkey. A total of 62 S.pneumoniae strains isolated from different clinical specimens (32 nasopharyngeal swab, 16 sputum, 3 blood, 3 wound, 2 cerebrospinal fluids and one of each urine, abscess, bronchoalveolar lavage, conjunctival swab, tracheal aspirate, middle ear effusion) were included in the study. Penicillin susceptibilities of the isolates were searched by disc diffusion and E-test methods, and 23 of them were identified as susceptible, ...
Uploads
Papers by Gönül Aslan