This study investigates secular changes of anthropometric variables among four geographic groups ... more This study investigates secular changes of anthropometric variables among four geographic groups in historical Yemen, to evaluate possible regional differences in the evolution of living standards. Nineteen somatic and cephalic measures collected by Coon in 1939, and 8 anthropometric indices in 1244 Yemenite adult males were analyzed. The individuals were divided into 10-year age groups. Within-group variations were tested by One-way ANCOVA (age as covariate). ANCOVA (controlling for age), and Forward stepwise discriminant analysis were used to evaluate and represent regional differences. ANCOVA and discriminant analysis confirmed and enhanced previous findings. At the time, the Yemenite population presented high intergroup heterogeneity. The highest mean values of height at all ages were found in the "mountain" region, which is characterized by very fertile soils and where, nowadays, most of the cereals and pulses are grown and where most livestock is raised. Within-group variations were limited and generally inconsistent in all geographic regions and concern vertical dimensions, but mean values of height never differed. The prolonged internal isolation of these groups resulted in significant regional morphometric differentiation. The main evidence comes from height which suggests that socioeconomic factors have played a role. Nevertheless, the possible better living conditions experienced by the "mountain" group, with the highest mean values of stature in all periods, did not allow the secular trend to take place in that region, too.
This study analyzes data sharing regarding mitochondrial, Y chromosomal and autosomal polymorphis... more This study analyzes data sharing regarding mitochondrial, Y chromosomal and autosomal polymorphisms in a total of 162 papers on ancient human DNA published between 1988 and 2013. The estimated sharing rate was not far from totality (97.6% ± 2.1%) and substantially higher than observed in other fields of genetic research (evolutionary, medical and forensic genetics). Both a questionnaire-based survey and the examination of Journals' editorial policies suggest that this high sharing rate cannot be simply explained by the need to comply with stakeholders requests. Most data were made available through body text, but the use of primary databases increased in coincidence with the introduction of complete mitochondrial and next-generation sequencing methods. Our study highlights three important aspects. First, our results imply that researchers' awareness of the importance of openness and transparency for scientific progress may complement stakeholders' policies in achieving v...
Journal of anthropological sciences = Rivista di antropologia : JASS / Istituto italiano di antropologia, 2012
This study presents an overview of online databases for mtDNA and Y chromosome polymorphisms in h... more This study presents an overview of online databases for mtDNA and Y chromosome polymorphisms in human populations. In order to provide readers with information which may help optimize their use, we focus on: (i) type, quantity and source of data contained; (ii) possibilities of downloading and uploading; (iii) availability of data filters and population genetics tools. We show that some of these databases offer a useful complement to the primary databases by giving access to additional data and making it possible to perform queries which exploit some specific metadata. Thereafter, we evaluate the state of the art from an evolutionary anthropologist's point of view. We suggest that online databases could become even more useful research tools by combining an easier data retrieval with quality control and by making a more extensive use of metadata regarding populations and individuals. Making population data on mtDNA and Y chromosome polymorphisms more complete, well ordered and e...
ABSTRACT La condivisione dei dati scientifici è attualmente considerata una priorità per la ricer... more ABSTRACT La condivisione dei dati scientifici è attualmente considerata una priorità per la ricerca sia in biologia che in biomedicina. Una valutazione empirica della reale condivisione dei dati può essere considerata come un passo indispensabile, sia per individuare le criticità, sia per sviluppare strategie che consentano di aumentare la disponibilità dei dati per l’intera comunità scientifica. Tuttavia, ad oggi, nessuna analisi specifica è stata condotta per verificare quanto i dati siano effettivamente condivisi in genetica umana. A questo scopo abbiamo analizzato 543 pubblicazioni riguardanti la variabilità nelle popolazioni umane di polimorfismi del Dna mitocondriale e del cromosoma Y, indicizzati nel database Pubmed a partire dal 2008 al 2011. Abbiamo potuto osservare che una parte sostanziale dei dataset (21,9%) non è condivisa, mentre né l’applicazione di politiche editoriali esplicite né un elevato impact factor si sono dimostrati efficaci per aumentare il tasso di condivisione oltre l’80,5%. Disaggregando il set dei dati in base al campo di ricerca delle pubblicazioni, abbiamo potuto osservare una minore propensione in genetica medica alla condivisione nel campo sia della medicina evolutiva sia della genetica forense, soprattutto per le sequenze intere di DNA mitocondriale (15,0% vs 99,6%). Il basso numero di risposte positive ricevute alle richieste tramite e-mail inviate agli autori delle pubblicazioni in cui i dati sono risultati “trattenuti” (28,6%), suggerisce che la condivisione dovrebbe essere considerata come uno dei presupposti vincolanti per l'accettazione finale della pubblicazione da parte delle riviste scientifiche. Infine, abbiamo stimato che una porzione consistente delle risorse totali (tra il 29,8% e il 32,9%) sono state utilizzate per generare dataset non condivisi, a indicare che una parte cospicua del finanziamento alla ricerca non produce conoscenza condivisa. Rendendo la comunità scientifica e il pubblico consapevoli di questo importante aspetto, si può aiutare a diffondere una più efficace cultura della condivisione dei risultati della ricerca scientifica.
This study investigates secular changes of anthropometric variables among four geographic groups ... more This study investigates secular changes of anthropometric variables among four geographic groups in historical Yemen, to evaluate possible regional differences in the evolution of living standards. Nineteen somatic and cephalic measures collected by Coon in 1939, and 8 anthropometric indices in 1244 Yemenite adult males were analyzed. The individuals were divided into 10-year age groups. Within-group variations were tested by One-way ANCOVA (age as covariate). ANCOVA (controlling for age), and Forward stepwise discriminant analysis were used to evaluate and represent regional differences. ANCOVA and discriminant analysis confirmed and enhanced previous findings. At the time, the Yemenite population presented high intergroup heterogeneity. The highest mean values of height at all ages were found in the "mountain" region, which is characterized by very fertile soils and where, nowadays, most of the cereals and pulses are grown and where most livestock is raised. Within-group variations were limited and generally inconsistent in all geographic regions and concern vertical dimensions, but mean values of height never differed. The prolonged internal isolation of these groups resulted in significant regional morphometric differentiation. The main evidence comes from height which suggests that socioeconomic factors have played a role. Nevertheless, the possible better living conditions experienced by the "mountain" group, with the highest mean values of stature in all periods, did not allow the secular trend to take place in that region, too.
This study analyzes data sharing regarding mitochondrial, Y chromosomal and autosomal polymorphis... more This study analyzes data sharing regarding mitochondrial, Y chromosomal and autosomal polymorphisms in a total of 162 papers on ancient human DNA published between 1988 and 2013. The estimated sharing rate was not far from totality (97.6% ± 2.1%) and substantially higher than observed in other fields of genetic research (evolutionary, medical and forensic genetics). Both a questionnaire-based survey and the examination of Journals' editorial policies suggest that this high sharing rate cannot be simply explained by the need to comply with stakeholders requests. Most data were made available through body text, but the use of primary databases increased in coincidence with the introduction of complete mitochondrial and next-generation sequencing methods. Our study highlights three important aspects. First, our results imply that researchers' awareness of the importance of openness and transparency for scientific progress may complement stakeholders' policies in achieving v...
Journal of anthropological sciences = Rivista di antropologia : JASS / Istituto italiano di antropologia, 2012
This study presents an overview of online databases for mtDNA and Y chromosome polymorphisms in h... more This study presents an overview of online databases for mtDNA and Y chromosome polymorphisms in human populations. In order to provide readers with information which may help optimize their use, we focus on: (i) type, quantity and source of data contained; (ii) possibilities of downloading and uploading; (iii) availability of data filters and population genetics tools. We show that some of these databases offer a useful complement to the primary databases by giving access to additional data and making it possible to perform queries which exploit some specific metadata. Thereafter, we evaluate the state of the art from an evolutionary anthropologist's point of view. We suggest that online databases could become even more useful research tools by combining an easier data retrieval with quality control and by making a more extensive use of metadata regarding populations and individuals. Making population data on mtDNA and Y chromosome polymorphisms more complete, well ordered and e...
ABSTRACT La condivisione dei dati scientifici è attualmente considerata una priorità per la ricer... more ABSTRACT La condivisione dei dati scientifici è attualmente considerata una priorità per la ricerca sia in biologia che in biomedicina. Una valutazione empirica della reale condivisione dei dati può essere considerata come un passo indispensabile, sia per individuare le criticità, sia per sviluppare strategie che consentano di aumentare la disponibilità dei dati per l’intera comunità scientifica. Tuttavia, ad oggi, nessuna analisi specifica è stata condotta per verificare quanto i dati siano effettivamente condivisi in genetica umana. A questo scopo abbiamo analizzato 543 pubblicazioni riguardanti la variabilità nelle popolazioni umane di polimorfismi del Dna mitocondriale e del cromosoma Y, indicizzati nel database Pubmed a partire dal 2008 al 2011. Abbiamo potuto osservare che una parte sostanziale dei dataset (21,9%) non è condivisa, mentre né l’applicazione di politiche editoriali esplicite né un elevato impact factor si sono dimostrati efficaci per aumentare il tasso di condivisione oltre l’80,5%. Disaggregando il set dei dati in base al campo di ricerca delle pubblicazioni, abbiamo potuto osservare una minore propensione in genetica medica alla condivisione nel campo sia della medicina evolutiva sia della genetica forense, soprattutto per le sequenze intere di DNA mitocondriale (15,0% vs 99,6%). Il basso numero di risposte positive ricevute alle richieste tramite e-mail inviate agli autori delle pubblicazioni in cui i dati sono risultati “trattenuti” (28,6%), suggerisce che la condivisione dovrebbe essere considerata come uno dei presupposti vincolanti per l'accettazione finale della pubblicazione da parte delle riviste scientifiche. Infine, abbiamo stimato che una porzione consistente delle risorse totali (tra il 29,8% e il 32,9%) sono state utilizzate per generare dataset non condivisi, a indicare che una parte cospicua del finanziamento alla ricerca non produce conoscenza condivisa. Rendendo la comunità scientifica e il pubblico consapevoli di questo importante aspetto, si può aiutare a diffondere una più efficace cultura della condivisione dei risultati della ricerca scientifica.
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