Al college, Stokes giocò a football a UCLA. Fu scelto come decimo assoluto nel Draft NFL 1995 dai San Francisco 49ers[1], giocandovi fino al 2002. Dopo una partenza lenta, l'ex Bruin terminò la sua prima stagione con 38 517 yard ricevute e 4 touchdown, l'ultimo dei quali su passaggio di Jerry Rice.
Durante la stagione 1996, Stokes si ruppe una mano e perse la maggior parte della stagione, portando i 49ers in una situazione di emergenza a scegliere nel terzo giro del Draft NFL 1996Terrell Owens. Nel 1997, con Rice che non poté scendere in campo a causa della rottura del legamento crociato anteriore, Stokes e Owens formarono una coppia affidabile per il quarterbackSteve Young, con Stokes che terminò con 58 ricezioni per 733 yard e 4 touchdown. Anche col ritorno di Rice, la produzione di Stokes non calò, concludendo con i primati in carriera per ricezioni (63), yard (770) e touchdown (8).
Assieme al resto della squadra, la produzione di Stokes calò nel 1999 quando la carriera di Young giunse al termine a causa di un infortunio subito contro gli Arizona Cardinals. I 49ers lo svincolarono prima della stagione 2003, firmando prima con i Jacksonville Jaguars e poi coi New England Patriots con cui, se pur utilizzato sporadicamente, vinse il Super Bowl XXXVIII nell'ultima stagione della carriera.
^(EN) 1995 National Football League Draft, Pro Football Hall of Fame. URL consultato il 27 marzo 2015 (archiviato dall'url originale il 9 novembre 2013).