Nell'estate 2005 i proprietari della società Mian-Gentili riescono a vendere la squadra al perugino Leonardo Covarelli.
Il nuovo presidente affida la panchina a Manuele Domenicali ed allestisce una squadra formata da molti giovani provenienti dalle categorie inferiori, che mostra da subito però, di non essere molto competitiva. Saranno più volte decisive le reti di Eddy Baggio preso dal Catania, a togliere le castagne dal fuoco per i neroazzurri, che nel corso dell'anno cambiano anche varie volte allenatore (subentreranno Ferruccio Mariani ed Antonio Toma).
A fine stagione il Pisa finisce in zona Play-out e deve giocarsi la salvezza contro la Massese. All'andata a Massa i neroazzurri cadono (1-0). Il ritorno a Pisa è quasi drammatico visto che i pisani devono vincere a tutti i costi (basta un gol di scarto visto il miglior piazzamento nella stagione regolare): il Pisa passa in vantaggio nel primo tempo, ma si fa raggiungere quasi subito, con l'avvicinarsi del fischio finale il pubblico pisano inizia a protestare rumorosamente, costringendo l'arbitro a sospendere la gara per alcuni minuti, poi il gioco riprende e dopo oltre 7 minuti di recupero arriva il liberatorio gol del (2-1) di Eddy Baggio, che consente alla squadra di rimanere in Serie C1.
Nella Coppa Italia Nazionale il Pisa nel primo turno ha superato il Catania (5-4) dopo i calci di rigore, nel secondo turno è stato eliminato dall'Atalanta. Nella Coppa Italia di Serie C i nerazzurri nei trentaduesimi di finale hanno eliminato il Sansovino, mentre nei sedicesimi sono usciti dal torneo superati dal Genoa.
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