Le qualificazioni africane alla Coppa del Mondo di rugby 1999 si tennero tra il 1997 e il 1998 su quattro turni e riguardarono 9 squadre nazionali africane[1], delle quali tre al primo turno, due ammesse direttamente al secondo, altre due al terzo e ulteriori due al quarto; i primi tre turni furono gironi da tre squadre, l'ultimo fu un girone unico di qualificazione che si disputò a Casablanca, in Marocco.
Esentato il Sudafrica, campione uscente[2], le qualificazioni dovettero esprimere una qualificata diretta, la vincitrice del girone finale, e una squadra da mandare agli incontri di ripescaggio intercontinentali[2].
Il Marocco era ammesso al quarto turno come migliore squadra africana uscita dal Torneo FIRA di qualificazione 1996-97 che vedeva dieci squadre europee, che dopo il torneo parteciparono alle qualificazioni per la propria zona, e due africane, il citato Marocco e la Tunisia, ammessa al secondo turno di qualificazione.
Dal girone finale emersero la Namibia, che vinse a punteggio pieno e si qualificò al torneo mondiale[1] e il Marocco che andò ai ripescaggi intercontinentali.