De club werd in 1892 opgericht met de naam Akademický cyklistický odbor Slavia (ACOS) en is van begin af aan samen met Sparta Praag de toonaangevende club van het land. Tot aan de Tweede Wereldoorlog werden de landstitels bijna uitsluitend onder Sparta en Slavia verdeeld. Na de oorlog was Slavia nog steeds een topclub, maar een landstitel zat er tot 1996 niet meer in. In de jaren 60 verbleef de club ook enkele jaren in de tweede klasse.
Na de splitsing van Tsjecho-Slowakije in 1993 ging het weer beter met de club, het voorheen almachtige Dukla Praag ging ten onder en Slavia kon de titel in 1996 bemachtigen.
Sinds mei 2008 speelt Slavia z'n thuiswedstrijden in het nieuwe stadion, de Fortuna arena, dat plaats biedt aan 20.800 toeschouwers.[2]
Maar ook in Tsjechië liep het goed en vanaf het begin van het seizoen stond Slavia bovenaan. Mede door regelmatig puntverlies van Slavia pakte aartsrivaal Sparta richting het eind van het seizoen de leiding in de competitie. Maar desondanks pakte Slavia een wedstrijd voor het einde dankzij een thuisnederlaag van Sparta de koppositie weer over met 2-0 zege bij FK Mladá Boleslav. En op 17 mei was, in de nieuwe Synot Tip Arena, een 2-2 gelijkspel tegen FK Jablonec 97 voldoende voor de 16e landstitel, mede doordat Sparta bij Slovan Liberec met 4-3 onderuit ging.
In het seizoen 2008/09 was Slavia twee competitieronden voor het einde zeker van zijn zeventiende (de derde Tsjechische) landstitel.
Op 5 augustus 2009 werd Slavia door het Moldavische Sheriff Tiraspol uitgeschakeld in de 3e voorronde van de Champions League. Nadat de wedstrijd in Moldavië doelpuntloos eindigde, werd het in Praag 1-1. Het zag er lang naar uit dat Slavia de volgende ronde zou bereiken, maar Sheriff Tiraspol maakte in de 93e en laatste minuut het belangrijke uitdoelpunt.
In het seizoen 2016/17 werd Slavia voor het eerst sinds 2009 weer landskampioen van Tsjechië. Eén jaar later werd na 16 jaar weer eens de Tsjechische beker gewonnen. In het seizoen 2018/19 legde de club beslag op zowel het landskampioenschap als de beker. In het seizoen 2019/20 werd het landskampioenschap geprolongeerd.
Slavia Praag speelt sinds 1927 in diverse Europese competities. Hieronder staan de competities en in welke seizoenen de club deelnam. De editie die Slavia Praag heeft gewonnen is dik gedrukt:
↑het seizoen 1948/49 werd in de herfst voortijdig afgebroken in verband met de herinrichting van de competitie, het kampioenschap in 1948 geldt niet als officiële titel