Karierę trenerską Lee rozpoczął w drużynie z Hanyang University, gdzie pracował w latach 1983–1985. W 1987 roku został szkoleniowcem zespołu POSCO Atoms. Pracował do 1992 roku. Prowadzona przez niego drużyna zdobyła dwa mistrzostwa Korei Południowej (1988, 1992). W 1987 roku wywalczył także wicemistrzostwo Korei Południowej. Od 1988 roku do 1990 roku Lee był selekcjonerem reprezentacji Korei Południowej. W tym czasie kadra narodowa zajęła 2. miejsce w Pucharze Azji 1988. Natomiast Mistrzostwa Świata 1990 zakończyła na fazie grupowej. W latach 1998–2003 lee był trenerem drużyny Chunnam Dragons.