Diferente das edições anteriores, os participantes foram divididos em dois grupos. Na primeira fase (Taça JK), os times jogam contra os times do outro grupo e o primeiro de um grupo enfrenta o segundo do outro numa semifinal. Os vencedores irão para a final do turno, o vencedor dessa final, torna-se o campeão da Taça JK de 2012.
O 3º e 4º colocado de cada grupo da Taça JK disputam a Taça João Saldanha. Os jogos serão em partida única onde o 3º colocado da chave A enfrenta o 4º colocado da chave B, e o 4º colocado da chave A enfrenta o 3º da chave B. A Taça João Saldanha é considerado como um torneio de consolação para as equipes.
Na segunda fase (Taça Mané Garrincha), os times jogam dentro de seus grupos, embora a classificação seja dentro de cada grupo. O primeiro de um grupo enfrenta o segundo do outro numa semifinal. Os vencedores se enfrentam na final do turno, o vencedor do confronto será declarado o campeão da Taça Mané Garricha de 2012.
O 3º e 4º colocado de cada grupo da Taça Mané Garrincha disputam a Taça Dr. Sócrates. Os jogos serão em partida única onde o 3º colocado da chave A enfrenta o 4º colocado da chave B, e o 4º colocado da chave A enfrenta o 3º da chave B. A Taça Dr. Sócrates é considerado como um torneio de consolação para as equipes.
Os vencedores de cada turno disputam entre si dois jogos finais para estabelecerem o campeão brasiliense. Caso a mesma equipe vença os dois turnos, será declarada campeão automaticamente. O campeão e o vice-campeão do campeonato tem o direito de disputar a Copa do Brasil de 2013.
Para a definição da classificação geral, excluem-se os pontos obtidos nas fases semifinal e final de cada turno. Ao final do campeonato, o campeão e o vice-campeão ocuparão a primeira e segunda colocações independente do número de pontos.[5][6]