Klimaet i Pakistan er preget av monsunsirkulasjonen, men fjellkjedene i vest og nord har stor betydning for nedbørfordelingen. Bare et mindre område i nordøst får noenlunde rikelig monsunregn. Størstedelen av lavlandet har steppe- og til dels ørkenklima med årsnedbør ca. 100 til ca. 300 mm, som hovedsakelig faller i tiden juni–august. Fjellene får stort sett mer nedbør, i nord kommer den mest om vinteren, for en stor del som snø. Temperaturen er meget høy i mai–juli, med middeltemperaturer omkring eller nær opp til 35 °C i innlandet. Jacobabad har middeltemperatur i juli på 37 °C, mens nærliggende fjellområder ca. 2000 moh. har 25 °C. Ved kysten ligger de tilsvarende månedsmiddeltemperaturer omkring 30 °C. I januar har lavlandet langs Indus en middeltemperatur på ca. 14 °C, mens middeltemperaturen langs kysten ligger på omkring 20 °C. I de høyeste fjellene i Hindukush og Karakorum har man middeltemperaturer ned mot –20 °C i kaldeste måned.
Les mer om Pakistans geografi, Planteliv i Pakistan og Dyreliv i Pakistan.
Detaljert klimainformasjon om Pakistan på Den meteorologiske verdensorganisasjonens hjemmesider.