See discussions, stats, and author profiles for this publication at: https://www.researchgate.

net/publication/313776040

Teknik PCR Kualitatif untuk Deteksi Produk Rekayasa Genetika Jagung Event
BT11 dan GA21

Article · August 2015

DOI: 10.21082/jbio.v11n2.2015.p65-72

CITATIONS READS

0 330

3 authors, including:

Reflinur Reflinur
Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development
40 PUBLICATIONS   94 CITATIONS   

SEE PROFILE

Some of the authors of this publication are also working on these related projects:

Soybean Mutation Breeding for Improving Tolerance to Abiotic Stresses brought about by Climate Change View project

IzzahPemilihan Tetua Persilangan pada Kubis (Brassica oleracea var. capitata) melalui Analisis Keragaman Genetik [Parental Line Selection in Cabbage (Brassica
oleracea var. capitata) through Genetic Diversity Analysis] View project

All content following this page was uploaded by Reflinur Reflinur on 26 June 2018.

The user has requested enhancement of the downloaded file.

Jurnal AgroBiogen 11(2):65–72

Teknik PCR Kualitatif untuk Deteksi Produk Rekayasa

Genetika Jagung Event BT11 dan GA21
(Qualitative PCR Techniques for Detection of Genetically Modified Organism
on Maize Event BT11 and GA21)
Bahagiawati*, Reflinur, dan Tri J. Santoso
Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian, Jl. Tentara Pelajar 3A, Bogor 16111 Indonesia
Telp. (0251) 8337975; Faks. (0251) 8338820; *E-mail: bahagiawati@indo.net.id
Diajukan: 10 Maret 2015; Direvisi: 16 April 2015; Diterima: 12 Juni 2015

ABSTRACT
In some countries, including Indonesia, labelling of GMO products is mandatory for giving consumers the right to choose
between GMOs and conventional products. Therefore, development of methodology that can detect a specific genetically
modified (GM) crops and to verify the absence or presence of GM material in a product including raw materials (e.g. grains)
and/or their derivatives is needed. The objectives of this study were to find the most efficient screening methods to detect
whether or not a product is GM material and to develop a specific detection method to identify GM product BT11 and GA21. In
addition, present study was also aimed to obtain a duplex detection method for both GM products. Two GM-maize, including the
BT11 and GA21 lines of maize (Zea mays L.), and one plant, namely NK11 as the nontransgenic control, were used as plant
genetic materials in the event-specific detection of maize. The target gene from each sample was amplified in different reaction
(simplex) using both the event specific primer and the endogenous maize reference, Zein, as internal control. Furthermore, in
duplex PCR, two targets were simultaneously amplified in the same reaction. The results showed that detection method of the
GM product obtained from present study enabled us to screen the GM products and specifically the event of BT11 and GA21
using simplex and duplex methods. The duplex method is more efficient because it can detect two GM crops in one time
compared to simplex method that only can detect GM crop one by one.
Keywords: GMO detection, GMO screening, maize, BT11, GA21.

ABSTRAK
Pelabelan produk hasil rekayasa genetika (PRG) di beberapa negara, termasuk Indonesia, merupakan mandat yang
memberikan kesempatan kepada konsumen untuk mendapatkan informasi produk yang akan dibeli atau digunakan. Untuk itu,
diperlukan perangkat teknologi yang dapat mendeteksi keberadaan produk PRG tersebut, baik dalam bentuk bahan dasar (biji-
bijian) maupun produk turunannya. Penelitian ini bertujuan membandingkan dan mendapatkan teknik yang akurat dan efisien
untuk deteksi tanaman jagung BT11 dan GA21 berdasarkan teknik PCR, baik secara tunggal (simpleks) maupun ganda
(dupleks). Jagung produk PRG, yaitu BT11 dan GA21, dan non-PRG, yaitu Nk11, digunakan sebagai sampel dalam pengembang-
an metode deteksi PRG pada kedua event tersebut. Setiap sampel diamplifikasi secara simpleks menggunakan primer spesifik
untuk mendeteksi keberadaan gen target pada event PRG dan sepasang primer spesifik sebagai internal kontrol untuk tanaman
jagung. Selanjutnya, pada metode dupleks, sampel DNA kedua event diamplifikasi dengan primer-primer tersebut secara
bersamaan dalam suatu reaksi PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa teknik deteksi yang didapatkan dari penelitian ini
dapat digunakan untuk skrining PRG dan identifikasi spesifik BT11 dan GA21, baik secara simpleks maupun dupleks.
Kemampuan metode dupleks untuk mendeteksi PRG akan sangat bermanfaat dalam kegiatan skrining PRG dalam jumlah
sampel yang besar karena metode ini lebih efisien dibanding dengan metode simpleks.
Kata kunci: Deteksi PRG, skrining PRG, jagung, BT11, GA21.

Hak Cipta © 2015, BB Biogen

66 JURNAL AGROBIOGEN VOL. 11 NO. 2, AGUSTUS 2015: 65–72

PENDAHULUAN banyak 3 juta ton untuk bahan pakan ternak, yang 76%
berasal dari negara penanam jagung PRG. Jadi,
Sejak tahun 1996 hingga kini, pemanfaatan
terdapat kemungkinan beberapa jagung PRG tersebut
tanaman produk rekayasa genetika (PRG) telah
sudah ada di Indonesia.
berkembang dengan pesat di dunia (James, 2013). Di
berbagai negara, termasuk Indonesia, untuk men- Konstruk gen artifisial pada tanaman PRG pada
dapatkan izin edar, baik untuk ditanam (benih), dasarnya tersusun atas beberapa elemen, seperti pro-
pangan maupun pakan, tanaman PRG tersebut harus motor, gen interes, dan terminator. Biasanya, sekuen
lolos pengkajian keamanan hayati yang berupa per- target untuk skrining dan/atau deteksi PRG merupa-
setujuan keamanan (approval) lingkungan, pangan, kan bagian dari konstruk gen yang dimodifikasi ter-
dan pakan. Di Indonesia, peraturan tentang pengkaji- sebut (misalnya promotor, gen interes, atau termina-
an keamanan produk PRG telah dituangkan dalam tor) atau daerah pengapit antara gen sisipan dan
Peraturan Pemerintah Nomor 21 Tahun 2005 tentang genom inangnya. Berdasarkan sekuen target, terdapat
Keamanan Hayati Produk Rekayasa Genetika beberapa kategori PCR yang digunakan untuk deteksi
(Bahagiawati dan Herman, 2008; Herman, 2008). PRG, yaitu PCR untuk skrining, PCR spesifik gen, PCR
Pemerintah Indonesia juga telah menerbitkan per- spesifik konstruk, dan PCR spesifik event (Holst-
aturan tentang pelabelan makanan, yaitu Peraturan Jensen et al., 2003). Kebanyakan tanaman PRG yang
Pemerintah Nomor 69 Tahun 1999 tentang Label dan beredar secara komersial ditransformasi dengan
Iklan Pangan (Bahagiawati dan Herman, 2008) yang konstruk yang mengandung promotor 35S dari
kemudian dilengkapi oleh Keputusan Kepala Badan Cauliflower mosaic virus (CaMV) atau disingkat P-35S
POM Nomor HK.03.1.23.03.12.1564/2012 tentang Peng- dan/atau terminator nopaline synthase (T-nos) dari
awasan Pelabelan Pangan PRG (Badan POM, 2012). Agrobacterium sp.
Pelabelan produk hasil rekayasa genetika di beberapa BT11 merupakan tanaman jagung PRG tahan
negara, termasuk Indonesia, merupakan mandat yang (resisten) terhadap hama Lepidoptera, terutama
memberikan kesempatan kepada konsumen untuk hama penggerek batang jagung. Ketahanan tersebut
mendapatkan informasi produk yang akan dibeli atau dikarenakan adanya sisipan gen interes cryIAb yang
digunakan, termasuk produk PRG dan turunannya. diapit oleh promotor 35S CaMV dan terminator nos
Untuk implementasi dan pengawasan terhadap serta dikombinasikan dengan sisipan gen interes
peraturan pelabelan tersebut, sangat diperlukan phosphinothricin-N-acetyltransferase (PAT) untuk ke-
perangkat teknologi untuk mendeteksi keberadaan tahanan terhadap herbisida glufosinat (Gambar 1).
produk PRG, baik dalam bentuk bahan dasar (biji- Nama dagangnya adalah Agrisure® CB/LL. Tanaman
bijian) maupun produk turunannya. Beberapa metode BT11 ini telah dilepas dan ditanam pertama kali pada
deteksi telah dikembangkan di dunia, antara lain oleh tahun 1996 di Amerika Serikat. Kini telah ada 17
Ahmed (2002), Lee et al. (2004), dan Onishi et al. negara yang menanam jagung BT11 ini. Negara yang
(2005). Di Indonesia, beberapa institusi telah menyetujui (approval) BT11 untuk pangan ada 18
mengembangkan teknik deteksi PCR secara kualitatif negara, termasuk Indonesia (CERA, 2014).
(Bahagiawati dan Sutrisno, 2007). GA21 merupakan jagung PRG yang mempunyai
Jagung (Zea mays) termasuk produk pertanian sifat toleran herbisida glifosat karena mengandung
utama yang telah banyak dimodifikasi menggunakan gen enolpyruvylshikimate-phosphate synthase
teknik rekayasa genetika. Pada saat ini, luasan jagung (EPSPS) yang menyandi pembentukan protein/enzim
PRG telah mencapai 57,4 juta ha dengan produksi 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase. Gen
mencapai 32% dari produksi jagung dunia. Beberapa sisipan EPSPS ini diapit oleh promotor rice-actin 1 dan
produk jagung PRG telah ditanam secara luas di terminator nos yang dilengkapi dengan sekuen intron
beberapa negara, yaitu jagung tahan hama, seperti yang memberikan toleransi terhadap herbisida glifosat
Mon89034, Mon810, BT11, TC1507, dan MIR162, serta (Tabel 1). Jagung GA21 ini pertama kali dilepas pada
jagung toleran herbisida, antara lain GA21, NK603, dan tahun 1997 di Amerika Serikat dan sekarang telah ada
MIR604. Beberapa jagung PRG, yaitu GA21, TC1507, tujuh negara penanam jagung ini. Jagung ini telah
BT11, MIR162, MIR604, NK603, dan Mon89034, telah disetujui (approval) untuk pangan di enam belas
mendapatkan persetujuan keamanan pangan PRG negara, termasuk Indonesia. Nama dagang jagung
(aman untuk dikonsumsi sebagai pangan) dari Kepala GA21 adalah Agrisure® GT (CERA, 2014).
Badan POM. Di Indonesia, metode yang biasa dipakai dalam
Indonesia termasuk negara pengimpor jagung. mendeteksi produk PRG selama ini masih meng-
Pada tahun 2013, Indonesia mengimpor jagung se- gunakan metode deteksi nonspesifik yang dikenal
2015 Teknik PCR Kualitatif untuk Deteksi Produk Rekayasa Genetika Jagung: BAHAGIAWATI ET AL. 67

juga dengan metode skrining. Metode ini biasanya BAHAN DAN METODE
hanya menggunakan primer P35F-CaMV dan T-nos
Bahan Penelitian
sehingga hasil deteksi hanya menyimpulkan bahwa
sampel hanya mengandung PRG dan non-PRG tanpa Bahan penelitian yang digunakan adalah benih
mengetahui jenis/event PRG yang dideteksi. Metode jagung PRG BT11, GA21, jagung hasil persilangan BT11
deteksi tanaman atau produk PRG secara spesifik dan GA21, dan NK11 (non-PRG) yang didapatkan dari
yang dapat mengetahui jenis/event produk PRG PT. Syngenta Indonesia. NK11 merupakan wild type
belum pernah dikembangkan. Kebanyakan protokol non-PRG kedua varietas tersebut dan digunakan
PCR yang dikembangkan dalam mendeteksi PRG sebagai kontrol negatif. Peta konstruk gen sisipan dari
secara spesifik melibatkan reaksi yang mengamplifi- kedua jagung PRG tersebut ditampilkan pada Gambar
kasi satu target event (simpleks). Mengingat semakin 1. Di samping menggunakan NK11 sebagai kontrol
meningkatnya event PRG di pasaran, metode deteksi negatif, penelitian ini juga menggunakan air distilasi
produk PRG yang mampu mendeteksi lebih dari satu sebagai kontrol negatif. Pasangan primer yang diguna-
event dalam satu reaksi dapat mempercepat waktu kan adalah primer universal P-35S CaMV dan T-nos,
dan mengurangi biaya analisis. primer kontrol internal Zein, serta primer spesifik
Tujuan penelitian ini adalah membandingkan event BT11 dan GA21 (Tabel 2).
dan mendapatkan teknik yang akurat dan efisien Isolasi DNA
untuk deteksi tanaman jagung PRG BT11 dan GA21
berdasarkan teknik PCR kualitatif secara tunggal Benih jagung dikecambahkan pada media tanah
(simpleks) maupun ganda (dupleks). yang telah disterilkan. Sampel daun dari kecambah
yang berumur 7 hari diambil dan digerus dengan

Jagung event BT11

Genomik P35S Gen cryIA(b) T-nos P35S PAT T-nos Genomik

Jagung event GA21

Genomik Price-Act1 Intron Rubisco EPSPS T-nos Genomik

Gambar 1. Peta konstruk gen sisipan pada jagung event BT11 dan GA21.

Tabel 1. Deskripsi jagung PRG event BT11 dan GA21.

Nama event Promotor Terminator Gen interes Sifat yang diberikan

BT11 35S CaMV nos cry1Ab Tahan hama penggerek batang jagung
phosphinothricin acetyl transferase (PAT) Toleran herbisida glufosinat
GA21 rice-actin 1 nos enolpyruvylshikimate-phosphate synthase (EPSPS) Toleran herbisida glifosat

Tabel 2. Sekuen primer yang digunakan untuk deteksi event jagung spesifik BT11 dan GA21.

Sekuen target Asal Primer Sekuen (5’–3’) Produk (bp) Pustaka

Zein Jagung Zein-F GACATTGTGGCATCATCATTT 277 Gurakan et al. (2011)
Zein-R AGTGCGACCCATATTCCAG
P-35S CaMV Agrobacterium tumefaciens P35S-F GATAGTGGGATTGTGCGTCA 195 Gurakan et al. (2011)
P35S-R GCTCCTACAAATGCCATCA
T-nos Agrobacterium tumefaciens Tnos-F GAATCCTGTTGCCGGTCTTG 180 Randhawa dan Firke (2006)
Tnos-R TTATCCTAGTTTGCGCGCTA
cryIAb Bacillus thuringiensis BT11-F CCATTTTTCAGCTAGGAAGTTC 110 Matsuoka et al. (2001)
BT11-R TCGTTGATGTTKGGGTTGTTC
EPSPS Jagung GA21-F ACGGTGGAAGAGTTCAATGTATG 270 Matsuoka et al. (2001)
GA21-R TCTCCTTGATGGGCTGCA
68 JURNAL AGROBIOGEN VOL. 11 NO. 2, AGUSTUS 2015: 65–72

bantuan nitrogen cair untuk mendapatkan DNA-nya. menit, kemudian dihilangkan pewarnaannya dengan
Isolasi DNA total jagung dilakukan berdasarkan air selama 5 menit. Visualisasi DNA dilakukan pada
metode CTAB sesuai prosedur yang dilaporkan oleh UV Transilluminator ChemiDoc EQ™ System (Bio-
Doyle dan Doyle (1990). Rad).
Teknik PCR Simpleks (Tunggal)
HASIL DAN PEMBAHASAN
DNA genomik total dari sampel uji (jagung PRG
Hasil amplifikasi PCR pada DNA sampel-sampel
BT11 dan GA21, jagung hasil persilangan PRG BT11
uji menggunakan primer kontrol internal, primer
dan GA21, serta jagung non-PRG NK11) diamplifikasi
universal, dan primer spesifik telah menghasilkan
dengan pasangan primer masing-masing (Tabel 1 dan
amplikon dengan ukuran seperti yang diharapkan
Tabel 2) pada setiap komponen PCR secara terpisah
(Gambar 2 dan 3). Amplifikasi PCR menggunakan
(simpleks). Reaksi PCR dilakukan dalam volume total
primer kontrol internal Zein menghasilkan amplikon
25 µl yang mengandung sebanyak 25 ng DNA
berukuran 277 bp pada semua sampel, yaitu NK11
genomik, dNTPs 0,125 mM, MgCl21,5 mM, primer 0,5
(jagung non-PRG), GA21, dan BT11, kecuali sampel air
µM, dan Kapa Taq polimerase DNA 0,04 U. Program
(Gambar 2A). Hasil ini menunjukkan bahwa DNA
PCR terdiri atas predenaturasi pada suhu 98°C selama
sampel yang digunakan untuk analisis memang benar
3 menit, dilanjutkan dengan 35 siklus yang terdiri atas
berasal dari jagung. Seperti diketahui, gen zein hanya
denaturasi pada suhu 94°C selama 15 detik, penem-
terdapat pada tanaman jagung sehingga apabila di-
pelan primer pada suhu 60°C selama 30 detik, dan
desain pasangan primer yang berasal dari sekuen gen
perpanjangan DNA pada suhu 72°C selama 30 detik.
ini, akan dihasilkan amplikon hanya pada sampel DNA
Perpanjangan akhir dilakukan pada suhu 72°C selama
yang berasal dari jagung. Jadi, kontrol internal Zein ini
7 menit.
spesifik untuk mendeteksi jagung dan disertakan
Teknik PCR Dupleks (Ganda) dalam penelitian ini untuk memastikan dan menjamin
bahwa sampel yang dideteksi memang berasal dari
DNA sampel yang diamplifikasi diisolasi dari
jagung. Penggunaan primer kontrol internal ini akan
event jagung hasil persilangan jagung PRG GA21 dan
menjadi hal yang sangat penting, terutama jika
BT11. Pengujian PRG menggunakan teknik PCR
sampel yang dianalisis berupa tepung atau hasil
dupleks dilakukan dengan volume total reaksi 20 l
proses yang bahan dasarnya mungkin tidak diketahui
dengan komponen PCR sebagai berikut: 25 ng DNA
atau telah dicampur dengan bahan dasar lain.
genomik sampel uji, 1× Kapa 2G Fast Multiplex Mix
(2×), dan 0,2 M campuran dari primer spesifik Amplifikasi PCR menggunakan primer universal,
masing-masing dari event GA21 dan BT11. Program yaitu untuk deteksi promotor 35S CaMV dan ter-
PCR terdiri atas denaturasi awal pada suhu 94°C se- minator nos, juga telah menghasilkan amplikon yang
lama 10 menit, diikuti dengan 10 siklus denaturasi masing-masing berukuran 195 bp dan 180 bp (Gambar
pada suhu 95°C selama 30 detik, penempelan primer 2B dan 2C). Hasil amplifikasi dengan primer P-35S
pada suhu 65°C selama 1 menit, dan pemanjangan CaMV menunjukkan bahwa hanya sampel DNA
DNA pada suhu 72°C selama 30 detik. Tahapan PCR jagung BT11 saja yang menghasilkan pita DNA, se-
selanjutnya adalah amplifikasi sebanyak 27 siklus dangkan dua sampel lain NK11 (non-PRG) dan GA21,
denaturasi pada suhu 95°C selama 30 detik, penem- serta air menunjukkan hasil negatif atau tidak meng-
pelan primer pada suhu 60°C selama 1 menit, dan hasilkan amplikon (Gambar 2B). Promotor 35S dari
CaMV merupakan promotor konstitutif yang banyak
pemanjangan DNA pada 72°C selama 1 menit. Proses
dipakai untuk gen-gen interes pada produk-produk
amplifikasi diakhiri dengan pemanjangan akhir pada
rekayasa genetika, salah satunya pada event BT11
suhu 72°C selama 7 menit.
(Gambar 1). Namun demikian, terdapat beberapa
Elektroforesis Gel jenis promotor lain yang juga digunakan dalam pe-
rakitan tanaman produk rekayasa genetika, sebagai
Sebanyak 5 l produk PCR hasil amplifikasi
contoh promotor rice actin yang digunakan pada
fragmen DNA target diseparasi dengan teknik
event GA21. Oleh karena itu, deteksi PRG mengguna-
elektroforesis menggunakan gel agarosa 2% dan 3%
kan primer P-35S CaMV menunjukkan hasil positif
(w/v) dalam bufer TBE 0,5× masing-masing untuk
pada jagung event BT11 dan negatif pada event GA21.
teknik PCR simpleks dan dupleks. Pada tahap se-
Sementara, sampel jagung NK11 (non-PRG) menun-
lanjutnya, sampel DNA diseparasi dengan dialiri arus
jukkan hasil negatif karena memang tidak ada
listrik pada voltase tertentu dan gel agarosa diwarnai
transgen yang disisipkan pada jagung tersebut.
dengan larutan etidium bromida 10 mg/l selama 10
2015 Teknik PCR Kualitatif untuk Deteksi Produk Rekayasa Genetika Jagung: BAHAGIAWATI ET AL. 69

GA21
NK111

NK11

BT11
GA21

BT11

Air
M M

Air
MM M

3000 bp 3000 bp
2000 bp 2000 bp
1600 bp 1600 bp
1000 bp 1000 bp

500 bp
500 bp

(Zein) 277 bp
(P-35S) 195 bp

A Primer Zein B Primer P35S CaMV

GA21
NK11

BT11

Airr
M M

3000 bp
2000 bp
1600 bp
1000 bp

500 bp

180 bp (t-nos)

C Primer terminator nos (T-nos)

Gambar 2. Elektroforesis gel hasil amplifikasi PCR kualitatif untuk deteksi jagung PRG event BT11 dan GA21. A = hasil deteksi menggunakan
primer kontrol internal Zein, B = promotor 35S CaMV, dan C = terminator nos. Kontrol negatif: NK11 (non-PRG) dan air, M = DNA
ladder 1 kb plus (Invitrogen™).

Hasil berbeda ditunjukkan pada amplifikasi PCR Dalam penelitian ini digunakan primer spesifik event
menggunakan primer terminator nos. Baik jagung BT11 dan GA21. Hasil deteksi dengan primer spesifik
PRG event BT11 maupun GA21 menunjukkan hasil menunjukkan bahwa kedua pasangan primer dapat
positif ketika diamplifikasi dengan primer terminator menghasilkan amplikon yang berukuran 110 bp dan
nos yang diindikasikan dengan terbentuknya ampli- 270 bp masing-masing untuk event BT11 dan GA21
kon berukuran 180 bp (Gambar 2C). Seperti terlihat (Gambar 3). Gambar tersebut juga memperlihatkan
pada peta konstruk, kedua jagung PRG tersebut hasil PCR pada elektroforesis gel dengan meng-
menggunakan terminator nos pada konstruksi gen gunakan primer spesifik untuk event GA21 dan BT11,
interesnya (Gambar 1) sehingga akan memberikan baik sebagai simpleks (tunggal) atau dupleks (dua
hasil positif. Kontrol negatif, NK11 (non-PRG) dan air, pasang primer digabungkan).
memberikan hasil negatif dan hasil ini sesuai dengan Analisis PCR secara simpleks dengan mengguna-
yang diharapkan, yaitu kedua sampel tersebut harus kan primer spesifik untuk event BT11 memperlihatkan
tidak menghasilkan amplikon. hasil positif pada sampel jagung event BT11 dan
Selain primer universal, deteksi PRG juga dapat sampel event stacked PRG (BT11 x GA21), namun
dilakukan dengan menggunakan primer spesifik. negatif pada kontrol jagung NK11 (non-PRG) dan
70 JURNAL AGROBIOGEN VOL. 11 NO. 2, AGUSTUS 2015: 65–72

X174 DNA/HinfI marker

X174 DNA/HinfI marker

Dupleks (BT11xGA21)
NK11 non -PRG

NK11 non-PRG
BT11xGA21

BT11xGA21
GA21

GA21
BT11

BT11

Air
Primer BT11 Primer GA21

713 bp 713 bp
500 bp
500 bp
400 bp
400 bp
270 bp (EPSPS)
110 bp 110 bp (CryIAb)

Gambar 3. Elekroforesis gel hasil amplifikasi PCR kualitatif untuk deteksi jagung PRG event GA21 dan BT11 dengan primer spesifik secara
simpleks dan dupleks.

event GA21. Penggunaan primer spesifik GA21 mem- secara multipleks dapat digunakan dalam meningkat-
perlihatkan hasil positif pada sampel jagung untuk kan efisiensi teknik deteksi PRG yang mengandung
event GA21 dan sampel event stacked PRG, namun lebih dari satu gen interes dalam suatu genom atau
negatif pada kontrol non-PRG NK11 dan jagung PRG multi event dalam suatu sampel, baik tanaman, ma-
BT11. Hasil ini menunjukkan bahwa primer spesifik kanan, maupun pakan ternak, secara simultan. Teknik
BT11 dapat digunakan untuk mendeteksi jagung event PCR secara dupleks atau multipleks telah digunakan
BT11 saja atau stacked PRG yang salah satu tetuanya oleh beberapa peneliti untuk deteksi PRG baik yang
BT11. Demikian juga dengan primer spesifik GA21 berupa event tunggal atau stacked (Babekova et al.,
hanya mendeteksi secara khusus jagung event GA21 2008; Hedreyda dan Roxas, 2010; Xu et al., 2009).
saja atau stacked PRG yang salah satu tetuanya GA21. Namun demikian, teknik PCR secara multipleks biasa-
Deteksi PRG secara kualitatif dengan mengguna- nya memerlukan optimasi kondisi PCR untuk meng-
kan teknik PCR secara simpleks telah banyak di- atasi rendahnya sensitivitas produk amplifikasi atau
lakukan (Gurakan et al., 2011; Randhawa dan Firke, amplikon yang dihasilkan oleh primer yang berbeda-
2006), bahkan di antaranya dikombinasikan dengan beda. Pada penelitian ini, sebagai langkah awal dalam
teknik PCR secara kuantitatif (Greiner et al., 2005) kegiatan deteksi PRG yang mengandung lebih dari
atau metode immunoassay-kit (Chiueh et al., 2001; satu gen, teknik dupleks untuk mendeteksi event PRG
Lin et al., 2001). Dengan teknik PCR simpleks, lebih BT11 dan GA21 telah berhasil dilakukan (Gambar 3).
banyak jumlah reaksi PCR yang dapat disiapkan, Kemampuan deteksi event PRG secara dupleks yang
tentunya banyak pula event PRG yang dapat dideteksi memiliki dua target event ini akan sangat bermanfaat
sesuai dengan primer yang digunakan pada setiap dalam meningkatkan efisiensi kegiatan evaluasi pro-
reaksi PCR. Akan tetapi, teknik deteksi secara terpisah duk rekayasa genetika, terutama apabila sampel yang
(simpleks) ini membutuhkan biaya yang relatif lebih akan dideteksi pada sampel PRG memiliki banyak
besar dan membutuhkan waktu yang lebih lama target event.
dalam pelaksanaannya. Sebagai alternatif, teknik PCR
2015 Teknik PCR Kualitatif untuk Deteksi Produk Rekayasa Genetika Jagung: BAHAGIAWATI ET AL. 71

KESIMPULAN Chiueh, L-C., Y-L. Chen, J-H. Yu, and D.Y-C. Shih. 2001.
Detection of four types of genetically modified maize by
Primer kontrol internal Zein dapat digunakan polymerase chain reaction and immuno-kit methods.
untuk mendeteksi apakah bahan yang diuji mengan- J. Food Drug Anal. 9(1):50–57.
dung DNA jagung. Doyle, J.J. and J.L. Doyle. 1990. Isolation of plant DNA from
Primer universal P-35S dan/atau T-nos yang di- fresh tissue. Focus 12:13–15.
gunakan dalam penelitian ini dapat mendeteksi suatu Greiner, R., U. Konietzny, L.C.H. Anna, and Villavicencio.
bahan PRG yang mengandung 35S dan/atau termina- 2005. Qualitative and quantitative detection of
tor nos. genetically modified maize and soy in processed foods
sold commercially in Brazil by PCR-based methods.
Primer BT11 dan GA21 yang digunakan dalam
Food Control 16:753-759.
penelitian ini dapat mendeteksi secara spesifik
apakah bahan yang diuji mengandung DNA jagung Gurakan, G.C., G. Aydin, and R. Yilmas. 2011. Qualitative
event BT11 dan GA21 serta hasil persilangannya. detection of GM maize (BT11) in food and feed sold
commercially in Turkey by PCR based methods. Indian
Metode dupleks yang digunakan dalam peneliti- J. Biotechnol. 10:143–146.
an ini dapat mendeteksi keberadaan DNA jagung
Hedreyda, C.T. and J.L. Roxas. 2010. Detecting genes
event BT11 dan GA21 dalam satu kali uji. inserted into genetically modified Zea mays L.
® ®
Yieldgard MON810, Roundup Ready GA21, and
®
UCAPAN TERIMA KASIH Roundup Ready NK603 using multiplex polymerase
chain reaction. Philipp. Sci. Lett. 3(2):59–63.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada PT.
Syngenta Indonesia yang telah memberikan jagung Herman, M. 2008. Tanaman produk rekayasa genetik dan
BT11, GA21, dan NK11 untuk digunakan dalam kebijakan pengembangannya. Status global tanaman
produk rekayasa genetik dan regulasinya. Volume 2.
penelitian ini. Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi
dan Sumber Daya Genetik Pertanian. Badan Penelitian
PUSTAKA dan Pengembangan Pertanian, Departemen Pertanian.
Bogor
Ahmed, F.E. 2002. Detection of genetically modified
organisms in foods. Trends Biotechnol. 20(5):215–223. Holst-Jensen, A., S.B. Ronning, A. Lovseth, and K.G. Berdal.
2003. PCR technology for screening and quantification
Babekova, R., T. Funk, S. Pecoraro, K.H. Engel, D. Baikova,
of genetically modified organisms (GMOs). Anal.
and U. Busch. 2008. Duplex polymerase chain reaction
Bioanal. Chem. 375:985–993.
(PCR) for the simultaneous detection of cryIA(B) and the
maize ubiquitin promoter in the transgenic rice line James, C. 2013. Global status of commercialized biotech/GM
KMD1. Biotechnol. & Biotechnol. Eq. 705–708. crops: 2013. ISAAA Brief No. 46. ISAAA. Ithaca, NY.
Badan POM. 2012. http://clearinghouse.pom.go.id/admin/ Lee, S-H., Y-H. Park, and J-K. Kim. 2004. Qualitative PCR
editor/gambar/File/PERATURAN%20LABEL%20 method for detection of genetically modified maize lines
PANGAN/per_pelabelan2012.pdf (diakses 15 Desember NK603 and TC1507. Agric. Chem. Biotechnol.
2014). 47(4):185–188.
Bahagiawati dan Sutrisno. 2007. Pemanfaatan tanaman hasil Lin, H-S., J-W. Chiang, and D.Y-C. Shih. 2001. Detection of
rekayasa genetika: Status, regulasi, dan metode deteksi genetically modified soybeans by PCR methods and
di Indonesia. J. AgroBiogen 3(1):40–48. immunoassay kits. J. Food Drug Anal. 9(3):160–166.
Bahagiawati dan M. Herman. 2008. Peraturan perundang- Onishi, M., T. Matsuoka, T. Kodama, K. Kashiwara, S. Futo,
undangan tentang keamanan produk bioteknologi dan H. Akiyama, T. Maitani, S. Furui, T. Oguchi, and A.
status perakitan tanaman produk bioteknologi di Hino. 2005. Development of a multiplex polymerase
Indonesia. Balai Besar Penelitian dan Pengembangan chain reaction method for simultaneous detection of
Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian. eight events of genetically modified maize. J. Agric.
Badan Penelitian dan PengembanganPertanian, Food Chem. 53(25):9713–9721.
Departemen Pertanian, Jakarta.
Matsuoka,T., H. Kuribara, H. Akiyama, H. Miura, Y. Goda, Y.
CERA. 2014. GM crop database. Center for environmental Kusakabe, K. Isshiki, M. Toyoda, and A. Hino. 2001. A
risk assessment. http://www.cera-gmc.org/GMCrop multiplex PCR method of detecting recombinant DNAs
Database. (diakses 28 Mei 2015). from five lines of genetically modified maize. J. Food
Hyg. Soc. Jpn. 42:24–32.
72 JURNAL AGROBIOGEN VOL. 11 NO. 2, AGUSTUS 2015: 65–72

Randhawa, G.J. and P.K. Firke. 2006. Detection of Xu, W., Y. Yuan, Y. Luo, W. Bal, C. Zhang, and K. Huang.
transgenes in genetically modified soybean and maize 2009. Event-specific detection of stacked genetically
using polymerase chain reaction. Indian J. Biotechnol. modified maize Bt11 x GA21 by UP-M-PCR and real-
5:510–513. time PCR. J. Agric. Food Chem. 57:395–402.

View publication stats