Abarca cerca de 50.000 ha y comprende los cerros de Churute, la laguna del Canclón, cerro Masvale (1.000 ha) y uno de los pocos remanentes de manglar que quedan en la región del golfo.
De la totalidad de la Reserva, 35.000 ha corresponden a manglares, 5.500 ha a bosques secos, semideciduos y húmedos, en los cerros El Mate, Cimalón, Perequete Chico, Perequete Grande, Pancho Diablo y Masvale, y 8.883 ha comprenden el humedal de la laguna El Canclón y las zonas agrícolas de las comunas que se encuentran en el interior de la Reserva.
Entre las especies endémicas del bosque seco, que merecen especial atención por ser únicas de estos ambientes, se pueden mencionar la chirigua (Eriotheca ruizii), el tirso (Macranthisiphon longifolium) y la Picramnia tumbesina, conocida únicamente en el Cerro Masvale, entre los 200 y 400 msnm.
La Reserva forma parte del Sistema Nacional de Áreas Protegidas y está inscrita en el Convenio Internacional Ramsar por ser uno de los humedales más importantes del Ecuador (incluyendo la laguna El Canclón). Parte de la Reserva (Cerro Masvale), es manejado por la Fundación Ecológica Andrade de manera privada.