Regeringen offentliggjorde beslutet i dag efter ett sammanträde.
Benådningarna har väckt stark kritik på mycket varierande håll av olika orsaker.
En del anser att separatisterna har brutit mot lagen och förtjänar sitt straff.
Andra anser å sin sida att dessa benådningar inte alls räcker till utan att det behövs allmän amnesti och en ny folkomröstning.
Spaniens största företagarorganisation (CEOE) hör till dem som stöder den spanska regeringens försök att nå samförstånd med den välbärgade regionen Katalonien. Också landets katolska biskopar har uttryckt sitt stöd.
Ledarna dömdes 2019 till mellan nio och tretton års fängelse för uppror och missbruk av statliga medel för att de organiserat en folkomröstning om separation från Spanien.
Kataloniens regionpresident Carles Puigdemont och några andra separatister flydde landet medan de tolv personer som i dag benådades greps.
Regeringen har beslutat att konfrontera problemet och arbeta för försoning, sa premiärminister Pedro Sánchez i ett tal i Barcelona i går.
Premiärminister Pedro Sánchez kansli skriver på Twitter att benådningen godkändes under dagens regeringsmöte.
Källor: Reuters, AFP