EU:s sanktioner är kopplade till de protester som utlöstes av den 22-åriga Mahsa Aminis död i september. Hon blev gripen av polisen på grund av att hon inte ansågs ha följt klädkoden, och dog kort efter det.
Vågor av protester har svept över den islamiska republiken Iran sedan Aminis död.
Hundratals människor har dödats i oroligheterna och tusentals människor har gripits.
I måndags gav EU besked om sanktioner mot Khatami. Sanktioner riktas också mot det statliga programföretaget IRIB, arméchefen Abdolrahim Mousavi och befälhavare från Irans revolutionsgarde på grund av det som EU definierar som förtryck av demonstranter.
Khatami stöder dödsstraff med låg tröskel
Khatami bestraffas av EU för att han anses ha uppviglat till våld mot demonstranter. Han har dessutom sagt att de som protesterar mot regimen ska straffas med döden.
Iranska domstolar har dömt elva människor till döden i samband med demonstrationerna, och två personer har avrättats inom december månad.
Den Londonbaserade människorättsorganisationen Amnesty International sa på fredagen att minst 26 personer riskerar att avrättas.
Khatami anklagar EU för att inte beakta mänskliga rättigheter
Under en fredagsbön i Teheran anklagade Khatami EU för att bryta mot de mänskliga rättigheterna, rapporterar den statliga nyhetsbyrån IRNA. Enligt Khatami ligger EU högst på listan över människorättsöverträdare.
Han sa också att EU under de senaste åren har agerat som en amerikansk koloni och gjort allt som USA har bett om.
Också det iranska utrikesministeriet har fördömt EU:s åtgärder och anser att de är ”oacceptabla och grundlösa”.
Källa: AFP