ショットガン・シークエンシング法 は長いDNAの塩基配列の決定に対して適用される配列決定手法。 まず長い配列を短いランダムな断片としてクローニングし、最初にそれらの配列を決定する。 このとき一本の長いDNA鎖から沢山のコピーを取り、断片同士がオーバーラップするようにしておく。 最終的に、これらのオーバーラップ部分についてコンピュータ上でアライメントを行い、元の長い塩基配列を決定する。 簡略化した例として2本の断片の場合を以下に示す。 元の配列 : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX 第1回のショットガン配列 : XXXAGCATGCTGCAG TCATGCTTAGGCTAXXXX 第2回のショットガン配列 : TTAGGCTAXXXX XXXAGCATGCTGCAGTCATGC 再構築された配列 : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAG
